双绕蛋白质的分类与识别

蛋白质折叠识别是蛋白质结构研究的重要内容。双绕是α/β蛋白质中结构典型的常见折叠类型。选取22个家族中序列一致性小于25%的79个典型双绕蛋白质作为训练集,以RMSD为指标进行系统聚类,并对各类建立基于结构比对的概形隐马尔科夫模型(profile-HMM)。将Astral1.65中序列一致性小于95%的9 505个样本作为检验集,整体识别敏感性为93.9%,特异性为82.1%,MCC值为0.876。结果表明:对于成员较多,无法建立统一模型的折叠类型,分类建模可以实现较高准确率的识别。

短链脱氢酶超家族介导植物次级代谢研究进展

短链脱氢酶超家族是一类古老而庞大的NAD(P)(H)依赖的氧化还原家族,参与催化多个初生代谢与次生代谢反应过程。迄今,在生物界中已发现短链脱氢酶家族成员超47000个。序列比对显示,该家族个体间相似性较低,但都含有特征性的“Rossmann-fold”保守结构。为快速鉴别和研究短链脱氢酶功能,研究者在国际上发展了一套隐马尔可夫模型和命名分类系统,专门的数据库SDR Enzymes亦构建完成。近年来,随着基因组数据的陆续公布,植物短链脱氢酶家族成员呈爆发式扩增。相关研究结果显示,植物基因组中含短链脱氢酶数量60~350个不等,根据序列特征可细分为5大类,参与约50种不同的代谢路径。本文从介绍短链脱氢酶隐马尔可夫模型、命名分类系统及序列特征等出发,重点对近年来植物短链脱氢酶家族次级代谢功能研究结果进行总结,旨在为进一步深入开展相关研究提供信息参考。

α/β类蛋白折叠中π-π相互作用的特异性

以α/β类蛋白的2种典型折叠类型为研究对象,对205个低相似度蛋白样本中的π-π相互作用进行统计分析.计算结果表明,(α/β)8-barrel折叠中π-π相互作用的分布密度高于经典Rossmann折叠,且在关键的局部区域的差异更加显著;芳香族氨基酸在(α/β)8-barrel结构中更容易形成π-π相互作用;色氨酸对应的3种π-π相互作用组合在(α/β)8-barrel折叠中出现的几率显著高于经典Rossmann折叠;(α/β)8-barrel折叠中π-π相互作用形成复杂π网络的能力强于经典Rossmann折叠.上述结果表明,π-π相互作用在α/β类蛋白的不同折叠类型中存在特异性,其在稳定(α/β)8-barrel结构中的作用强于经典Rossmann折叠.

Crystal structure of human eIF2B alpha subunit

In translation initiation, eIF2 is responsible for delivering initiator tRNA to ribosome, and such delivery only occurs when GTP is bound to eIF2. eIF2B, a guanine nucleotide