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水稻南方黑条矮缩病毒湖南鼎城株系S10片段的基因组序列分析
被引量:
1
1
作者
崔亚
朱俊子
+2 位作者
周倩
蒋坚
高必达
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2012年第2期160-166,共7页
运用RT-PCR技术克隆了水稻南方黑条矮缩病毒(southern rice black-streaked dwarf virus,SRBSDV)湖南鼎城株系的基因组S10片段(SRBSDV-HuNDCS10),并对其全序列进行了测定和生物信息学分析。结果显示,SRBSDV-HuNDC S10片段全长为1797bp(...
运用RT-PCR技术克隆了水稻南方黑条矮缩病毒(southern rice black-streaked dwarf virus,SRBSDV)湖南鼎城株系的基因组S10片段(SRBSDV-HuNDCS10),并对其全序列进行了测定和生物信息学分析。结果显示,SRBSDV-HuNDC S10片段全长为1797bp(登录号:JQ337964),含有1个ORF,编码557个氨基酸残基的衣壳蛋白,推测分子量约62.6kD,推测等电点为7.62,与已报道的广东、海南和云南分离物病毒的S10作比较,它们的核苷酸相似性分别为99.7%、99.0%和98.4%,氨基酸相似性分别为100.0%、99.5%和99.3%。对SRBSDV-HuNDCS10及部分Fijiviruses病毒对应片段在5'URT与3'URT存在的保守序列和互补序列进行了归纳,对其ORF编码的氨基酸序列进行了motif查找,得到该属(Fijiviruses)氨基酸序列的10个保守区段。此外,进行了糖基化位点、磷酸化位点及B细胞抗原表位预测,发现了3个可能的N端豆蔻酰基化位点,可能与病毒的侵染机制有关。
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关键词
南方水稻黑条矮缩病毒
s10
片段
基因组序列分析
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职称材料
题名
水稻南方黑条矮缩病毒湖南鼎城株系S10片段的基因组序列分析
被引量:
1
1
作者
崔亚
朱俊子
周倩
蒋坚
高必达
机构
湖南农业大学生物信息系
湖南农业大学植物疾病控制与利用湖南省高校重点实验室
出处
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2012年第2期160-166,共7页
基金
公益性行业(农业)科研专项(201003031)
湖南省科技厅项目(2010NK3021)共同资助
文摘
运用RT-PCR技术克隆了水稻南方黑条矮缩病毒(southern rice black-streaked dwarf virus,SRBSDV)湖南鼎城株系的基因组S10片段(SRBSDV-HuNDCS10),并对其全序列进行了测定和生物信息学分析。结果显示,SRBSDV-HuNDC S10片段全长为1797bp(登录号:JQ337964),含有1个ORF,编码557个氨基酸残基的衣壳蛋白,推测分子量约62.6kD,推测等电点为7.62,与已报道的广东、海南和云南分离物病毒的S10作比较,它们的核苷酸相似性分别为99.7%、99.0%和98.4%,氨基酸相似性分别为100.0%、99.5%和99.3%。对SRBSDV-HuNDCS10及部分Fijiviruses病毒对应片段在5'URT与3'URT存在的保守序列和互补序列进行了归纳,对其ORF编码的氨基酸序列进行了motif查找,得到该属(Fijiviruses)氨基酸序列的10个保守区段。此外,进行了糖基化位点、磷酸化位点及B细胞抗原表位预测,发现了3个可能的N端豆蔻酰基化位点,可能与病毒的侵染机制有关。
关键词
南方水稻黑条矮缩病毒
s10
片段
基因组序列分析
Keywords
Southern rice black-streaked dwarf virus
s10 fragment
Genome sequence analysis
分类号
S435.111.4 [农业科学—农业昆虫与害虫防治]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
水稻南方黑条矮缩病毒湖南鼎城株系S10片段的基因组序列分析
崔亚
朱俊子
周倩
蒋坚
高必达
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2012
1
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