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Development of Nucleic Acid Sequence-Based Amplification Assay for Detection of Macrobrachium rosenbergii Nodavirus 被引量:2
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作者 Feng LIN Li LIU +5 位作者 Dong QIAN Guijie HAO Pengcheng SHENG Zheng CAO Xuemei YUAN Jinyu SHEN 《Agricultural Biotechnology》 CAS 2014年第3期42-45,共4页
A nucleic acid sequence-based amplification(NASBA)assay was established for the detection of Macrobrachium rosenbergii Nodavirus(MrNV).The specific primers were designed according to the high conserved region of R... A nucleic acid sequence-based amplification(NASBA)assay was established for the detection of Macrobrachium rosenbergii Nodavirus(MrNV).The specific primers were designed according to the high conserved region of RNA2 sequence of MrNV.The 224 bp specific amplification product was obtained in positive sample determined with 3%agarose gel electrophoresis,while no product was generated from shrimp infected with other viruses including DNA viruses(IHHNV,WSSV)and RNA viruses(TSV,IMNV,YHV).The detecting limit of the assay was 8pg nucleic acid,which is more sensitive than that of PCR method. 展开更多
关键词 Macrobrachium rosenbergii Nodavirus nucleic acid sequence-based amplification DETECTION
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Framework nucleic Acid-MicroRNA mediated hepatic differentiation and functional hepatic spheroid development for treating acute liver failure
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作者 Hongyan Wei Tiantian Xue +4 位作者 Fenfang Li Enguo Ju Haixia Wang Mingqiang Li Yu Tao 《Bioactive Materials》 SCIE CSCD 2024年第11期611-626,共16页
The specific induction of hepatic differentiation presents a significant challenge in developing alternative liver cell sources and viable strategies for clinical therapy of acute liver failure (ALF). The past decade ... The specific induction of hepatic differentiation presents a significant challenge in developing alternative liver cell sources and viable strategies for clinical therapy of acute liver failure (ALF). The past decade has witnessed the blossom of microRNAs in regenerative medicine. Herein, microRNA 122-functionalized tetrahedral framework nucleic acid (FNA-miR-122) has emerged as an unprecedented and potential platform for directing the hepatic differentiation of adipose-derived mesenchymal stem cells (ADMSCs), which offers a straightforward and cost-effective method for generating functional hepatocyte-like cells (FNA-miR-122-iHep). Additionally, we have successfully established a liver organoid synthesis strategy by optimizing the co-culture of FNA-miR-122-iHep with endothelial cells (HUVECs), resulting in functional Hep:HUE-liver spheroids. Transcriptome analysis not only uncovered the potential molecular mechanisms through which miR-122 influences hepatic differentiation in ADMSCs, but also clarified that Hep:HUE-liver spheroids could further facilitate hepatocyte maturation and improved tissue-specific functions, which may provide new hints to be used to develop a hepatic organoid platform. Notably, compared to transplanted ADMSCs and Hep-liver spheroid, respectively, both FNA-miR-122-iHep-based single cell therapy and Hep:HUE-liver spheroid-based therapy showed high efficacy in treating ALF in vivo. Collectively, this research establishes a robust system using microRNA to induce ADMSCs into functional hepatocyte-like cells and to generate hepatic organoids in vitro, promising a highly efficient therapeutic approach for ALF. 展开更多
关键词 Hepatic differentiation Framework nucleic acid Functional hepatic spheroids Transcriptome sequencing analysis Acute liver failure therapy
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Analytical methods for locating modifications in nucleic acids 被引量:2
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作者 Chubo Qi Jianghui Ding +1 位作者 Bifeng Yuan Yuqi Feng 《Chinese Chemical Letters》 SCIE CAS CSCD 2019年第9期1618-1626,共9页
In addition to the canonical nucleobases, a variety of chemical modifications have been identified presence in nucleic acids. These modifications have been demonstrated to involve in regulating the spatiotemporal expr... In addition to the canonical nucleobases, a variety of chemical modifications have been identified presence in nucleic acids. These modifications have been demonstrated to involve in regulating the spatiotemporal expression of genes. Up to date, over 150 types of chemical modifications have been found existence in nucleic acids. Understanding the functional roles of modifications relies on deciphering the location information of modifications in nucleic acids. Analytical methods for studying nucleic acid modifications have greatly advanced in the last decade. To locate the modifications in nucleic acids, various mass spectrometry (MS)-based analytical strategies have been established. Recent progress in next-generation sequencing (NGS) in conjugation with immunoprecipitation, chemical reaction, enzyme-mediated mutation, or nanomaterials offer genome-wide or transcriptome-wide mapping of modifications, which greatly revolutionize the field of epigenetic modifications. Herein, we reviewed and summarized the established methods and the breakthrough of the techniques for locating modifications in nucleic acids. In addition, we discussed the principles, applications, advantages and drawbacks of these methods. We believe that with the rapid advancement of techniques and methods,the functions of nucleic acid modifications will be fully understood in the future. 展开更多
关键词 nucleic acid MODIFICATION LOCATION Mapping Mass SPECTROMETRY SEQUENCING NANOMATERIAL
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Research progresses of artificial nucleic acid cleavage agents 被引量:1
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作者 Rong Wan Gang Zhao +1 位作者 Jing Chen Yufen Zhao 《Chinese Science Bulletin》 SCIE EI CAS 2000年第22期2017-2028,共12页
Artificial nucleic acid cleavage agents have attracted close attention because they play important roles in biochemistry and molecular biology. According to the cleavage mechanism of nucleic acid, they are divided int... Artificial nucleic acid cleavage agents have attracted close attention because they play important roles in biochemistry and molecular biology. According to the cleavage mechanism of nucleic acid, they are divided into three types, namely free radical, phosphodiester bond hydrolysis and elimination cleavage agents. In this review, a series of cleavage agents, including the site- and sequence-specific ones, are illustrated, and some suggestions for the future researches in this field are also put forward. 展开更多
关键词 nucleic acid CLEAVAGE AGENTS site-and sequence-specific CLEAVAGE AGENTS free RADICAL PHOSPHODIESTER BOND HYDROLYSIS elimination.
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DNA存储系统中的数据写入
5
作者 张宣梁 李青婷 王飞 《合成生物学》 CSCD 北大核心 2024年第5期1125-1141,共17页
世界的数字化给人们的生活带来了极大的变化,但与此同时,史无前例的数据激增使得信息存储面临的挑战日益严峻。随着全球数据总量的指数级增长,传统存储介质将无法满足数字化带来的存储需求。使用DNA分子作为基本载体的信息存储展现出高... 世界的数字化给人们的生活带来了极大的变化,但与此同时,史无前例的数据激增使得信息存储面临的挑战日益严峻。随着全球数据总量的指数级增长,传统存储介质将无法满足数字化带来的存储需求。使用DNA分子作为基本载体的信息存储展现出高存储密度、低维护成本和易于化学修饰等独特优势。DNA存储主要包括编码、写入、保存、检索、读取和解码六个主要步骤,其中数据的写入是实现DNA存储功能的基础。本文首先介绍DNA存储系统中体外写入数据的策略方法,主要分为将数据写入DNA序列和写入DNA结构两个部分,接着概述体内写入数据技术的发展,最后将讨论DNA存储系统中数据写入面临的写入成本高、写入速度慢等挑战,并对大规模合成高纯度DNA、改进生物酶等具有前景的应用技术进行展望。 展开更多
关键词 DNA存储 DNA合成 核酸序列 DNA纳米技术 框架核酸材料
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Rice bicoid-related cDNA sequence and its expression during early embryogenesis 被引量:3
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作者 YangZX AnGY 《Cell Research》 SCIE CAS CSCD 2001年第1期74-80,共7页
Bicoid is one of the important Drosophila maternal genes involved in the control of embryo polarity and larvae segmentation. To clone and characterize the rice bicoid-related genes, one cDNA clone, Rb24 (EMBL accessio... Bicoid is one of the important Drosophila maternal genes involved in the control of embryo polarity and larvae segmentation. To clone and characterize the rice bicoid-related genes, one cDNA clone, Rb24 (EMBL accession number: AJ2771380), was isolated by screening of rice unmature seed cDNA library. Sequence analysis indicates that Rb24 contains a putative amino acid sequence, which is homologous to unique 8 amino acids sequence within Drosophila bicoid homeodomain (50% identity, 75% similarity) and involves a lys-9 in putative helix 3. Northern blot analysis of rice RNA has shown that this sequence is expressed in a tissue-specific manner. The transcript was detected strongly in young panicles, but less in young leaves and roots. This results are further confirmed with paraffin section in situ hybridization. The signal is intensive in rice globular embryo and located at the apical tip of the embryo, then, along with the development of embryo, the signal is getting reduced and transfers into both sides of embryo. The existence of bicoid-related sequence in rice embryo and the similarity of polar distribution of bicoid and Rb24 mRNA in early embryo development may implicates a conserved maternal regulation mechanism of body axis presents in Drosophila and in rice. 展开更多
关键词 Base sequence Body Patterning Cloning Molecular DNA Complementary Gene Expression Regulation Plant Genes Plant Homeodomain Proteins Molecular sequence Data Oryza sativa Protein Structure Tertiary Research Support Non-U.S. Gov't Seeds sequence Homology nucleic acid TRANS-ACTIVATORS
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奶牛乳房炎病原微生物20联核酸检测试剂盒(PCR-荧光探针法)的临床应用评估
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作者 胡秀花 王子华 +5 位作者 黄鹏成 刘园园 毛君杰 王桂琴 马翀 王少林 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2024年第11期61-69,共9页
为了评估商品化的奶牛乳房炎病原微生物20联核酸检测试剂盒(PCR-荧光探针法)(后文简称为“检测试剂盒”)在临床应用中的适用性,本试验采用传统细菌分离培养、检测试剂盒、16S rRNA基因扩增子测序和药物敏感性试验对宁夏回族自治区9个牧... 为了评估商品化的奶牛乳房炎病原微生物20联核酸检测试剂盒(PCR-荧光探针法)(后文简称为“检测试剂盒”)在临床应用中的适用性,本试验采用传统细菌分离培养、检测试剂盒、16S rRNA基因扩增子测序和药物敏感性试验对宁夏回族自治区9个牧场155份奶牛乳房炎奶样分别进行菌株鉴定和耐药性检测,并将检测试剂盒与其他3种检测结果进行比较和分析。结果显示,检测试剂盒与传统细菌分离培养在病原菌检出情况上基本保持一致,均主要检出了大肠杆菌、芽孢杆菌属和凝固酶阴性葡萄球菌(CNS)等;检测试剂盒与16S rRNA基因扩增子测序结果在菌属组成上一致性较高,均主要检出了假单胞菌属、链球菌属和葡萄球菌属等;药物敏感性试验结果显示,检出率较高的66株病原菌分离株对β-内酰胺类抗菌药物的耐药率普遍偏高;奶样中β-内酰胺酶耐药基因blaZ的检测试剂盒检出结果与同一奶样中分离菌株的药物敏感性试验结果一致率达58%(7/12)。综上所述,该检测试剂盒具有较高的准确度和病原覆盖率,可为牧场奶牛乳房炎主要病原的快速诊断和耐药基因(blaZ)监测提供有效的技术支持,从而降低抗菌药物的使用量,以减少牧场经济损失。 展开更多
关键词 奶牛乳房炎病原微生物20联核酸检测试剂盒(PCR-荧光探针法) 细菌分离培养 16S rRNA基因扩增子测序 药物敏感性试验
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核酸条形码技术:扩展蛋白质-蛋白质相互作用检测通量的新方法
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作者 李林鑫 秦晓红 米立志 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期281-294,共14页
蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)几乎参与了机体内所有重要的生物学过程,在细胞的基本生命过程中扮演了至关重要的角色,开发高通量的PPI检测新方法具有重要的生物学意义。目前,下一代测序技术(next-generation ... 蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)几乎参与了机体内所有重要的生物学过程,在细胞的基本生命过程中扮演了至关重要的角色,开发高通量的PPI检测新方法具有重要的生物学意义。目前,下一代测序技术(next-generation sequencing,NGS)发展快速,能在几天内测定超过10亿个模板的DNA序列。由于并行DNA测序技术所特有的敏感性、特异性、高通量和多路复用优势,其已被用作广谱分子计数器,应用于基因组测序和转录物组测序等领域。核酸条形码技术通过将寡核苷酸标签与目标蛋白质连接起来,从而标记编码蛋白质。之后,利用高通量的测序方法检测相互作用的蛋白质,实现了PPI的高通量检测。这一技术推动了PPI检测方法的飞速发展,提升了单次实验检测的通量,为构建PPI网络提供了强有力的技术支持。本文详细阐述了核酸条形码在PPI检测方法中的设计、生成和读取;通过分析核酸条形码技术在PPI研究中的应用范例,探讨了各自的优势和不足,并评估了数据的可靠性,讨论了基于核酸条形码技术的PPI检测方法未来的发展趋势。 展开更多
关键词 蛋白质-蛋白质相互作用 核酸条形码检测技术 下一代测序技术
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CRISPR-Cas13a检测在肺结核诊断中的价值 被引量:1
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作者 张治国 尚媛媛 +5 位作者 张旭霞 刘荣梅 马丽萍 秦林 孔忠顺 任卫聪 《中国防痨杂志》 CAS CSCD 2023年第6期589-593,共5页
目的:评价应用CRISPR-Cas13a检测临床样本对肺结核的诊断价值。方法:采用回顾性研究方法,收集首都医科大学附属北京胸科医院2022年9月至2022年12月收治住院的102例经GeneXpert MTB/RIF检测(简称“Xpert检测”)确诊的肺结核患者的支气管... 目的:评价应用CRISPR-Cas13a检测临床样本对肺结核的诊断价值。方法:采用回顾性研究方法,收集首都医科大学附属北京胸科医院2022年9月至2022年12月收治住院的102例经GeneXpert MTB/RIF检测(简称“Xpert检测”)确诊的肺结核患者的支气管肺泡灌洗液标本,作为结核病组;收集同期收治入院的100例非结核病患者(包括肺癌,细菌性肺炎,支气管扩张,慢性阻塞性肺疾病)的支气管肺泡灌洗液标本,作为非结核病组。所有患者的支气管肺泡灌洗液标本均进行涂片抗酸杆菌染色镜检、培养、Xpert检测及CRISPR-Cas13a检测。以Xpert检测结果为参照,评价CRISPR-Cas13a检测支气管肺泡灌洗液对肺结核的诊断价值。结果:结核病组102份标本中,CRISPR-Cas13a检测阳性为99份(97.1%),涂片阳性40份(39.2%),培养阳性68份(66.7%)。CRISPR-Cas13a检测阳性率明显高于涂片和培养法,差异有统计学意义(涂片:χ^(2)=58.141,P<0.001;培养:χ^(2)=30.250,P<0.001)。与传统检测方法相比,CRISPR-Cas13a比涂片和培养法多检测出28份标本。Xpert检测结核病组阳性率为100.0%;Xpert检测非结核病组阴性率为100.0%。以Xpert检测结果作为参照,CRISPR-Cas13a检测肺结核的敏感度为97.1%(99/102)、特异度为96.0%(96/100),准确度为96.5%(195/202),阳性预测值为96.1%(99/103),阴性预测值为97.0%(96/99)。结论:CRISPR-Cas13a检测与传统方法相比简单、快捷,检测支气管肺泡灌洗液对肺结核的诊断具有较高敏感度及特异度,具有良好的应用前景。 展开更多
关键词 重复序列 核酸 结核 支气管肺泡灌洗液 CRISPR-Cas系统
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检测核酸表观遗传修饰的测序方法 被引量:1
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作者 方鑫 赵瑞奇 +2 位作者 莫婧 王雅芬 翁小成 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2023年第3期36-56,共21页
生物个体中的所有体细胞享有相同的遗传信息,但具有不同的RNA表达亚群和蛋白组,在特定的时间,实际上只有部分基因被表达并执行其功能.近年来,表观遗传学研究的突破在一定程度上帮助人们理解了基因表达的调控.DNA、RNA和蛋白质这3类生物... 生物个体中的所有体细胞享有相同的遗传信息,但具有不同的RNA表达亚群和蛋白组,在特定的时间,实际上只有部分基因被表达并执行其功能.近年来,表观遗传学研究的突破在一定程度上帮助人们理解了基因表达的调控.DNA、RNA和蛋白质这3类生物大分子在合成后都会进行化学修饰,这些修饰几乎涉及所有生物过程的调控.迄今,已经在DNA和RNA中分别鉴定出超过17种和160种化学修饰,对DNA和RNA修饰的各种生物学功能的研究兴趣推动了表观基因组学和表观转录组学前沿领域的发展.开发化学和生物学工具来检测基因组或转录组中的特定修饰是表观基因组学和表观转录组学研究的关键,本文综述了一些常见的核酸修饰的高通量测序方法,提出现有方法中的一些瓶颈以及可能的创新方法. 展开更多
关键词 表观遗传学 核酸修饰 检测技术 测序
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新型冠状病毒变异株分子诊断的研究现状 被引量:1
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作者 杨静远 李永鑫 张新 《分子诊断与治疗杂志》 2023年第8期1283-1287,共5页
自2019年12月新冠疫情爆发以来,新型冠状病毒(SARS-CoV-2)变异株在全球范围内大规模的传播,对全球安全和人类健康造成威胁。SARS-CoV-2变异株具有超高的传染性,实时监测SARS-CoV-2变异株流行情况对于疫情防控十分重要。目前针对变异株... 自2019年12月新冠疫情爆发以来,新型冠状病毒(SARS-CoV-2)变异株在全球范围内大规模的传播,对全球安全和人类健康造成威胁。SARS-CoV-2变异株具有超高的传染性,实时监测SARS-CoV-2变异株流行情况对于疫情防控十分重要。目前针对变异株的检测技术主要包括核酸扩增技术和基因测序技术,本文就这些技术的基本原理和其在SARS-CoV-2变异株检测中的应用现状进行阐述,为实现实时监测SARS-CoV-2变异株提供有价值的参考。 展开更多
关键词 新型冠状病毒变异株 基因测序 核酸扩增技术
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血浆宏病毒组学中降低非病毒核酸方法的探索研究
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作者 刘安庆 杨春晖 +4 位作者 赵玉伟 赵梦伊 高瞻 黄杨 何苗 《中国输血杂志》 CAS 2023年第5期388-395,共8页
目的探究常用的降低非病毒核酸方法对血浆病毒组丰度的影响。方法应用3种建库流程、5种离心条件、2种滤器、4种酶和4种含量氯仿处理定量投入伪狂犬病病毒(PRV)和猪细小病毒(PPV)各2.16 mL的模拟宏病毒组血浆标本共21.6 mL,累计54份标本... 目的探究常用的降低非病毒核酸方法对血浆病毒组丰度的影响。方法应用3种建库流程、5种离心条件、2种滤器、4种酶和4种含量氯仿处理定量投入伪狂犬病病毒(PRV)和猪细小病毒(PPV)各2.16 mL的模拟宏病毒组血浆标本共21.6 mL,累计54份标本,随后提取病毒核酸、用qPCR定量检测线粒体DNA(mtDNA)和病毒、构建二代测序(NGS)文库并应用NGS测序仪测序,测序数据用Kraken Py2.0软件做比对并做物种注释分析,得到每个片段对应的物种分类信息以分析降低非病毒核酸的不同方法对微生物和2种指示病毒相对丰度的影响。结果NGS测序仪测序:306.27 GB raw data,193.17 GB clean data,所有的测序数据Q20>90%、Q30>85%,碱基错误率0.03%,GC含量中位数为45.02%。DNA建库流程提高了微生物序列占比和PRV丰度[(91.8±0.5)%](P<0.05);RNA建库和合并建库提高了RNA病毒——瘟病毒(Pestivirus)的丰度,PRV丰度分别为(17.7±3.3)%和(8.1±1.5)%。5种离心条件处理后mtDNA Ct值增加、人类序列降低至占比<(89.5±1)%、微生物序列升高至占比>(2.4±0.03)%(P<0.05);在4℃、100 g离心30 min后PRV丰度提升至(40.6±6)%,再于4℃、4000 g离心45 min后PRV丰度下降至(4.1±0.01)(P<0.05)。依次使用0.22和0.45μm滤器使mtDNA增加至Ct值>25.56±0.13,人类序列降低至占比<(86.1±0.6)%,微生物序列占比升高至(3.1±0.1)%和(3.4±0.2)%,PRV Ct增加至25.77±0.20、25.56±0.13,PRV丰度下降至(1.6±0.3)%、(4.1±0.7)%(P<0.05)。DNaseⅠ和Benzonase使PPV Ct值增加至25.65±0.06、25.36±0.45,人类序列占比分别下降至(81.7±5.6)%、(72.8±6.7)%,微生物序列占比和PRV丰度分别上升至(11.0±4.1)、(16.1±4.7)%,(55.8±2.3)%、(39.0±8.9)%(P<0.05);RNase A处理后使PRV Ct值增加至25.20±0.11,人类序列占比降低至(85.4±5.6)%(P<0.05);溶菌酶无降低非病毒核酸效果。1%、5%、10%和20%氯仿使mtDNA和PRV Ct值增加至不低于27.17±0.21、25.68±0.04(P<0.05),10%氯仿处理后将微生物序列占比提升至(3.1±1.2)%(P<0.05);1%和5%氯仿分别使PRV丰度上升至(48.7±13.3)%、(42.1±5.5)%(P<0.05),10%和20%氯仿分别使PRV丰度下降至(1.0±0.5)%、(3.4±2.8)%(P<0.05),4种氯仿对PPV丰度无明显影响(P>0.05)。结论本研究中4℃、5000 g离心10 min适于提升指示病毒组整体的丰度,4℃100 g离心30 min适于提高与PRV性质相似病毒含量;0.45μm滤器、DNaseⅠ和Benzonase及低浓度氯仿均能有效降低血浆中非病毒核酸序列占比从而提升指示病毒组丰度。血浆宏病毒组中降低非病毒核酸的不同方法对病毒浓度和丰度的影响与病毒基因组种类、病毒大小和是否具有包膜等密切相关,具有病毒特异性。 展开更多
关键词 输血传播病毒 血浆宏病毒组 降低非病毒核 高通量测序
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基于液态活检的4种甲基化检测方法的比较及临床应用价值评价
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作者 黄薇 杨林林 +3 位作者 蒋涛 逄瑷博 张朋军 田亚平 《标记免疫分析与临床》 CAS 2023年第10期1744-1749,1777,共7页
目的 基于分泌卷曲相关蛋白2(secreted frizzled-related protein 2,SFRP2)基因,评价荧光定量法(Methy Light)、微滴数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)、核酸质谱、靶向亚硫酸氢盐二代测序4种甲基化检测方法。方法 对4种甲基化检测方... 目的 基于分泌卷曲相关蛋白2(secreted frizzled-related protein 2,SFRP2)基因,评价荧光定量法(Methy Light)、微滴数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)、核酸质谱、靶向亚硫酸氢盐二代测序4种甲基化检测方法。方法 对4种甲基化检测方法的检测限(limit of detection, LOD)、定量限(limit of quantitation, LOQ)及稳定性方面进行比较,其中稳定性用变异系数(coefficient of variation,CV)来评估。结果 SFRP2基因在Methy Light、ddPCR、核酸质谱和靶向亚硫酸氢盐二代测序中的LOD分别为1.2500ng/孔、0.0625ng/孔、0.0625ng/孔、1.2500ng/孔,在LOD方面,ddPCR和核酸质谱的表现较好;SFRP2基因在MethyLight、ddPCR、核酸质谱和靶向亚硫酸氢盐二代测序中的LOQ分别为0.800%、0.032%、4.000%、0.032%,在LOQ方面,ddPCR和靶向亚硫酸氢盐二代测序的表现较好;SFRP2基因在MethyLight、ddPCR、核酸质谱和靶向亚硫酸氢盐二代测序中的变异系数分别为2.72%、0.68%、0.73%、0.15%,在稳定性方面,靶向亚硫酸氢盐二代测序的表现最好。结论 ddPCR的甲基化检测在检测限、定量限稳定性和经济性方面具有优越性,能够稳定地检测出肿瘤细胞的痕量游离DNA,在液态活检中具有广泛应用前景。 展开更多
关键词 甲基化 MethyLight ddPCR 核酸质谱 靶向亚硫酸氢盐二代测序 液态活检
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国际三大核酸序列数据库的运行与管理模式及对中国的启示 被引量:2
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作者 李欣然 刘云 《科技管理研究》 CSSCI 北大核心 2023年第4期30-38,共9页
针对中国核酸序列数据等人类遗传资源信息管理的重要课题,以GenBank、EBI-ENA、DDBJ作为研究对象,对其总体情况、运行管理机制、全生命周期科学数据管理模式等进行调研与分析,探讨其数据处理流程特点及跨机构数据共享实现过程,为推动中... 针对中国核酸序列数据等人类遗传资源信息管理的重要课题,以GenBank、EBI-ENA、DDBJ作为研究对象,对其总体情况、运行管理机制、全生命周期科学数据管理模式等进行调研与分析,探讨其数据处理流程特点及跨机构数据共享实现过程,为推动中国核酸序列数据库建设及规范化管理与开放共享提供参考。从发展沿革、建设目标、数据库概况等多方面通过多指标对比分析,总结出中国与国际三大核酸序列数据库在平台组织架构、建设目标、数据共享政策、数据资源与服务和国际合作建设这几大方面的不同,由此提出中国应从宏微观两层面制定核酸序列数据管理政策,加强核酸序列数据共享平台的部门分工和人才队伍建设、精品数据库开发建设、问题导向的基因组数据综合集成、数据服务能力建设、国际合作,以及优化数据库性能同时重视数据安全管理等政策建议。 展开更多
关键词 核酸序列数据库 科学数据 数据共享 运行机制 管理模式
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核酸依赖性扩增技术研究现状及展望
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作者 李锦澎(综述) 吴蓉(审校) 《国际检验医学杂志》 CAS 2023年第2期236-240,共5页
自19世纪90年代以来,等温核酸扩增技术及其衍生技术迅速发展。等温核酸扩增技术的流程简易、成本和应用要求更低,应用前景广泛。其中,核酸依赖性扩增技术(NASBA)已广泛用于病原体检测、单核苷酸突变检测和环境监测等领域。本文主要对近... 自19世纪90年代以来,等温核酸扩增技术及其衍生技术迅速发展。等温核酸扩增技术的流程简易、成本和应用要求更低,应用前景广泛。其中,核酸依赖性扩增技术(NASBA)已广泛用于病原体检测、单核苷酸突变检测和环境监测等领域。本文主要对近5年来NASBA技术的研究进展及其在分子诊断中的应用进行综述,探讨NASBA技术的前景与瓶颈。 展开更多
关键词 等温核酸扩增 核酸依赖性扩增 分子诊断
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纳米孔测序技术在核酸修饰检测中的应用
16
作者 陈佳璐 黄硕 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2023年第3期119-129,共11页
DNA和RNA上广泛存在着多种化学修饰.这些核酸修饰参与基因表达的调控,影响生长发育等生理过程,并可能会引发癌症等疾病.对核酸修饰的精准识别与定位有助于理解其功能机制,帮助相关疾病的诊断与治疗.纳米孔测序是一种新兴的单分子测序技... DNA和RNA上广泛存在着多种化学修饰.这些核酸修饰参与基因表达的调控,影响生长发育等生理过程,并可能会引发癌症等疾病.对核酸修饰的精准识别与定位有助于理解其功能机制,帮助相关疾病的诊断与治疗.纳米孔测序是一种新兴的单分子测序技术,可以根据修饰碱基与天然碱基之间阻孔信号的差异实现核酸序列中多种修饰的同时检测,是目前检测核酸修饰最直接的方法.本文简要介绍了纳米孔测序技术的发展和原理以及识别核酸修饰的算法工具,总结了纳米孔测序技术在核酸修饰检测中的应用,并对其发展前景进行了展望. 展开更多
关键词 纳米孔测序 MinION测序仪 核酸修饰 碱基识别
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基于叶绿体基因组比较栝楼属植物的演化 被引量:1
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作者 江转转 胡淑宝 +1 位作者 杨浩东 郭晶 《安庆师范大学学报(自然科学版)》 2023年第2期87-95,共9页
叶绿体基因组在基因水平上高度保守,并且遵循单亲遗传及单倍体遗传,已被广泛应用于物种鉴定和系统发育分析。栝楼属为葫芦科的一个重要属,具有极其重要的药用价值及经济价值,但种内关系不清。本文利用生物信息学及比较基因组学的方法,... 叶绿体基因组在基因水平上高度保守,并且遵循单亲遗传及单倍体遗传,已被广泛应用于物种鉴定和系统发育分析。栝楼属为葫芦科的一个重要属,具有极其重要的药用价值及经济价值,但种内关系不清。本文利用生物信息学及比较基因组学的方法,分析了11种栝楼的叶绿体基因组大小、结构、组成、重复序列、密码子偏性、边界扩张、正向选择、基因组共线性、核苷酸变异位点及系统发育等。结果显示,11种栝楼的叶绿体基因组都具有典型的四联体结构,长度为156 413 bp~157 556 bp,GCs含量为37%,较为保守。重复序列在LSC区域分布较多,密码子偏好性不强,没有明显的边界扩张或收缩,但是某些栝楼属植物叶绿体基因组存在序列重排,其中三种栝楼还受到环境的正向选择。同时,序列重排将11种栝楼分为两个主要分支,其中第一分支的演化与环境的正向选择密切相关。栝楼属物种核酸多态性位点多分布在SSC区域,系统发育分析表明栝楼属与油渣果属、丝瓜属及藏瓜属亲缘关系较近。本研究为栝楼属物种的分类及演化提供了分类依据,同时为编制栝楼属物种DNA条码提供了候选标记。 展开更多
关键词 栝楼属 叶绿体基因组 序列重排 核酸多态性 系统进化
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PCR-荧光探针法和核酸序列测定法对呼吸道病原体的检测效能比较及呼吸道病原体的流行特征分析
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作者 杨文杰 王晓明 +5 位作者 童文娟 董学妍 戴卫健 林源吉 王贤军 余道军 《浙江医学》 CAS 2023年第16期1704-1708,1717,共6页
目的比较PCR-荧光探针法和核酸序列测定法对呼吸道病原体的检测效能,进一步分析呼吸道病原体的流行特征。方法选择2019年7至12月浙江大学医学院附属杭州市第一人民医院呼吸道感染患者309例,采集鼻咽拭子标本,分别采用核酸序列测定法和P... 目的比较PCR-荧光探针法和核酸序列测定法对呼吸道病原体的检测效能,进一步分析呼吸道病原体的流行特征。方法选择2019年7至12月浙江大学医学院附属杭州市第一人民医院呼吸道感染患者309例,采集鼻咽拭子标本,分别采用核酸序列测定法和PCR-荧光探针法进行同步盲法检测,以核酸序列测定法的检测结果为金标准,分析PCR-荧光探针法检测不同病原体的灵敏度、特异度、阳性预测值和阴性预测值,并分析不同呼吸道病原体的流行特征。结果309例鼻咽拭子标本中,两种方法检测结果不一致或不完全一致的样本共2例,针对不同病原体,PCR-荧光探针法的检测灵敏度均为100.00%,特异度为99.65%~100.00%,阴性预测值均为100.00%,阳性预测值为75.00%~100.00%。309例呼吸道感染患者,人鼻病毒检出率为25.6%(79/309),人腺病毒检出率次之,为11.3%(35/309);学龄前儿童(<6岁)和6~21岁人群检测出18种呼吸道病原体,其中以人鼻病毒检出率最高。结论与核酸序列测定法相比,PCR-荧光探针法检测鼻咽拭子标本中的呼吸道病原体更灵敏、安全、简便、稳定,具有较高的临床应用价值。本院呼吸道感染以人鼻病毒为主。 展开更多
关键词 呼吸道病原体 核酸序列测定法 荧光探针法 鼻咽拭子 人鼻病毒 人博卡病毒
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鼻咽拭子中鼻病毒三种检测方法比较分析
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作者 郝丹凤 陈坚 +3 位作者 张梓祺 董学妍 林源吉 余道军 《浙江临床医学》 2023年第4期568-570,共3页
目的比较三种检测方法(病毒分离培养鉴定法、核酸序列测定法和PCR-荧光探针法)检测鼻咽拭子标本中鼻病毒(HRV)的可靠性。方法采用盲法、对比试验设计。根据纳入标准和排除标准入组220例鼻咽拭子标本,分别用病毒分离培养鉴定法、核酸序... 目的比较三种检测方法(病毒分离培养鉴定法、核酸序列测定法和PCR-荧光探针法)检测鼻咽拭子标本中鼻病毒(HRV)的可靠性。方法采用盲法、对比试验设计。根据纳入标准和排除标准入组220例鼻咽拭子标本,分别用病毒分离培养鉴定法、核酸序列测定法和PCR-荧光探针法进行盲法检测,以评价三种检测方法的临床应用性能。结果本次试验入组的220例鼻咽拭子样本中,病毒分离培养鉴定法检测结果为阳性的样本20例,核酸序列测定法检测结果为阳性的样本32例,PCR-荧光探针法检测结果为阳性的样本35例。与病毒分离培养相比,PCR-荧光探针法检测阳性符合率为100.00%,阴性符合率为92.50%,总符合率为93.18%;PCR-荧光探针法与病毒分离培养鉴定法检测结果一致性一般(kappa=0.692),与核酸序列测定法检测结果一致性较好(kappa=0.947)。结论PCR-荧光探针法检测鼻咽拭子标本中的HRV可靠、准确、安全、简便、稳定,具有较高的临床应用价值。 展开更多
关键词 鼻病毒 病毒分离 核酸序列测定法 荧光探针法 鼻咽拭子
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基于改进的卷积神经网络与支持向量机集成实现DNA结合蛋白预测CNN-SVM
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作者 黄安琦 魏志森 《科学与信息化》 2023年第14期143-147,共5页
DNA结合蛋白与很多疾病和症状的产生有着密切的联系,准确识别有助于促进医疗科技的发展。本文提出了一种基于序列特征的DNA结合蛋白预测模型。该模型采用蛋白质的位置特异性打分矩阵特征和预测溶剂可极性概率矩阵特征的变体,训练了一个... DNA结合蛋白与很多疾病和症状的产生有着密切的联系,准确识别有助于促进医疗科技的发展。本文提出了一种基于序列特征的DNA结合蛋白预测模型。该模型采用蛋白质的位置特异性打分矩阵特征和预测溶剂可极性概率矩阵特征的变体,训练了一个卷积神经网络和支持向量机集成的分类器。实验结果证明,该方法在相同基准数据集上,其性能也远远高于其他方法,F1分数为87.8%。 展开更多
关键词 核酸结合蛋白 基于序列的预测 卷积神经网络 支持向量机
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