蛋白质指纹图谱模型在肝癌诊断中的应用

目的:建立基于人工神经网络的血清蛋白质指纹图谱模型,并探讨其在肝癌诊断中的应用。方法:应用表面增强激光解析-电离-飞行时间质谱仪(SELDI-TOF-MS),测定了52例肝癌和32例健康人血清标本的蛋白质指纹图谱,并结合人工神经网络方法进行数据分析。将84例标本随机分成训练组56例(肝癌35例,健康人21例)和盲法测试组28例(肝癌17例,健康人11例)。利用从训练组得出的基于人工神经网络的血清蛋白质指纹图谱模型,对28例未知血清进行检测,并与甲胎蛋白(AFP)判断结果进行比较。结果:应用该方法对肝癌进行诊断的准确率、敏感性和特异性均为100%(17/17,11/11)。AFP检测结果准确率为77.4%(65/84),灵敏度和特异性分别为69.2%(36/52)和90.6%(29/32)。结论:该方法在肝癌的诊断中较AFP具有更高的敏感性和特异性。

正常产妇羊水、血浆蛋白质指纹图谱分析的研究

目的比对羊水、血浆蛋白质指纹图谱,寻找羊水特异性表达蛋白,为产科学的临床研究提供分子依据。方法应用表面增强激光解吸电离飞行时间质谱仪采用4种不同原理的蛋白芯片检测了12名正常足月产妇的羊水、血浆蛋白质指纹图谱。结果羊水和血浆标本分别测得蛋白信号(信噪比大于3)150个和250个。4种芯片检出羊水特异性蛋白30个,相对分子质量为11 198、12705 Da的蛋白是比较确定的羊水特异性蛋白。结论羊水中存在特异性表达蛋白,其在妊娠相关生理、病理学中可能起重要作用。

基于人工神经网络的血清蛋白质指纹图谱模型在肝癌诊断中的应用

目的建立蛋白质芯片技术检测血清蛋白质指纹图谱的方法,探讨基于人工神经网络的血清蛋白质指纹图谱模型在肝癌诊断中的应用价值。方法应用蛋白质指纹图谱分析仪(表面增强激光解析电离飞行时间质谱仪,SELDITOFMS),测定106例肝癌、肝硬化患者和健康人血清标本的蛋白质指纹图谱并结合人工神经网络方法进行数据的分析。将106例标本随机分成训练组70例(肝癌35例,肝硬化14例,健康人21例)和盲法测试组36例(肝癌17例,肝硬化8例,健康人11例)。利用从训练组得出的基于人工神经网络的血清蛋白质指纹图谱模型,对36例未知血清进行检测,并与甲胎蛋白(AFP)检测结果进行比较。结果应用该方法对肝癌进行诊断的准确率、敏感性和特异性分别为917%(33/36)、882%(15/17)和946%(18/19),明显高于AFP检测结果。结论基于人工神经网络的血清蛋白质指纹图谱模型在肝癌的诊断中较以往的传统方法具有更高的敏感性和特异性,值得进一步研究与应用。

高发区筛查人群食管鳞癌血清蛋白指纹图谱诊断模型的建立及临床价值

目的用表面增强激光解吸离子化飞行时间质谱(SELDI-TOF-MS)分析食管鳞癌患者血清蛋白表达谱的改变,筛选并建立高发区食管癌血清蛋白指纹图诊断模型,探究其临床价值。方法采用CM10蛋白芯片及SELDI-TOF-MS技术,对36例食管癌患者和38例正常对照者的血清进行蛋白指纹图谱检测,支持向量机分析实验数据,建立食管癌诊断模型,采用盲法验证。结果在分子量2000～20000范围内,共检测到31个蛋白质荷比峰,差异有统计学意义(P<0.01)。以4个质荷比峰建立了食管癌诊断模型,并用留一法交叉验证作为评估模型判别效果的方法,其准确率为85.1%,敏感性为86.1%,特异性为84.2%,真阳性率为83.8%。结论由4个质荷比峰构成的诊断模型可以区分食管癌和正常对照,为高发区食管癌的筛查与诊断提供了一条新的途径。

高秆野生稻内生固氮细菌多样性

高秆野生稻(Oryza alta)是一种重要的种质资源,其组织内也蕴藏着非常宝贵的功能微生物资源。本实验采用无氮培养基,从高秆野生稻中分离到43株内生固氮菌,结合乙炔还原法测定其固氮酶活性。经固氮酶基因(nifH)的PCR扩增检测,43株内生固氮菌代表菌株均能扩增出固氮酶基因片段。利用IS-PCR DNA指纹图谱和SDS-PAGE全细胞蛋白电泳图谱将获得的菌株聚类为6个类群(I、II、III、IV、V、VI)。对各个类群的代表菌株(ZF3,ZF8,ZF13,ZF15,ZF24,ZF43)进行16S r RNA基因序列测定,结果表明,类群I属于土生拉乌尔菌(Raoultella terrigena),类群II属于类肺炎克雷伯氏菌类肺炎亚种(Klebsiella quasipnmoniae subsp.quasipneumoniae),类群III属于越南伯克氏菌(Burkholderia vietnamiensis),类群IV的菌株代表肠秆菌属的一个类群(Enterobacter sp.),类群V的菌株属于门多萨假单胞菌(Pseudomonas mendocina),类群VI归属于固氮植物菌(Phytobacter diazotrophicus)。Biolog聚类结果与IS-PCR指纹图谱类型及SDS-PAGE全细胞蛋白聚类结果一致。Biolog板测定结果显示,来自不同类群的代表菌株对碳源的利用差异显著,说明野生稻内多样的内生固氮菌从环境中获取碳源和氮素的适应能力较强。