新型分子标记——SRAP与TRAP及其应用

SRAP与TRAP是最近发展的新型分子标记系统,具有简单、高效、高共显性、重复性、易测序等优点,尤其是可检测基因的可译框(ORFs)区域。本文对分别在芸薹属作物与向日葵中开发的SRAP、TRAP标记系统的基本原理与分析程序进行介绍。引物设计是SRAP与TRAP分析的关键,目前已开发出多个SRAP正、反向引物;与SRAP标记技术无须任何序列信息不同,TRAP技术需要基于已知cDNA或EST序列信息设计固定引物才可进行PCR扩增;二者PCR条件采用复性变温法,前5个循环复性温度为35℃,后30～35个循环为50℃;扩增产物可在聚丙烯酰胺或琼脂糖凝胶上电泳,同位素或银染、EB检测。目前这两种标记系统已开始在多种作物的种质资源鉴定评价、遗传图谱构建(包括转录图谱)、重要性状标记乃至基因分离克隆等方面成功应用。

核桃(Juglans regia)SRAP标记反应体系建立的研究

以核桃早实优系“绿园”和晚实优系“绿丰”及其F1杂交后代为试材,对核桃SRAP标记反应体系及SRAP标记在核桃中的多态性进行了研究。Mg2+是影响SRAP-PCR反应的重要因子,当Mg2+浓度为2.5mmol/L时,能得到较好的扩增效果。利用11对引物组合对两亲本及其杂交后代进行了SRAP-PCR扩增,以引物组合Em10-Me4多态性最高,在154个杂交后代单株中,扩增出1509条DNA条带,其中多态性条带为824条,多态性比率达54.6%。结果表明,SRAP标记可广泛应用于核桃的遗传多样性分析、种质鉴定、遗传连锁图谱的构建等方面的研究。

利用胚抢救技术获得沙田柚×枸橼杂交后代及其SRAP检测

【目的】为了获得沙田柚×枸橼杂交苗,【方法】以沙田柚为母本,枸橼为父本进行杂交育种,利用胚抢救技术获得杂种后代,并利用SRAP分子标记对亲本和子代的DNA进行扩增,分析亲本与杂交种之间扩增条带的差异。【结果】结果表明,最终获得27株杂交后代,引物组合Me6-Em5和Me10-Em12可鉴定其中5株为有性后代。【结论】MT+GA3(1 mg.L-1)培养基适合沙田柚×枸橼杂交胚抢救,利用SRAP标记可鉴定出杂交子代,可为以后利用BSA法构建抗感病池寻找柑橘抗溃疡病相关基因打下基础。

陕西杨凌地区苹果树腐烂病菌(Valsa mali)基因多态性的SRAP分析

利用SRAP标记对陕西省杨凌地区36株苹果树腐烂病菌（Valsa mali）基因多态性进行分析。从150对SRAP引物中筛选得到8对多态性高、稳定性好的引物组合对供试菌株进行扩增,共得到多态性条带56条,占总带数的75.68%,36株菌株的相似系数为0.339 6-0.962 2。其中,菌株167和165ZJG之间相似系数最大,亲缘关系最近。菌株SXYL24与SXYL135之间的相似系数最小。UPGMA聚类分析显示,在相似系数为0.846处36株供试菌株被划分为4个类群,与菌株采集来源及致病力不存在相关性。

基于SRAP分子标记的广宁红花油茶种质资源遗传多样性研究

利用SRAP分子标记建立广东省4个种群153个单株的广宁红花油茶种质资源遗传多样性评价体系,从594对引物组合中最终选出13对引物,结果表明:13对引物组合共扩增出206条带,平均每对引物组合获得15.85条,多态性条带为187条,多态性条带比率(PPB)为90.78%。种群Nei's基因多样度(h)、Shannon多样性指数(I)、多态性位点百分比(PPL)变化范围分别为0.217 9~0.356 3,0.321 7~0.524 8及58.25%~92.72%,平均值分别为0.307 8,0.456 3及83.62%,表明广宁红花油茶具有丰富的遗传多样性。聚类分析表明,当阈值为0.93时,可将广宁红花油茶4个种群分为2大类,广东清远单独成为一类,第二类包括广东广宁县,广东增城,广东云浮。广东云浮与广东增城遗传距离为0.019 3,遗传距离最小,说明二者的亲缘关系最近。AMOVA分子变异方差分析显示,在广宁红花油茶总的遗传变异中,种群内占95%,而种群间仅占5%。

蒺藜苜蓿种子产量相关性状的遗传分析

通过对蒺藜苜蓿(Medicago truncatula Gaertn.)种子产量相关性状的田间调查,解析影响蒺藜苜蓿种子产量的主要构成因素。结果表明:搜集的38份蒺藜苜蓿种质资源在种子产量方面存在显著差异(P<0.05),选系J1.12单株平均种子产量明显高于其他材料;不同种质在分枝数、伸展长度、小花数、结荚数和百荚重等构成因素上存在显著差异(P<0.05);对蒺藜苜蓿种质种子产量与其构成因素间的相关性进行分析发现,伸展长度与种子产量相关性最大,相关系数为0.719,每荚种子数与种子产量相关性最小。通过系统聚类,参试蒺藜苜蓿种质可分为3个类群,并从中筛选6份种子产量特性差异大的蒺藜苜蓿种质作为杂交亲本,利用SSR、EST-SSR和SRAP引物检测亲本的多态性,发现6份亲本多态性差异明显;通过应用主基因+多基因遗传模型发现蒺藜苜蓿A17×A20组合的RILs群体种子产量性状的最佳遗传模型是2对加性-上位性主基因模型,该组合群体种子产量遗传以主基因为主,多基因遗传率较低,第二对主基因的加性效应值高于第一对主基因的加性效应值。