LncRNA GATA3-AS1通过调控miR-362-3p/FABP5轴抑制宫颈癌细胞增殖、迁移及侵袭

目的:探究长链非编码RNA GATA3反义RNA 1(lncRNA GATA3-AS1)调控微小RNA-362-3p(miR-362-3p)表达对宫颈癌细胞恶性生物学行为的影响。方法:qRT-PCR检测宫颈癌细胞中lncRNA GATA3-AS1、miR-362-3p、FABP5表达;双荧光素酶报告基因实验验证lncRNA GATA3-AS1和miR-362-3p的靶向关系、miR-362-3p和FABP5的靶向关系;将细胞分为pcDNA-NC组、pcDNA-GATA3-AS1组、si-NC组、si-GATA3-AS1组、si-GATA3-AS1+inhibitor-NC组、si-GATA3-AS1+miR-362-3p inhibitor组、miR-NC组、miR-362-3p mimics组、miR-362-3p mimics+pcDNA-NC组、miR-362-3p mimics+pcDNA FABP5组;Western blot检测蛋白表达;EdU法检测细胞增殖;Transwell检测细胞迁移侵袭。结果:在宫颈癌细胞系中,GATA3-AS1、FABP5均为高表达,miR-362-3p均为低表达,选择HeLa细胞进行后续实验;双荧光素酶报告基因实验表明,lncRNA GATA3-AS1和miR-802、miR-362-3p和FABP5具有靶向关系;与pcDNA-NC组比较,pcDNA-GATA3-AS1组Hela细胞EdU阳性率、迁移侵袭及MMP-2、MMP-9表达明显上升(P<0.05);与si-NC组比较,si-GATA3-AS1组HeLa细胞EdU阳性率、迁移侵袭及MMP-2、MMP-9表达明显下降(P<0.05);抑制miR-362-3p表达或过表达FABP5均可以明显逆转沉默GATA3-AS1或过表达miR-362-3p对于HeLa细胞增殖、迁移、侵袭的抑制作用。结论:沉默GATA3-AS1可以靶向上调miR-362-3p表达,抑制FABP5表达,抑制宫颈癌HeLa细胞增殖迁移及侵袭。

非编码RNA在颞下颌关节炎中的研究进展

颞下颌关节炎(temporomandibular joint osteoarthritis,TMJOA)是一种临床常见疾病,但发病机制尚不明确且缺乏有效的治疗手段,给患者带来很大困扰。因此,探究TMJOA的发病机制,寻找有效的治疗方法具有重要意义。近年来的研究表明,非编码RNA(noncoding RNA,ncRNA)参与调控TMJOA的发生、发展,在其诊断和治疗方面具有巨大潜力,因此有望成为新的诊断标志物和治疗靶标。本文将对ncRNA在TMJOA中的研究进展作一综述。

LncRNA GNAS-AS1通过调节miR-449a/Notch1轴参与胃癌细胞的增殖和迁移

目的探究长链非编码RNA(LncRNA)GNAS反义RNA1(GNAS-AS1)通过调节miR-449a/缺刻基因1(Notch1)轴对胃癌(GC)细胞增殖和迁移的影响。方法收集四川省人民医院2013年9月至2017年9月30例确诊为GC的患者肿瘤组织与癌旁组织标本;将GC细胞AGS随机分为对照组(Control组)、si-NC组、si-GNAS-AS1组、si-GNAS-AS1+inhibitor NC组、si-GNAS-AS1+miR-449a inhibitor组。实时荧光定量PCR检测GNAS-AS1、miR-449a和Notch1 mRNA的表达;MTT实验、平板克隆形成实验检测增殖;wound healing实验检测细胞迁移;Transwell实验检测细胞侵袭。Western Blot检测Notch1、E-cadherin、Vimentin、N-cadherin蛋白表达。双荧光素酶报告基因实验验证miR-449a和GNAS-AS1、Notch1的关系。结果与癌旁组织相比,肿瘤组织中GNAS-AS1、Notch1 mRNA表达升高,miR-449a表达降低(P<0.05)。与Control组、si-NC组相比,si-GNAS-AS1组AGS细胞GNAS-AS1表达、OD_(490)值、克隆形成数、划痕愈合率、细胞侵袭数目、Notch1、Vimentin、N-cadherin蛋白表达表达降低,miR-449a表达、E-cadherin蛋白表达升高(P<0.05)。与si-GNASAS1组、si-GNAS-AS1+inhibitor NC组相比,si-GNAS-AS1+miR-449a inhibitor组OD_(490)值、划痕愈合率、细胞侵袭数目、Notch1、Vimentin、N-cadherin表达升高(P<0.05),miR-449a表达、E-cadherin蛋白表达降低(P<0.05)。GNAS-AS1靶向负调控miR-449a表达,miR-449a靶向负调控Notch1表达。结论沉默GNAS-AS1可能通过上调miR-449a来抑制Notch1蛋白的表达,从而抑制GC细胞增殖、迁移、侵袭过程。

lncRNA ENST00000452996.1通过ERK/GSK-3β/β-catenin信号通路调控肝癌细胞增殖、迁移及侵袭

目的研究一种新的长链非编码RNA ENST00000452996.1对肝癌细胞增殖、迁移及侵袭等的影响及其调控机制。方法TCGA数据集分析肝癌组织ENST00000452996.1表达;构建ENST00000452996.1的shRNA载体,包装病毒感染Huh-7细胞(shENST00000452996.1组),CCK-8法、克隆形成法、流式细胞术、划痕法和Transwell小室法分别检测细胞增殖、凋亡、迁移和侵袭能力;Western blot法检测shENST00000452996.1组、ERK激动剂EGF处理组和GSK-3β抑制剂TDZD-8处理组的ERK/GSK-3β/β-catenin信号分子的表达。结果TCGA分析发现,肝癌组织ENST00000452996.1表达水平明显高于癌旁组织,且与Edmondson-Steiner分级呈正相关,与总生存时间呈负相关;与对照组相比,shENST00000452996.1组细胞增殖、迁移及侵袭能力明显下降,凋亡能力明显增强,p-ERK1/2、p-GSK-3β^(Ser9)和β-catenin表达均下调,GSK-3β和p-β-catenin表达上调,核β-catenin表达下降;与shENST00000452996.1组相比,EGF处理组p-ERK1/2表达升高,EGF处理组和TDZD-8处理组p-GSK-3β^(Ser9)和β-catenin及核β-catenin表达均升高,GSK-3β和p-β-catenin表达均降低。结论干扰ENST00000452996.1表达抑制ERK1/2磷酸化,阻止GSK3β^(Ser9)磷酸化,导致β-catenin磷酸化,抑制β-catenin核转位,推断ENST00000452996.1通过ERK/GSK-3β/β-catenin信号通路增强肝癌细胞增殖、迁移及侵袭能力,抑制细胞凋亡,从而发挥促进肝细胞癌的作用。

参芪复方对糖尿病GK大鼠肝脏组织mRNA、lncRNA表达谱的影响

目的应用全转录组测序与实时聚合酶链锁反应(Real-time polymerase chain reaction,RT-qPCR)技术,探索参芪复方调控糖尿病GK大鼠肝脏信使RNA(messenger RNA,mRNA)、长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)表达谱的机制研究。方法采用高脂高糖饲料建立2型糖尿病模型,将GK大鼠随机分为模型组、参芪复方组和西药组。另将10只Wistar大鼠设为空白组,予普通饲料喂养。参芪复方组大鼠予参芪复方浸膏灌胃,西药组予西格列汀混悬液灌胃,模型组及空白组灌服生理盐水。干预12周,每周检测空腹血糖(fasting blood glucose,FBG)。运用HE染色法观察大鼠肝脏组织病理形态,在空白组、模型组和参芪复方组中每组随机选取4只大鼠进行全转录组测序,构建mRNA、lncRNA差异表达谱,分析差异基因生物学功能,并进行RT-qPCR验证。结果与空白组相比,糖尿病GK大鼠FBG显著升高(P<0.05),模型组大鼠肝脏可见肝细胞排列紊乱,边界模糊,出现弥漫空泡状改变,呈中度脂肪变性,伴见炎性浸润、弥漫水肿;与模型组相比,参芪复方组大鼠FBG在12周时明显降低(P<0.05),肝脏组织排列较整齐,脂质沉积、细胞水肿及炎细胞浸润明显减轻。全转录组结果显示,与空白组相比,模型组大鼠mRNA、lncRNA表达谱存在显著差异,决定了糖尿病大鼠生理病理上的差异表现。参芪复方可广泛调控mRNA、lncRNA的差异表达,富集分析显示参芪复方通过调控多条内分泌系统及代谢过程相关信号通路改善糖尿病,包括胰岛素分泌、非酒精性脂肪性肝病、胆固醇代谢、鞘脂代谢、胰岛素抵抗等信号通路。RT-qPCR结果显示,基因Irf1、Trim30、Tmcc3、Insig1与转录组结果一致,转录组准确性较高。结论参芪复方发挥调节血糖及改善肝脏脂质沉积、水肿的作用,可能与广泛调控mRNA、lncRNA的差异表达有关。

单细胞RNA测序技术在水产养殖动物上的应用

单细胞RNA测序技术是生命科学领域中的革命性技术,为动植物的细胞异质性图谱构建、细胞谱系追踪、免疫响应机制解析等研究提供了强有力的工具。近年来,单细胞RNA测序技术在水产养殖动物中也得到了广泛应用。本文就单细胞RNA测序技术的发展、原理及其在水产养殖动物研究中的应用进行综述,并对其目前存在的问题及未来发展趋势进行分析与展望,以期推动该技术在水产养殖动物研究中更广泛的应用,加速水产养殖动物单细胞水平生命活动的调控机制研究进程。

慢性乙型肝炎患者血清HBsAg与单个核细胞乙型肝炎病毒RNA水平对聚乙二醇干扰素治疗效果的预测价值

目的探讨慢性乙型肝炎患者外周血清HBsAg、乙型肝炎病毒(HBV)DNA与血清HBV RNA及单个核细胞(PBMC)HBV RNA的关系。方法50例慢性乙型肝炎患者,给予Peg-IFNα-2b 180μg皮下注射,每周一次,分别在初始治疗、24周和48周,检测患者血清HBV五项、肝功能、HBV DNA、HBV RNA及PBMC中HBV RNA的变化。结果患者三个时间段的生化指标ALT、AST、TBIL、AKP及GGT比较差异无统计学意义(P>0.05);免疫学标志物HBsAg、HBsAb、HBeAg、HBeAb差异有统计学意义(P<0.05);血清HBV DNA及HBV RNA与PBMC HBV RNA差异有显著统计学意义(P<0.001)。结论Peg-IFNα-2b抗病毒治疗各时间段,肝功能转氨酶无显著变化;治疗24周,血HBsAg、HBV DNA与HBV RNA及PBMC HBV RNA快速下降,有显著相关性;治疗48周,血清HBsAg、HBV DNA与HBV RNA及PBMC HBV RNA相关性减弱。因此,24周HBV RNA下降幅度优于48周,更能预测临床治愈。

COPD患者lncRNA MIR155HG表达与肺功能的相关性及其对AECODP的辅助诊断价值

目的 探讨慢性阻塞性肺疾病(COPD)患者长链非编码RNA(lnc RNA) MIR155HG与肺功能的相关性,及其对慢性阻塞性肺疾病急性加重(AECOPD)的辅助诊断价值。方法 选取2018年10月—2021年3月南阳市中心医院COPD患者117例,其中稳定期患者60例(稳定期组)、AECOPD患者57例(AECOPD组),以60名健康体检者作为正常对照组。收集所有研究对象一般资料,并检测肺功能[第1秒用力呼气容积(FEV1)、用力肺活量(FVC),计算FEV1/FVC%和外周血单个核细胞(PBMC)中lnc RNAMIR155HG的表达。采用Logistic回归分析评估AECOPD的危险因素。采用受试者工作特征(ROC)曲线评价各项指标诊断AECOPD的效能。结果 AECOPD组、稳定期组、正常对照组白细胞(WBC)计数、中性粒细胞百分比(NEUT%)、降钙素原(PCT)、C反应蛋白(CRP)、纤维蛋白原(Fib)、PBMC中lnc RNA MIR155HG相对表达量依次降低(P<0.05),FEV1和FEV1/FVC%依次升高(P<0.05)。稳定期组和AECOPD组PBMC中lnc RNA MIR155HG相对表达量与WBC计数、NEUT%、PCT、CRP和Fib水平均呈正相关(P<0.001),与FEV1和FEV1/FVC%均呈负相关(P<0.001)。Logistic回归分析结果显示,lnc RNAMIR155HG表达升高、FEV1降低是发生AECOPD的危险因素[比值比(OR)值分别为2.381、0.682,95%可信区间(CI)分别为1.526~3.715、0.531~0.876]。ROC曲线分析结果显示,FEV1、lnc RNA MIR155HG单项和联合检测诊断AECOPD的曲线下面积(AUC)分别为0.826、0.854、0.939。结论 COPD患者PBMC中lnc RNA MIR155HG水平升高,且与炎症指标和肺功能相关,或可作为AECOPD的早期诊断标志物。

LncRNA p21调控Hippo-YAP信号通路对小鼠腹主动脉瘤形成的影响及机制

目的 探究长链非编码RNA p21(long non-coding RNA,LncRNA p21)调控Hippo-Yes相关蛋白(Hippo-Yes-associated protein, Hippo-YAP)信号通路对小鼠腹主动脉瘤(abdominal aortic aneurysm, AAA)形成的影响。方法 C57BL/6 ApoE-/-通过皮下植入渗透性微泵构建血管紧张素Ⅱ(angiotensinⅡ,AngⅡ)诱导小鼠AAA模型。将C57BL/6 ApoE-/-随机分为假手术组(sham)、模型组(model)、LncRNA p21阴性对照组(sh-NC)、LncRNA p21敲低组(sh-LncRNA p21)。HE和血管弹力纤维染色(VVG)观察血管形态变化;qRT-PCR检测LncRNA p21表达;Western blot检测MMP-2、MMP-9、TIMP-1表达;原位末端标记法(TUNEL)染色检测平滑肌细胞凋亡;Western blot检测caspase-3、cyclinD1及Hippo-YAP信号通路蛋白表达。结果 与sham组相比,model组小鼠血管弹力纤维断裂紊乱,出现明显损伤,且LncRNA p21、MMP-2、MMP-9、caspase-3表达和细胞凋亡率均增加(P<0.01),TIMP-1、cyclinD1和YAP、TAZ表达均降低(P<0.01)。与model组相比,sh-LncRNA p21组小鼠血管弹力纤维断裂及损伤程度减轻,LncRNA p21、MMP-2、MMP-9、caspase-3表达和细胞凋亡率均降低(P<0.01),TIMP-1、cyclinD1和YAP、TAZ表达均增加(P<0.01)。结论 LncRNA p21能够促进小鼠AAA形成,其机制与调控Hippo-YAP信号、促进细胞凋亡、抑制细胞增殖相关。

环状RNA hsa_circ_0085576调控微小RNA-498/B细胞特异性莫洛尼鼠白血病病毒整合位点1轴对口腔鳞状细胞癌细胞迁移和侵袭的影响

目的探究环状RNA hsa_circ_0085576对口腔鳞状细胞癌(OSCC)细胞迁移和侵袭的影响及其分子机制。方法使用实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)和蛋白印迹法检测OSCC细胞中hsa_circ_0085576、微小RNA-498(miR-498)以及B细胞特异性莫洛尼鼠白血病病毒整合位点1(BMI-1)的表达水平。使用CCK-8、划痕实验、Transwell实验以及qRT-PCR、蛋白印迹法分别检测SCC-15细胞增殖活力、迁移及侵袭能力以及相关基因和蛋白的相对表达量。结果OSCC细胞中hsa_circ_0085576与BMI-1表达上调,miR-498表达下调(P<0.05)。下调hsa_circ_0085576表达或过表达miR-498后SCC-15细胞的增殖活性、划痕愈合率、侵袭细胞数目以及细胞周期蛋白D1、波形蛋白表达水平下调,miR-498和E-钙黏蛋白表达水平上调(P<0.05);抑制miR-498表达可减弱下调hsa_circ_0085576表达对OSCC细胞增殖、迁移及侵袭的抑制作用;上调BMI-1表达可减弱过表达miR-498对OSCC细胞增殖、迁移及侵袭的抑制作用。结论下调hsa_circ_0085576表达可通过激活miR-498/BMI-1轴抑制OSCC细胞增殖、迁移及侵袭。

血清长链非编码RNA肌动蛋白纤维相关蛋白1-反义RNA1水平与钙化性主动脉瓣狭窄病人左心室功能的相关性研究

目的 分析血清长链非编码RNA(lncRNA)肌动蛋白纤维相关蛋白1-反义RNA1(AFAP1-AS1)表达水平与钙化性主动脉瓣狭窄(CAS)病人左心室收缩及舒张功能的相关性。方法 于2020年1月至2021年12月,选取中国中医科学院广安门医院就诊的CAS病人129例作为CAS组[左心室射血分数(LVEF)≥50%],同期该院健康志愿者130例作为对照组。收集病人人口学资料、超声及实验室生化指标,检测血清lncRNA AFAP1-AS1表达。受试者操作特征曲线(ROC曲线)分析血清lncRNA AFAP1-AS1诊断CAS效能。结果 对照组血清lncRNA AFAP1-AS1表达水平(1.15±0.18)低于CAS组(1.58±0.30)(P<0.001)。轻度狭窄者血清lncRNA AFAP1-AS1表达水平(1.37±0.26)低于中、重度狭窄者,而中度狭窄者lncRNA AFAP1-AS1表达水平(1.59±0.30)低于重度狭窄者(1.79±0.34)(P<0.001)。ROC结果显示,血清lncRNA AFAP1-AS1诊断CAS、重度狭窄的曲线下面积分别为0.86[95%CI:(0.82,0.91)]、0.88[95%CI:(0.82,0.94)]。CAS组AVA水平低于对照组(P<0.001),左室舒张末期内径(LVEDD)、左室舒张末期容积(LVEDV)、室间隔厚度(IVST)、左室后壁厚度(LVPWT)、左房前后径(LAD)、主动脉瓣平均压差(PGmean)、主动脉瓣峰值流速(Vmax)水平高于对照组(均P<0.001)。相关性分析显示,血清lncRNA AFAP1-AS1与LVEDD、Vmax、二尖瓣口舒张早期血流速度峰值(E峰)、二尖瓣口舒张晚期血流速度峰值(A峰)、LVEDV、PGmean、LVESD呈正相关(r=0.60、0.66、0.72、0.68、0.56、0.57、0.50,均P<0.001),与LVEF、AVA呈负相关(r=-0.78、-0.62,均P<0.001)。结论 CAS病人血清lncRNA AFAP1-AS1表达水平升高,与CAS病情严重程度以及左心室舒张、收缩功能有关,并可作为无创血清标志物辅助临床诊断CAS。

抑制hsa_circRNA6448-14表达对人食管鳞状细胞癌细胞系KYSE30及KYSE150侵袭迁移的影响

目的观察抑制环状RNA(circular RNA,circRNA)hsa_circRNA6448-14表达对人食管鳞状细胞癌(ES‐CC)细胞系KYSE30及KYSE150侵袭、迁移的影响,证实hsa_circRNA6448-14在ESCC中的生物学功能。方法体外传代培养KYSE30及KYSE150细胞。随机分为KYSE30敲降组、KYSE150敲降组、KYSE30对照组及KYSE150对照组,KYSE30敲降组和KYSE150敲降组转染hsa_circRNA6448-14-siRNA干扰质粒(抑制hsa_circRNA6448-14表达),KYSE30对照组及KYSE150对照组加入siNC质粒(空白质粒)转染,培养48 h时采用qRT-PCR检测各组细胞hsa_circRNA6448-14,成功培养抑制hsa_circRNA6448-14表达的KYSE30及KYSE150细胞。培养24 h时采用Tran‐swell实验观察各组细胞侵袭情况、采用划痕实验观察各组细胞迁移情况。结果培养24 h时KYSE30敲降组、KYSE30对照组、KYSE150敲降组及KYSE150对照组穿膜细胞数分别为58.00±3.61、161.33±4.06、69.00±2.08、191.33±6.39;与对照组比较,培养24 h时敲降组细胞穿模细胞数小(t分别为19.04、18.21,P均<0.05)。培养24 h时KYSE30敲降组、KYSE30对照组、KYSE150敲降组及KYSE150对照组细胞迁移面积分别为(11.67±0.88)、(26.00±1.73)、(14.33±0.88)、(28.00±1.53)mm2;与对照组比较,培养24 h时敲降组细胞迁移面积小(t分别为7.37、7.75,P均<0.05)。结论抑制hsa_circRNA6448-14表达的KYSE30及KYSE150细胞侵袭、迁移能力降低。hsa_circRNA6448-14在ESCC的侵袭及迁移过程中发挥重要作用。

小儿急性复杂性阑尾炎血清lncRNA-DANCR、miR-214-5p水平及其诊断价值

目的 分析血清长链非编码RNA(lncRNA)-分化拮抗非蛋白编码RNA(DANCR)和miR-214-5p对小儿急性复杂性阑尾炎的诊断价值。方法 本研究选取2019年1月—2022年1月宝鸡市中医医院收治的急性阑尾炎患儿102例作为研究组,根据病理结果分为单纯性阑尾炎组和复杂性阑尾炎组,另选同期本院健康体检儿童50例作为对照组;实时荧光定量PCR检测血清lncRNA-DANCR和miR-214-5p水平;采用全自动化学发光免疫分析仪检测C反应蛋白(CRP)以及降钙素原(PCT);Pearson法分析血清lncRNA-DANCR和miR-214-5p以及二者与CRP、PCT的相关性;Logistic回归分析小儿急性复杂性阑尾炎的影响因素;受试者工作特征(ROC)曲线分析血清lncRNA-DANCR、miR-214-5p、CRP和PCT水平对小儿急性复杂性阑尾炎的诊断价值。结果 复杂性阑尾炎组和单纯性阑尾炎组血清lncRNA-DANCR、CRP和PCT水平显著升高(P<0.05),复杂性阑尾炎组和单纯性阑尾炎组血清miR-214-5p显著降低(P<0.05)。Pearson相关性分析血清lncRNA-DANCR和miR-214-5p呈负相关(P<0.05),血清lncRNA-DANCR与CRP和PCT呈正相关(P<0.05),miR-214-5p与CRP和PCT呈负相关(P<0.05)。Logistic回归分析结果显示,lncRNA-DANCR、CRP和PCT高表达和miR-214-5p低表达是影响小儿急性复杂性阑尾炎的危险因素(P<0.05)。ROC曲线分析四者联合优于lncRNA-DANCR和miR-214-5p各自单独诊断(Z_(联合vs. lncRNA-DANCR=2.647)、Z_(联合vs. miR-214-5p=4.256)、Z_(联合vs. CRP=3.245)、Z_(联合vs. PCT=3.267),均P<0.05)。结论 在急性复杂性阑尾炎患儿血清中lncRNA-DANCR高表达,miR-214-5p低表达,二者联合可诊断小儿急性复杂性阑尾炎。

妊娠合并慢性乙型肝炎血清HBV pgRNA、PreS1抗原表达与肝内胆汁淤积症的相关性分析

目的 探究妊娠合并慢性乙型肝炎病人血清乙型肝炎病毒(HBV)前基因组RNA(HBV pgRNA)、前S1抗原(PreS1Ag)水平变化及与妊娠期肝内胆汁淤积症(ICP)发生的相关性。方法 选取2017年6月至2020年6月在雅安市人民医院进行孕期检查的慢性乙型肝炎孕妇279例作为研究对象,根据入组病人是否患有ICP分为合并ICP组43例、未合并ICP组236例。比较两组病人血清中HBV pgRNA、PreS1 Ag水平,并分析两组血清HBV pgRNA、PreS1 Ag表达与HBV DNA表达水平相关性;比较两组病人妊娠结局,并分析合并ICP组病人血清HBV pgRNA表达水平及PreS1 Ag阳性表达率与妊娠结局的关系。受试者操作特征(ROC)曲线分析血清HBV pgRNA、PreS1 Ag光密度[D(λ)]值诊断慢性乙型肝炎孕妇合并ICP的效能。结果 合并ICP组慢性乙型肝炎病人血清HBV表面抗原(HbsAg)水平[(3.71±0.92)log IU/mL]、HBV e抗原(HbeAg)阳性率[65.12%(28/43)]、HBV DNA含量[(8.03±1.69)log copies/mL]、天冬氨酸转氨酶(AST)[(79.68±15.73)U/L]、丙氨酸转氨酶(ALT)[(72.08±16.95)U/L]、PreS1 Ag阳性表达率[88.37%(38/43)]、PreS1 Ag D(λ)值水平(1.24±0.25)及HBV pgRNA表达水平[(5.17±1.25)log copies/mL]明显高于未合并ICP组[(2.26±0.74)log IU/mL、24.15%(57/236)、(5.19±1.07)logcopies/mL、(23.01±12.47)U/L、(21.76±10.51)U/L、67.80%(160/236)、(0.92±0.23)、(3.02±0.98)logcopies/mL](P<0.05)。血清HBV pgRNA诊断慢性乙型肝炎孕妇合并ICP的曲线下面积(AUC)为0.89,灵敏度为81.40%,特异度为80.50%。PreS1 Ag D(λ)值诊断慢性乙型肝炎孕妇合并ICP的AUC为0.83,灵敏度为76.70%,特异度为79.20%。二者联合诊断的AUC为0.91,灵敏度为93.00%,特异度为78.40%。合并ICP组、未合并ICP组血清PreS1 Ag阳性的慢性乙型肝炎病人血清HBV DNA、HBV pgRNA表达水平均明显高于PreS1 Ag阴性表达病人(P<0.05)。合并ICP组、未合并ICP组血清HBV pgRNA、PreS1 Ag D(λ)值均与HBV DNA表达水平呈正相关(P<0.05)。合并ICP组产后出血、早产的发生率明显高于未合并ICP组(P<0.05)。发生不良妊娠结局的慢性乙型肝炎合并ICP病人血清PreS1 Ag阳性表达率、PreS1 Ag D(λ)值、HBV pgRNA表达水平均明显高于未发生不良妊娠结局病人(P<0.05)。结论 合并ICP的慢性乙型肝炎病人血清HBV pgRNA表达水平、PreS1 Ag阳性表达率及D(λ)值水平均明显升高,对ICP有一定诊断价值,且两者水平变化均与HBV DNA含量有关,并可能预示病人不良妊娠结局的发生。

小核RNA激活复合体多肽3基因rs4741506多态性与中国汉族人群缺血性脑卒中及其中医证候的相关性分析

目的探讨中国汉族人群中小核RNA激活复合体多肽3(SNAPC3)基因rs4741506多态性与缺血性脑卒中(IS)及其中医证候的关系。方法选取2016年1月至2019年12月在广西中医药大学第一附属医院脑病科住院治疗的774例IS患者作为观察组,同期本院体检中心的健康体检者以及医院骨科轻症外伤患者793例作为对照组。对IS患者进行中医证候辨证,对SNAPC3基因多态性位点rs4741506进行基因分型检测。建立4种遗传模型,应用PLINK软件和SPSS 21.0软件进行遗传关联及基因位点多态性与IS及其中医证候和患者临床指标的相关性分析。结果观察组与对照组rs4741506位点的基因型频率分布差异有统计学意义(χ^(2)=6.366,P=0.041)。在加性模型、显性模型、隐性模型中,SNAPC3基因rs4741506多态性与IS的发生风险均无显著相关性(均P>0.05)。多因素Logistic回归模型分析结果显示,校正年龄和性别后SNAPC3基因rs4741506多态性与IS风证(隐性模型:比值比=0.45,95%置信区间:0.22~0.92,P=0.029)、痰证(隐性模型:比值比=0.39,95%置信区间:0.19~0.81,P=0.011)发生风险相关,而与血瘀证的发生风险无明显相关性(显性模型:比值比=1.42,95%置信区间:1.00~2.01,P=0.051)。在隐性模型下,校正年龄和性别后SNAPC3基因rs4741506多态性与IS痰证患者舒张压水平相关(β=-10.93,95%置信区间:-20.64~-1.22,P=0.028)。一般线性回归分析结果显示,校正年龄和性别后SNAPC3基因rs4741506多态性与IS痰证患者血清载脂蛋白A1(加性模型、显性模型)、载脂蛋白B(隐性模型)、血小板计数(加性模型、显性模型)水平、凝血酶时间(显性模型)显著相关(均P<0.05)。结论SNAPC3基因rs4741506多态性可能影响IS风证及痰证的发生发展。

乳腺癌组织lncRNA CASC2、miR-532-3p表达水平与患者术后5年内生存的相关性

目的探究乳腺癌(BC)组织长链非编码RNA癌易感性候选基因2(lncRNA CASC2)、微小RNA-532-3p(miR-532-3p)表达与患者术后5年内生存的相关性。方法选择2015年1月—2018年6月大同市第五人民医院普通外科收治BC患者127例,术中收集BC组织及癌旁正常组织,荧光定量PCR法检测BC组织和癌旁正常组织中lncRNA CASC2、miR-532-3p表达;对BC患者术后进行为期5年的随访,记录患者5年内生存和死亡情况。比较癌旁正常组织和BC组织lncRNA CASC2及miR-532-3p表达,BC组织中lncRNA CASC2和miR-532-3p表达在不同临床病理特征中的差异,生存组和死亡组临床病理特征和BC组织中lncRNA CASC2及miR-532-3p表达的差异。分析BC组织lncRNA CASC2、miR-532-3p表达的相关性;BC组织中lncRNA CASC2和miR-532-3p表达与术后5年内生存的关系;影响BC患者术后5年内生存的因素;lncRNA CASC2、miR-532-3p对BC患者术后5年内生存的预测价值。结果BC组织中lncRNA CASC2表达水平低于癌旁正常组织,miR-532-3p表达水平高于癌旁正常组织(t/P=38.239/<0.001,49.406/<0.001);肿瘤直径≥2 cm、TNM分期Ⅲ期、肿瘤低分化、淋巴结转移者比例lncRNA CASC2低表达组高于高表达组,而miR-532-3p低表达组低于高表达组(lncRNA CASC2:χ^(2)/P=17.361/<0.001、17.052/<0.001、14.694/<0.001、13.173/<0.001;miR-532-3p:χ^(2)/P=10.733/0.001、9.813/0.002、10.134/0.001、7.444/0.006);127例BC患者术后随访5年,生存99例(生存组),死亡28例(死亡组),肿瘤直径≥2 cm、TNM分期Ⅲ期、肿瘤低分化、淋巴结转移者比例及miR-532-3p表达水平死亡组高于生存组,而lncRNA CASC2表达水平死亡组低于生存组[χ^(2)(t)/P=5.211/0.022、27.149/<0.001、27.990/<0.001、4.590/0.032、19.155/<0.001、10.818/<0.001];BC组织中lncRNA CASC2与miR-532-3p表达呈负相关(r/P=-0.561/<0.001);lncRNA CASC2高表达组BC患者术后5年内总生存率为89.23%(58/65),高于lncRNA CASC2低表达组66.13%(41/62)(χ^(2)/P=9.854/0.002);miR-532-3p高表达组BC患者术后5年内总生存率为65.57%(40/61),低于miR-532-3p低表达组89.39%(59/66)(χ^(2)/P=10.466/0.001);肿瘤直径≥2 cm、TNM分期Ⅲ期、肿瘤低分化、有淋巴结转移、lncRNA CASC2低表达、miR-532-3p高表达均是影响BC患者术后5年内生存的独立危险因素[HR(95%CI)=2.255(1.192~4.263)、2.143(1.252~3.666)、3.089(1.386~6.887)、2.219(1.223~4.026)、2.606(1.174~5.788)、2.855(1.592~5.120)];lncRNA CASC2、miR-532-3p及二者联合预测BC患者术后5年内生存的AUC分别为0.840、0.852、0.908,二者联合预测的AUC大于lncRNA CASC2、miR-532-3p各自单独预测的AUC(Z/P=2.246/0.025、2.033/0.042)。结论BC组织中lncRNA CASC2表达下调,miR-532-3p表达上调,且术后5年内死亡的BC患者较存活患者变化更显著,二者表达与临床病理特征相关,对预测BC患者术后5年内生存情况价值较高。

RNF20影响RNA病毒感染后的巨噬细胞极化

目的 探究环指蛋白20(RNF20)在抗RNA病毒先天免疫中的作用。方法 在293T人胚肾上皮细胞中过表达RNF20,运用双荧光素酶报告基因实验,检测仙台病毒(SeV)感染诱导的干扰素a4(Ifna4)基因启动子活化。构建Rnf20基因髓系条件性敲除小鼠模型(Rnf20F/F;Lyz2-Cre),运用流式细胞术检测Rnf20F/F;Lyz2-Cre和对照Rnf20F/F小鼠骨髓、脾脏和外周血髓系细胞亚群的比例;利用建立的小鼠模型培养骨髓源巨噬细胞(BMDMs),在SeV和水疱性口炎病毒(VSV)感染后,运用免疫印迹检测转录因子干扰素调节因子3(IRF3)和核因子-κB (NF-κB)p65亚基的磷酸化,通过ELISA检测细胞因子IFN-β、TNF-α、IL-6的表达,通过高通量转录组测序分析转录组的改变,并通过LPS和IL-4分别诱导巨噬细胞M1和M2极化,证实RNF20对于转录组的影响。结果 293T细胞中RNF20过表达不影响SeV感染诱导的Ifna4基因启动子活化。Rnf20F/F;Lyz2-Cre和Rnf20F/F小鼠髓系细胞发育无明显差异,在RNA病毒感染2组小鼠的BMDMs后,IRF3、NF-κB p65的磷酸化和IFN-β、TNF-α、IL-6的表达相似,但是一些与巨噬细胞极化相关的基因表达有显著差异。RNF20的缺失有抑制巨噬细胞M1型极化、促进巨噬细胞M2型极化的趋势。结论RNF20不影响RNA病毒感染诱导的IRF3和NF-κB通路活化,但可通过影响巨噬细胞极化而参与感染后炎症的消退。

抑制lncRNA TUG1下调核苷酸结合寡聚结构域样受体蛋白1炎症小体在延缓阿尔茨海默病进展的作用

目的探讨敲低长链非编码RNA(lncRNA)牛磺酸上调基因1(TUG1)抑制核苷酸结合寡聚结构域样受体蛋白1(NLRP1)炎症小体在缓解阿尔茨海默病进展中的作用。方法选取9~10周龄遗传背景为C57/BL6的野生型小鼠(WT组,10只)或淀粉样前体蛋白(APP)/早老素1(PS1)转基因小鼠(30只)。APP/PS1转基因小鼠随机分为模型(model)组,模型+敲低lncRNA TUG1组[model+lncRNA TUG1短发夹RNA(shRNA)组]和model+shRNA非靶标(NT)组,每组10只。分别采集12周龄第1天(3月龄)和32周龄第1天(8月龄)小鼠外周血和脑皮质组织,并分离皮质中的原代小胶质细胞和原代星形胶质细胞,每个时间点每组5只小鼠。Real-time PCR分别测定3月龄和8月龄上述4个分组小鼠脑皮质组织和原代小胶质细胞中lncRNA TUG1和巨噬细胞移动抑制因子(MIF)mRNA的水平,以及原代星形胶质细胞中补体蛋白C1r和C1s mRNA的水平。ELISA法测定其外周血浆中MIF含量。对3月龄和8月龄小鼠脑皮质原代小胶质细胞和原代星形胶质细胞共培养。CCK-8法测定上述2种细胞的增殖能力。Western blotting分别测定3月龄和8月龄上述4个分组小鼠脑皮质组织中MIF、白细胞介素1β前体(pro-IL-1β)、凋亡相关斑点样蛋白(ASC)、Caspase-1(p20)、Caspase-1(full)、NLRP1及NLRP3蛋白的表达水平。采用免疫荧光染色法测定8月龄各分组小鼠脑皮质组织中β淀粉样蛋白(Aβ)表达。结果3月龄和8月龄时,与WT组小鼠相比,model组小鼠脑皮质组织和原代小胶质细胞中lncRNA TUG1和MIF相对表达水平显著上调,原代小胶质细胞和原代星形胶质细胞增殖能力增强(P<0.05)。与model组相比,model+lncRNA TUG1 shRNA组小鼠脑皮质组织和原代小胶质细胞中lncRNA TUG1和MIF的相对表达水平显著降低,原代小胶质细胞和原代星形胶质细胞增殖能力降低(P<0.05)。与WT组相比,model组小鼠外周血浆中MIF含量显著升高;小鼠脑皮质组织中pro-IL-1β、ASC、Caspase-1(p20)、Caspase-1(full)、NLRP1以及NLRP3的蛋白表达水平显著升高;Aβ免疫荧光强度明显增强(P<0.05)。与model组相比,model+lncRNA TUG1 shRNA组小鼠外周血浆中MIF含量显著降低;小鼠脑皮质组织中pro-IL-1β、ASC、Caspase-1(p20)、Caspase-1(full)和NLRP1的蛋白表达水平显著降低,Aβ免疫荧光强度明显降低(P<0.05),而NLRP3蛋白质的表达水平无明显变化(P>0.05)。与model组相比,model+shRNA NT组小鼠上述所有检测指标差异均无显著性(P>0.05)。结论APP/PS1转基因小鼠脑皮质组织和原代小胶质细胞中lncRNA TUG1和MIF因子表达上调与脑皮质内NLRP1炎症小体激活成正相关,敲低lncRNA TUG1可缓解阿尔茨海默病的进展。

血清miR-218-5p、LncRNA OIP5-AS1在急性呼吸窘迫综合征患儿中表达及临床预后预测效能分析

目的探讨急性呼吸窘迫综合征(ARDS)患儿血清长链非编码RNA OIP5-AS1(LncRNA OIP5-AS1)、微小RNA-218-5p(miR-218-5p)表达情况及二者在临床预后预测中的价值。方法回顾性选择2020年7月至2022年2月秦皇岛市第一医院收治的104例ARDS患儿为ARDS组。根据氧合指数(PaO_(2)/FiO_(2))将ARDS患儿分为重度亚组(PaO_(2)/FiO_(2)≤100 mmHg,n=32)、中度亚组(100 mmHg<PaO_(2)/FiO_(2)≤200 mmHg,n=38)、轻度亚组(200 mmHg<PaO_(2)/FiO_(2)≤300 mmHg,n=34)。根据ARDS患儿28 d院内死亡情况将其分为存活亚组(n=74)和死亡亚组(n=30)。另选择同期于本院进行健康体检的98例儿童作为对照组。比较各组血清LncRNA OIP5-AS1、miR-218-5p表达水平;收集患儿性别、年龄、气道峰值压、通气时间、入住ICU时间、动脉血二氧化碳分压(PaCO_(2))、动脉血氧分压(PaO_(2))、入院急性生理学与慢性健康状况评分系统Ⅱ(APACHEⅡ)评分、入院序贯器官功能衰竭评分(SOFA)、平均气道压、潮气量、白蛋白等资料。采用Pearson相关分析ARDS死亡患儿中血清LncRNA OIP5-AS1与miR-218-5p表达水平的相关性;绘制受试者工作特征(ROC)曲线分析血清LncRNA OIP5-AS1、miR-218-5p表达水平对ARDS患儿预后的预测价值;采用Logistic回归分析影响ARDS患儿死亡的因素。结果ARDS组血清LncRNA OIP5-AS1为2.04±0.38,显著高于对照组(1.01±0.21),miR-218-5p为0.45±0.16,显著低于对照组(1.02±0.20),差异均有统计学意义(P<0.05)。对照组、轻度亚组、中度亚组、重度亚组ARDS患儿血清LncRNA OIP5-AS1表达水平依次升高,miR-218-5p表达水平依次降低,差异均有统计学意义(P<0.05)。死亡亚组血清LncRNA OIP5-AS1表达水平及入院APACHEⅡ评分、入院SOFA、平均气道压、潮气量均高于存活亚组,miR-218-5p表达水平及PaO_(2)、白蛋白均低于存活亚组,差异均有统计学意义(P<0.05)。ARDS死亡患儿中血清LncRNA OIP5-AS1与miR-218-5p表达水平呈负相关(r=-0.503,P<0.05)。血清LncRNA OIP5-AS1、miR-218-5p及二者联合预测ARDS患儿死亡的曲线下面积分别为0.852、0.812、0.904。LncRNA OIP5-AS1是ARDS患儿死亡的独立危险因素(P<0.05),miR-218-5p是ARDS患儿死亡的保护因素(P<0.05)。结论ARDS患儿血清LncRNA OIP5-AS1>2.04,miR-218-5p<0.39,均与病情严重程度及预后不良有关。

基于单细胞RNA测序数据的基因调控网络推断算法综述

通过基因表达的变化可以推断基因调控网络.单细胞RNA测序(scRNA-seq)为推断细胞周期或分化等时间依赖性生物过程的基因调控网络提供了新的可能性,基于scRNA-seq数据的基因调控网络推断算法成为一个相对活跃的研究方向.本文首先对26种基因调控网络推断算法进行介绍,包括3种针对批量RNA测序数据的推断算法和23种针对scRNA-seq数据的推断算法(基于布尔网络的算法2种、基于微分方程的算法3种、基于伪时序基因相关性集成策略的算法5种、基于共表达基因的算法4种、基于细胞特异性的算法3种、基于深度学习的算法6种),详细描述了每类算法的方法原理和算法优缺点,对算法进行综合比较;然后分析了推断算法比较研究的相关成果,并使用scRNA-seq数据简单评估了26种算法的性能;最后探讨当前基因调控网络推断算法面临的机遇与挑战.