猪SLA-DRA基因SNP位点筛选及其生物信息学分析

以八眉猪、蕨麻猪和甘肃黑猪为研究对象,利用PCR-SSCP和测序方法对SLA-DRA基因4个外显子进行SNP位点筛选,并利用生物信息学软件预测各SNP位点对DRA基因mRNA二级结构、蛋白质二级结构和三级结构的影响。结果在3个猪种中共检测到6个DRA基因SNP位点,分别为外显子1的A^(177)G,外显子2的A^(3093)C,以及外显子4的A^(4167)G、A^(4246)G、C^(4282)T和G^(4293)A,其中A^(3093)C、A^(4167)G和G^(4293)A为错义突变,分别导致甲硫氨酸(Met)变为亮氨酸(Leu)、谷氨酰胺(Gln)变为精氨酸(Arg)和精氨酸(Arg)变为组氨酸(His)。以3个错义SNP位点为基础,构建了6种DRA单倍型,其中H1、H3和H6为主要单倍型,频率分别为0.25、0.21和0.21。生物信息学分析表明,三个猪种DRA基因单倍型的mRNA二级结构、蛋白质二级结构和三级结构与野生型均存在一定的差异。研究结果可为八眉猪、蕨麻猪和甘肃黑猪的保种和抗病育种提供理论依据。

荷包猪SLA-DRa基因的克隆及序列分析

为研究中国特色品系荷包猪SLA-DRa基因(又称SLA-DRa-HB),本试验设计引物,RT-PCR扩增3个个体荷包猪SLA-DRa全基因编码区,并克隆至pMD18-T载体,转化大肠杆菌JM109感受态细胞,经酶切鉴定后筛选阳性克隆测序,比较分析与其他SLA-DRa等位基因的差异,并绘制分子进化树。结果显示,RT-PCR成功扩增出目的基因条带,大小约800bp。经克隆测序后分析,SLA-DRa-HB基因全长为779bp,编码区为1—759,共编码252个氨基酸。序列对比分析结果显示,SLA-DRa-HB的特征性变异集中在135、159、202位点。而穿膜区和胞浆功能区(203—252)变异位点为206、248。分子进化树分析显示,SLA-DRa-HB自成一系,且与其他等位基因的进化关系较近。本研究成功克隆荷包猪SLA-DRa基因,为进一步研究其功能奠定基础。

烟台黑猪SLA-DRA基因编码区多态性及生物信息学分析

为了探究烟台黑猪SLA-DRA基因多态性,预测其蛋白质的结构并分析功能特征,采用PCR-SSCP、克隆测序和生物信息学等方法对SLA-DRA基因4个外显子的多态性、蛋白质的理化性质、结构域、蛋白质的空间结构和功能进行了预测和分析。结果显示:SLA-DRA基因exon 1、exon 2和exon 4共检测到11个SNPs,导致7个氨基酸发生变异,exon 3没有突变产生,exon 4的多态性最丰富。SLA-DRA基因编码区759 bp核苷酸共编码252个氨基酸和1个终止子。SLA-DRA基因蛋白质是一种偏酸性、不稳定、亲水性蛋白质,其二级结构是混合型,其中无规则卷曲最多。该蛋白质含有2个免疫球蛋白结合域、2个N-糖基化位点和10个磷酸化位点。功能分析显示:SLA-DRA基因蛋白质在信号转导、受体、胁迫应答、免疫应答、生长因子等方面的几率均较高。研究结果可为猪的抗病分子育种候选基因筛选提供理论依据。

猪SLA-DRA基因外显子2多态性及其与仔猪腹泻的关联分析

为探索SLA-DRA基因作为猪抗病育种分子标记的可能性,本研究采用PCR-SSCP和克隆测序方法对大白、长白和杜洛克共216头猪的SLA-DRA基因外显子2进行了多态性研究,分析了该基因与仔猪腹泻的关联性。结果,在SLA-DRA外显子2上检出了3个等位基因和6种基因型;6种基因型(AA、AB、BB、AC、BC和CC)在大白猪和长白猪中都存在,而在杜洛克猪中只检出4种基因型(AA、BB、AB和BC)。杜洛克猪与大白猪和长白猪间基因型分布均差异极显著(P<0.01);3个品种的基因型分布均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。最小二乘法分析表明,品种和性别对仔猪腹泻影响不显著(P>0.05),基因型与仔猪腹泻显著相关(P<0.05);AA和BB基因型个体腹泻评分的最小二乘均值均显著高于AC和CC基因型个体(P<0.05)。本研究表明,SLA-DRA基因不同基因型对仔猪腹泻有着重要的影响,可作为猪抗病育种应用中的一个潜在遗传标记。

五指山猪近交系群体中DRA和DRB基因的SSCP检测

为确定五指山猪(WZSP)近交系群体SLA!ⅡDRA、DRB基因的等位基因数及其特性,利用PCR扩增SLA!ⅡDRA、DRB基因的第2外显子序列,经单链构象多态性即SSCP检测其等位基因数,选择纯合子个体的PCR产物直接测序。对所获得的序列与Genbank中所有相应的序列进行比对和聚类分析,特别是SLA!DRB!C、SLA!DRB!D、HLA!DRB*09012、HLA!DRB*1201、HLA!DRA*0101等位基因。结果表明:在WZSP近交系群体中,DRA、DRB各有2个等位基因且发现1个DRB新等位基因。DRA第2外显子有很强的保守性,而DRB基因呈现出高度的多态性,在核苷酸水平同源性为85%以上,氨基酸水平同源性为70%以上。该试验成功地检测了WZSP近交系SLA!DRA、DRB基因的等位基因及其特性,为建立WZSPSLA!DR基因抗原的分子分型及特异单倍型猪的培育研究奠定基础。

大白猪SLA-DR基因的表达规律研究

研究采用半定量RT-PCR方法,对大白猪的SLA-DRA和SLA-DRB基因在1,90,180,270,360天的表达情况做了研究。结果表明:SLA-DRA、SLA-DRB基因在大白猪1,90,180,270,360天的心脏、肝脏、胃、脾脏、肾脏、肺脏、大肠、小肠、肌肉、子宫、卵巢共11个组织中均有表达,但SLA-DRB的表达量基本恒定而SLA-DRA表达量变化较大,两者都是在1天时表达量最低,90天时表达量最高,并且均是在免疫系统和消化系统持续高表达,比如脾脏、大肠和小肠等。

八眉猪SLA-DRA基因第4外显子多态性分析

[目的]研究八眉猪SLA-DRA基因第4外显子的多态性,确定其等位基因数以及核苷酸和氨基酸变异位点,探讨其遗传特性。[方法]采用PCR-SSCP和克隆测序的方法对八眉猪SLA-DRA基因第4外显子进行多态性检测。[结果]八眉猪SLA-DRA基因第4外显子共有3种等位基因(A、B、C),形成3种基因型(AA、BB、BC),其中B为优势等位基因,BC为优势基因型。序列对比结果表明,八眉猪SLA-DRA基因第4外显子共有3个核苷酸突变位点(c.4167A>G、c.4246A>G和c.4282C>T),其中4 167 bp的突变导致谷氨酰胺(Q)突变为精氨酸(R)。群体遗传学分析表明,八眉猪SLA-DRA基因第4外显子的多态信息含量为0.3953,杂合度为0.7241,且八眉猪在SLA-DRA基因第4外显子上偏离了Hardy-Weinberg平衡(p<0.01)。[结论]八眉猪SLA-DRA基因的第4外显子属于中度多态,并呈现出杂合子优势。

2个山西地方猪种SLA-DRA基因多态性及组织表达谱分析

SLA-DRA基因是SLAII类基因中的一个重要功能基因,与猪的生长性能、初生体质量、30日龄体质量、繁殖性能、仔猪腹泻等密切相关。本研究运用PCR-SSCP方法检测晋汾白猪和新山西黑猪SLA-DRA基因第2外显子的多态性,结果表明,在晋汾白猪中检测到2种基因型(AA、AB),在新山西黑猪中只检测到1种基因型(AA)。利用SAS 8.1软件进行卡方独立性检验表明,晋汾白猪和新山西黑猪间基因型分布表现为差异极显著(P<0.01)。用RT-PCR方法对SLA-DRA基因在2个猪种各组织中的表达情况进行分析,结果显示,晋汾白猪的SLA-DRA基因在脂肪组织中不表达,在心、肝、脾、肺、白细胞、肾、淋巴结、子宫、胃、卵巢、皮肤、肌肉、回肠、小脑、支气管、盲肠和直肠组织中均有表达;新山西黑猪的SLA-DRA基因在直肠中不表达,在心、肝、脾、肺、白细胞、肾、淋巴结、子宫、巨噬细胞、卵巢、皮肤、肌肉、脂肪、回肠、大脑、支气管和盲肠组织中均有表达。本研究为SLA-DRA基因功能方面的研究提供了参考。