北京黑猪AQP9和RPS10基因多态性及其与背膘厚的关联分析

旨在研究水通道蛋白9(aquaporins9,AQP9)及核糖体蛋白10(ribosomal protein S10,RPS10)基因多态性及其与北京黑猪背膘厚的相关性,以期能够获得北京黑猪背膘厚的有效标记。本研究以413头北京黑猪为研究对象,测定不同部位(肩部、6-7肋间、胸腰结合、腰荐结合)的背膘厚度。PCR扩增AQP9和RPS10基因的启动子区和外显子区序列筛选SNP位点,并将SNPs与各部位背膘厚进行关联分析。运用荧光定量PCR检测基因的差异表达。结果发现,AQP9基因启动子区有4个突变位点,其中1个SNP:rs332699245 A>C与胸腰结合处背膘厚关联显著(P<0.05),且该位点突变预测到了结合转录因子的改变;RPS10基因在3′UTR、CDS区共有8个突变位点,其中5个与背膘厚显著关联:rs80795904 C>G、rs80932213 T>C与6~7肋间背膘厚关联显著(P<0.05),rs3469834461 C>T与肩部背膘厚、四点平均背膘厚关联显著(P<0.05),rs80862457 C>T与胸腰结合处背膘厚、腰荐结合处背膘厚关联显著(P<0.05),rs336938272 A>C与6~7肋间背膘厚、腰荐结合处背膘厚、四点平均背膘厚均关联显著(P<0.05);且在3′UTR区检测到1个SNP(rs80862457 C>T),位于小RNA(microRNA,miRNA)结合靶点。基因表达差异分析表明,rs332699245 A>C中AA型个体的AQP9基因mRNA水平显著高于AC型个体(P<0.05),rs80862457 C>T中TT型个体的RPS10基因mRNA水平显著高于CC型个体(P<0.05)。综上所述,AQP9和RPS10基因与北京黑猪背膘厚显著关联,rs332699245 A>C和rs80862457 C>T位点可作为北京黑猪背膘厚选育的潜在分子标记,为北京黑猪的选育提供理论支撑。

RPS6亚基肽段抑制S180肿瘤细胞的分子机制

为探究核糖体蛋白RPS6亚基肽段对S180肿瘤细胞基因表达的影响及抑制肿瘤细胞的关键分子和信号通路,以S180荷瘤小鼠为模型,用RPS6亚基肽段处理S180荷瘤小鼠,对S180肿瘤细胞进行Illumina测序获得差异表达的基因,并对这些差异基因进行GO和KEGG分析。基因表达结果显示,RPS6亚基肽段会导致mt-Cytb、mt-Nd1、Rpl13基因表达降低,阻碍S180肿瘤细胞的氧化磷酸化过程。GO分析结果显示,RPS6亚基肽段抑制肿瘤细胞关键门类集中于质膜和质膜外侧组成成分的变化及免疫反应调节和免疫细胞的激活。差异基因结果显示,RPS6亚基肽段通过增强PRL/PRLR信号,上调Uchl1基因表达,诱导肿瘤细胞周期停滞。KEGG通路富集分析结果显示,穿孔素(PRF1)和颗粒酶B(GZMB)表达诱导细胞凋亡,同时自然杀伤细胞(natural killer cell,NK)介导的细胞毒性与NF-κB信号通路信号增强,IFN-γ和TNF-α表达上调共同参与RPS6亚基肽段作用下的S180肿瘤细胞凋亡,抑制S180肿瘤细胞增殖。RPS6亚基肽段导致S180肿瘤细胞细胞周期停滞,并诱导自然杀伤细胞介导的细胞毒性及NF-κB信号通路的上调导致S180肿瘤细胞凋亡,为RPS6亚基肽段在抗肿瘤研究的应用提供一定的理论依据。

3RPS并联机构的运动学误差建模及其分析

为了提高XYZ-3RPS六轴卧式混联机床的运动学精度,建立了3RPS并联机构的运动学参数误差模型。首先对3RPS并联机构的几何误差源进行了分析。然后基于闭环矢量微分法建立了3RPS并联机构包含铰点位置误差、转动副轴线方向误差、驱动支链零位杆长误差等27项结构参数误差对末端位姿误差的映射模型。最后设计了仿真实验,利用ADAMS的虚拟样机技术,获取机构实际末端位姿误差。通过与误差模型的结果对比,验证了所分析的27项结构参数误差设定值在(0.1~0.2)mm的范围内,误差模型的位置误差求解精度大于0.01mm,姿态误差求解精度大于0.01°。进一步的数值验证表明,误差模型的精度会随着结构参数误差值的减小而显著提高,为3RPS等少自由度并联机构的误差建模和运动学标定提供理论依据。

桔梗科rps2基因簇断裂对进化速率的影响

保守的rps2基因簇(rps2-atpI-atpH-atpF-atpA)在桔梗科的叶绿体基因组中发生了断裂。为探究该基因簇断裂后,相关基因的进化速率是否发生变化,本研究选取50种桔梗科植物和2种睡菜科植物的叶绿体基因组序列进行系统发育关系的构建,对rps2基因簇相关基因的进化速率、选择压力以及适应性进化过程进行分析。结果显示,桔梗科中rps2基因簇发生断裂的物种均来自风铃草亚科,且在系统发育树上组成单系分支;与未断裂物种相比,断裂物种中相关基因的进化速率均值降低;基因间的非同义替换速率存在显著差异。适应性进化分析中,位点模型在atpI和rps2基因中检测到正选择位点。本研究结果表明基因簇断裂可能具有系统发育意义,基因簇断裂后进化速率会发生改变,不同基因也经历了不同的进化历程。

RPS4X在肺腺癌患者中的表达情况及临床意义

目的探讨RPS4X在肺腺癌患者中的表达及其潜在的临床意义。方法从cBioPortal、TCGA数据库分析差异表达基因;收集肺腺癌组织,采用qRT-PCR检测RPS4X的表达水平;结合临床资料论证RPS4X的表达情况、临床意义,并采用Kaplan-Meier曲线分析患者的总生存期,采用Cox模型分析单因素和多因素指标。结果RPS4X在肺腺癌中高表达,且在女性肺腺癌患者中明显高于男性患者。进一步分析发现,与肿瘤大小≤3 cm组比,RPS4X在>3 cm组中呈高表达;与低分化组比,RPS4X在中分化、高分化组中呈低表达;与无淋巴结转移组比,RPS4X在有淋巴结转移组中高表达;高表达RPS4X的肺腺癌患者较低表达RPS4X患者预后差,可作为患者预后的独立预测因素。结论RPS4X在肺腺癌患者中表达显著升高,且与性别、肿瘤大小、分化程度、淋巴结转移有关,可作为诊治肺腺癌潜在的新靶标。

利用RPS6启动子实现凝血因子的稳定表达

目的:筛选得到更优启动子,为血友病基础研究和基因治疗提供更有力的工具。方法:用生物信息学方法分析高丰度表达持家基因的启动子,遴选潜在候选启动子;构建GFP报告基因载体,以EF1α启动子为对照,考察新型启动子载体的包装效率及报告基因的转录和活性;装载F9基因,考察候选启动子的活力。结果:筛选得到最具潜力的RPS6启动子;RPS6pro-LV和EF1αpro-LV在慢病毒包装上没有差异,二者病毒滴度一致。在293T细胞中,RPS6pro-LV和EF1αpro-LV的转导效率、平均荧光强度与慢病毒剂量成正比。两种启动子在不同类型细胞中的转导效率均呈现293T>HEL>MSC的规律;相较于EF1αpro-LV,RPS6pro-LV在MSC细胞中具有更高的荧光强度;对感染两种启动子病毒的HEL细胞进行长期培养,发现RPS6pro-LV具有更稳定的活性。K562细胞RT-qPCR、Western blot及细胞培养上清FIX活性(FIX∶C)检测结果显示,EF1α-F9、RPS6-F9组FIX表达均高于空载对照组,EF1α-F9与RPS6-F9组之间FIX表达量无显著差异。结论:经筛选和优化,得到一个可广泛用于外源基因表达的新型启动子,通过长期培养和活性基因表达证实该启动子的高度稳定性和高效活力,为血友病基础研究和临床基因治疗提供了一个有力工具。

基于RPS系统的边护栏夹具设计

基准点系统(RPS,Reference Point System)在汽车设计、制造以及检测过程中起到至关重要的作用。文章从RPS的概念、发展进行阐述,详细的说明了RPS的制定原则,并以企业轻卡边护栏的RPS设计以及其夹具的设计为例进行说明。提出了以RPS技术为基础结合产品设计、夹具设计进行一体化思维模式的夹具设计方法,在精益制造柔性化生产方面做出了成功的探索,非常值得起推广。

杨树叶绿体3′rps12基因,rps7基因和ndhB基因片段的克隆及序列分析

通过烟草叶绿体相关序列设计引物 ,从杨树的叶绿体基因组中克隆出 2个相邻的DNA片段 .经分析发现 ,这 2个DNA片段包含核糖体蛋白 3′rps12、rps7基因和NADH脱氢酶第二亚基ndhB基因片段 .利用DNAMAN等软件 ,将扩增到的杨树叶绿体DNA片段与烟草、拟南芥、玉米和黑松的相关序列进行比较 ,证实所扩增的片段具有较高的保守性 ,尤其是在这 3个基因的编码区 ,同源性均在 90 %以上 .插入或缺失常发生在基因间隔区 ,同源性在 80 %左右 ;对其编码区所推导的氨基酸序列进行了比较 ,同源性均在 92 %以上 .首次克隆了杨树叶绿体的部分DNA序列 ,详细报道并分析了杨树 3′rps12、rps7基因和ndhB基因片段及其边界序列信息 .所报告的基因序列均已登录GenBank .

RPS在车身精度设计上的应用

车身的尺寸、精度设计已经成为汽车制造技术的重要环节。阐述了当代车身精度设计的理念,采用并行工程,使精度质量体系贯穿设计、生产全过程。从RPS的组成人员、实施步骤和有关规则等方面,叙述了定位基准理论在车身精度设计上的应用,并以实例详细地介绍了在设计、生产中如何选取定位基准点和应用RPS。

RPs29,RPs15,EndoA及septin2基因表达产物对小鼠皮肤培养细胞的作用

目的构建RPs29,RPs15,EndoA及septin2基因短剪接本真核表达载体,研究其对体外小鼠皮肤培养细胞的作用。方法PCR扩增鼠胚皮肤mRNA逆转录产物,分别获得RPs29,RPs15,EndoA及septin2基因短剪接本septin2s。构建其真核表达载体pcDNA3.1(-)/RPs29,pcDNA3.1(-)/RPs15,pcDNA3.1(-)/EndoA及pcDNA3.1(-)/septin2s,转染体外培养的小鼠表皮细胞及成纤维细胞。观察基因的表达情况及其对小鼠皮肤培养细胞生物学特性的影响。结果RT-PCR法检测RPs29,RPs15,EndoA及septin2s在转染的表皮细胞及成纤维细胞中均获得表达,pcDNA3.1(-)/RPs29和pcDNA3.1(-)/RPs15转染组成纤维细胞生长密度下降,其中pcDNA3.1(-)/RPs29转染组成纤维细胞发生凋亡,pcDNA3.1(-)/EndoA和pcDNA3.1(-)/septin2s转染组表皮细胞明显增殖。结论RPs29,RPs15,EndoA及Sep-tin2基因短剪接本能够影响小鼠表皮细胞及成纤维细胞的增殖。

基于PLM平台的整车制造RPS高效设计方案

定位基准系统(RPS)理论的应用实现了整车尺寸高质量的公差控制,但在RPS设计效率上仍存在不足。为解决RPS设计资源缺乏集中化管理、RPS标准件定位操作的复杂性以及工位间RPS无法实现关联关系的问题,基于产品生命周期管理(PLM)平台基础并结合实际业务开展方式形成解决方案。通过方案的实际运用,初步评估RPS设计工作较过往效率提升至少30%,RPS设计效率和质量得到大幅度提升。

自动化蓝光三维扫描系统在汽车RPS质量体系中的应用研究

主要研究RPS的组成人员、实施步骤及相关规则等,并使用先进的自动化蓝光三维扫描系统代替传统的制造成本高、效率低的检具,使变钣金件和模具基于RPS系统的检测进一步提高了检验效率和产品质量。

桑属ITS、trnL-F、rps16序列与进化分析

【目的】分析桑属ITS、trnL-F、rps16序列,探讨系统学价值。【方法】67份桑资源,经DNA提取、PCR扩增、测序,测序结果用软件拼接、比对,并从GenBank下载桑属ITS、trnL-F、rps16序列进行同源性分析,计算其长度、G+C(或A+T)含量、变异位点、信息位点,将3个序列合并,以构树、柘树为外类群,采用MP法分析进化关系。【结果】桑ITS(包括5.8S)基本序列长度为576 bp,变异范围为576—590 bp,G+C含量为59.55%—62.25%,40个信息位点;trnL-F(包括tRNA-Leu内含子)基本序列长度为923 bp,变异范围为920—924 bp,A+T含量为65.87%—66.31%,23个信息位点;rps16内含子基本序列长度为929 bp,变异范围为923—929 bp,A+T含量为67.28%—67.49%,17个信息位点。3个序列的最适碱基进化模型分别为(GTR+G)、(GTR)和(GTR+G),可能的分支概率—混合卡方概率值分别为0.000001、0.027175和0.000222,3个片段合并最适碱基进化模型为(GTR+G),基于模型用MP法分析,在2 538个位点中,有80个信息位点。分支图结果表明,首先将黑桑(M.nigra)分出,其它桑种分成2支,第一支包括长穗桑、瑞穗桑、蒙桑、鬼桑、鸡桑、山桑、白桑和广东桑,第二支包括华桑、奶桑和川桑。【结论】桑属trnL-F和rps16序列信息位点有限,单独研究桑属系统学,价值不大,与ITS序列合并研究,则能增加分支图的信息位点,使分支图更近于似然。基于ITS、trnL-F、rps16序列MP分支图,新疆黑桑为最原始类型,乌克兰等栽培种为进化类型。

可再生能源发电配额制政策(RPS)研究

本文首先解释了可再生能源发电配额制政策的基本含义。然后 ,通过比较英国、美国、荷兰、丹麦和澳大利亚五国的可再生能源发电配额制政策 ,总结了实施RPS的国际经验 ,包括成功的经验和失败的教训 。

基于叶绿体rps16基因和核基因ITS片段研究肉苁蓉属系统位置

在前人对列当科系统发育研究的基础上,追加了肉苁蓉属(Cistanche)的基因序列数据,运用最大简约法、最大似然法和贝叶斯推断方法探讨了其在列当科中的系统位置及列当科中属间关系。基于rps16基因序列及rps16+ITS联合序列建立了列当科系统发育树,结果显示,肉苁蓉属、列当属(Orobanche)以及草苁蓉属(Bos-chniakia)聚在同一进化枝内,肉苁蓉属和列当属表现出最近亲缘关系;列当科中的全寄生类群、半寄生类群和非寄生类群分属在3个不同分支中。

大熊猫核糖体蛋白亚基RPS7基因的克隆及序列分析

目的了解大熊猫(Ailuropoda melanoleuca)核糖体蛋白亚基RPS7基因的结构及其与已报道的人和其他哺乳动物核糖体蛋白亚基RPS7基因的同源性。方法运用RT-PCR技术,从大熊猫的肌肉组织总RNA中对核糖体蛋白亚基RPS7基因的表达序列进行克隆、测序;采用Gnescan软件,对所克隆的基因序列进行氨基酸序列推定;采用ORF finder软件进行DNA序列的开放阅读框(ORF)查找;采用DNAMAN Version6,对基因序列和氨基酸序列进行同源性比较;采用Ex2PASy Proteomics Server软件进行蛋白质功能位点和生化特性预测分析。结果大熊猫RPS7基因的表达序列全长为589bp,ORF为585bp,编码194个氨基酸,该蛋白的相对分子质量为22.12685×103,等电点为10.09,含有1个N-糖基化位点,2个依赖于cAMP和cGMP的蛋白激酶磷酸化位点,4个蛋白激酶C磷酸化位点,1个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点,2个十四(烷)酰化位点,2个酰胺化位点及1个RPS7蛋白signature位点。进一步分析结果显示,大熊猫RPS7基因的表达序列及其编码的氨基酸序列与已报道的部分哺乳动物具有很高的相似性。结论运用分子生物学原理与相应的技术手段,成功地扩增出大熊猫RPS7基因的表达序列,并对其编码的蛋白进行了初步分析,丰富和完善了哺乳动物RPS7基因资料库。

蕨类植物叶绿体rps4基因的适应性进化分析

在原核生物和植物叶绿体中,RPS4(ribosomal protein small subunit4)在核糖体30S小亚基形成起始过程中发挥重要作用;该蛋白在植物中由叶绿体rps4基因编码。为验证蕨类植物在白垩纪适应被子植物兴起而发生分化的观点,本文以23种蕨类植物为研究对象,利用分支模型、位点模型和分支位点模型对其叶绿体rps4基因进化适应性进行分析。分支模型检测到4个可能存在正选择的分支;位点模型和分支位点模型虽然没有检测出正选择位点,但是位点模型检测出了85个负选择位点。通过研究我们仅仅得出a、b两个代表水龙骨类的分支处于正选择压力下,这与水龙骨类在白垩纪发生辐射式演化的理论相一致。同时rps4基因处于强烈的负选择压力这一事实表明该基因的功能与结构已经趋于稳定。

基于rpL36-rpS8序列的石蒜属植物亲缘关系研究

采用试剂盒提取总DNA、PCR产物直接测序法测定了石蒜属12种、1变种和外类群水仙属中国水仙的rpL36-rpS8序列。序列分析结果表明:石蒜属rpL36-rpS8长约515 bp,排序且两端切平后为523 bp,当空位始终作为缺失处理时,变异位点7个,其中信息位点4个,占序列总长度的0.78%;种间碱基差异百分率为0.3%,其中转换率为0.2%,颠换率为0.1%;序列的G+C含量为36.1%。利用UPGMA法基于rpL36-rpS8序列构建了石蒜属植物的种间关系发育树,结果,安徽石蒜、长筒石蒜、稻草石蒜、江苏石蒜、乳白石蒜和换锦花首先聚为一支,中国石蒜和玫瑰石蒜聚为第二支,二者组成了第I类,并获得了67%的支持率;第II类由夏水仙和长筒石蒜的变种黄长筒石蒜组成,靴带支持率为54%;第III类由香石蒜和石蒜组成,获得了90%的靴带支持率;忽地笑则自成单系。本研究结果与前人matK、atpB-rbcL和trnL-F的结果基本吻合。同时还证实,rpL36-rpS8是研究石蒜属种间鉴别和亲缘关系较合适的片段。

RPS/PE反应性共混研究

用ＩＲ、ＤＳＣ、ＧＰＣ研究了侧基含有过氧键的活性聚苯乙烯（ＲＰＳ）与聚乙烯（ＰＥ）之间的反应，用ＳＥＭ观察了共混物的断面形态。结果表明，ＲＰＳ／ＰＥ共混反应中生成ＰＳ－ｇ－ＰＥ，对ＰＥ／ＰＳ共混物具有增容作用，提高了共混物的力学性能。

大熊猫核糖体蛋白S12亚基基因(rpS12)的cDNA克隆及序列分析

根据已报道的部分哺乳动物核糖体蛋白S12亚基基因(rpS12)的相关信息设计引物,运用RT-PCR技术,从大熊猫的肌肉组织总RNA中成功克隆了核糖体蛋白S12亚基基因的表达序列,对其进行了克隆、测序及分析.结果表明:大熊猫核糖体蛋白S12亚基基因的表达序列全长为422bp,开放阅读框(ORF)为399bp,编码132个氨基酸的蛋白质,该蛋白的相对分子质量为1.45×104,PI为6.81,含有1个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点,3个N-豆蔻酰化位点和一个核糖体蛋白S12 signature位点.该基因的表达序列及其编码的氨基酸序列与已报道的部分哺乳动物有很高的相似性.