RD105缺失基因检测法及VNTR技术用于河南省结核分支杆菌基因分型分析及其耐药相关性研究

目的了解河南省结核分支杆菌"北京家族"基因型的分布、多位点可变串联重复序列(VNTR)基因型特征及其与耐药的相关性。方法应用VNTR技术、RD105缺失检测法分析结核分支杆菌的基因型,聚类分析采用B ionumberics5.0软件分析。结果 154株结核分支杆菌临床分离株中,人型结核分支杆菌137株,非结核分支杆菌14株,结核分支杆菌复合群3株;RD105缺失基因检测法检测结核分支杆菌菌株137株,"北京家族"基因121株(88.3%);7位点VNTR检测结果显示明显的基因多态性。经基因聚类分析,可分为3个基因群(Ⅰ群、Ⅱ群、Ⅲ群),其中Ⅰ群为主要流行群,占90.5%(124/137),含114个基因型。耐多药率为6.6%(9/137)。结论河南省结核分支杆菌以"北京家族"基因型为主要流行株,应引起重视;"北京家族"基因型与耐药无明显相关性。

RD105缺失基因检测法用于青海省北京/W系结核分枝杆菌鉴定

目的了解青海省北京/W系结核分枝杆菌分布特征。方法收集青海地区结核分支杆菌临床分离株,采用RD105缺失基因检测鉴定北京/W系结核分枝杆菌。结果共收集237株结核分枝杆菌临床分离株,采用RD105缺失基因检测鉴定北京/W系结核分枝杆菌220株,占92.8%,非北京/W结核分枝杆菌,共17株,占7.2%。北京/W系结核分枝杆菌在青海地区性别与民族分布差异没有统计学意义(P>0.05)。结论北京/W结核分枝杆菌为青海地区流行菌株,在人群易于发生感染和传播。

RD105缺失基因检测法在结核分枝杆菌分型中的应用

目的探讨RD105缺失基因检测法在结核分枝杆菌分型中的应用。方法 133株结核分枝杆菌分别采用Spoligotyping分型法和RD105基因缺失法鉴别北京基因型。结果 133株结核分枝中114株为北京基因型,占85.7%,19株为非北京基因型,占14.3%,经RD105缺失基因检测133株结核分枝杆菌临床分离株中,115株为北京基因型,占86.4%,18株为非北京基因型,占13.6%,Spoligotyping基因分型法与RD105缺失基因检测法比较差异无统计学意义(χ2=0.333,P=0.563),RD105缺失基因检测法的灵敏度为99.1%,特异度为89.5%,阳性预测值为98.3%,阴性预测值为94.4%。ROC曲线下面积为0.943。结论 RD105基因缺失法检测可以替代Spoligotyping基因分型法。

广东省结核分枝杆菌MIRU和RD105缺失基因分型研究

目的了解广东省结核分枝杆菌(MTB)随时间、地区的动态流行分布特点。方法应用24位点MTB散在分布重复单位(MIRU)分析广东省2013年455例MTB,筛选适合广东省分型的最佳MIRU组合,然后应用该最佳MIRU组合分析广东省2009年的173例、2013年的455例及2015年的225例MTB,此外,结合RD105缺失基因法鉴定这些菌株中的北京家族菌株,比例法进行药物敏感性试验(DST),聚类分析采用Bio Numerics(7.6)。结果 2015年北京家族菌株比率(70.2%)高于2009年(59.5%)和2013年(59.3%),其中,中部地区比率最高(71.3%),东部地区最低(55.0%)。MIRU-24位点的多态性存在差异,MIRU-12(HGI=0.999 1)能达到MIRU-15(HGI=0.999 2)相近的分辨率,MIRU-8分辨率较好(HGI=0.998 5)。853例MTB的系统发生树(MST)主要包括1个北京家族和2个非北京家族复合群,可分为Ⅰ、Ⅱ两群,广东省MTB的主要流行群是Ⅱ群,Ⅰ群中2009、2013年菌株比率高于2015年,东部地区菌株比率高(43.069%),中部地区低(27.206%),Ⅱ群则与之相反,北京家族菌株的MST主要包括1个复合群,包含407个独特型和46个簇。非北京家族菌株的MST主要包括2个复合群,包含309个独特型和6个簇。另外,广东省不同年份多药耐药(MDR)(χ~2=2.176,P=0.337)和广泛耐药(XDR)(χ~2=1.468,P=0.480)耐药率差异无统计学意义(P>0.05)。结论北京家族菌株是广东省的主要流行株,且随时间存在上升趋势,中部地区比率最高,该省MDR和XDR耐药趋势相对稳定,MIRU分型用于广东省MTB的分子流行病学研究可取得满意结果。

VNTR及RD105缺失检测法对新疆石河子市汉族MTB基因分型及其耐药的研究

了解新疆石河子地区汉族结核分枝杆菌基因型特征、"北京家族"基因型的分布及其与耐药的相关性。应用多位点可变串联重复序列(VNTR)技术、RD105缺失检测法分析结核分枝杆菌的基因型,聚类分析采用Bionum-berics5.0软件分析。55株结核分枝杆菌临床分离株中,"北京家族"基因型47株;24位点VNTR检测结果显示明显的基因多态性,经基因聚类分析,可分为7个基因簇和46个独立的基因型,分为8个基因群(Ⅰ-Ⅷ群),其中46株属于Ⅵ群;耐药菌株为19株(34.5%)。新疆石河子地区结核分枝杆菌有明显的基因多态性;"北京家族"基因型为主要流行株,应引起重视;"北京家族"基因型与耐药无明显相关性。

RD105缺失基因检测法用于结核分枝杆菌新疆“北京家族”临床分离株的鉴定

目的通过RD105缺失基因检测法鉴定结核分枝杆菌"北京家族"菌株,了解"北京家族"菌株在新疆地区的分布特征。方法收集新疆结核分枝杆菌临床分离株,采用RD105缺失基因检测法鉴定"北京家族"菌株。统计学分析采用χ2检验。结果共收集到229株结核分枝杆菌临床分离株,采用RD105缺失基因检测法鉴定出"北京家族"菌株100株,占全部菌株的43.7%,非"北京家族"菌株129株,占全部菌株的56.3%,"北京家族"菌株在维吾尔族和汉族病例中所占的比例分别为39.5%(79/200)和72.4%(21/29)。统计学分析"北京家族"菌株在新疆地区汉族和维吾尔族病例中的分布差异有统计学意义(χ2=11.154,P=0.001)。结论结核分枝杆菌"北京家族"菌株在新疆维吾尔族人群中呈一般流行趋势,而在汉族人群中为主要流行菌株。"北京家族"菌株是否为新疆地区的主要流行菌株还有待进一步研究。

RD105基因缺失法鉴定95株结核分枝杆菌北京基因型及其耐药相关性分析

目的鉴定吉林省结核分枝杆菌(MTB)中的北京基因型及其与耐药性的关联。方法 95株结核分枝杆菌分离自2008-2009年吉林省临床肺结核病人的痰液标本,培养方法为改良酸性罗氏(L-J)培养基。分离出的抗酸杆菌经对硝基苯甲酸(PNB)培养基初步鉴定后选出结核分枝杆菌复合群并应用比例法进行药敏试验(DST)。北京基因型的鉴定采用RD105基因缺失法。实验结果应用Epi Info统计软件和卡方检验进行分析。结果 95株结核分枝杆菌中,北京基因型占88.4%(84/95)。北京基因型中,异烟肼、利福平、乙胺丁醇、链霉素、卡那霉素和氧氟沙星的耐药率分别为31.7%、23.2%、15.9%、31.7%、13.4%和18.3%,均位于非北京基因型菌株耐药率的95%置信区间内。北京基因型中的多重耐药(MDR)结核(TB)率占19.5%,通过卡方检验与非北京基因型中的MDRMTB进行比较,差异无统计学意义(P>0.05)。结论 RD105基因缺失法是鉴定MTB北京基因型的简便、有效方法;北京基因型为吉林省结核分枝杆菌的优势株;北京基因型与非北京基因型耐药率无统计学意义上的差别。

安顺地区结核分枝杆菌基因分型及耐药性分析

目的研究贵州省安顺地区结核分枝杆菌(MTB)主要基因分型及耐药性。方法采用RD105基因缺失法和双重PCR法对安顺地区152株MTB临床分离株进行基因分型、药物敏感试验分析耐药性,采用基因测序技术对北京型MTB利福平耐药基因RNA聚合酶β亚基(rpoB)进行测序。结果152株MTB中,122株(80.26%)为北京型、30株(19.74%)为非北京型;108株MTB对抗结核药物敏感,44株对16种抗结核药物耐药,总耐药率为28.95%;44株MTB耐药菌株中31例对利福平耐药,占70.45%,北京型MTB对利福平耐药率显著高于非北京型(χ^(2)=6.896,P=0.009),非利福平耐药结核菌株共13株、占耐药结核菌株的29.55%;北京型MTB利福平耐药rpoB基因测序结果表明,相关位点突变共15株,其中最显著的突变位点是rpoB450、为Ser450Leu,共7株(7/15,46.67%)。结论贵州省安顺地区MTB主要为北京型,主要对利福平耐药,耐药基因rpoB的突变位点为Ser450Leu。

RD105基因缺失法和双重PCR法对125株结核分枝杆菌菌株基因分型检测

目的为明确比较RD105基因缺失法和双重PCR法对辽宁地区结核分枝杆菌中北京家族菌株的检测能力,同时掌握辽宁地区结核杆菌中北京家族菌株的流行情况而进行该项研究。方法选取2011—2013年间辽宁省内各地市临床分离菌株,随机抽取经传统方法菌种鉴定为结核分枝杆菌的菌株,共计125株。选用超声破碎法提取菌株DNA,应用RD105基因缺失法和双重PCR法,同时对收集到的125株结核分枝杆菌进行特异性扩增,最后使用琼脂糖凝胶水平电泳对扩增的结果进行判断。结果两种方法判断标准为:RD105基因缺失法结果中,出现283 bp大小片段的为北京家族菌株,不出现特异性条带的为非北京家族菌株;双重PCR法结果中,只出现393 bp大小片段的为北京家族菌株,而只出现570 bp大小片段为非北京家族菌株。使用上述两种方法鉴定本研究的125株结核分枝杆菌,结果完全相同,其中北京家族菌株有110株(88%),非北京家族菌株有15株(12%)。结论 RD105基因缺失法和双重PCR法对辽宁地区结核分枝杆菌中北京家族菌株的检测能力相当,并且北京家族菌株在辽宁地区流行的结核分枝杆菌中为绝对优势株;两种方法相对于传统的Spoligotyping法更简单、更省时,检测成本也较低,更适合在我国多数实验室推广应用。

株洲地区北京基因型结核分枝杆菌感染与利福平耐药的相关研究

目的研究北京基因型结核分枝杆菌(MTB)感染的易感因素及其与利福平耐药的相关性。方法收集株洲市2014年5月至2016年8月痰抗酸染色阳性肺结核患者156例痰标本,对MTB进行分离培养与菌种鉴定。培养阳性菌株行DNA提取,运用RD105缺失基因检测法鉴定北京基因型MTB、Xpert MTB/RIF检测法鉴定耐利福平MTB,分析性别、年龄、糖尿病、复治患者以及利福平耐药与北京基因型的关系。结果156例痰标本中培养出分枝杆菌150株,其中MTB菌株142株,非MTB菌株8株。女性患者的北京基因型MTB(38/68,55.8%)的比例明显高于男性患者(13/74,17.5%),复治患者北京基因型MTB(26/55,47.2%)比例明显高于初治患者(18/87,20.6%),糖尿病患者北京基因型MTB(32/61,52.4%)比例明显高于非糖尿病患者北京基因型MTB(19/81,23.4%),年龄≥55岁的患者北京基因型MTB(31/60,51.6%)明显高于年龄≤30岁的患者(4/30,13.3%),差异均有统计学意义(P<0.05)。在耐利福平菌株中北京基因型MTB(40/48,83.3%)明显高于非耐利福平菌株中北京基因型MTB(11/94,11.7%),差异有统计学意义(P<0.05)。结论女性、高龄、并发糖尿病、复治,可能是感染北京基因型MTB的危险因素。北京基因型MTB与利福平耐药有明显相关性。

一种鉴定结核分枝杆菌“北京家族”菌株的新方法

目的研究结核分枝杆菌“北京家族”菌株鉴定的新方法——RD105缺失检测的可行性。方法分别应用间隙寡核苷酸分型（Spoligotyping）和RD105缺失检测两种方法对结核分枝杆菌进行“北京家族”的鉴定，比较分析两种方法进行菌株鉴定结果的差异。结果共对来自北京、福建、新疆和吉林的342株结核分枝杆菌临床分离菌株进行了鉴定，“北京家族”菌株261株，占76．32％。非“北京家族”菌株81株，占23．68％。两种方法鉴定结果的符合度达100％。结论简单、快速的新方法——RD105缺失检测可替代原始经典方法Spoligotyping用于结核分枝杆菌“北京家族”菌株的鉴定。

云南省部分地区结核分枝杆菌北京基因型流行情况分析

目的了解结核分枝杆菌(MTB)北京基因型在云南省不同地区及民族间的分布特征。方法利用RD105基因缺失法对分离自云南省曲靖、普洱、西双版纳等6个州(市)结核病患者的245株MTB进行北京基因型鉴定,确定北京基因型菌株在不同州(市)及民族间所占比例。结果培养分离的245株MTB经PCR扩增鉴定,其中146株为北京基因型(占59.59%)。其中以曲靖市北京基因型菌株所占比例最高,为82.61%,德宏州占81.82%,丽江市占77.78%,普洱市占51.16%,西双版纳州占37.14%,临沧市占37.04%。不同民族来源的MTB北京基因型分布不同,景颇族和傈僳族来源菌株北京基因型占比最高,分别为90.00%(9/10)和100%(9/9);哈尼族、彝族和傣族来源菌株占比最低,分别为34.78%(8/23)、47.62%(10/21)和48.00%(12/25)。结论云南省MTB北京基因型在呈多态性分布,不同地区及民族来源的MTB北京基因型分布不同。

贵州省结核分枝杆菌临床分离株的基因分型及耐药性分析

目的了解贵州省结核分枝杆菌临床分离株的基因分型及耐药情况。方法收集2014年贵州省结核分枝杆菌临床分离株260株,采用比例法进行药敏试验;以16SrRNA基因和MTP40基因为对照,通过PCR检测RD105基因进行北京型鉴定;采用NTF分析法对北京家族菌株进行古典型和现代型分型。结果 260株结核分枝杆菌临床分离株中北京家族菌株259株（99.6%）,非北京家族菌株1株（0.4%）,其中北京家族古代型占96.9%（251/259）,现代型占3.1%（8/259）。北京家族菌株古代型对异烟肼、利福平、链霉素和乙胺丁醇的耐药率分别为33.9%、30.3%、31.8%和21.1%,耐多药率为29.5%;北京家族菌株现代型未检出耐多药菌株,与北京家族菌株古代型的耐多药率比较,差异有统计学意义（χ~2=14.07,P〈0.05）。结论贵州省结核分枝杆菌主要流行株为北京家族古代型,北京家族古代型耐多药率高于现代型。

新疆北疆地区北京/W系结核分枝杆菌临床分离株的流行特征及耐药相关性研究

目的了解新疆北疆地区北京/W系结核分枝杆菌的分布特征及与耐药的相关性。方法收集新疆北疆地区结核分枝杆菌临床分离株,采用RD105缺失基因检测鉴定北京/W系结核分枝杆菌,采用比例法检测细菌的耐药性。统计学分析采用χ2检验。结果 RD105缺失基因检测法显示,160株结核分枝杆菌临床分离株中122株属北京/W系结核分枝杆菌,占全部菌株的76.25%;非北京/W系38株,占23.75%。比例法测定北京/W系结核分枝杆菌的耐药率为30.32%(37/122),非北京/W系耐药率为26.32%(10/38),差异无统计学意义(χ2=0.225,P>0.05)。结论新疆北疆地区北京/W系结核分枝杆菌菌株为当地主要流行菌株,耐药情况较为严重,北京/W系结核分枝杆菌与耐药性之间无明显相关性。

结核分枝杆菌遗传多样性多重分子标记物法分析

中国是全球22个结核病高负担国家之一，每年新发生约133万结核病例，其中北京基因型结核分枝杆菌是在中国地区传播范围较广的菌株，〉80％的结核分枝杆菌属于这个家族。有研究显示，北京家族菌株与结核暴发、耐多药有关。