野猪和17个家猪群体SLA-DRB基因外显子2的多态性分析

采用PCR-RFLP方法对野猪和国内外17个家猪品种SLA-DRB基因第2外显子的多态性进行分析,进一步分析SLA-DRB基因与疾病抗性的关系。结果表明:经限制性内切酶RsaⅠ酶切后,共检测到4个等位基因和10种基因型。在野猪中仅存在BB基因型和B等位基因,而在家猪群体中出现了野猪群体中所没有的9种基因型和3个等位基因。五指山猪、临高猪、荣昌猪和藏猪的多态性较为丰富,且具有全部4个等位基因。A等位基因在大多数家猪群体中为优势等位基因,B等位基因在梅山猪、五指山猪、藏猪、荣昌猪中为优势等位基因;BB基因型仅在五指山猪、临高猪、藏猪、荣昌猪和太湖猪群体中分布,地方猪品种中梅山猪BB基因型和B等位基因的频率最高。野猪及17个家猪群体间SLA-DRB基因第2外显子遗传多态性可能是由生态环境差异及自然和人工选择所致,这些遗传差异性可能与抗病力有关。

藏猪SLA-DRB基因第2外显子PCR-RFLP多态性分析

采用限制性内切酶RsaⅠ对藏猪SLA-DRB基因外显子2进行多态性分析。结果表明:藏猪SLA-DRB基因外显子2在RsaⅠ-RFLP位点上存在7种基因型,以杂合子BC型居多,基因型频率为0.4419,为优势基因型。χ2适合性检验结果表明,藏猪SLA-DRB基因外显子2的RsaⅠ酶切位点的χ2值为10.14,高于显著水平(P<0.05),说明藏猪SLA-DRB基因在RsaⅠ酶切位点上没有达到Hardy-Weinberg平衡状态。

荷包猪SLA-DRB基因cDNA的克隆及分子进化特征分析

旨在研究荷包猪SLA-DRB基因的分子特征,设计引物用RT-PCR扩增3头荷包猪DRB基因c DNA,并克隆至p MD18-T Vector,阳性克隆测序并做序列分析,分别进行同源性、分子进化及主要氨基酸变异位点分析。结果表明,成功从3头荷包猪中扩增得到SLA-DRB基因,分别命名为SLA-DRB-HB01-03,经序列测定后,证实c DNA全长为836 bp,其中1-801为ORF区,共编码266个氨基酸。同源性分析显示,SLA-DRB-HB与其他SLA-DRB等位基因的同源性介于90.3%-99.8%之间。分子进化分析表明,荷包猪SLA-DRB-HB独立分支,与其他等位基因相比较,进化更加原始。氨基酸变异位点和多态性分析结果显示,SLA-DRBHB本身存在一定的多态性。

江西地方猪种SLA-DRB基因外显子2的多态性研究

采用PCR-RFLP法对3个江西地方猪种(乐平花猪、修水杭猪和万安花猪)的SLA-DRB基因外显子2的PCR产物进行多态性分析。通过限制型内切酶RsaⅠ酶切后,共产生9种组合带型。通过检测发现:乐平花猪有8种组合带型,即AA、AB、AC、BB、BC、BD、CD和DD;修水杭猪有3种组合带型,即AA、AB和AC;万安花猪有4种组合带型,即AA、AC、BC和CC,且3个猪种中均以A为优势带型,在猪种中频率相差不大。χ2检测表明,乐平花猪和修水杭猪SLA-DRB基因外显子2在RsaⅠ酶切位点达到了Hardy-Weinberg平衡状态,而万安花猪未达到Hardy-Weinberg平衡状态。

民猪的SLA-DRB基因的PCR-RFLP多态性分析

采用克隆测序和PCR-RFLP相结合的方法,对民猪的SLA-DRB基因的整个编码区进行了扫描和多态性分析.结果表明该基因的第2外显子是整个基因的高变区,突变率达到5.6%,其中80%为有效突变,但没有发现新的等位基因;PCR-RFLP结果表明外显子1用内切酶AluⅠ酶切可获得3种基因型;外显子2用内切酶TaqⅠ酶切可获得3种基因型;外显子3用内切酶BcnⅠ酶切可获得3种基因型;外显子4用内切酶MboⅠ酶切可获得2种基因型;外显子5用内切酶Hin1Ⅰ酶切可获得3种基因型.Hardy-Weinberg平衡分析表明民猪在AluⅠ和Hin1Ⅰ处于平衡状态(P>0.05),在TaqⅠ、BcnⅠ和MboⅠ处于不平衡状态.

阿坝藏猪蒲江种群SLA-DRB基因片段SNP检测及其与生长发育性状关联分析

猪Sus scrofa domesticus的白细胞抗原复合体(SLA)基因的单核苷酸多态性(SNP)与猪生长发育等性状有关。为了开发藏猪品系选育的遗传标记,本文测定了阿坝藏猪蒲江种群89头个体的SLA-DRB基因部分序列,共鉴定出14个SNP位点。根据位点间的连锁强度分为3个组合(组合1:g. 11470、g. 11945、g. 11997、g. 11387、g. 11369与g. 11829;组合2:g. 11532与g. 11838;组合3:g. 11911与g. 11708)和4个独立多态位点(g. 11468、g. 11440、g. 11478和g. 11944)。将基因型与体质量、体长等14项生长发育性状进行关联性分析,结果表明,组合3的基因型与体高、体长、胸围等11项体尺指标间的相关性均显著(FDR <0. 05),基因型为TT/CG的个体较小,表明SLA-DRB基因可用于藏猪小型化选育的遗传标记。管围和12项管围率(除体质量以外)与SLA-DRB基因多态性的相关性最高,受组合1、组合2和位点g. 11468、g. 11478基因型的极显著影响(FDR <0. 001),其中,基因型为组合1=GGGAAC/GGGAAC、组合2=GT/GT、位点g. 11468=C/C和g. 11478=C/C的个体拥有更大的管围和管围率。管骨骨髓是SLA基因发挥免疫功能的主要场所之一。本研究为基于管围的猪种筛选提供了理论依据和可用的SNP位点,也为藏猪抗病遗传筛选提供了基础数据和参考资料。

猪SLA-DRB1基因外显子3单核苷酸多态性及其与PRRSV易感性的关联

SLA-DRB1是影响猪体免疫反应、疾病感染和疫苗应答的重要因子。本研究对猪SLA-DRB1基因外显子3序列进行扩增和测序,筛选多态性位点,分析其与PRRSV(猪繁殖与呼吸综合征病毒)易感性的相关性。测序发现SLA-DRB1基因外显子3存在4个单碱基突变(g.17G/A、g.95C/T、g.137G/C和g.232G/C)。针对g.232G/C建立PCR-RFLP方法,检测6个猪种群共227个样本,发现在大白姜曲海杂交猪、姜曲海猪、长白猪、定远猪和杜洛克猪中有GG(0.43,0.80,0.59,0.54,0.83)和GC(0.57,0.20,0.41,0.46,0.17)2种基因型,其他群体均为GG型。不同基因型猪肺泡巨噬细胞中PRRSV拷贝数在接毒后6、12、18、24、36 h差异均不显著(P>0.05),不同基因型猪血液中病毒载量在接毒后4、7、11、14、21、28、35、42 d差异均不显著(P>0.05),不同基因型对猪体质量和日增质量的影响不显著(P>0.05)。提示SLA-DRB1的g.232G/C突变与PRRSV抗性无显著关联。

杜滇猪和杜藏猪SLA-DQB、SLA-DRB基因第二外显子杂交优势分析

本实验旨在研究杂交后代杜滇猪、杜藏猪SLA-DQB、SLA-DRB基因第二外显子多态性问题,并与双亲(杜洛克猪、迪庆藏猪、滇南小耳猪)进行比较,分析其杂交优势。采用PCR-RFLP方法对杜滇猪、杜藏猪SLA-DQB、SLA-DRB基因第二外显子进行研究。结果表明:杜藏猪和杜滇猪SLA-DQB基因第二外显子经Hae III酶切,分别表现出4个和3个SNP位点、3个等位基因、5种基因型;杜滇猪和杜藏猪出现双亲都没有的AC基因型,迪庆藏猪拥有EE基因型而杜藏猪没有;杜滇猪SLA-DQB基因第二外显子杂合度和多态信息含量均高于双亲,表现出良好的杂交优势。杜藏猪和杜滇猪SLA-DRB基因第二外显子经过Rsa I酶切,分别表现出4个和3个SNP位点、4个和3个等位基因、8种和5种基因型;杜藏猪出现了双亲都没有的AC、BD基因型,杜滇猪出现双亲都没有的BD、DD基因型。杜藏猪、杜滇猪SLA-DRB基因第二外显子杂合度和多态信息含量均高于双亲,表现出良好的杂交优势。

SLA-DRB基因多态性与仔猪腹泻的关联性研究进展

仔猪腹泻是一种以新生和幼龄仔猪为主的肠道感染病,造成腹泻的病因包括病原菌、饲养和遗传因素。猪白细胞抗原(Swine leukocyte antigen,SLA)是猪主要组织相容性复合体(MHC)基因的编码产物,作为动物抗病力的遗传标记,在选择抗病性猪种方面具有重要的辅助性。DR和DQ亚区是SLAⅡ类基因中遗传多态性最为丰富的区域,在控制机体的免疫应答与调节中发挥着重要作用,与猪的抗病能力密切相关。国内大量研究均显示SLA-DRB基因与仔猪腹泻的发病密切相关,本文主要论述SLA-DRB基因多态性与仔猪腹泻的关联性研究进展。

大约克猪和二花脸猪SLA-DRB基因外显子2的PCR-RFLP多态性分析

采用PCR-RFLP方法分析大约克猪和二花脸猪SLA-DRB外显子2的多态性。结果显示:RsaⅠ酶切后得到3种等位基因条带,分别为A(141/93/11 bp)、B(111/69/54/11 bp)、D(93/48/39/54/11 bp)。χ2检测表明:二花脸猪SLA-DRB基因外显子2处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05),而大约克猪处于非平衡状态(P<0.01)。两品种A等位基因均为优势等位基因,AA型为主要基因型,其频率在品种间无显著差异。首次发现等位基因B、D分别出现在二花脸猪和大约克猪中,有望用于区分两品种。

大白猪SLA-DR基因的表达规律研究

研究采用半定量RT-PCR方法,对大白猪的SLA-DRA和SLA-DRB基因在1,90,180,270,360天的表达情况做了研究。结果表明:SLA-DRA、SLA-DRB基因在大白猪1,90,180,270,360天的心脏、肝脏、胃、脾脏、肾脏、肺脏、大肠、小肠、肌肉、子宫、卵巢共11个组织中均有表达,但SLA-DRB的表达量基本恒定而SLA-DRA表达量变化较大,两者都是在1天时表达量最低,90天时表达量最高,并且均是在免疫系统和消化系统持续高表达,比如脾脏、大肠和小肠等。

五指山猪近交系群体中DRA和DRB基因的SSCP检测

为确定五指山猪(WZSP)近交系群体SLA!ⅡDRA、DRB基因的等位基因数及其特性,利用PCR扩增SLA!ⅡDRA、DRB基因的第2外显子序列,经单链构象多态性即SSCP检测其等位基因数,选择纯合子个体的PCR产物直接测序。对所获得的序列与Genbank中所有相应的序列进行比对和聚类分析,特别是SLA!DRB!C、SLA!DRB!D、HLA!DRB*09012、HLA!DRB*1201、HLA!DRA*0101等位基因。结果表明:在WZSP近交系群体中,DRA、DRB各有2个等位基因且发现1个DRB新等位基因。DRA第2外显子有很强的保守性,而DRB基因呈现出高度的多态性,在核苷酸水平同源性为85%以上,氨基酸水平同源性为70%以上。该试验成功地检测了WZSP近交系SLA!DRA、DRB基因的等位基因及其特性,为建立WZSPSLA!DR基因抗原的分子分型及特异单倍型猪的培育研究奠定基础。

SLA-DQB和DRB的生物信息学分析

对Genbank中猪的白细胞抗原(SLA)II类抗原基因DQB及DRB序列进行了SNP及氨基酸序列多态性分析,并对SLA-DQB及DRB分子进行了蛋白质序列模式分析(Prostie motif search)。结果表明:β1功能区存在较大的变异,特别是位于抗原肽结合槽的氨基酸位点中,其变异程度更大。SLA-DQB及DRB蛋白质序列中,主要存在8种类型的蛋白质序列模式位点,其中3种类型的磷酸化位点存在蛋白模序的改变,都位于β1功能区(前94个氨基酸),且多数位点突变频率较高。