石斛兰杂交后代SRAP鉴定与遗传多样性分析

以麝香石斛、檀香石斛及麝香石斛×檀香石斛的100个杂交后代株系为试材,采用SRAP分子标记的方法,研究了杂交后代的真实性及亲本与杂交后代群体的遗传多样性,以期为加速石斛兰新品种的选育提供参考依据。结果表明:综合6对SRAP引物组合的扩增情况,共鉴定出100个杂交后代为真杂种,鉴定效率达100%;6对SRAP引物组合的多态性比例达97.26%,多态性信息含量均值为0.85;由聚类分析可知,92%的杂交后代在亲缘关系上与父本聚为一类;由遗传相似系数分析可知,杂交后代与父本间的遗传相似系数平均值大于母本。综上所述,供试的麝香石斛×檀香石斛杂交后代均为真杂种,且表现为偏父本遗传,SRAP分子标记可作为石斛兰杂交后代早期鉴定的有效手段。

基于SRAP分子标记构建云南旱冬瓜核心种质

【目的】通过对比不同抽样比例构建的旱冬瓜种质子集的有效性和代表性,筛选出旱冬瓜核心种质适宜的构建策略。【方法】以旱冬瓜优树同胞子代为试材,设10%、15%、25%、35%、45%和55%共6个抽样比例,采用Nei’s遗传距离和改进的最小距离逐步取样法取样,采用4个遗传多样性指数分析种质子集对原种质的代表性,通过均值t检验和方差F检验分析种质子集与原种质集变异是否同质,利用相关系数分析种质子集与原种质集的相关性,通过遗传距离比较和聚类分析确认核心种质。【结果】25%抽样比例构建的种质子集的多态位点数、多态位点百分率、观测等位基因数和等位基因保留率与原种质集一致,其余4个评价指数皆显著大于原种质集,均值和方差与原种质的相关系数均接近或者等于1,平均遗传距离较原种质提高16.82%,因此认为在25%抽样比例构建的种质子集能很好地代表原种质。【结论】综合考虑核心种质的有效性、实用性、费用和工作量等,认为25%抽样比例构建的旱冬瓜核心种质能充分代表原种质的遗传多样性。

番石榴杂交F_(1)代基于SRAP标记的鉴定及果实性状的遗传倾向分析

【目的】通过鉴定番石榴杂交F_(1)代真实性以及探究其果实主要性状的遗传倾向,丰富番石榴遗传规律研究,以期为番石榴杂交育种亲本选配提供参考依据。【方法】以母本红香1号番石榴、父本帝王番石榴及其104个杂交F_(1)代单株为研究材料,应用SRAP分子标记鉴定杂种的真实性,并对亲本与F_(1)代群体遗传多样性、遗传关系和果实品质的遗传倾向进行分析。【结果】利用SRAP标记对杂交F_(1)代群体进行鉴定,真杂种率为98.08%。聚类分析图谱显示,在0.90阈值处可将父母本及杂交F_(1)代群体分为6类;杂交F_(1)代单果质量、果实纵径、横径、果形指数、果心直径、果肉厚度、果实可滴定酸(TA)含量和可溶性固形物(TSS)含量等8个性状都表现为较典型的正态分布,属于由多个基因控制的数量性状;杂交F_(1)代单果质量、果实纵径、横径、果形指数和TSS含量呈增大变异的遗传趋势,果实TA含量呈现趋小变异的遗传趋势;杂交F_(1)代果实6个质量性状果实形状、果面质地、果皮颜色、果肉颜色、果肉质地以及果实香气离散幅度较大,多样性指数较高。6种质量性状受不同的基因控制,其中果实形状、果面质地、果皮颜色、果肉颜色受父本影响较大,果肉质地和果实香气主要受母本影响。【结论】番石榴8个数量性状中,单果质量、果实纵径、横径和果形指数超亲优势明显,表明番石榴果实大小的遗传受加性效应的影响;番石榴6个质量性状中,果实形状、果面质地、果皮颜色、果肉颜色受父本影响较大,果肉质地和果实香气主要受母本影响。

黄精属植物SRAP分子标记遗传多样性分析

以34份黄精属种质资源(多花黄精、湘黄精、早花黄精、湖北黄精、滇黄精、玉竹)为试材,采用SRAP分子标记技术,研究其遗传多样性,以期为黄精属植物种质鉴别和分子育种提供参考依据。结果表明:筛选了12对SRAP多态性引物,共检测到106个位点,多态性百分率为100.0%,Nei′s基因多样性指数(H)平均值为0.2858,Shannon多样性指数(I)平均值为0.4399,遗传分化系数Gst为0.5360,种质间基因流Nm为0.4328。34份种质间遗传相似系数为0.5000~0.9528,平均值为0.6698。湘黄精和滇黄精种质遗传差异最小,而多花黄精和滇黄精种质遗传差异最大。聚类分析可将34份黄精属种质划分为六大类,多花黄精、湘黄精、早花黄精、湖北黄精、滇黄精、玉竹分别聚为一类。该研究的12对多态性SRAP分子标记能有效鉴别黄精属不同种质,将为黄精属遗传多样性分析、种质鉴定、分子标记辅助育种等提供参考依据。

基于形态标记与SRAP标记的莱豆种质资源遗传多样性分析

[目的]探明莱豆种质资源遗传多样性和亲缘关系,为莱豆种质资源优良基因深度发掘和新品种选育提供科学依据。[方法]利用形态标记和SRAP分子标记两种方法对22份莱豆资源的26个数量性状和18个质量性状进行测定、分析。[结果]筛选出的28对SRAP引物扩增多态性条带158条,平均多态性比率为77.75%。两种标记方法聚类结果显示,根据莱豆荚果大小可以将22份莱豆资源分为三大类群体。其中,“上横山10-2-6”和“下横山10-3-3”亲缘关系较近,推测可能存在频繁的基因交流。[结论]22份莱豆资源遗传多样性丰富,形态标记和SRAP分子标记两种聚类方法基本支持根据荚果大小划分莱豆资源,为莱豆种质资源的创新利用奠定基础。

基于SRAP标记的不同产区黄精的遗传多样性

【目的】研究不同产区黄精Polygonatum spp.的遗传多样性,为其资源保护及品种选育提供更多理论依据。【方法】使用相关序列扩增多态性(SRAP)分子标记技术,分析来自华东(浙江、福建、安徽、江西)、西北(河北、陕西)、华中(湖南)、西南(四川、贵州、云南)等4个居群的47份黄精种质资源的遗传多样性。【结果】对88对SRAP引物进行筛选,有7对可用于黄精种质资源的SRAP-PCR分析,共得到159条扩增条带,其中多态性条带140条。物种水平上,多态性比率为88.05%,有效等位基因数(Ne)为1.600 6,Nei’s基因多样性指数(H)为0.204 1,Shannon信息指数(I)为0.308 0;居群水平上,多态性比率为42.14%~86.16%,H和I分别为0.188 1~0.259 1和0.238 2~0.399 4;4个居群的基因分化系数(G_(st))为0.194 1,表明有80.59%的遗传变异在种群内进行,基因流(N_(m))为2.075 4,表明居群间存在一定的基因流动;从非加权组平均法(UPGMA)聚类结果可知:当相似系数为0.66时,47份样品分成4组,Ⅰ、Ⅲ、Ⅳ类的均为华东地区浙江种质资源,当相似系数为0.68时,Ⅱ类分成2支。西南与西北聚为一类,浙江庆元黄精聚类结果复杂,表明地理位置差异与亲缘关系远近没有特定关系。整体上华东居群遗传多样性丰富,而庆元黄精种质遗传多样性最丰富。【结论】黄精遗传多样性水平较高,居群间存在一定的基因交流,可为黄精新品种选育工作提供参考。图3表4参22。

利用ISSR与SRAP分子标记分析金线莲种质资源遗传多样性

【目的】研究浙江与福建等地引种、杂交与野生的金线莲Anoectochilus roxburghii样品间遗传多样性和亲缘关系,为金线莲种质资源鉴定及优良新品种(系)选育提供科学依据。【方法】以48份新鲜金线莲叶片为材料,分别采用简单重复序列扩增多态性(ISSR)与序列相关扩增多态性(SRAP)分子标记技术,各挑选11条(对)多态性好、扩增条带清晰的引物。经琼脂糖凝胶电泳成像后,统计其扩增条带数,运用NTSYS-PC 2.1和POPGENE 32软件进行非加权组平均法(UPGMA)聚类分析。【结果】ISSR分子标记技术共扩增出86条条带,其中多态性条带84条,多态位点百分率为97.67%;SRAP分子标记技术共扩增出88条条带,其中多态性条带86条,多态位点百分率为97.73%,ISSR和SRAP标记均表现出较高的多态性。不同样本间的遗传距离和遗传一致度表明:浙江省与福建省的金线莲种质混杂严重,而遗传多样性结果显示:福建省的金线莲种群遗传多样性更高。此外,基于ISSR和SRAP标记的UPGMA聚类结果显示:48份不同种源的金线莲依亲缘关系的远近可分为四大类,聚类的划分受到一定地域性的影响,但各地域的金线莲品种在这四大类中均互有混杂。【结论】金线莲在物种水平上遗传多样性较高,在各地区、各品种(系)间遗传交流频繁,ISSR与SRAP分子标记技术可以从分子水平上揭示浙江与福建等地金线莲的遗传多样性,且结合ISSR标记与SRAP标记的分析结果要优于单一的分子标记结果。

基于SRAP分子标记的147份睡莲属植物遗传多样性分析

【目的】对147份睡莲属植物的遗传多样性及亲缘关系进行分析,为睡莲属种质资源保护、开发利用及新品种选育的亲本选择提供科学参考。【方法】筛选获得扩增条带清晰、多态性好的SRAP引物,对112份睡莲属植物种质和35份杂交后代进行多态性扩增,基于扩增结果构建0/1矩阵,利用Popgene 1.32计算遗传多样性相关参数。最后采用NTSYS 2.1的非加权组平均法(UPGMA)计算遗传相似系数和遗传距离并构建聚类图。【结果】利用筛选的10个引物对从147份睡莲属植物材料中扩增出207个条带,其中多态性条带207条,多态性比率100%,平均每对引物扩增20.7条。147份睡莲属植物的观测等位基因数(Na)为2.0000,有效等位基因数(Ne)为1.1777~1.3339,平均为1.2535,Shannon信息指数(I)为0.2459~0.3703,平均为0.3155,Nei’s遗传多样性指数(H')为0.1345~0.2230,平均为0.1835。在遗传相似系数0.65和遗传距离为1.12时,均可将147份睡莲属植物材料划分为六大类,并依据10个引物对扩增的0/1矩阵构建了147份睡莲属植物材料的DNA分子身份证。【结论】睡莲属植物具有丰富的遗传多样性。采用SRAP分子标记可有效鉴定睡莲属植物材料的亲缘关系远近,有助于提高亲本选择率和育种进程。筛选出的10个引物对能有效地鉴定35份杂交后代。

NaN_(3)诱变草莓突变体的表型筛选与SRAP分子鉴定

【目的】探索NaN_(3)对红花草莓的诱变效果,筛选出红花草莓突变体。【方法】在对NaN_(3)诱变红花草莓植株形态学初筛的基础上,进一步采用SRAP分子标记技术进行分子鉴定,通过聚类分析鉴定了红花草莓与其突变单株的遗传背景和亲缘关系。【结果】从M1代中筛选出23株具有不同表型变化的突变体,总突变率为4.6%,包括株型紧凑、株高变矮、茎纤细、小叶、叶片卷曲皱缩、花叶、白色花、三色花、花瓣短缩花、球型花、球形果、矩形果共12种突变性状;SRAP分子标记分析结果显示,8对SRAP引物扩增出的总条带数为72,多态性条带数为47,多态性比例为65%,23株表型突变株中有22个单株在DNA水平发生了基因突变;聚类分析表明,N-5、N-8和N-9与对照在遗传距离上相差最远,产生的变异最大,N-15与对照无差异。【结论】NaN_(3)诱变红花草莓育种是行之有效的,可产生草莓突变体,为红花草莓新品种选育以及相关研究提供参考依据。

南召辛夷SRAP遗传多样性分析及指纹图谱的构建

利用毛细管电泳技术,鉴定SRAP(Sequence-related amplified polymorphisms)引物在34个南召辛夷种系中扩增条带的遗传多样性,聚类分析并构建DNA指纹图谱,为南召辛夷的种系鉴定和分子育种提供理论依据。结果表明:(1)5对SRAP引物共扩增出71条带,其中59条多态性的条带(83.1%),每对引物扩增出多态性位点为9~15条,平均为11.8条;(2)选用多态性高、鉴别能力强的2对引物构建了34份南召辛夷种系基于22个位点的DNA指纹图谱;(3)34份南召辛夷的遗传相似系数为0.58~0.97。UPGMA聚类结果显示,34个南召辛夷样品可分为6大类群,且与采摘地无直接关系。

基于SRAP分子标记的果桑种质资源遗传多样性分析

为探索果桑种质之间的亲缘关系,选取适宜海南地区生长的34份果桑资源,通过可靠的SRAP分子标记技术,进行果桑种质的遗传多样性分析研究。结果表明:从100对SRAP引物组合中筛选获得16对扩增多态性高的引物组合,共扩增清晰的条带108条,其中多态性条带93条,平均多态性比率为84.96%,平均每对引物组合扩增6.75条。平均观测等位基因数为1.8704,平均有效等位基因数为1.5200,平均Nei′s基因多样性指数为0.3022,平均Shannon′s信息指数为0.4510。遗传相似系数为0.49~0.95,表明34份果桑种质之间遗传多样性比较高。根据UPGMA聚类树状图,在遗传相似系数为0.32处,供试34份果桑种质可归属为五大类群,其中第Ⅰ类群27份,占79.41%,包括大部分果桑供试材料;第Ⅱ类群3份种质,占8.82%,分别为嘉陵30号、云桑2号、本地桑HNQZ01(采自海南琼中);第Ⅲ类群和第Ⅳ类群各1份种质,分别为红宝石和长果桑,均占到2.94%;第Ⅴ类群包括2份种质,分别为香金葚、长相思,占5.88%。本研究结果可为果桑种质资源的鉴定、评价及优良品种选育提供科学依据。

SRAP在检测黄瓜基因组多态性中的特征

将SRAP(Sequence-Related Amplified Polymorphism)应用于黄瓜(Cucumis sativus L．)遗传图谱和耐高温QTL的定位过程中,发现SRAP在检测黄瓜亲本基因组多态性中呈现出一些特征。对于每个正向引物,在与12个不同的反向引物组合时,产生多态性条带的引物组合数均在5-8个之间;而对于每个反向引物,在与11个不同的正向引物组合时,产生多态性的引物组合数则在2-11个之间,差异较大。反向引物SA4或EM6与研究的所有正向引物组合时产生的多态性条带分子量完全相同,这些条带可能是由反向单引物扩增而来的。引物组合OD3ME11扩增出的多态性条带存在共分离现象。同时对利用SRAP的这些特征指导我们的研究进行了讨论。

丹参遗传多样性的SRAP标记分析

相关序列扩增多态性（SRAP）是一种新发展起来的分子标记。试验通过建立优化的丹参SRAP反应体系，从88对引物组合中筛选得到36对多态性引物组合，对生长在四川中江、陕西商洛、山东临沂、安徽亳州和安徽凤阳5个丹参主产区的6个丹参种群进行了遗传多样性分析。结果表明：36对多态性引物组合共产生782条多态性条带，平均每个引物组合产生21．7条多态性条带，显示了较高的多态性。应用NTSYS软件聚类分析36对引物组合的扩增结果，供试材料分为两大类，Jaccard’s遗传相似系数在0．6774—0．8225之间，说明SRAP技术可有效地应用于丹参的遗传多样性及亲缘关系的研究。

结缕草属植物耐盐性SRAP分子标记研究

本研究应用混合集群分析法,通过建立结缕草属植物耐盐性两极端类型材料DNA池对400对SRAP引物组合进行筛选,得到111对多态性引物组合,再以日本结缕草耐盐两极端材料DNA对111对具有特异带的引物组合进行进一步筛选,从中获得22对多态性引物组合,最后用群体各单株对具有耐盐特异带的引物组合进行验证,获得了7个与结缕草属植物耐盐性紧密相关的SRAP分子标记,依据扩增条带的大小分别命名为:Me9-Em4260、Me9-Em18720、Me13-Em18500、Me5-Em20180、Me14-Em7220、Me6-Em17600、Me2-Em18260,以上筛选得到的SRAP分子标记将为深入开展结缕草属植物分子标记辅助育种及耐盐基因克隆奠定基础。

金针菇种质资源的SRAP分析

应用SRAP对金针菇种质资源进行评价.选用多态性好的7对SRAP引物对30个来源不同、各具代表性的供试菌株进行PCR,共获得92条重复性良好的DNA条带,其中多态性条带79条,占85.9%;用SPSS软件计算相似系数和进行平均法聚类分析,白色菌株之间遗传差距较小,黄色菌株之间遗传差距大,30个供试菌株可分为14类.本研究还表明,SRAP具有高效、稳定、重复性好的特点,可应用于遗传连锁群构建、品种鉴别及分子标记辅助育种等研究.

4个石榴基因型的SRAP鉴定

为了便于对生产上主要推广的4个石榴(Punica granatum L.)基因型进行苗木纯度检测,维护育种者和果农的利益,用225对SRAP(Sequence Related Amplified Polymorphism)引物组合对其幼嫩叶片DNA进行了分析。结果发现其中19对SRAP引物组合的23个差异迁移位点的扩增条带稳定、清晰,可以将4个石榴基因型完全区分开,作为其鉴别的标记。将这些条带进行数据化记录和分析,发现仅用ME8/EM11和ME9/EM18位点的共计3个差异迁移位点的数据即可将供试的4个材料区分开。将这些数据输入Excel数据表格,获得了由系统自动生成的4个石榴基因型"分子身份证"号码,可作为这4个石榴基因型间的鉴定依据。

应用SRAP分子标记构建茄子遗传图谱初探

利用SRAP(Sequence-related Amplified Polymorphism)分子标记技术构建茄子分子遗传连锁图,作图群体为255-4-4(Sola-num melongena L. sub sp. ovigerumSalis)与巴-3(S. melongena L. sub sp. melongena)杂交产生的118个F2单株。从88对引物中筛选多态性较好的33对引物组合进行群体检测,多态性频率为37.5%,共检测到40个多态性位点,平均每个引物组合产生1.21个多态性条带。对40个标记用Mapmanager构建连锁群,将24个SRAP标记位点进入4个连锁群,总长度为381.3 cM,标记位点间的平均距离为19.1 cM。

灵芝原生质体融合子的SRAP分子标记鉴定

为验证新型SRAP分子标记技术用于灵芝(Ganoderma lucidum)原生质体融合子鉴定的可行性,通过亲本菌株赤芝05、06对153个SRAP引物组合进行筛选,应用经过初筛和复筛得到的4个清晰稳定、且含有两个亲本各自特异扩增条带的SRAP引物组合,对2个亲本菌株、2个只与亲本05有拮抗的融合子、2个只与亲本06有拮抗的融合子、30个与双亲均有拮抗的融合子进行SRAP扩增。结果表明,2个只与亲本05有拮抗的融合子仅扩增出06的特异条带,2个只与亲本06有拮抗的融合子仅扩增出05的特异条带,30个与双亲均有拮抗的融合子中,有7个融合子同时扩增出05和06的特异条带,证明此7个融合子应是05和06融合产生的菌株,也证明SRAP标记可以用于灵芝原生质体融合子的鉴定。

结缕草属植物杂交后代的SRAP分子标记鉴定

相关序列扩增多态性(sequence-related amplified polymorphism,SRAP)是基于PCR技术的一种新型分子标记技术。本文通过SRAP分子标记技术对结缕草属植物种间杂交的5个组合44份杂交后代进行了真假杂种的鉴定,拟为杂交后代的进一步研究奠定基础。首先通过5个杂交组合的亲本材料分别筛选10对SRAP引物组合,然后应用具有父本特征带的多态性引物组合对各个杂交组合亲本及其所有后代进行PCR扩增、电泳。结果表明,5个杂交组合的44个杂交后代中有39个后代具有父本特征带,被鉴定为真杂种,其余5个后代因不具有父本特征带,被鉴定为自交种。杂种真实性的鉴定结果为杂交后代的进一步研究及应用奠定了良好的基础,本研究结果也表明SRAP分子标记技术是比较稳定可靠的标记系统,可有效应用于结缕草属植物杂种真实性的鉴定和遗传分析。

SRAP技术在遗传的研究进展

SRAP是一种新型的DNA分子标记,具有简便、稳定、中等产率和容易得到选择条带序列的特点。SRAP利用独特的引物设计对开放读码框(ORFs)进行扩增,上游引物长17bp,对外显子进行特异扩增,下游引物长18bp,对内含子区域、启动子区域进行特异扩增,因个体不同及其物种的内含子、启动子与间隔长度不等而产生多态性。本文阐述SRAP的原理和操作流程,综述了SRAP标记目前在植物遗传图谱构建、遗传多样性、基因定位、基因克隆、杂种优势利用等方面的研究进展及应用前景。