尿毒症高通量血液透析患者疾病不确定感的影响因素及与SSRS评分的相关性研究

目的探究尿毒症高通量血液透析患者疾病不确定感的影响因素及与社会支持评定量表(SSRS)评分的相关性。方法选取2020年8月至2022年8月就诊于新乡医学院第三附属医院血液净化室的126例尿毒症高通量血液透析患者为研究对象,比较不同性别、年龄、婚姻状况、家庭居住地、家庭人均月收入、主要陪护者、文化程度、心理状态[抑郁自评量表(SDS)评分]、血液透析病程、透析方式、并发症种类数、每周透析时间、SSRS评分、针对性心理干预患者的疾病不确定感评分,对有差异的因素赋值并采用多元线性分析,采用Pearson相关性分析法分析SSRS评分与患疾病不确定感的相关性。结果126例尿毒症高通量血液透析患者的SSRS平均评分为(29.83±4.16)分,疾病不确定感平均评分为(89.45±6.81)分;尿毒症高通量血液透析患者疾病不确定感评分在SDS评分、并发症种类数、家庭人均月收入、针对性心理干预、文化程度、SSRS评分、透析方式方面比较差异均有统计学意义(P<0.05);经多元线性分析结果显示,并发症种类数、家庭人均月收入、针对性心理干预、文化程度、SDS评分干预、SSRS评分均为尿毒症高通量血液透析患者疾病不确定感评分的影响因素(P<0.05);经Pearson相关分析结果显示,患者SSRS评分与疾病不确定感评分呈负相关(r=-0.638,P<0.05)。结论心理状态、家庭人均月收入、是否接受针对性心理干预会影响尿毒症高通量血液透析患者的疾病不确定性,医护人员可根据患者实际情况进行有效干预,从而减轻患者的疾病不确定感。

用EST-SSRs研究小麦遗传多样性

小麦EST-SSRs是从小麦ESTs序列(表达序列标签)中开发的一种新型SSR标记。研究采用35对小麦EST-SSRs标记检测了 96份小麦材料的遗传多样性。结果表明,这些小麦EST-SSRs引物均可获得清晰的预期产物,共检测到129个等位变异,其中87.6%有多态性,大多数引物有2～4个等位变异;其中部分引物可用于普通小麦及其近缘种属的亲缘关系研究,并可根据特征带谱鉴定部分小麦品种;在相似系数为0.745的水平可将人工合成双二倍体小麦材料和一般小麦品种区分开来。与基因组SSR标记相比,EST-SSRs这种新型分子标记来源于表达基因,将其用于小麦遗传研究可直接反映相关基因在不同小麦品种间的表达差异。

小麦EST-SSRs的通用性研究

小麦EST SSRs是一种从小麦ESTs序列中开发的新型SSR标记。根据小麦ESTs设计的 5 97对EST SSRs引物在小麦、玉米、水稻和大豆中的有效扩增比率分别为 80 %、6 5 8%、6 2 1%和 5 8 1%。其中 ,2 5 5对EST SSRs引物 (42 7%)在四种作物中都能获得预期产物。序列相似性比较发现 ,2 5 5个通用EST SSRs标记所对应的基因 80 %功能已知 ,其中 30 %与蛋白质定位相关 ,其余 70 %参与细胞代谢、转录调控、细胞发育、防御体系及其他所涉及的生理生化过程。由于不同物种间基因保守性 ,本研究发掘的EST SSRs引物对于小麦功能基因组和比较基因组研究都有重要意义。

EST-SSRs的开发及应用研究进展

综述了EST-SSR标记的开发方法及其在构建遗传学图谱,筛选与定位目的基因,遗传多样性的研究,比较基因组学的研究和品种鉴别等方面的应用。

茶树EST-SSRs分布特征及引物开发

为了在茶树中开发EST-SSRs功能性标记，利用生物信息学方法对NCBI网上公开的3288奈茶树（Camellia subebsus）ESTs序列进行EST-SSRs特征分析。剔除冗余序列，得到非冗余序列2083条。在非冗余序列中发现含不同重复基元SSRs的EST序列有385条，共486个EST-SSRs，平均相隔2．10kb出现1个SSR。在2～6bp的重复基元中，二核苷酸重复基元的SSRs出现频率最高（51．97％），其次是三核苷酸（19．55％）。对所有的重复基元类型进行统计分析发现，所占比例最高的是AG／CT（47．74％），其次分别是AT／TA（4．73％）和AAG／CTT（4．73％）。利用Prime5软件，设计了206对EST-SSRs引物，随机选用72对引物进行SSR扩增，发现31对引物可以扩增出条带，其中29对引物具有多态性，多态性比率为93．5％。这些EST-SSRs将有助于茶树基因组学方面的研究。

睡眠状况自评量表(SSRS)在大学生中的运用及其影响因素的初步分析

目的 初步探讨大学生的睡眠状况及其影响因素。方法 采用睡眠状况自评量表(SSRS)对1615名大学生的睡眠状况进行了调查。结果 SSRS总分以及因子分(除因子8、9外)都高于常模,而且大学生的睡眠状况表现出一定的性别、年级、专业的差异。环境、情绪、学习压力等因素与SSRS总分相关显著(P<0.01)。结论 大学生睡眠状况值得关注,提高大学生睡眠质量应采取多种措施。SSRS简便易行,有助于大学生睡眠问题的诊断。

橡胶树EST-SSRs发掘研究

随着橡胶树大量ESTs序列的产生,为EST-SSRs发掘提供了丰富的公共序列资源。本研究首先将11809条橡胶树ESTs组装成3932条非冗余序列,其中323条ESTs检索到SSRs358个,SSRs出现的频率为9.1%。SSR重复单元共93种,其中二核苷酸重复(57.5%)、三核苷酸重复(26.0%)和六核苷酸重复(12.8%)占所有重复单元的96.3%。对323条SSR-ESTs进行特异扩增引物设计,共获得158对引物,对48份包括31份魏可汉种质、12份1981'野生种质、2份色宝橡胶、2份光亮橡胶和1份少花橡胶扩增,其中60对引物扩增出1条预期长度DNA片段,占所有设计引物的38%,并筛选到40对具有多态性的引物。EST-SSRs标记的发掘为巴西橡胶树分子辅助育种、种质资源功能遗传多样性分析等研究提供了良好的标记。

蒺藜苜蓿EST-SSRs分布特征及标记的开发

利用蒺藜苜蓿(Medicagotruncatula)EST数据库开发新的EST-SSRs标记,分析EST-SSRs的分布特征。利用SSRIT软件对NCBI上公布的285 285条蒺藜苜蓿EST序列进行SSR序列的检测,共检测出6 688个SSR序列,分布于6 512个EST中,占整个EST数据库的2.28%。其中二核苷酸重复基元出现的频率最高,占总EST-SSRs的34.4%(2 301条),其次是三核苷酸重复基元,占29.6%(1 982条),4～6核苷酸重复基元所占比例均较小。利用Pri mer Premier 5.0随机设计100对EST-SSRs引物,PCR扩增结果表明,85对引物在蒺藜苜蓿RIL群体亲本A17和A20上有清晰的扩增条带,占合成引物总数的85%,在RIL-8群体中检测到29个EST-SSRs引物有多态性,占可扩增引物的34.1%。本研究开发了85个蒺藜苜蓿EST-SSRs新标记。

利用EST-SSRs标记分析巴西橡胶树魏克汉种质的遗传多样性及遗传分化

橡胶树魏克汉（Wickham）种质是指1976年英国人魏克汉在亚马逊河下游与塔帕若斯（Tapajos）河汇合处的博因（Boim）采集并培育46株母树繁殖的后代中选出的初生代及其后杂交的次生代至多生代栽培品种。本研究利用25对EST-SSRs引物,对中国热带农业科学院橡胶研究所国家橡胶树种质资源圃中保存的来自6个国家的278份魏克汉种质进行遗传多样性和遗传分化分析。种质总群体共检测出等位变异103个,平均等位基因数（Na）4.12个,稀有等位基因占全部等位基因的14.56%;平均期望杂合度（He）值和Nei平均多样性指数（H）值分别为0.4108和0.4100;聚类分析得到种质个体间的遗传距离（GD）为0~1.1632。不同国家种质群体间的遗传多样性指数（H）值：巴西〉斯里兰卡〉印度尼西亚〉中国〉马来西亚〉泰国,但经SPSS非参数检验表明6个国家群体之间的种质遗传多样性水平差异并不显著;不同国家种质群体间的遗传一致度（GI）为0.9812~0.9869,与中国种质的亲缘关系最近的是印度尼西亚、其次马来西亚、泰国、斯里兰卡、巴西;仅3%的遗传变异来源于不同国家种质群体间,不同国家种质间的平均基因流（Nm）为4.463,大而通畅的基因流是橡胶树6个国家群体间遗传分化水平很低的主要原因。研究结果表明,中国国家橡胶树种质资源圃保存的魏克汉种质的遗传多样性较差,但通过EST-SSRs可检测到丰富的稀有等位基因。虽然不同国家种质交流频繁,导致种质之间和不同国家来源种质之间遗传距离非常近,但是,种质之间和不同国家来源种质之间依然存在一定的遗传分化,特别是巴西种质与中国种质遗传距离最远,基因流最小,遗传多样性最为丰富。

基于ESTs序列的杨树木质部形成相关EST-SSRs标记的开发与应用

ESTs数据库的发展为分子标记的开发提供了宝贵的资源。本研究从NCBI下载与杨树木质部形成相关的5359条ESTs序列,在其中257条序列中检测到279个SSRs位点,检出率为5.2%。全部SSRs共分为84种重复单元,平均长度18.2bp,变幅为15～36bp,平均分布频率1/6.94kb。所有类型中三核苷酸重复单元占总SSRs的41.3%,处于主导地位。AAG占三核苷酸重复单元的比例为27.0%,是三核苷酸重复单元中的优势重复类型。利用primer3在线设计引物,通过生物信息学方法筛选出7对引物,其中6对扩增效果较好。利用筛选出的引物对19个杨树无性系进行扩增,每对引物产生多态性条带数目为3～6条,平均4.16条。引物多态信息量变化范围为0.2267～0.9845,平均0.5485。应用NTSYS软件在相似系数为0.68水平可将19个杨树无性系准确聚类。研究结果表明,利用ESTs序列进行SSRs的开发是一种切实有效的方法,为EST-SSRs在杨树遗传图谱构建以及遗传多样性等方面的应用奠定了基础。

基于EST-SSRs的巴西橡胶树魏克汉种质核心种质构建研究

橡胶树魏克汉种质是目前橡胶树栽培品种的主要来源,主要来源于魏克汉培育46株母树繁殖的后代,亲缘关系较近。通过对289份资源EST-SSRs分析及基于EST-SSRs位点的多样性,结合种质资源来源和特殊农艺性状,构建包含27份种质的橡胶树魏克汉种质核心种质库,占原群体10%,主要来源于中国(16份)和巴西(6份)。核心种质库与原群体相比,总等位基因数保持不变,遗传多样性指数、多态信息含量、杂合度等高于原群体,基因型数目和主要等位基因频率较原群体低,较好地代表了原群体的遗传多样性。同时,核心种质农艺较为丰富,包含了高产、速生、抗寒等种质。

EST-SSRs研究进展及其在辣椒胞质不育性研究中的应用前景

SSR标记由于其多态性、共显性的特点,越来越多地用于基因标记、图谱构建、遗传多样性分析等方面。但与一般的基因组SSR相比,EST-SSR作为功能基因的一部分在功能基因鉴定和种间通用性上更有其优越性。目前EST-SSR更多地用于小麦、水稻、大麦、玉米、白菜等作物在种质资源多样性、品种鉴定、饱和遗传图谱等方面的研究,而在辣椒上,尤其是在胞质不育性方面的研究却鲜见报道。本文对辣椒EST-SSR标记的开发及其在分子辅助育种上的应用进行了回顾,并对其在辣椒胞质不育性方面的研究作出展望。

茶树EST-SSRs特点及应用

利用NCBI公共数据库下载获得的3 306条茶树EST,去除其中低质量和冗余的序列,得到全长为635.46 kb的1 335条无冗余EST,在这些序列中共发现216个SSR,分布于185个EST中,出现的频率为16.18%,平均每2.94 kb的表达序列中有1个SSR。茶树的EST-SSR类型丰富,其中二核苷酸重复出现的频率最高,占主导地位。利用Primer 5.0软件从185条含有SSR的EST中设计引物100对,从中随机选取60对引物检测EST-SSR在云南茶树资源中的多态性。结果表明,有30对引物在供试的63份茶树资源中得到有效扩增,并具有多态性;共检测到等位基因数71个,每对引物检测出的等位基因数2~8个,平均4.9个;多态信息量（PIC）变幅为0~0.731,平均为0.499;观察杂合度变幅为0~0.970,平均0.392。EST-SSR标记分析表明云南茶树资源具有较高的遗传多样性。

小麦EST-SSRs分子标记的特性及其遗传作图(英文)

为了解普通小麦EST来源的微卫星的多样性,从大约1 000个包含微卫星的ESTs中设计了300对引物,研究和评估了它们的多态性水平,并且将多态性标记加入到现有的遗传图谱中。在五种不同类型的重复单元中,三个碱基的重复单元出现最多,占到77%。几乎所有的EST-SSRs标记(99.3%)的重复单元都含有G-C碱基对。37.4%的微卫星都是四次重复。对于扩增和多态性,300对引物中有60对没有扩增,21.3%的扩增引物没能产生预期的扩增片断。58%的标记至少在所用8个材料的一个中显示出多态性。W7984和Opata组合表现出最高的多态性水平。大多数普通小麦EST-SSRs标记的重复次数小于10,并且4次重复是最为普遍的。81个新的EST-SSR位点被添加到两个已有的参照遗传图谱中(62个加到ITMI,19个加到CTCS)。研究结果表明小麦EST-SSRs标记展示了一些不同于基因组微卫星的特异特征,在标记发展和其他遗传应用中,这就使得它们能够成为一种非常有价值的资源。

鲤与生长性状相关的EST-SSRs标记筛选

以大头鲤(Cyprinus pellegrini Tchang)(母本)与荷包红鲤(Cyprinus carpio wuyuanensis)抗寒品系(父本)杂交产生的F1作为亲本,以其自交F2作为分离群体,结合"拟测交"策略,用EST-SSRs标记对其中92个个体进行基因型检测。利用Windows Map Manager2.0的标记回归法对符合拟测交分离的70个EST-SSRs标记进行单标记回归分析,检测出8个与鲤体长、体高、体厚性状相关的标记。对同一标记不同基因型个体间生长性状进行显著性比较,通过t检验,找到与生长性状相关的基因型。将上述8个EST序列与GenBank数据库进行BLAST比对,有3条EST序列与蛋白库中已知功能的序列高度同源。其中HLJE225与编码斑马鱼(Denio rerio)冷诱导基因RNA结合蛋白的基因同源性水平高达97%,HLJE222与编码斑马鱼DAZ相关蛋白1基因同源性水平也高达97%,HLJE599与编码斑点叉尾(Ictalurus punctatus)核糖体蛋白L6基因的同源水平为87%。本研究鉴定的与鲤生长性状相关的功能基因及有利用价值的基因型,为鲤重要生长性状的QTL(数量性状基因座)定位和分子标记辅助育种提供了一定的依据。

鲫体重和体厚相关的EST-SSRs标记筛选及同源基因分析

利用300个EST-SSRs标记对普通二倍体鲫(Carassius auratus)自交F2代的181个个体进行基因型检测,并对其体重、体厚两种经济性状进行单标记回归分析。Permutation检验(10 000次)结果显示,38个标记与所检测的经济性状相关,其中26个标记达到显著性相关(P<0.05),12个标记达到极显著性相关(P<0.01)。在38个相关标记中,有27个标记与体重相关,25个标记与体厚相关,14个标记与体重、体厚均相关。对同一标记的不同基因型之间进行多重比较,找到了与两种经济性状相关的基因型。将与性状相关的38个标记与斑马鱼(Da-nio rerio)基因组序列进行BLAST同源性比对,找到10条相似性高且功能已知的EST-SSRs序列(E<e-20)。其中,JE594与斑马鱼膜结合环指蛋白基因march7相似性高达95%,JE3165与斑马鱼肌盲蛋白基因mbnl1的相似性达78%,JE6996与斑马鱼促蛋白激酶的基因mapk10的相似性高达98%,JE4984与斑马鱼蛋白磷酸酶的基因ppp1cab相似性达84%。本研究筛选出了与鲫体重、体厚相关的EST-SSRs标记及基因型并找到了与鲫生长相关的候选功能基因,为鲫的分子标记辅助育种(MAS)及目标性状的遗传改良提供依据。

大白菜功能基因编码区SSRs的分布规律研究

利用数据库中大白菜的部分基因组序列及其注释结果,对大白菜功能基因编码区分布的SSRs类型进行了分析。结果表明,编码区的SSRs以3核苷酸重复的最多,其次为6核苷酸重复的;各种基序的SSRs类型在基因编码区分布的数量有很大差异;另外编码氨基酸的三核苷酸SSRs在11944个基因编码区前100bp、中部及后100bp的分布也有较大差异。说明大白菜基因编码区的SSRs具有相位和极性,其原因在于编码氨基酸的需要。正是这种相位和极性引起大白菜基因编码区SSRs分布的不均一性。

基于表达序列标签的微卫星标记(EST-SSRs)研究进展

作为一种新型分子标记 ,EST SSR来自表达基因 ,因而除具备传统基因组来源的SSR标记所有优势外 ,可能与基因功能表达具有直接或间接关系 ,从而强化了SSR标记在遗传研究中的应用。本文综述了近几年来EST SSR用于遗传图谱构建、基因定位。

花生栽培种EST-SSRs分布特征及应用研究

利用自行开发的20160条花生栽培种荚果EST,通过序列拼接,获得8289条无冗余EST。经搜索,共检测出740个SSR位点,分布于651条EST中,发生频率为7.8%,平均每6.8kbEST序列含一个SSR位点。功能注释结果表明具生物过程、分子功能和细胞组分的EST分别为73、111和56条。在花生荚果EST-SSR中,三核苷酸重复类型出现频率最高,占总SSR的62.8%,其次是二核苷酸重复类型,占总SSR的33.6%。在出现的26类重复基序中,AG/TC重复基序出现频率最高,AAG/TTC次之。利用Primer premier5从651条含有SSR的EST中共设计引物233对,从中随机选取100对引物检测EST-SSR在花生栽培种中的多态性及在野生种中的可转移性。结果表明,有86对引物在供试的22个花生栽培品种中得到有效扩增,其中10对在栽培种中具有多态性,每对引物检测出的等位基因数2～3个,平均2.2个。可扩增引物在野生种中的可转移率为12.5%～100.0%,平均96.0%。在野生种间检测出多态性的引物76对,每对引物检测出等位基因2～9个,平均4.06个。

来自苹果的SSRs在蔷薇科植物资源上的通用性分析

用来自苹果基因组的6个SSR标记(CH02a10、CH02b07、CH02c11、MS01a03、CH01f12和CH03d11)引物,对蔷薇科植物的6属19个种的基因组DNA进行了PCR扩增,以分析其在不同物种上的通用性。结果表明,这些SSR引物几乎在所有的供试物种上都能扩增出与在苹果上大小相似的SSRs产物。可见,这些从栽培苹果上开发的SSR引物可用于蔷薇科内更多跨种、跨属的种质资源的研究。但不同的SSR标记所表现出的多态性有较大差异。对本研究所用的几个SSR标记来说,CH01f12在供试物种间呈现的多态性最高。