一种从RNA Blot杂交膜上脱除探针的改进方法

目的 :探讨脱除RNABlot膜上的杂交探针的方法 ,解决杂交中RNABlot膜重复使用的问题。方法 :经NBT BCIP化学显色的RNABlot杂交膜先用二甲基甲酰胺在 6 0℃处理 90min ,然后用脱探针溶液 (5 0 %去离子甲酰胺、5 0mmol LTris -HClpH7 5、5 %SDS)在 80℃处理 90min ,经过处理的膜再次用于下一轮的杂交。结果 :用这一改进的方法 ,可以完全脱除杂交膜上的地高辛标记的cDNA探针 ,RNABlot膜可以重复杂交 5轮以上 ,杂交带仍然保持清晰锐利。结论 :该改进方法操作简便 。

RNA电泳结果和Northern blot效果的关系探讨

对ＲＮＡ电泳结果和Ｎｏｒｔｈｅｒｎｂｌｏｔ效果的关系进行探讨。

基于RNA-seq的HBSS诱导细胞自噬的组学分析及实验验证

为寻找Hank’s平衡盐溶液(HBSS)诱导细胞自噬的调控蛋白,对HBSS诱导大鼠肾上皮(NRK)细胞株的细胞自噬现象进行转录组分析和实验验证.用HBSS分别处理细胞不同时长,结合LC3B-Ⅱ蛋白表达量和细胞存活率确定最佳诱导时间.根据最佳诱导时间制作细胞样品,进行转录组测序(RNA-seq),原始数据质控过滤后进行注释和分析.选取表达差异变化排序靠前的基因进行敲降实验,筛选具有潜在调控功能的蛋白质,接着用荧光定量PCR实验对该蛋白质的上游基因表达情况进行辅助验证.结果发现,HBSS诱导细胞自噬的最佳诱导时间为3 h;在转录组结果中共鉴定到32305个基因,477个差异表达基因,差异基因的GO和KEGG富集分析结果显示这些基因主要参与代谢底物分解、氨基酸转运以及蛋白质修饰调控等信号调控通路;免疫印迹结果表明干扰基因Sat1的表达可以降低细胞内LC3B-Ⅱ的表达水平.本研究围绕HBSS诱导细胞自噬进行转录组学测序分析,并通过实验发现了影响LC3B-Ⅱ表达的潜在功能调控基因Sat1.综合考虑所有实验结果,Sat1可能通过GO和KEGG显著富集的信号通路影响HBSS诱导的细胞自噬,这些发现可以为细胞自噬相关机制的深入挖掘提供参考.

柑橘及近缘属总RNA的有效提取

采用改良的异硫氰酸胍法提取柑橘及其近缘属的总RNA,得到了较高纯度的RNA分子,实验简便、快速。用同位素标记的2个线粒体基因探针杂交国庆1号温州蜜柑的总RNA,分别检测到一条转录本,说明提取的总RNA适合于Northern分析等分子生物学操作。

人端粒酶RNA的cDNA探针制备及其对胃粘膜细胞端粒酶RNA表达的检测

目的 建立人端粒酶RNA表达的检测方法。方法 制备人端粒酶RNA ,(humantelomeraseRNA ,hTR)的cDNA探针 ,分别应用RNA斑点杂交与端粒重复序列扩增法 (TRAP)分析检测不同胃粘膜的端粒酶RNA的表达与端粒酶活性。结果 人端粒酶RNA的cDNA探针制备成功。 18例活检胃癌组织及 4 5例手术胃癌组织RNA斑点杂交检测的阳性率均为 10 0 % ,相应TRAP分析的阳性率分别为 88 89%、 86 6 7% ,低于RNA斑点杂交 (P <0 0 5 )。同时RNA斑点杂交结果提示在非癌胃组织中随着肠化程度增高人端粒酶RNA表达也增强。结论 RNA斑点杂交检测人端粒酶RNA ,具有高度的敏感性和特异性 。

光周期对光敏核不育水稻光敏色素A含量及其mRNA丰度的影响

光敏核不育水稻(农垦58S)是我国特有的水稻(Oryza sativa L.)种质材料,光敏色素是光周期诱导其育性转变的受体。报道了育性转换敏感期间的光周期处理对农垦58S及对照“农垦58”叶片中光敏色素A(Phy A)含量及其mRNA丰度的影响。在10个光周期处理的最后一个暗期结束前,收获每株水稻的上部两片叶,用酶联免疫吸附测定法测定Phy A。和长日照(LD)相比,短日照(SD)处理导致农垦58SPhy A相对含量增加38.5％;而“农垦58”只增加18.5％。显然,在较长的暗期中,农垦58S中Phy A的积累比对照快。在水稻幼苗中也得出相似的结果。以光敏色素A基因(phy A)的特异性片段RPA3作探针,用RNA斑点杂交的方法对叶片中Phy A mRNA丰度进行分析的结果表明,光周期处理5d和10d时,两品种水稻的Phy A mRNA丰度都是SD处理的比LD的高,而且SD下农垦58S Phy A mRNA的丰度均比“农垦58”的高。这些结果表明,甲基化水平较低的农垦58S phy A可能比“农垦58”的phy A更活跃地表达。另外,在育性转换敏感期每日主光期结束时(EOD)进行10次短暂的远红光(FR)照射。结果表明,农垦58S植株抽穗和开花期比SD处理推迟2d,而花粉败育率、种子结实率却无变化。暗示农垦58S开花和育性转变过程的光周期反应可能不同。

小RNA干扰Akt2对U87恶性胶质瘤细胞迁移和侵袭能力的影响

目的探讨转染Akt2-siRNA表达载体阻断Akt2信号转导通路对U87恶性胶质瘤细胞运动、迁移和侵袭能力的影响。方法利用siRNA技术,稳定转染恶性胶质瘤细胞系U87;用RT-PCR和免疫印迹技术分别检测Akt2的mRNA和蛋白的表达;划痕实验和体外侵袭实验分别检测恶性胶质瘤细胞的运动和侵袭能力;用细胞黏附实验检测细胞的黏附能力,纤维型肌动蛋白(F-actin)聚合实验检测F-actin的聚合能力;免疫印迹技术检测LIMK的磷酸化,证明Akt2影响F-actin聚合的机制。结果稳定转染siAkt2载体后,Akt2的mRNA和蛋白水平均下降;细胞向划痕移动的速度比对照组慢(P<0.05);侵袭并穿透基质胶(Matrigel)的细胞数量比对照组少(P<0.01);细胞内F-actin聚合比对照组减少(P<0.05);黏附实验结果显示,黏附5min、15min后,低表达Akt2的细胞比对照组的黏附数量均减少(P<0.05)。结论Akt2基因沉默可以通过降低F-actin聚合、降低黏附于细胞外基质的能力而降低恶性胶质瘤细胞的运动和侵袭能力。

打点杂交及RNA酶保护分析法检测反义HSP90基因转染细胞中反义RNA的表达

目的：检测HSP90反义核酸转染细胞后反义RNA的表达。方法：采用打点杂交及RNA酶保护分析法。结果：HSP90反义核酸转染细胞AH－SGC7901，AH-SGC7901／VCR，AH－HCC7402及AH－Ec109有HSP90反义RNA的表达。结论：HSP90反义RNA在AH－SGC7901，AH－SGC7901／VCR，AH－HCC7402及AH－Ec109细胞的表达，为进一步研究HSP90在细胞生物学中的作用建立了可靠的细胞模型。

RNA点印迹探测碱性成纤维细胞生长因子在激光损伤后视网膜中的表达

目的 观察激光损伤家兔视网膜后碱性成纤维细胞生长因子 (basicfibroblastgrowthfactor,bFGF)表达时相的变化 ,探讨bFGF在视网膜激光损伤后修复过程中的地位和作用。方法 用不同剂量的YAG倍频激光 (5 32nm)致伤有色家兔视网膜 ,于伤后 1、3、7、14d取眼底视网膜 脉络膜组织 ,提取细胞总RNA进行RNA斑点印迹 ,用地高辛标记的bFGFcDNA探针进行核酸杂交 ,检测bFGFmRNA的表达水平。结果 激光损伤后眼底组织中bFGFmRNA的表达水平明显提高 ,且随激光致伤量的加大 ,bFGFmRNA的表达水平亦呈进行性增加。结论 激光损伤后眼底组织中bFGFmRNA的表达明显增加 。

miRNA的鉴定及检测方法的概述

MicroRNA(miRNA)因其分子序列短小,与基因组中较多的序列以互补方式存在,在不同生物体内以不同的方式与靶基因结合,且能够与多种蛋白相互作用,因而建立一种有效且普遍适用的鉴定及检测方法异常困难。科研人员经过不断的研究和探索,总结出MicroRNA的鉴定和检测方法,研究重点介绍miRNA的两种鉴定方法及其几种有效的检测方法,为进一步对其进行研究提供理论基础。

丙型肝炎病毒RNA打点杂交检测方法同RT－PCR方法的比较

采用ＨＣＶ基因组结构区Ｃ区ｃＤＮＡ探针和非结构区ＮＳ３－４区ｃＤＮＡ探针，建立了用打点杂交（ｄｏｔｂｌｏｔｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ）检测血清中ＨＣＶＲＮＡ的方法，同采用ＨＣＶ基因组５’端非编码区的一对寡核苷酸引物通过逆转录－聚合酶链式反应（ＲＴ－ＰＣＲ）检测血清中ＨＣＶＲＮＡ的方法相比较，发现两种方法都能快速早期和特异地检出血清中ＨＣＶＲＮＡ，但ＲＴ－ＰＣＲ法敏感性优于ＲＮＡ打点杂交法。对于无血清学指标的慢性ＮＡＮＢ肝炎病人的诊断，可采用这两种方法。这两种方法的敏感性在很大程度上依赖于引物和探针的敏感性，以及ＲＮＡ提取方法。ＲＴ－ＰＣＲ法适用于诊断病毒血症和复制，打点杂交法适用于研究ＨＣＶＲＮＡ量的变化，对治疗的评价，以及为实验筛选较高滴度的ＨＣＶＲＮＡ阳性样本。

用mRNA差别显示方法分析黑麦盐胁迫下应答基因cDNA片段的表达特性

利用 m RNA差别显示方法分析经 2 5 0 mmol/ L Na Cl处理 3d的黑麦幼苗 ,14个差异 c DNA片段 ,包括 8个诱导表达片段 ,2个增强表达片段和 4个抑制表达片段被检测到。 Northern Blot分析证实 ,其中 0 .8kb、 0 .65 kb和 0 .35 kb c DNA片段有强烈阳性信号 ,命名为 SI80 0 、SI650 、SI350 (SaltInduced80 0 bp、 65 0 bp、 35 0 bp) ,证明与盐胁迫有关。以 SI80 0 为探针与分别经盐胁迫 3d、 7d、 14d的黑麦幼苗总体 RNA杂交 。

RNAi沉默Sp3基因对肝癌HepG2细胞增殖的影响

目的:采用基因沉默和慢病毒转染技术,沉默人肝癌细胞HepG2中特异蛋白3(specificity protein 3,Sp3)的表达,观察沉默Sp3基因后的肝细胞的增殖能力变化.方法:采用Sp3-siRNA慢病毒转染人肝癌细胞HepG2,通过免疫印迹法和PCR技术检测Sp3的表达以验证转染效果,通过MTT检测细胞生长曲线和流式细胞技术测定细胞周期.结果:Western blot实验表明,实验组的Sp3表达量明显少于空白组和阴性对照组(0.37±0.08 vs 0.83±0.17,0.66±0.13,F=8.442,均P<0.05).RT-PCR也得到相同的结果(0.47±0.05 vs 0.74±0.08,0.70±0.16,F=7.322,均P<0.05).MTT实验结果显示,与空白对照和阴性对照组相比,实验组细胞在48、72和96h时的增殖明显受到抑制(0.28±0.18 vs 0.34±0.19,0.35±0.07,F=3.888;0.57±0.11 vs 0.84±0.05,0.74±0.08,F=12.721;0.72±18.1 vs 0.98±0.05,0.93±0.9,F=6.342,均P<0.05).流式细胞术结果显示实验组细胞主要分布在G1期.结论:RNAi沉默Sp3基因导致人肝癌HepG2细胞体外增殖能力下降.

注射dsRNA对飞蝗Knickkopf基因在mRNA和蛋白水平的沉默效率

【目的】本研究旨在评估dsRNA对飞蝗Locusta migratoria Knickkopf(Knk)基因mRNA和蛋白表达的沉默效率,以期为基于RNAi技术探索飞蝗体内基因功能的研究提供基础资料。【方法】选择飞蝗2龄第1天的若虫,将体外合成的飞蝗Knk基因dsRNA注射进入飞蝗体腔内,注射后48,72和96 h分别解剖试虫的腹部表皮,一半用于RT-q PCR方法检测其mRNA表达;另一半用于Western blot法检测其蛋白的表达量。【结果】dsRNA注射进入飞蝗体腔内48,72和96 h后,与对照相比,Knk mRNA水平相对表达量分别降低78.3%,96.2%和95.1%;Knk蛋白表达量分别降低61.2%,33.3%和52.9%。【结论】注射ds Knk能显著沉默飞蝗Knk基因mRNA水平和蛋白水平的表达,但mRNA水平的沉默效率高于蛋白水平。

shRNA抑制SGK1基因表达对人乳腺癌细胞系生物学特性的影响

目的建立稳定抑制血清和糖皮质激素调节蛋白激酶1(SGK1)表达的人乳腺癌细胞系MDA-MB-231,观察SGK1基因沉默对人乳腺癌细胞生物学特性的影响。方法构建针对SGK1的shRNA干扰质粒pGen-3-siSGK1和阴性对照质粒pGen-3-control。转染人乳腺癌细胞系MDA-MB-231,经G418筛选得到稳定抑制SGK1表达的乳腺癌细胞模型;实时定量PCR、免疫荧光以及Western blotting检测shRNA干扰组、阴性对照组及未转染组细胞中SGK1的表达;四甲基偶氮唑盐(MTT)比色法检测细胞体外生长能力;体外浸润实验、细胞迁移实验检测各组癌细胞的侵袭和转移。结果成功构建针对SGK1基因的shRNA干扰质粒,建立了稳定抑制SGK1表达的乳腺癌细胞模型;与阴性对照组和未转染组相比,肿瘤细胞中SGK1的表达水平显著降低(P<0.01);SGK1基因沉默后,人乳腺癌细胞的生长能力、浸润和迁移能力均明显降低(P<0.05)。实验中还发现抑制SGK1基因表达之后,β-catenin的含量也出现明显下降。结论抑制SGK1基因的表达可以显著抑制人乳腺癌细胞MDA-MB-231的生长,并降低其侵袭转移的能力,其中β-catenin参与了SGK1基因的抑制功能。

RNA干扰对肝素酶在肝癌细胞中表达及其肿瘤生长抑制的作用

目的:采用RNA干扰(RNAi)技术抑制肝癌细胞系HepG2肝素酶(Hpa)的表达,体内观察其对肿瘤生长的抑制作用.方法:以脂质体介导的方法将构建的2个抗Hpa短发卡式RNA(Hpa-shRNA)真核表达载体稳定转染人肝癌细胞株HepG2(高表达Hpa),并设空载体对照组;流式细胞技术鉴定转染稳定性,Western blot及RT-PCR检测肝素酶蛋白和mRNA表达;将干扰组和对照组的肿瘤细胞皮下接种裸鼠,比较各组肿瘤的体质量和体积大小,免疫组化法检测肝素酶在肿瘤组织的表达.结果:与空载体组相比,干扰后的HepG2细胞中Hpa mRNA和蛋白表达明显降低,干扰组裸鼠的肿瘤生长速度明显变慢,统计结果表明干扰组在抑制肿瘤生长方面与空载体组、空白对照组存在显著差异(P<0.05),两干扰组无显著差异(P>0.05).结论:应用RNAi技术沉默Hpa基因可以有效下调肝癌肿瘤细胞中Hpa mRNA及蛋白的表达,抑制体内肿瘤生长.

dsRNA阻断大鼠骨髓源性神经干细胞Hes5表达的实验研究

目的 观察外源性短双链RNA(dsRNA)在转录后水平即mRNA水平降低基因表达的效率，并对其影响因素进行初步探讨。方法 将体外分离培养的大鼠骨髓基质细胞，通过由本实验室配制的特殊培养基诱导成神经干细胞，应用人工合成的dsRNA于不同浓度转染神经干细胞，Western bloting检测dsRNA是否能阻断转录因子Hes5的表达，0．5％锥虫蓝法测定各浓度组中培养细胞活力。结果 200、300nmol／L浓度的dsRNA能特异有效地阻断Hes5的表达，而50～200nmol／L浓度的dsRNA有利于干细胞存活。结论 dsRNA能在神经干细胞内启动RNA干扰作用，适宜浓度的dsRNA能在特异有效地阻断内源性基因的表达的同时，最大限度地保持细胞活力。

VEGF-C基因靶向RNA干扰重组表达载体的构建和表达

目的:利用质粒pSilencer3.1-H_1构建针对人血管内皮生长因子-C(VEGF-c)基因的表达载体,测序鉴定并观察在胃癌细胞中的表达.方法:根据质粒pSilencer3.1-H_1要求设计两对小干扰RNA靶序列,退火形成互补的双链,通过与线性化的pSilencer3.0-H_1相应位点连接、转化大肠杆菌,扩增、纯化得到所需质粒,酶切电泳及测序鉴定后转染胃癌细胞株SGC-7901,Western blot检测转染前后VEGF-C基因的蛋白表达.结果:经酶切和测序鉴定,针对VEGF-C基因的siRNA表达载体构建成功.转染胃癌细胞株SGC-7901后,Western blot检测显示VEGF-C基因蛋白表达明显降低,pSilencer3.1-VEGF-C1组抑制效果明显,其抑制率为81.2%,与阴性对照组相比差异具有显著性(P<0.05).结论:成功构建了针对人VEGF-C基因的siRNA表达载体和稳定转染的胃癌细胞株SGC-7901.

基于RNA杂交的马铃薯纺锤块茎类病毒检测芯片

报道了一种检测植物类病毒RNA的新方法———RNA杂交芯片技术,即将cDNA芯片技术与RNA斑点杂交技术相结合,将马铃薯样品的总RNA直接固定在玻片上,用荧光标记制备检测马铃薯纺锤块茎类病毒(PSTVd)的特异探针,探针与芯片杂交后分析杂交信号以确定相应的样品有无PSTVd侵染.参照膜杂交的方法,确定了RNA芯片的制备条件,并用以检测了马铃薯样品的PSTVd侵染情况,检测结果与RT-PCR结果相符,阳性产物经克隆测序证实为PSTVd.

RNA干扰抑制结肠癌细胞血管内皮生长因子表达

目的:应用RNA干扰技术抑制结肠癌血管内皮生长因子(VEGF)表达。方法:将VEGF基因作为RNA干扰的靶区,通过E-RNAi网上提供的服务,设计两个特异的RNA干扰序列,将其装入含U6启动子的载体上,构建成抗VEGF基因的小发夹样RNA(shRNA)表达载体,再转染人结肠癌细胞HT29,通过RT-PCR、Northern blotting、免疫荧光和Western blotting,观察VEGF表达受抑的程度。结果:成功构建了两种抗VEGF基因的shRNA表达载体,RT-PCR、Northern blotting、免疫荧光和Western blotting,均发现其能明显抑制HT29细胞VEGF基因的表达,抑制率分别达42%、88%、73%和82%。结论:针对VEGF基因的shRNA表达载体能够明显抑制结肠癌细胞VEGF基因的表达。