鼠李糖乳杆菌HN001菌株水平快速定量方法的建立及应用

目的应用实时荧光定量聚合酶链式反应(real-time fluorescence quantitative polymerase chain reaction,qPCR),建立鼠李糖乳杆菌HN001菌株水平的快速定量检测方法。方法通过比对鼠李糖乳杆菌HN001的近缘菌株的基因组,筛选出鼠李糖乳杆菌HN001菌株水平的特异基因,以菌株水平的特异基因为靶标设计引物及探针,优化反应体系和条件,建立鼠李糖乳杆菌HN001株水平的qPCR检测方法。对方法的特异性、灵敏度、检出限进行验证,并采用已建立的qPCR方法进行模拟添加样品和实际样品的检测。结果所建立的方法特异性强,与近缘菌株无交叉反应,鼠李糖乳杆菌HN001纯培养液检出限为10^(2)CFU/mL,灵敏度可达到650 copies/μL,可在2 h内完成样品检测。对模拟添加样品以及实际样品检测中qPCR和平板计数法结果的对数值进行显著性分析检验,两种方法的测定值结果均无显著性差异(P>0.05)。结论本研究建立的qPCR检测方法可有效应用于益生菌产品中鼠李糖乳杆菌HN001菌株水平定量检测,具有快速、灵敏、准确的特点。

沙地葡萄茎痘相关病毒在‘阳光玫瑰’葡萄树不同物候期和不同部位的变化规律

【背景】沙地葡萄茎痘相关病毒(grapevine rupestris stem pitting associated virus,GRSPaV)是皱木复合病中最常见的一种病毒,主要通过无性繁殖传播,灵敏的检测技术和培育无病毒植株是预防GRSPaV危害的关键。【目的】建立GRSPaV检测体系,确定适宜样品采集时期及部位,为病毒检测和无病毒材料培育及样品采集提供参考。【方法】建立基于AugeGreen染料法和外壳蛋白(coat protein,CP)基因区域设计引物的RT-qPCR检测方法,对携带GRSPaV的‘阳光玫瑰’葡萄树地上部不同物候期、不同部位的样品进行GRSPaV检出率及基因表达量分析。【结果】以GRS q CP1为引物的GRSPaV RT-qPCR检测方法灵敏度较RT-PCR高10倍。GRSPaV在萌芽期、新梢生长期和花期的检出率均为100%,果实膨大期为91.7%;成熟卷须为94.4%,成龄叶片、成龄叶柄和幼嫩枝条均为100%。检测为阴性的样品均为幼嫩部位。GRSPaV CP基因表达量在花期幼嫩卷须中最高,其次为花期成龄叶片;成龄叶中表达量在果实膨大期至成熟期均为同物候期内表达量最高部位;当年冬芽的萌芽期及二次枝的新梢生长期表达量均较低。【结论】‘阳光玫瑰’葡萄GRSPaV检出率和GRSPaV CP基因表达量随物候期进程表现差异,检出率在萌芽期至花期最高,果实成熟期最低;GRSPaV CP基因表达量在花期最高。综合检出率及表达量因素,花期成龄叶适合作为GRSPaV病毒检测样品;果实膨大期至成熟期当年冬芽及萌发的二次枝适合作为脱除病毒材料。

基于社群发掘构建在线社交网络的高层架构

针对在线社交网络的巨大规模和复杂结构造成的网络分析困难问题,提出建立简明的在线社交网络的高层架构。定义在线社交网络高层架构由社群、链接中心及其它们之间的关联关系组成,提出一种基于社群发掘的在线社交网络高层架构构建方法。通过建立定量属性图来表达在线社交网络,综合利用节点和边的属性进行社群发掘。基于社群发掘结果辨识连接中心,生成社群和连接中心之间的关联关系,从而构建起在线社交网络的高层架构,实现对复杂在线社交网络的高层次的简明表达。将该方法用于建立一个商业电子公告板(BBS)在线社交网络的高层架构,在关联强度和社群尺度分别为0.5和3时可获得良好的社群发掘结果,建立的高层架构与实际情况比较一致。

不同荧光定量PCR对于HBVcccDNA水平的检测差异对比

目的研究对比不同荧光定量聚合酶链反应PCR对于乙型肝炎病毒HBVccc DNA水平的检测差异。方法选择20例从2007—2008年在广州市第八人民医院接受住院治疗的乙肝患者作为研究对象。提取其血清及肝组织进行实验分析,另取2份不含HBV感染的患者血清和肝组织作阴性对照组。将其中经或未经脱氧核糖核酸酶DNase处理的样本分别使用HBVccc DNA跨单缺口PCR和跨双缺口PCR检测。分析Taq Man探针跨单缺口PCR测定HBVccc DNA的结果,对比跨单、双缺口PCR测定结果以及不同荧光定量PCR的测定结果。分析血清和肝组织中HBVDNA与HBVccc DNA病毒载量的关系。结果血清及肝组织经过DNase消化后的有关拷贝数显著低于未消化者。血清和肝组织跨双缺口PCR测定结果较跨单缺口PCR测定结果均显著降低。血清中的HBVDNA及ccc DNA实验结果均显著低于在肝组织中的测定结果,差异均有统计学意义(均P<0.05)。阴性对照组经四种荧光定量PCR检测后均呈阴性。20例E抗原呈阳性的乙肝病人,其机体病毒载量总体趋势为血清HBVDNA的载量较肝组织更低,差异显著。结论 DNase可有效减少HBVccc DNA在检测过程中的假阳性情况,经DNase处理后的跨双缺口PCR检测特异性最高。同时,血清中基本不含ccc DNA。

储罐液位的红外定量辨识

为了提高储罐液位检测的准确性,提出了结合共轭梯度反演算法利用红外检测技术来定量识别储罐液位的方法。针对研究问题,建立了二维导热下的储罐液位识别模型,并利用有限体积法实现了对正问题模型的求解,在此基础上,利用共轭梯度算法实现了对储罐液位的定量识别,利用数字算例分析了初始假设、测温误差和换热系数对识别结果的影响,数字算例的识别结果表明识别方法有很好的准确性和适应性,最后采用实验验证了识别方法的可行性。

再生稻田拟环纹豹蛛与青翅蚁形隐翅甲间的集团内捕食及其影响因素

重要广食性天敌间的集团内捕食(intraguild predation, IGP)水平关乎着农田系统其种群的发生和“绿色防控”策略的成效。本研究以再生稻田主要捕食者拟环纹豹蛛(Pardosa pseudoannulata)和青翅蚁形隐翅甲(Paederus fuscipes)为试验对象,首次建立和优化了实时荧光定量聚合酶链反应(quantitative real-time polymerase chain reaction, qPCR)探针法检测系统,利用该系统分析了再生稻田中这2种天敌间的IGP水平,并在室内条件下剖析了该IGP及其生物和非生物影响因素。结果表明:针对这2种天敌靶基因设计的引物和探针特异性强,建立和优化的qPCR探针法系统对靶基因的扩增重复性好且灵敏度高。通过该系统对再生稻田2种天敌1 527头个体的检测及室内IGP试验发现,这2种天敌间存在着普遍且较强的双向IGP作用,其中,捕食者和猎物角色的转化以及环境温度对该IGP水平的影响均与它们之间相对体型大小(发育阶段)密切相关;集团外猎物和非生物因素及其结合能不同程度地影响IGP水平。这些研究结果丰富了稻田系统捕食者间的IGP理论体系,为深入研究稻田捕食性天敌间IGP奠定了坚实的基础。

乌头、白及配伍存在基于CYP3A1/2的相互作用

目的:阐明基于药物代谢酶的乌头、白及配伍产生相互作用的机制。研究二者合用对主要药物代谢酶CYP1A2、CYP2E1、CYP3A1/2在酶活性、mRNA水平和蛋白质水平的影响。方法:采用高效液相色谱法测定CYP1A2、CYP2E1活性;采用紫外-可见分光光度法测定CYP3A1/2活性;分别采用RT-PCR和WesternBlot方法评价药物对CYP1A2、CYP2E1、CYP3A1、CYP3A2 mRNA及蛋白水平的影响。结果:乌头、白及合用后CYP3A1/2的酶活性明显下降;Western Blot检测显示CYP1A2、CYP3A1、CYP3A2的蛋白质表达水平下降;RT-PCR检测显示CYP1A2、CYP3A1、CYP3A2的mRNA水平均上升。结论:乌头、白及合用后抑制CYP3A1/2的酶活性,乌头、白及配伍存在基于CYP3A1/2的药物相互作用。

PRiME HLB固相萃取/超高效液相色谱-串联质谱法快速检测牛肝中18种促生长剂类药物残留

建立了PRiME HLB固相萃取/超高效液相色谱-串联质谱(UPLC-MS/MS)高通量快速检测牛肝中8种激素、6种β-受体激动剂及4种抗生素类促生长剂药物的方法。分别对色谱分离条件、MS/MS检测参数及样品前处理进行了优化。样品经β-葡萄糖醛苷酶/芳基硫酯酶酶解后,以甲醇和乙腈-甲醇(90∶10,体积比)分步提取后,直接通过PRiME HLB净化,收集流出液氮气吹干后以乙腈-水(3∶7,体积比)复溶,供UPLC-MS/MS检测。结果表明18种化合物在1.0~100.0μg/L范围内线性关系良好,相关系数均大于0.990;方法检出限(LOD)为0.07~0.78μg/kg,定量下限(LOQ)为0.23~2.58μg/kg。在3个加标水平下(0.5、1.0、5.0μg/kg)的回收率为67.5%~102.0%,相对标准偏差(RSD)均小于15%。该方法简单、快速、准确,适用于动物组织中多种促生长剂类药物的同时检测。

慢性乙肝病毒感染患者极低病毒血症的临床特点及关联因素分析

背景部分乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)患者血清中的HBV DNA在常规PCR下检测不到,但使用高度敏感的实时PCR可检出,学术界将这部分患者分为低病毒血症(low-level viremia,LLV)患者与极低病毒血症(very low-level viremia,VLLV)患者。LLV在国内外均有报道,而VLLV目前讨论较少。目的 明确VLLV患者在常规PCR检测阴性的乙肝病毒感染患者中所占的比例,分析VLLV的临床特点及关联因素。方法 选取2020年10月—2021年3月于解放军总医院第五医学中心门诊和住院常规PCR检测HBV DNA阴性(低于检测下限40 IU/mL)的乙肝病毒感染患者,采用高敏HBV DNA技术检测患者血清中的病毒载量,根据检测结果分为VLLV组(5~40 IU/mL)和阴性组(<5 IU/mL),比较两组患者血常规、血生化、乙肝病毒标志物水平和影像学检查结果,同时对VLLV的关联因素进行Logistic回归分析。另外,将VLLV组分为HBV DNA≥20 IU/mL和HBV DNA<20 IU/mL两个亚组,比较两亚组临床资料的差异。结果 共纳入998例常规检测阴性的乙肝病毒感染者,高敏HBV DNA检测阳性(即VLLV) 100例,阳性率10.02%。VLLV组与阴性组在年龄、性别方面的差异均无统计学意义(P>0.05)。VLLV组的HBsAg定量[M(IQR):2 781.00(2 540.00~4 785.00) IU/mL vs604.00(67.51~870.00) IU/mL,P<0.001]、甲胎蛋白[M(IQR):2.68(1.74~3.80) ng/mL vs 2.30(1.66~3.32) ng/mL,P=0.020]、HBeAg阳性率(39.13%vs 23.22%,P=0.001)高于阴性组,差异均有统计学意义。VLLV组的慢性肝损害比例高于阴性组(70.00%vs 59.51%,P=0.042)。VLLV与疾病阶段、用药情况、HBsAg定量、AST、ALT等有关(P<0.05)。其中,HBsAg定量(OR=7.684,95%CI:3.289~17.950)与VLLV独立关联。VLLV亚组分析显示,不同病毒载量组间的疾病阶段、用药情况、用药时长、HBsAg定量、AST、ALT等无统计学差异(P>0.05)。结论 高HBsAg定量患者发生VLLV的概率较高,在临床工作中应对此类患者加强监测。

HBsAg阳性人群家庭成员中抗-HBs水平观察与研究

目的:通过对HBsAg阳性人群家庭成员中大于15岁HBsAg阴性成员进行抗-HBs水平的定量检测,了解其免疫前后抗-HBs水平的变化,为慢性HBV感染者人群密切接触者免疫预防与控制和成人乙肝疫苗免疫策略提供重要的科学依据。方法:采用微粒子酶免疫分析技术(MEIA)[1]。结果:2010年对我市的两个自然村HBsAg阳性人群家庭成员中大于15岁HBsAg阴性成员共30人进行了抗-HBs水平的定量检测,其中免疫前<10 mIU/ml 8人,占26.7%;10 mIU/ml～50 mIU/ml 9人,占30.0%;50 mIU/ml～100 mIU/ml 7人,占23.3%;>100 mIU/ml 6人,占20.0%;平均GMT为112.48 mIU/ml;免疫后<10 mIU/ml 1人,占3.3%;>100 mIU/ml 29人,占96.7%;平均GMT为712.51 mIU/ml。结论:经过乙肝疫苗的接种后,抗-HBs水平都呈明显的上升,因而HBsAg阳性人群家庭成员可通过接种乙肝疫苗来预防与控制HBsAg阳性人群通过水平或性传播等方式造成家庭成员的HBV的感染。