RAD54L 在口腔鳞状细胞癌中的表达及功能研究

目的探讨DNA修复重组RAD54样蛋白(RAD54-like protein,RAD54L)在口腔鳞状细胞癌(oral squa-mous cell carcinoma,OSCC)中的表达及功能作用。方法利用癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TC-GA)数据库中OSCC相关数据,通过Mann-Whitney U检验分析RAD54L在OSCC与对照样本中的表达差异,并采用受试者工作特征曲线评估RAD54L在OSCC诊断中的潜在价值。通过卡方检验分析RAD54L mRNA表达水平与OSCC患者临床病理数据之间的关系。将OSCC样本根据RAD54L mRNA表达中位值分为高低表达两组后,采用Cox回归分析比较两组的预后差异;采用DESeq2软件包筛选组间的差异表达基因,并利用cluster-Profiler包进行KEGG通路富集分析。采用Spearman相关性分析展示RAD54L与同源重组修复途径中基因表达的相关性。在明确RAD54L的生物信息学意义后,在人OSCC细胞株HSC-3中进行RAD54L基因敲低实验,并通过qRT-PCR验证敲低效率。转染后,通过CCK-8、5-乙炔基-2'-脱氧尿苷(5-ethynyl-2'-deoxyuridine,EdU)染色、细胞划痕、细胞凋亡及细胞周期实验,评估HSC-3细胞增殖、迁移、凋亡及周期的变化。结果生物信息学分析结果显示,RAD54L mRNA在OSCC中的表达高于正常对照组(P<0.001),且对预后不良的预测具有较高价值(AUC=0.927)。RAD54L高表达组男性患者比例增加(P=0.032),具有更高的T分期(P=0.040)、临床分期(P=0.027)及病理学分级(P=0.013)。以RAD54L mRNA表达中位值将OSCC样本分为高低表达两组后,RAD54L高表达组的预后较低表达组差(P=0.049);RAD54L高低表达两组间的差异表达基因主要富集于神经活性配体与受体的相互作用、细胞因子-细胞因子受体相互作用、钙信号通路、细胞周期、胃癌、细胞外基质受体相互作用、化学致癌-DNA加合物、DNA复制、同源重组和错配修复途径(P<0.05),在同源重组修复途径中RAD54L的表达与BRCA1、BLM、EME1、XRCC2、POLD1、TOPBP1、RAD51、BRIP1、RAD54B、BRCA2和SYCP3的表达呈正相关(P<0.05),其中与BRCA1、BLM和EME1的表达呈强正相关(R>0.8,P<0.05)。体外实验结果表明,RAD54L在HSC-3细胞中的表达被敲低至约25%(P<0.001),与对照组相比,RAD54L敲低组的增殖率降低(P<0.05),EdU阳性细胞比例下降(P<0.001),划痕闭合比例降低(P<0.001),G1期细胞比例增加(P<0.001),S期细胞比例降低(P<0.001),细胞凋亡比例增加(P<0.001)。结论RAD54L在OSCC中高表达且与不良预后相关。下调RAD54L表达可抑制HSC-3细胞的增殖和迁移,促进细胞凋亡,并阻碍细胞周期进程。

RAD54L在肝硬化中的表达及临床意义

目的 探讨RAD54样蛋白(RAD54-like protein, RAD54L)在肝硬化中的表达情况以及临床意义。方法 通过生物信息学分析RAD54L的表达情况,并通过临床标本和小鼠肝硬化模型验证了RAD54L的表达,与血清标本的肝功能指标进行相关性分析,探究RAD54L的临床意义。结果 RAD54L作为同源重组修复的关键基因,通过肝硬化的数据库中验证其存在表达差异(P<0.05)。RAD54L在临床标本(P<0.01)和小鼠模型标本(P<0.01)中表达均升高,与肝功能指标(谷丙转氨酶、谷草转氨酶)呈正相关,在一定程度上反映了肝损伤的程度。结论 RAD54L可以作为判断肝损伤以及了解进展情况的分子标志物。

RAD54B在肝细胞癌中的表达及对临床预后的影响

目的研究RAD54B在肝细胞癌(LIHC)中的表达意义,与其在肝细胞癌和正常组织中的表达差异和对患者预后的影响。方法利用癌症基因组图谱(TCGA)在线数据库分析RAD54B在LIHC中的mRNA表达及其对生存期的影响;使用人肝癌组织芯片(TMA),利用免疫组织化学染色评估RAD54B在LIHC中的表达,并探讨RAD54B对患者预后的影响及临床病理特征的相关性。结果TCGA数据库分析表明,LIHC组织中RAD54B mRNA表达水平高于正常肝组织。免疫组化染色也提示LIHC组织表达的RAD54B蛋白水平明显高于正常肝组织。TCGA数据库生信分析及免疫组化染色的生存分析表明,RAD54B高表达组的总生存期较低表达组显著降低。而且,RAD54B的表达与LIHC患者的肿瘤大小、TNM分期、肿瘤的分级(Grade)等多个临床特征显著相关。结论RAD54B作为LIHC的预后因子,其表达与患者的肿瘤大小、肿瘤分期及分化程度具有相关性,RAD54B可能为LIHC治疗提供新的治疗靶点。

RAD54L在肝细胞癌中的表达及临床意义

目的探讨RAD54L基因在肝细胞癌(HCC)中的诊断及预后价值。方法基于癌症基因组图谱(TCGA)的HCC数据,分析RAD54L对HCC的诊断价值以及与临床特征的关系。采用生存分析、单因素Cox回归、多因素Cox回归分析RAD54L在HCC患者中的预后价值。利用TIMER数据库分析RAD54L与免疫浸润细胞丰度的关系。利用基因集富集分析(GSEA)预测RAD54L高表达的相关通路。结果RAD54L基因在HCC中表达水平高于癌旁组织,且具有诊断价值,表达水平与性别、病理学分级等相关(P<0.05)。RAD54L表达水平是HCC独立的预后因素,高表达的患者预后较差。RAD54L表达水平与免疫浸润细胞的丰度相关。RAD54L高表达富集于细胞周期、同源重组等通路。结论RAD54L可能是HCC潜在的诊断和预后标志物。

比较两种RAD54启动子调控的全酵母发光细胞对化学诱变原的评价效果

通过分子生物学技术构建2种不同RAD54启动子调控的yEGFP重组报告载体p RAD54-yEGFP和p RAD54S-yEGFP,前者启动子DNA为1.8 kb,后者为0.5 kb,分别转入W303-1A酵母细胞,构建2种启动子调控的发光酵母细胞,用不同化学诱变原作用后,用流式细胞仪和多功能发光仪测定酵母的发光强度。结果发现2种启动子调控的酵母细胞的发光强度均与化学诱变原(甲磺酸甲脂、4-硝基-N-氧化喹啉和5-氟尿嘧啶)有明显的剂量效应关系,但是W303-1A/RAD54-yEGFP剂量效应关系较为明显,产生的最大诱导倍数(5.96、2.19和2.71)明显高于W303-1A/RAD54S-yEGFP所产生的最大诱导倍数(2.53、1.50和1.91),可能与启动子序列中转录因子的数量以及转录因子间协同增效作用有关。同时发现,流式细胞仪测定效果明显优于发光仪测定效果。所以在构建RAD54启动子调控重组酵母细胞筛选诱变时,选用全启动子序列效果较好。

同源重组修复蛋白RAD54B在肿瘤中的研究进展

同源重组修复(homologous recombination repair,HRR)是哺乳动物细胞中最为精确的DNA损伤修复方式。其中,RAD54B蛋白参与DNA损伤后的细胞周期调节和HRR的关键阶段,现已发现RAD54B基因缺陷与多种肿瘤的发生和预后相关。为更全面了解RAD54B,该文就其蛋白结构、参与HRR途径中的功能以及其与肿瘤的相关进展作一综述。

细粒棘球绦虫Rad54基因的生物学分析及其在不同发育阶段表达检测

目的对EgRad54基因进行生物信息学分析,并对细粒棘球绦虫不同发育阶段的表达情况进行检测分析。方法克隆EgRad54基因并对编码产物的理化性质、二、三维结构进行预测和分析;采用MEGA5.0软件构建系统进化树并进行分析;采用qRT-PCR检测细粒棘球绦虫不同发育阶段的EgRad54 mRNA的表达水平。结果 EgRad54基因开放阅读框长度为1 714 bp,NCBI blast比对显示其序列与原始序列相似性为100%,DNAMAN比对相似性为95.40%;EgRad54蛋白含有581个氨基酸,相对分子质量为65.520 45×10^3,理论等电点为8.91;在EgRad54蛋白二级结构中,ɑ-螺旋占44.41%,β-折叠占13.25%,β-转角占6.37%,无规则卷曲占35.97%;三级结构选择123i.A模型,GMQE为0.78,QMEAN为-3.51,序列相似度为69.33%,覆盖率为85.20%;进化树显示EgRad54基因与多房棘球蚴亲缘关系较近;以未消化原头蚴组作为对照组,qRT-PCR检测胃蛋白酶消化原头蚴组和囊泡组Rad54基因相对表达量分别为1.126±0.068和1.111±0.073,差异无统计学意义(F=4.034,P>0.05)。结论成功克隆出细粒棘球绦虫原头蚴Rad54基因,其编码EgRad54蛋白二级结构主要为ɑ-螺旋。该基因在细粒棘球绦虫原头蚴及棘球蚴期不同发育阶段均有表达。

植物基因靶向整合技术研究进展

基因打靶作为反向遗传学的基础工具,可以对基因进行精确修饰或替换,从而改变生物的遗传特性。然而将基因打靶应用于高等植物方面的研究中却存在着打靶效率过低的问题。讨论了目前几种对植物基因打靶有效的试验方法包括转RAD54基因、锌指核酸酶(ZFN)以及正负筛选的方法。这些方法将使基因打靶应用在植物中成为可能。

植物基因打靶研究进展

植物基因打靶研究的重心在于研究如何使基因打靶成为植物基因操作的常规手段。近年来科学工作者在这一领域取得了突破性进展,这些成就主要依托锌指核酸酶,染色质重建蛋白以及正负选择的应用。对上述成果进行综述,并对其发展趋势进行展望。

同源重组和非同源末端连接修复参与黄芩素诱导的DNA损伤耐受机制研究

目的研究黄芩素诱导的DNA损伤修复机制。方法采用CCK8试验检测黄芩素对鸡淋巴瘤B细胞(DT40细胞)增殖的影响;采用免疫荧光试验分析黄芩素诱导野生型(WT)和DNA修复缺陷型DT40细胞γ-H2AX foci的变化;采用流式细胞仪检测细胞的凋亡。结果黄芩素对DT40细胞呈剂量依赖性抑制,且与WT细胞比较,同源重组(HR)缺陷细胞Rad54^(-/-)和非同源末端连接(NHEJ)缺陷细胞Ku70^(-/-)对黄芩素显著敏感;60μmol·L-1黄芩素能够诱导DT40细胞γ-H2AX foci的形成;与WT细胞比较,黄芩素诱导Rad54^(-/-)和Ku70^(-/-)细胞形成更多的γ-H2AX foci;黄芩素连续处理DT40细胞16 h后,Rad54^(-/-)和Ku70^(-/-)细胞比WT细胞凋亡的比例显著增加。结论黄芩素能够诱导DT40细胞产生DNA损伤,其损伤修复机制可能与Rad54和Ku70参与的HR和NHEJ有关。