2种三疣梭子蟹居群线粒体Cyt b和S-rRNA基因片段序列变异研究

目的:通过对2种三疣梭子蟹居群样线粒体Cyt b和S-rRNA基因片段的序列分析,探讨其遗传变异,为种质资源的管理、保存和利用提供依据.方法:采集山东潍坊和福建厦门两个不同居群的三疣梭子蟹样,提取其线粒体DNA.由Genebank获得三疣梭子蟹完整线粒体DNA序列(登陆号:NC_005037),设计扩增Cyt b和S-rRNA基因片段引物,经PCR扩增获得预期产物,纯化后测序.结果:以提取的线粒体DNA为模板扩增出特异性强的Cyt b和S-rRNA基因片段,与预期条带长度429 bp和465 bp吻合;2个基因片段的AT含量均高于GC含量;Cyt b基因片段有3个位点发生了突变,S-rRNA只有1个位点发生了突变;在两种居群的4个突变位点中,2个位置突变为相同的碱基,且所有突变位点均呈转换方式.结论:Cyt b基因序列比S-rRNA基因序列具有相对高的突变率;研究的2个基因片段的突变位点的碱基置换主要呈转换方式;来自2个三疣梭子蟹居群样本的线粒体S-rRNA基因的突变发生在同一位点且突变为相同碱基,表明2个居群具有较近的亲缘关系.

5S-rRNA基因间区序列变异用于金银花药材道地性研究初探

目的 研究金银花药材道地性形成的基因基础。方法 用 SDS法提取金银花 L onicera japonica不同居群、外类群细毡毛忍冬 L.similis和山银花 L.confusa的总 DNA,进行 5 S- r RNA基因间区的 PCR扩增和测序 ,并用软件 Mega进行分析。结果 L onicera L.属植物 5 S- r RNA基因间区约 2 10 bp,其中 G+C含量较高 ,达 70 %左右 ,不同居群的 L.japonica碱基序列有差别 ,通过测序可以进行鉴别。L.confusa与 L.japonica间的遗传距离较大。结论 种间 5 S- r RNA基因间区的序列差异大于种内 ;道地药材之间的遗传距离较小 ;道地与非道地药材之间的遗传距离大于道地药材之间的遗传距离。

基于5S-rRNA基因间区碱基序列鉴定繁缕(英文)

目的建立快速准确鉴定民间药繁缕(Stellariamedia)的方法。方法首次利用DNA分子鉴定技术对繁缕及混淆品牛繁缕(Myosotonaquaticum)进行了5SrRNA基因间区的PCR扩增和测序。结果DNA序列和限制性酶切谱可以用于鉴定繁缕及牛繁缕。同时对石生繁缕(S.vestita)、长叶繁缕(S.longifolia)及垂梗繁缕(S.radians)进行了5SrRNA基因间区的PCR扩增和测序,认为上述5种植物各自的DNA序列和限制性酶切谱可用于繁缕属分子系统学研究。结论该方法可用于药用植物繁缕的鉴定及繁缕属分子系统学研究。

四株饲用芽孢杆菌的分离鉴定及其16S-rRNA的序列分析

芽孢杆菌是一类抗性强耐高温的细菌,部分芽孢杆菌有益生作用,在动物肠道内能有效抑制病原菌,促进肠道有益菌的繁殖,维持动物肠道内的微生态平衡。本试验从引进的饲料样品中分离出4株杆菌,分别命名为YB-1、YB-2、YB-3和YB-4,通过表型鉴定及16S-rRNA测序鉴定,YB-1为苏云金芽孢杆菌、YB-2、YB-4为枯草芽孢杆菌、YB-3为蜡样芽胞杆菌。16S-rRNA序列同源分析结果表明:YB-2、YB-4与枯草芽孢杆菌亚种的同源性分别为99.91%和100%;YB-1与苏云金芽孢杆菌亚种的同源性为99.17%,YB-3与蜡样芽胞杆菌亚种的同源性为100%,从样品中分离出两株枯草芽孢杆菌,一株苏云金芽孢杆菌和一株蜡样芽胞杆菌。

子宫内膜样癌患者的阴道菌群特征及其功能预测

目的 分析子宫内膜样癌患者阴道菌群特点,预测其可能参与的子宫内膜样癌发生、发展的功能通路。方法 选择2017年9月—2020年12月就诊于上海市浦东医院妇产科的35例诊断为子宫内膜样癌(内膜样癌组,16例)或增殖期子宫内膜(对照组,19例)的患者。以无菌棉签取患者阴道后穹隆部的分泌物,对样本进行16S核糖体RNA(16S-rRNA)的V3至V4高变区高通量测序以鉴定菌群,并行阴道微生物α多样性、β多样性分析,以及微生物的功能预测分析。比较两组患者的阴道微生物α多样性分析结果(Shannon指数、Simpson指数、Chao指数、ACE指数、Coverage指数)、群落组成情况、β多样性分析结果[非度量多维尺度(NMDS)分析结果],以及微生物的功能预测分析结果(差异富集的功能通路)。结果 两组间Shannon指数、Simpson指数、Chao指数、ACE指数和Coverage指数的差异均无统计学意义(P值均>0.05)。内膜样癌组加德纳菌属相对丰度(3.32%)显著低于对照组(15.39%,P=0.03)。NMDS分析结果显示,内膜样癌组与对照组样本分布比较接近,重合度高,组间β多样性的差异无统计学意义(P=0.32),且Stress=0.19,故此分析可靠。PICRUSt 1.1.0软件功能预测分析结果显示,内膜样癌组次生代谢物生物合成运输与分解代谢、细胞运动的功能丰度值分别为190 899.88±11 187.84、136 818.06±11 248.72,均显著高于对照组的115 730.86±3 542.88、47 544.90±2 647.83(P值均<0.01)。结论 阴道菌群为子宫内膜样癌无创筛查提供了可能,功能预测为子宫内膜样癌发生和发展机制的研究提供了新的参考。

帕金森病患者肠道微生物群的变化研究

目的探讨帕金森病(pakinson disease,PD)患者粪便微生物菌落组成及变化。方法选取2019年4月—2020年7月期间就诊中国医科大学大学附属第一医院和沈阳市第四人民医院的帕金森患者(PD组)20例为研究对象,其20名配偶作为健康对照组(HC组),采用16S rRNA高通量测序技术对20例帕金森病患者及其健康配偶粪便中的微生物菌落进行分析。结果Alpha多样性分析中,PD组Chao1多样性指数(1114.556±315.308)、Observed species指数(959.885±294.012)、Shannon指数(6.357±0.928)、Simpson指数(0.928±0.063),与对照组相比,差异有统计学意义(t=2.949、2.666、3.419、2.491,P<0.05)。在门水平上,PD组放线菌门相对丰度及变形菌门相对丰度明显高于对照组,而PD组厚壁菌门相对丰度明显低于对照组,差异有统计学意义(P<0.05);而在属水平上,PD组中监测到18种显著升高的肠道菌群(P<0.05)。结论PD患者粪便微生物群生态失调,阐明粪便微生物菌落的差异将有助于提高我们对PD发病机制中微生物群的理解。

高寒草甸鼠兔活动对土壤微生物群落特征的影响

高原鼠兔活动严重影响了高寒草甸生态系统的多样性及稳定性,土壤微生物对环境变化高度敏感,其群落特征受到了高原草甸鼠兔活动的显著影响。为探究鼠兔活动对土壤微生物群落结构及多样性的影响,本实验以青海湖高寒草甸鼠兔活动干扰下的土壤微生物为研究对象,基于细菌16s rRNA进行高通量测序。不同处理下的土壤细菌的优势菌群相似,主要包括变形菌门和酸杆菌门。与自然状态下的高寒草甸相比,鼠兔活动下的土壤细菌群落丰富度显著增加,多样性指数显著降低(P<0.05)。鼠兔活动显著影响了土壤细菌的群落结构(P<0.05),对照与鼠兔活动分组间存在104个差异菌群,鼠兔活动下的亚表层土壤(10—20 cm)仅有3个菌群相对丰度显著升高,鼠兔活动下的表层土壤(0—10 cm)则存在52个差异菌群。FAPROTAX预测分析表明,土壤细菌群落功能基团多为碳氮代谢相关的功能基团,另有部分与无氧呼吸途径及人类疾病有关。总体而言,鼠兔活动显著影响了高寒草甸土壤细菌的群落结构及多样性特征,且表层土壤的细菌群落对鼠兔活动的响应更为明显。

不同产地浙贝母的基因序列及生物碱含量比较

目的:探讨道地药材形成的基因基础。方法:以AS和AS-1为引物对4个不同产地浙贝母的5S-rRNA基因间区进行了PCR扩增和测序,并采用酸性染料比色法测定了它们的总生物碱含量及用柱前衍生化气相色谱法测定了其中2个单体生物碱的含量。结果:不同产地浙贝母的5S-rRNA基因间区具有相同的碱基序列,均为588bp;它们的总生物碱含量相当,气相色谱结果也表明,它们含有相同的单体生物碱,只是各单体生物碱的含量不同。结论:不同产地浙贝母的差异不是由碱基序列,而是由小环境因素引起的。

复方蜥蜴散凝胶调节PLGC大鼠肠道菌群治疗胃癌前病变的作用机制

目的研究复方蜥蜴散凝胶通过调节胃癌前病变(PLGC)模型大鼠肠道内益生菌与致病菌平衡,修复损伤胃黏膜,抑制PLGC进展。方法将120只SD雄性大鼠随机分成空白对照组20只,模型组100只,采用甲基硝基亚硝基胍(MNNG)复合造模法制备模型。大鼠胃组织取材后,采用苏木素-伊红(HE)病理检测分析黏膜组织情况,对收集的粪便样本进行16S rRNA基因测序分析,采用R语言对菌群与通路进行关联性分析。结果复方蜥蜴散凝胶治疗后发现7个菌属发生了明显变化,分别是阿克曼菌属、类杆菌属、粪球菌属、乳杆菌属、普雷沃菌属、瘤胃球菌属、苏黎世杆菌属。结论复方蜥蜴散凝胶可通过对肠道菌群的双向调节作用如增殖有益菌,抑制有害菌,平衡肠道菌群结构,治疗PLGC。

从12S rRNA基因序列推测鹭科13种鸟类的系统发生关系

对鹭科 12个种的线粒体 12SrRNA基因全长约 975bp的序列进行了测定 ,并从GenBank获得黄顶夜鹭12SrRNA基因全序列。比对后的序列长 993bp ,含 36 3变异位点 ,2 88个多态位点 ,187个简约信息位点。使用邻接法和最大简约法重建的分子系统树将 13种鹭聚为 2支 :第一支包括白鹭、中白鹭、大白鹭、池鹭、牛背鹭、苍鹭、草鹭、夜鹭、黄顶夜鹭 ,第二支由黄苇、黑苇、栗苇、大麻组成。结果提示将鹭科分为鹭亚科和亚科的传统观点是合理的 ,不支持Payne将鹭科分为日鹭亚科 (Ardeinae)、夜鹭亚科 (Nycticracinae)、亚科 (Botaurinae)和虎鹭亚科 (Tigrisomatinae)的观点。进一步的分析表明 :白鹭在系统演化中要早于大白鹭和中白鹭分支出来 ,大白鹭和中白鹭与苍鹭、草鹭和牛背鹭间的亲缘关系较近 ,而与白鹭较远 ,支持Sibley(1990 )将大白鹭和中白鹭作为独立的大白鹭属 (Casmerodius)和中白鹭属 (Mesophoyx)的建议 :黑、栗苇与黄苇在系统发生中构成一单系群 ,提示将黑置于苇属 (Ixobrychus)

一株耐锌菌株的分离鉴定及其生长特性研究

从造纸厂排污口的土壤中分离对锌具有较强耐受性的菌株HXZ-1。菌株HXZ-1能够在含锌离子浓度为50 mg/L的液体培养基中生长良好,能耐受锌离子的最高浓度为1000 mg/L。结合其生理生化特征和16S rRNA基因系统发育分析,将该菌株鉴定为原小单孢菌属(Promicromonospora sp.HXZ-1)。菌株HXZ-1最适培养条件为:锌离子浓度为50 mg/L、葡萄糖为碳源、蛋白胨为氮源。当锌离子浓度为50 mg/L时,菌株HXZ-1对锌吸附率最大,为29.1%;当锌离子浓度为500 mg/L时,培养时间为10 h时,菌株HXZ-1吸附率最大,为18.8%。菌株HXZ-1是一株对锌有较强抗性和吸附性的细菌,为重金属污染的微生物修复提供参考。

武定鸡肠黏膜乳酸菌的分离鉴定及应用

为进一步挖掘益生菌资源,从武定鸡黏膜分离鸡源乳酸菌,共分离到20株乳酸菌,分别命名为LacC1~LacC20。根据培养特性、革兰氏染色、生理生化特性和16s-rRNA方法等鉴定为7个种。并通过乳酸菌益生特性试验筛选出3株优良菌株,进行雏鸡饲喂试验。结果表明在雏鸡的饮水中添加乳酸菌,可以明显增加武定鸡的日增重、法氏囊和脾脏等免疫器官的重量和鸡群肠道中乳酸菌含量,提高鸡免疫器官指数和外周淋巴细胞指数SI,降低料肉比和死亡率。

皮肤龟分枝杆菌感染的分子生物学鉴定

目的用分子生物学方法鉴定龟分枝杆菌皮肤感染临床分离株。方法从1女性老年糖尿病患者右小腿化脓性感染灶,取创面分泌物沙堡琼脂培养基28℃培养4d,连续两次培养出光滑、湿润、不产色白色菌落。菌落涂片革兰染色为阳性杆菌,抗酸染色阳性。多次真菌镜检、培养阴性。皮损组织病理:皮下组织慢性化脓性感染,大量炎性细胞浸润,局部小脓肿形成;抗酸染色弱阳性杆菌,过碘酸雪夫(PAS)染色阴性。根据该菌株生长特征、生化反应,初步考虑为龟分枝杆菌,使用16SrRNA、rpoB、hsp65等分子生物学方法鉴定。结果 16S-rRNA引物测序结果于GenBank中做Blast比对,与龟分枝杆菌(Mycobacterium chelonae)AB548610.1同源性达100%,rpoB引物和hsp65引物测序结果做Blast比对与龟分枝杆菌同源性均为99%。结论该分离菌株为龟分枝杆菌。

不同陈化期烤烟叶表细菌的多样性及发育分析

为了全面了解陈化烟叶细菌多样性,以进一步挖掘其中的有益微生物,利用16S rRNA克隆文库测序分析技术,鉴定和比较了曲靖烟区陈化时间分别为24、36、48个月的烤烟烟叶上的细菌多样性。结果在陈化24、36、48个月的烟叶上分别鉴定得到55、60、23个细菌的操作分类单元(OTU),其中肠杆菌科、假单胞菌科和黄杆菌科的细菌占优势。在不同陈化阶段,菌群的多样性和优势菌有所不同,烟叶上细菌的多样性在陈化后期逐渐减低。研究结果展示了烟叶陈化期间细菌的菌群结构和动态变化,发现了一些能够减少烟叶有害物质的细菌,是烟叶上的有益细菌筛选的重要参考。

子宫内膜异位症患者阴道菌群特征性研究与功能预测

目的:探讨内异症患者阴道内特征性细菌群落,找出相关细菌种类,通过功能预测探索细菌与内异症患者交联的相关功能通路。方法:纳入受试者58例,每例患者分别于宫颈口和阴道后穹窿取样,最终诊断根据其手术记录和病理结果分类,其中内异症患者32例(55.17%),对照组患者26例(44.83%)。对采样标本进行PCR扩增,其中1例后穹窿标本扩增失败,共115例样本。使用一代Illumina测序对于细菌16s核糖体RNA(16s-rRNA)的高变区V3V4片段测序,原始数据经拼接、过滤后进行可视化操作并且挖掘细菌组学相关数据,使用KEGG作为参考数据库进行功能预测。结果:内异症患者与对照组的α多样性无显著差异,PCoA距离矩阵分析也并未见显著差异。内异症患者中,阴道奇异菌(Atopobium Vaginalis)和Howardella Ureilytica显著增多,短双歧杆菌(Bifidobaterium Breve)和阴道加德纳菌(Gardnerella Vaginalis)显著减少。功能预测方面,磷酸转移酶系统、乳果糖与甘露糖代谢、氨基糖与核苷酸糖代谢这三种功能在内异症患者中显著增加,而半胱氨酸与甲硫氨酸代谢、泛素体系在内异症患者中显著降低。结论:阴道炎相关细菌可能与内异症的发生发展有关,细菌差异的研究可能成为内异症无创诊治的新思路,功能预测为内异症发生发展机制的研究方向提供了参考借鉴。

并发不孕的子宫内膜异位症患者阴道菌群的微生物组学研究

目的:探讨子宫内膜异位症(EMs)患者人群中是否合并不孕患者的微生物组学差异,并找出相关的差异细菌和微生物学标识。方法:选取2018年4月2019年9月于中国医学科学院北京协和医院妇产科手术诊断为EMs的患者66例,按是否合并不孕分为不孕组(n=17)和对照组(n=49),通过对于阴道后穹窿分泌物细菌16S核糖体RNA(16S-rRNA)测序结合生物信息学分析,使用细菌群落多样性算法(alpha多样性、beta多样性)、主坐标分析(PCoA)距离矩阵算法(Bray-Curtis和Unifrac矩阵)、生物学标识算法(LeFSe)找出含量有差异的细菌物种。结果:2组患者的细菌群落在alpha多样性中未见显著差异,在beta多样性中可观察到不孕组的乳酸杆菌含量略有减少。有3种细菌属表现出了显著的统计学差异,分别是普氏菌属(Prevotella)、巨型球菌属(Megasphere)和小类杆菌属(Dialister),其在不孕组患者中明显升高。PCoA矩阵分析未表现出显著的差异。变形菌门(Proteobacteria)和γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria)可能是潜在的生物学标识物。结论:在EMs患者中,是否合并不孕与下生殖道细菌群落差异有关,细菌丰度的变化可能用来评估宿主的免疫水平与EMs不孕患者症状差异,为今后EMs不孕的机制研究和微生物诊断学发展奠定了理论学基础。

狐狸奇异变形杆菌的分离与鉴定

无菌采取病死狐狸内脏,用LB液体培养基和麦康凯琼脂平板培养,分离到1株细菌,通过对该菌的形态特征、培养特性、生化特性进行分析,初步鉴定为变形杆菌。用PCR方法扩增该分离菌株的16 SrRNA基因,结果获得大小为1 539 bp的DNA片段(已登录GenBank,登录号EU643833)。经BLAST分析,结果表明,该分离株的16 S rRNA基因核苷酸序列与GenBank上登录的奇异变形杆菌分离株(AY820623、EF091150)的同源性为99.7%,证实该分离菌株为狐狸奇异变形杆菌,并命名为HU/08。致病性试验证明,该分离菌株对小白鼠有高致病性;毒素测定试验证明,该分离菌培养液的无菌滤液对小白鼠无毒性作用。

PCR-DGGE对长江河口八种野生鱼类肠道菌群多样性的比较研究

目的分析长江河口捕获的8种野生鱼类的肠道菌群多样性的差异并观察这种差异与食性的联系。方法采用PCR-DGGE(denaturing gradient gel electrophoresis)技术,DGGE图谱用PCA(principal component analy-sis)方法进行分析。结果建立了长江口8种鱼野生条件下肠道菌群的DGGE指纹图谱,观察到它们在野生条件下的肠道菌群的差异。其中,营底栖生活的舌鰕虎鱼的肠道菌群和其他7种野生鱼有着明显的差异,其他7种鱼的肠道菌群多样性的差异与它们的食性差异相关。结论PCR-DGGE技术是一种能够快速有效地分析研究鱼类肠道菌群结构的技术。8种野生鱼的肠道菌群的结构有明显的差别。

一株高产纤维素酶菌的筛选与鉴定

利用刚果红脱色从森林腐木中筛选到一株高产纤维素酶菌,结合18S rRNA基因序列分析和菌株形态特性分析,确定该菌株为爪哇正青霉(Eupenicillium javanicum)。通过研究粗酶提取时不同离心时间和离心转速对酶活的影响,确定采用3000r/min,15min离心条件下获得的粗酶测定CMC酶活,采用4000r/min,10min的离心条件下获得的粗酶测定FPA酶活和β-葡萄糖苷酶活。酶学性质初步研究显示,纤维素酶反应的最适pH值以5.0为宜;CMC酶最适酶解温度和酶解时间为60℃,15min;FPA和β-葡萄糖苷酶最适酶解温度和酶解时间均为50℃,20min。

奶牛子宫内膜炎化脓隐秘杆菌16SrRNA基因的鉴定与分析

对内蒙古呼和浩特地区奶牛子宫内膜炎化脓隐秘杆菌进行了分离鉴定。经生化实验鉴定的化脓隐秘杆菌利用PCR技术扩增其16S rRNA基因,得到1.5 kb目的片段;将目的片段与T载体连接,测定目的片段的基因序列,与GenBank公布的化脓隐秘杆菌16S rRNA基因序列进行比较分析,其同源率为93%～100%。本试验共分离到化脓隐秘杆菌32株。