胡子鲇qRT-PCR内参基因的筛选

实时荧光定量PCR(qRT-PCR)是研究基因表达有效的工具之一,选取合适的内参基因,是获得可靠的基因表达结果的关键。本研究以胡子鲇(Clarias fuscus)为研究对象,采用qRT-PCR技术检测了13个候选基因(actb1、actb2、ef1a、eef1b2、rpl13a、rpl13、ccdc124、cfl1、nm23、eif3g、rap1a、ikbkg和ywhab)在胡子鲇性腺不同发育阶段和成鱼不同组织中的基因表达情况,并利用BestKeeper、GeNorm、NormFinder和RefFinder软件分析其表达稳定性,以筛选在胡子鲇性腺发育和不同组织中稳定表达的内参基因。结果显示,13个候选内参基因的定量PCR引物均可获得特异性扩增产物。在性腺不同发育阶段,候选基因表达稳定性顺序为actb2>rpl13>actb1>cfl1>rap1a>ef1a>rpl13a>ikbkg>eif3g>nm23>eef1b2>ywhab>ccdc124,成鱼不同组织中稳定性顺序为actb2>rpl13>cfl1>rap1a>ef1a>rpl13a>ikbkg>eif3g>nm23>actb1>eef1b2>ywhab>ccdc124。随后,选择稳定性前二的actb2和rpl13作为候选内参基因,分析zp3、atp2b3、slc13a5和parp8基因在胡子鲇雌、雄性腺中的相对表达量,结果进一步证实,以actb2为内参时,其雌雄性状差异基因表达水平更接近于转录组结果。综合分析表明,actb2基因可作为内参基因用于今后胡子鲇性腺不同发育时期和不同组织间功能基因表达特征的研究。

基于生物信息学分析骨肉瘤的关键基因和qRT-PCR实验验证

目的利用生物信息学方法筛选出与骨肉瘤(osteosarcoma,OS)相关的关键基因,以作为OS的潜在诊断标志物和新治疗靶点。方法从基因表达综合(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库中检索下载2个符合本研究的OS相关数据集(GSE16088和GSE42572),共包括21例OS组织样本和14例正常骨组织样本。对数据集进行矫正分析鉴定出差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)。通过加权基因共表达网络分析方法(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)与DEGs筛选出交集基因。对交集基因进行疾病本体论(Disease Ontology,DO)、基因本体论(Gene Ontology,GO)、京都基因与基因组百科全书分析(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)和蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)网络分析。采用受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线评估该PPI网络degree排名前10位的Hubbe基因的表达水平对OS患者的诊断效能,并以另一个OS数据集GSE19276对Hubbe基因进行验证筛选出关键基因。分析关键基因与浸润性免疫细胞的相关性。收集2020年9月1日至2022年6月30日于广西中医药大学第一附属医院住院手术的4例OS患者的OS组织及其癌旁组织,采用实时荧光定量聚合酶链式反应(real-time quantitative polymerase chain reaction,qRT-PCR)对关键基因进行实验验证。结果在OS组织与正常骨组织中共筛选出687个DEGs(上调基因523个和下调基因164个)。WGCNA关键模块基因2338个。DEGs与WGCNA关键模块基因共有交集基因545个。DO富集分析结果表明,DEGs与WGCNA结果的交集基因主要与泌尿系统癌症、肾癌、生殖细胞癌、肌肉骨骼系统癌症和胚胎癌等癌症相关。GO富集结果表明,交集基因主要参与骨化的形成、细胞外基质组织和生物矿物组织发育等生物学过程。KEGG通路富集在磷脂酰肌醇3激酶(phosphatidylinositide 3-kinase,PI3K)/蛋白激酶B(protein kinase B,PKB,又名Akt)信号通路、过氧化物酶体增殖物激活受体(peroxisome proliferators-activated receptor,PPAR)信号通路及流体剪切应力和动脉粥样硬化等信号通路上。PPI网络分析中degree排名前10位的Hubbe基因为磷脂酰肌醇4,5-二磷酸3-激酶催化亚基α(phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha,PIK3CA)、脯氨酰4-羟化酶亚单位α1(prolyl 4-hydroxylase subunit alpha 1,P4HA1)、整合素αⅤ(integrin alphaⅤ,ITGAⅤ)、组蛋白去乙酰化酶2(histone deacetylase 2,HDAC2)、连环蛋白β1(catenin beta 1,CTNNB1)、Ⅲ型胶原蛋白α1(collagen typeⅢalpha 1,COL3A1)、Ⅰ型胶原蛋白α2(collagen typeⅠalpha 2,COL1A2)、转导蛋白β样1X相关蛋白1(transducin beta-like 1X-related protein 1,TBL1XR1)、小核核糖核蛋白多肽G(small nuclear ribonucleoprotein polypeptide G,SNRPG)和Ras相关核蛋白(Ras-related nuclear protein,RAN)。以数据集GSE19276绘制ROC曲线验证Hubbe基因表明,P4HA1和ITGAV的准确度较高(均AUC>0.8且P<0.05)。qRT-PCR实验结果显示,P4HA1和ITGAV mRNA在OS组织中高表达(均P<0.01)。结论P4HA1和ITGAV是OS的潜在生物标志物和治疗靶点。

出芽短梗霉菌株PA-2胁迫下藜qRT-PCR内参基因的筛选与验证

为筛选适合出芽短梗霉菌株PA-2胁迫下藜中稳定表达的内参基因,在转录组数据(NCBI登录号为:SRA:SRR12674257)分析的基础上,以PA-2不同时间胁迫的藜叶片为材料,分析藜中ACT-1、TUB-1、GAPDH、eEF1α、eIF3、UBQ、PTB、COX10、UPL6、TIP41L、RAN-B1和IDH-5等12个内参基因的表达水平,并利用ΔCt、GeNorm、NormFinder、BestKeeper及RefFinder分析候选内参基因的表达稳定性。结果表明,内参基因COX10是PA-2不同时间胁迫下藜中最稳定的内参基因,最优组合是COX10+eEF1α。通过分析藜ACC基因的相对表达水平,验证了内参基因的可靠性,为今后杂草藜胁迫响应基因的表达分析提供了参考基因和理论依据。

IHC、FISH、qRT-PCR检测NSCLC ALK融合基因的对比分析

目的对比分析免疫组化(IHC)、荧光原位杂交(FISH)、实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测非小细胞肺癌(NSCLC)ALK融合基因情况。方法收集453例NSCLC标本。随机选取IHC检测的ALK融合基因不同表达程度标本40例[ALK(-)、(+)、(2+)、(3+)标本各10例],采用FISH和qRT-PCR法分别检测各组ALK融合基因表达水平,并进行一致性分析。结果IHC与FISH、qRT-PCR的ALK融合基因检测结果比较,IHC ALK(-)/(3+)与FISH、qRT-PCR检测结果一致率均为100%,具有高度一致性(r=0.781、r=0.740,P<0.05)。FISH与qRT-PCR的检测结果一致率为97.5%,具有高度一致性(r=0.943,P<0.05)。结论FISH、qRT-PCR法与IHC法检测在不同表达程度ALK融合基因样本中检测结果存在差别,IHC敏感性更高。FISH、qRT-PCR法在ALK融合基因样本的检测结果具有高度一致性。

小麦叶锈菌2个候选效应因子的克隆及其qRT-PCR分析

小麦叶锈病是由隐匿柄锈菌(Puccinia triticina,Pt)侵染的一种气传性真菌病害,对小麦造成严重的产量损失。Pt产生的吸器是产生效应因子的主要场所,而效应因子是Pt致病的关键。本研究基于早期构建的小麦叶锈菌单胞菌系13-5-28-1(JHKT)在休眠孢子、萌发夏孢子和侵染6 d的转录组文库,在系统筛选候选效应因子的基础上,选取两个候选效应因子Pt12448和Pt34354进行克隆,利用qRT-PCR分析候选效应因子的表达模式,结果发现其中Pt12448基因表现为后期诱导上调,Pt34354基因则为前期诱导上调。研究结果将推进对小麦叶锈菌致病机制的研究进程。

青鲫qRT-PCR内参基因的筛选及评价

为筛选出青鲫不同组织中的最适内参基因,本研究利用实时荧光定量PCR(quantitative real-time polymerase chain reaction,qRT-PCR)技术检测β肌动蛋白(β-actin)、甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)、18S核糖体RNA(18S r RNA)和核糖体蛋白L13(RPL13)4个候选内参基因在青鲫脑、鳃、性腺、肾脏、肝脏、肌肉和脾脏7个组织中的表达情况,并利用ge Norm、NormFinder和BestKeeper等程序分析候选基因的表达稳定性。结果显示,4个内参基因在各组织的Ct值高低顺序依次为:β-actin>GAPDH>18S r RNA>RPL13;4个内参基因在不同组织的稳定性有所不同,综合评价分析显示其稳定性排序为RPL13>18S r RNA>β-actin>GAPDH,RPL13适合作为青鲫不同组织qRT-PCR分析的内参基因。本研究结果可为后续青鲫功能基因表达特征的研究提供技术支撑。

梭梭qRT-PCR内参基因的筛选及稳定性分析

研究旨在探明梭梭(Haloxylon ammodendron)不同非生物胁迫下稳定表达的内参基因,为后续梭梭抗逆性相关基因功能研究奠定基础。采用实时定量聚合酶链式反应(qRT-PCR)技术从梭梭转录组数据库中检测了GAPDH、EF1-α、UBC、RPL32、ALB、50S-1721、50S-1063、RPⅡ、H3、PP2A、SOD、HSC70、TUA和TUB 14个候选内参基因在热胁迫、干旱、盐、ABA和昼夜节律条件下的表达变化,利用geNorm、NormFinder、BestKeeper和RefFinder软件对梭梭候选内参基因的稳定性进行评价,最终筛选出合适的内参基因,并通过对梭梭磷酸烯醇丙酮酸羧化酶(phosphoenolpyruvate carboxylase,PEPC)基因表达分析,验证不同内参基因对试验结果的影响。4种软件分析得到的最优内参基因存在差异,在RefFinder网站上综合排序分析表明,在ABA处理和昼夜节律下,ALB是最优内参基因,RPⅡ基因在干旱胁迫下表达最稳定,TUB和RPⅡ基因在盐胁迫下最适用,H3基因在热胁迫下表达最为稳定。各种胁迫下最适宜的内参基因为ALB和RPL32。计算几何平均值得14个候选内参基因的综合稳定性排名,其中排名前2位的基因分别为SOD和RPL32。综上,SOD和RPL32可作为梭梭qRT-PCR标准化的内参基因。

黄带拟鲹qRT-PCR内参基因筛选及验证

实时荧光定量PCR(qRT-PCR)是研究基因表达的一种广泛使用且有效的方法,选用黄带拟鲹(Pseudocaranx dentex)合适的内参基因,是qRT-PCR技术获得该物种基因表达可靠结果的关键。本研究首先测定了9个常用内参基因(β-actin、RPL13、EF-1α、GAPDH、HPRT、PPIA、β2M、TUB和PP2A)在黄带拟鲹成鱼组织中的表达丰度;同时,利用BestKeeper、NormFinder、geNorm和RefFinder 4种模型预测了内参基因的表达稳定性,发现其表达稳定性排序为RPL13>EF-1α>PP2A>HPRT>PPIA>TUB>β2M>β-actin>GAPDH。进一步通过定量检测目标基因myod1在不同组织的表达情况,验证上述预测结果的准确性。研究发现,RPL13和EF-1α单独或联合作为黄带拟鲹qRT-PCR内参基因,可显著提高目标基因表达量检测结果的稳定性与可靠性。结果表明,RPL13和EF-1α可作为黄带拟鲹不同组织q RT-PCR分析的内参基因。同时,也证实了并不是管家基因的表达在所有物种中都具有良好的稳定性,需要根据实际情况筛选适宜的内参基因。本研究结果可为后续黄带拟鲹功能基因表达特征的研究提供技术支撑,有望适用于其他鲹科鱼类。

镉胁迫下构树qRT-PCR内参基因筛选及验证

[目的]筛选出镉(Cd)胁迫下构树中稳定表达的内参基因,为后续开展构树耐Cd的分子机理研究奠定基础。[方法]以Cd胁迫下构树的根和叶组织为材料,通过实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测10个候选基因(BpUBE2、BpRPL8、BpActin、BpGAPDH、BpHSP、BpTUA、BpDOUB、Bpβ-TUB、BpHIS、BpNADH)的表达情况,利用geNorm、NormFinder、BestKeeper和RefFinder分析软件对候选内参基因的表达稳定性进行综合评估,并通过逆境胁迫响应基因BpDREB验证筛选出的内参基因的稳定性。[结果]BpDOUB和BpNADH在Cd胁迫下构树中基因表达相对稳定,BpGAPDH表达稳定性最差。以Bp-DREB验证内参稳定性时发现,单独或组合使用BpDOUB及BpNADH为内参基因时,BpDREB基因表达水平显示出相似的趋势,而稳定性较差的BpGAPDH基因未能对BpDREB的表达量进行准确校正。[结论]Bp-DOUB、BpNADH基因以及BpDOUB+BpNADH基因组合均可作为合适的内参基因,提高Cd胁迫下构树相关基因表达分析的可靠性。

利用qRT-PCR技术对PVY重组株系的鉴定

【目的】马铃薯Y病毒(Potato virus Y,PVY)作为制约马铃薯生产的重要病毒之一,株系分化繁杂。近年被科学家研究分离的PVY^(N-Wi)和PVY^(NTN-NW)株系而言,其基因组结构极为相似但致病性差异较大。【方法】本研究利用qRT-PCR方法,方便快捷的检测出马铃薯Y病毒的这2种不同株系,同时并使之可成功且稳定的应用于马铃薯生产中。通过查找Gen Bank已公布的PVY^(N-Wi)和PVY^(NTN-NW)株系的全基因组序列,设计用于qRT-PCR检测,扩增目的片段大小为150 bp左右的特异性引物,应用实时荧光定量PCR技术(qRT-PCR)进行检测。【结果】通过设计的引物对保存的试管苗毒源进行检测,可以成功的精准鉴别出PVY^(N-Wi)和PVY^(NTN-NW)株系;同时对100份田间采集的叶片样品进行检测,成功的检测出100份样品中32份样品,受到PVY^(N-Wi)株系侵染;27份样品,受到PVY^(NTN-NW)株系侵染;同时存在9份样品,可能同时受到PVY^(N-Wi)、PVY^(NTN-NW)株系的侵染。【结论】实时荧光定量PCR技术(qRT-PCR)可适用于马铃薯叶片样品的检测,为株系的快速鉴定提供了可靠的方法,可用于生产中大规模样品的检测,有利于及时采取防控措施,降低损失。

葡萄不同摘心处理下qRT-PCR内参基因的筛选与验证

摘心处理是保证葡萄产量和品质的关键栽培技术之一,选择稳定可靠的内参基因,有利于葡萄摘心响应分子机制相关基因表达的研究。本研究以不同摘心处理的葡萄叶片和茎杆为材料,利用qRT-PCR分析15个候选内参基因Actin、AP-2、Cyclophilin、EF1-α、GAPDH、VAG、SAND、α-Tubulin、β-Tubulin、UBQ-L40、NAD5、ADH2、60SRP、18S rRNA、UBQ等在所供材料中的转录水平,并用RefFinder软件对候选内参基因稳定性进行综合评价。试验结果表明,葡萄叶片为材料的试验体系的最稳定内参基因为SAND和VAG,而葡萄茎杆为材料的试验体系以AP-2和Actin为最稳定的内参基因,且采用双内参基因组合,可以进一步提高试验结果的精确度;通过目的基因VvSS4转录水平数据标准化的验证,所获得的2组内参基因在各自的试验体系中可靠性高,可用于后续相关目的基因定量表达的研究。

黑龙江省某规模化奶牛场牛病毒性腹泻病毒qRT-PCR结合双抗夹心ELISA的检测

为了对黑龙江省规模化奶牛场牛病毒性腹泻/黏膜病进行检疫净化,试验应用qRT-PCR法检测了黑龙江省4个规模化奶牛场(A^D场)奶牛耳组织样品(共1286份,58组),qRT-PCR法检测得到的阳性组样品再用双抗夹心ELISA进行每份样品的检测。阳性牛间隔1个月用RT-PCR方法复检。结果表明:A场牛病毒性腹泻病毒阳性率为0.5%(1/193),B场为0.1%(2/875),C场为1.8%(1/55),D场未检测出牛病毒性腹泻/黏膜病抗原阳性牛(0/163)。间隔1个月,用RT-PCR方法复检,阳性符合率100%。说明qRT-PCR结合双抗夹心ELISA方法适合于规模化奶牛场牛病毒性腹泻/黏膜病的快速、特异性的检疫净化。

内参基因在昆虫qRT-PCR中的研究进展

实时荧光定量PCR(qRT-PCR)具有灵敏度高、特异性强等优点,是昆虫目标基因表达和转录分析最常用的技术手段之一。然而,为了消除样本在RNA产量、质量及逆转录效率上存在的差异,在进行qRT-PCR分析目标基因表达量时必须选择合适的"管家基因"作为内参基因。近年来,大量研究表明不同昆虫和不同试验条件选择的内参基因也不尽相同。因此,选择合适的内参基因是正确判断qRT-PCR结果分析的关键。从内参基因的选择、昆虫内参基因的研究和内参基因稳定性评价等几个方面进行综述,以期为研究者在将来的昆虫试验中选择合适的内参基因提供理论参考依据。

QRT-PCR检测目的基因mRNA转录水平的应用

[目的]详细介绍One Step SYBR Green I实时荧光定量聚合酶链式反应(Real-time Quantitative Reverse Transcription PolymeraseChain Reaction,简称QRT-PCR)在定量检测靶基因mRNA转录水平上的应用。[方法]从样品准备、引物设计、核酸提取、反应体系构建、反应条件确定、标准曲线建立和目的基因定量等方面进行了分析。[结果]决定QRT-PCR反应成功与否的几个关键因素有模板的质量、底物的质量与浓度、引物的质量、酶和Mg2+、反应条件的优化。[结论]为畜牧兽医工作者利用分子生物学技术揭示疫病的发生机制和发病机理提供了技术参考,为基因表达的相对定量研究提供了方法支持。

qRT-PCR检测石蜡包埋组织microRNA的研究进展

实时荧光定量PCR(real-time quantitative PCR,qRTPCR)是一种具有高度敏感性和特异性的核酸定量分析技术,因其具有重复性好、定量准确等优点,已成为核酸检测的重要方法。microRNA是核酸家族中的重要成员,可使用qRT-PCR技术进行检测。由于microRNA具有其特殊性,与mRNA的检测方法不完全一样,仍需进行深入探讨qRT-PCR技术分析组织中microRNA的表达方式。现就该方面的研究进展作一综述。

针对Asia-1型FMDV的qRT-PCR终点法中和试验的建立及初步研究

为了缩短病毒中和试验(VNT)在口蹄疫病毒(FMDV)疫苗毒株选择以及病原检测中的时间,减少结果判断时人为因素的影响,试验采用qRT-PCR方法改进了传统的VNT,首先建立基于FMDV 3D序列的Taqman探针法qRT-PCR,之后使用FMDV Asia-1/JSL/06毒株感染IBRS-2细胞,提取不同时间收集的细胞病毒混合物的RNA进行qRT-PCR定量检测,获得FMDV Asia-1/JSL/06毒株在IBRS-2细胞中的病毒复制曲线,确定病毒复制的终点时间,即病毒中和试验中加入细胞维持液之后的第20小时,此时使用TRIzol裂解细胞并提取RNA进行qRT-PCR定量检测。以6作为拷贝浓度对数的临界值,拷贝浓度对数大于6的最低稀释度作为终点稀释度,建立了qRTPCR-VNT方法的终点稀释度判断标准,并应用该方法对19份阴性血清以及4份阳性血清进行qRT-PCR-VNT检测。结果表明:该方法获得的阴性、阳性结果与传统VNT检测获得的结果完全相符。说明该方法具有快速、有效、重复性好等优点,具有代替传统VNT的潜能。

应用qRT-PCR方法快速定量蓝舌病抗原的研究

在疫苗生产中需要对培养病毒的有效抗原数量进行定量,对其一般采用TCID50测定或噬斑滴定的方法。这些传统方法的缺点是耗时、重复性差异较大。本研究采用q RT-PCR检测蓝舌病病毒含量,并用准确滴定噬斑单位的蓝舌病病毒作为对照,比较待检样品和对照的Ct值,通过线性方程计算待检样品的病毒含量。对7个独立样品的检测结果表明,该方法的准确性和重复性均高于噬斑分析方法,并且可在蓝舌病病毒培养过程中实时检测病毒含量。该方法操作简单、快捷,可在病毒生产过程即时检测病毒含量,在蓝舌病疫苗生产中具有重要意义。

qRT-PCR快速检测汉滩病毒抗体中和活性实验方法的建立

目的:建立一种基于qRT-PCR的微量细胞中和实验改良法,快速、定量检测汉滩病毒感染中的中和抗体活性。方法:将本室前期制备的抗汉滩病毒高中和活性鼠源性单抗3G1、鼠/人嵌合单抗1D9和感染剂量为100 TCID50的病毒混合液于37℃孵育1 h后感染Vero-E6细胞,提取细胞总RNA。根据GenBank数据库中汉滩病毒76-118株S基因序列设计特异性引物,在上述实验基础上以细胞总RNA为检测样品,建立qRT-PCR快速、定量检测汉滩病毒感染中中和抗体活性的实验方法。结果和结论:建立了一种基于qRT-PCR的微量细胞中和实验改良法,可定量测定汉滩病毒感染中的中和抗体活性,该法具有快速、灵敏、特异和重复性好等优点。

水曲柳花发育过程中AG、SOC1基因表达的qRT-PCR分析

以水曲柳(Fraxinus mandshurica Rupr.)不同时期的雌雄花为材料,应用实时荧光定量PCR技术,分析了18S rRNA、GAPDH、β-actin和TU 4个常用内参基因在水曲柳花中的表达情况。经Norm Finder软件分析选择出TU作为内参基因,并对水曲柳中的开花相关基因AG和SOC1在开花不同时期的表达情况进行了分析,结果表明:在水曲柳花发育期间AG、SOC1表达量在雌雄花间存在差异,AG基因在雌花初期表达量最高,之后逐渐降低,到了成熟胚囊时AG表达量又有所增加;而在雄花中AG在减数分裂时最高为1.53。SOC1基因在雌花中的表达量低于雄花。这一研究结果为深入了解水曲柳花发育过程中相关基因的表达提供理论依据。

水稻CIPK基因家族的鉴定及OsCIPK5受稻瘟病菌诱导的qRT-PCR分析

【目的】植物通过启动一系列信号传导过程来应对外部环境,这些过程通常涉及多种蛋白激酶,包括钙调神经磷酸酶B样蛋白互作激酶(calcineurin B-like protein-interacting protein kinases, CIPKs)。为更加清晰全面地了解水稻CIPK基因家族,本研究根据最新的基因组测序数据对水稻基因组中的CIPKs进行了鉴定。【方法】通过探讨拟南芥和水稻中CIPKs蛋白家族的结构特点,结合生物信息学和qRT-PCR技术系统分析水稻中CIPKs家族蛋白的结构。结合转录组数据,比较了粳稻云引受稻瘟病菌诱导后的表达情况。【结果】根据最新的水稻基因组数据,鉴定出31个水稻OsCIPK基因。系统发育树分析结果表明,31个OsCIPK基因可分为5个亚家族,这些亚家族具有不同的外显子-内含子和UTR的结构特点。从广谱抗稻瘟病品种粳稻云引受稻瘟病菌诱导的基因表达谱的趋势聚类中筛选出了OsCIPK5基因并对其进行了表达分析,结果表明,云引中OsCIPK5基因受稻瘟病菌的诱导表达。【结论】内含子缺失和片段重复在水稻OsCIPK基因家族的扩展中起到重要作用,同时OsCIPK5受到稻瘟病菌的诱导表达。