Eu标记RT-PCR检测丙型肝炎病毒RNA

目的 采用一种新的铕螯合物BHHCT ,制备高灵敏度荧光标记物 ,建立检测丙型肝炎病毒 (HCV)RNA的方法。方法 采用柱层析纯化的方法抽提血清中HCVRNA。以 5′端带有生物素的引物进行RT PCRTth酶一步法扩增 ,通过固定于微孔板上的捕获探针与带有生物素的PCR扩增产物杂交后 ,利用标记有铕的链霉亲合素与生物素的特异性结合 ,将铕连接到待测核酸上 ,在特定波长的激发光激发下发出荧光 ,进行检测。结果 铕标记检测法与酶标法的变异系数、敏感性、特异性分别为10 .43%、10 0 %,10 0 %与 16 .2 5 %,94%,10 0 %。结论 Eu标记RT PCRTth酶一步法检测HCVRNA ,具有敏感、特异、快速、重复性好、不受环境因素影响和无溴乙锭污染等优点 ,可望取代酶标法及电泳法。

HCV RNA RT-PCR测定室间质量评价的研究

目的 建立国内HCVRNART PCR测定的室间质量评价系统。方法 室间质量评价研究工作采用的质控血清盘由 10支冻干质控血清组成 ,其中包括 2份强阳性、 2份弱阳性、 2份阴性和一个 5倍倍比稀释系列 (4份 )。将血清盘寄发给各参评实验室并要求各个实验室按照规定时间检测、回报结果 ,然后对结果进行统计分析。结果 多数参评实验室存在不同程度的假阳性和假阴性的问题。 2份强阳性标本检出率均为 87 5 % ,弱阳性标本 (含量分别为 6 76× 10 4 和 3 81× 10 4 拷贝数 /ml)检出率分别为 45 83%和 2 5 0 0 % ;阴性样本的假阳性率分别为 12 5 0 %和 16 6 7% ,2份阴性标本测定均正确 37家 ,占77 0 8% ;稀释系列测定正确的有 16家实验室 ,占 33 33 % ,仅 2家实验室稀释系列测定完全正确 ,5家实验室既存在假阴性又存在假阳性问题。结论 许多临床实验室虽然建立了PCR检测方法 ,但却存在特异性和灵敏度问题 ,有必要定期进行室间质量评价 ,保证该项目的检测质量。

RT-PCR定量检测汉坦病毒RNA及在临床诊断中的价值

目的 建立敏感特异的检测肾综合征出血热（HFRS）病人血清中汉坦病毒RNA的定量RT-PCR方法。探讨HFRS患者血清中病毒RNA持续时间，水平及其病情严重程度的关系。方法应用套式RT-PCR扩增引物，自行设计和制备标准品获得标准曲线，使用实时荧光定量PCR技术检测了HFRS（SEO型）血清中的汉坦病毒的载量。结果14例HFRS病人血清中，SEO RNA阳性11例，SEO型病人的病毒载量一般可达10^2～10^4 copies／ml。其中2例发病第8天，2例第9天的病人血清PCR结果仍为阳性。结论：我们采用的实时荧光定量PCR方法可很好的反映HFRS病人血清中汉坦病毒RNA含量。HFRS病人病毒血症持续时间可超过1周，血清中RNA水平与病情严重程度有关。

辣椒黄瓜花叶病毒RNA提取及RT-PCR体系建立

以感染黄瓜花叶病毒病的辣椒叶片为材料,采用改进的Trizol试剂法提取病毒RNA,利用黄瓜花叶病毒外壳蛋白基因序列设计特异引物进行检测,摸索适宜的RT-PCR体系。结果表明,改进的Trizol试剂法能获得较高质量和产量的病毒RNA,并能稳定地进行规模化检测。

RT-PCR检测HCV-RNA及基因分型的研究

目的研究HCV基因分型的临床意义。方法应用RT－PCR方法检测HCV－RNA。结果150例献血员中抗-HCV6例阳性占40％，应用RT－PCR方法检测HCV－RNA10例阳性占6．6％，对其进行基因分型，其中HCV－Ⅱ型占89％，HCV-Ⅲ型占11％。结论说明我国人群HCV感染以Ⅱ型为主。12例抗-HCV阳性母亲及新生儿的HCV基因分型同属Ⅱ型，证明HCV母婴垂直传播存在。基因分型诊断为选择药物治疗提供科学依据。

一种适用于RT-PCR的杉树类植物中总RNA提取的方法

杉树类植物含大量的多糖、多酚类物质,这使得此植物的总RNA提取较困难。研究通过比较几种有代表性的提取植物总RNA的方法,建立了一种酸酚法和PEG8000沉淀法相结合的改良的CTAB法。此方法操作简单,使用的试剂均为常规试剂,成本低,能够有效去除植物组织中多糖和多酚类等次生物质,从而得到高质量的RNA。使用这种改良的方法制备的总RNA产物对P450基因成功地进行了反转录聚合酶链式反应(reversetrans-criptase-polymerasechainreaction,RT-PCR),证明此方法是一种适用于RT-PCR的杉树类植物组织中总RNA提取的方法。

一步短片段RT-PCR方法检测HCV RNA

目的 为了简化传统RT PCR操作步骤。方法 利用TaqDNA聚合酶具有一定的反转录酶活性的特点 ,对HCVRNA短序列进行反转录 ,并对合成的cDNA进行PCR扩增。结果 本法简化了传统RT PCR操作步骤 ,提高了结果的稳定性。结论 本法可用于HCVRNA以及其它RNA的临床诊断。

核桃芽总RNA提取及RT-PCR

为了从核桃芽体内提取高质量的RNA,以便进行核桃成花基因克隆研究,针对核桃芽体内富含多酚等次生代谢物的特点,在总结他人研究基础上对SDS法和CTAB法及试剂盒提取法进行了改良和比较。凝胶电泳检测表明:Spectrum Plant Total RNA试剂盒提取法及以pH 9.0硼砂为缓冲液的改良CTAB法和SDS法所提取RNA的28SrRNA和18SrRNA条带清晰,且28SrRNA的亮度约是18SrRNA的2倍,说明所提RNA完整性较好;紫外光谱分析显示,3种方法的OD260/OD280分别为1.99、1.96、1.77,OD260/OD230均>2.0,RNA产率依次为360、180、75μg/(g.FW)。综合检测结果认为:改良CTAB法和改良SDS法所提RNA的完整性和纯度均能满足基因克隆等的研究,是一种适合核桃芽体内RNA提取的经济而有效的方法。

猪繁殖与呼吸综合征病毒主要结构蛋白基因半定量RT-PCR方法的建立及其在RNA干扰研究中的应用

为了建立以GAPDH基因为参照的半定量RT-PCR检测方法,根据PRRSV VR2332株病毒基因组和GAPDH序列设计4对特异性引物,分别扩增GP5、M、N和GAPDH基因序列,将shRNA表达质粒和GP5、M、N真核表达质粒共转染HEK293A细胞,应用该法检测了转染孔中GP5、M、N的相对表达量。同管和分管扩增法均建立了以GAPDH基因为参照的半定量RT-PCR检测方法。靶向GP5、M和N蛋白基因的shRNA表达质粒对其各自蛋白的抑制率为36%～69%,其中pSi-N3和pSi-G1抑制效果最为显著。结果表明,建立的半定量RT-PCR可以用于PRRSV主要结构蛋白基因表达水平的检测分析中。

马铃薯块茎RNA提取及RT-PCR法克隆酸性转化酶基因

马铃薯块茎由于富含多糖和酚类物质造成RNA提取难度大。通过在SDS-phenol提取缓冲液中加入2%PVP及10mmol/L半胱氨酸以除去大量的酚类物质,利用改进后的SDS-酚法提取的马铃薯块茎总RNA电泳结果表明,总RNA质量高于未经改进的方法。并进行RT-PCR克隆与马铃薯块茎低温糖化反应过程密切相关的块茎酸性转化酶(acidinvertase)基因,经核酸序列对比分析,与公布的已知序列具有98.96%的同源性,为利用反义技术抑制酸性转化酶活性进行马铃薯块茎抗低温糖化研究作好了准备工作。

适合RT-PCR的苹果芽RNA快速提取方法研究

[目的]从苹果单芽中高效、快速提取RNA,为后续分子生物学研究奠定基础。[方法]分别以苹果品种新红星、嘎拉和富士的单芽为材料,用改良SDS法提取RNA,并经过甲醛变性琼脂糖凝胶电泳和RT-PCR检测RNA质量。[结果]研究出一种高效、快速的苹果单芽RNA提取方法,该方法能在2.5 h内得到完整的RNA,经RT-PCR检验,能获得理想的目的片段。[结论]该方法稳定可靠,适合苹果单芽RNA提取。

铁皮石斛RNA提取及RT-PCR检测

目的 有效地提取铁皮石斛高质量的RNA,为研究环境胁迫对铁皮石斛生长与代谢影响的分子表达机制奠定基础.方法 建立声波处理的刺激组与对照组,改良苯酚-氯仿法制备的RNA,分光光度法检测其量,1.0%变性琼脂糖凝胶电泳检测其完整性;所得的总RNA经过RT PCR扩增,6%变性聚丙烯酰胺凝胶电泳和银染检测显示其差异cDNA片段.结果 提取的总RNA A260/A230为3.16,A260/A280为1.96,产量达0.27μg/mg,电泳条带清晰,完整性良好,可筛选出明显的差异cDNA片段,分子质量在240～600 bp.结论 用该方法能高质高量地提取富含多糖的药用植物总RNA.

西伯利亚百合病毒RNA提取及RT-PCR方法的比较与优化

在对感染西伯利亚百合的CMV、LSV、LmoV 3种病毒的检测上,对4种常见的RNA提取方法及影响RT-PCR体系的因素进行了比较研究。改良优化了的RNA提取方法,不需用DEPC水处理和高温烘器皿,省去液氮研磨过程,采用该法从百合叶片中提取总RNA,整个过程及后继反应均不需使用RNasin,降低了成本,同时提取的RNA质量高,适于后期RT-PCR的检测,更适合于百合幼嫩叶片和试管苗RNA的提取。运用一步法,建立了CMV、LSV、LMoV 3种病毒的RT-PCR优化体系,最优反应体系为:M-MLV 5×Reaction Buffer 1μL1、0×PCR buffer0.5μL2、.5 mM dNTPs(each)0.8μL1、0 pmol/μL下游引物0.2μL1、0 pmol/μL上游引物0.2μL、M-MLVRT 200 U/μL 0.1μL2、.5 U/μL Taq polymerase 0.1μL;0.4μL感病材料RNA提取液,剩余部分用无菌双蒸水补足,使反应体系达到10μL。

一种适用于RT-PCR的石榴籽粒总RNA提取方法

为从石榴籽粒中提取高质量的RNA,以便进行后续分子生物学研究,针对石榴籽粒富含次生代谢物的特点,采用CTAB法并进行了改良,利用氯仿/异戊醇替代其他方法中的"异硫氰酸胍"和"Trizol试剂"进行反复抽提去除蛋白,无水乙醇去除多糖,LiCl消化DNA。结果显示:改良CTAB法提取的石榴籽粒总RNA的28S rRNA、18SrRNA条带清晰,完整性较好;OD260 nm/OD280 nm比值为1.9960,纯度较高。在此基础上通过反转录、PCR扩增出符合预期大小的Actin基因片段,表明该方法提取的RNA可满足后续RT-PCR等分子生物学试验研究。

一种适宜于RT-PCR检测的辣椒病毒RNA微量提取方法

以感染病毒病的辣椒叶片为材料,分别用改进的Trizol试剂提取法、异硫氰酸胍提取法、改进的酚-SDS提取法提取总RNA,经过RT-PCR,利用CMV和TMV的病毒外壳蛋白设计特异引物检测。结果表明:改进的Trizol试剂提取法能获得较高质量和产量的总RNA,可以单人大批次提取,并在辣椒病毒病检测中能稳定而准确地进行规模化RT-PCR检测。

改良RNA提取法及樱桃PDV和PNRSV的RT-PCR检测(英文)

介绍了一种从木本植物组织中获得高质量RNA的快速、简单和高效的核酸提取方法。该方法是基于核酸的二氧化硅捕获,避免了使用苯酚、氯仿等有机溶剂。利用该方法从樱桃组织中提取的总RNA用RT-PCR技术检测PDV,PNRSV均获得成功。从感病植株的一年生枝的叶片、韧皮部及芽组织中扩增出了预期的目的片段,即172和449bp,而健康组织中无此扩增带。该法提取的总RNA用于RT-PCR技术检测,其敏感性至少与商业出售的QiagenRNeasy提取试剂盒相当,但简单经济。

樟树不同组织总RNA提取方法比较及RT-PCR检测

采用Invitrogen Total RNA Purification Kit直接提取法,Trizol试剂盒法和本实验室改良的CTAB法,分别提取樟树不同组织(根、茎、叶和花)的总RNA,并对提取效果进行了检测和比较分析。结果表明:(1)采用本实验室改良的CTAB法提取的RNA完整性好,无杂质污染且得率高,稳定性好,可满足半定量RT-PCR等试验需要;而Invitrogen Total RNA Purification Kit直接提取法和Trizol试剂盒法提取的樟树不同组织总RNA,结果均不理想,存在RNA 28S rRNA谱带模糊不清、有DNA污染、降解严重和得率低等问题,这两种方法均不适用于樟树不同组织RNA的提取。(2)樟树不同组织总RNA提取的得率不同,其中叶片的总RNA得率最高,达到782.34 mg/kg;茎的得率最低,为514.33 mg/kg。(3)以Actin作为内参基因,对樟树根、茎、叶和花中的Fad2基因片段进行半定量RT-PCR检测,结果表明,Fad2基因片段在樟树叶片中的表达量相对较高,而在花中的表达量较低。

油菜蜂花粉总RNA(含小RNA)大量提取及RT-qPCR检测

大量提取含小RNA的油菜蜂花粉总RNA,为研究油菜蜂花粉所含外源性miRNA在动物和人体内发挥的生理和病理功能研究奠定基础。改良苯酚-氯仿法大量提取油菜蜂花粉总RNA,Nanodrop 2000检测浓度和质量,琼脂糖凝胶电泳检测RNA完整性;所得的总RNA经过RT-qPCR扩增。提取的总RNA260/280为2.11,产量高于1‰。电泳条带清晰,完整性良好。可扩增出油菜基因组中的miR-159和miR-166a,且可进行丰度差异比较。本方法能大量提取包括油菜蜂花粉在内的植物RNA(含小RNA),为中草药和其他植物来源天然产物中功能性miRNA在动物和人体内发挥的生物学功能研究奠定基础。

甲肝病毒减毒株(H_2)RNA的全长RT-PCR扩增

通过ＲＴＰＣＲ技术扩增了甲肝病毒减毒株（Ｈ２）全长ＲＮＡ，并对长片段ＲＴＰＣＲ扩增进行了方法学上的探讨．采用抗血清特异沉淀病毒；盐酸胍酸性酚、氯仿一步法分离纯化病毒ＲＮＡ，可得到高质量的ＲＮＡ样品；以此ＲＮＡ为模板，在无ＲＮＡ酶的逆转录酶作用下，合成单链ｃＤＮＡ；继续以此ｃＤＮＡ为模板，利用３２ｍｅｒ寡核苷酸引物，在Ｔａｑ和ＤｅｅｐＶｅｎｔＤＮＡ多聚酶的作用下进行ＰＣＲ扩增。

林蛙输卵管总RNA提取方法的优化及RT-PCR验证

分别使用改良的十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)法、TRIzol法和RNAiso Plus法对林蛙的输卵管组织进行总RNA提取,考察不同方法对总RNA提取量的影响.结果表明:利用改良的RNAiso Plus法并经进一步纯化,获得总RNA的A260/A280平均值为1.96,平均得率为56.1μg/g;通过反式多聚酶链式反应(RT-PCR)获得了林蛙GAPDH基因和EF-1-α基因的部分序列.