应用SYBR荧光实时定量RT-PCR法检测TGF-β1诱导瘢痕疙瘩成纤维细胞中PAI-1mRNA表达

目的应用SYBR荧光实时定量RT—PCR法检测转化生长因子-β1（transforming growth factor betal，TGF-β1）诱导瘢痕疙瘩成纤维细胞（keloid fibroblasts，KFS）中纤溶酶原激活物抑制剂-1（plasminogen activator inhibitor1，PAI-1）mRNA的表达。方法体外分离培养KFs，应用不同浓度（1．25～20pmol·L-1）TGF-β1刺激KFs3h或TGF-β1（10pmol·L-1）刺激KFs不同时间（0．5～6h），采用SYBRGreenI荧光实时定量RT—PCR法检测，以B—actin基因作为内参，计算各组PAI-1mRNA的相对表达量。结果与空白对照组相比，TGF-β1能明显诱导KFs中PAI-1mRNA的表达，10、20pmol·L-1浓度组表达比值分别增至4．19及4．44倍（P〈0．01）；TGF-β1（10pmol·L。）的1、2h时问组表达比值分别增至2．29及2．41倍（P〈0．05），3、6h时间组分别增至4．19及5．83倍（P〈0．01）。提示，TGF-β1诱导KFs中PAI=1mRNA表达的最适浓度为10pmol·L-1、最适时间为3h。结论利用SYBR荧光实时定量RT—PCR法检测TGF-β1诱导KFs中PAI-1mRNA的表达，为进一步研究瘢痕疙瘩中TGF-β1信号通路的靶基因调控机制，以及开发治疗瘢痕疙瘩的新药提供了基础。

甲型(H1N1)(2009)流感病毒三重RT-PCR快速检测方法的建立

目的建立一种早期快速检测甲型(H1N1)(2009)流感流行病毒株的方法。方法将2009年分离的甲型(H1N1)流感流行病毒株基因与以前的流感病毒株进行序列比对,找出其特异的基因序列,设计针对甲型(H1N1)(2009)流行株的血凝素(HA)、神经氨酸酶(NA)、核蛋白(NP)基因的三对特异引物,采用RT-PCR同时扩增三条目的片段,通过琼脂糖凝胶电泳进行检测。结果此方法对临床标本的阳性检出率为71%。结论采用三重PCR同时扩增甲型(H1N1)(2009)流感流行病毒的三段特异序列既缩短检测时间又提高了检测特异性,无交叉反应,是一种有效可行的快速检测甲型(H1N1)(2009)流感流行病毒株的方法。

竞争RT-PCR方法检测Ctr1基因mRNA变化的内参构建

构建定量逆转录 聚合酶链反应 (RT PCR)的内参标准 ,用以检测铜代谢过程中Ctr1基因mRNA表达的变化情况。采用双引物 ,经 2次克隆将 4 0 0bp左右的外源基因片段插入到 5 30bp目的片段的单酶切位点中 ,构建成突变型DNA阳性竞争重组质粒。结果 ,成功构建了 930bp左右的竞争模板重组质粒。

应用多重RT-PCR技术检测食管癌患者外周血多种肿瘤基因标志物的研究

目的:建立多重RT-PCR同步检测技术,联合检测黑色素瘤抗原MAGEA3基因、人类斯钙素hsTC1基因、上皮细胞角质蛋白CK20、CK19基因及癌胚抗原CEA基因mRNA在食管癌患者外周血中的表达。方法:在分析MAGEA3、hSTC1、CK20、CK19、CEA和β-actin六种基因mRNA全长序列资料的基础上,自行设计并筛选出6对引物及6条寡核苷酸探针,利用多重RT-PCR技术并结合基因芯片对样本进行检测。结果:全部样品均可检出β-actin,55例食管癌患者外周静脉血中MAGEA3、hSTC1、CK20、CK19和CEA的阳性表达率分别为25.45%、47.27%、49.09%、34.55%和52.73%;多重RT-PCR技术同时检测MAGEA3、hSTC1、CK20、CK19和CEA基因,如果至少表达其中一种即可作为阳性表达者,其阳性表达率可达72.73%。而10例食管癌组织中均为阳性,28例正常健康捐献者的外周血中有2例CEA表达阳性,27例非肿瘤病人的外周血中有3例CK20阳性,3例CK19阳性,3例CEA阳性。测序结果证实RT-PCR产物确为MAGEA3、hSTC1、CK20、CK19和CEA基因。结论:联合检测MAGEA3、hSTC1、CK20、CK19和CEA可以增加外周血循环癌细胞检测的敏感性,本研究建立的多重RT-PCR技术可以做为一种快速、灵敏的检测手段。

RT-PCR检测乳腺癌患者外周血表皮生长因子受体和细胞角质蛋白-19mRNA的表达

目的 探讨逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR )方法检测乳腺癌患者外周血表皮生长因子受体(EGFR)mRNA作为乳腺癌循环肿瘤细胞标志的可能性及意义。方法 以转录聚合酶链式反应(RT-PCR)方法,分别对40例乳腺癌患者和30例健康人静脉血进行EGFRmRNA检测,同时与目前研究较多的循环上皮细胞标志:细胞角质蛋白CK-19的mRNA做比较。结果 在30例健康人外周静脉血中没有发现EGFRmR NA的表达( 0% ),但有8例CK-19阳性( 26. 7% )。而40例乳腺癌患者检测出13例EGFRmRNA阳性(32. 5% ),与正常人相比P<0. 01,两组间存在显著性差异;CK-19的mRNA阳性例数为14 (35. 0% ),与正常人相比P>0. 05,两组间无统计学差异。通过免疫组化检测到25例( 62. 5% )的肿瘤组织中EGFR阳性,所有外周血中EGFRmRNA阳性的病例,相应的原发肿瘤病灶中EGFR蛋白均为阳性,组织中EGFR蛋白高表达的患者外周血EGFRmRNA检出率也高(P<0. 01)。26例初治患者中5例EGFRmRNA阳性(19. 2% ),14例复治患者中8例EGFRmRNA阳性(57. 1% ),两组相比P<0. 05,存在显著性差异。6例曾使用过紫杉醇类药物挽救化疗的转移性患者中1例EGFRmRNA阳性(16. 7% ), 8例未使用过紫杉醇类药物挽救化疗的转移性患者中7例EGFRmRNA阳性(87. 5% ),两组相比P<0. 05,存在显著性差异。

晶状体上皮细胞mRNA定量分析中内部参照标准β-肌动蛋白RT-PCR反应条件的研究

目的 探讨晶状体上皮细胞mRNA定量分析中内部参照标准β-肌动蛋白RT-PC反应条件。方法 从培养的人晶状体上皮细胞中提取mRNA，应用设计的引物RT-PCR检测β-肌动蛋白，电泳分析53.2℃、53.9℃、55℃、56.2℃、57.4℃、58.6℃、59.8℃、60℃、62℃、62.7℃不同的退火温度的扩增产物。结果 各退火温度条件下，β-actin扩增产物均形成长度为302bp片段，且未见非特异性扩增产物条带。退火温度为58.6℃时，β-actin扩增产物的条带最清晰。结论 采用本实验中所设计的引物联合58.6℃退火温度等实验条件所扩增的长度为302bp片段，清晰稳定，是晶状体上皮细胞mRNA定量分析中良好的内部参照标准。

桃潜隐花叶类病毒RT-PCR和分子杂交检测技术的建立

本研究从武汉周边采集表现典型花叶症状的桃样品,提取总RNA为模板,采用RT-PCR方法对这些样品进了分析,结果显示所分析的5个样品(P1～P5)均获得了预期大小约为337bp的目标扩增条带,表明样品均带有PLMVd.通过回收RT-PCR产物,用生物素标记制备探针,分别采用DNA斑点杂交、RNA斑点杂交和组织印迹杂交3种杂交方法对这些样品进行检测比较,3种杂交方法中,组织印迹杂交操作步骤相对简单快捷,适合于对PLMVd进行大田快速检测.

颌骨肿瘤中骨形成蛋白-2基因扩增的RT-PCR研究

目的探讨颌骨肿瘤中骨形成蛋白(BMP)-2基因的扩增与颌骨肿瘤的发生、发展及生物学行为之间的关系。方法采用反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)技术检测9类87例新鲜颌骨肿瘤标本中BMP-2基因扩增结果。结果含肿瘤性硬组织的全部42例颌骨肿瘤(骨肉瘤、软骨肉瘤、牙源性纤维瘤、骨化性纤维瘤、化牙骨质纤维瘤)和部分颌骨成釉细胞瘤(27/31)均显示人BMP-2特异性扩增条带,而不含肿瘤性硬组织的其他颌骨肿瘤(牙源性钙化上皮瘤、纤维肉瘤、脂肪肉瘤)均未见特异性扩增条带。结论颌骨肿瘤中BMP-2基因扩增存在差异,BMP-2基因扩增与肿瘤性硬组织的形成有关,与某些颌骨肿瘤的发生、发展及生物学行为之间存在一定关系。

鹌鹑肝组织胱硫醚β-合酶基因RT-PCR的实验研究

[目的]建立一种有效的鹌鹑肝组织胱硫醚β-合酶(CBS)RT-PCR,为实现CBS Real-time PCR提供条件。[方法]采取一步法,改进一步法,异硫氰酸胍法(重复抽提)和异硫氰酸胍法(一步法)四种方法提取总RNA,以CBS cDNA共有序列设计鹌鹑CBS引物,进行CBS RT-PCR引物筛选。[结果]除改进一步法外,其他三种方法提取的总RNA完整性好;除异硫氰酸胍法(一步法)外,其他三种方法提取的总RNA的A260/A280都在1.8以上纯度。异硫氰酸胍法(重复抽提)提取的总RNA极少残留DNA。[结论]四种方法都能较好地扩增CBS片段,一步法最省时。但异硫氰酸胍法(重复抽提)抽提得到的RNA质量较好.

比格犬IFN-α和IFN-β mRNA SYBR GreenⅠ荧光定量RT-PCR检测方法的建立

为检测比格犬α和β-干扰素(CaIFN-α和CaIFN-β),本研究根据GenBank中登录的IFN-α和IFN-β基因序列,分别设计合成特异性引物,以犬3-磷酸甘油脱氢酶(GAPDH)mRNA为内参,建立SYBR Green I荧光定量RT-PCR检测方法。通过RT-PCR分别扩增IFN-α、IFN-β和GAPDH的基因片段,并克隆于pMD19-T载体中制备标准品,建立荧光定量RT-PCR标准曲线。结果表明:IFN-α和IFN-β和GAPDH基因的Ct值与标准品稀释度在1×102拷贝/μL^1×108拷贝/μL内均呈良好的线性关系,相关系数均大于0.994。组内组间变异系数均小于3%,特异性和重复性较好。同时采用常规RT-PCR方法与本研究建立的方法对30份临床样品检测,结果显示IFN-α和IFN-β的阳性符合率分别为96.43%和96.55%。本研究建立的检测方法为比格犬IFN mRNA的定量分析提供了有效手段。

高通量实时荧光定量RT-PCR方法验证FL细胞对苯并(a)芘7,8-二氢二醇9,10-环氧化物处理的差异表达基因

目的验证由寡核苷酸微阵列检出的FL细胞对苯并(a)芘7,8-二氢二醇9,10-环氧化物(BPDE)处理的差异表达基因。方法FL细胞分别经0.1%二甲亚砜(DMSO)和0.5μmol.L-1BPDE处理,以高通量实时荧光定量RT-PCR方法(TaqMan(低密度芯片)平行检测185个目标基因的相对表达水平。结果BPDE处理组相对DMSO对照组,51个基因表达有差异,12个基因表达上调,39个基因表达下调,(n=3,P<0.05),涉及细胞增殖,分化,凋亡调控基因,转录调节基因和代谢酶基因等。结论高通量实时荧光定量RT-PCR可迅速对微阵列数据进行验证,差异表达谱有助于研究BPDE的毒理机制和细胞的应答反应。

脾源鸭γ-干扰素基因的RT-PCR扩增、序列分析及表达

从丝裂原刺激的鸭脾淋巴细胞中提取基因组 RNA,采用 RT-PCR 扩增鸭干扰素γ基因并进行了序列分析。序列分析结果表明,鸭干扰素γ基因序列全长477bp,开放阅读框架内401个核苷酸,共编码132个氨基酸。将鸭γ-IFN 基因定向克隆到原核表达载体pBV220中,重组质粒经酶切鉴定后,转化到宿主菌 DH5a 中,温度诱导表达,SDS-PAGE 分析,表达产物与标记抗鸡干扰素抗体出现 Dot-ELISA 阳性反应。

柯萨奇病毒B组2型SYBR GreenⅠRT-PCR检测方法的建立

目的:建立一种简单快速、灵敏、特异检测柯萨奇病毒B组2型(CVB2)的SYBR Green I逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)方法。方法:根据CVB2病毒衣壳蛋白1(VP1)的基因保守序列设计带有T7启动子的特异性引物,构建CVB2-T载体的重组质粒,以体外转录获得的RNA为标准品,绘制标准曲线;建立检测CVB2的SYBR Green I RT-PCR方法,对该方法特异性、灵敏性及重复性进行评价。结果:该方法在102~109拷贝/μL范围内具有良好的线性关系,最低检测限度为102拷贝/μL,标准曲线中R^2为0.996,扩增效率为102.2%;且该方法对肠道病毒71型(EVA71)、柯萨奇病毒A组16型(CVA16)、柯萨奇病毒A组10型(CVA10)和柯萨奇病毒A组6型(CVA6)均无交叉反应;组间和组内重复性实验中变异系数(CV)均小于1%。结论:本研究建立的检测CVB2的SYBR Green I RT-PCR方法具有良好的灵敏性、特异性和重复性,可用于CVB2病毒的快速检测和定量分析。

爪哇根结线虫-β1,4-内切葡聚糖酶基因cDNA全长克隆和序列分析

以爪哇根结线虫为材料,根据同源序列法分别进行3′末端和5′末端的RACE,获得-β1,4-内切葡聚糖酶基因cDNA全长。此cDNA全长序列为1 675 bp,包括1 521 bp的完整ORF,编码一含506 aa的多肽。该基因命名为M j-eng3-,其推导蛋白的编码氨基酸与南方根结线虫的-β1,4-内切葡聚糖酶基因M I-ENG-1、M I-ENG-3和M I-ENG-4的同源性为95.3%、95.8%和85.3%,与另外5个植物寄生线虫β-1,4-内切葡聚糖酶基因推导蛋白PP-ENG-1、GR-ENG-1、GT-ENG-1、HG-ENG-1、HS-ENG-1编码氨基酸的同源性分别为51.2%、43.7%、43.7%、46.8%和45.3%。

运动性低血睾酮与血清皮质醇(酮)、睾丸11β-HSD mRNA水平及其中药干预的影响

目的:探讨运动性低血睾酮与血清皮质醇(酮)水平之间的关系,以及益气补肾中药对二者是否具有干预作用。方法:50只Wistar大鼠随机分为安静对照组(n=10)、安静服药组(n=10)、训练组(n=15)和训练服药组(n=15)。经6周递增负荷游泳训练后,使用放免法和酶免法分别测定大鼠血清睾酮和皮质酮水平;利用RT-PCR方法检测大鼠睾丸11β-HSDmRNA的表达水平。结果:(1)训练组大鼠血清睾酮水平显著降低,而训练服药组大鼠的血清睾酮水平则未降低;(2)各组之间的血清皮质酮浓度和11β-HSDmRNA的表达水平没有显著性差异。结论:(1)研究结果提示,长期耐力训练后造成大鼠的血清睾酮水平下降,而训练后糖皮质激素-皮质酮没有升高现象,同时睾丸11β-HSDmRNA的表达亦没有变化,提示运动性低血睾酮可能与皮质酮和11β-HSD之间的相互调节无关;(2)益气补肾中药对大鼠长时间运动后的低血睾酮有干预作用,但对血清睾酮皮质酮和11β-HSDmRNA的表达均没有效应,说明该中药在此方面没有调节作用。

小鼠IL-17A-GST融合蛋白的克隆表达

目的:构建含有小鼠IL-17A(mIL-17A)基因的重组原核表达载体,获得高效表达mIL-17A的基因工程菌,以及较高产量的mIL-17A蛋白。方法:以PMA活化后小鼠脾脏单个核细胞的总RNA逆转录合成的cDNA为模板,PCR法扩增mIL-17A的编码序列,并分别亚克隆至pMD18-T载体和原核表达载体pGEX-4T-1中,经酶切和DNA测序鉴定后,转化感受态大肠杆菌BL21(DE3),IPTG诱导表达,产物经SDS-PAGE及Westernblot鉴定。结果:PCR产物大小及其双酶切鉴定均证明所克隆的基因是mIL-17A,DNA序列测定进一步证实与GenBank报道的序列完全一致。成功构建了重组原核表达载体pGEX-4T-1/mIL-17A,并在大肠杆菌中高效表达出相对分子质量(Mr)约40000的具有可溶性的融合蛋白,且Westernblot证实确为目的蛋白。结论:成功构建了基因重组体pGEX-4T-1/mIL-17A;并制备出可溶性IL-17A-GST融合蛋白。

非酒精性脂肪性肝炎大鼠肝细胞损伤与细胞间黏附分子-1表达的关系

目的探讨非酒精性脂肪性肝炎(NASH)大鼠组织细胞间黏附分子-1(ICAM-1)表达的变化,以及在NASH和纤维化发生机制中的意义。方法40只SD大鼠,分为对照组(普通饲料喂养,n=15)和NASH模型组(高脂饮食,n=25),第20、22周时分批处死大鼠,取肝组织进行病理学检查。全自动生化分析仪测定血清丙氨酸氨基转移酶(ALT)、总胆固醇(TC)和低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)等生化指标;RT-PCR法检测肝组织ICAM-1 mRNA表达。结果第20周时,模型组大鼠未出现明显肝纤维化;而第22周时,模型组大鼠大部分出现了不同程度肝纤维化,部分出现早期肝硬化。第20、22周时,血清ALT、TC和LDL-C与对照组比较,差异均有统计学意义(P<0.01)。第20周时,模型组与对照组比较,肝组织ICAM-1 mRNA表达无统计学意义(P>0.05);而到第22周时,模型组显著高于对照组(P<0.01)。第22周时,ICAM-1 mRNA表达与血清ALT、TC和LDL-C成正相关(P<0.01)。结论随着炎症和纤维化加剧,NASH大鼠的ICAM-1 mRNA表达逐渐增强,提示ICAM-1 mRNA的表达强弱与肝损伤程度有关。

白纹伊蚊β-肌动蛋白基因片段的克隆及其作为基因表达内参照的应用

目的获取白纹伊蚊β-肌动蛋白基因序列并探讨其作为基因表达内参照的作用。方法根据昆虫β-肌动蛋白核苷酸序列的高度保守区设计引物,通过PCR的方法从白纹伊蚊C6/36细胞中扩增获得白纹伊蚊β-肌动蛋白基因片段,进一步通过RT-PCR的方法验证其在稳定转染空载体和40S核糖体蛋白S4(RPS4)基因的白纹伊蚊C6/36细胞中的表达。结果获得白纹伊蚊β-肌动蛋白基因片段,长911 bp,与其他几种蚊β-肌动蛋白基因对应序列的相似性在89%以上。在稳定转染空载体和RPS4基因的C6/36细胞中,均可稳定地扩增出目的基因。结论成功获得了白纹伊蚊β-肌动蛋白基因片段,并且该片段完全可以用作基因表达差异分析时的内参照基因。

非酒精性脂肪肝大鼠肝脏硬脂酰CoA去饱和酶-1表达与ATP浓度之间的关系

目的:研究非酒精性脂肪肝大鼠肝脏SCD-1表达及ATP含量之间的关系.方法:SD大鼠30只分成正常组、高脂组,在实验的第8,16和24周分批处死,观察肝脏组织学改变,荧光素酶-荧光素法测定肝脏ATP含量,RT-PCR实时荧光分析大鼠肝SCD-1mRNA与β-actinmRNA的比值.结果:肝组织HE染色显示高脂组大鼠肝脏内有弥漫性肝细胞脂肪变性,8wk达到脂肪肝诊断标准.8wk表现为单纯性脂肪肝,16-24wk进展为脂肪性肝炎.电镜下发现实验组与对照组相比,肝细胞线粒体肿胀、增大,部分内膜嵴粒脱落,16wk发现线粒体内有类圆形结晶样物质沉积.实验组肝SCD-1mRNA表达下降,8,16和24wk的测定值分别为0.39±0.18vs0.83±0.28(P<0.05)、0.44±0.17vs0.81±0.30(P<0.05)和0.47±0.23vs0.88±0.22(P<0.01);每克肝匀浆ATP含量(10-8μmol/L)减低(2.40±0.54vs2.96±0.43,P>0.05,2.26±0.55vs3.00±0.42,P<0.05和1.74±0.45vs2.79±0.40,P<0.01).肝SCD-1mRNA表达与ATP含量呈正相关(r=0.46,P<0.05).结论:长期高脂饮食引起肝SCD-1的表达下调,促使脂肪在肝内蓄积形成非酒精性脂肪肝.同时使肝细胞内饱和游离脂肪酸增加,线粒体结构和功能受损,使ATP的合成和储存下降,加重氧化应激对肝细胞的打击和肝脏的炎症反应.

两种试剂检测抗-HCV在丙型肝炎诊断中的意义

目的提高丙型肝炎病毒抗体(抗-HCV)检出率和检测结果的准确率。方法应用两个厂家抗-HCV ELISA试剂(试剂1、2)检测本院2006年1～12月间2516份输血、手术前住院患者血清标本。再将试剂1、2均阳性的血清标本28份、仅试剂1阳性的15份和仅试剂2阳性的17份血清标本进行HCV RNA RT-PCR荧光定量检测。结果试剂1、2抗-HCV均阳性28份标本的RT-PCR结果均阳性,仅试剂1抗-HCV阳性的15份标本中2份阳性,试剂2抗-HCV阳性的17份标本中3份阳性;仅试剂1或2抗-HCV阳性的32份血清标本中,HCV RNA RT-PCR检测阳性率为15.63%。结论采用双试剂检测能提高抗-HCV的检出率和结果的准确率。