桑树SV分子标记的开发及在F_1群体的偏分离分析

SV(structure variation)标记是基于基因组结构变异的一种分子标记。为推动桑树遗传图谱的构建,以已完成全基因组测序的川桑(Morus notabilis)基因组为参考序列,利用桑品种伦教109和珍珠白的基因组重测序数据开发了110对桑树SV标记,其中100对SV标记能在伦教109×珍珠白的F1群体中检测到多态性,多态性位点为169个,75.1%(P<0.05)的SV标记在伦教109×珍珠白的F1群体中表现为偏分离。分析SV标记在F1群体中的分离模式,推测在亲本品种伦教109和珍珠白中,至少有一个不是异源四倍体。

基于基因组重测序发掘金针菇InDel、SV及丰度SNP标记

以金针菇白色单核菌株wm14基因组为参考基因组,以双核菌株15W、16W、18W、19W、20Y、21Y、22Y和25Y基因组重测序数据为研究对象,以自备的4个金针菇基因组为blast检验数据库,采用VCFtools-0.1.16软件进行数据过滤,发掘可靠且多态性强的SNP、InDel及SV位点信息。使用Primer3软件设计引物,通过标记引物的blastn特异性及通用性检测,实验获得了InDel/SV标记26个;它们可以直接扩增,根据电泳条带的大小差异检测菌株的遗传差异,获得了丰度SNP标记区域63个,成功设计出通用性引物16对作为传统ITS、Rpb2、Ef1α等靶标序列的有益补充。本研究拟开发更多可用于金针菇遗传分析的分子标记,希望可以从全基因组扫描明晰研究菌株的遗传背景,为后续金针菇分子辅助育种、功能基因发掘与机理探索等研究提供助力。