大豆小片段法HRM基因分型体系优化

应用高分辨率熔解曲线（high resolution melting curve,HRM）技术进行基因分型简单有效,灵敏度高、特异性强。优化并建立基于HRM的大豆SNP基因分型体系,是准确进行SNP研究的前提和基础。本研究利用添加内标后的小片段法进行SNP基因分型体系优化研究,结果表明在设计SNP引物时,最好使其PCR产物长度为50～80bp,熔解温度在72～82℃,Tm值介于55～62℃之间;10μLPCR反应体系中应包含25ngDNA模板,0.6pmolSNP引物,1μLLCGreen染料;PCR反应后,应在各点样孔分别加入3pmol的高、低温内标,然后进行变性处理和HRM分析。同时利用建立的基因分型体系对重组自交系群体（RIL）进行了基因分型检测,能完全将其分成亲本的两种基因型,提高了SNP基因分型的准确性和效率。本研究建立的SNP基因分型体系为今后进行大豆SNP标记开发、高密度遗传图谱构建、QTL定位等研究提供了基础。

基于HRM的小扩增子法研究ABCA1基因变异与良性前列腺增生及前列腺癌的关联

目的基于HRM的小扩增子法(small-amplicon),探索胆固醇相关转运蛋白ABCA1基因变异rs2230806,rs2066882与良性前列腺增生(BPH)及前列腺癌(PCA)之间的关联。方法基于高分辨熔解曲线(HRM)技术,建立变异位点的小扩增子分型方法,通过Idaho Light Scanner分析,对391例BPH患者,222例PCA患者和86例正常对照者的DNA样本进行分型应用。结果所建立的HRM技术成功对两个SNP位点进行基因分型,不受限于基因变异的位置特征,可成功区分三个变异位点的不同突变型和野生型,并且达到较高的重复性和准确性,经Sanger法测序验证结果完全一致。风险等位基因rs2066882-A的携带可增加BPH(P<0.001,OR=3.871)及PCA(P<0.001,OR=3.708)的风险;rs2230806在各组间的分布未见统计学差异。结论基于小扩增子法的HRM分型技术,可成功对ABCA1基因变异rs2230806,rs2066882进行分型,风险等位基因rs2066882-A的携带可增加BPH和PCA的风险。

基于16S rRNA基因扩增子测序技术研究云南野生小型哺乳动物肠道菌群多样性

以生活在同一生境,但具有不同进化关系和不同食性的野生哺乳类动物(鼠科、猬科和鼩鼱科)为研究对象,通过16S rRNA基因扩增子测序,分析和比较其肠道菌群。共识别出5378个操作分类单位(OTUs),主要隶属Firmicutes(40.55%),Proteobacteria(34.60%)和Bacteroidetes(13.67%)。Firmicutes和Bacteroidetes是鼠科的优势菌门,Proteobacteria是猬科和鼩鼱科的优势菌门。多样性分析表明,鼠科、猬科与鼩鼱科的肠道微生物多样性及群落结构具有显著性差异;LEfSe分析表明,鼠科中存在更多与复杂碳水化合物发酵相关的细菌,猬科和鼩鼱科中含较多氨基酸发酵菌;益生菌(如Lactobacillus和Lactococcus等)共存于这3类野生小型哺乳类动物中,起调控宿主健康的作用。研究结果揭示,宿主食性与进化关系影响着野生小型哺乳动物肠道菌群结构,而肠道菌群可能在多种方面对宿主起益生作用。