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百香果(Passiflora edulis)R2R3-MYB基因家族的结构和功能分析 被引量:1
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作者 张丹 郑平 +8 位作者 邓彪 柴改凤 安昌 邓考 张文斌 陆宇明 卢翔宇 王小媚 秦源 《果树学报》 CSCD 北大核心 2024年第1期12-29,共18页
【目的】探究R2R3-MYB转录因子在代谢、发育等多种生物学过程中发挥的调控作用。对百香果R2R3-MYB基因家族进行表达分析并探究其在花果发育过程中的调控机制,对深入研究R2R3-MYB转录因子在百香果中的生物学作用中具有重要意义。【方法... 【目的】探究R2R3-MYB转录因子在代谢、发育等多种生物学过程中发挥的调控作用。对百香果R2R3-MYB基因家族进行表达分析并探究其在花果发育过程中的调控机制,对深入研究R2R3-MYB转录因子在百香果中的生物学作用中具有重要意义。【方法】基于百香果全基因组数据,通过HMM搜索对R2R3-MYB家族成员进行筛选鉴定,并利用实时荧光定量PCR分析其在百香果花不同组织中的表达模式。【结果】从百香果基因组中鉴定出99个R2R3-MYB基因,根据系统进化分析将其分为36个亚组。99个R2R3-PeMYB基因随机分布在9条百香果染色体上。基序和基因结构分析表明,R2R3-PeMYB在同一亚组中具有相对保守的结构特征。共线性分析表明,片段复制事件促进了百香果R2R3-MYB家族的扩张。基于转录组数据和qRT-PCR分析,发现R2R3-PeMYB基因在百香果花的不同组织的不同发育阶段中表现出差异的表达模式,说明R2R3-PeMYB基因在花不同组织和果实的发育过程中发挥重要作用,尤其是PeMYB62和PeMYB63在百香果果皮转色期的高表达,说明其可能参与百香果花青素的合成。同时8个R2R3-PeMYB基因在非生物胁迫(冷、热、盐和渗透压)下也表现出不同的反应,说明R2R3-PeMYB基因还受到非生物胁迫的诱导。【结论】鉴定了99个R2R3-PeMYB基因家族成员,发现其在百香果花果发育和胁迫诱导方面发挥重要作用,为今后研究百香果R2R3-MYB基因在花果发育中的功能和进化提供了有价值的线索。 展开更多
关键词 百香果 r2r3-myb转录因子 系统发育分析 花果发育
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铁十字秋海棠R2R3-MYB基因家族的鉴定及表达分析
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作者 刘雅芝 邓惠敏 +2 位作者 彭嘉慧 余义勋 刘娟旭 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第9期2665-2678,共14页
【目的】对铁十字秋海棠(Begonia masoniana)R2R3-MYB基因家族进行鉴定分析,并检测R2R3-MYB基因家族成员在铁十字秋海棠叶片不同生长发育时期中叶斑区和非叶斑区的表达模式,为铁十字秋海棠叶斑分子调控机制和叶色改良及新品种培育提供... 【目的】对铁十字秋海棠(Begonia masoniana)R2R3-MYB基因家族进行鉴定分析,并检测R2R3-MYB基因家族成员在铁十字秋海棠叶片不同生长发育时期中叶斑区和非叶斑区的表达模式,为铁十字秋海棠叶斑分子调控机制和叶色改良及新品种培育提供理论参考。【方法】以铁十字秋海棠3个关键生长发育时期的叶片为试验材料,参考拟南芥R2R3-MYB家族蛋白序列,利用生物信息学方法从铁十字秋海棠基因组数据库中鉴定出R2R3-MYB基因家族成员,并对其理化性质、染色体定位、系统发育、基因结构、保守基序及启动子顺式作用元件等进行预测分析,并通过实时荧光定量PCR检测7个BmaMYBs基因在铁十字秋海棠3个生长发育期中叶斑区和非叶斑区的表达模式。【结果】从铁十字秋海棠基因组中鉴定出110个R2R3-MYB基因家族成员,该基因家族成员的氨基酸数量为128~870个,分子量为14660.85~97435.93 Da,理论等电点(pI)为4.92~10.10,成员之间差异较大,大部分为不稳定的疏水性蛋白,均定位在细胞核。110个R2R3-MYB家族基因在15条染色体上均有分布,部分基因在同一染色体上集中分布,形成基因簇;BmaMYBs含有0~10个内含子;约94%的成员含有Motif1、Motif2和Motif3基序;R2R3-MYB基因家族成员启动子均含有大量光响应元件;BmaMYB10、BmaMYB18、BmaMYB38、BmaMYB53、BmaMYB97、BmaMYB99和BmaMYB109基因在叶片发育过程中叶斑区与非叶斑区均有表达,叶斑区BmaMYB53基因的相对表达量较非叶斑区高达19.41~131.99倍。【结论】在铁十字秋海棠基因组中鉴定出110个R2R3-MYB基因家族成员,叶斑区与非叶斑区BmaMYB53基因的相对表达量差异最大,推测该基因是调控铁十字秋海棠叶斑形成的关键基因。 展开更多
关键词 铁十字秋海棠 r2r3-myb基因家族 花青苷 叶斑
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黄瓜R2R3-MYB亚家族鉴定及生物信息学分析
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作者 郭玉婷 杜长霞 《浙江农林大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期286-296,共11页
【目的】深入研究黄瓜Cucumis sativus R2R3-MYB亚家族成员的相关功能。【方法】利用生物信息学手段分析黄瓜全基因组,鉴定R2R3-MYB亚家族成员,对其系统进化关系、蛋白理化性质、染色体定位、基因结构、保守基序、顺式作用元件、蛋白质... 【目的】深入研究黄瓜Cucumis sativus R2R3-MYB亚家族成员的相关功能。【方法】利用生物信息学手段分析黄瓜全基因组,鉴定R2R3-MYB亚家族成员,对其系统进化关系、蛋白理化性质、染色体定位、基因结构、保守基序、顺式作用元件、蛋白质互作进行分析。【结果】黄瓜全基因组中含99个具有典型结构域的R2R3-MYB转录因子,蛋白序列含195~552个氨基酸,有保守基序及氨基酸位点;基因在染色体上分布不均匀;大部分亚家族成员蛋白质的不稳定指数大于40,属于不稳定蛋白。顺式作用调控元件分析发现:大部分基因启动子区所含元件与激素调节、MYB结合位点、胁迫密切相关。【结论】通过黄瓜全基因组鉴定,获得黄瓜基因组99个R2R3-MYB家族成员,分为30个亚组,映射于7条染色体上,该家族成员的上游启动子区含逆境相关作用元件。 展开更多
关键词 黄瓜 r2r3-myb 转录因子 全基因组鉴定
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基于百脉根两代基因组的LjR2R3-MYB家族比较鉴定
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作者 罗雪 黄友闻 +2 位作者 王一凡 杨仕梅 宋莉 《贵州农业科学》 CAS 2024年第3期109-120,共12页
【目的】探明LjR2R3-MYB转录因子家族的结构和功能,为二代测序与三代测序的差异研究、百脉根转录因子发掘鉴定及LjR2R3-MYBs的调控功能鉴定提供参考。【方法】对二代测序(SGS)与三代测序(TGS)2个版本百脉根全基因组数据的LjR2R3-MYB转... 【目的】探明LjR2R3-MYB转录因子家族的结构和功能,为二代测序与三代测序的差异研究、百脉根转录因子发掘鉴定及LjR2R3-MYBs的调控功能鉴定提供参考。【方法】对二代测序(SGS)与三代测序(TGS)2个版本百脉根全基因组数据的LjR2R3-MYB转录因子进行鉴定分析,研究其成员组成、进化特征、基因结构、蛋白性质、空间结构、染色体定位、顺式作用元件等。【结果】在SGS和TGS版本中,LjR2R3-MYB家族分别有96个和135个成员,TGS的基因序列比SGS多3条保守基序;家族成员均属于14个亚族,TGS获得的独有序列比SGS多39条;SGS中有86条基因含有UTR,TGS中有78条,二者的LjR2R3-MYB成员motif类型存在差异;所有LjR2R3-MYB基因编码蛋白均为亲水性蛋白,不含信号肽,定位于细胞核,二级结构组成基本一致;SGS的0号染色体上分布有25条R2R3-MYB基因,TGS含有6条染色体且无0号染色体;LjR2R3-MYB基因启动子含有逆境胁迫、防御、激素以及生长发育响应等顺式作用元件。【结论】同SGS相比较,从TGS数据中获得的基因信息量更完整丰富,百脉根TGS组装质量高于SGS。 展开更多
关键词 百脉根 Ljr2r3-myb转录因子 基因特征 功能预测 二代测序 三代测序
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利用CRISPR/Cas9构建敲除小鼠模型研究PPP2R3A基因对心脏功能的影响
5
作者 李洁 崔晓花 +2 位作者 梁媛 李小凤 宋贵波 《中国老年学杂志》 CAS 北大核心 2024年第7期1657-1661,共5页
目的 应用CRISPR/Cas9技术构建蛋白磷酸2调节亚基B″家族α亚型(PPP2R3A)基因敲除小鼠,从分子水平及组织水平上研究PPP2R3A缺失对心脏的影响。方法 将Cas9 mRNA和两个靶向PPP2R3A第3外显子翻译起始密码子附近区域的单导向RNA微注射到C57... 目的 应用CRISPR/Cas9技术构建蛋白磷酸2调节亚基B″家族α亚型(PPP2R3A)基因敲除小鼠,从分子水平及组织水平上研究PPP2R3A缺失对心脏的影响。方法 将Cas9 mRNA和两个靶向PPP2R3A第3外显子翻译起始密码子附近区域的单导向RNA微注射到C57BL/6小鼠受精卵中。小鼠出生后取其基因组DNA进行聚合酶链反应(PCR)和测序以鉴定基因型,鉴定后,基因PPP2R3A缺失型小鼠为KO组,野生型C57BL/6小鼠为WT组(雄性3只,雌性2只)。小鼠心脏组织经甲醛固定并制成切片后分别进行苏木素-伊红(HE)染色和免疫组织化学染色。提取小鼠心脏组织总RNA和蛋白,应用荧光定量PCR和Western印迹验证基因敲除小鼠的有效性和检测互作蛋白表达。结果 获得F1代PPP2R3A杂合小鼠,PCR和测序结果表明突变小鼠的基因型存在113 bp的缺失突变。与WT组相比,KO组心脏组织中PPP2R3A mRNA和蛋白表达量明显下降(均P<0.05),参与心脏发育的G蛋白信号转导调控因子(RGS)19表达量明显升高(P<0.05)。PPP2R3A蛋白表达受损引起了心脏组织病理学变化。结论 PPP2R3A在体内可能通过与RGS19蛋白互作来参与心脏的发育并对心脏功能产生影响。 展开更多
关键词 CrISPr/Cas9 蛋白磷酸2调节亚基B″家族α亚型(PPP2r3A) G蛋白信号转导调控因子(rGS)19 基因敲除小鼠
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雷公藤多苷对IgA肾病大鼠肾脏保护及肾组织CB2R/NOX4/NLRP3表达的影响
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作者 陈晨晨 宋珂 +3 位作者 丁樱 赵文景 张守琳 宋纯东 《中国药理学通报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第11期2037-2041,共5页
目的探究雷公藤多苷对IgA肾病(IgA nephropathy,IgAN)大鼠肾脏保护及肾组织大麻素受体2(cannabinoids 2 receptor,CB2R)/NADPH氧化酶4(NADPH oxidase 4,NOX4)/核苷酸结合寡聚化结构域蛋白样受体蛋白3(NOD-like receptor protein3,NLRP3... 目的探究雷公藤多苷对IgA肾病(IgA nephropathy,IgAN)大鼠肾脏保护及肾组织大麻素受体2(cannabinoids 2 receptor,CB2R)/NADPH氧化酶4(NADPH oxidase 4,NOX4)/核苷酸结合寡聚化结构域蛋白样受体蛋白3(NOD-like receptor protein3,NLRP3)表达的影响。方法“BSA+CCl 4+LPS”联合法复制IgAN大鼠模型,予雷公藤多苷干预。全自动生化分析仪检测24 h尿蛋白定量(24h-UTP)、尿红细胞计数(URBC)、血清白蛋白(ALB)、谷丙转氨酶(ALT)、血肌酐(Scr)、血尿素氮(BUN),光镜观察肾组织病理变化,免疫荧光观察系膜区IgA沉积情况;Western blot法检测肾脏组织中CB2R、NOX4、NLRP3的蛋白表达。结果与模型组相比,雷公藤多苷组大鼠肾脏病理损伤明显减轻,IgA电子致密物沉积减少;ALB水平升高,24h-UTP、URBC、ALT、Scr和BUN水平均降低;肾组织CB2R蛋白表达上升、NOX4、NLRP3蛋白表达降低。结论雷公藤多苷能有效改善IgAN大鼠肾脏损伤,其机制可能与调控CB2R/NOX4/NLRP3信号通路有关。 展开更多
关键词 IGA肾病 雷公藤多苷 CB2r/NOX4/NLrP3 内源性大麻素系统 氧化应激 炎症反应
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IP3R2及RYR2介导Ca^(2+)信号在急性一氧化碳中毒迟发性脑病小鼠模型中的表达
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作者 赵吉利 孟天予 +5 位作者 岳雅蓉 张鑫 杜文倩 张鑫宇 薛慧 项文平 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2025年第2期254-261,共8页
背景:研究发现星形胶质细胞中Ca^(2+)的表达与认知功能密切相关,目前由1,4,5-三磷酸肌醇受体(Inositol 1,4,5-trisphosphate receptors,IP3Rs)2、兰尼碱受体(ryanodine receptors,RYRs)2受体及其调控的Ca^(2+)信号通路已经成为认知障碍... 背景:研究发现星形胶质细胞中Ca^(2+)的表达与认知功能密切相关,目前由1,4,5-三磷酸肌醇受体(Inositol 1,4,5-trisphosphate receptors,IP3Rs)2、兰尼碱受体(ryanodine receptors,RYRs)2受体及其调控的Ca^(2+)信号通路已经成为认知障碍相关疾病研究的热点。目的:研究急性一氧化碳中毒迟发性脑病动物模型中,海马组织内星形胶质细胞和IP3R2、RYR2介导的Ca^(2+)信号的表达情况,探索急性一氧化碳中毒迟发性脑病可能的发病机制。方法:Morris水迷宫实验筛选认知功能合格的C57BL小鼠随机分为对照组、实验组,实验组小鼠采用静态吸入一氧化碳建立急性一氧化碳中毒迟发性脑病模型,对照组小鼠吸入等量空气。造模后第21天,利用Morris水迷宫、苏木精-伊红染色、Western blot、免疫荧光双标法、Ca^(2+)荧光探针检测中毒小鼠行为学及神经元改变、星形胶质细胞特异性标记物胶质纤维酸性蛋白及IP3R2、RYR2受体、星形胶质细胞内Ca^(2+)浓度变化。结果与结论:①Morris水迷宫实验发现与对照组相比,实验组小鼠逃避潜伏期明显延长(P<0.05);②苏木精-伊红染色表明实验组小鼠海马锥体细胞数减少、细胞结构紊乱、细胞核碎裂伴溶解;③免疫荧光检测表明海马区IP3R2、RYR2分别和胶质纤维酸性蛋白存在共表达,且实验组海马区IP3R2、RYR2和胶质纤维酸性蛋白表达均上调(P<0.05);④Western blot检测显示实验组海马区IP3R2、RYR2及胶质纤维酸性蛋白的蛋白表达均增多(P<0.05);⑤Ca^(2+)荧光探针法检测表明实验组小鼠海马区星形胶质细胞内Ca^(2+)浓度明显升高(P<0.05);⑥结果说明,星形胶质细胞可能通过介导IP3R2、RYR2受体影响Ca^(2+)信号,进而使一氧化碳中毒的小鼠认知功能受损,最终导致急性一氧化碳中毒迟发性脑病发生。 展开更多
关键词 急性一氧化碳中毒迟发性脑病 星形胶质细胞 IP3r2受体 rYr2受体 钙信号 认知功能
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IP3R2基因敲除小鼠的繁育及基因型鉴定
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作者 岳雅蓉 项文平 +4 位作者 薛慧 赵吉利 王云霞 郐苗 杨琦 《吉林医学》 CAS 2024年第10期2319-2323,共5页
目的:繁殖并鉴定IP3R2基因敲除小鼠,为后续实验提供样本支持,同时验证PCR法对基因鉴定的适用性。方法:购买IP3R2杂合子小鼠15只,以1雄2雌的合笼方式进行繁殖。繁殖出的子代小鼠生长至6周时,剪子代鼠尾做基因提取及PCR扩增,琼脂糖凝胶电... 目的:繁殖并鉴定IP3R2基因敲除小鼠,为后续实验提供样本支持,同时验证PCR法对基因鉴定的适用性。方法:购买IP3R2杂合子小鼠15只,以1雄2雌的合笼方式进行繁殖。繁殖出的子代小鼠生长至6周时,剪子代鼠尾做基因提取及PCR扩增,琼脂糖凝胶电泳结果判定。取鉴定结果为IP3R2基因敲除纯合子小鼠和野生型小鼠脑组织进行Western印迹及免疫荧光双标法,验证脑组织中IP3R2蛋白的表达情况。结果:可成功繁育IP3R2基因敲除小鼠,子代小鼠中,IP3R2纯合率为23.3%。PCR扩增可成功鉴定子代小鼠的基因型。与野生小鼠比较,IP3R2基因敲除小鼠脑组织中IP3R2表达量显著降低,差异有统计学意义(P<0.05)。结论:该实验可成功繁殖并鉴定出IP3R2基因敲除小鼠,为后续实验提供大量样本,PCR技术可快速、准确地鉴定IP3R2基因型,为后续实验提供技术支持。 展开更多
关键词 IP3r2 ITPr2 PCr 基因敲除 鉴定
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HBV相关肝细胞癌患者PPP2R3A基因的表达与预后相关性分析
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作者 田昳程 唐祖雄 +2 位作者 汝干 王奇 翟春涛 《肝脏》 2024年第8期956-959,共4页
目的探讨蛋白磷酸酶2A调节亚基B″α(PPP2R3A)基因在HBV相关肝细胞癌患者中的表达水平以及与预后的关系。方法利用免疫组织化学方法检测PPP2R3A蛋白在82例乙肝相关性肝癌和21例良性肝病组织中的表达,采用RT-PCR方法检测mRNA水平。结果PP... 目的探讨蛋白磷酸酶2A调节亚基B″α(PPP2R3A)基因在HBV相关肝细胞癌患者中的表达水平以及与预后的关系。方法利用免疫组织化学方法检测PPP2R3A蛋白在82例乙肝相关性肝癌和21例良性肝病组织中的表达,采用RT-PCR方法检测mRNA水平。结果PPP2R3A在肝癌组织中的表达水平(95.12%)明显高于癌旁组织(43.9%)(P<0.05)。PPP2R3A蛋白的表达强度与肝癌患者的AFP值相关,具有统计学差异(P<0.05)。RT-PCR检测结果显示,肝癌组织中PPP2R3A mRNA中位表达水平为0.183(0.008~0.667),明显高于癌旁组织的0.098(0.004~0.583)(Z=6.839,P<0.05)。通过分析随访肝癌患者的生存期资料,结果发现PPP2R3A高表达组患者的总生存期(OS)的中位生存期为46.6个月,与低表达组的82.9个月比较差异有统计学意义(P<0.05)。PPP2R3A高表达组患者的RFS的中位生存期为18.3个月,低于低表达组的42.6个月(P<0.05)。PPP2R3A高表达组患者的PFS的中位生存期为15.9个月,低于低表达组的34.4个月(P<0.05)。PPP2R3A高表达组患者的DSS的中位生存期为70.5个月,低于低表达组的84.7个月(P<0.05)。结论PPP2R3A蛋白在HBV相关肝细胞癌组织及血清中呈高表达,且与肝癌的临床病理特征有相关性,PPP2R3A的高表达可能与肝癌的不良预后有关。 展开更多
关键词 PPP2r3A HBV相关肝细胞癌 生存期 肿瘤预后
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人参皂苷Rc调节P2X7r-NLRP3信号通路改善酒精性肝病作用机制
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作者 张金金 冯亓垣 +1 位作者 孙海明 宋健 《北华大学学报(自然科学版)》 CAS 2024年第6期744-748,共5页
目的探讨人参皂苷Rc(Ginsenoside Rc,简称Rc)对酒精性肝病的保护作用及其作用机制。方法采用50 mmol/L乙醇(EtOH)刺激小鼠肝细胞(AML-12)12 h后,采用不同浓度Rc处理24 h。Western blot方法检测AML-12细胞中P2X7r、NLRP3和IL-23蛋白表达... 目的探讨人参皂苷Rc(Ginsenoside Rc,简称Rc)对酒精性肝病的保护作用及其作用机制。方法采用50 mmol/L乙醇(EtOH)刺激小鼠肝细胞(AML-12)12 h后,采用不同浓度Rc处理24 h。Western blot方法检测AML-12细胞中P2X7r、NLRP3和IL-23蛋白表达情况;RT-qPCR测定AML-12细胞中SREBP1、Lipin-1、P2X7r、NLRP3的mRNA表达情况;通过ELISA法分析肝细胞上清液中IL-1β和IL-18水平。结果与对照组比较,EtOH能够诱导AML-12细胞脂质变性和炎症因子释放,Rc能够有效下调P2X7r、NLRP3和IL-23的蛋白或mRNA表达,抑制EtOH诱导AML-12细胞中SREBP1和Lipin-1的mRNA表达,抑制EtOH诱导AML-12细胞中IL-1β和IL-18向胞外释放(均P<0.001)。结论Rc能够抑制酒精性肝病进程,作用机制可能与抑制P2X7r-NLRP3信号通路有关。 展开更多
关键词 人参皂苷rc 酒精性肝病 炎症反应 P2X7r NLrP3
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PPP2R3A表达与乙型肝炎相关肝癌易感性及患者预后的关系
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作者 李艳婷 杨志 《国际消化病杂志》 CAS 2024年第2期126-132,共7页
目的探讨PPP2R3A表达水平与乙型肝炎相关性肝癌易感性及患者预后的关系。方法选择2020年1月至2021年6月秦皇岛市第三医院收治的60例慢性乙型肝炎肝硬化患者(肝硬化组)和120例慢性乙型肝炎肝硬化癌变患者(肝癌组)作为研究对象。采用免疫... 目的探讨PPP2R3A表达水平与乙型肝炎相关性肝癌易感性及患者预后的关系。方法选择2020年1月至2021年6月秦皇岛市第三医院收治的60例慢性乙型肝炎肝硬化患者(肝硬化组)和120例慢性乙型肝炎肝硬化癌变患者(肝癌组)作为研究对象。采用免疫组织化学染色法和ELISA法检测2组的病变肝组织和血清中PPP2R3A表达水平,分析肝癌组的血清PPP2R3A表达水平与患者临床病理特征的关系,以及肝癌组的病变肝组织中PPP2R3A表达与患者预后的关系。结果肝癌组病变肝组织中PPP2R3A高表达率显著高于肝硬化组(64.2%%比23.3%,P<0.05)。肝癌组的血清PPP2R3A表达水平显著高于肝硬化组[(14.05±4.68)ng/mL比(11.36±2.99)ng/mL,t=3.669,P<0.001]。肝癌组患者中,T2~T3期、血清DCP≥2000 ng/mL、AFP-L3%阳性和HBV-DNA表达阳性的患者的血清PPP2R3A表达水平分别较T1期、血清DCP<2000 ng/mL、AFP-L3%阴性和HBV-DNA表达阴性的患者显著升高(P均<0.05)。病变肝组织中PPP2R3A高表达组的1年总生存率显著低于低表达组(χ^(2)=4.546,P=0.033)。二分类Logistic回归分析结果显示,肝癌患者病变肝组织中PPP2R3A高表达、T2~T3期、AFP-L3%阳性及血清DCP水平升高均为患者预后的独立危险因素(P均<0.05)。结论PPP2R3A在肝癌患者血清和病变肝组织中均呈高表达,且与不良预后相关,是肝癌患者生存的独立危险因素,也是肝癌患者早期诊断和预后预测的潜在指标。 展开更多
关键词 PPP2r3A 肝癌 甲胎蛋白异质体 异常凝血酶原 HBV-DNA
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紫花苜蓿R2R3-MYB亚家族鉴定与干旱胁迫下的表达分析 被引量:9
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作者 任明辉 张雨蓬 +2 位作者 许涛 朱慧森 岑慧芳 《草地学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期972-983,共12页
MYB(v-myb avian myeloblastosis viral oncogene homolog)家族是最大的转录因子家族之一,R2R3-MYB亚家族在植物胁迫响应、次级代谢、生长和发育等过程发挥重要作用。本研究利用紫花苜蓿(Medicago sativa‘Zhongmu No.1’)基因组和转录... MYB(v-myb avian myeloblastosis viral oncogene homolog)家族是最大的转录因子家族之一,R2R3-MYB亚家族在植物胁迫响应、次级代谢、生长和发育等过程发挥重要作用。本研究利用紫花苜蓿(Medicago sativa‘Zhongmu No.1’)基因组和转录组数据,通过生物信息学方法鉴定了R2R3-MYB转录因子,并对其序列特征、系统进化、染色体分布、基因结构、顺式作用元件及干旱胁迫下的表达模式进行分析。结果显示,紫花苜蓿中有121个R2R3-MYB亚家族成员,各成员均具有两个典型的MYB结构域,理化性质变化较大。系统进化分析将121个成员分为33个组,各成员无规律地定位在8条染色体上。基因结构和顺式作用元件分析发现,同一分组具有相同或相似的外显子数和顺式作用元件。响应干旱胁迫表达模式分析和实时荧光定量PCR(qRT-PCR)结果表明干旱胁迫下MsMYB12,MsMYB45,MsMYB52,MsMYB73,MsMYB88,MsMYB124,MsMYB149,MsMYB189,MsMYB268基因的表达量显著上调,可作为后期紫花苜蓿响应干旱胁迫机制研究的潜在靶点。 展开更多
关键词 紫花苜蓿 r2r3-myb 生物信息学分析 干旱胁迫 表达模式
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R2R3型MYB转录因子调控植物胁迫应答的研究进展
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作者 关范圆 郑语嫣 +3 位作者 米芯雨 范菁 王宝纬 王晓晖 《植物医学》 2024年第3期1-9,共9页
MYB转录因子(TF)是植物中最大的转录家族之一,广泛参与植物生命过程. R2R3-MYB转录因子作为MYB TF家族最大的亚家族,在植物响应生物和非生物胁迫过程中发挥着重要作用.本文简要综述了MYB转录因子的分类,并具体论述了R2R3型MYB转录因子... MYB转录因子(TF)是植物中最大的转录家族之一,广泛参与植物生命过程. R2R3-MYB转录因子作为MYB TF家族最大的亚家族,在植物响应生物和非生物胁迫过程中发挥着重要作用.本文简要综述了MYB转录因子的分类,并具体论述了R2R3型MYB转录因子在调控植物应答病害、虫害等生物胁迫和干旱、低温、盐等非生物胁迫中的作用机制. 展开更多
关键词 r2r3型MYB转录因子 生物胁迫 非生物胁迫
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腹部推拿对UC模型大鼠背根神经节PLC/IP3R/Ca2+信号通路及AKT、p-AKT蛋白表达的影响
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作者 江煜 方佳钰 +2 位作者 陈水金 林志刚 陈进城 《中医康复》 2024年第6期31-34,39,共5页
目的:观察腹部推拿干预溃疡性结肠炎(UC)模型大鼠后,对大鼠背根神经节PLC/IP3R/Ca^(2+)信号通路及AKT、p-AKT蛋白表达的影响,从而探讨腹部推拿对溃疡性结肠炎内脏高敏感的作用机制。方法:将36只SPF级大鼠分成空白组、模型组、推拿组、... 目的:观察腹部推拿干预溃疡性结肠炎(UC)模型大鼠后,对大鼠背根神经节PLC/IP3R/Ca^(2+)信号通路及AKT、p-AKT蛋白表达的影响,从而探讨腹部推拿对溃疡性结肠炎内脏高敏感的作用机制。方法:将36只SPF级大鼠分成空白组、模型组、推拿组、美沙拉嗪组4组,除空白组自由饮用蒸馏水外,其余各组采用自由饮5%葡聚糖硫酸钠溶液(DSS)的方法制备大鼠UC模型。造模第2日起推拿组采用腹部推拿进行干预,美沙拉嗪组进行美沙拉嗪溶液进行灌胃,空白组、模型组仅俯卧位束缚固定于固定器中。干预15日后,采用邻-甲酚酞络合铜比色法检测背根神经节(DRG)细胞钙离子浓度;ELISA法检测DRG组织中磷脂酶C(PLC)、肌醇1,4,5-三磷酸(IP3)、肌醇1,4,5-三磷酸受体(IP3R)的表达,WesternBlot检测DRG组织中蛋白激酶B(AKT)、磷酸化蛋白激酶B(p-AKT)蛋白表达。结果:与模型组比较,推拿组大鼠DRG细胞Ca^(2+)浓度和DRG组织中IP3、IP3R含量呈降低趋势,其中DRG细胞Ca^(2+)浓度有显著差异(P<0.01),其他指标的组间差异无统计学意义(P>0.05);推拿组DRG组织中PLC含量及AKT、p-AKT蛋白表达呈增加趋势,但差异无统计学意义(P>0.05)。结论:腹部推拿抑制UC内脏高敏感性,其作用机制可能与抑制PLC-IP3R-Ca^(2+)信号通路和促进UC大鼠背根神经节AKT激活有关。 展开更多
关键词 腹部推拿 溃疡性结肠炎 背根神经节 内脏高敏感 PLC/IP3r/Ca2+ AKT P-AKT
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云南栘[木衣]R2R3-MYB转录因子鉴定与表达分析 被引量:4
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作者 田金红 亚华金 +2 位作者 王玉昌 杨利华 王大玮 《中南林业科技大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期144-155,共12页
【目的】R2R3-MYB转录因子是植物中重要的一类转录因子,在调节色素积累方面发挥着重要作用。云南栘[木衣]存在显著的果皮颜色变异,通过分析R2R3-MYB转录因子在3种变异类型果皮的表达模式,旨在筛选可能参与果皮着色的候选基因。【方法】... 【目的】R2R3-MYB转录因子是植物中重要的一类转录因子,在调节色素积累方面发挥着重要作用。云南栘[木衣]存在显著的果皮颜色变异,通过分析R2R3-MYB转录因子在3种变异类型果皮的表达模式,旨在筛选可能参与果皮着色的候选基因。【方法】以3种变异类型果皮为材料,基于其转录组数据对R2R3-MYB转录因子进行鉴定,并对其理化性质、系统发育、保守结构域、保守基序和表达模式进行分析。【结果】共鉴定出99个R2R3-MYB转录因子,以不稳定亲水蛋白为主,其氨基酸长度在86~881 aa之间,相对分子质量在10.21~99.63 kDa之间,等电点在5.01~11.44之间;系统发育分析显示,4个云南栘[木衣]R2R3-MYBs和苹果MdMYB10共同聚在S6亚组,说明可能参与调控植物花青素的生物合成;每位成员均含有2个R结构域,每个R结构域在进化过程中都呈现出高度的保守性;保守基序分析结果显示,motif 1~motif 4在大多数成员的N端分布,与R2、R3结构域分布特点相似;表达模式分析表明,48个差异表达的DdR2R3-MYB基因存在5种表达模式,表明DdR2R3-MYB转录因子功能具有一定的多样性。RT-qPCR分析表明,DdR2R3-MYB2/16/18在红色果皮中上调表达显著,DdR2R3-MYB47/48在黄色果皮中上调表达显著。【结论】基于系统发育及表达模式分析结果,共筛选出3个可能调控花青素生物合成和2个可能调控类胡萝卜素生物合成的候选基因,为云南栘[木衣]果皮着色相关基因的挖掘奠定理论基础。 展开更多
关键词 云南栘[木衣] 花青素 类胡萝卜素 转录组 r2r3-myb转录因子 生物信息学 表达模式
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假俭草R2R3-MYB基因家族的鉴定及其在干旱胁迫下的表达模式分析 被引量:2
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作者 蒋宇佳 于元平 +4 位作者 孙向一 周敏 吴春妍 李玉华 刘明稀 《草地学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第9期2628-2641,共14页
R2R3-MYB家族是植物中最大的转录因子家族之一,广泛参与各种生理响应和分子调控。本研究利用假俭草(Eremochloa ophiuroides(Munro.))基因组数据和生物信息学手段鉴定了R2R3-MYB转录因子,并对系统进化、结构、顺式作用元件等进行分析;... R2R3-MYB家族是植物中最大的转录因子家族之一,广泛参与各种生理响应和分子调控。本研究利用假俭草(Eremochloa ophiuroides(Munro.))基因组数据和生物信息学手段鉴定了R2R3-MYB转录因子,并对系统进化、结构、顺式作用元件等进行分析;同时对R2R3-MYB转录因子响应干旱胁迫的表达模式进行分析。结果显示,假俭草中有113个R2R3-MYB成员;蛋白二级结构和三级结构都表明R2R3-MYBs蛋白都含有螺旋-转角-螺旋结构;顺式作用元件分析发现启动子区含有大量植物激素响应和胁迫响应元件,为R2R3-MYB基因进化分析提供了依据。基因表达模式分析表明,与野生型相比,抗旱突变体叶中有39个基因、根中有58个基因在一个或多个干旱时期表达量提高,推测这些R2R3-MYB基因在响应干旱胁迫过程中发挥着重要作用。本研究结果为进一步深入研究假俭草R2R3-MYB基因家族的功能奠定了基础。 展开更多
关键词 假俭草 r2r3-myb基因家族 生物信息学 干旱胁迫 表达模式
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The roles of R2R3-MYBs in regulating complex pigmentation patterns in flowers 被引量:2
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作者 Baoqing Ding 《Horticultural Plant Journal》 SCIE CAS CSCD 2023年第6期1067-1078,共12页
Pigmentation patterns are ubiquitous in nature.Visually striking pigmentation patterns are not only aesthetically appealing,but also crucial to pollinator interaction and plant fitness.The formation of complex floral ... Pigmentation patterns are ubiquitous in nature.Visually striking pigmentation patterns are not only aesthetically appealing,but also crucial to pollinator interaction and plant fitness.The formation of complex floral pigmentation patterns mainly relies on the spatiotemporal expression of R2R3-MYB transcription factors and is often associated with certain floral development programs,such as floral organ identity,symmetry,which likely provide key information to initiate the patterning.For a complex pigmentation pattern to form,at least a pair of activator and inhibitor is required,despite their interaction might vary depending on the system being investigated.The regulation of pigmentation pattern involves multiple molecular mechanisms,such as transcriptional regulation,small RNA,transposon-mediated gene silencing,and methylation of gene body.Identifying these regulators can be facilitated by using single-cell and spatial transcriptomics as well as innovative plant transformation technologies.Moreover,plant organ development and pigmentation patterns are often interdependent,but current methods of describing patterns are static.Therefore,more precise and quantitative measurements are needed to elucidate the developmental mechanisms underlying complex pigmentation patterns in flowers. 展开更多
关键词 Pattern formation rEACTION-DIFFUSION PETALS Prepattern r2r3-myb ANTHOCYANIN CArOTENOID STrIPES Spots
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The R2R3-MYB transcription factor GaPC controls petal coloration in cotton 被引量:1
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作者 Caiping Cai Fan Zhou +4 位作者 Weixi Li Yujia Yu Zhihan Guan Baohong Zhang Wangzhen Guo 《The Crop Journal》 SCIE CSCD 2023年第5期1319-1330,共12页
Although a few cases of genetic epistasis in plants have been reported, the combined analysis of genetically phenotypic segregation and the related molecular mechanism remains rarely studied. Here, we have identified ... Although a few cases of genetic epistasis in plants have been reported, the combined analysis of genetically phenotypic segregation and the related molecular mechanism remains rarely studied. Here, we have identified a gene(named GaPC) controlling petal coloration in Gossypium arboreum and following a heritable recessive epistatic genetic model. Petal coloration is controlled by a single dominant gene,GaPC. A loss-of-function mutation of GaPC leads to a recessive gene Gapc that masks the phenotype of other color genes and shows recessive epistatic interactions. Map-based cloning showed that GaPC encodes an R2R3-MYB transcription factor. A 4814-bp long terminal repeat retrotransposon insertion at the second exon led to GaPC loss of function and disabled petal coloration. GaPC controlled petal coloration by regulating the anthocyanin and flavone biosynthesis pathways. Expression of core genes in the phenylpropanoid and anthocyanin pathways was higher in colored than in white petals. Petal color was conferred by flavonoids and anthocyanins, with red and yellow petals rich in anthocyanin and flavonol glycosides, respectively. This study provides new insight on molecular mechanism of recessive epistasis,also has potential breeding value by engineering GaPC to develop colored petals or fibers for multifunctional utilization of cotton. 展开更多
关键词 COTTON Petal color r2r3-myb transcription factor LTr-rT insertion Flavonoid/anthocyanin biosynthesis recessive epistasis
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杠柳天然橡胶合成相关R2R3-MYB基因克隆及表达分析
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作者 李菲菲 朴春兰 崔敏龙 《西南林业大学学报(自然科学)》 北大核心 2023年第5期57-65,共9页
首次克隆了杠柳中调控天然橡胶生物合成途径的R2R3-MYB基因,为杠柳天然橡胶生物合成调控机制的研究提供候选基因。利用生物信息学的方法,对杠柳的基因组数据进行分析,发现122条R2R3-MYB基因。通过构建系统进化树、氨基酸多序列比对、保... 首次克隆了杠柳中调控天然橡胶生物合成途径的R2R3-MYB基因,为杠柳天然橡胶生物合成调控机制的研究提供候选基因。利用生物信息学的方法,对杠柳的基因组数据进行分析,发现122条R2R3-MYB基因。通过构建系统进化树、氨基酸多序列比对、保守结构域和三级结构分析,确定杠柳中可能参与调控天然橡胶合成的R2R3-MYB基因,并进行基因在杠柳中的组织特异性表达分析。结果表明:PsMYB79、PsMYB102、PsMYB159和PsMYB178与巴西橡胶树HbMYB在同一分支上,均具有典型的R2R3-MYB结构域及SHAQKYF保守基序,而且氨基酸之间序列相似性分别为72.5%、64.5%、61.6%和57.8%。RT-PCR分析结果表明,4个基因在乳胶形成的部位中均表达,其中PsMYB79和PsMYB178在根中表达最强,PsMYB102在幼叶中表达强烈,PsMYB159在根、茎、幼叶和老叶中普遍表达。因此推测杠柳R2R3-MYB转录因子家族中PsMYB79、PsMYB102、PsMYB159和PsMYB178基因可能参与调节植物不同组织器官中天然橡胶生物合成过程。 展开更多
关键词 杠柳 天然橡胶 r2r3-myb基因 生物合成 基因克隆 rT-PCr分析
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菜豆R2R3-MYB基因家族鉴定及其在BCMV侵染后的表达分析
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作者 王古悦 唐慕宁 +1 位作者 牛静雅 冯雪 《山西农业科学》 2023年第9期1020-1033,共14页
为了明确菜豆R2R3-MYB基因家族的成员及受到BCMV侵染后的表达情况,利用生物信息学方法对菜豆R2R3-MYB基因家族成员进行鉴定和系统分析,同时利用BCMV侵染菜豆后在显症期的转录组数据筛选可能与BCMV侵染调控相关的R2R3-MYB基因家族成员,... 为了明确菜豆R2R3-MYB基因家族的成员及受到BCMV侵染后的表达情况,利用生物信息学方法对菜豆R2R3-MYB基因家族成员进行鉴定和系统分析,同时利用BCMV侵染菜豆后在显症期的转录组数据筛选可能与BCMV侵染调控相关的R2R3-MYB基因家族成员,并对这些基因在病毒侵染不同阶段的表达模式进行实时荧光定量PCR分析。结果表明,菜豆R2R3-MYB基因家族共有159个成员,不均匀分布于菜豆11条染色体上,多含有2个内含子,编码184~554个氨基酸,均为亲水性蛋白。系统进化关系将菜豆R2R3-MYB基因家族成员分为32个亚组(P1~P32),同一亚组成员具有高度保守的基因结构和基序。菜豆基因组内共线性分析表明,片段复制事件和串联复制事件均进行了纯化选择。转录组数据显示,BCMV侵染前后菜豆接种叶和系统叶分别有20、33个差异表达基因;qRT-PCR分析表明,这些基因在病毒侵染后表达均有变化,其中,PvMYB18、PvMYB33、PvMYB92、PvMYB93在侵染早期和显症期均呈现先升高后降低的趋势,而PvMYB29、PvMYB97、PvMYB124、PvMYB128、PvMYB134仅在侵染早期剧烈响应,这些基因的表达特点揭示其可能参与了菜豆对BCMV侵染不同阶段应答反应的调控。 展开更多
关键词 菜豆 r2r3-myb基因家族 BCMV 表达分析
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