人类Gfi1基因SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法的建立

目的建立测定人类Gfi1mRNA表达量的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法,为进一步研究新基因的功能奠定基础。方法以Gfi1基因为靶基因设计引物。构建携带Gfi1cDNA的质粒plox-Gfi1,经过纯化,质粒浓度测定,拷贝数的计算及10倍的梯度稀释制备标准品。应用ABI stepone PCR仪对Gfi1mRNA进行实时荧光定量PCR检测,建立标准曲线和熔解曲线。结果建立了Gfi1mRNA表达的实时荧光定量PCR方法,本法线性范围为6.36×102～6.36×108copies/μl,线性相关系数γ2为0.996,熔解曲线为单峰,Tm值为(89.98±0.22)℃,标准品的循环阈值批内变异系数和批间变异系数分别为1.35%～3.61%和1.49%～3.42%。结论本研究建立的Gfi1mRNA表达实时荧光定量PCR检测方法速度快,灵敏度高,特异性强,重复性及稳定性好,可用于Gfi1基因的定量检测。

犬瘟热病毒实时荧光定量PCR检测方法的建立

根据犬瘟热病毒N基因序列的保守区域,设计合成特异性引物,制备标准质粒,通过优化实时荧光定量PCR反应条件建立标准曲线,进行灵敏度、组内组间重复性、特异性试验。结果表明,该方法最低检出限度为2.77个拷贝,重复性、特异性良好,说明所建立的荧光定量PCR方法能够快速准确完成犬瘟热病毒检测。

实时荧光定量PCR技术的操作实践

采用Mx3000P型实时荧光定量PCR仪,以SYBRGreen I法相对定量技术为例,设计1例检测针对HIV-1 vpr基因的特异性siRNA基因沉默效果的实验。介绍了实时荧光定量PCR技术上机前样本的制备过程、检测程序及相关参数的设置方法等操作流程;结合熔解曲线、扩增曲线进行结果分析;强调了实验整体设计、引物设计与PCR反应体系的优化和内参的恰当选择在实时荧光定量PCR技术中的重要性。

一种新的引物二聚体形成机制

目的 通过SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR无模板测试技术,阐明引物二聚体形成的机制,解决PCR反应中引物二聚体形成的问题,推动SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR技术的应用.方法采用 SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR技术检测不同特点的典型引物对形成引物二聚体的Ct值,检测特异的反义核苷酸、短寡核苷酸对二聚体的影响,测试优化方案在HBV DNA定量检测中的效果.结果 SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR测试发现,3′端连续6～7碱基反向互补的引物对的Ct值：5.0、10.0、11.0;与另一引物中部连续6个碱基反向互补的Ct值：30.0、28.0、29.5;与另一引物5′末端连续6个碱基反向互补的引物对的Ct值：32.0、29.5、31.0.普通引物对测试的Ct值：27.5、29.0、31.0;中间部分同向相同的引物对测试的Ct值：36.5、43.0、39.0;同向相同的引物对未形成二聚体,反向相同引物对测试Ct值是30.5.低温预处理的短寡核苷酸促进二聚体形成,而在热启动PCR反应中无作用,特异的反义核酸抑制二聚体.PCR增效剂推后普通引物对的二聚体1个循环,推后部分同向相同的引物对的二聚体10个循环.中间部分相同的引物对检测低浓度质粒标准品比普通引物对检测结果更精确.结论 提出一种新的引物二聚体形成机制：引物对在3′末端碱基反向互补结合的基础上,借助剩余序列的同向互补力量拉近彼此在空间上的距离,从而进行延伸反应形成引物二聚体.中间偏3′端同向相同的引物对可以有效抑制引物二聚体,并且该作用可以被其他优化方法加强.

nklin大肠杆菌ompT基因的相对表达定量PCR方法的建立

目的建立ompT基因表达水平解析的定量方法。方法利用嵌合荧光（SYBR GreenI）标记，以编码甘油醛3-磷酸脱氢酶的看家基因gapA为内参基因，建立用于ompT基因表达水平解析的两步法实时定量反转录PCR。通过大肠杆菌的鸡体内感染模型，获取感染菌体，利用该定量PCR对感染菌体中ompT基因在感染鸡体内的表达水平进行了解析。结果成功建立了ompT基因表达水平解析的定量PCR。定量PCR结果显示，相对于体外培养，APECE058株ompT在鸡体内的表达上调了6．69倍。结论建立的ompT基因定量PCR方法稳定、可靠，可用于ompT表达水平的解析。