基于病菌孢子捕捉和real-time PCR技术的田间空气中小麦白粉病菌孢子动态监测及病情估计模型研究

利用Burkard定容式孢子捕捉器结合real-time PCR定量技术,分别对种植高抗、中感和高感白粉病小麦品种的田间空气中白粉病菌分生孢子浓度进行监测,结果表明,real-time PCR定量与传统的显微观察计数两种方法测得的孢子浓度呈显著正相关(P≤0.01),且两种病菌孢子计数方法在同一抗性品种上监测到的孢子浓度动态相近。此外,两种方法测得的孢子浓度与各气象因子的相关性分析结果一致,空气中的白粉病菌孢子浓度主要与空气相对湿度显著正相关。在此基础上,利用两种方法测定的田间空气中白粉病菌孢子浓度分别建立了基于累积孢子浓度的田间病情估计模型。分析发现,基于两种孢子浓度测定方法建立的病情估计模型间无显著性差异,表明real-time PCR定量技术测定的孢子浓度在构建白粉病病情估计模型上具有一定可行性。该结果为real-time PCR定量技术与病菌孢子捕捉技术相结合用于小麦白粉病的监测和预测提供理论依据。

基于Real-time PCR法检测乳粉中牛源性成分定量研究

基于Real-timePCR建立了乳粉中牛源性成分相对定量检测方法,并对牛的特异性引物与探针进行了特异性、灵敏度和稳定性测试。通过模拟不同浓度牛乳粉与马乳粉混合样本,根据其△Ct值的函数关系进行线性拟合进而绘制标准曲线,建立乳粉中牛源性成分的相对定量检测。结果显示,该方法的最低检测限为0.00001 mg/mL,回收率为91.11%~119.2%,组间变异系数≤0.58%、组内变异系数≤1.44%。说明该方法在特异性与稳定性上适用于乳粉中牛源性成分及含量的掺假检测。

一种基于real-time PCR技术的TTV检测方法的建立及应用

目的:本研究旨在开发一种具有更高灵敏度和特异性的TTV检测技术,为揭示TTV在多种疾病过程中的作用提供重要的技术支持。方法:为了更精确、灵敏的检测TTV,本研究分析了目前公布的所有亚型的TTV基因序列,在此基础上建立了一种基于UTR区域的real-time PCR检测方法,并与文献报道应用较为广泛的PCR检测方法进行了对比。结果:本研究建立的方法在1×10^(7)~1×10^(1) copies/μL标准品浓度范围内具有良好的线性关系,相关系数为1.000,斜率为-3.446,检测下限为1×10^(1) copies/μL。重复性试验结果显示,组内变异系数为7.22%,表明本方法重复性、稳定性较强。针对30份临床样本,使用本研究建立的real-time PCR检测方法及目前被多个研究所使用的4套引物进行对比。结果表明,本研究所建立的方法灵敏度显著高于文献中报道的4种方法(P<0.01);Sanger测序结果表明,本方法检测出的30份阳性样本均为TTV,检测特异性为100%。结论:本研究采用基于TaqMan探针的real-time PCR检测方法,检测灵敏性高、覆盖基因型范围广,尤其对于TTV病毒载量较低的情况下能够进行定量检测,对于TTV病毒的致病性及作为免疫标志物的应用提供重要的技术支持。

24重荧光real-time PCR技术在食物中毒快速检测中的应用

目的:应用24重荧光real-time PCR检测技术快速筛检食物中毒病原菌,结合国家标准中的培养法探讨24重荧光real-time PCR检测技术符合性和应用价值。方法:采用高灵敏度、高特异性的24重荧光real-time PCR检测技术作为中毒病原菌的初筛方法,国标方法进行细菌分离培养,并对分离出的病原菌进行生化鉴定。结果:5份食物中毒患者肛拭子在增菌前检出4份霍乱弧菌核酸(非O1/非O139群,24重荧光real-time PCR),9份患者肛拭子在增菌后检出5株霍乱弧菌(非O1/非O139群,国标培养法),其中包含4份PCR技术初筛阳性样品,两个方法的符合率为80%。所有样本均未检出沙门氏菌、志贺菌、副溶血性弧菌、致泻性大肠埃希菌以及金黄色葡萄球菌。结论:应用24重荧光real-time PCR检测技术同时检测24种常见致病病原菌,能高效锁定中毒病原菌。将其与国标培养法相结合,对临床治疗和食物中毒快速处置能起到积极作用,值得应用和推广。

肉中猪源性成分Real-time PCR定量检测技术

【目的】建立一种快速、准确的肉中猪源性成分定量检测方法。【方法】首先从GenBank数据库中筛选猪特异性的微卫星DNA,根据微卫星DNA核酸序列设计引物,对常见10种动物基因组DNA进行PCR扩增,通过有无扩增产物判断筛选的微卫星DNA对猪源性成分的特异性。然后根据微卫星DNA核酸序列,设计特异性引物和探针,建立猪源性成分Real-time PCR检测方法,采用双标准曲线分别对猪源性成分和总动物源性成分进行定量,计算猪源性成分的百分含量。【结果】筛选到猪特异性微卫星DNA(Accession EF172428),根据其序列设计的引物SEQ-sus2-F/R只能从猪基因组DNA中扩增出目的条带,其他动物的基因组均无目的条带扩增。建立的Real-time PCR检测方法灵敏度为0.02 ng/25μL反应体系。该方法能够准确检测出混合DNA样品中猪源性成分和混合肉样品中猪源性成分,百分误差分别约为1.32%和1.06%-7.12%。【结论】本研究利用Real-time PCR技术建立的定量猪源性成分的检测方法可以用来检测猪源性成分在混合样品中的百分含量。

猪NLRP3基因Real-time PCR检测方法的建立及应用

根据NCBI NLRP3 cds(NM-001256770)序列设计1对特异性引物,构建标准品质粒pMD18T-NLRP3-189。通过反应条件优化、稳定性、敏感性等试验,成功建立了NLRP3的SYBR GreenⅠreal-time PCR检测方法,用该方法定量检测猪肺炎支原体(Mycoplasma hyopneumoniae,Mhp)感染后的猪肺组织中NLRP3表达水平。最佳引物浓度为0.15μmol/L,建立的标准曲线方程为y=-3.5196x+36.968,E值为0.96,最低检测量为84个拷贝,熔解曲线有单一峰,批内变异系数CV为0.067%~0.184%,批间变异系数为0.221%~0.594%,重复性好。该方法检测仔猪在感染Mhp后肺组织中的NLRP3 mRNA表达水平,感染组与健康组相比差异显著(P<0.01),NLRP3表达水平明显增高,在感染后14 d可达到高峰,平均mRNA拷贝数达18000左右,可持续42 d。表明该检测方法稳定性良好,精确度高,特异性强,为进一步研究猪炎症小体NLRP3的激活及其相关炎症反应机制提供了技术支持。

多主棒孢SdhB-H278Y突变位点real-time PCR检测体系的建立与应用

根据GenBank已登录序列中黄瓜多主棒孢琥珀酸脱氢酶B亚基(SdhB)基因序列差异,针对SdhB-H278Y突变设计特异性引物,建立SdhB-H278Y突变实时荧光定量PCR(real-time PCR)检测体系。结果表明:供试多主棒孢携带SdhBH278Y、SdhB-I280V突变;SdhB-H278Y突变株对啶酰菌胺抗性较强,EC50值为21.47μg·mL^(-1)或>30μg·mL^(-1);建立的real-time PCR检测体系具有良好的线性关系,相关系数R2=0.9929,可特异性检测SdhB-H278Y突变,灵敏度为3.6×10^(-4) ng·μL^(-1),为AS-PCR的10倍。利用携带SdhB-H278Y突变不同比例的基因组DNA对检测体系进行验证,预期值与检测值具有很高的相关性,R^(2)=0.9997;利用该检测体系对山东地区黄瓜棒孢叶斑病病斑中多主棒孢SdhB-H278Y突变株所占比例进行检测,检测结果为0.12%~2.69%。综上,本试验建立的real-time PCR检测体系高效、灵敏、定量,可用于多主棒孢SdhB-H278Y突变的检测,为黄瓜棒孢叶斑病抗性治理提供技术支持。

羊肉中貉源成分Real-time PCR检测方法的建立

[目的]检测羊肉中是否含有貉肉成分。[方法]通过实时荧光定量PCR方法,以cytB为靶基因设计特异性检测引物,选取8个不同物种的肌肉组织样本为研究对象,根据其ΔCt值函数关系进行线性拟合建立标准曲线。[结果]该检测方法所用引物能将貉与其他物种区分,特异性较强,且最低检测限可达到3.2 pg/μL,回收率在97.71%~104.36%,组内变异系数≤0.28%,组间变异系数≤1.08%。[结论]该研究建立的羊肉中貉肉源成分实时荧光定量检测方法具有良好的特异性和敏感性,可用该方法检测实际羊肉样品中是否有貉肉源成分,为羊肉制品掺假的检测提供简单快捷准确的技术手段和执法依据。

PCR及Real-time PCR评价细菌DNA提取方法

目的:比较几种不同的细菌DNA提取方法,建立一种适于PCR和Real-time PCR的细菌DNA提取方法。方法:分别用蛋白酶K法、碱裂解法、Chelex-100+NP40、Chelex-100+TritonX-100法和水煮法提取同种浓度大肠杆菌DNA,测定OD260/280;用不同方法提取不同浓度的大肠杆菌DNA,进行PCR和实时荧光定量PCR扩增,比较灵敏度。结果:5种方法提取细菌DNA,其中Chelex-100+NP40法纯度(OD260/280=1.79±0.03)最高,此方法所提取的DNA产物进行PCR及Real-time PCR扩增未见假阳性及假阴性,其灵敏度为10个/ml细菌浓度。结论:Chelex-100+NP40的细菌DNA提取方法纯度及灵敏度高,且适应于PCR及Real-time PCR。

鲤疱疹病毒Ⅱ型TaqMan real-time PCR检测方法的建立及应用

针对鲤疱疹病毒Ⅱ型(Cyprinid herpesvirus 2,CyHV-2)DNA解旋酶基因编码区序列设计特异性引物,利用PCR技术扩增出长度为1 446 bp的基因编码区片段,克隆到pMD19T载体上,构建重组质粒。经PCR鉴定与测序分析确认正确后,以10倍梯度稀释重组质粒,作为标准模板进行TaqMan real-time PCR扩增,制作标准曲线,建立了鲤疱疹病毒Ⅱ型的荧光定量PCR检测方法。检测结果显示,标准曲线的相关系数(R2)达到0.999 1,斜率为-3.412;对初始模板定量检测的范围为1×101～1×107copies/μL;特异性试验结果表明,该方法可特异性地检测出鲤疱疹病毒Ⅱ型,而对大鲵虹彩病毒(GSIV)、锦鲤疱疹病毒(KHV)以及空白对照无检测信号。取江苏射阳和宝应两地疑似患病鲫组织核酸作为模板进行荧光定量PCR,结果表明反应体系中的病毒量分别为6.89×104copies/μL和3.02×102copies/μL。本研究建立的鲤疱疹病毒Ⅱ型TaqMan实时荧光定量PCR方法灵敏度高、特异性强,对因鲤疱疹病毒Ⅱ感染引起的养殖鲫造血器官坏死症的诊断与病毒病原定量检测有重要意义。

用DGGE和Real-Time PCR对低温沼气池中产甲烷古菌群落的研究

利用DGGE及Real-Time PCR技术对不同地区低温沼气池中沼泥行进发酵前期、后期产甲烷古菌群落变化进行了研究。DGGE技术用于分析发酵前后产甲烷古菌优势群落的变化;Real-Time PCR技术用于分析发酵前期、后期样品产甲烷古菌的数量变化。结果表明,沼气低温发酵的过程中,不同沼泥样品发酵前期、后期产甲烷古菌的优势群落差异明显且数量上也存在较大差异;主要变化的产甲烷古菌的优势群落为甲烷粒菌属(Methanocor-pusculum),甲烷八叠球菌属(Methanosarcina),甲烷鬃毛菌属(Methanosaeta)。甲烷八叠球菌属(Methanosarcina)在黑龙江沼泥样品(A1)发酵后期成为优势群落,甲烷鬃毛菌属(Methanosaeta)在山东发酵前期(B1),后期样品(B2)及安徽发酵前期样品(C1)中占有绝对优势。产甲烷古菌的数量介于104～105个.mL-1之间,其中黑龙江样品中产甲烷菌数量最多,而安徽样品中产甲烷菌数量最少。

草鱼呼肠孤病毒TaqManreal-time PCR检测方法的建立

利用RT-PCR技术扩增出草鱼呼肠孤病毒(GCRV)VP6蛋白编码区长度为1 250 bp的片段,克隆到pEGFP-N1载体上,构建重组质粒pEGFP-N1-VP6。经PCR鉴定确认正确后,以10倍梯度稀释pEGFP-N1-VP6重组质粒,作为标准模板进行TaqMan real-time PCR扩增,制作标准曲线,建立了草鱼呼肠孤病毒的荧光定量PCR检测方法。检测结果显示,标准曲线的相关系数(R2)达到0.998 09,斜率为-3.373;对初始模板定量检测的范围为1×101～1×106copies/μL;特异性试验结果表明,该方法可特异性地检测出草鱼呼肠孤病毒,而对鲤春病毒血症病毒(SVCV)、传染性造血器官坏死症病毒(IHNV)无检测信号。本研究建立的草鱼呼肠孤病毒TaqMan real-time PCR方法灵敏度高、特异性强,可进行定量分析,对草鱼出血病快速诊断与病毒病原定量检测有重要意义。

Real-time PCR和PCR方法快速检测犬细小病毒

为适应出入境口岸对进出境宠物快速检疫的需要,本研究在建立PCR方法检测犬细小病毒(CPV)的基础上,进一步采用Taqman探针技术建立了快速检测CPV的Real-time PCR方法。通过灵敏度对比试验,证实Real-time PCR方法比PCR方法检测灵敏度显著提高。通过对大量不同采样部位样品的检测证实,本研究建立的Real-time PCR和PCR方法具有较高的可靠性,并可显著提高CPV的阳性检出率。

空肠弯曲菌hipO基因的Real-time PCR检测研究

目的建立基于新型Taqman荧光探针的荧光实时（Real-time）PCR方法用于空肠弯曲菌的筛选检测与快速鉴定。空肠弯曲菌（Campylobacter jejuni）是近十几年来在世界范围内广泛重视的人畜共患病原菌，可以导致人类的急性肠炎与食物中毒，并能引发格林-巴利综合征等并发症。为更好地利用分子生物学技术对空肠弯曲菌进行快速、准确的基因检测，本研究从样品增菌液与单菌落中提取细菌DNA，建立了针对空肠弯曲菌特异的hipo（hippuricase，马尿酸酶）基因的Real-timePCR方法，用于空肠弯曲菌的快速筛选检测与可疑菌落快速鉴定。试验结果表明，该方法检测细菌的灵敏度为110CFU．人工布菌鸡肉的检测灵敏度为1~10CFU。本研究所建立的空肠弯曲菌荧光实时PCR方法具有准确、可靠、快速的特点。

运用Real-time PCR方法研究日粮添加豆油与胡麻油对肉牛瘤胃纤维分解菌数量的影响

本研究分别以产琥珀酸丝状杆菌(Fibrobacter succinogenes)、黄色瘤胃球菌(Ruminococcus flavefaciens)、白色瘤胃球菌(Ruminobacter albus)和溶纤维丁酸弧菌(Butyrivibrio fibrisolvens)16S rDNA序列设计引物,运用Real-ti me PCR技术研究日粮中添加豆油与胡麻油对肉牛上述4种瘤胃纤维分解菌数量的影响。结果表明,与对照组(CK)相比,添加豆油组(LOC1)和胡麻油(LOC2)组,产琥珀酸丝状杆菌(Fibrobacter succinogenes)、黄色瘤胃球菌(Ruminococcus flavefaciens)、白色瘤胃球菌(Ruminobacter albus)和溶纤维丁酸弧菌(Butyrivibrio fibrisol-vens)数量显著减少(P<0.05),分别降低了78%和31%、30%和36%、27%和23%、6%和13%。通过该方法的结果表明日粮中添加4%的豆油和胡麻油显著减少了瘤胃中纤维分解菌,对产琥珀酸丝状杆菌的影响明显。而且采用Real-ti me PCR方法对瘤胃纤维分解菌进行定量,可以快速有效反映出在日粮改变的情况下菌的数量变化趋势,相对于传统计数方法更直观、快捷与准确。

检测粪便中GGⅡ型诺如病毒Real-time RT-PCR方法的建立

诺如病毒是世界急性胃肠炎的重要病原之一。为加强其控制，通过序列比对设计出针对GGⅡ型诺如病毒保守序列的特异性引物与探针，建立了TaqMan Real-time RT-PCR方法。结果显示，此方法对诺如病毒核酸检测高度特异，与轮状病毒、腺病毒、甲型肝炎病毒等无交叉反应，最低检出限可达10^2拷贝，线性范围为100～100拷贝，标准曲线的相关系数为-1．00。针对标准品质粒检测的批内实验变异系数为0．28％～1．63％（n=6）、批间实验为0．28％～1．05％（n=3），对同一样品分6次进行RNA提取和逆转录，其变异系数为3增8％。对212份临床腹泻标本分别用常规RT-PCR和本文建立的TaqMan Real-time PCR进行检测，发现后者检出率略高于前者。这些结果提示此研究建立的诺如病毒的TaqMan Real-time RT-PCR检测方法可用于临床腹泻粪便标本的检测。

猪IL-4、IL-6和IL-10 SYBR Green Ⅰ real-time PCR检测方法的建立及应用

为探讨PRRSV感染后机体的体液免疫应答、从分子水平深入研究PRRSV的免疫机制,本研究针对Th2型细胞因子IL-4、IL-6、IL-10以及看家基因β-actin的基因序列分别设计一对特异性引物,构建含有各自引物扩增序列的重组质粒作为阳性标准品,建立了检测IL-4、IL-6、IL-10及β-actin的SYBR Green Ⅰ real-time PCR方法。该方法线性关系好,各种细胞因子及β-actin标准曲线的相关系数均达到0.997以上;敏感性高,初始模板的检出下限均达到1×101copies/μL;特异性强,扩增产物形成单一的特异性熔解峰;重复性好,组内与组间的变异系数均小于3%。应用所建立的方法对猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)感染仔猪外周血单个核细胞(PBMC)中IL-4、IL-6和IL-10mRNA的表达水平进行了检测。结果表明,本研究建立的real-timePCR检测方法灵敏度高、特异性强、重复性好,可以用于猪Th2型细胞因子的检测及定量分析。

猪脑心肌炎病毒SYBR GreenⅠ real-time PCR检测方法的建立

针对猪脑心肌炎病毒(EMCV)VP1基因序列设计并合成了1对引物,以构建的含有该引物扩增序列的重组质粒作为阳性标准品,建立了检测EMCV核酸的SYBR GreenⅠreal-time PCR方法。检测结果显示,该方法线性关系好,标准曲线的相关系数达到0.991;对初始模板的检出下限为1×101copies/μL,比常规PCR方法高100倍;与其他猪源病毒,如口蹄疫病毒(FMDV)、猪生殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪瘟病毒(CSFV)、伪狂犬病病毒(PRV)均不发生交叉反应;组内与组间的变异系数均小于3%。应用建立的方法检测了17份临床可疑病例的心、脑组织样本,结果1份为阳性。表明,建立的real-time PCR检测方法灵敏度高、特异性强、重复性好,可以用于EMCV的病原检测及定量分析。

非洲猪瘟病毒常规PCR及Real-time PCR检测方法的建立

根据非洲猪瘟病毒(African swine fever virus,ASFV)P72基因的核苷酸序列,设计并合成引物以及荧光标记的TaqMan探针,以含P72基因的重组质粒作为阳性模板,用于常规PCR和Real-time PCR方法的建立,结果表明常规PCR的检测灵敏度是600个拷贝的病毒核酸分子,Real-time PCR的检测灵敏度是20个拷贝的病毒核酸分子,两种PCR检测方法均具有特异性强、简单快速的优点。可以用于出入境检验检疫部门对非洲猪瘟病毒的快速检测。

Real-time PCR检测核酸疫苗中宿主基因组残留DNA

目的建立Real-time PCR方法,用于定量检测核酸疫苗中宿主基因组的残留DNA。方法以Lightcycler平台为基础,选择大肠杆菌23S核糖体RNA基因为靶标基因设计扩增引物,建立基于SYBR GreenⅠ荧光染料的Real-time PCR检测方法,并用于核酸疫苗纯化过程中间产物的检测。结果整个检测过程可在30min内完成,特异性强,检测灵敏度可达10fg/μl,其标准曲线的相关系数为-0.99。结论该方法可用于核酸疫苗中宿主基因组残留DNA的检测。