基于SYBR Green Ⅰ的茎-环Real-time PCR定量检测miRNA-7方法的建立

目的本研究旨在利用常规荧光燃料SYBR GreenⅠ,通过茎-环法设计原理,建立有效检测微小RNA-7(miR-7)的Real-time PCR方法。方法利用miRBase数据库获得miR-7的成熟体序列,分别设计1条miR-7特异性反转录引物,以及Real-time PCR上游和下游引物;观察不同退火温度和不同引物浓度对扩增miR-7的Ct值影响,选择最优的退火温度和引物浓度;测定不同稀释度RNA下Real-time PCR扩增miR-7的效果;并利用该方法检测小鼠4个器官中miR-7的灵敏性和特异性。结果在基于SYBR GreenⅠ的茎-环Real-time PCR检测法中,miR-7扩增的最优退火温度为60℃,最优引物浓度为10μmol/L;在不同稀释度RNA下miR-7的Ct值线性关系较好,且在模板RNA低于100 pg的条件下,该方法仍可有效检测miR-7分子;最后有效检测出小鼠4个不同器官中miR-7的差异性表达。结论成功建立基于SYBR GreenⅠ的茎-环Real-time PCR定量检测miRNA-7的方法,可为后续研究miR-7的生物学功能提供了重要工作基础。

寨卡病毒SYBR GreenⅠreal-time PCR方法的建立及应用

为建立一种针对寨卡病毒的快速诊断方法,本研究根据寨卡病毒的3’端保守基因序列,设计合成1对引物,建立了检测寨卡病毒的荧光定量PCR方法。结果显示:所建立的检测方法的Ct值与标准品在1.41×10^1~1.41×10^10^ copies/μL具有良好的线性关系,相关性为1,斜率为-3.502;灵敏性结果显示,该方法的检测限度为1.41×10^1 copies/μL,是普通PCR的10000倍;特异性结果显示,对CHIKV、DENV和JEV无特异性扩增,特异性强;重复性试验结果显示,组内和组间变异系数均小于1%,重复性好。本研究建立的SYBR Green I real-time PCR检测方法,可用于寨卡病毒感染的快速诊断。

SYBR Green Ⅰ Real-time PCR检测IFN-CSP对HepG2.2.15细胞内HBV-DNA影响

目的建立SYBR GreenⅠReal-time PCR检测HBV-DNA方法,并检测IFN-CSP对HepG2.2.15细胞内HBV-DNA影响。方法提取HepG2.2.15细胞DNA,PCR扩增后纯化,PCR纯化产物梯度稀释作为标准品,采用SYBR GreenⅠReal-time PCR检测,建立标准曲线,并分析方法的特异性、灵敏度、重复性和稳定性。运用建立的SYBR GreenⅠ方法检测IFN-CSP对HepG2.2.15细胞内HBV-DNA影响,并与Taqman方法进行比较。结果 SYBR GreenⅠReal-time PCR方法特异性、重复性及稳定性均较好,线性范围为107~102copies,检测灵敏度可达102copies。IFN-CSP对HepG2.2.15细胞内HBV-DNA具有抑制效果,且呈剂量依赖性。SYBR GreenⅠ方法与Taqman商业试剂盒检测结果差异无统计学意义。结论 SYBR GreenⅠReal-time PCR方法简便快速、结果准确、价格低廉,可以满足HBV-DNA拷贝数检测的需要。

猪瘟病毒野毒株与疫苗株双重SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法的建立

为建立猪瘟病毒(CSFV)兔化弱毒疫苗(C株)与野毒株的快速鉴别检测方法,本研究根据GenBank登录的CSFV C株与野毒株的E2基因序列差异,设计2对特异性引物,建立了同时检测C株与野毒株的双重SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法。应用该方法对CSFV野毒和疫苗株的最低检出量为10拷贝;检测牛病毒性腹泻病毒Ⅰ型、猪繁殖与呼吸综合征病毒、伪狂犬病病毒和猪圆环病毒2型4种病毒均呈阴性;批内、批间重复试验的变异系数均低于3%。应用该方法检测从黑龙江省各地区猪场采集的600份样品,结果表明野毒株的阳性率为30.5%。该方法可应用于CSFV野毒株和C株的鉴别检测。

山羊痘病毒SYBR Green Ⅰ实时定量PCR检测方法的建立

为了建立一种灵敏、特异、快速的山羊痘病毒实时定量检测方法,根据山羊痘病毒(AY077835)gp006基因序列,应用Beacon Designer 7.7软件设计合成一对PCR引物。将被检测的目的 DNA片段克隆PEASY-T1质粒,制备重组质粒标准品,以期建立以质粒拷贝数为单位的标准曲线。通过反应条件的优化及引物浓度的筛选,建立了山羊痘病毒SYBR GreenⅠ实时定量PCR(real-time PCR)检测方法,最佳引物浓度为400nmol/L。组内重复试验和组间重复试验变异系数均低于2%,最低检测限为1×101 copies/μL,上机检测时间在1h以内。用该方法对2011年流行于云南华坪、景谷及2003年流行于云南宣威、寻甸和昆明的山羊痘临床组织样品进行定量检测,结果送检组织样品抽提DNA中病毒含量分别为1.03×105、5.30×103、1.51×104、4.74×103、7.20×104 copies/μL。结果表明,所建立的real-time PCR具有灵敏、特异、快速的特点,适合于山羊痘临床组织样品的定量检测。

SYBR GreenⅠ荧光定量PCR检测宫颈癌血清中miR-21的表达

目的建立SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR法检测宫颈疾病患者血清中miR-21的表达水平,探讨miR-21在宫颈癌临床监测中的意义。方法设计miR-21、U6茎环逆转录引物和PCR扩增引物,以U6为内参,用实时荧光定量PCR检测32例不同宫颈疾病患者血清中miR-21表达水平。结果建立的实时荧光定量PCR法能特异地检测血清中的miR-21扩增信号,熔解曲线单一,产物特异。宫颈癌患者血清中miR-21水平明显高于子宫肌瘤、宫颈炎等其他良性宫颈疾病(P<0.05),而宫颈癌患者手术切除后血清中miR-21水平明显下降(P<0.05)。结论 SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR是一种快速简便、敏感性高、特异性好的检测方法,对宫颈癌早期诊断、分子分期和预后判断有很好的应用前景。

基于lolB基因的SYBR GreenⅠ实时定量PCR检测病原霍乱弧菌方法的建立

基于霍乱弧菌lolB基因保守序列设计1对特异性引物,建立了SYBR GreenⅠ实时定量PCR检测霍乱弧菌的方法。常规PCR检测仅霍乱弧菌扩增出大小为519bp的目的片段,其他3种病原弧菌均为阴性;SYBR GreenⅠ实时定量PCR,在Tm为86.5～87℃,扩增产物的熔解曲线只出现1个单特异峰,无引物二聚体,表明该引物具有较好的特异性。SYBR GreenⅠ实时定量PCR扩增曲线反映了PCR的指数增长阶段和平台阶段;所制作的标准曲线在2.59×108～2.59×100拷贝数之间有较好的线性关系,相关系数为0.993,能对霍乱弧菌进行准确的定量分析。该方法检测时间从核酸抽提到结果分析仅需4～5h,较传统方法敏感、操作简单、耗时短,是霍乱弧菌引起的水产动物疾病的快速诊断及流行病调查的有效方法。

同时检测猪圆环病毒2型、猪细小病毒、猪伪狂犬病病毒和猪细环病病毒1型和2型的多重SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR方法的建立

在集约化养殖条件下,猪场常见多种病毒混合感染。本试验研究的5种病毒与多种猪病相关,在全球范围的猪场造成了严重的经济损失。本研究建立了能同时检测和鉴别猪圆环病毒2型(PCV2)、猪细小病毒(PPV)、猪伪狂犬病病毒(PRV)和猪细环病病毒1型和2型(TTSuV1和TTSuV2)的多重SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法。该方法能够区分这5种病毒,且对其他DNA病毒检测证明了该系统的特异性。该多重实时荧光定量PCR灵敏度高,检测限为3.65×103～5.04×103拷贝DNA模板/反应。批内和批间变异系数低。该方法对临床样本的检测结果与特异性PCR方法检测结果符合率为100%。这种方法可能成为流行病学研究和疾病控制的有效工具。

酱油、烤鳗酱油DNA提取及原料成分的荧光PCR检测

用4种预处理方法对酱油进行浓缩,后采用CTAB沉淀法提取DNA,再用SYBRGreenⅠ荧光PCR分别检测人工添加的大米gos9基因、酱油原料成分(大豆Lectin基因和小麦Wx012基因)。结果显示:仅人工添加大米DNA、用CTAB沉淀液浓缩的预处理方法提取的酱油DNA中,大米gos9基因、大豆Lectin基因和小麦Wx012基因的检测结果均为阳性,表明这种方法最适于酱油DNA的提取。将建立的DNA提取方法用于3份酱油、4份烤鳗酱油同样有效,gos9基因检测结果均为阳性。2份酱油检出大豆成分,2份烤鳗酱油检出小麦成分,1份酱油和2份烤鳗酱油检出大豆成分和小麦成分。

荧光定量PCR检测异尖线虫类病原体

目的运用荧光定量PCR法检测异尖线虫类病原体。方法于鱼类内脏中检获6种异尖线虫类幼虫:抹香鲸异尖线虫、简单异尖线虫、内弯对盲囊线虫、带鱼针蛔线虫、灰海鳗对盲囊线虫和台湾海峡鱼类中一优势种对盲囊线虫。提取各虫体DNA,PCR扩增ITS-2序列,测序并进行数据库比对。依据测序结果设计特异引物,常规PCR检验引物特异性。将ITS-2序列扩增产物回收、纯化后经T克隆转入大肠埃希菌DH5α,提取重组质粒,鉴定后作为标准品模板建立荧光定量PCR标准曲线,并做敏感性和重复性试验。结果构建的荧光定量PCR标准曲线循环阈值与模板浓度呈良好的线性关系,相关系数均在0.998以上。重复性实验中,6种虫体对应的变异系数(cv)最小值为0.18%,最大值为2.80%,试验间平均cv最小值为0.55%,最大值为1.94%,无非特异性扩增,溶解曲线的特异性和重复性良好。灵敏度实验中,可检出的最低模板浓度为1×102拷贝/μl,比常规PCR灵敏度高100倍。结论初步建立了SYBRGreenⅠ荧光定量PCR检测异尖线虫类病原体的方法 。

双荧光标记定量PCR检测乙型肝炎病毒核酸

目的:探索SYBR GreenⅠ和TaqMan探针双标记荧光定量PCR(dFQ-PCR)检测乙型肝炎病毒核酸(HBV-DNA)的意义。方法:选择浓度为1011.70,108.70,106.70和<1×106.00copies/L的4种血清各1份,进行dFQ-PCR,同时以TaqMan探针和SYBR GreenⅠ单荧光标记PCR(sFQ-PCR)为对照,设置同一扩增和熔解曲线的循环参数,检测HBV-DNA含量及其熔解温度(Tm),每种方法一次检测每份血清5次。结果:dFQ-PCR检测的HBV-DNA阳性血的平均含量为1011.55±0.32,108.79±0.29,106.81±0.30,与TaqMan探针sFQ-PCR的1011.49±0.31,108.69±0.30,106.72±0.25copies/L对应浓度值取10对数比较,无统计学意义(t=0.31,0.54和0.27,均为P>0.05);与SYBRGreenⅠ染料sFQ-PCR的1011.41±0.35,108.21±0.34和106.26±0.26copies/L(不含未检出的两次血清)比较,中低浓度有统计学意义(t=2.90和2.62,P<0.05)。dFQ-PCR和SYBR GreenⅠ染料sFQ-PCR均出现明显熔解曲线,HBV-DNA含量为1011.70,108.70和106.70copies/L的Tm分别为79.8,71.8和72℃。结论:dFQ-PCR能同时检测HBV-DNA含量和Tm,为HBV含量及其基因分型的同步检测提供了新思路。

登革病毒SYBR Green Ⅰ real-time PCR方法的建立及应用

为建立灵敏、高效的登革病毒检测方法,本试验拟以包含登革病毒3′端保守序列的质粒pUC57-DENV为模板,建立检测DENV的荧光定量PCR方法。结果显示,该检测方法在4.88×10^1~4.88×10^9copies/μL范围内呈良好的线性关系,相关系数为0.999,斜率为-3.653。最低检测限度为4.88 copies/μL,对照组未出现特异性扩增,所有稀释度的标准品在80.20℃出现特异性熔解峰。组内和组间试验的变异系数均小于1%。本试验建立的SYBR Green Ⅰ荧光定量PCR方法,可为登革病毒早期检测提供技术支持。

犬圆环病毒Rep基因SYBR GreenⅠreal-time PCR方法的建立及应用

为建立一种检测犬圆环病毒的快速诊断方法,本试验拟采用普通PCR方法扩增犬圆环病毒Rep基因,将目的基因克隆到T-Vector pMD19 (Simple),以测序正确的重组质粒作为模板,建立针对犬圆环病毒Rep基因的SYBR GreenⅠreal-time PCR检测方法,并对该方法进行敏感性、特异性和重复性试验。结果显示,Ct值与标准品在6.18×10^9~6.18×10^2copise/μL范围内呈良好的线性关系,其相关性为0.998,斜率为-3.671。检测下限为6.18×10^1copies/μL,且对猪圆环病毒2型、猪圆环病毒3型、犬瘟热病毒、犬传染性肝炎病毒、犬细小病毒、犬副流感病毒、犬腺病毒2型、狂犬病病毒等均无特异性扩增,所有稀释度标准品模板均在86.45℃出现特异性熔解峰。通过对临床样品进行检测,本方法对犬圆环病毒核酸的检出率为9.72%(7/72)。结果表明,本试验成功建立了针对犬圆环病毒Rep基因的SYBR GreenⅠreal-time PCR方法,可实现对犬圆环病毒快速、灵敏及准确的诊断。

猪圆环病毒1型real-time PCR检测方法的建立

为了建立一种定量检测猪圆环病毒1型(PCV1)的实时荧光定量PCR方法,根据PCV1基因序列设计了1对特异性引物,并构建含有PCV1基因片段的重组质粒,以系列稀释后的重组质粒作为模板建立了定量检测PCV1的SYBR GreenⅠreal-time PCR方法,并绘制标准曲线,进行特异性、敏感性和重复性试验。结果显示,该方法的标准曲线的决定系数为0.999,显示出优良的线性关系;最低可准确检测320copies/μL的核酸模板,重复性试验的变异系数小于2%;该方法对PCV2、猪细小病毒、伪狂犬病病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒及猪瘟病毒等的检测结果均为阴性;对临床样品的检出率高于常规PCR方法。结果表明,建立的real-time PCR特异性强、灵敏度高、重复性好,可用于PCV1的检测与定量分析。

检测基孔肯雅病毒SYBR Green I real-time PCR方法的建立及应用

目的建立一种基孔肯雅病毒的快速诊断方法。方法采用基孔肯雅病毒E1基因的重组质粒作为阳性标准品。优化反应条件,建立针对基孔肯雅病毒的SYBR Green I real-time PCR检测方法,并对其特异性、灵敏性和重复性进行评价。结果建立的SYBR Green I real-time PCR检测方法的Ct值与阳性标准品在6.94×10~0~6.94×10~8 copies/μl范围内呈良好的线性关系,相关性为0.997,斜率为-3.571;其检测下限为0.694 copies/μl,且对ZIKV、DENV和JEV等均无特异性扩增;所有稀释倍数的标准品在84.0℃出现特异性熔解峰;组内和组间变异系数均小于2%。采用该方法对93份蚊虫样品进行检测,基孔肯雅病毒核酸阳性率为2.15%,普通PCR核酸阳性率为1.07%。结论成功建立了针对基孔肯雅病毒E1基因的SYBR Green I real-time PCR检测方法。该方法灵敏、特异,可用于基孔肯雅病毒感染的快速诊断。

基于toxR基因的SYBR GreenⅠ实时定量PCR检测病原副溶血弧菌方法的建立

基于副溶血弧菌toxR基因保守序列设计1对特异性引物,建立了SYBR GreenⅠ实时定量PCR检测副溶血弧菌的方法。常规PCR检测,副溶血弧菌扩增出大小为368bp的目的片段,其他4种病原细菌均为阴性;SYBRGreenⅠ实时定量PCR扩增曲线反映了PCR的指数增长阶段和平台阶段;在Tm为85℃,扩增产物的熔解曲线分析只出现1个单特异峰,无引物二聚体;所制作的标准曲线在2.7×108～2.7×102拷贝数之间有较好的线性关系,相关系数为0.998,能对副溶血弧菌进行准确的定量分析;该方法检测时间从核酸抽提到结果分析仅需4～5h,较传统方法敏感、操作简单,耗时短,是副溶血弧菌引起的水产动物疾病的快速诊断及食品中针对副溶血弧菌安全检测的有效手段。

应用SYBR GreenⅠ实时荧光PCR溶解曲线检测鹌鹑源性成分

根据GenBank中的鹌鹑线粒体DNA(mtDNA)12S RNA基因保守序列,用Primer5.0软件设计了1对针对鹌鹑的特异性扩增引物,建立了一种检测鹌鹑动物源性成分的SYBR GreenⅠ实时荧光PCR方法。通过SYBRGreenⅠ实时荧光PCR反应,同时进行溶解曲线和Tm值分析。结果表明:只有鹌鹑样品在Tm值为82℃下有特异的溶解曲线峰,而参考物种鸽子、鸡、鸭、鹅、鸵鸟、鹧鸪、牛、羊、猪、马、驴、鱼和空白对照,则无特异的溶解曲线峰,说明该引物只对鹌鹑有特异性。测序结果表明,鹌鹑组织SYBR GreenⅠ实时荧光PCR产物的核苷酸序列与GenBank中检索到的相应序列相吻合;该方法的检测灵敏度为0.001%。

猪细小病毒在ST细胞中增殖规律的动态分析

将猪细小病毒接种于ST细胞,于不同时间点收获病毒测定其病毒滴度与病毒拷贝数,以此分析该病毒在ST细胞上的增殖规律。细胞于感染后48 h开始出现细胞病变,84 h细胞出现脱落和崩解。TCID50结果显示,病毒感染后18 h即能检出病毒滴度,随后逐渐升高至72 h达到峰值(107.2/m L),其后逐渐下降。通过SYBR GreenⅠ实时定量PCR方法测定不同时间病毒体外感染细胞后的复制动态水平,病毒含量的增长于108 h达到峰值随后逐渐下降。通过对PPV在ST细胞中的体外复制动态分析结果表明感染后96~108 h为最佳收毒时间,这为利用细胞增殖病毒生产疫苗提供重要参考。

猪血凝性脑脊髓炎病毒在人工感染仔猪体内侵染过程和分布规律的研究

为研究血凝性脑脊髓炎病毒(HEV)在人工感染仔猪体内的侵袭过程和分布规律,本实验采用滴鼻的方式感染5头1日龄未食初乳仔猪,并在感染后每隔24 h迫杀1头仔猪,采集鼻黏膜、气管、口腔黏膜、舌、食管、胃、肠、心肌、肝、脾、肺、肾、各段脊髓和脑等组织脏器制作切片,通过间接免疫组织化学方法检测HEV在仔猪体内的动态侵袭过程。此外,采用SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR(Real-time PCR)方法检测病毒在各组织脏器中的分布情况。结果显示:感染病毒后2 d～3 d,仔猪出现精神沉郁、全身震颤等中枢神经系统症状,免疫组织化学检测可见病毒抗原首先出现于脑桥,并进一步蔓延至延髓和各段脊髓,最后进入小脑浦肯野氏细胞和大脑皮层锥体细胞中;Real-time PCR检测结果显示病毒广泛分布于大脑皮层、脑桥、延髓、脊髓和小脑等中枢神经系统的组织中,其中大脑皮层的检出率最高。

多药耐药基因1C3435T多态性对汉族儿童外周血单个核细胞mRNA表达的影响

目的探讨多药耐药基因1(multidrug resistance gene 1,MDR1)C3435T多态性与健康汉族儿童外周血单个核细胞中mRNA表达的关系。方法以130例(男性83例,女性47例)无亲缘关系的中国健康汉族儿童为研究对象,采用PCR-RFLP技术检测其MDR1基因C3435T位点的基因型,实时荧光定量PCR法检测其外周血单个核细胞中MDR1mRNA表达水平。结果 130例儿童中,51例为CC型,63例为CT型,16例为TT型,基因型频率分布符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05);CC、CT、TT各基因型组间外周血单个核细胞MDR1 mRNA表达水平差异无统计学意义(P>0.05)。结论汉族儿童中MDR1基因C3435T多态性对外周血单个核细胞中mRNA表达无显著性影响。汉族儿童C3435T位点多态性不能作为推测MDR1表达水平的依据。