FEATURE-EXTRACT ANALYSIS OF SERIAL ANALYSIS OF GENE EXPRESSION DATA

Serial Analysis of Gene Expression (SAGE) is a powerful tool to analyze whole-genome expression profiles. SAGE data, characterized by large quantity and high dimensions, need reducing their dimensions and extract feature to improve the accuracy and efficiency when they are used for pattern recognition and clustering analysis. A Poisson Model-based Kernel (PMK) was proposed based on the Poisson distribution of the SAGE data. Kernel Principle Component Analysis (KPCA) with PMK was proposed and used in feature-extract analysis of mouse retinal SAGE data. The computa-tional results show that this algorithm can extract feature effectively and reduce dimensions of SAGE data.

应用基因表达系列分析(SAGE)技术研究高温处理前后家蚕的基因表达差异

高温对家蚕的生理和免疫能力有明显影响。为从分子水平上探究家蚕抗高温机制,应用基因表达系列分析(SAGE)技术获得家蚕5龄雌蚕高温处理前后中肠、丝腺和脂肪体组织的基因表达谱,构建高温组(34℃)和常温组(26℃)2个家蚕SAGE文库。2个家蚕SAGE文库分别包含3555107和3580976个原始标签,其中的标签种类分别为113684和131 296个,清洁标签的种类分别为45972和49467。比较2个文库清洁标签获得65 535种差异标签,共注释4249个基因,其中有1 062个差异表达的基因(P<0.05,错误检测率FDR≤0.001并且拷贝数的差异在2倍以上)。经GO分析发现2个文库中基因的分布极其相似,表明这些基因在不同的环境温度下有类似的生物学功能并参与类似的生理代谢过程。KEGG pathway分析显示有732个基因涉及176个KEGG路径,其中有40个为差异表达基因显著富集的路径(P<0.05),超过一半的路径与代谢、生物合成和信号传导有关。上述结果有助于对家蚕抗高温基因的鉴定以及探究基因调控的网络关系。

基因表达系列分析法(SAGE)的改进及其在植物功能基因组研究中的应用

基因表达系列分析方法(SAGE)是一种新的基因表达分析方法,与基因芯片技术一样具有高通量的特点,可测定特定组织的基因表达水平,在全基因组水平上同时定量检测数万个基因表达模式;可在未知目的基因的前提下,分析来自一个细胞的全部转录本信息;对已知或未知基因表达进行定性和定量分析。目前,虽然在疾病、发育、细胞凋亡、药物筛选等多个领域已有利用SAGE方法进行的研究,但该方法在植物功能基因组研究中的应用相对较少。本文主要综述了该方法在RNA用量、PCR循环次数、SAGE效能和可靠性、标签长度和未知标签分析等方面的改进及其在植物中构建SAGE文库、筛选新基因、基因表达图谱分析等方面的应用,从而为其在植物功能基因组研究中的进一步应用提供理论参考。

家蚕正反交组合F_1代的基因表达系列分析(SAGE)文库构建

家蚕杂交组合存在普遍的正反交遗传表型差异现象,为探讨引起正反交组合遗传差异的分子机制,构建家蚕品种75新×7532正交F1代雌雄个体和7532×75新反交F1代雌雄个体共4个基因表达系列分析(SAGE)文库。通过正反交组合同性别子代样本间的比较,显示低表达的标签在种类上占大多数,而高表达的标签在数量上占绝对优势。以错误检测率(FDR)≤0.001且拷贝数倍数差异在2倍以上作为比较样本筛选差异表达基因(DEGs)的条件,在7532×75新的雄性样本里面有298个上调基因和46个下调基因,而在雌性样本里有453个上调基因和240个下调基因。进一步对差异表达基因进行GO和KEGG路径功能分析,筛选出在显著性富集路径中的差异表达基因,其中参与新陈代谢途径、氧化磷酸化途径以及信号传导途径的差异基因在反交组合的子代中表达明显上调。

盐胁迫下栽培大豆与野生大豆根系离子流及转录组分析

为揭示栽培大豆和野生大豆盐胁迫下根系离子流变化及内在分子响应机制,挖掘大豆耐盐基因,以普通栽培大豆(Glycine max,Gm)和滩涂野生大豆(Glycine soja,Gs)为试验材料,通过设置100 mmol·L^(-1)NaCl盐胁迫处理,用非损伤微测技术(NMT)检测大豆根系离子流对盐胁迫的响应,并用高通量测序技术对栽培大豆及野生大豆盐胁迫24 h后根系的转录组进行分析,以寻找离子转运体相关的耐盐基因。结果表明:与对照相比,100 mmol·L^(-1)NaCl胁迫10 d后栽培大豆鲜重下降41.5%,而野生大豆鲜重下降29.2%。根系离子流测定结果显示,盐胁迫24 h后野生大豆比栽培大豆Na+外排量高46.3%,K+损失量少33.0%,且H+吸收量高93.9%。转录组分析结果显示,野生大豆阳离子/H+反向转运体CHX20和钠钾根缺陷NaKR2显著下调,K+/H+逆向转运体KEA2、KEA3和K+转运体KT1、KT2显著上调。综上,野生大豆比栽培大豆具有更强的耐盐能力,根系离子流与植株耐盐能力间存在较好的一致关系,通道控制基因参与了大豆耐盐能力的调控,这一研究为进一步探讨野生大豆耐盐机制及筛选耐盐基因提供了依据。

水稻乙酰乳酸合成酶基因的克隆和功能分析

乙酰乳酸合成酶(ALS)是植物和微生物中亮氨酸、异亮氨酸和缬氨酸合成途径的一个关键酶,该基因在植物抗除草剂基因工程中具有重要的应用价值。利用生物信息学分析,自水稻中分离了ALS基因的cDNA和基因组DNA序列。序列分析表明,ALS基因没有内含子,GC碱基含量高并不对称分布。软件预测ALS基因是单拷贝基因位于第4号染色体上,Southern杂交验证了此结果。构建ALS基因的植物表达载体并转化烟草,转基因烟草通过PCR-Southern验证。EXACT-RT-PCR结果表明,水稻ALS基因在转基因烟草的叶片和根部均有转录发生。利用甲嘧磺隆进行除草剂抗性测试,和对照烟草相比转基因烟草除草剂抗性高达50mg.L-1。

基因表达系列分析技术的新进展

作为新近建立的研究基因表达的有效工具 ,基因表达系列分析 (SAGE)技术能同时对大量的转录物进行定性和定量分析。它不仅可以显示低丰度的转录物 ,提供基因组表达的完整信息 ,而且可以通过不同状态下基因表达图谱的比较 ,深入了解基因表达的时空性和有序性 ,从而寻找和发现新基因。本文介绍了SAGE的工作原理和方法 ,并着重对其最新的应用与研究进展进行了综述。

基因表达系列分析

基因表达系列分析 (serialanalysisofgeneexpression ,SAGE)是近年来发展的以测序为基础 ,全面了解特定组织或细胞类型中基因群体表达状态的一项技术 ,它的显著特点是能够大量获取基因组范围基因表达的类别与丰度。SAGE技术已成功地应用于特异组织或细胞的转录组研究和mRNA群体间差异表达基因的鉴定。本文主要回顾了SAGE技术的原理。

植物基因差异表达的研究方法及进展

对目前在植物基因差异表达研究领域主要采用的消减杂交,DDRT-PCR,cDNA-RDA,cDNA-AFLP,SSH,基因芯片和SAGE等研究方法的原理、特点、研究进展以及发展趋势进行了综述.这些方法各有特点,可根据研究工作的需要选择合适的研究方法.

基因表达系列分析及其应用前景

基因表达系列分析 (Serialanalysisofgeneexpression ,SAGE)是一种研究真核细胞表达基因信息的高通量检测技术 ,它能对细胞内所有表达基因进行定性与定量分析。近年来此技术广泛应用于获得表达基因谱的研究 ,并且可以发现新基因信息 ,还可发现基因的靶向定位以及对其它基因的影响 ,明确表达基因的功能。本文就SAGE的原理、实验方案。

毒品成瘾与脑组织基因表达谱的研究进展

毒品成瘾是由滥用毒品外在因素与遗传易感性等内在因素共同作用而导致的一种慢性脑疾病;毒品成瘾的机制目前还不十分清楚。毒品成瘾研究的一个主要目标是鉴别和分离毒品导致脑功能障碍的分子机制;采用高通量的基因表达谱技术研究毒品成瘾者在不同状态下脑基因表达全貌,对深入认识毒品成瘾的机制具有重要的意义。文章综述了毒品成瘾的遗传机制及高通量脑组织基因组表达技术——SAGE和微阵列(Microarry)在毒品成瘾研究中的进展。

转录组学平台技术及其在植物抗逆分子生物学中的应用

不利的环境条件是影响作物产量和生态环境的重要因素之一。植物抗逆分子生物学的研究是植物学领域的研究热点之一。转录组学与蛋白质组学技术是筛选抗逆基因以及揭示植物抗逆分子机制的主要技术。综述主要的转录组学平台技术的原理、特点及其在植物抗逆分子生物学中的应用。总结植物抗逆分子生物学研究面临的问题并对发展前景作出展望。

分析基因表达图式的新方法

随着基因组研究的深入进行，基因的分子生物学除了要寻找在生物学上重要的个别基因并研究其结构与功能外，更重要的应是了解整个基因组的功能活动，即细胞全部基因的表达图式．要解决如此复杂的问题就必须在研究方法上有所创新，基因表达系列分析法、ｃＤＮＡ微阵列分析法。

植物功能基因组学研究进展

植物基因组研究已经由以全基因组测序为目标的结构基因组学转向以基因功能鉴定为目标的功能基因组学研究。本文简要介绍了植物功能基因组的主要研究方法,如基因表达系列分析法、表达序列标签法、差异表达谱基因芯片法、蛋白质组学分析法以及生物信息学等及其研究现状,并展望了植物功能基因组学的应用前景。

基因表达系列分析的研究进展及应用

简要概括了SAGE的基本原理和实验程序,侧重对该技术的程序修改和完善以及该方法最近在筛选候选新基因方面的应用进行综述报道。

基因表达分析方法及其研究进展

近几年来 ,随着功能基因组学研究的兴起 ,基因表达研究的分析方法也在不断发展 ,主要有 :差减杂交、差异显示、表达序列标签、基因表达的序列分析、微阵列杂交等。简要评述这五种方法的原理、优缺点等。

基于PCR的基因差异表达分析技术

基因差异表达分析是研究许多生物学过程的分子基础的一条直接、有效的途径。自DDRT-PCR技术建立以来,一系列基于PCR的基因差异表达分析技术,如SAGE、SSH、RDA和DNA微阵列等相继发展起来,为分析和克隆差异表达的基因提供了更为快速、灵敏的工具。本文对这几种方法进行了简要综述,比较了不同方法的优缺点,并展望了今后基因差异表达研究技术的发展方向。

花生种皮抗黄曲霉差异基因表达初步分析(英文)

黄曲霉不同抗性花生种皮存在显著差异,本试验选择经鉴定的高抗黄曲霉花生种质J11与高感种质金花1012为研究材料,以金花1012为对照利用基因芯片技术开展了抗病差异基因表达分析研究。试验共使用61078杂交探针组,结果表明,共有417个差异基因表达量上升,650个差异基因表达量下降。另外,获得抗Phytophathora Sojae真菌病害表达量上升差异基因4个,表达量下降差异基因49个。获得抗Heterodera Glycines Ichinohe真菌病害表达量上升差异基因4个,表达量下降差异基因25个。

基因表达系列性分析技术及其应用

基因表达系列性分析(SAGE)是一种高通量的基因表达模式研究技术,能够对特定细胞或组织中的大量转录本同时进行定量分析。本文综述了SAGE技术的基本原理和实验流程以及近年来SAGE方法上的改进,同时介绍了该技术的一些应用研究实例和Internet上可资利用的SAGE数据库资源。

基因表达系列分析技术在植物基因表达中的研究进展

基因表达系列分析(Serial analysis of gene expression,SAGE)是一种研究真核细胞表达基因信息的高通量检测技术,它能对细胞内所有表达基因进行定性与定量分析。SAGE技术在植物方面的应用相对较少,但在植物抗病性研究中的应用近几年发展很快。综述介绍了SAGE技术的原理与操作、实施的方法与步骤、SAGE技术的主要优点及在植物基因表达分析中的应用。明确SAGE的优势与它的缺陷,在实际应用中加以完善及采取必要的辅助方案,这样就可以构建较完美的设计思想。