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猪繁殖与呼吸综合征病毒RdRp基因的克隆与原核表达 被引量:1
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作者 蔡汝健 宋长绪 +2 位作者 郝永清 杨鼎 何锦玲 《动物医学进展》 CSCD 北大核心 2009年第2期16-18,共3页
将猪繁殖与呼吸综合征病毒RNA依赖性的RNA聚合酶(RdRp)基因进行克隆、表达,并获得纯化重组蛋白,为进一步研究猪繁殖与呼吸综合征病毒RdRp的功能奠定基础。以RdRp基因cDNA为模板,用PCR扩增出RdRp基因片段,应用定向克隆策略将扩增后片段... 将猪繁殖与呼吸综合征病毒RNA依赖性的RNA聚合酶(RdRp)基因进行克隆、表达,并获得纯化重组蛋白,为进一步研究猪繁殖与呼吸综合征病毒RdRp的功能奠定基础。以RdRp基因cDNA为模板,用PCR扩增出RdRp基因片段,应用定向克隆策略将扩增后片段与高效表达载体pET32a(+)重组,阳性克隆重组质粒经酶切及测序鉴定,IPTG诱导高效表达。PCR法扩增出720 bp的片段,酶切及测序鉴定获得正确的重组质粒,在大肠埃希菌LB21中表达得到分子质量约为46 ku的融合蛋白。成功克隆及表达了猪繁殖与呼吸综合征病毒RdRp基因。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒 rdrp基因 克隆 原核表达
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白狐源星状病毒RdRp基因的鉴定及遗传演化分析 被引量:1
2
作者 冀锦朝 黄勉 +4 位作者 卢刚 欧嘉俊 彭仕明 萨家祺 李守军 《华南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第1期12-16,共5页
【目的】探究广州动物园一例死亡白狐Alopex lagopus肾脏中鉴定出的星状病毒的遗传变异情况。【方法】对死亡白狐进行剖检,利用半巢式RT-PCR对内脏器官进行病原学检测,对扩增出的病毒株的RdRp基因序列进行相似性分析。【结果】死亡白狐... 【目的】探究广州动物园一例死亡白狐Alopex lagopus肾脏中鉴定出的星状病毒的遗传变异情况。【方法】对死亡白狐进行剖检,利用半巢式RT-PCR对内脏器官进行病原学检测,对扩增出的病毒株的RdRp基因序列进行相似性分析。【结果】死亡白狐的肾脏苍白肿大,被膜难以剥离,肾脏中检测出的星状病毒RdRp基因呈阳性。RdRp基因与9株参考毒株的核苷酸相似性为67.5%~96.2%,其中与香港猫源星状病毒1637F的核苷酸相似性(96.2%)最高。【结论】本研究为星状病毒在野生哺乳动物间的跨种传播及肠外器官中的感染提供了依据。 展开更多
关键词 白狐 星状病毒 肾脏 野生哺乳动物 rdrp基因
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转录后基因沉默的机制及其应用 被引量:15
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作者 刘杨 蒋彦 +1 位作者 乔代蓉 曹毅 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第2期140-143,共4页
确定导致转录后基因沉默的原因 ,探索在转基因植物研究中避免基因沉默的对策。方法是将转基因沉默分为转录水平的沉默和转录后水平的沉默 ,分别对RNA阈值模型、异位配对和异常RNA模型、双连RNA模型等几种导致转录后基因沉默模型的分析... 确定导致转录后基因沉默的原因 ,探索在转基因植物研究中避免基因沉默的对策。方法是将转基因沉默分为转录水平的沉默和转录后水平的沉默 ,分别对RNA阈值模型、异位配对和异常RNA模型、双连RNA模型等几种导致转录后基因沉默模型的分析。结果确定了转基因沉默抑制现象和转录后基因沉默的形成机制 ,以及转录后基因沉默理论和实践意义。 展开更多
关键词 转录后基因沉默 基因沉默 aRNA rdrp 异位配对 沉默抑制因子 RNAI 机制
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马铃薯卷叶病毒复制酶基因5'端克隆及序列分析 被引量:5
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作者 梁成罡 张彤 +1 位作者 哈斯阿古拉 张鹤龄 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 1998年第4期377-382,共6页
马铃薯卷叶病毒(Potatoleafrolvirus,PLRV)是正链RNA病毒,属黄化病毒组(Luteovirus)〔1〕,严格虫传,分布广泛,难以控制,侵染马铃薯能引起大面积减产,给马铃薯生产造成巨大损失。PL... 马铃薯卷叶病毒(Potatoleafrolvirus,PLRV)是正链RNA病毒,属黄化病毒组(Luteovirus)〔1〕,严格虫传,分布广泛,难以控制,侵染马铃薯能引起大面积减产,给马铃薯生产造成巨大损失。PLRV基因组全长6.0kb,有6个读... 展开更多
关键词 马铃薯卷叶病毒 rdrp 基因克隆 序列测定
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草鱼呼肠孤病毒RNA聚合酶基因功能区在原核细胞中的表达 被引量:6
5
作者 方勤 朱作言 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第1期86-88,共3页
An about 1.5kb functional domain sequence of GCRV-RdRp gene was obtained by using RT-PCR amplification.The amplified fragment was cloned into T7 promoted prokaryotic expression system pRSET-C vector and then was trans... An about 1.5kb functional domain sequence of GCRV-RdRp gene was obtained by using RT-PCR amplification.The amplified fragment was cloned into T7 promoted prokaryotic expression system pRSET-C vector and then was transformed into CaCl 2 treated TOP10F’and BL21(DE3)pLysS competent cells respectively.The recombinants were detected with restriction enzyme digestion and further confirmed the interest insert by sequencing pRSET-C/GCRV-RdRp plasmid,which was in frame with the N-terminal tag and in the proper orientation.SDS-PAGE revealed that the highly expressed fusion protein is produced by inducing with l nm IPTG,and its molecular weight is around 55kD,which is the right size corresponding to the predicted value.It indicated the fused protein was produced in the form of inclusion body with its yield remained steadly more than 60% of total bacterial protein. It also showed that the expressed protein was able to bind immunologically to rabbit anti-GCRV-VP2 serum. 展开更多
关键词 草鱼 呼肠孤病毒 RNA聚合酶 基因表达 原核细胞
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马铃薯卷叶病毒中国株(PLRV-Ch)复制酶基因结构研究 被引量:2
6
作者 张鹤龄 梁成罡 +2 位作者 张彤 哈斯阿古拉 赵国芬 《中国病毒学》 CAS CSCD 2000年第3期255-263,共9页
用设计合成的两对特异性引物 ,以马铃薯卷叶病毒中国分离株PLRV ChRNA为模板 ,经反转录PCR扩增 ,将复制酶基因 3′端 0 .6kb和 5′端 1.2kb ,克隆于 pUC19中 ,分别构建了重组质粒pLR3和 pLR5,并分五段进行了序列分析。将获得的核苷酸序... 用设计合成的两对特异性引物 ,以马铃薯卷叶病毒中国分离株PLRV ChRNA为模板 ,经反转录PCR扩增 ,将复制酶基因 3′端 0 .6kb和 5′端 1.2kb ,克隆于 pUC19中 ,分别构建了重组质粒pLR3和 pLR5,并分五段进行了序列分析。将获得的核苷酸序列及氨基酸序列与国外报导的四个PLRV分离株的相应区段的序列同源性进行了比较。结果表明具有高度同源性。文中对核苷酸序列中存在的可能移码序列和其下游的茎环结构或假节结构、以及特征性三次重复区及氨基酸序列中复制酶蛋白N端的碱性氨基酸序列以及C端区域中包括GDD在内的 8个特征序列进行了讨论。作者发现移码序列上游的三次重复的核苷酸序列可以形成连续折叠的互补双链区和发夹结构 ,这一结构可能和转译移码有关。此外PLRV复制酶蛋白N端部分氨基酸序列易变 ,而C端氨基酸序列十分保守 ,可能和复制酶功能有更重要关系。 展开更多
关键词 马铃薯卷叶病毒 基因克隆 序列分析 复制酶
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从云南蚕区分离BmCPV病毒株的全基因组克隆与系统发育分析 被引量:1
7
作者 张永红 唐芬芬 +2 位作者 邵榆岚 朱峰 白兴荣 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2015年第6期1036-1043,共8页
家蚕质型多角体病毒(BmCPV)是家蚕中肠型脓病的病原物。从云南蚕区的病蚕样品中分离到一株BmCPV病毒分离株,提取纯化该病毒粒子的总RNA并合成cDNA,克隆病毒全基因组序列,研究该病毒分离株的基因组结构与系统进化。克隆得到该病毒10条d... 家蚕质型多角体病毒(BmCPV)是家蚕中肠型脓病的病原物。从云南蚕区的病蚕样品中分离到一株BmCPV病毒分离株,提取纯化该病毒粒子的总RNA并合成cDNA,克隆病毒全基因组序列,研究该病毒分离株的基因组结构与系统进化。克隆得到该病毒10条dsRNA序列(S1~S10)并提交至NCBI数据库中。序列分析表明该病毒基因组序列全长24810bp,S1~S10片段序列都具有完整的ORF。BLAST比对发现克隆的该病毒基因组各片段编码区序列与已报道的1型BmCPV片段的相似度达88%以上,氨基酸序列相似度达90%以上;10条dsRNA基因组片段末端均有保守帽子结构5'-AGUAA……GUUAGCC-3'。基于S2片段RdRp基因的系统进化分析发现,该病毒与其他3个1型BmCPV分离株BmCPV1-Suzhou、BmCPV1-China、BmCPV1-Ⅰ聚为一支,基于S10片段polh基因的系统进化分析也表明该病毒为1型BmCPV新的分离株系。根据上述研究结果将该病毒定名为BmCPV1-Yunnan。 展开更多
关键词 家蚕质型多角体病毒 分离株 基因组片段 系统进化 RNA聚合酶基因 多角体蛋白基因
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RNA干扰 被引量:2
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作者 江舸 金由辛 《生命科学》 CSCD 2003年第1期1-6,共6页
RNA干扰(RNA interference,RNAi)现象是指,当与内源性InRNA编码区某段序列同源的双链RNA(dsRNA)导入细胞后,该mRNA发生特异性的降解,而导致该基因表达的沉寂。这可能反映了生物防范病毒或转座子诱导DNA突变的一种防御机制。RNA干扰已经... RNA干扰(RNA interference,RNAi)现象是指,当与内源性InRNA编码区某段序列同源的双链RNA(dsRNA)导入细胞后,该mRNA发生特异性的降解,而导致该基因表达的沉寂。这可能反映了生物防范病毒或转座子诱导DNA突变的一种防御机制。RNA干扰已经成为一种重要的研究基因功能的有力工具,并且有希望在对疾病的防御及治疗中发挥重要的作用。 展开更多
关键词 RNAi干扰 双链RNA 基因表达沉寂 RISC rdrp
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番茄环斑病毒悬钩子分离物复制酶基因的克隆及序列分析
9
作者 白静 陈红运 +1 位作者 傅俊范 朱水芳 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第1期76-79,共4页
番茄环斑病毒(ToRSV)是一种高风险的检疫性有害生物,可侵染桃、李、葡萄、苹果、樱桃等多种植物。2000—2001年,我国从法国进口的葡萄插条上检出过此病毒。以ToRSV悬钩子分离物(Rasp-2)总RNA为模板,采用RT-PCR方法扩增病毒复制酶基因(Rd... 番茄环斑病毒(ToRSV)是一种高风险的检疫性有害生物,可侵染桃、李、葡萄、苹果、樱桃等多种植物。2000—2001年,我国从法国进口的葡萄插条上检出过此病毒。以ToRSV悬钩子分离物(Rasp-2)总RNA为模板,采用RT-PCR方法扩增病毒复制酶基因(RdRp)的cDNA片断并将其克隆到pMD18-T载体上。序列测定结果表明,Rasp-2RdRp基因由2133个核苷酸组成,编码711个氨基酸;Rasp-2半胱氨酸蛋白酶和RdRp之间的蛋白酶切割位点为Q/V。Rasp-2与其他分离物及株系RdRp基因的核苷酸序列同源性为79%~84%,氨基酸序列同源性为89%~94%。聚类分析结果显示,葡萄黄脉株系(GYV)与其他分离物及株系关系最远,Rasp-2与其他分离物及株系亲缘关系较近。证实Rasp-2与另外2个悬钩子分离物Rasp和Rasp-1的核苷酸序列存在明显变异。 展开更多
关键词 番茄环斑病毒 复制酶基因 克隆 序列分析
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Ⅰ型鸭肝炎病毒RNA聚合酶基因的克隆及原核表达
10
作者 王超 付玉志 +5 位作者 张伟伟 陈宗艳 李传峰 杨宗伟 吴润 刘光清 《中国动物传染病学报》 CAS 2011年第2期20-25,共6页
根据Ⅰ型鸭肝炎病毒(Duck hepatitis virus,DHV-Ⅰ)ZJ-Ⅴ株基因组序列(GenBank登录号:EF382778),设计了一对扩增RNA聚合酶基因(RNA-dependent RNA polymerase,RdRp)的特异性引物,以ZJ-Ⅴ株基因组为模板,扩增DHV-Ⅰ的RdRp基因。运... 根据Ⅰ型鸭肝炎病毒(Duck hepatitis virus,DHV-Ⅰ)ZJ-Ⅴ株基因组序列(GenBank登录号:EF382778),设计了一对扩增RNA聚合酶基因(RNA-dependent RNA polymerase,RdRp)的特异性引物,以ZJ-Ⅴ株基因组为模板,扩增DHV-Ⅰ的RdRp基因。运用DNAStar软件对ZJ-Ⅴ株病毒与GenBank上已发表的其他不同DHV毒株的RdRp基因序列进行同源性比较和遗传进化分析,结果表明,ZJ-Ⅴ株与A型DHV-ⅠR85952株(DQ226541)的同源性为97.1%,亲缘关系最近,与2株台湾新型(B型)DHV之间为76.9%和77.0%,与C-GY株和4株韩国新型(C型)DHV株之间为76.2%~76.5%,亲缘关系较远。将RdRp基因克隆至原核表达载体pET-32a(+),获得重组表达质粒pET-RdRp,转化宿主菌E.coli BL21(DE3),用IPTG进行诱导表达。SDS-PAGE分析结果显示RdRp蛋白分子量约为65 kDa,Western blot检测证明RdRp蛋白能与Ⅰ型鸭病毒性肝炎阳性血清产生特异性免疫反应,具有良好的免疫学活性。本文为进一步研究DHV-Ⅰ的复制机理奠定了基础。 展开更多
关键词 Ⅰ型鸭肝炎病毒(DHV-Ⅰ) RNA聚合酶基因(rdrp) 原核表达 序列分析
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RNA:诱导基因沉默 被引量:1
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作者 帅丽芳 赵勇 +1 位作者 孙金海 高宏伟 《生物技术通报》 CAS CSCD 2004年第6期17-21,25,共6页
在生物体中 ,双链RNA (double strandRNA ,dsRNA)裂解后的小RNA可以诱导细胞质和基因组水平外源基因沉默。所谓基因沉默 (genesilencing)是指生物体中特定基因由于种种原因不表达。小RNA能诱导互补信使RNA在转录后降解 ,对于植物 ,可通... 在生物体中 ,双链RNA (double strandRNA ,dsRNA)裂解后的小RNA可以诱导细胞质和基因组水平外源基因沉默。所谓基因沉默 (genesilencing)是指生物体中特定基因由于种种原因不表达。小RNA能诱导互补信使RNA在转录后降解 ,对于植物 ,可通过同源DNA序列甲基化使转录基因沉默。RNA沉默是基因组水平的免疫现象 ,代表了进化过程中原始的基因组对抗外源基因序列表达的保护机制 ,在动植物进化中起着重要作用 ,RNA沉默具有抵抗病毒入侵、抑制转座子活动、防止自私基因序列的过量增殖等作用 ,并调控蛋白编码基因的表达 。 展开更多
关键词 表达 诱导基因 信使RNA 基因组 调控蛋白 编码基因 抗病毒 RNA沉默 基因沉默 小RNA
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北京、山东、陕西部分地区番茄褐色皱纹果病毒的检测及同源性分析 被引量:5
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作者 高文征 范丽娜 +9 位作者 李晓东 陈一帆 邱卓瑶 黄泽军 李君明 舒金帅 刘磊 国艳梅 杜永臣 王孝宣 《中国蔬菜》 北大核心 2021年第4期48-52,共5页
番茄褐色皱纹果病毒(tomato brown rugose fruit virus,ToBRFV)于2015年在约旦被首次报道,随即迅速在全世界蔓延。本试验对北京南口、山东寿光及陕西白水出现的疑似ToBRFV典型症状的感病植株的保守结构域进行RT-PCR扩增检测,结果表明ToB... 番茄褐色皱纹果病毒(tomato brown rugose fruit virus,ToBRFV)于2015年在约旦被首次报道,随即迅速在全世界蔓延。本试验对北京南口、山东寿光及陕西白水出现的疑似ToBRFV典型症状的感病植株的保守结构域进行RT-PCR扩增检测,结果表明ToBRFV已经在北京、山东和陕西发生。对ToBRFV保守基因RdRP测序发现,北京、山东、陕西感病材料的ToBRFV RdRP基因遗传距离较近,与其他国家的ToBRFV RdRP基因遗传距离较远。 展开更多
关键词 番茄褐色皱纹果病毒 烟草花叶病毒属 RT-PCR rdrp基因
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RNA:诱导基因沉默
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作者 帅丽芳 赵勇 孙金海 《生物学杂志》 CAS CSCD 2005年第1期8-10,3,共4页
在生物体中,双链RNA(double_strandRNA,dsRNA)裂解后的小RNA可以诱导细胞质和基因组水平外源基因沉默。所谓基因沉默(genesilencing)是指生物体中特定基因由于种种原因不表达。小RNA能诱导互补信使RNA在转录后降解。RNA沉默是基因组水... 在生物体中,双链RNA(double_strandRNA,dsRNA)裂解后的小RNA可以诱导细胞质和基因组水平外源基因沉默。所谓基因沉默(genesilencing)是指生物体中特定基因由于种种原因不表达。小RNA能诱导互补信使RNA在转录后降解。RNA沉默是基因组水平的免疫现象,代表了进化过程中原始的基因组对抗外源基因序列表达的保护机制,在动植物进化中起着重要作用,RNA沉默具有抵抗病毒入侵、抑制转座子活动等作用,并调控蛋白编码基因的表达,具有十分诱人的应用前景。 展开更多
关键词 基因沉默 双链RNA RNA依赖性的RNA聚合酶
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基于恒温隔绝式荧光RT-PCR技术现场检测牛纽布病毒方法的建立及应用 被引量:3
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作者 崔雨晨 岳华 汤承 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第4期1310-1316,共7页
纽布病毒(nebovirus,NeV)是引起犊牛腹泻的新发病原,本试验旨在建立基于恒温隔绝式RT-PCR(insulated isothermal RT-PCR,iiRT-PCR)技术现场检测NeV的方法。根据NeV的RdRp基因的保守区域,设计并合成引物和探针,优化检测体系和检测试剂预... 纽布病毒(nebovirus,NeV)是引起犊牛腹泻的新发病原,本试验旨在建立基于恒温隔绝式RT-PCR(insulated isothermal RT-PCR,iiRT-PCR)技术现场检测NeV的方法。根据NeV的RdRp基因的保守区域,设计并合成引物和探针,优化检测体系和检测试剂预混方法,建立检测NeV的iiRT-PCR方法。结果显示,成功建立了检测NeV的iiRT-PCR方法,该方法只特异性检出NeV,对牛冠状病毒、牛诺如病毒、A群牛轮状病毒、牛病毒性腹泻病毒、牛凸隆病毒、牛大肠杆菌、牛沙门菌、牛瑞氏隐孢子虫和牛艾美尔球虫等无关病原不检出,批间变异系数为3.07%~3.12%,批内变异系数为2.45%~3.01%,检测下限为5.38 copies·μL^(-1)。应用此方法对2020—2021年采集自红原县、若尔盖县、凉山彝族自治州西昌市和阆中市的101份犊牛腹泻样本进行检测,NeV的检出率为64.36%。本研究成功建立了检测NeV的iiRT-PCR方法,具有特异性强、稳定性好和灵敏度高的特点,检测试剂预混后配合使用PetNAD核酸萃取试剂盒,可实现NeV的现场检测,从核酸提取到报告检测结果仅需1 h,操作方便,为NeV的快速诊断提供了有力的工具。 展开更多
关键词 纽布病毒 rdrp基因 恒温隔绝PCR 现场检测
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鸡Ⅱ型星状病毒绝对定量real-time PCR的建立及应用 被引量:1
15
作者 赵伟 武宗仪 +1 位作者 秦爱建 钱琨 《中国家禽》 北大核心 2020年第12期30-35,共6页
研究旨在建立一种检测鸡Ⅱ型星状病毒(CAstV)绝对定量的检测方法。采用PCR方法扩增Ⅱ型CAstV保守区域基因RdRp部分基因,将其克隆至pGEM-T载体作为阳性标准质粒,并根据获得的RdRp基因设计合成一对133 bp引物,成功建立了Ⅱ型CAstV的绝对定... 研究旨在建立一种检测鸡Ⅱ型星状病毒(CAstV)绝对定量的检测方法。采用PCR方法扩增Ⅱ型CAstV保守区域基因RdRp部分基因,将其克隆至pGEM-T载体作为阳性标准质粒,并根据获得的RdRp基因设计合成一对133 bp引物,成功建立了Ⅱ型CAstV的绝对定量real-time PCR的检测方法。结果显示:研究构建的检测方法线性关系良好,检测灵敏度为10copies/μL,且对常见的禽源病毒均无非特异性扩增,特异性好。应用建立的绝对定量real-time PCR检测了病毒感染1日龄雏鸡不同组织样品,掌握了鸡Ⅱ型星状病毒在鸡体内不同组织内的分布及增殖情况。试验成功建立了Ⅱ型CAstV绝对定量real-time PCR检测方法,该方法特异性强、灵敏度高、重复性好,为进一步深入研究Ⅱ型CAstV的生物学特性提供了检测手段。 展开更多
关键词 鸡Ⅱ型星状病毒 rdrp基因 绝对定量 real-time PCR
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犬诺如病毒RT-PCR检测方法的建立及应用
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作者 马会强 岳华 汤承 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期626-632,共7页
犬诺如病毒(CNV)是一种致犬腹泻的病原,目前中国大陆尚无关于CNV的报道,为建立特异灵敏的检测CNV的RT-PCR方法,本研究选择CNV RdRp基因作为靶基因,设计引物,并通过对反应体系及条件的优化,建立了检测CNV的RT-PCR方法。利用该方法同时检... 犬诺如病毒(CNV)是一种致犬腹泻的病原,目前中国大陆尚无关于CNV的报道,为建立特异灵敏的检测CNV的RT-PCR方法,本研究选择CNV RdRp基因作为靶基因,设计引物,并通过对反应体系及条件的优化,建立了检测CNV的RT-PCR方法。利用该方法同时检测CNV、犬瘟热病毒、犬冠状病毒、犬轮状病毒、犬星状病毒、犬库布病毒、犬细小病毒2型、犬腺病毒2型、犬微小病毒、犬圆环病毒和犬源大肠杆菌、犬源沙门氏菌等致犬腹泻的病原,结果显示该方法仅对CNV检测为阳性,而对其他病原检测均为阴性,特异性较强;将pMD-RdRp标准品10倍倍比稀释后利用该方法检测,结果显示对pMD-RdRp标准品的检测下限为4.64×10^(3)拷贝/μL,敏感性较高;批内、批间重复性试验结果一致,重复性较好。利用该方法和国外文献报道的3种RT-PCR方法同时对107份犬腹泻样品进行检测,结果显示该方法对CNV的检出率为4.67%(5/107),其他3种方法的检出率分别为0(0/107)、0.93%(1/107)、0.93%(1/107)。从5份CNV阳性样品中扩增了4条完整的RdRp基因,测序并且比对结果显示,4个完整RdRp基因序列聚为2个大支,表明中国大陆流行的CNV至少有2种不同的RdRp基因型。本实验建立了检测CNV的RT-PCR方法,并首次证明CNV在中国大陆存在,为国内犬腹泻的防控提供了重要参考。 展开更多
关键词 犬诺如病毒 RT-PCR rdrp基因
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戊型肝炎病毒RdRp基因真核表达质粒的构建及表达 被引量:1
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作者 黄芬 禹文海 +3 位作者 马天武 井申荣 曾韦锟 华修国 《中国生物制品学杂志》 CAS CSCD 2012年第3期290-293,共4页
目的构建戊型肝炎病毒(Hepatitis E virus,HEV)RdRp基因真核表达质粒,并检测其在PLC/PRF/5、A549和HepG2 3种细胞中的表达,为后续RdRp的研究提供实验依据。方法利用RT-nPCR法从阳性HEV粪便中扩增RdRp基因片段,插入pcDNA3.0真核表达载体... 目的构建戊型肝炎病毒(Hepatitis E virus,HEV)RdRp基因真核表达质粒,并检测其在PLC/PRF/5、A549和HepG2 3种细胞中的表达,为后续RdRp的研究提供实验依据。方法利用RT-nPCR法从阳性HEV粪便中扩增RdRp基因片段,插入pcDNA3.0真核表达载体中,并在其3′端插入EGFP报告基因,构建融合表达质粒pcDNA3.0-RdRp-EGFP,脂质体法转染PLC/PRF/5、A549和HepG2细胞,荧光显微镜观察报告基因的表达,RT-nPCR检测RdRp基因mRNA的转录情况,Westernblot检测RdRp蛋白的表达。结果重组表达质粒经酶切鉴定和测序证实构建正确;RdRp基因和蛋白在A549和HepG2细胞中可高效、特异性表达。结论成功构建了RdRp基因真核表达质粒,并在A549和HepG2培养细胞中大量表达,为进一步研究RdRp在HEV复制过程中的功能奠定了基础。 展开更多
关键词 戊型肝炎病毒属 rdrp基因 真核细胞 基因表达
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苹果茎痘病毒RdRp基因分子变异分析 被引量:2
18
作者 马小方 洪霓 +7 位作者 蒋迎春 吴黎明 宋放 何利刚 王策 于婷婷 王志静 王国平 《植物病理学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第5期867-870,共4页
苹果茎痘病毒(apple stem pitting virus,ASPV)是凹陷病毒属β线性病毒科(Foveavirus,Betaflexiviridae)的典型代表。ASPV基因组是正单链RNA(+ssRNA),全长约9300个核苷酸,包含5个开放式阅读框(Open reading frames,ORFs),5′端非翻译区(... 苹果茎痘病毒(apple stem pitting virus,ASPV)是凹陷病毒属β线性病毒科(Foveavirus,Betaflexiviridae)的典型代表。ASPV基因组是正单链RNA(+ssRNA),全长约9300个核苷酸,包含5个开放式阅读框(Open reading frames,ORFs),5′端非翻译区(Untranslated region,UTR)和3′UTR。ORF 1编码依赖RNA的RNA聚合酶(RNA dependent RNA polymerase,RdRp)。 展开更多
关键词 苹果茎痘病毒 病毒属 病毒科
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龙眼RDRP基因家族的全基因组鉴定与功能预测
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作者 林艺灵 徐小萍 +3 位作者 张春渝 陈晓慧 张梓浩 赖钟雄 《应用与环境生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第5期1364-1371,共8页
为了解龙眼RNA依赖的RNA聚合酶基因(RDRP)家族的生物学功能,采用生物信息学分析方法对龙眼RDRP家族基因成员进行鉴定,并且对其染色体定位、分子进化树、启动子顺式作用元件、蛋白质结构域、蛋白质二级和三级结构、蛋白质互作、可变剪接... 为了解龙眼RNA依赖的RNA聚合酶基因(RDRP)家族的生物学功能,采用生物信息学分析方法对龙眼RDRP家族基因成员进行鉴定,并且对其染色体定位、分子进化树、启动子顺式作用元件、蛋白质结构域、蛋白质二级和三级结构、蛋白质互作、可变剪接类型以及在体胚发生过程中差异表达的FPKM值进行分析.结果显示:龙眼RDRP家族基因包括10位成员,分别定位在1、8、9、11、15号共5条染色体上.通过龙眼与拟南芥、水稻构建的进化树分析,将其分为4类,分别为DlRDR1、DlRDR2、DlRDR4、DlRDR6.龙眼RDRP成员启动子包含多种植物激素以及低温、干旱等非生物胁迫的元件.龙眼RDRP家族均含有RDRP保守结构域,其蛋白质家族成员二级、三级结构较为相似,并且与特异性核酸内切酶(DCL)蛋白互作关系密切,同时也与基因沉默蛋白抑制剂3(SGS3)、依赖DNA的RNA聚合酶(NRPD1A)发生互作.不同体细胞胚发生阶段与不同组织部位的可变剪接事件以内含子剪接为主.龙眼体细胞胚不同阶段的表达模式分析中,龙眼RDRP在非胚性阶段显著上调.本研究表明龙眼RDRP家族成员能够响应植物激素的应答并且参与龙眼体胚和不同组织部位生长发育调控. 展开更多
关键词 龙眼 RNA依赖的RNA聚合酶基因(rdrp) 基因家族 全基因组鉴定 功能分析
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四川省Nam Dinh病毒的首次分离鉴定 被引量:1
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作者 李伟 张佳珂 +2 位作者 林世华 周兴余 冯玉亮 《中国病毒病杂志》 CAS 2022年第2期108-113,共6页
目的对2015年从四川省西部的甘孜藏族自治州蚊虫中分离到的病毒株SC1502、SC1510进行鉴定并分析其基因特征。方法通过细胞培养的方法对蚊虫标本进行病毒分离,利用Nam Dinh病毒(Nam Dinh virus,NDiV)特异性引物进行逆转录聚合酶链反应(re... 目的对2015年从四川省西部的甘孜藏族自治州蚊虫中分离到的病毒株SC1502、SC1510进行鉴定并分析其基因特征。方法通过细胞培养的方法对蚊虫标本进行病毒分离,利用Nam Dinh病毒(Nam Dinh virus,NDiV)特异性引物进行逆转录聚合酶链反应(reverse transcription PCR,RT-PCR)鉴定,同时扩增分离株的开放阅读框、RNA依赖的RNA聚合酶(RNA-dependent RNA-polymerase,RdRp)、解旋酶超家族1(superfamily 1 helicase,HEL1)、刺突蛋白(spike protein,S蛋白)基因序列并测序,然后利用Mega Align软件对核苷酸序列和推测的氨基酸序列进行比对分析,利用Mega 7软件绘制系统进化树。结果SC1502、SC1510病毒株能够引起C6/36细胞发生病变,但不能引起BHK-21细胞的病变。同源性分析结果显示,2株四川新分离株与NDiV的RdRp、HEL1、S蛋白的核苷酸和氨基酸同源性最高,分别超过99.4%和97.5%。系统进化分析结果表明,2株四川新分离株与NDiV亲缘关系最近,处于同一进化分支。结论SC1502与SC1510为NDiV,该研究结果丰富了四川省的虫媒病毒病原谱数据库,对相关地区的不明原因疫情分析和调查提供了参考依据。 展开更多
关键词 Nam Dinh病毒 RNA依赖的RNA聚合酶(rdrp) HEL1基因 S基因 系统进化树
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