TTV1与TTV2 SYBR-Green I实时荧光PCR检测方法的建立和应用

为建立输血性传播病毒(TTV)基因1型(TTV1)和TTV基因2型(TTV2)的检测方法,本研究根据TTV1与TTV2基因的非编码区域序列差异,设计了2对特异引物,建立了鉴别TTV1和TTV2的SYBR-GreenⅠ实时荧光PCR方法。分别进行了特异性、敏感性及重复性检验,结果表明:重组质粒建立的标准曲线相关系数为99%;可以同时鉴别检测TTV1和TTV2,检测PCV2和PRRSV阳性样品均呈阴性,表明该方法具有良好的特异性;最低检出量为10 copies/μL;重复试验结果显示,TTV1组内和组间变异系数分别为0.14%和0.74%;TTV2组内和组间变异系数均为0.13%;检测现地采集的189份样品,TTV1阳性率32.3%,TTV2阳性率6.3%,TTV1和TTV2混合感染的阳性率28.6%。TTV检测方法的建立为猪群TTV病的流行病学调查提供了有效的手段。

猪伪狂犬病毒SYBR-GreenⅠ实时定量PCR检测方法的建立

利用PCR技术扩增出猪伪狂犬病毒gH基因中187 bp的片段,并克隆到pGEMT载体上,纯化的质粒作为PCR检测的标准模板,以10倍梯度稀释质粒为标准模板,进行SYBR GreenⅠ荧光定量PCR扩增并制作标准曲线,建立了猪伪狂犬病毒的荧光定量PCR检测方法.该方法检测灵敏度可达1.26×102拷贝.μL-1,与猪圆环病毒,猪细小病毒,猪繁殖与呼吸综合征病毒,猪瘟病毒不发生交叉反应,具有良好的特异性和重复性;对15份疑似病料进行了检测,发现均为荧光定量PCR阳性,而常规PCR只能检测出6份阳性.结果表明,建立的实时荧光定量PCR具有特异、敏感、快速、定量、重复性好等优点,可用于临床PRV感染的检测.

猪传染性胃肠炎病毒SYBR-Green I荧光定量PCR检测方法的建立

为了建立猪传染性胃肠炎病毒SYBR-Green I荧光定量PCR检测方法,利用RT-PCR技术扩增出猪传染性胃肠炎病毒N基因中324 bp的片段,并克隆到pGEM-T Easy载体上,纯化的质粒作为模板进行SYBR Green I荧光定量PCR扩增并制作标准曲线,建立了猪传染性胃肠炎病毒的荧光定量PCR检测方法.该方法检测灵敏度可达5×101拷贝数.μL-1,与猪伪狂犬病毒、猪蓝耳病毒、猪圆环病毒、猪瘟病毒、猪细小病毒、猪乙型脑炎病毒均不发生交叉反应,具有良好的特异性和重复性.结果表明,建立的实时荧光定量PCR具有特异、敏感、快速、定量、重复性好等优点,可用于临床TGEVN基因的检测.

猪伪狂犬病病毒野毒SYBR-Green Ⅰ实时荧光定量PCR方法的建立

根据猪伪狂犬病病毒(PRV)g I/g E基因序列,设计一对特异性引物,建立了鉴别PRV野毒感染的荧光定量PCR方法。该方法灵敏度达到102拷贝/μL,与猪圆环病毒2型(PCV2)、猪细小病毒(PPV)、猪瘟病毒(CSFV)、乙脑病毒(JEV)不发生交叉反应,具有良好的特异性和重复性;用PRV强毒攻毒仔猪,荧光定量PCR比普通PCR能更灵敏检出组织带毒量。该方法可以用于猪的组织样品,如脑、肺、扁桃体、淋巴结等样品中伪狂犬野毒的定量,可用于临床伪狂犬野毒感染的早期检测和定量分析猪伪狂犬病毒感染程度。

猪乙型脑炎病毒SYBR-GreenⅠ实时荧光定量PCR方法的建立

为建立猪乙型脑炎病毒(JEV)的定量检测方法,根据E基因序列,设计1对特异性引物,建立检测JEV的荧光定量PCR方法。结果显示,该方法灵敏度达到103拷贝/μL,对猪圆环病毒2型(PCV2)、猪细小病毒(PPV)、猪瘟病毒(CSFV)、猪伪狂犬病毒(PRV)均无交叉反应,具有良好的特异性和重复性;采用JEV攻毒小鼠,荧光定量PCR比普通PCR更能灵敏地检出组织带毒量。该方法可用于组织样品中乙脑病毒的定量检测以及临床乙脑病毒感染的早期检测和定量分析猪乙脑病毒感染程度。

狂犬病病毒SYBR-GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法的建立

狂犬病病毒为不分节段单链负股的RNA病毒,属弹状病毒科狂犬病病毒属。世界上几乎所有国家都有狂犬病发生,狂犬病病毒能够使所有温血动物发病致死,死亡率高达100%。本研究根据GenBank中的狂犬病病毒M基因序列,选择保守区域设计引物,通过对SYBR-GreenⅠ实时荧光PCR反应条件进行优化,建立了用于检测狂犬病病毒的SYBR-GreenⅠ实时荧光PCR方法。结果显示,建立的狂犬病病毒实时荧光定量PCR方法,具有特异性强、灵敏度高、重复性好的优点,是开展狂犬病的临床检测的有力工具。

SYBR-Green实时荧光PCR检测转基因番木瓜

分别以RBCL基因和PRSV-CP基因、PRSV-RP基因为内源基因和目标基因,设计了3对特异性引物,对转基因番木瓜进行了SYBRGreen实时荧光PCR检测.结果表明,RBCL基因引物对所有供试样品成功扩增,Ct值为15～16,PRSV-CP引物对转PRSV-CP基因番木瓜样品成功扩增,Ct值为20～25,PRSV-RP引物对转PRSV-RP基因番木瓜样品成功扩增,Ct值为21～22.运用熔解曲线进行产物分析,验证了试验结果的特异性和准确性.

山羊地方性鼻内肿瘤病毒(ENTV-2)SYBR-Green Ⅰ实时荧光定量PCR检测方法的建立与应用

【目的】建立一种快速、敏感的ENTV-2检测方法,用于ENT的早期诊断与流行病学调查。【方法】通过生物信息学的方法将ENTV-2与ENTV-1、ERVs、JSRV进行比对,寻找ENTV-2的保守序列并设计1对特异性引物,建立SYBR-GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法,对所建立的PCR反应条件进行优化,将PCR扩增产物连接T载体构建的阳性质粒作为标准品,对SYBR-Green Ⅰ实时荧光定量PCR检测方法的特异性、敏感性和重复性进行验证。【结果】建立的检测ENTV-2 qPCR方法标准曲线呈现良好的线性关系(R^(2)=0.992);该方法的特异性良好,对ENTV-2可以产生特异性扩增曲线,与ENTV-2高度同源的ERVs没有交叉反应,也无法扩增羊口疮病毒(ORFV)、绵羊肺炎支原体(Mo)、丝状支原体山羊亚种(Mmc)等常见病原;敏感性良好,最低检测限度为7.5×10^(2) copies·μL^(-1),敏感性可达常规PCR检测方法的100倍;批内、批间的变异系数CV<1%,重复性良好;对81份临床样品的阳性检出率为17.3%。【结论】建立的SYBR-Green Ⅰ实时荧光定量PCR方法特异性良好,敏感性较高,重复性良好,为山羊地方性鼻内肿瘤的早期、快速检测提供了技术支持。

蛳鱼诺卡氏菌SYBRGreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法的建立与应用

根据GenBank中蛳鱼诺卡氏菌16S-23S rRNA基因序列设计并合成一对特异性引物,经反应体系优化后建立了检测蛳鱼诺卡氏菌的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法。结果显示,该方法线性关系良好,标准曲线的相关系数为0.998;溶解曲线分析显示产物为单一的特异峰;检测灵敏度可达10 6μg/μL的DNA含量,与嗜水气单胞菌、大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、副溶血弧菌、麦氏弧菌不发生交叉反应,具有良好的特异性。应用建立的方法在蛳鱼诺卡氏菌病爆发时期,对16份鱼体组织、养殖水体、饲料等样品进行了检测,结果 7份为阳性,与细菌分离、培养检查结果 100%相符。既能检测发病鱼,又能检出未发病且已感染的病鱼,对病害的早期防控体现应用价值。结果表明,建立的实时荧光定量PCR方法具有特异、敏感、快速、定量等优点,可用于蛳鱼类致病鱼诺卡氏菌的快速检测。

布鲁氏菌RPA-SYBR Green Ⅰ快速检测方法的建立与应用

为了建立一种新型、稳定、可普遍应用的布鲁氏菌检测方法,试验将重组酶聚合酶扩增(recombinase polymerase amplification, RPA)方法与SYBR GreenⅠ结合,根据布鲁氏菌bcsp31基因序列保守区设计1对特异性引物和1条标有biotin、dSpacer、C3 Spacer的特异性探针,建立一种可以检测布鲁氏菌的RPA-SYBR-GreenⅠ方法,对该方法的反应条件和反应体系进行优化,并分析敏感性和特异性,并用该方法和ELISA方法对临床样品进行检测。结果表明:试验成功构建出布鲁氏菌RPA-SYBR-GreenⅠ检测方法。该方法的最佳反应条件为手掌中孵育12 min,闭合手掌即可启动RPA扩增;引物与探针的最佳比例为2.5∶1;最低检测限为1×10^(1)cfu/mL,能够特异地检测出布鲁氏菌;对临床样品的检测结果与ELISA方法一致。说明试验建立的布鲁氏菌RPA-SYBR-GreenⅠ检测方法特异性强,敏感性高,检测速度快,操作简单。

猪伪狂犬病病毒SYBR-GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法的建立

根据GenBank中猪伪狂犬病病毒(PRV)gE基因的序列(EF552427),设计并合成1对引物。通过常规PCR扩增猪伪狂犬病病毒gE基因,将鉴定正确的gE基因片段克隆入pTG19-T载体中,转化大肠杆菌JM109,经PCR及测序鉴定后得到阳性重组质粒。以该阳性重组质粒为作为模板建立SYBR-GreenⅠ荧光定量PCR标准曲线和溶解曲线,并做灵敏性试验、特异性试验和重复性试验。结果表明,标准曲线循环阈值与模板浓度呈良好的线性关系,溶解曲线特异,相关系数为0.9999,最低检测的拷贝数为35.4拷贝/25μL,比常规PCR高10倍,特异性和重复性较好并能对样品进行定量检测等优点。本研究成功的建立了检测猪伪狂犬病病毒的SYBR-GreenⅠ荧光定量PCR方法,为该病的早期诊断及定量分析猪伪狂犬病病毒感染程度奠定了基础。

用SYBR-GreenⅠ实时荧光PER结合融解曲线分析法诊断α-地中海贫血

目的建立自动化、高通量、准确快速检测缺失型α-地中海贫血基因型的技术。方法应用SYBR-Greenl进行两个实时荧光聚合酶链反应（real-time fluorescence polymerase chain reaction with SYBR-Green 1，SYBR-PCR），检测左缺（-α^4.2）、右缺（-α^3.7）等位基因，同时进行融解曲线（dissociation calve，DC）和Tm（melting temperature）值分析。PCR产物重组到pCR2．1，重组子梯度稀释作为模板检测灵敏度，确定两种等位基因型（-α^4.2，-α^3.7）的检测下限，并对110份DNA样品进行检测。结果检测-α^4.2和-α^3.7的PCR产物长度分别为1．65kb、1．9kb，Tm分别为（81．5±0．5）℃、（82．5±0．5）℃，检测下限分别为9×10^2个拷贝、4．3×10^2个拷贝。该检测技术的灵敏度较常规PCR结合琼脂糖凝胶电泳法高10倍。结论SYBR-Greenl实时荧光PCR结合融解曲线分析及Tm分析可以灵敏、准确地检测-α^4.2、-α^3.7、αα（包括α^Tα）及--^SEA4种等位基因，从而为各种缺失型α-地中海贫血做出基因诊断。该技术具有自动化程度高，不需荧光标记探针，成本低，易质控，防污染，高通量等优点，适于临床推广应用。

龟源肺炎克雷伯菌SYBR-GreenⅠ荧光定量PCR检测方法的建立

本研究在黄喉拟水龟中分离的肺炎克雷伯菌基础上,根据肺炎克雷伯菌Ⅲ型菌毛的Mrk D基因序列设计引物,通过对SYBR-GreenⅠ荧光定量PCR反应条件、特异性、灵敏性实验进行调节优化,建立了肺炎克雷伯菌的SYBR-GreenⅠ荧光定量PCR检测方法。研究结果表明,建立的肺炎克雷伯菌荧光定量PCR方法,检测时间短,用时73 min;特异性强,对非肺炎克雷伯菌无交叉反应;灵敏度高,检测肺炎克雷伯菌DNA的最低检测量为2.78 fg。该方法的建立,为肺炎克雷伯菌的辅助诊断、流行病学调查、毒力基因的分析提供科学借鉴。

基于叶绿体DNA的籼-粳稻谷(米)SYBR-Green实时荧光PCR鉴定方法的建立

亚洲栽培稻分为籼稻(hsien或indica)和粳稻(keng或japonica)两个亚种。基于籼-粳稻叶绿体DNA(cpDNA)的PstⅠ-12片段ORF100区域的序列差异,即籼稻cpDNA的ORF100区域缺失69 bp的碱基片段,建立籼-粳稻亚种鉴定方法。本文选择典型的籼稻谷(米)样品(台籼11号)和粳稻谷(米)(东北珍珠大米)进行叶绿体DNA(cpDNA)PstⅠ-12片段的ORF100区域DNA的SYBR-Green实时荧光PCR扩增和测序,在籼-粳稻2个PCR产物序列比对的基础上,设计正向引物4条(F1-F4)、反向引物3条(R1-R3),组合成12对引物进行优化筛选,选出F4R1引物对。在粳稻样品中,检出cpDNA PCR产物片段长度为204 bp(非缺失型),荧光PCR扩增熔解温度Tm值为78.00;在籼稻样品中,检出cpDNA PCR产物片段长度为135 bp(cpDNA缺失型),荧光PCR扩增熔解温度Tm值为76.50。建立了籼-粳稻亚种SYBR-Green实时荧光PCR鉴定方法。基于上述实验结果,选择国内多个省份的典型籼/粳稻品种与籼/粳型杂交稻组合共538个,对该籼粳稻米亚种鉴定方法进行验证。在177个粳稻及粳型杂交组合样品中,cpDNA荧光PCR熔解温度Tm值为78.00的样品170个,与粳稻符合率为96.05%,Tm值为76.50的7个样品,不符合率为3.95%;在361个籼稻及籼型杂交稻样品中,Tm值为76.50的样品331个,与籼稻符合率为91.69%,Tm值为78.00的30个样品,不符合率为8.31%。本方法只检测一个遗传稳定的细胞质叶绿体DNA位点,用于籼-粳稻米的亚种鉴定,简便高效,准确率高。

杀鲑气单胞菌SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR检测方法的建立与应用

根据GenBank中杀鲑气单胞菌铁载受体(ferric siderophore receptor,fst A)基因序列设计并合成一对特异性引物,经过反应体系优化后建立了检测杀鲑气单胞菌的SYBR Green I实时荧光定量PCR检测方法。将fst A基因克隆到p MD18T载体上构建重组质粒pMD18T-fst A并制备标准曲线,结果显示该标准曲线的线性关系良好,扩增所得标准曲线为y=-4.255 2x+39.644,相关系数R2为0.988;熔解曲线分析显示产物为单一的特异峰。特异性检测结果表明,该方法对杀鲑气单胞菌及其亚种具有良好的特异性,与其他细菌不发生交叉反应;最低检测限为35拷贝/μL,较常规PCR的灵敏度高出约100倍。应用建立的方法对人工感染的虹鳟病样进行了检测,待检样品均呈阳性反应,表明该方法具有很好的适用性。研究表明,所建立的实时荧光定量PCR方法具有特异、灵敏、快速、定量的优点,可用于杀鲑气单胞菌的快速诊断及定量检测。

适用于流式细胞术的三角褐指藻核DNA染色方法

为制备可用于配置有488 nm激发器的流式细胞仪检测核DNA含量的三角褐指藻细胞,取对数生长期的三角褐指藻细胞,分别采用70%乙醇、1%戊二醛、1%甲醛溶液进行细胞固定,经RNase A消化后的样品用碘化丙啶(PI)染色,用SYBR-green I对未经RNase A消化的细胞染色,在荧光显微镜下观察细胞染色情况,用流式细胞仪检测细胞核DNA含量.结果显示:在荧光显微镜下观察到,3种不同固定液固定的细胞均表现为SYBR-green I只对藻细胞核染色,PI对于藻的细胞核与细胞质均有着色.流式结果的DNA直方图显示,SYBR-green I染色的细胞的DNA直方图有明显的G1与G2/M峰,拟合度(RCS)在3左右,变异系数(CV)在8.6%左右.而PI染色细胞的DNA直方图表现为变异系数值偏大,拟合度较低,没有明显的G1与G2/M峰.本研究表明,SYBR-green I是一种无需对细胞进行RNase A处理,可应用于配置有488 nm激光器流式细胞仪的核酸染料,可为研究在整个细胞周期的调控机制奠定基础,同时也为其他浮游植物细胞核的染色提供参考.

实时定量PCR技术检测麻疹病毒的感染与增殖

【目的】建立SYBR-Green RT-qPCR实验体系,通过实时定量PCR技术检测麻疹病毒的感染与增殖情况,为实现实时定量PCR检测病毒滴度奠定基础。【方法】以麻疹病毒N基因氨基端的405 bp片段为靶标,构建质粒标准品用于绘制绝对定量标准曲线。应用该法进行麻疹病毒增殖曲线的绘制和不同感染复数(MOI)接毒的情况下病毒的增殖情况检测。【结果】使用该体系检测出的已知滴度的麻疹病毒毒种参考品的拷贝数与滴度在6 lgCCID50/mL至2 lgCCID50/mL稀释范围内呈线性关系,两者相关系数r=0.991(P<0.01),呈显著性相关。根据检测出的麻疹病毒增殖曲线分析,麻疹病毒进入细胞后,48 h内主要在胞内进行增殖:在24 h内病毒在细胞内处于静默期,检测不到病毒RNA水平的增殖;24 h后病毒大量复制,进入指数增长阶段;于96 h达到顶点后,胞内病毒的RNA总量进入平台期。分泌到胞外的病毒从48 h开始进入指数增长阶段,于144 h病毒量到达顶点,进入平台期。【结论】已初步建立SYBR-Green RT-qPCR验体系并进行病毒增殖情况的监测,对病毒在细胞内增殖及分泌的情况有了初步的了解,为进一步检测减毒活疫苗病毒滴度提供了实验基础。