基于结构的CXCR4抑制剂的虚拟筛选

目的发现新的CXCR4抑制剂,进一步对筛选出的抑制剂与CXCR4的分子结合模型进行分析.方法以CXCR4为靶点,应用基于AutoDock Vina的新的虚拟筛选工具PyRx对ZINC数据库中的化合物进行虚拟筛选.CXCR4晶体结构(PDB ID:3ODU)从PDB下载,通过AutoDockTools对结构进行处理.化合物的三维结构从ZINC数据库下载,通过虚拟筛选工具PyRx导入,转换成pdbqt格式.PyRx运行AutoDock Vina以后,筛选以后的化合物构象导入AutoDockTools进行分析,数据处理用PyMOL完成.结果经过高通量虚拟筛选,从ZINC数据库中大约2万个化合物中得到1 000个类药小分子化合物数据库,再从中进一步筛选靶向CXCR4的抑制剂.经过对建立的化合物数据库的3轮筛选,发现了5个高活性的CXCR4抑制剂.结论应用基于AutoDock Vina的新的虚拟筛选工具PyRx,以CXCR4为靶点,对ZINC数据库的2万个化合物进行虚拟筛选,发现5个新的CXCR4抑制剂.

基于结构的HIV-1蛋白酶抑制剂的虚拟筛选

目的通过新的虚拟筛选工具PyRx运行AutoDock Vina,对ZINC数据库的2万个化合物进行虚拟筛选,发现新的HIV蛋白酶抑制剂,并且对新的抑制剂与HIV蛋白酶的结合模型进行探索.方法以HIV蛋白酶为靶点,通过虚拟筛选程序AutoDock Vina对ZINC数据库的化合物进行虚拟筛选.与以前研究不同的是,本研究通过新的虚拟筛选工具PyRx运行AutoDock Vina.HIV蛋白酶晶体结构(PDB ID:4phv)从PDB下载,通过AutoDockTools对结构进行处理.化合物结构下载自ZINC数据库,通过PyRx导入,处理成pdbqt格式.PyRx运行AutoDock Vina以后,筛选以后的化合物构象导入AutoDockTools进行分析,数据处理用PyMOL完成.结果从大约2万个化合物库中进行高通量筛选,得到1 000个类药小分子化合物的库.再从这1 000个小分子化合物中筛选针对蛋白酶的抑制剂.通过对建立的化合物数据库进行3轮筛选,发现5个高活性的HIV蛋白酶抑制剂.结论 5个新的抑制剂的进一步开发,将对HIV的治疗和基础研究带来帮助.也对药物虚拟筛选和基于结构的药物开发提供新的信息.

金银花中抗手足口病毒HEV71活性成分的虚拟筛选

目的:通过计算机虚拟筛选金银花中具有抗人源手足口病毒Human Enterovirus 71(HEV71)的天然抑制剂。方法:以HEV71病毒衣壳蛋白为靶蛋白,通过PyRx运行Auto Dock Vina,对自建数据库中的金银花天然化合物进行虚拟筛选;用Discovery Studio Visualizer对小分子抑制剂与HEV71的结合模式进行3D建模,分析了得到的小分子抑制剂与HEV71之间的结合情况。用同样的方法对茯苓中的化合物进行虚拟筛选,作为对照。结果:虚拟筛选出了3个金银花中具有潜在活性的化合物:loniflavone,3'-Omethyl loniflavone和3,5-dicaffeoylquinic acid。结论:虚拟筛选结果支持金银花具有抑制HEV71病毒活性,并且为金银花抗手足口病的分子机制研究提供了参考。

基于结构的HIV-1整合酶抑制剂的虚拟筛选

目的虚拟筛选基于结构的HIV-1整合酶抑制剂。方法从PDB(Protein Data Bank)下载HIV-1整合酶催化核心结构域与LEDGF/p75整合酶结合结构域(integrase binding domain,IBD)的晶体结构(PDB ID:2B4J),通过AutoDockTools对结构进行处理;从ZINC数据库下载化合物结构,用PyRx处理和转换成pdbqt格式,建立一个处理后的化合物数据库;以HIV整合酶为靶点,通过新的虚拟筛选工具PyRx运行AutoDock Vina,对ZINC数据库的化合物进行虚拟筛选;分析得到的小分子抑制剂与整合酶之间的结合情况,并用PyMol对小分子抑制剂与整合酶的结合模式进行3D建模。结果经3轮筛选,发现5个高活性的HIV-1整合酶抑制剂ZINC9486894、ZINC47636331、ZINC57383520、ZINC68964708、ZINC73549421;5个小分子抑制剂与整合酶之间的结合主要是氢键结合力和疏水相互作用。结论通过PyRx运行AutoDock Vina,从ZINC数据库的化合物中筛选出5个新的HIV-1整合酶抑制剂。

对Racl蛋白抑制作用的生物还原剂的虚拟筛选

;乏氧是肿瘤组织的重要特点,而在肿瘤组织中高表达的Racl蛋白是与氧化还原过程密切相关的蛋白质,且参与肿瘤发展的多个过程。Racl抑制剂可有效抑制肿瘤细胞的侵润与发展。因此,有效的Racl抑制剂可成为潜在抗癌药物。目前能用于临床治疗肿瘤的Racl抑制剂鲜有报道。生物还原剂是一大类对乏氧细胞有特异毒性的化合物,可以靶向作用于乏氧细胞,抑制乏氧肿瘤细胞的生长。本文根据Racl的三维结构,利用虚拟筛选软件PyRx,在化合物库中对约1.5万个硝基杂环化合物、芳香氮氧化合物、脂肪氮氧化合物、醌类化合物等生物还原剂进行筛选,根据结合能、结合位点、结合模式等条件筛选出6个候选Racl抑制剂,为靶向乏氧肿瘤细胞的生物还原剂的开发、构效关系研究提供理论依据。