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谷子籽粒类黄酮含量和粒色的QTL定位
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作者 秦娜 叶珍言 +6 位作者 朱灿灿 付森杰 代书桃 宋迎辉 景雅 王春义 李君霞 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第7期1719-1727,共9页
谷子(Setaria italica L.)是我国北方地区重要的粮食作物,籽粒营养丰富,且富含多种类黄酮物质,对生长发育和品质形成发挥着重要作用。目前谷子籽粒类黄酮合成及粒色形成相关调控机制研究较少。分析谷子类黄酮含量及粒色性状相关的QTL,... 谷子(Setaria italica L.)是我国北方地区重要的粮食作物,籽粒营养丰富,且富含多种类黄酮物质,对生长发育和品质形成发挥着重要作用。目前谷子籽粒类黄酮合成及粒色形成相关调控机制研究较少。分析谷子类黄酮含量及粒色性状相关的QTL,为类黄酮合成关键基因的精细定位、克隆及功能研究奠定基础,同时,也为揭示谷子类黄酮合成及代谢机制和培育富含类黄酮谷子品种提供技术支撑。本研究以红粒色高类黄酮品种金苗红酒谷和黄粒色低类黄酮品种豫谷28为亲本构建的包含150个家系的重组自交系(RIL)群体为试验材料,在谷子成熟期对籽粒粒色和类黄酮含量相关性状进行分析。同时,采用复合区间作图法(composite interval mapping,CIM)对粒色和类黄酮含量进行QTL定位与分析,并对QTL置信区间内的候选基因进行预测。相关性分析表明,类黄酮含量与粒色呈显著正相关。共定位到4个与类黄酮含量相关和11个与粒色相关的QTL,分别位于1号、2号、5号、6号、7号、8号和9号染色体上,单个QTL的表型贡献率为2.01%~29.25%,6个为主效QTL,其中,qSC1-2和qFLA1-1、qSC7-1和qFLA7-1、qSC9-3和qFLA9-1为2个性状下共同定位到的QTL。通过基因预测与功能注释,筛选出QTL置信区间内5个与类黄酮物质合成及代谢相关的候选基因,表明类黄酮物质的合成、代谢及利用相关基因极有可能控制了这些基因的表达。15个QTL分别聚集于7条染色体上,基于基因功能注释,共筛选了5个与谷子类黄酮合成及代谢相关的候选基因,表明不同QTL位点参与到了共同遗传机制,并可通过分子标记辅助选择进行类黄酮合成及代谢等有利基因的聚合育种。 展开更多
关键词 谷子 类黄酮含量 粒色 qtl定位 候选基因
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柞蚕高密度遗传图谱构建及体色性状QTL初步解析
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作者 焦阳 姜晓旭 +4 位作者 赵贺 谌苗苗 徐亮 钟亮 李喜升 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期321-330,共10页
为构建柞蚕高密度遗传图谱并对体色性状进行QTL初步解析,采用Super-GBS技术对115个柞蚕样品(2个亲本、3个F_(1)代个体、110个BC_(1)M个体)开展测序及基因分型,并利用区间作图法对体色性状进行QTL定位分析及候选基因发掘。结果得到柞蚕... 为构建柞蚕高密度遗传图谱并对体色性状进行QTL初步解析,采用Super-GBS技术对115个柞蚕样品(2个亲本、3个F_(1)代个体、110个BC_(1)M个体)开展测序及基因分型,并利用区间作图法对体色性状进行QTL定位分析及候选基因发掘。结果得到柞蚕首张遗传图谱,全长4059.163 cM,平均遗传距离为1.17 cM,共有3466个标记分配到48个连锁群上;QTL定位分析共得到11个与体色性状相关的位点,分布在4个连锁群上,单个LOD范围1.92~16.86,其中在连锁群LG8与LG41上共获得9个QTL;在候选区间内进行基因挖掘,共得到11个候选基因。得到的候选基因为柞蚕体色性状调控机制研究提供了线索,助力柞蚕生物育种研究的开展。 展开更多
关键词 柞蚕 遗传图谱 qtl定位 体色 候选基因
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利用QTL-Seq结合分子标记定位粳稻垩白粒率控制位点qChalk8
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作者 杜彦修 孙文玉 +4 位作者 袁泽科 张倩倩 李富豪 李俊周 孙红正 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期665-671,共7页
[目的]垩白是影响稻米外观品质的重要性状。本研究旨在利用QTL-Seq和分子标记作图定位粳稻垩白粒率调控相关的QTL。[方法]利用高垩白粒率粳稻材料拉木加和低垩白粒率粳稻品种水晶3号构建F_(2)分离群体,将两份独立的F_(2)群体分别种植于... [目的]垩白是影响稻米外观品质的重要性状。本研究旨在利用QTL-Seq和分子标记作图定位粳稻垩白粒率调控相关的QTL。[方法]利用高垩白粒率粳稻材料拉木加和低垩白粒率粳稻品种水晶3号构建F_(2)分离群体,将两份独立的F_(2)群体分别种植于河南原阳和海南三亚,两个群体单株垩白粒率考种后分别选取极端个体混池进行QTL-Seq分析,然后使用分子标记作图对稳定的QTL进行验证。[结果]两个F_(2)群体的QTL-Seq分析发现8号染色体存在一个较为稳定的QTL位点qChalk8。进一步通过分子标记作图将该QTL定位于17.6-18.5Mb,该QTL位点的LOD值为7.08,表型贡献率为15.9%。[结论]利用QTL-Seq和分子标记作图定位了粳稻垩白粒率相关QTL-qChalk8,为粳稻垩白调控基因进一步的精细定位和基因克隆奠定了基础。 展开更多
关键词 水稻 垩白 垩白粒率 qtl-Seq qtl定位
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大豆株型与产量相关性状QTL定位及候选基因预测
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作者 滕卫丽 高鹏 +7 位作者 刘晨煦 赵慧艳 岳阳 史飞飞 林峰 赵雪 韩英鹏 李文滨 《东北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期1-13,共13页
为探究与大豆株型和产量相关QTL位点及候选基因,对以东农42(♀)和东农50(♂)为亲本,与168个家系构建的F_(2:12)、F_(2:13)重组自交系(Recombination inbred lines,RILs)群体的株高、分枝数、四粒荚数、百粒重性状测定表型数据,运用IBM S... 为探究与大豆株型和产量相关QTL位点及候选基因,对以东农42(♀)和东农50(♂)为亲本,与168个家系构建的F_(2:12)、F_(2:13)重组自交系(Recombination inbred lines,RILs)群体的株高、分枝数、四粒荚数、百粒重性状测定表型数据,运用IBM SPSS Statistics、R语言进行统计和相关性分析,并利用完备区间作图法(Inclusive composite interval mapping,ICIM)进行加性效应及上位效应分析,共计定位到43个QTL位点,贡献率超过10%的主效位点为14个,包括株高3个、分枝数8个、四粒荚数1个和百粒重2个;其中11个位点与前人已报道位点重合,分别位于4、6、8、16和19号染色体上;qBN-6-2(13.21%)、qBN-6-5(19.96%)和qBN-6-6(13.69%)为3个环境重复定位到的位点,qHSW-19-1与多个已报道位点均有重合。通过上位性分析,获得株高、分枝数、四粒荚数和百粒重位点分别为3、6、6和62对。根据所定位到的物理区间和定量预测,筛选到Glyma.04G238800、Glyma.03G181600、Glyma.08G271900、Glyma.18G278800和Glyma.19G187000等5个与株高、分枝数、四粒荚数和百粒重性状相关的候选基因,为分子辅助育种奠定基础。 展开更多
关键词 大豆 株高 分枝数 四粒荚数 百粒重 qtl
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玉米南方锈病主效抗病QTL的鉴定和效应分析
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作者 李志敏 李政 +1 位作者 丁俊强 田志强 《河南农业科学》 北大核心 2024年第7期109-116,共8页
以玉米南方锈病感病自交系Lx9801为母本、抗病自交系TY4为父本构建了含有165个家系的BC_(1)F_(4)群体,利用23K SNP芯片对亲本和BC_(1)F_(4)群体进行基因型分型,共筛选出4654个亲本间具有多态性的SNP标记,构建高密度的遗传连锁图谱,结合... 以玉米南方锈病感病自交系Lx9801为母本、抗病自交系TY4为父本构建了含有165个家系的BC_(1)F_(4)群体,利用23K SNP芯片对亲本和BC_(1)F_(4)群体进行基因型分型,共筛选出4654个亲本间具有多态性的SNP标记,构建高密度的遗传连锁图谱,结合群体在3个环境下的抗性鉴定结果,共检测到6个QTL,可以解释3.93%~17.87%的表型变异。其中位于第6染色体上的qSCR6.01在3个环境中都检测到,可以解释最大17.87%的表型变异,是一个稳定的QTL。利用TY4与Lx9801组配的包含366个家系的BC1F5群体,对qSCR6.01进行精细定位,结合抗病区域内的标记开发和关键重组单株的抗性鉴定,将抗性位点定位在M2与M3标记之间,区间大小为4.09 Mb,此抗病位点暂被命名为RppT。 展开更多
关键词 玉米 南方锈病 抗病qtl 精细定位
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栽培花生籽仁面积和周长性状的QTL定位分析
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作者 钟文 胡晓辉 +5 位作者 杨国群 王素雯 苗华荣 张胜忠 陈静 王菲菲 《花生学报》 北大核心 2024年第3期1-8,共8页
籽仁面积和周长是影响花生籽仁大小和外观的重要性状。本研究以‘鲁花11号’ב06B16’构建的重组自交系(recombinant inbred line,RIL)群体为试验材料,对花生籽仁面积和籽仁周长在4个环境进行性状考察及QTL定位分析。基于表型数... 籽仁面积和周长是影响花生籽仁大小和外观的重要性状。本研究以‘鲁花11号’ב06B16’构建的重组自交系(recombinant inbred line,RIL)群体为试验材料,对花生籽仁面积和籽仁周长在4个环境进行性状考察及QTL定位分析。基于表型数据和高密度遗传图谱信息,在A04和B06染色体上定位到15个与籽仁面积和籽仁周长性状相关的QTL,其中8个与籽仁面积相关,7个与籽仁周长相关。控制籽仁面积和周长的主效位点qSAB06.1d和qSPB06a在多个不同环境均能检测到,表型贡献率为9.52%~33.78%,其增效等位基因均来自鲁花11号,共定位在B06染色体138.53~140.76 Mb区域内。对主效位点qSAB06.1d/qSPB06a进行功能注释,鉴定到3个编码转运蛋白、1个编码ABA受体PYL和1个编码钙调磷酸酶的基因,它们可能是调控花生籽仁面积和周长的候选基因。本研究将为花生产量和外观性状的精细定位和遗传改良奠定理论基础。 展开更多
关键词 花生 籽仁面积 籽仁周长 qtl定位
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基于WGS构建葡萄高密度遗传图谱及抗炭疽病QTL定位
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作者 潘凤英 曲俊杰 +4 位作者 黄羽 韦荣福 郭泽西 尹玲 孙大运 《中外葡萄与葡萄酒》 北大核心 2024年第3期30-37,共8页
葡萄炭疽病是一种危害葡萄成熟果实的真菌病害,严重影响葡萄的产量和品质。美洲种葡萄具有适应南方湿热气候且高抗炭疽病的特点,因此构建美洲葡萄高密度分子遗传图谱,定位其抗炭疽病QTL,利用其中的抗病基因指导葡萄抗病育种具有重要意... 葡萄炭疽病是一种危害葡萄成熟果实的真菌病害,严重影响葡萄的产量和品质。美洲种葡萄具有适应南方湿热气候且高抗炭疽病的特点,因此构建美洲葡萄高密度分子遗传图谱,定位其抗炭疽病QTL,利用其中的抗病基因指导葡萄抗病育种具有重要意义。本研究以美洲葡萄‘C30-5-1’165株自交后代为作图群体,基于全基因组测序(WGS)开发SNP标记,构建遗传图谱,并对葡萄抗炭疽病QTL进行分析。构建的葡萄分子遗传图谱总遗传距离为3138.74 cM,相邻标记间平均遗传距离为0.98 cM,分布均匀。根据群体炭疽病抗性表型数据,在11号连锁群上检测到1个炭疽病抗性相关QTL,命名为Cgr2,可解释表型变异5.0%,是一个微效QTL。与葡萄参考基因组比对分析发现,该QTL区域包含2个候选抗性基因,分别编码UDP糖基转移酶和类黄酮3’-单加氧酶,它们可能对葡萄炭疽病抗性起重要作用。 展开更多
关键词 葡萄 遗传图谱 抗炭疽病 qtl定位
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基于高世代姊妹系发掘玉米穗长性状QTL及候选基因 被引量:1
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作者 孙瑞东 李艺萌 +6 位作者 黄然 刘颖 周筱航 丁明阳 刘新航 吕香玲 李凤海 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期270-278,共9页
玉米穗长通过影响穗粒数,进而影响产量,是育种改良的重要目标性状之一。发掘与穗长性状相关QTL和基因对穗长性状的遗传改良具有重要意义。本研究以一对穗长具有显著差异的高世代姊妹系为亲本,构建F2群体并自交得到F2:3,利用Maize6H-60K... 玉米穗长通过影响穗粒数,进而影响产量,是育种改良的重要目标性状之一。发掘与穗长性状相关QTL和基因对穗长性状的遗传改良具有重要意义。本研究以一对穗长具有显著差异的高世代姊妹系为亲本,构建F2群体并自交得到F2:3,利用Maize6H-60K基因芯片分别对亲本及F2群体进行基因型分析,并通过ICIM、GCIM和dQTGseq 3种方法对F2和F2:3群体的穗长进行QTL定位。结果表明,3种方法共定位到7个与穗长相关QTL位点和43个QTNs,解释了2.04%~10.24%的表型变异。交叉分析不同方法得出的定位结果,在6号染色体上发现一个调控穗长的稳定QTL qEL6.01。根据定位区间内基因注释的结果,并结合参考基因的表达谱数据,共筛选出5个在雌穗中表达的候选基因:Zm00001d035514、Zm00001d035526、Zm00001d035537、Zm00001d035553和Zm00001d035535。本研究结果为玉米穗长基因的克隆及育种改良奠定了基础。 展开更多
关键词 玉米 穗长性状 qtl 基因芯片 候选基因
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济麦44/济麦229重组自交系群体籽粒蛋白质含量QTL分析 被引量:1
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作者 单宝雪 刘秀坤 +9 位作者 肖延军 展晓孟 黄金鑫 刘百川 张玉梅 李豪圣 刘建军 高欣 曹新有 赵振东 《山东农业科学》 北大核心 2024年第1期1-9,共9页
小麦籽粒蛋白质含量与面团流变学特性及加工特性的关系密不可分。本研究在2020—2021年济南试验基地(E1)及2021—2022年济南试验基地(E2)和济阳试验基地(E3)三个环境下,以“济麦44×济麦229”构建的包含285个家系的重组自交系群体(F... 小麦籽粒蛋白质含量与面团流变学特性及加工特性的关系密不可分。本研究在2020—2021年济南试验基地(E1)及2021—2022年济南试验基地(E2)和济阳试验基地(E3)三个环境下,以“济麦44×济麦229”构建的包含285个家系的重组自交系群体(F2∶6RILs)为材料,利用小麦55K SNP芯片构建高密度遗传连锁图谱,对籽粒蛋白质含量进行QTL分析。结果共筛选到2344个SNP标记用于构建遗传连锁图谱,图谱总长度3349.95 cM,平均标记密度为1.43 cM/标记。通过对籽粒蛋白质含量的QTL分析,共检测到18个籽粒蛋白质含量相关QTL,分布在1A、1B、2B、3D、4B、4D、5A、5B、5D、7A、7B共11条染色体上。Qpc.saas.4B-1在E1、E2和E3三个环境和BLUE(最佳线性无偏估计)值中均被稳定检测到,可以解释3.26%~23.79%的表型变异。Qpc.saas.4D和Qpc.saas.5A在两个环境和BLUE值中被检测到,分别解释2.42%~11.18%和2.48%~5.47%的表型变异,且Qpc.saas.4D与小麦矮秆基因Rht-D1b物理位置重合。本研究中检测到的QTL新位点Qpc.saas.4B-1、Qpc.saas.4D和Qpc.saas.5A是控制籽粒蛋白质含量的主效基因,具有高表型变异解释率。本研究结果可为小麦品质育种提供分子标记及理论参考。 展开更多
关键词 小麦 籽粒蛋白质含量 qtl分析 重组自交系 55K SNP芯片
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Decolorization of azo dyes with high salt concentration by salt-tolerant mixed cultures under anaerobic conditions 被引量:4
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作者 GUO Jian-bo ZHOU Ji-ti WANG Dong WANG Jing YU Hui SONG Zhi-yong 《Journal of Environmental Sciences》 SCIE EI CAS CSCD 2005年第6期984-988,共5页
Because the lack of detailed study of biological decolorization in high salt dye wastewater, it is still difficult to evaluate the biological treatment on high-salinity dye wastewater. The experiments were carried out... Because the lack of detailed study of biological decolorization in high salt dye wastewater, it is still difficult to evaluate the biological treatment on high-salinity dye wastewater. The experiments were carried out to study the salt-tolerant bacteria, which is useful in the treatment of high-salinity colored wastewater. Simulated wastewater containing 5-150 g/L salt (NaCI) and 50-2000 mg/L Reactive Brilliant Red K-2BP was treated with three salt-tolerant mixed cultures (CAS, TAS, DSAS), which were under a gradually acclimated procedure. With the increase of concentrations of salt and dye, the decolorization became low. The abilities of decolorization of dyes wastewater by three mixed cultures (CAS, TAS, DSAS) were studied, CAS and DSAS mixed cultures showed more active for the treatment of high-salinity colored wastewater than TAS mixed cultures. The results suggested that there might be a simple process for the high salt wastewater treatment, which could be incorporated into conventional activated sludge plants. 展开更多
关键词 anaerobic decolorization hyper-salinity salt-tolerant mixed cultures
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Generation and analysis of expressed sequence tags from the salt-tolerant eelgrass species, Zostera marina 被引量:5
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作者 KONG Fanna ZHOU Yang +2 位作者 SUN Peipei LIU Limin MAO Yunxiang 《Acta Oceanologica Sinica》 SCIE CAS CSCD 2013年第8期68-78,共11页
Zostera marina, a monocotyledonous angiosperm, is one of the most important seagrass species. To inves- tigate the salt-tolerance mechanism and discover salt-tolerant genes in Z. marina, a cDNA library was con- struct... Zostera marina, a monocotyledonous angiosperm, is one of the most important seagrass species. To inves- tigate the salt-tolerance mechanism and discover salt-tolerant genes in Z. marina, a cDNA library was con- structed. Single-pass sequencing of the 5' ends of 4 081 clones yielded 4 002 high quality expressed sequence tags (ESTs), which were assembled into 241 contigs and 1 673 singletons, representing 1 914 unigenes. The average length of the ESTs was 582 bp, with sizes ranging from 100-1 500 bp. Basic Local Alignment Search Tool (BLASTX) analysis revealed that 1 664 unigenes had significant homology to known genes in the Na- tional Center for Biotechnology Information (NCBI) non-redundant (nr) database (E-value≤5-10). Among them, the two most abundant genes encoded metallothionein (157 ESTs) and chlorophyll a/b-binding pro- tein (38 ESTs), accounting for 7.1% and 1.7% of the total ESTs, respectively. Using Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG), 1 462 unigenes were assigned to 1 161 pathways (E-value≤5-10). A total of 938 unigenes were assigned Gene Ontology (GO) terms based on the GO hierarchy analysis, and InterProScan searches recognized 1 003 InterPro families. Three genes for metallothionein in Z. marina that belonged to Class II was identified. Results of this study will improve understanding of the molecular mechanisms of saline tolerance in Z. marina. 展开更多
关键词 expressed sequence tags (ESTs) gene function METALLOTHIONEIN salt-tolerant genes Zostera marina
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小麦胚芽鞘长度QTL定位和GWAS分析 被引量:1
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作者 郝倩琳 杨廷志 +6 位作者 吕新茹 秦慧敏 王亚林 贾晨飞 夏先春 马武军 徐登安 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期590-602,共13页
在干旱条件下,小麦(Triticum aestivum L.)适当深播可提高出苗率,胚芽鞘长度决定了小麦播种的最大深度,因此培育长胚芽鞘小麦品种至关重要。为了挖掘控制小麦胚芽鞘长度相关的数量性状位点(quantitative trait loci,QTL),本研究以275份... 在干旱条件下,小麦(Triticum aestivum L.)适当深播可提高出苗率,胚芽鞘长度决定了小麦播种的最大深度,因此培育长胚芽鞘小麦品种至关重要。为了挖掘控制小麦胚芽鞘长度相关的数量性状位点(quantitative trait loci,QTL),本研究以275份豆麦/石4185重组自交系(recombinant inbred lines,RIL)群体和186份自然群体为材料,根据90K SNP芯片的分型结果,利用3个环境下小麦胚芽鞘长度表型数据进行QTL鉴定。采用完备区间作图法(inclusive composite interval mapping,ICIM)在RIL群体中鉴定到2个稳定的QTL位点,分别位于4BS(30.17~40.59 Mb)和6BL(700.08~703.53 Mb)染色体上,解释表型变异率(PVE)分别为26.29%~28.46%和4.16%~4.36%;全基因组关联分析(GWAS)采用混合线性模型(Mixed linear model,MLM)方法,共鉴定到36个稳定的QTL位点,分别位于1A(3)、1B(3)、1D(2)、2A(1)、3A(2)、3B(2)、4B(11)、5A(1)、5B(3)、6B(4)、7A(2)、7B(2)染色体上,在3个环境中重复检测到的显著关联位点有7个,其中3个位点与已报道的位点重叠或邻近,其他4个位点推测为新位点,分别位于1A(499.03 Mb)、3A(73.06 Mb)、4B(648.74~648.87 Mb)、7A(36.31 Mb)染色体上,预测了5个候选基因(TraesCS1A03G0748300、Rht1、TraesCS4B03G0110000、TraesCS4B03G0112200和TraesCS7A03G0146600)。在两个群体中均鉴定到位于4BS(30.17~40.59 Mb)染色体上的主效QTL位点,该位点的候选基因Rht1已被证实能降低小麦胚芽鞘长度。该研究结果为挖掘控制小麦胚芽鞘长度的基因以及胚芽鞘长度相关性状分子标记辅助选择育种奠定了基础。 展开更多
关键词 小麦 胚芽鞘长度 qtl定位 全基因组关联分析
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A novel salt-tolerant Micrococcus sp. DUT_AHX capable of degrading nitrobenzene 被引量:2
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作者 艾海新 周集体 吕红 《Journal of Central South University》 SCIE EI CAS 2009年第2期230-235,共6页
A novel strain of Micrococcus sp.DUT_AHX,which was isolated from the sludge of a nitrobenzene(NB)-manufacturing plant and could utilize NB as the sole carbon source,was identified on the basis of physiological and bio... A novel strain of Micrococcus sp.DUT_AHX,which was isolated from the sludge of a nitrobenzene(NB)-manufacturing plant and could utilize NB as the sole carbon source,was identified on the basis of physiological and biochemical tests and 16S ribosomal DNA(rDNA)sequence analysis.It can grow at the temperature up to 40℃or in the presence of NaCl concentration up to 12 g/L in Luria-Bertani(LB)medium.The optimal degradation conditions are as follows:temperature 37℃,pH 7.0,and shaking speed 150 r/min.The strain involves a partial reductive pathway due to the release of ammonia and can also utilize 2-aminophenol as the sole carbon source.Furthermore,the enzyme activity tests show that crude extracts of NB-grown strain DUT_AHX mainly contain 2-aminophenol 1,6-dioxygenase activity.The exploitation of salt-tolerant bacteria will be a remarkable improvement in NB bioremediation and wastewater treatment at high salinity and high temperature. 展开更多
关键词 MICROCOCCUS 16S rDNA NITROBENZENE DEGRADATION salt-tolerant
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基于InDel标记的谷子株高QTL定位 被引量:1
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作者 杜晓芬 钱枰励 +5 位作者 唐楚楚 杜德杰 韩康妮 李禹欣 王智兰 王军 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期217-225,共9页
插入/缺失(InDel)标记在植物基因组中广泛分布,然而谷子中InDel标记的数量十分有限。为挖掘InDel位点和开发分子标记,本研究基于衡谷12号和长农35号的深度重测序结果,分析其单核苷酸多态性(SNP)、InDel和结构变异(SV)。利用JoinMap 4软... 插入/缺失(InDel)标记在植物基因组中广泛分布,然而谷子中InDel标记的数量十分有限。为挖掘InDel位点和开发分子标记,本研究基于衡谷12号和长农35号的深度重测序结果,分析其单核苷酸多态性(SNP)、InDel和结构变异(SV)。利用JoinMap 4软件构建连锁遗传图谱,利用WinQTLCart 2.5软件定位株高数量性状位点(QTL),利用生物信息学、测序和实时荧光定量PCR(qRT-PCR)进行候选基因分析。研究表明,3种变异类型数量由多到少排序为SNP>InDel>SV;获得1392个在衡谷12号和长农35号中具有多态性的InDel标记,多态性率为35.14%,这些标记在谷子9条染色体上分布不均;获得一张包含467个InDel标记的谷子遗传连锁图谱,该图谱总图距448.45 cM,平均图距0.96 cM;利用F2群体定位了4个株高QTL(qPH5-1、qPH5-2、qPH9-1和qPH9-2),进一步利用重组自交系(RIL)群体对其中2个效应值较大的QTL(qPH5-1和qPH9-2)进行验证,结果重新检测到qPH9-2,似然比的自然对数(LOD)值为93.6,加性效应为-46.15,解释表型贡献率(PVE)达91.06%;Seita.9G080400在编码区存在2处非同义突变,且在茎中表达水平呈极显著差异,推测Seita.9G080400可能是控制株高的关键候选基因。本研究开发的InDel标记能够良好地应用于株高QTL定位,同时可为谷子种质资源鉴定、亲缘关系分析等研究提供一套好用的分子标记。 展开更多
关键词 谷子 重测序 标记开发 连锁遗传图谱 株高 qtl
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Salt-tolerant mechanism of marine Aspergillus niger cellulase cocktail and improvement of its activity 被引量:2
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作者 Linian Cai Shengnan Xu +2 位作者 Tao Lu Dongqiang Lin Shanjing Yao 《Chinese Journal of Chemical Engineering》 SCIE EI CAS CSCD 2020年第4期1120-1128,共9页
The cellulase cocktail produced by marine Aspergillus niger exhibits a property of salt-tolerance,which is of great potential in cellulose degradation in high salt environment.In order to explain the mechanism on the ... The cellulase cocktail produced by marine Aspergillus niger exhibits a property of salt-tolerance,which is of great potential in cellulose degradation in high salt environment.In order to explain the mechanism on the salttolerance of the cellulase cocktail produced by marine A.niger,six cellulase components(AnCel6,AnCel7A,AnCel7B,AnEGL,AnBGL1 and AnBGL2)were obtained by directed expression.Studies on their enzymatic properties revealed that oneβ-glucosidase(AnBGL2)and one endoglucanase(AnEGL)exhibited an outstanding salttolerant property,and one cellobiohydrolase(AnCel7B)exhibited a certain salt-tolerant property.Subsequent study revealed that the salt-tolerant An EGL and AnCel7B endowed the cellulase cocktail with stronger salttolerant property,while the salt-tolerant An BGL2 had no positive effect.Moreover,after overexpression of AnCel6,AnCel7A,AnCel7B and AnEGL,the activity of cellulase cocktail increased by 80%,70%,63%and 68%,respectively.However,the activity of cellulase cocktail was not improved after overexpression of AnBGL1 and AnBGL2.After mixed-strain fermentation with cellobiohydrolase recombinants(cel6 a,cel7a and cel7b recombinants)and endoglucanase recombinant(egl recombinant),the the activity of cellulase cocktail increased by 114%,102%and91%,respectively. 展开更多
关键词 Marine Aspergillus niger Cellulase component Directed expression salt-tolerANCE Cellulase activity
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花生含油量的遗传基础与QTL定位研究进展
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作者 张月 王志慧 +4 位作者 淮东欣 刘念 姜慧芳 廖伯寿 雷永 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期529-542,共14页
花生是我国重要的油料作物,含油量是花生重要的品质性状和育种目标。花生含油量每提高1个百分点,相当于增产2个百分点,油脂加工利润可提高7个百分点。培育高油高产花生品种是增加食用油供给和保障食用油供给安全的重要途径。本文概述了... 花生是我国重要的油料作物,含油量是花生重要的品质性状和育种目标。花生含油量每提高1个百分点,相当于增产2个百分点,油脂加工利润可提高7个百分点。培育高油高产花生品种是增加食用油供给和保障食用油供给安全的重要途径。本文概述了花生含油量表型鉴定的4种常用方法;阐述了花生含油量的遗传特性是多基因控制的数量性状,即受加性效应和显性效应的影响,也存在基因型和环境互作;总结了已报道的含油量QTL124个,表型变异解释率超过10%的主效位点有36个,分布在A03、A05和A08上的8个主效QTL可重复检测到;构建了一张花生含油量的一致性遗传图谱,A08染色体上33.59~50.24 Mb为热点区间;介绍了油脂合成及调控相关基因等方面的研究进展,以期为花生含油量遗传改良和高油品种培育提供理论指导。 展开更多
关键词 花生 含油量 遗传特性 qtl定位 基因
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基于QTL和转录组测序鉴定甘蓝型油菜耐旱候选基因
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作者 李阳阳 吴丹 +11 位作者 许军红 陈倬永 徐昕媛 徐金盼 唐钟林 张娅茹 朱丽 严卓立 周清元 李加纳 刘列钊 唐章林 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期820-835,共16页
干旱胁迫严重限制了甘蓝型油菜种植面积的扩大和产量的提升。耐旱性是由多基因控制的复杂数量性状,将QTL定位与转录组测序相结合,是鉴定甘蓝型油菜耐旱候选基因的有效手段。本研究对甘蓝型油菜干旱敏感品系三六矮和耐旱品系科里纳-2构建... 干旱胁迫严重限制了甘蓝型油菜种植面积的扩大和产量的提升。耐旱性是由多基因控制的复杂数量性状,将QTL定位与转录组测序相结合,是鉴定甘蓝型油菜耐旱候选基因的有效手段。本研究对甘蓝型油菜干旱敏感品系三六矮和耐旱品系科里纳-2构建的F2:6和F2:8重组自交系群体幼苗进行正常灌溉和干旱胁迫处理,测定地上部鲜重、地上部干重、叶片相对含水量、丙二醛和可溶性糖含量,利用SSR和SNP多态性分子标记构建遗传连锁图谱,鉴定耐旱相关QTL和候选区间,结合耐旱材料No11和干旱敏感材料No28的转录组测序,筛选耐旱相关候选基因。研究结果表明:干旱胁迫使甘蓝型油菜幼苗地上部鲜重、地上部干重和叶片相对含水量下降,使叶片丙二醛和可溶性糖含量上升;耐旱相关QTL和候选区间分布于A01、A02、A06、A08、A09、A10、C02、C03、C04、C06和C09染色体;对耐旱材料和干旱敏感材料正常灌溉、干旱24 h、36 h和48 h进行转录组分析,主要差异表达基因显著富集到光合作用、脂肪酸代谢、氨基酸代谢、植物激素信号转导、核糖体、昼夜节律及角质、木栓素和蜡质的生物合成等相关途径;将QTL与转录组测序相结合,鉴定到28个耐旱相关候选基因,主要编码FLC、bHLH105、TGA4、TEM1、ERF003、ACO3、CHLI1、LHCB6和PORC等,具有转录因子活性、乙烯产生和信号传导、叶绿素生物合成与结合、叶绿素氧化还原酶以及编码核糖体相关蛋白等功能。这些结果可为揭示甘蓝型油菜耐旱机理及分子标记辅助选育耐旱新品种奠定基础。 展开更多
关键词 甘蓝型油菜 耐旱 qtl 转录组 候选基因
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利用龙稻5号/中优早8号RIL群体定位粒形QTL
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作者 侯本福 杨传铭 +5 位作者 张喜娟 杨贤莉 王立志 王嘉宇 李红宇 姜树坤 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期13-24,共12页
【目的】粒形是决定稻米产量、品质和商品价值的重要数量性状之一。本研究旨在利用水稻重组自交系群体鉴定控制粒形的QTL,为水稻粒形基因的挖掘和长粒形粳稻育种应用奠定基础。【方法】以短圆粒形的粳型超级稻品种龙稻5号(LD5)为母本和... 【目的】粒形是决定稻米产量、品质和商品价值的重要数量性状之一。本研究旨在利用水稻重组自交系群体鉴定控制粒形的QTL,为水稻粒形基因的挖掘和长粒形粳稻育种应用奠定基础。【方法】以短圆粒形的粳型超级稻品种龙稻5号(LD5)为母本和细长粒形的早熟籼稻品种中优早8号(ZYZ8)为父本构建包含176个家系的重组自交系群体测定粒长、粒宽、长宽比和粒厚等粒形性状,分析粒形性状间的关系并进行QTL定位和比较分析。【结果】利用区间作图法共检测到8个粒形QTL,分布在3、5、6、7和11号染色体上,表型贡献率范围为4.69%~18.89%,LOD值范围为2.52~8.74。这8个QTL包括3个粒长QTL qGL3、qGL7和qGL11,2个粒宽QTL qGW3和qGW5,2个粒厚QTL qGT3和qGT6,1个长宽比QTL qLWR3。其中,qGL3、qGL7、qGW3、qGW5和qLWR3可以在3个年份稳定检测到。利用多环境联合分析共检测到14个粒形QTL,包括qGL2、qGL3、qGL7和qGL11共4个粒长QTL;qGW3和qGW5共2个粒宽QTL;qGT3、qGT5和qGT6共3个粒厚QTL;qLWR3a、qLWR3b、qLWR5、qLWR7和qLWR11共5个长宽比QTL,分布在2、3、5、6、7和11号染色体上,表型贡献率范围为2.28%~15.78%,LOD值范围为4.20~20.90。与已克隆的粒形基因进行染色体位置比较发现,qGL3/qLWR3区间包含已克隆的GL3.1;qGW5区间包含已克隆的GW5;qLWR3b/qGT3区间包含已克隆的TGW3。【结论】利用区间作图法和多环境联合分析的方法从龙稻5号和中优早8号的重组自交系群体中共鉴定了14个粒形QTL,其中8个QTL是两种方法重复检测到的。这些QTL定位区间内包含已克隆的GL3.1、TGW3和GW5等粒形基因。 展开更多
关键词 水稻 粒形 qtl定位 分子辅助育种
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玉米氮效率QTL定位和候选基因筛选
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作者 韩旭东 杨传奇 +7 位作者 张擎 李亚伟 杨夏夏 何佳甜 薛吉全 张兴华 徐淑兔 刘建超 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第21期4175-4191,共17页
【目的】实现玉米养分高效利用的遗传改良是保障国家粮食安全的重要途径。挖掘玉米氮高效QTL与相关候选基因可为提高玉米氮肥使用效率,为培育高产高效玉米品种提供理论基础。【方法】通过对KA105/KB024构建的重组自交系群体在不同氮素... 【目的】实现玉米养分高效利用的遗传改良是保障国家粮食安全的重要途径。挖掘玉米氮高效QTL与相关候选基因可为提高玉米氮肥使用效率,为培育高产高效玉米品种提供理论基础。【方法】通过对KA105/KB024构建的重组自交系群体在不同氮素处理下的籽粒产量以及氮肥偏生产力、耐低氮系数、氮肥农学利用效率进行QTL定位分析,同时,结合亲本KA105在苗期低氮水平下的转录组数据筛选差异表达基因,利用共表达分析挖掘玉米氮效率候选基因,并利用qRT-PCR对筛选到的候选基因进行验证。【结果】通过定位分析,共检测到36个分布在不同染色体上的QTL,可解释1.63%—17.26%的表型变异。其中,鉴定到8个表型变异解释率超过10%的主效QTL,7个在不同性状或环境下共同被鉴定到的遗传稳定QTL。其中,位于第1染色体的qNNGYP1在前人研究中被多次检测到,其表型解释率可达11.73%,不同环境下多个QTL(qNNGYP1和qPFPN1)在此区间内被检测到,可作为重点区段进行更进一步的研究。结合苗期低氮胁迫下转录组数据,在QTL区间内共筛选到39个差异表达基因,进行共表达网络预测后,鉴定到6个节点基因作为候选基因,qRT-PCR结果显示,在2种氮处理下,候选基因的表达趋势与转录组数据相同。其中,GRMZM2G366873参与生长素稳态的调控,可能通过生长素信号转导参与玉米低氮胁迫、干旱胁迫与硼胁迫的响应,并调控玉米穗长;GRMZM2G414192参与光合系统对低氮胁迫的响应,其蛋白含量受油菜素甾醇调控;GRMZM2G414043与玉米粒长及生物量相关;GRMZM2G040642可能参与氮的远距离信号传导。【结论】检测到36个QTL,分布于第1、4、5、7、8和9染色体上,其中,包含8个主效QTL(PVE>10%)。筛选到GRMZM2G366873、GRMZM2G414192、GRMZM2G414043、GRMZM2G040642可作为玉米氮效率候选基因。 展开更多
关键词 玉米 氮效率 qtl 转录组 候选基因
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安岳红小麦重组自交系产量相关性状的QTL分析
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作者 王一鸣 张飞飞 +4 位作者 任毅 魏育明 陈国跃 耿洪伟 程宇坤 《麦类作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第11期1404-1415,共12页
为解析小麦产量相关性状的遗传效应,以四川本地高抗病、多小穗、高粒重品种安岳红小麦,与台长29杂交后构建114份重组自交系,利用小麦55K SNP芯片进行全基因组扫描,对2年3重复下的小穗数、穗长、有效分蘖、小穗粒数、穗粒数、穗粒重和千... 为解析小麦产量相关性状的遗传效应,以四川本地高抗病、多小穗、高粒重品种安岳红小麦,与台长29杂交后构建114份重组自交系,利用小麦55K SNP芯片进行全基因组扫描,对2年3重复下的小穗数、穗长、有效分蘖、小穗粒数、穗粒数、穗粒重和千粒重7个产量相关性状进行表型鉴定及最佳线性无偏预测(BLUP),对表型数据进行QTL定位。共检测到32个控制小麦产量相关性状QTL,可解释表型变异率为4.67%~24.43%。其中,25个QTL可解释表型变异率超过10%,分布于1A、2A、2B、2D、3A、3D、4A、4D、5A、5D、6B、6D和7D染色体上。位于4D染色体上控制穗长的QSLAYH.Sicau-4D.1,在2个实验点中均能稳定表达。同时发现,1A、3A和4D染色体上分别携带有1个具有一因多效QTL。这说明小麦的产量性状遗传变异丰富,定位的优良等位基因具有增加小穗数、小穗粒数、穗粒数、穗粒重和千粒重的作用。 展开更多
关键词 小麦 产量性状 SNP标记 qtl分析
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