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SH3TC2促进结直肠癌的发生与进展——基于生信分析
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作者 陈德合 夏天红 +1 位作者 岳婷 李洪涛 《河南大学学报(医学版)》 CAS 2023年第2期114-120,127,共8页
目的:基于TCGA和GTEx样本数据信息挖掘在结直肠癌中异常表达且与预后相关的基因,以期提高其诊疗效果和改善预后生存。方法:利用GEPIA 2.0可视化分析平台对公共数据库中癌及癌旁1034个组织标本数据进行差异表达和预后生存相关mRNA筛选,使... 目的:基于TCGA和GTEx样本数据信息挖掘在结直肠癌中异常表达且与预后相关的基因,以期提高其诊疗效果和改善预后生存。方法:利用GEPIA 2.0可视化分析平台对公共数据库中癌及癌旁1034个组织标本数据进行差异表达和预后生存相关mRNA筛选,使用FunRich软件通过韦恩图筛选共同差异基因并进行GO和KEGG富集分析,再通过GEPIA2.0和UALCAN数据库进行关键差异基因的表达和预后验证;接着通过TIMER2.0数据库探索关键基因的表达水平与免疫细胞浸润的相关性;最后通过STRING数据库在线进一步分析关键基因的蛋白相互作用网络。结果:共筛选到11106个差异表达基因(结肠癌5337个,直肠癌5769个),与二者预后OS及DFS相关的500个基因取交集,筛选出BGLAP、COQ2、CRLF1、PREX2、SH3TC2、PTPRM、ZNF154、HOXA4等8个表达差异基因且与预后生存DFS相关。验证后发现BGLAP、COQ2、CRLF1、PREX2、PTPRM、ZNF154、HOXA4可能在癌症的不同阶段发挥促癌、抑癌的双重功能;仅SH3TC2在结直肠癌中高表达(P<0.01),而预后生存分析表明高表达患者预后DFS显著更短(P<0.01),与预后OS无统计学差异(P>0.05);其表达水平与肿瘤免疫浸润评估显示结肠癌与CD4+T细胞浸润相关性,最高仅0.124(P=0.013),直肠癌中与免疫细胞浸润相关性无统计学意义(P>0.05);STRING数据库分析提示SH3TC2与SBF2、LITAF、MTMR2、MTMR2、GDAP1等蛋白相互作用可能性较大。结论:SH3TC2在结直肠癌中高表达,且高表达患者预后DFS更短,有可能是结直肠癌新的潜在诊断和预后DFS判断的标志物;SH3TC2表达水平在结直肠癌中与免疫细胞浸润相关性较弱。 展开更多
关键词 结直肠癌 sh3tc2 预后 生存
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一个腓骨肌萎缩症4C型家系的SH3TC2基因突变分析 被引量:1
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作者 于珍 张嘉莹 +5 位作者 许烨 杨博宇 何志宏 张慕晨 沈薇 顾呜敏 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期57-60,共4页
目的明确1个腓骨肌萎缩症(Charcot—Marie—Toothdisease,CMT)家系的分子遗传发病机制。方法抽提家系成员外周血基因组DNA;应用目标外显子捕获及二代测序技术对先证者的72个候选基因进行基因突变筛查,并对可疑基因进行Sanger测序... 目的明确1个腓骨肌萎缩症(Charcot—Marie—Toothdisease,CMT)家系的分子遗传发病机制。方法抽提家系成员外周血基因组DNA;应用目标外显子捕获及二代测序技术对先证者的72个候选基因进行基因突变筛查,并对可疑基因进行Sanger测序验证;用PyMOL-1软件对突变基因的蛋白质结构进行分子模拟。结果先证者SH3TC2基因第11外显子中检出C.1894G〉A纯合错义突变(P.E632K);先证者父母及女儿均为C.1894G〉A杂合突变携带者,其他家系成员及300名正常对照者中均未检测到该突变。经检索NCBI、HGMD、1000genome等数据库,C.1894G〉A突变为未报道过的新突变。分子模拟显示该基因突变改变了SH3TC2蛋白的三维构象。结论SH3TC2基因突变可能与该CMT4C型家系先证者的发病有关。新发现的C.1894G〉A突变(p.E632K)扩展了SH3TC2基因的突变谱。 展开更多
关键词 腓骨肌萎缩症4C型 sh3tc2基因 候选基因 外显子捕获 突变分析
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Screening for SH3TC2, PMP2, and BSCL2 Variants in a Cohort of Chinese Patients with Charcot-Marie-Tooth 被引量:3
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作者 Xin Zhao Ming-Ming Jiang +8 位作者 Yi-Zhou Yan Lei Liu Yong-Zhi Xie Xiao-Bo Li Zheng-Mao Hu Xiao-Hong Zi Kun Xia Bei-Sha Tang Ru-Xu Zhang 《Chinese Medical Journal》 SCIE CAS CSCD 2018年第2期151-155,共5页
Background: SH3TC2, PMP2, and BSCL2 genes are related to autosomal recessive (AR) Charcot-Marie-Tooth (CMT) disease type 1, autosomal dominant (AD)-CMTI, and AD-CMT2, respectively. Pathogenic variants in these ... Background: SH3TC2, PMP2, and BSCL2 genes are related to autosomal recessive (AR) Charcot-Marie-Tooth (CMT) disease type 1, autosomal dominant (AD)-CMTI, and AD-CMT2, respectively. Pathogenic variants in these three genes were not well documented in Chinese CMT patients. Therefore, this study aims to detect SH3TC2, PMP2, and BSCL2 pathogenic variants in a cohort of 315 unrelated Chinese CMT families. Methods: A total of 315 probands from 315 unrelated Chinese CMT families were recruited from the Department of Neurology of Third Xiangya Hospital and Xiangya Hospital. We screened for SH3TC2 pathogenic variants in 84 AR or sporadic CMT probands, PMP2 pathogenic variants in 39 AD or sporadic CMTI probands, and BSCL2 pathogenic variants in 50 AD or sporadic CMT2 probands, using polymerase chain reaction and Sanger sequencing. All these patients were out of 315 unrelated Chinese CMT families and genetically undiagnosed after exclusion of pathogenic variants of PMP22, MFN2, MPZ, GJB 1, GDAP1, HSPB1, HSPB8, EGR2, NEFL. and RABT. Candidate variants were analyzed based on the standards and guidelines of American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG). Clinical features were reevaluated. Results: We identified three novel heterozygous variants such as p.L95V (c.283C〉G), p.L 1048P (c.3143T〉C), and p.V 1105 M (c.3313G〉A) of SH3TC2 gene and no pathogenic variants of PMP2 and BSCL2 genes. Although evaluation in silico and screening in the healthy control revealed that the three SH3TC2 variants were likely pathogenic, no second allele variants were discovered. According to the standards and guidelines of ACMG, the heterozygous SH3TC2 variants such as p.L95V, p.LI048P, and p.V1105M were considered to be of uncertain significance. Conclusions: SH3TC2, PMP2, and BSCL2 pathogenic variants might be rare in Chinese CMT patients. Further studies to confirm our findings are needed. 展开更多
关键词 BSCL2 Charcot-Marie-Tooth Disease PMP2 sh3tc2
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腓骨肌萎缩症4C型1例
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作者 徐叶子 曾昭豪 +4 位作者 杨英 李晓婷 汪露 岑燕梅 毕伟 《中国神经精神疾病杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期234-237,共4页
报告1例腓骨肌萎缩症4C型病例。患者47岁女性,渐进性双下肢无力伴行走不稳7年。神经系统查体:弓形足,宽基步态。双眼诱发水平及垂直眼震。臀部以下肌萎缩,鹤腿征,双下肢远端肌力Ⅳ+级,四肢腱反射减弱。闭目难立征睁眼及闭眼(+),卧立试验... 报告1例腓骨肌萎缩症4C型病例。患者47岁女性,渐进性双下肢无力伴行走不稳7年。神经系统查体:弓形足,宽基步态。双眼诱发水平及垂直眼震。臀部以下肌萎缩,鹤腿征,双下肢远端肌力Ⅳ+级,四肢腱反射减弱。闭目难立征睁眼及闭眼(+),卧立试验(+),轮替试验(+),反跳试验(+)。肌电图(运动神经)示双侧正中神经中重度脱髓鞘,尺神经轻度-重度混合型病损(脱髓鞘为主),双侧腓总神经和胫神经中重度混合型病损。基因检测结果显示SH3TC2基因C.3143T>C变异。诊断为腓骨肌萎缩症4C型。予康复治疗后,患者行走平衡较前好转。报告本病例旨在增强对该病认识,提高临床医生对该病早期识别和诊断。 展开更多
关键词 腓骨肌萎缩4C型 sh3tc2 神经电生理 共济失调 康复治疗 听力受损 基因靶向治疗
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腓骨肌萎缩症2个家系的临床、电生理和基因学研究
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作者 李朝容 钟成清 杨百元 《国际神经病学神经外科学杂志》 2021年第6期501-505,共5页
为了研究腓骨肌萎缩症(CMT)的临床、电生理以及基因突变的特点,该研究收集2个家系先证者以及发病亲属的临床资料、电生理资料、全血和DNA,进行家系分析及CMT相关基因检测。结果发现家系1为常染色体显性遗传,患者MLPA检测提示PMP22基因... 为了研究腓骨肌萎缩症(CMT)的临床、电生理以及基因突变的特点,该研究收集2个家系先证者以及发病亲属的临床资料、电生理资料、全血和DNA,进行家系分析及CMT相关基因检测。结果发现家系1为常染色体显性遗传,患者MLPA检测提示PMP22基因的重复扩增。基因测序未发现患者携带CMT其他相关基因的突变。进一步在患者的3个患病的亲属中发现携带PMP22基因的重复扩增,并且未发现其未患病的叔叔携带该突变。家系2为常染色体隐性遗传,先证者携带SH3TC2基因的c.730C>Tp.Q244X和c.432C>Gp.Y144X两个杂合突变。患者的父母,则分别携带上述两个突变。因此,家系1诊断为CMT1A型,家系2诊断为CMT4C型,临床实践中应注意基因和表型的联系。 展开更多
关键词 腓骨肌萎缩症 周围神经病 PMP22基因 sh3tc2基因 基因突变
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