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大豆EST序列长度与SSR特性的关系 被引量:13
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作者 詹少华 盛新颖 +2 位作者 樊洪泓 蔡永萍 林毅 《大豆科学》 CAS CSCD 北大核心 2009年第2期204-209,共6页
为了分析大豆EST-SSR的特征和比较其不同长度EST序列中的SSR特性,从NCBI下载了大豆EST序列,应用SSRIT搜索SSR,分析了20183个无冗余的EST序列,发现了1747个EST序列(8.66%)含有SSR,长度超过400bp的EST序列含SSR的比例为10.05%,而长度在40... 为了分析大豆EST-SSR的特征和比较其不同长度EST序列中的SSR特性,从NCBI下载了大豆EST序列,应用SSRIT搜索SSR,分析了20183个无冗余的EST序列,发现了1747个EST序列(8.66%)含有SSR,长度超过400bp的EST序列含SSR的比例为10.05%,而长度在400bp以下的EST序列SSR的比例为4.74%。二核苷酸和三核苷酸SSR是大豆EST-SSR的主要类型,分别的60.45%和37.04%,最常见的SSR基元是:AT、AG、AAT、AC、AAG、ACG。在1798个EST-SSR中,51.45%的长度大于12bp,13.35%长度大于20bp。推断NCBI大豆EST数据库中含有123527个SSR,大豆EST-SSR可用于大豆分子标记,具有重要的开发价值,为有针对性设计EST-SSR引物奠定基础。 展开更多
关键词 大豆 表达序列标签 EST—SSR 序列长度 重复基元
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基因组装配中存在重复序列叠加时重叠群计数的推广的Lander-Waterman定理 被引量:1
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作者 黄海云 张屹 《河北科技大学学报》 CAS 2012年第5期384-385,463,共3页
针对基因组组装算法理论进行了改进,该研究对于经典的Lander-Waterman定理在repeatcollapse存在的情况下进行了推广,对于判断基因组组装的contig的个数是否合理,组装质量是否可靠有重要的参考价值。
关键词 Lander-Waterman公式 重复序列 基因组组装 重叠群
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Fine mapping of a semidwarf gene sd-g in indica rice (Oryza sativa L.) 被引量:16
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作者 LIANGGuohua CAOXiaoying SUIJiongming ZHAOXiangqiang YANChangjie YIChuandeng GUMinghong 《Chinese Science Bulletin》 SCIE EI CAS 2004年第9期900-904,共5页
The semidwarf gene sd-g which has been used in indica rice breeding in southern China is a new one, non-allelic to sd-1. To map sd-g, an F2 population derived from the cross between Xinguiaishuangai and 02428 was con-... The semidwarf gene sd-g which has been used in indica rice breeding in southern China is a new one, non-allelic to sd-1. To map sd-g, an F2 population derived from the cross between Xinguiaishuangai and 02428 was con-structed. The sd-g was roughly mapped between two mi-crosatellite markers RM440 and RM163, with genetic dis-tances of 0.5 and 2.5 cM, respectively. Then nine new poly-morphic microsatellite markers were developed in this region. The sd-g was further mapped between two microsatellite markers SSR5-1 and SSR5-51, with genetic distances of 0.1 and 0.3 cM, respectively, while cosegregated with SSR418. A BAC contig was found to span the sd-g locus, the region be-ing delimited to 85 kb. This result was very useful for cloning of the sd-g gene. 展开更多
关键词 水稻 半矮生基因 简单基因重复制造 分子制图 BAC contig 遗传距离
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