RSAP标记技术在紫菜遗传多样性检测及种质鉴定中的应用

限制性位点扩增多态性（restriction site amplification polymorphism，RSAP）是根据基因组内普遍存在的酶切位点来设计特殊的引物，通过简单的梯度PCR反应来产生多态性。本研究首次将RSAP标记技术成功应用于紫菜遗传多样性检测和种质鉴定。利用所建立的适合于紫菜RSAP分析的PCR反应体系和反应条件，使用30对引物对15个紫菜系DNA进行了PCR扩增，经过3次重复验证，有12对引物能够扩增出清晰且稳定的条带。这12对引物共扩增出413条带，其中408条为多态性条带，多态性比例96％，平均每对引物产生34条多态性条带，片段大小在50-500bp之间。利用这413条带进行聚类分析，产生了这15个紫菜系的进化树。15个紫菜系在0.69相似系数水平上分为两大类：一类包括坛紫菜；另一类包括条斑紫菜和少精紫菜。选2对引物R1／R6和R3／R4所扩增的10条稳定且重复性好的条带，构建了这15个紫菜系的RSAP-DNA指纹图谱。在该指纹图谱中，每个紫菜系都有其独一无二的指纹模式，能够很容易地与其它紫菜系相区分。

应用RSAP、SRAP和SSR分析苎麻种质亲缘关系

分别采用RSAP、SRAP和SSR3种分子标记和田间性状对16份苎麻种质进行亲缘关系聚类,结果表明,每对引物扩增出的多态性位点,SRAP标记最多,RSAP次之,SSR较少;根据SRAP标记和RSAP标记分类的结果都与RSAP+SRAP+SSR联合分类的结果基本一致,相关达到了极显著水平,而与SSR标记分类结果差异较大;分子标记聚类结果与田间性状的聚类结果接近程度,依次为SRAP+RSAP+SSR>SRAP>RSAP>>SSR。在检测苎麻种质亲缘关系中,SRAP标记效果最优,RSAP标记稍逊,SSR标记最差。RSAP标记能较好地显示苎麻种属间的多态性和亲缘关系。以RSAP、SRAP、SSR标记联合分析,能更好地揭示种质之间的亲缘关系。

SRAP/RSAP标记鉴定印度南瓜种子纯度的方法

应用相关序列扩增多态性(SRAP)标记和限制性位点扩增多态性(RSAP)标记对印度南瓜品种杂交种子纯度进行鉴定试验。结果表明,筛选出的引物E1M5和R1R7可很好地区分出红栗二号、红栗、锦栗二号和锦栗南瓜,利用RSAP分子标记R1R7可检测出锦栗杂交种子纯度,分子标记检测结果与田间检测结果吻合率达到90%。

红花檵木RSAP-PCR反应体系的建立与优化

分别采用单因子试验和正交设计试验对影响红花檵木RSAP-PCR反应体系的5个因素(DNA模板量、Mg2+浓度、dNTPs浓度、引物浓度、Taq酶量)在4个水平上进行优化.结果表明,2种方法得到的影响因素的最优水平存在差异,通过综合比较与分析,选取红花檵木RSAP-PCR最优反应体系为:在25μL的反应体系中,模板量70ng,Mg2+浓度1.50mmol/L,dNTPs浓度0.25mmol/L,引物浓度0.20mmol/L,Taq酶量2.50U.

基于RSAP和SSR的辣椒优良自交系间遗传距离的估计与比较

作物F1代的杂种优势表现与亲本间的遗传距离直接相关,对自交系间遗传距离的估计可被用来预测杂种优势。针对我国鲜食尖椒的育种目标,利用RSAP和SSR标记系统,对来自国内外的10份尖椒优良自交系间的遗传距离进行估计,并比较了2种标记的结果和效力。结果显示,RSAP标记具有较高的位点和多态性检测能力,平均每次可检测51个位点和13个多态性条带,分别是SSR的17倍和6.5倍;基于RSAP的遗传距离和基于SSR的遗传距离相关性较高(r=0.542 9);2种标记系统的聚类结果基本一致,均将10份尖椒分为3大类,这种分类结果不但反映了果实形状在辣椒分类上的重要地位,而且与辣椒杂种优势育种实践相一致。

龙须菜RSAP分析及其SCAR标记的转化

初步探讨限制性位点扩增多态性（Restriction site amplified polymorphism，RSAP）分子标记技术在龙须菜遗传多样性检测和种质鉴定上的应用。利用所优化的适合于龙须菜RSAP分析的PCR反应体系，对青岛湛山湾野生群体和栽培品系981、07-2进行遗传多样性分析和比较。试验采用15对引物组合在3个群体14个龙须菜个体中共扩增出669个位点，其中多态位点数为146个，多态性比例22％，平均每对引物产生10条多态性条带，片段大小在100～1000bp之间。湛山湾野生群体的Na（1．0075）、Ne（1．0071）、H（O．0036）、I（0．0051）与栽培品系981的Na（1．003O）、NP（1．0021）、H（0．0012）、I（0．0018），以及栽培品系07-2的Na（1．009O）、Ne（1．0063）、H（0．0037）、I（0．0054）相比较可知3个群体的遗传多样性是有差异的。种群间的遗传多样性分析表明，在所有检测的样品中，遗传多样性多来自不同群体间的多样性。群体遗传结构分析表明，2个栽培品系981、07—2间遗传距离不大，但栽培品系与湛山湾野生群体间的遗传距离相对较大，而UPGMA聚类分析也明显的将湛山湾野生群体与栽培品系981、07—2区分开来，表明野生群体与栽培品系间已产生一定的遗传隔离。通过分析湛山湾野生群体及栽培品系981、07—2的RSAP指纹图谱，从中筛选栽培品系981的特异条带，并将其转化为稳定性好、特异性高的序列特征化扩增区（Sequence characterized amplified regions，SCAR）分子标记。

基于RSAP标记的大花三色堇遗传多样性分析

采用限制性位点扩增多态性（RSAP）标记技术,对来源于国内外不同地区的41份大花三色堇种质资源遗传多样性进行分析,并用Bayesian法和UPGMA法分别对其进行遗传结构和亲缘关系分析。结果表明：筛选的26对RSAP引物组合共扩增出588条带,其中多态性条带567个,多态性比率为97.03%,平均每对引物扩增出22.62个位点和21.81个多态性位点,18对引物组合的鉴别能力达到100%,说明RSAP在大花三色堇遗传多样性分析中有较好的适用性和较高的分析效力。41份大花三色堇种质Nei’s遗传多样性指数和Shannon信息指数均值分别为0.248 9、0.395 1,高于自花授粉植物烟草,与异花授粉植物玫瑰相近,表明大花三色堇遗传多样性较为丰富。遗传结构分析将41份大花三色堇种质分为6个组群,组群的划分与种质的地理来源存在较高相关性。基于Nei’s遗传相似系数,41份大花三色堇种质分为3大类,其中第3大类又可细分为4个亚类,来源于相同或相近地域的种质大多聚在一起,表明大花三色堇的种质交流存在地域限制。按地理来源划分的种质群亲缘关系分析显示,中国种质群与荷兰种质群相距最近,与德国种质群最远,提示应加强对德国种质的引进;按花色划分的6个群体Shannon信息指数为0.199 4~0.364 9,其中白色种质群最高,黑色种质群最低,说明白色花遗传多样性基础较广,而黑色花遗传多样性较低。

侧耳RSAP-PCR体系的建立和优化

采用单因素试验和正交设计相结合进行了侧耳(Pleurotus ostreatus)RSAP-PCR反应体系的建立和优化,并对优化后体系的稳定性进行了验证。讨论了Mg2+浓度、dNTPs浓度、引物浓度、Taq聚合酶用量和模板DNA含量对侧耳RSAP-PCR反应的影响,最终得出总体积为25μL的反应体系:30 ng模板DNA,2.0μL10倍PCR buffer,Mg2+2.5 mmol/L,dNTPs 0.25 mmol/L,引物0.32μmol/L,Taq DNA聚合酶2U,ddH2O 13.2μL。

RSAP分子标记技术在园艺植物研究中的应用

限制性位点扩增多态性(RSAP)是一种基于PCR的新型植物分子标记技术,具有操作简便、结果稳定、效率较高的特点。该技术以植物基因组上广泛分布的限制性位点位为靶标,通过独特的引物设计和PCR扩增程序,无需限制性酶切环节,只要一个简单的PCR,即可产生基于植物限制性位点的多态性标记。阐述了RSAP的原理与流程,对该技术的优势和应用情况做了总结,并对其前景进行了展望。

石斛属植物遗传多样性的RSAP分析(英文)

[目的]用RSAP标记技术分析中国境内分布的33种野生石斛的遗传多样性及亲缘关系。[方法]建立石斛RSAP-PCR反应体系,从45对RSAP引物中筛选出33对多态性引物,对33种野生石斛的基因组DNA进行PCR扩增。[结果]这33对引物共扩增出2 047条带,其中多态性条带为2 044条,多态性比例99.8%,平均每对引物产生61.9条多态性条带。材料间遗传相似系数变化范围为0.081-0.442,说明本实验所测试的材料具有较广的遗传基础。根据RSAP标记的结果,采用UPGMA法进行聚类分析,将33种野生石斛分为6类。结果表明剑叶石斛和滇桂石斛之间亲缘关系最近,而华石斛与喇叭唇石斛、细叶石斛之间亲缘关系最远。[结论]石斛具有丰富的遗传多样性,该研究可为石斛属的分类、育种及杂交亲本的选择提供分子水平依据。

基于SSR和RSAP的龙须菜作图群体多态性标记开发与亲本间遗传距离的估计与比较

遗传连锁图谱的构建是实现分子标记辅助育种与数量性状定位的必要手段,为构建龙须菜(Gracilariopsis lemaneiformis)遗传连锁图谱提供多态性分子标记,本实验共采用400对SSR引物和91对RSAP引物对组合,对龙须菜两个F1代配子体作图群体的亲本进行了多态性标记筛选,并对4个亲本间的遗传距离进行了评估。得到的SSR多态性标记在GL-F3/GLM8间为15个,GL-F6/GL-M9间为8个;多态性RSAP标记在GL-F3/GL-M8间为88个;GLF6/GL-M9间为93个。分析了基于SSR、RSAP技术的两对亲本间的遗传距离,SSR结果显示GL-F3/GL-M8间遗传距离为0.071 2,GL-F6/GL-M9间的遗传距离为0.043 6;RSAP结果显示GL-F3/GL-M8间遗传距离为0.228 4,GL-F6/GL-M9间的遗传距离为0.253 7。结果表明,在引物组合平均覆盖的位点和引物组合平均产生的多态性方面,RSAP均远高于SSR,在GL-F3/GL-M8间RSAP分别是SSR的4.48与12.13倍,在GL-F6/GL-M9间RSAP分别是SSR的5.81与25.5倍,RSAP标记更适合应用于龙须菜的遗传距离估计和资源的遗传多样性研究。本研究揭示出作图群体亲本间遗传多样性特征,SSR与RSAP分子标记的开发为龙须菜遗传连锁图谱的构建奠定了基础。

皂荚种质资源RSAP遗传多样性分析及指纹图谱的构建

利用RSAP标记技术对18份皂荚种质材料进行了遗传多样性分析。结果表明,从45对RSAP引物中筛选了12对引物进行PCR扩增,共扩增出167个条带,其中多态性条带154个,多态性位点百分率(PPL)为92.22%。各引物Nei’s基因多样性指数(H)和Shannon’s信息指数(I)的平均值分别为0.229 8和0.371 6,18份皂荚种质的遗传相似系数(GS)为0.431 1~0.988 0。UPGMA聚类分析表明,在GS为0.62处可将18份皂荚种质资源分为3组,其中,野皂荚单独为一组,山皂荚和皂荚-T聚为一组,其他皂荚材料聚为一组。利用6对引物扩增的9个多态性位点,构建了18份皂荚种质资源的DNA指纹图谱,可以将其区分并精准鉴定。

苎麻RSAP-PCR反应体系的正交优化

限制性位点扩增多态性(restriction site amplified polymorphism,RSAP)是一种新型的分子标记技术,为了明确该标记技术在苎麻上利用的可行性。对限制性位点扩增多态性(RSAP)-PCR反应体系利用正交试验进行优化。结果表明:25μL体系中,其最优条件为TaqDNA聚合酶1U,dNTPs 0.3mmol/L,引物0.25μmol/L,DNA 10ng。

红花檵木花叶芽变的表型分析与RSAP分析鉴定

为从表型和分子水平上区分红花檵木芽变类型与普通类型,以＂密枝玫红＂及其3份花叶芽变为材料,在分析其表型特征和观察物候期的基础上,结合限制性位点扩增多态性技术,对其遗传稳定性进行了初步研究。结果表明：＂密枝玫红＂花叶芽变与母株的主要表型差异表现在叶片长度和枝梢长度方面,其它表型特征差异不显著,3份花叶芽变的主要物候期均早于母株红花檵木;4份材料的组织浸提液经黄豆、黄瓜、辣椒、番茄和红花檵木生物接种试验检测无病毒感染症状,其扦插苗后代表型稳定;从45对引物组合中筛选了13对引物进行PCR扩增,共产生了1 174条带,在芽变单株及其母株之间产生了146条差异条带,条带主要集中在100-2 000 bp之间;＂密枝玫红＂花叶芽变是一类不同于母株的芽变新种质。

贵州省加工型辣椒资源RSAP分析

利用RSAP标记技术对贵州省的20份加工型辣椒种质资源进行评价,以期为辣椒品种选育提供依据。结果表明,3对引物共扩增出72条带,其中47条为多态性条带,多态性比例为65.3%,平均每对引物产生24条多态性条带,片段大小为100～2 000bp。聚类分析结果表明,20份材料的遗传相似系数变化范围为0.625～0.931,果形性状在聚类图中呈随机分布,表明贵州省加工型辣椒种质间存在着丰富的遗传多样性。

基于RSAP标记的10个白杨派无性系指纹图谱构建及遗传分析

【目的】评判限制性位点扩增多态性(RSAP)标记对杨树无性系良种的鉴定效果,为杨树种质资源保护与品系鉴定提供依据。【方法】以白杨派10个优良无性系(秦白杨1号、秦白杨3号、秦白杨5号、84K、I-101、新疆杨、毛白杨30号、07-17-18、07-23-23、07-30-11)为材料,从9条RSAP引物组成的36对引物组合中筛选出6对扩增效果较好的引物组合,利用毛细管电泳检测法及POPGENE 32软件检测并分析扩增产物多态性,计算遗传多样性相关指标;选取多态性高且能区分所有无性系的引物,构建白杨派10个无性系的指纹图谱;利用NTSYS 2.1软件计算各无性系间的遗传相似系数,基于UPGMA进行聚类分析。【结果】6对引物组合从10个白杨派无性系中共扩增多态位点133个,平均每对引物扩增22.17个,平均Shannon信息指数为0.326,平均Nei’s基因多样性指数为0.488,表明无性系间具有较高的遗传多样性,遗传变异丰富。利用2个引物组合Rs2/Rs4和Rs2/Rs7的6个多态性位点,即可将10个白杨派无性系全部鉴别开来。10个白杨派无性系间的遗传相似系数为0.400~0.817,平均遗传相似系数为0.594。聚类结果显示,在遗传相似系数0.510处,10个白杨派无性系被分成两大类,新疆杨和毛白杨30号聚为一类,其余无性系聚为另一类,与其实际亲缘关系大致相符。【结论】RSAP分子标记可有效用于杨树种质资源鉴定及遗传分析,运用毛细管电泳检测可准确定位多态位点,一定程度上弥补了传统聚丙烯酰胺凝胶电泳的缺点。

芝麻RSAP-PCR反应体系的正交优化与验证

限制性位点扩增多态性(RSAP)是一种新型分子标记技术。为获得适用于芝麻的RSAP-PCR的反应体系,本研究通过L16(45)正交设计与单因素试验相结合的方法,对PCR反应体系中模板DNA、Mg2+、d NTPs、引物和Taq DNA聚合酶等影响因素进行了试验优化。结果表明,芝麻RSAP-PCR的最佳反应体系为:在15μL反应体系中,30 ng模板DNA、2.0 mmol/L的Mg2+、0.3 mmol/L的d NTPs、0.6μmol/L的引物和1.0 U的Taq DNA聚合酶。利用17个芝麻品种对该体系进行了稳定性验证和多态性检测,结果表明,该反应体系稳定、可靠,29对随机引物组合共扩增DNA条带454条,每对引物扩增8~21条,平均15.66条,多态性比例为0%~56.25%,平均25.77%。利用普通芝麻与有限生长习性芝麻构建的F2分离群体对RSAP标记进行了初步遗传验证,结果表明,F2群体植株中出现了亲本位点的分离。该RSAP-PCR反应体系的建立与优化为芝麻遗传多样性分析、连锁图谱构建和分子标记辅助育种提供了新技术。

重楼属植物遗传多样性的RSAP标记

目的:研究重楼属植物DNA指纹图谱,初步探讨RSAP分子标记技术在重楼属植物遗传多样性研究上的应用。方法:采用限制性位点扩增多态性(restriction site amplification polymorphism,RSAP)技术对重楼属8个种进行基因组DNA多态性分析。结果:用10条RSAP引物即选出18对引物组合构建了8个种的DNA指纹图谱。通过遗传距离构建系统进化树,重楼属8个种的进化关系得到了很好的分辨。结论:RSAP标记能够对重楼属植物进行准确的分子鉴定,为重楼属中药材的种类鉴定和种间的分类地位提供分子生物学依据。

RSAP、SSR和SRAP分析马铃薯遗传多样性的应用比较

本研究分别利用RSAP、SSR和SRAP对15份马铃薯种质进行遗传多样性分析,比较3种分子标记的分析效力。结果表明,平均每对引物扩增出的多态性位点RSAP（5.75个）；RSAP＋SSR＋SRAP联合聚类的结果与SRAP和RSAP聚类结果基本一致，相关性分别达到极显著和显著水平，与SSR的聚类结果基本相似，呈显著相关性。在分析马铃薯遗传多样性中，SRAP标记的效果最优，SSR标记效果略优于RSAP标记。RSAP分子标记能较好地分析马铃薯的遗传多样性，而以RSAP＋SSR＋SRAP联合分析，则能更好地评估种质的遗传多样性和亲缘关系。

麦冬不同种群遗传多样性的RSAP分析

利用RSAP标记技术对120份不同地理来源的麦冬种质资源进行多样性分析，结果表明：筛选出的16对引物组合共扩增出326条带，其中318条多态性条带，多态性比率为97.55%，多态性含量PIC在0.87～0.95，平均0.92，表明试供材料间在分子水平上具有丰富的遗传多样性。种群遗传多样性结果表明，20个种群多态性位点比例（PPL）为19.94%～85.58%，Nei＇s基因多样性指数（H）和Shannon信息指数（I）分别在0.082 6～0.210 7，0.120 6～0.328 1，其中浙麦冬遗传多样性最高，矮小山麦冬遗传多样性最低。种群遗传距离在0.024 6～0.286 8，浙江山麦冬和浙江阔叶山麦冬遗传距离最小，福建短葶山麦冬和沿阶草遗传距离最大。20个自然种群间基因分化系数（Gst）为0.430 7，种群间遗传变异占总遗传变异的43.07%，种群内变异为56.93%，基因流（Nm）为0.660 9。UPMGA聚类分析与主坐标分析结果基本一致，120份样本被分成四大类，聚类结果与形态分类基本一致，同时与地理来源也有很高的的一致性。