Optimization of a Reaction System of Sequence Related Amplified Polymorphism and Segregation of Polymorphic Loci in an F_2 Population of Rice

An effective PCR protocol for detecting the sequence related amplified polymorphism （SRAP） in rice was developed. One hundred and ten pairs of SRAP primers were used for segregation analysis in an F2 population derived from a cross between Shennong 606 and Lijiangxintuanheigu. Among the 110 primer pairs, 35 pairs generated 143 polymorphic bands with an average of 4.09 polymorphic bands per primer pair, and 24 pairs （16.78%） showed the genetic distortion （P〈0.05）. Of the 24 primer pairs, 12 pairs deviated toward the male parent Shennong 606 and 11 pairs toward the female parent Lijiangxintuanheigu, only one toward heterozygote. It was found that the segregation distortion might be caused by the joint gametic and zygotic effects.

广藿香化学诱变植株SRAP遗传特性及质量研究

目的:研究广藿香化学诱变植株的遗传特性和品质差异。方法:以前期经氟乐灵、亚硝酸钠及亚硫酸钠诱变后筛选出的变异植株为材料,对其基因组DNA进行相关序列扩增多态性(SRAP)分析,并测定其主要有效成分含量。结果:10对SRAP引物扩增的总位点数为235个,其位点数为16~29个,而多态位点数为220个,平均多态性百分比达86.96%;广藿香变异植株的遗传相似系数为0.445~0.938,其变异程度大于不同产地种群间的变异程度;当遗传相似系数为0.55时,变异程度较大的植株N1a、N1b、N1c、S4c、S4d、S6c聚为一类,其他与CK聚为另一类。变异植株主要化学成分百秋李醇及广藿香酮含量与CK差异均有统计学意义(P<0.05),其中变异植株F1、F2a、F4a、F4d、F4e、F6e、F8i、N2c、N2d的广藿香酮明显升高,且高于百秋李醇的含量,由“醇型”广藿香转变为“酮型”广藿香;变异植株F4c、F6d、F8j、N1a、N1b、N1c、S3b、S4c、S4d、S6b、S6c的百秋李醇或广藿香酮含量均显著高于CK。结论:化学诱变是广藿香新品种选育的有效途径,可提高其遗传多态性,影响其有效成分的合成和积累;变异植株F1、F2a、F4a、F4b、F4d、F4e、F6e、F8i、F10d、N2c、N2d、N1a、N1b、N1c、S4c、S4d、S6c具有开发潜能,可为后续研究提供材料。

草莓茎尖组培繁育体系优化及SRAP遗传稳定性检验

以组培苗遗传稳定和植株健壮为标准,优化草莓茎尖组培繁育体系,以期为草莓工厂化育苗提供科研和技术依据。以‘凤冠’和‘天仙醉’草莓为材料,设置植物生长调节剂浓度梯度,调整培养基基础配方,调查茎尖分化情况、增殖苗形态、增殖系数、生根苗叶片及根系等性状,并比对组培前后植株SRAP标记扩增条带的差异。筛选出初代培养基配方MS+6-BA 0.5 mg/L+NAA 0.01 mg/L,增殖培养基配方MS+6-BA 0.3 mg/L+NAA 0.01 mg/L,生根培养基配方1/2MS+硝酸钙0.45 g/L;组培前后植株DNA使用19对SRAP引物特异性扩增,得到的72个基因位点条带未发生变化,以上条带形成的DNA指纹没有差异。研究得到的草莓茎尖组培繁育体系具备植物生长调节剂种类少且浓度低、继代次数少、增殖系数低、组培时间短、组培苗健壮且基因稳定等特征。

SRAP分析体系的优化及在枇杷种质资源研究上的应用

以me7(5’-TGAGTCCAAACCGGTCC-3’)和em7(5’-GACTGCGTACGAATTCAA-3’)正反向引物组合对西班牙枇杷品种Javierin进行了SRAP分析体系的优化,结果表明,在25μL反应体系中,5种主要成分的适宜浓度或用量分别是:dNTPs0.3mmol/L,Mg2+2.5mmol/L,TaqDNA聚合酶1.0U,引物0.3μmol/L,模板DNA20ng,优化的扩增程序为:94℃预变性5min,94℃变性1min,35℃复性1min,72℃延伸1min30s,5个循环;之后94℃变性1min,50℃复性1min,72℃延伸1min30s,35个循环;最后72℃下延伸10min。并将该优化的体系在来自中国、西班牙、日本、意大利和美国的46份枇杷种质资源上进行了SRAP扩增的初步应用,经琼脂糖和聚丙烯酰胺凝胶电泳均获得了清晰、重复性好的SRAP指纹图谱。

新型标记SRAP在棉花F_2分离群体及遗传多样性评价中的适用性分析

将新型分子标记SRAP(Sequence relatedAmplifiedPolymorphism)应用于棉花的遗传研究 ,并建立了完整的PCR反应体系 ,此体系稳定可靠、扩增效果好、可重复性强。采用 30个SRAP引物组合对海岛棉品种“Pima 90”和陆地棉品种“邯郸 2 0 8”进行比较扩增 ,2 9个引物组合可以获得多态性扩增 ,显示了较高的多态性。对上述两个品种的F2 群体进行检测 ,共产生 14 9个多态性条带 ,平均每个组合产生 5 14个 ,单引物组合最多可产生 13个多态性条带。用SRAP标记对 11份陆地棉材料进行遗传多样性检测 ,30个引物组合中 15个组合有多态性 ,得到 2 2个多态性条带 ,显示了较高的多态性比率。研究结果表明 。

青藏高原东南缘老芒麦自然居群遗传多样性的SRAP和SSR分析

基于SRAP和SSR分子标记分析了青藏高原东南缘8个老芒麦自然居群遗传变异及群体遗传结构,获得下述结果:1)16对SRAP引物在90个单株中共扩增出384条可统计条带,其中多态性条带334条,占86.98%;16个SSR位点共检测出等位变异221个,平均每个位点13.8个,其中具有多态性的位点数192个,占86.88%。2)2种分子标记检测到老芒麦居群水平的基因多样性(He)分别为0.1092和0.1296,而物种水平的基因多样性达0.2434和0.3732。3)基于2种标记的Nei氏遗传分化指数Gst(0.5525和0.5158)表明老芒麦居群出现了较大程度的遗传分化,居群间的基因流非常有限,分别为0.4050和0.4694,老芒麦的遗传变异主要分布在居群间,居群内变异相对较小,Shannon多样性指数和分子方差变异(AMOVA)分析显示了相似的结果。4)基于聚类分析结果表明各居群间存在较为明显的地理分化,8个居群分化为采集地范围内的南、北和中部3个分支。通过对老芒麦遗传多样性和遗传结构的分析提出了对该物种遗传多样性的保护策略。

仙茅属植物7个国产种的SRAP遗传关系研究

目的：研究仙茅属植物7个国产种亲缘关系。方法：通过SRAP分析，利用TREECONW软件分析遗传距离，UPGMA方法聚类，构建亲缘关系系统图。结果：25对引物组合共得到923条扩增条带，其中有910条呈现多态性，占98．6％。遗传距离0．631～0．912。聚类结果显示仙茅属植物7个国产种分类结果与传统形态分类结果基本一致。结论：仙茅属植物7个国产种的多态性水平高，SRAP用于其分类是可行的。

应用ISSR与SRAP分析烟草种质资源遗传多样性及遗传演化关系

应用ISSR与SRAP两种分子标记,研究国内外96份烟草种质的遗传多样性及不同栽培类型种质的遗传演化关系。表明烟属种间具有丰富的遗传多样性,种间的遗传相似性(GS)在0.28～0.58之间,遗传分化系数(Gst)为0.83。普通栽培种品种间遗传多样性水平较低,品种间的遗传相似性在0.61～0.99之间,栽培种内的遗传多样性为烤烟>晒晾烟>白肋烟>香料烟。当相似系数在0.67作切割线时,基于2种标记的96份烟草种质资源的聚类结果显示:(1)普通烟草栽培品种材料91份聚在同一大类,而黄花烟、黏烟草、浅波烟草、哥西氏烟草、香甜烟草5个种也分别为单独的个类,同普通烟草栽培种类群完全区别开来;(2)从进化上看,烤烟和晒晾烟间的遗传进化关系最近,香料烟和黄花烟之间的亲缘关系较远;普通烟草栽培种中国内外来源的烟草品种亲缘关系极其相近,遗传分化现象甚微;(3)2种分子标记虽然原理不同,但分析结果趋势相近(r=0.68,P=1.000)。

11个红花品种遗传多样性与亲缘关系的SRAP分析

利用SRAP技术对来源于中国不同地区的11份红花品种材料亲缘关系进行了分析.选用了25对具有多态性条带的引物组合,获得了308条清晰的条带,其中109条具有多态性,多态性位点百分率为35％.遗传相似系数变幅在0.82 ～ 0.934 2之间,平均相似系数为0.87,表明红花种内不同品种间存在一定的遗传多样性.聚类结果分析表明,在相似系数GS=0.891 4处,可以将11份红花材料分为四类.

长果种黄麻SRAP标记遗传连锁图谱的构建及3个质量性状基因定位

【目的】构建黄麻遗传连锁图谱,定位质量性状基因,为今后有关黄麻基因组结构、重要农艺性状QTL定位、分子标记辅助育种和基因克隆等研究工作奠定基础。【方法】以甜麻(黄麻野生种)和宽叶长果(黄麻栽培品种)为杂交亲本,构建了187个F2单株作为作图群体,利用513对SRAP引物进行遗传图谱构建,并对3个质量性状基因(托叶色、叶柄色、叶缘色)进行了定位。【结果】122个SRAP多态性标记位点和这3个形态学标记被定位在该图谱上,初步构建的长果种黄麻遗传连锁图谱全长2 231.9 cM,包含10个连锁群,每个连锁群有2—38个标记位点,2个标记间平均间距为17.86 cM。【结论】该图谱上的标记位点均匀分布在10个连锁群上,没有出现标记位点聚集的现象,表明SRAP标记十分适合黄麻遗传图谱的构建。

SRAP/RSAP标记鉴定印度南瓜种子纯度的方法

应用相关序列扩增多态性(SRAP)标记和限制性位点扩增多态性(RSAP)标记对印度南瓜品种杂交种子纯度进行鉴定试验。结果表明,筛选出的引物E1M5和R1R7可很好地区分出红栗二号、红栗、锦栗二号和锦栗南瓜,利用RSAP分子标记R1R7可检测出锦栗杂交种子纯度,分子标记检测结果与田间检测结果吻合率达到90%。

辽宁地区主栽杨树品种的SRAP标记遗传多样性分析

采用SRAP分子标记技术对17个采自辽宁不同地区的杨树材料进行了遗传多样性研究。结果表明:利用31对SRAP引物共扩增出685个多态性条带,平均每个引物扩增出23.2条带,多态性比率为95.3%,各品种之间的遗传相似系数在0.3622～0.9475,平均相似系数为0.6549。通过UPGMA聚类分析将17个杨树材料分为4个群,其划分结果与传统分类基本一致,证明SRAP标记是一种适于杨树遗传多样性研究的分子标记技术。聚类结果表明,品种间遗传差异最小是银中杨和毛白杨,差异最大的是意大利45杨和毛白杨;2个小胡杨的种内遗传差异最小,而2个意大利45杨的种内遗传差异较大。

栽培黄连群体遗传关系的SRAP分析

目的揭示栽培黄连Coptis chinensis群体的遗传关系。方法 以24个不同来源地的栽培黄连群体为试材，采用SRAP分子标记技术，用Treeconw软件分析遗传相似系数，UPGMA方法聚类，构建遗传系统树。结果36对引物共得到276条扩增条带，其中有120条呈现多态性，占43．48％，从DNA分子水平显示出供试种质遗传多样性并不丰富。遗传相似系数变化范围在0．8770～0．9519。聚类结果显示栽培黄连群体遗传关系与来源地无明显相关性，仅在小分支中表现出一定的地域相关性。结论栽培黄连群体的遗传多样性水平较低，显示遗传背景较为单一。

Bassam和Sanguinetti银染方法在SRAP和TRAP标记中的比较研究

银染作为一种重要的DNA染色方法,对分子标记检测有重要影响。SRAP标记和TRAP标记是两种较为新型的分子标记,近年来得到了广泛应用,尤其在缺少遗传图谱的物种中应用价值更大。以普通烟草种(Nicotianatabacum L.)烤烟和香料烟品种作为供试材料,对Bassam和Sanguinetti两种银染方法,在标记检测效率、成本及染色效果等方面进行了研究,并对其在SRAP标记和TRAP标记中的应用进行了探讨。结果表明,Sanguinetti银染法比Bassam银染更为简便、经济,染色照片的色阶图说明Sanguinetti染色方法的背景与扩增带区分明显,能够清楚地读带;且该方法能够扩增出很好的SRAP和TRAP标记谱带。因此,推荐在SRAP和TRAP标记检测中采用Sanguinetti银染方法。

相关序列扩增多态性(SRAP)一种新的分子标记技术

SRAP是一种新的DNA分子标记,具有简便、稳定、中等产率和容易得到选择条带序列的特点。SRAP是一种基于PCR技术的新的分子标记技术,其利用独特的引物设计对ORFs进行扩增,上游引物长17bp,对外显子进行特异扩增,下游引物长18bp,对内含子区域、启动子区域进行特异扩增,因个体不同以及物种的内含子、启动子与间隔长度不等而产生多态性。扩增产物用变性的聚丙烯酰胺凝胶分离,然后用放射自显影检测。本文在阐述SRAP的原理和流程后,详细论述了SRAP标记目前在植物遗传图谱构建、遗传多样性、基因定位、比较基因组学、杂种优势预测等方面的研究进展及应用前景。

26份棉花耐盐相关种质资源遗传多样性SRAP分析

土壤盐渍化是影响农业生产的主要胁迫因子.中国的盐渍土近1×10^8hm^2,且盐渍化和次生盐渍化不断扩大,盐渍化土壤结构极差,作物难以正常生长,严重影响了作物的产量和品质.因此合理开发利用盐碱地是一项迫在眉睫的任务.棉花是中国重要的经济作物,在国民经济中占有举足轻重的地位[1-2],在粮棉争地矛盾日益突显的情况下,棉花以其较好的耐盐性,逐渐成为盐碱地一种新的优势作物.目前,中国是世界上盐碱地植棉规模最大的国家.据不完全统计[3],中国植棉区内盐碱地约有1.7×10^8hm^2,其中2.7×10^6hm^2先后开发植棉.

青葙SRAP体系的建立和优化

目的探讨影响青葙SRAP(sequence-related amplified polymorphism)扩增的各种因素,建立并优化青葙SRAP反应体系,为分子水平鉴定青葙子及其伪品,探讨青葙不同种质间的亲缘关系奠定基础。方法用CTAB法提取青葙DAN,设计Taq酶浓度(0.02、0.04、0.06U/μL)、dNTP浓度(0.10、0.20、0.30mmol/L)、Primer浓度(0.15、0.30、0.45μmol/L)3水平3因素试验和Mg2+浓度(0.5、1.0、1.5、2.0、2.5、3.0、3.5、4.0mmol/L)8水平单因素试验。在25μL体系中加入模板DNA20ng,对体系进行优化,用琼脂糖进行检测。结果建立了适合青葙的SRAP体系,在25μL体系中,DNA为20ng,Taq酶浓度为0.04U/μL,dNTP浓度为0.30mmol/L,Primer浓度为0.30μmol/L,Mg2+浓度为2.5mmol/L,优化后的体系目标条带增多,且比较稳定,重现性好,得到了较好的扩增效果。结论本研究建立的反应体系适合青葙SRAP的研究。为从分子水平鉴定青葙子正品与伪品以及鉴定青葙不同种质资源奠定了基础。

正交设计优化花菜类SRAP分子标记体系的研究

采用正交设计,从Mg2+、dNTPs、引物三种因素3个水平对青花菜SRAP反应体系进行优化,确立适合青花菜的SRAP反应体系,并在6个青花菜和花椰菜品种中进行验证。结果表明:20μL反应体系中适宜体系的浓度dNTPs为0.2mmol/L、Mg2+为1.25mmol/L、上下引物各0.4μmol/L、DNA为20ng、Taq酶1.2U、退火温度为50℃。

粳稻SRAP分子标记遗传群的构建与分析

用超级稻品种‘沈农606’和普通粳稻‘丽江新团黑谷’为亲本杂交获得的102份F_2代单株,通过SRAP分子标记遗传分析,构建了包含14个连锁群,由129个多态性位点组成的水稻连锁图谱,此图谱覆盖基因组长度1671.5 cM,平均图距13.0 cM。连锁群上有17.2%的多态性位点表现偏分离,偏分离标记在连锁群上存在热点区域。

山核桃SRAP体系的建立及与RAPD和ISSR标记的比较

以山核桃Carya cathayensis基因组DNA为模板,对聚合酶链式反应(PCR)体系各组分进行了梯度实验,优化出条带清晰、重复性好的相关序列扩增多态性聚合酶链式反应(SRAP-PCR)扩增体系,并筛选了引物。该体系(25.00μL)为:1×缓冲液0.20 mmol.L-1,脱氧核糖核苷酸(dNTPs),0.20μmol.L-1引物,2.00 mmol.L-1镁离子(Mg2+),33.34 nkat Taq DNA聚合酶,0.80 mg.L-1基因组DNA(以上均为终浓度)。反应条件为94℃预变性5 min;94℃变性30 s,35℃退火30 s,72℃延伸2 min,5个循环;94℃变性30 s,50℃退火30 s,72℃延伸2 min,30个循环;72℃延伸8 min,4℃保存,反应时间比其他体系缩短了一半。从100对引物中筛选出了适用于山核桃的引物15对。在山核桃中,随机扩增多态性DNA(RAPD),简单序列重复区间(ISSR),SRAP等3种标记,以SRAP标记每对引物扩增的位点数及每对引物扩增的多态性位点数为多,但SRAP多态性引物的比例、多态性位点比例居于另2种标记之间。在山核桃研究中可以考虑使用SRAP及RAPD标记。