为了建立高效、灵敏的猪流行性腹泻病毒(PEDV)检测方法,本研究从GenBank数据库中获取PEDV N基因序列,扩增出PEDV N基因标准质粒,并在N基因的保守区域内设计了一对特异性荧光定量引物,成功建立了SYBR Green I实时荧光定量PCR检测方法。...为了建立高效、灵敏的猪流行性腹泻病毒(PEDV)检测方法,本研究从GenBank数据库中获取PEDV N基因序列,扩增出PEDV N基因标准质粒,并在N基因的保守区域内设计了一对特异性荧光定量引物,成功建立了SYBR Green I实时荧光定量PCR检测方法。经过一系列试验表明,该检测方法线性关系良好,R^(2)值为0.99;特异性强,敏感性高,最低可检测至2.23 copies/μL,比普通PCR灵敏约100倍;重复性好,组内变异系数为0.25%~0.43%,组间变异系数为0.67%~0.97%;对于各地区96份临床样品检测出PEDV阳性率为25%。本研究建立的实时荧光定量PCR检测方法为PEDV的临床诊断、流行病学调查以及定量研究提供了有效的检测工具。展开更多
为了建立一种敏感、特异的致对虾急性肝胰腺坏死病(AHPND)的一类弧菌(VpAHPND)的荧光定量PCR(qPCR)检测方法,本研究根据Gen Bank中该类弧菌(本研究所用的VpAHPND为副溶血弧菌变异株,下同)PirB毒素基因(KU145397),设计q PCR扩增引物,并...为了建立一种敏感、特异的致对虾急性肝胰腺坏死病(AHPND)的一类弧菌(VpAHPND)的荧光定量PCR(qPCR)检测方法,本研究根据Gen Bank中该类弧菌(本研究所用的VpAHPND为副溶血弧菌变异株,下同)PirB毒素基因(KU145397),设计q PCR扩增引物,并采用该引物经PCR扩增PirB基因片段,构建重组质粒p MD18-T-PirB并经PCR和测序鉴定正确后作为质粒标准品。以10倍倍比稀释的重组质粒标准品进行q PCR扩增,建立标准曲线,并经反应条件优化初步建立了检测该类VpAHPND的SYBR Green I q PCR方法。以白斑综合征病毒、传染性皮下及造血组织坏死病毒、虾虹彩病毒、虾肝肠胞虫及该VpAHPND的基因组DNA为模板,采用本研究建立的SYBR Green I q PCR方法检测,评估该方法的特异性;以8.3×10^(1)拷贝/μL~8.3×10^(8)拷贝/μL的质粒标准品作为模板,利用本研究建立的SYBR Green I q PCR以及常规PCR检测,比较两种方法的敏感性;以3个不同浓度的质粒标准品作为模板,利用该方法分别进行批内和批间重复性试验,评估该方法的重复性。建立的该q PCR方法的标准曲线显示,各浓度的质粒标准品的拷贝数与其Ct值均呈良好的线性关系,相关系数R^(2)为0.998。特异性试验结果显示,该方法仅能检出VpAHPND,而其他病原均为阴性结果,特异性强;敏感性试验结果显示,该方法对质粒标准品的检测限为83拷贝/μL,敏感性是水产行业标准常规PCR的1000倍。重复性试验结果显示,批内和批间重复性试验变异系数分别在0.31%~0.81%和2.05%~4.34%,重复性好。利用该方法对61株虾源弧菌样品检测,结果显示阳性检出率为29.5%(18/61),阴性样品检测率为70.5%(43/61),与行业标准的常规PCR检测方法结果完全一致,二者的阳性符合率为100%,总符合率为100%。本研究建立了一类致对虾VpAHPND的SYBR Green I q PCR检测方法,该方法特异性强、敏感性高、重复性好,为AHPND的诊断、监测与流行病学调查提供技术支撑。展开更多
根据克隆得到的迟缓爱德华氏菌gyrB基因序列设计并合成一对特异性引物,通用性和特异性检测结果显示所设计的引物具有良好的种间特异性和种内通用性,构建含gyrB基因的重组质粒作为标准品,经过反应体系优化后建立了检测迟缓爱德华氏菌的SY...根据克隆得到的迟缓爱德华氏菌gyrB基因序列设计并合成一对特异性引物,通用性和特异性检测结果显示所设计的引物具有良好的种间特异性和种内通用性,构建含gyrB基因的重组质粒作为标准品,经过反应体系优化后建立了检测迟缓爱德华氏菌的SYBR Green I实时荧光定量PCR检测方法。结果显示,该方法线性关系良好,在T m为63℃时,扩增产物的熔解曲线仅有一个单特异峰,扩增所得标准曲线为y=-3.32x+39.38,相关系数为0.998,扩增效率为1.00,最低能检测到60个拷贝。应用建立的方法对人工感染的大菱鲆病样进行了检测,3个被检样品均呈阳性反应,证明该方法具有较好的适用性。研究表明,所建立的实时荧光定量PCR方法具有特异、敏感、快速、定量的优点,可用于迟缓爱德华氏菌病的快速检测。展开更多
为建立快速检测鹅星状病毒(GAstV)的方法,本研究根据GenBank中GAstV ORF2基因序列设计1对特异性引物,构建重组质粒pMD19-T-GAstV,以其作为标准品建立了GAstV的SYBR Green I荧光定量RT-PCR检测方法。优化其反应条件及体系,进行特异性、...为建立快速检测鹅星状病毒(GAstV)的方法,本研究根据GenBank中GAstV ORF2基因序列设计1对特异性引物,构建重组质粒pMD19-T-GAstV,以其作为标准品建立了GAstV的SYBR Green I荧光定量RT-PCR检测方法。优化其反应条件及体系,进行特异性、敏感性和重复性试验以及临床样本检测。试验结果显示,除GAstV外,禽白血病病毒(ALV)、血清4型禽腺病毒(FAdV-4)、鸡传染性喉气管炎病毒(ILTV)和鸡传染性贫血病病毒(CIAV)等常见禽病病原利用该方法检测均呈阴性,表明其特异性良好;建立的荧光定量RT-PCR检出的最低模板含量为1μl 3.75×101拷贝,敏感性较高;组内和组间重复性试验变异系数均小于1%。利用该方法对来自安徽地区的32份临床样品进行检测,阳性检出率为43.75%,常规PCR方法阳性检出率为18.75%,阳性检出符合率100%,表明该方法可用于临床样品检测。该方法的建立为临床样品中GAstV的快速高效检测提供了技术支持。展开更多
根据GenBank已发表的HCV 5’NTR核苷酸序列设计一对特异性引物,扩增位置在整个基因的221~377位,片段长度为167bp。提取由厦门出入境检验检疫局技术中心动物实验室保存的HCV细胞毒的RNA,并反转录成cDNA,以此cDNA为模板建立了SYBR Gr...根据GenBank已发表的HCV 5’NTR核苷酸序列设计一对特异性引物,扩增位置在整个基因的221~377位,片段长度为167bp。提取由厦门出入境检验检疫局技术中心动物实验室保存的HCV细胞毒的RNA,并反转录成cDNA,以此cDNA为模板建立了SYBR Green I实时定量PCR检测猪瘟病毒的方法,并用该方法检测送检的临床疑似病料。结果表明:本研究建立的HCV-SYBR Green I PCR特异性强,与FMDV、PCV2、PRRSV、PPV、PRV等常见猪病毒病病原没有交叉反应;灵敏度高,可以检测到5.3×10^2的病毒拷贝数;操作简单,耗时短,只需3h即可完成整个试验过程,可初步用于临床检测。展开更多
灿烂弧菌Vibrio splendidus是多数海水养殖动物的主要致病菌,对养殖业危害较大。本研究根据灿烂弧菌gyrB基因的保守序列设计特异性引物,建立了SYBR Green I实时定量PCR检测灿烂弧菌的方法。构建含gyrB基因的重组质粒作为标准品,进行SYBR...灿烂弧菌Vibrio splendidus是多数海水养殖动物的主要致病菌,对养殖业危害较大。本研究根据灿烂弧菌gyrB基因的保守序列设计特异性引物,建立了SYBR Green I实时定量PCR检测灿烂弧菌的方法。构建含gyrB基因的重组质粒作为标准品,进行SYBR Green I实时定量PCR,在Tm为62℃时,扩增产物的熔解曲线仅有一个单特异峰,扩增所得标准曲线为y=-3.338x+37.67,相关系数为0.999,扩增效率为0.99,最低能检测到20个拷贝。实验结果表明,该检测技术具有较高的特异性、敏感性和重复性,对灿烂弧菌病的快速诊断和流行病学调查有重要意义。展开更多
根据哈维氏弧菌(Vibro harveyi)溶血素基因vhhP2的保守序列设计特异性引物,建立了SYBR Green I实时定量PCR检测哈维氏弧菌的方法。构建含vhhP2基因的重组质粒作为标准品,进行SYBR Green I实时定量PCR,在Tm为60℃时,扩增产物的熔解曲线...根据哈维氏弧菌(Vibro harveyi)溶血素基因vhhP2的保守序列设计特异性引物,建立了SYBR Green I实时定量PCR检测哈维氏弧菌的方法。构建含vhhP2基因的重组质粒作为标准品,进行SYBR Green I实时定量PCR,在Tm为60℃时,扩增产物的熔解曲线仅有一个特异峰,扩增所得标准曲线为y=–3.331x+37.48,相关系数为0.998,扩增效率为1,最低可检测到7个拷贝。实验结果表明该检测技术具有较高的特异性、敏感性和重复性,对哈维氏弧菌病的快速诊断和流行病学调查有重要意义。展开更多
目的建立SYBR Green I荧光PCR快速检测登革热病毒的方法。方法以通用引物对标准株提取物和血清样本进行RT-PCR扩增,同时以SYBR Green I标记进行实时PCR扩增,分析其灵敏性特异性和重复性。结果标准毒株的扩增结果与预期结果相同,测序结...目的建立SYBR Green I荧光PCR快速检测登革热病毒的方法。方法以通用引物对标准株提取物和血清样本进行RT-PCR扩增,同时以SYBR Green I标记进行实时PCR扩增,分析其灵敏性特异性和重复性。结果标准毒株的扩增结果与预期结果相同,测序结果显示实验结果序列与标准株序列一致。实验的灵敏性特异性和重复都较高。结论SYBR Green I荧光PCR检测登革热病毒的方法是一个快速、准确检测登革热的方法,但它更适用于早期传染病监测。展开更多
根据GenBank中猪细小病毒VP2基因序列设计特异性的引物,PCR扩增获得猪细小病毒VP2基因片段,并克隆到p MD-18T载体上作为阳性标准品。通过对SYBR Green I荧光定量PCR反应条件的优化,建立了猪细小病毒的SYBR Green I荧光定量PCR诊断方法,...根据GenBank中猪细小病毒VP2基因序列设计特异性的引物,PCR扩增获得猪细小病毒VP2基因片段,并克隆到p MD-18T载体上作为阳性标准品。通过对SYBR Green I荧光定量PCR反应条件的优化,建立了猪细小病毒的SYBR Green I荧光定量PCR诊断方法,以此为基础研制出试剂盒。试剂盒扩增产物的熔解曲线分析只出现1个单特异峰,无引物二聚体,对PRV、PCV-2、E.coli、CSFV、PRRSV均无阳性信号扩增,可重复性好,测灵敏度可达1.0×101拷贝/μL。结果表明,研制的猪细小病毒SYBR Green I实时荧光定量PCR试剂盒具有特异、灵敏、快速、重复性好等优点,适合于猪细小病毒临床样品的检测。展开更多
以富含胸腺嘧啶(thymine)的Hg^(2+)特异性DNA为识别元件,利用SYBR GREEN I分子光"开关"的特性,建立了一种高灵敏、高选择性荧光均相检测Hg^(2+)的新方法。该检测体系由两条非标记、含有5个thymine-thymine(T-T)错配碱基对的DN...以富含胸腺嘧啶(thymine)的Hg^(2+)特异性DNA为识别元件,利用SYBR GREEN I分子光"开关"的特性,建立了一种高灵敏、高选择性荧光均相检测Hg^(2+)的新方法。该检测体系由两条非标记、含有5个thymine-thymine(T-T)错配碱基对的DNA探针组成。T-T错配使两条DNA探针以单链形式存在于溶液中,而Hg^(2+)通过T-Hg^(2+)-T配位作用可以与两条DNA探针结合并形成稳定的双链结构。在优化条件下,荧光强度与Hg^(2+)浓度在0-100 nmol/L范围呈线性,检测限为2nmol/L(S/N=3),而其他金属离子也不会对Hg^(2+)检测造成干扰。该方法简单快速,有望应用于水体中Hg^(2+)的检测。展开更多
为建立延边白鹅CD4与CD8基因在细胞免疫中的动态变化的检测方法,本研究根据CD4与CD8基因保守区分别设计两对特异性引物,在克隆目的基因的基础上,进行TA克隆和转化,构建的阳性质粒作为标准品,经反应条件优化建立了检测延边白鹅CD4与CD8...为建立延边白鹅CD4与CD8基因在细胞免疫中的动态变化的检测方法,本研究根据CD4与CD8基因保守区分别设计两对特异性引物,在克隆目的基因的基础上,进行TA克隆和转化,构建的阳性质粒作为标准品,经反应条件优化建立了检测延边白鹅CD4与CD8基因的荧光定量PCR方法,并进行特异性、敏感性和重复性试验。结果显示,建立的SYBR Green I荧光定量PCR方法在质粒标准品稀释倍数为101~108倍(CD4:1.2×10^8拷贝/μL^1.2×10^1拷贝/μL;CD8:1.8×10^8拷贝/μL^1.8×10^1拷贝/μL)范围内具有良好的线性关系,相关系数均为0.999,与其它相关鹅细胞因子基因不发生交叉反应,敏感性均是普通PCR的100倍,组内和组间变异系数均小于2%。初步应用本研究建立的方法检测鹅脾脏淋巴细胞CD4与CD8基因的转录水平,结果显示ConA可诱导目的基因转录水平升高,且显著高于PBS对照组(p<0.05)。本研究建立的SYBR Green I荧光定量PCR方法为进一步研究鹅细胞免疫水平和CD4、CD8生物学活性奠定了基础。展开更多
[ Objective] This study aimed to establish a rapid, sensitive and specific SYBR Green I real-time quantitative PCR assay for the detection of latent pseudorabies virus (PRV) infection. [ Method ] SYBR Green I real-t...[ Objective] This study aimed to establish a rapid, sensitive and specific SYBR Green I real-time quantitative PCR assay for the detection of latent pseudorabies virus (PRV) infection. [ Method ] SYBR Green I real-time quantitative PCR conditions and system for early detection of latent pseudorabies virus in- fection were optimized and compared with conventional PCR to investigate the sensitivity and specificity. Subsequently, the established assay was applied to detect different clinical samples. [ Result] The sensitivity of SYBR Green I real-time quantitative PCR assay (52 copies/μl) was 1 000 times higher than that of conven- tional PCR (5.2×1^04 copies/μl) and the detection time was shortened by 1/2. The established assay could be used to detect PRV but could not be used to detect PCV2, PPV, CSFV or PRRSV. Various tissues were collected from Bama miniature pigs with latent PRV infection under sterile conditions for real-time PCR detection. Results showed that viral copy number in the brain, nasal swab, inguinal lymph node, liver, lung and spleen was above 20, while PRV was not detected in the kidney and heart tissues. [ Conclusion] The established SYBR Green I real-time quantitative PCR assay for PRV/.AT detection was specific, sensitive and rapid, which could be used for pathogen monitoring, epidemiological investigation and quantitative study of PRV.展开更多
为建立鸽I型腺病毒(PIAdV-I)的快速检测方法,本研究根据PIAdV-I Fiber 2基因的保守区域设计特异性引物,通过优化反应条件,建立了快速检测PIAdV-I的SYBR Green I荧光定量PCR(qPCR)方法。建立的SYBR Green I qPCR方法的标准曲线结果显示,...为建立鸽I型腺病毒(PIAdV-I)的快速检测方法,本研究根据PIAdV-I Fiber 2基因的保守区域设计特异性引物,通过优化反应条件,建立了快速检测PIAdV-I的SYBR Green I荧光定量PCR(qPCR)方法。建立的SYBR Green I qPCR方法的标准曲线结果显示,重组质粒标准品pMD19-Fiber在1×10^(3)拷贝/μL^(1)×10^(8)拷贝/μL时和Ct值之间的线性关系良好,相关系数R~2=0.995,扩增效率为90%。利用建立的qPCR方法对鸽II型腺病毒(PIAdV-II)Fiber 2基因保守区质粒标准品、鸽圆环病毒(PICV)、新城疫病毒(NDV)、多杀性巴氏杆菌(PM)和禽致病性大肠杆菌(APEC)的检测结果均为阴性,仅PIAdV-I检测为阳性,特异性强;该方法对浓度为1×10^(0)拷贝/μL^(1)×10^(8)拷贝/μL的重组质粒标准品进行检测,结果显示最低检测限为1×10^(2)拷贝/μL,而普通PCR最低检测限为1×10^(4)拷贝/μL,表明qPCR方法的敏感性更强;该方法批内、批间重复性试验的变异系数分别小于1%和2%,重复性好。利用建立的qPCR方法和普通PCR方法对从呼和浩特市某赛鸽公棚随机采集的30份鸽肝脏样品进行PIAdV-I检测,结果显示前者的阳性检测率为63.3%(19/30),普通PCR方法的阳性率为36.7%(11/30),两种方法的阳性符合率均为100%。本研究首次建立PIAdV-I的q PCR检测方法,为鸽PIAdV-I的感染提供了敏感、快速的检测手段。展开更多
目的基于SYBR Green I荧光染料建立鉴定鸟分枝杆菌(Mycobacterium avium.MA)的荧光PCR熔解曲线法,为临床鉴定MA提供简单、准确性高的分子生物学检测方法。方法以MA的特异性插人序列ISI311为检测靶标设计引物,在60 C的退火温度下,建立鉴...目的基于SYBR Green I荧光染料建立鉴定鸟分枝杆菌(Mycobacterium avium.MA)的荧光PCR熔解曲线法,为临床鉴定MA提供简单、准确性高的分子生物学检测方法。方法以MA的特异性插人序列ISI311为检测靶标设计引物,在60 C的退火温度下,建立鉴定MA的SYBRGreenI荧光PCR熔解曲线方法,并对MA等21种分枝杆菌标准株和金黄色葡萄球菌等5种常见致病菌进行检测,评价方法的特异性、检测限;以hsp65、16S rDNA普通PCR扩增产物测序分析为“金标准”,鉴定200株分枝杆菌临床分离株,评估建立方法鉴定MA的准确性。结果SYBRGreenI荧光PCR熔解曲线方法在30个循环内能准确鉴定出21种分枝杆菌标准株和5种致病菌中的MA.检测限为5.6x 102 ng/μL。200株分枝杆菌临床分离株中,以PCR测序鉴定出16株MA和184株其他分枝杆菌,以SYBR Green I荧光PCR熔解曲线方法鉴定出15株MA和185株非MA;本研究建立的方法和测序方法对MA的鉴定率差异无统计学意义(P>0.05);两法符合率为99.5%(199/200),一致性较高(Kappa值>0.75,P<0.01);建立方法的敏感性为93.8%(15/16),特异性为100.0%(184/184),阳性预测值为100.0%(15/15),阴性预测值为99.5%(184/185)。结论以MA特异性重复序列ISI311为基础建立的SYBR Green I荧光PCR熔解曲线方法,具有较高的灵敏度和特异性,为MA的临床检测提供新的途径。展开更多
目的 建立SYBR Green I实时荧光PCR定量检测人类BMI-1 mRNA的方法。方法 以含有目的基因BMI-1 cDNA的质粒pEGFP-BMI-1为阳性模板,进行纯化和定量及系列稀释,应用SYBR Green I实时荧光定量PCR检测BMI-1,建立标准曲线,熔解曲线分析产物的...目的 建立SYBR Green I实时荧光PCR定量检测人类BMI-1 mRNA的方法。方法 以含有目的基因BMI-1 cDNA的质粒pEGFP-BMI-1为阳性模板,进行纯化和定量及系列稀释,应用SYBR Green I实时荧光定量PCR检测BMI-1,建立标准曲线,熔解曲线分析产物的特异性。结果 该法检测的线性范围为6.4×10^1~6.4×10^7拷贝,相关系数r为-1.00,6.4×10^3拷贝/反应的标本批内变异系数(CV)和日间CV分别为1.6%和2.8%。熔解曲线分析显示单一的峰,Tm为(80.40±0.18)℃。结论 SYBR Green I实时荧光PCR定量检测BMI-1 mRNA是快速有效、灵敏度高、特异性好的方法,可为BMI-1的进一步研究奠定基础。展开更多
文摘为了建立一种敏感、特异的致对虾急性肝胰腺坏死病(AHPND)的一类弧菌(VpAHPND)的荧光定量PCR(qPCR)检测方法,本研究根据Gen Bank中该类弧菌(本研究所用的VpAHPND为副溶血弧菌变异株,下同)PirB毒素基因(KU145397),设计q PCR扩增引物,并采用该引物经PCR扩增PirB基因片段,构建重组质粒p MD18-T-PirB并经PCR和测序鉴定正确后作为质粒标准品。以10倍倍比稀释的重组质粒标准品进行q PCR扩增,建立标准曲线,并经反应条件优化初步建立了检测该类VpAHPND的SYBR Green I q PCR方法。以白斑综合征病毒、传染性皮下及造血组织坏死病毒、虾虹彩病毒、虾肝肠胞虫及该VpAHPND的基因组DNA为模板,采用本研究建立的SYBR Green I q PCR方法检测,评估该方法的特异性;以8.3×10^(1)拷贝/μL~8.3×10^(8)拷贝/μL的质粒标准品作为模板,利用本研究建立的SYBR Green I q PCR以及常规PCR检测,比较两种方法的敏感性;以3个不同浓度的质粒标准品作为模板,利用该方法分别进行批内和批间重复性试验,评估该方法的重复性。建立的该q PCR方法的标准曲线显示,各浓度的质粒标准品的拷贝数与其Ct值均呈良好的线性关系,相关系数R^(2)为0.998。特异性试验结果显示,该方法仅能检出VpAHPND,而其他病原均为阴性结果,特异性强;敏感性试验结果显示,该方法对质粒标准品的检测限为83拷贝/μL,敏感性是水产行业标准常规PCR的1000倍。重复性试验结果显示,批内和批间重复性试验变异系数分别在0.31%~0.81%和2.05%~4.34%,重复性好。利用该方法对61株虾源弧菌样品检测,结果显示阳性检出率为29.5%(18/61),阴性样品检测率为70.5%(43/61),与行业标准的常规PCR检测方法结果完全一致,二者的阳性符合率为100%,总符合率为100%。本研究建立了一类致对虾VpAHPND的SYBR Green I q PCR检测方法,该方法特异性强、敏感性高、重复性好,为AHPND的诊断、监测与流行病学调查提供技术支撑。
文摘根据克隆得到的迟缓爱德华氏菌gyrB基因序列设计并合成一对特异性引物,通用性和特异性检测结果显示所设计的引物具有良好的种间特异性和种内通用性,构建含gyrB基因的重组质粒作为标准品,经过反应体系优化后建立了检测迟缓爱德华氏菌的SYBR Green I实时荧光定量PCR检测方法。结果显示,该方法线性关系良好,在T m为63℃时,扩增产物的熔解曲线仅有一个单特异峰,扩增所得标准曲线为y=-3.32x+39.38,相关系数为0.998,扩增效率为1.00,最低能检测到60个拷贝。应用建立的方法对人工感染的大菱鲆病样进行了检测,3个被检样品均呈阳性反应,证明该方法具有较好的适用性。研究表明,所建立的实时荧光定量PCR方法具有特异、敏感、快速、定量的优点,可用于迟缓爱德华氏菌病的快速检测。
文摘为建立快速检测鹅星状病毒(GAstV)的方法,本研究根据GenBank中GAstV ORF2基因序列设计1对特异性引物,构建重组质粒pMD19-T-GAstV,以其作为标准品建立了GAstV的SYBR Green I荧光定量RT-PCR检测方法。优化其反应条件及体系,进行特异性、敏感性和重复性试验以及临床样本检测。试验结果显示,除GAstV外,禽白血病病毒(ALV)、血清4型禽腺病毒(FAdV-4)、鸡传染性喉气管炎病毒(ILTV)和鸡传染性贫血病病毒(CIAV)等常见禽病病原利用该方法检测均呈阴性,表明其特异性良好;建立的荧光定量RT-PCR检出的最低模板含量为1μl 3.75×101拷贝,敏感性较高;组内和组间重复性试验变异系数均小于1%。利用该方法对来自安徽地区的32份临床样品进行检测,阳性检出率为43.75%,常规PCR方法阳性检出率为18.75%,阳性检出符合率100%,表明该方法可用于临床样品检测。该方法的建立为临床样品中GAstV的快速高效检测提供了技术支持。
文摘根据GenBank已发表的HCV 5’NTR核苷酸序列设计一对特异性引物,扩增位置在整个基因的221~377位,片段长度为167bp。提取由厦门出入境检验检疫局技术中心动物实验室保存的HCV细胞毒的RNA,并反转录成cDNA,以此cDNA为模板建立了SYBR Green I实时定量PCR检测猪瘟病毒的方法,并用该方法检测送检的临床疑似病料。结果表明:本研究建立的HCV-SYBR Green I PCR特异性强,与FMDV、PCV2、PRRSV、PPV、PRV等常见猪病毒病病原没有交叉反应;灵敏度高,可以检测到5.3×10^2的病毒拷贝数;操作简单,耗时短,只需3h即可完成整个试验过程,可初步用于临床检测。
文摘灿烂弧菌Vibrio splendidus是多数海水养殖动物的主要致病菌,对养殖业危害较大。本研究根据灿烂弧菌gyrB基因的保守序列设计特异性引物,建立了SYBR Green I实时定量PCR检测灿烂弧菌的方法。构建含gyrB基因的重组质粒作为标准品,进行SYBR Green I实时定量PCR,在Tm为62℃时,扩增产物的熔解曲线仅有一个单特异峰,扩增所得标准曲线为y=-3.338x+37.67,相关系数为0.999,扩增效率为0.99,最低能检测到20个拷贝。实验结果表明,该检测技术具有较高的特异性、敏感性和重复性,对灿烂弧菌病的快速诊断和流行病学调查有重要意义。
文摘根据哈维氏弧菌(Vibro harveyi)溶血素基因vhhP2的保守序列设计特异性引物,建立了SYBR Green I实时定量PCR检测哈维氏弧菌的方法。构建含vhhP2基因的重组质粒作为标准品,进行SYBR Green I实时定量PCR,在Tm为60℃时,扩增产物的熔解曲线仅有一个特异峰,扩增所得标准曲线为y=–3.331x+37.48,相关系数为0.998,扩增效率为1,最低可检测到7个拷贝。实验结果表明该检测技术具有较高的特异性、敏感性和重复性,对哈维氏弧菌病的快速诊断和流行病学调查有重要意义。
文摘目的建立SYBR Green I荧光PCR快速检测登革热病毒的方法。方法以通用引物对标准株提取物和血清样本进行RT-PCR扩增,同时以SYBR Green I标记进行实时PCR扩增,分析其灵敏性特异性和重复性。结果标准毒株的扩增结果与预期结果相同,测序结果显示实验结果序列与标准株序列一致。实验的灵敏性特异性和重复都较高。结论SYBR Green I荧光PCR检测登革热病毒的方法是一个快速、准确检测登革热的方法,但它更适用于早期传染病监测。
文摘根据GenBank中猪细小病毒VP2基因序列设计特异性的引物,PCR扩增获得猪细小病毒VP2基因片段,并克隆到p MD-18T载体上作为阳性标准品。通过对SYBR Green I荧光定量PCR反应条件的优化,建立了猪细小病毒的SYBR Green I荧光定量PCR诊断方法,以此为基础研制出试剂盒。试剂盒扩增产物的熔解曲线分析只出现1个单特异峰,无引物二聚体,对PRV、PCV-2、E.coli、CSFV、PRRSV均无阳性信号扩增,可重复性好,测灵敏度可达1.0×101拷贝/μL。结果表明,研制的猪细小病毒SYBR Green I实时荧光定量PCR试剂盒具有特异、灵敏、快速、重复性好等优点,适合于猪细小病毒临床样品的检测。
文摘以富含胸腺嘧啶(thymine)的Hg^(2+)特异性DNA为识别元件,利用SYBR GREEN I分子光"开关"的特性,建立了一种高灵敏、高选择性荧光均相检测Hg^(2+)的新方法。该检测体系由两条非标记、含有5个thymine-thymine(T-T)错配碱基对的DNA探针组成。T-T错配使两条DNA探针以单链形式存在于溶液中,而Hg^(2+)通过T-Hg^(2+)-T配位作用可以与两条DNA探针结合并形成稳定的双链结构。在优化条件下,荧光强度与Hg^(2+)浓度在0-100 nmol/L范围呈线性,检测限为2nmol/L(S/N=3),而其他金属离子也不会对Hg^(2+)检测造成干扰。该方法简单快速,有望应用于水体中Hg^(2+)的检测。
文摘为建立延边白鹅CD4与CD8基因在细胞免疫中的动态变化的检测方法,本研究根据CD4与CD8基因保守区分别设计两对特异性引物,在克隆目的基因的基础上,进行TA克隆和转化,构建的阳性质粒作为标准品,经反应条件优化建立了检测延边白鹅CD4与CD8基因的荧光定量PCR方法,并进行特异性、敏感性和重复性试验。结果显示,建立的SYBR Green I荧光定量PCR方法在质粒标准品稀释倍数为101~108倍(CD4:1.2×10^8拷贝/μL^1.2×10^1拷贝/μL;CD8:1.8×10^8拷贝/μL^1.8×10^1拷贝/μL)范围内具有良好的线性关系,相关系数均为0.999,与其它相关鹅细胞因子基因不发生交叉反应,敏感性均是普通PCR的100倍,组内和组间变异系数均小于2%。初步应用本研究建立的方法检测鹅脾脏淋巴细胞CD4与CD8基因的转录水平,结果显示ConA可诱导目的基因转录水平升高,且显著高于PBS对照组(p<0.05)。本研究建立的SYBR Green I荧光定量PCR方法为进一步研究鹅细胞免疫水平和CD4、CD8生物学活性奠定了基础。
基金Supported by Shandong Provincial Natural Science Foundation(ZR2012CQ012)Shandong Provincial Technical Innovation Grant(201220916006)Special Fund for Applied Technology Research and Development of Binzhou City(200706)
文摘[ Objective] This study aimed to establish a rapid, sensitive and specific SYBR Green I real-time quantitative PCR assay for the detection of latent pseudorabies virus (PRV) infection. [ Method ] SYBR Green I real-time quantitative PCR conditions and system for early detection of latent pseudorabies virus in- fection were optimized and compared with conventional PCR to investigate the sensitivity and specificity. Subsequently, the established assay was applied to detect different clinical samples. [ Result] The sensitivity of SYBR Green I real-time quantitative PCR assay (52 copies/μl) was 1 000 times higher than that of conven- tional PCR (5.2×1^04 copies/μl) and the detection time was shortened by 1/2. The established assay could be used to detect PRV but could not be used to detect PCV2, PPV, CSFV or PRRSV. Various tissues were collected from Bama miniature pigs with latent PRV infection under sterile conditions for real-time PCR detection. Results showed that viral copy number in the brain, nasal swab, inguinal lymph node, liver, lung and spleen was above 20, while PRV was not detected in the kidney and heart tissues. [ Conclusion] The established SYBR Green I real-time quantitative PCR assay for PRV/.AT detection was specific, sensitive and rapid, which could be used for pathogen monitoring, epidemiological investigation and quantitative study of PRV.
文摘为建立鸽I型腺病毒(PIAdV-I)的快速检测方法,本研究根据PIAdV-I Fiber 2基因的保守区域设计特异性引物,通过优化反应条件,建立了快速检测PIAdV-I的SYBR Green I荧光定量PCR(qPCR)方法。建立的SYBR Green I qPCR方法的标准曲线结果显示,重组质粒标准品pMD19-Fiber在1×10^(3)拷贝/μL^(1)×10^(8)拷贝/μL时和Ct值之间的线性关系良好,相关系数R~2=0.995,扩增效率为90%。利用建立的qPCR方法对鸽II型腺病毒(PIAdV-II)Fiber 2基因保守区质粒标准品、鸽圆环病毒(PICV)、新城疫病毒(NDV)、多杀性巴氏杆菌(PM)和禽致病性大肠杆菌(APEC)的检测结果均为阴性,仅PIAdV-I检测为阳性,特异性强;该方法对浓度为1×10^(0)拷贝/μL^(1)×10^(8)拷贝/μL的重组质粒标准品进行检测,结果显示最低检测限为1×10^(2)拷贝/μL,而普通PCR最低检测限为1×10^(4)拷贝/μL,表明qPCR方法的敏感性更强;该方法批内、批间重复性试验的变异系数分别小于1%和2%,重复性好。利用建立的qPCR方法和普通PCR方法对从呼和浩特市某赛鸽公棚随机采集的30份鸽肝脏样品进行PIAdV-I检测,结果显示前者的阳性检测率为63.3%(19/30),普通PCR方法的阳性率为36.7%(11/30),两种方法的阳性符合率均为100%。本研究首次建立PIAdV-I的q PCR检测方法,为鸽PIAdV-I的感染提供了敏感、快速的检测手段。
文摘目的基于SYBR Green I荧光染料建立鉴定鸟分枝杆菌(Mycobacterium avium.MA)的荧光PCR熔解曲线法,为临床鉴定MA提供简单、准确性高的分子生物学检测方法。方法以MA的特异性插人序列ISI311为检测靶标设计引物,在60 C的退火温度下,建立鉴定MA的SYBRGreenI荧光PCR熔解曲线方法,并对MA等21种分枝杆菌标准株和金黄色葡萄球菌等5种常见致病菌进行检测,评价方法的特异性、检测限;以hsp65、16S rDNA普通PCR扩增产物测序分析为“金标准”,鉴定200株分枝杆菌临床分离株,评估建立方法鉴定MA的准确性。结果SYBRGreenI荧光PCR熔解曲线方法在30个循环内能准确鉴定出21种分枝杆菌标准株和5种致病菌中的MA.检测限为5.6x 102 ng/μL。200株分枝杆菌临床分离株中,以PCR测序鉴定出16株MA和184株其他分枝杆菌,以SYBR Green I荧光PCR熔解曲线方法鉴定出15株MA和185株非MA;本研究建立的方法和测序方法对MA的鉴定率差异无统计学意义(P>0.05);两法符合率为99.5%(199/200),一致性较高(Kappa值>0.75,P<0.01);建立方法的敏感性为93.8%(15/16),特异性为100.0%(184/184),阳性预测值为100.0%(15/15),阴性预测值为99.5%(184/185)。结论以MA特异性重复序列ISI311为基础建立的SYBR Green I荧光PCR熔解曲线方法,具有较高的灵敏度和特异性,为MA的临床检测提供新的途径。
文摘目的 建立SYBR Green I实时荧光PCR定量检测人类BMI-1 mRNA的方法。方法 以含有目的基因BMI-1 cDNA的质粒pEGFP-BMI-1为阳性模板,进行纯化和定量及系列稀释,应用SYBR Green I实时荧光定量PCR检测BMI-1,建立标准曲线,熔解曲线分析产物的特异性。结果 该法检测的线性范围为6.4×10^1~6.4×10^7拷贝,相关系数r为-1.00,6.4×10^3拷贝/反应的标本批内变异系数(CV)和日间CV分别为1.6%和2.8%。熔解曲线分析显示单一的峰,Tm为(80.40±0.18)℃。结论 SYBR Green I实时荧光PCR定量检测BMI-1 mRNA是快速有效、灵敏度高、特异性好的方法,可为BMI-1的进一步研究奠定基础。