嵊县花猪全基因组选择信号检测

选择信号是生物群体在选择进化的过程中,由于选择作用使得生物群体表型特征发生变化的对应基因组信息。本研究基于嵊县花猪等10个中外地方猪品种共计517个个体全基因组测序数据,利用群体分化指数(F_(ST))和核苷酸多态性(θ_π)方法检测嵊县花猪群体与浙江省其他地方猪种群体间以及与西方猪种群体间的选择信号,找到17个落入选择信号区域的候选基因。其中与浙江省地方猪群体相比,检测出候选基因9个,分别是SYT1、FAM135B、GLIS1、GALNT2、BIN1、LOC100627093、TG、SOX9、CH25H;与西方猪群体相比,检测出候选基因8个,分别是MGAT5、MAPK4K4、KSR2、RBP5、HDLBP、KCNE2、KIRREL3、BTBD11。这些候选基因在脂肪代谢、免疫、胚胎发育、消化代谢等通路中发挥重要的作用,说明嵊县花猪在耐粗饲、抗病力强、高繁殖力等性状上经历了人工选择,为研究嵊县花猪的群体特征提供了参考价值。

基于50K SNP芯片技术对金华猪和嵊县花猪繁殖性状的全基因组关联分析

本实验旨在利用全基因组关联分析(GWAS)搜寻与金华猪、嵊县花猪总产仔数(TNB)和产活仔数(NBA)相关的候选基因。选择205头金华猪和174头嵊县花猪为实验材料,通过提取血样DNA并利用Illumina猪50K SNP芯片进行基因型分型,利用PLINK v1.09对获得的基因型数据进行质控后用于GWAS研究。采用GEMMA软件中的混合线性模型(MLM)对每个SNP与性状做关联分析,定位出显著位点。结果表明:金华猪的20个SNPs呈基因组水平或染色体水平显著;嵊县花猪的2个SNPs呈基因组水平或染色体水平显著;META分析得到21个SNPs呈基因组水平或染色体水平显著。最终找到22个候选基因,根据基因功能注释推测NANOS1、E2F7、AEBP2是最可能影响总产仔数和产活仔数的候选基因。

嵊县花猪PRLR基因多态性与繁殖性状的相关分析

应用PCR-RFLP技术检测嵊县花猪PRLR基因第10外显子NaeⅠ酶切位点多态性,并采用SPSS13.0统计软件分析该位点多态性对母猪繁殖性能的影响。结果表明,该位点多态性对头胎、第3和第10胎母猪繁殖性能有显著影响,表现为第1胎AA型母猪产活母仔数和断奶母仔数比AB型母猪多1.68头和1.60头;第10胎AA型母猪产活仔数、活母仔数和断奶母仔数比AB型母猪分别多0.91头,1.67头和1.19头;而第3胎AB型母猪产活仔数、活母仔数和断奶母仔数比AA型母猪分别多1.09头、1.19头和1.05头。