2010～2012年华中地区猪流行性腹泻病毒分子特征和遗传进化分析

2010年底开始,猪流行性腹泻(Porcine epidemic diarrhea,PED)在中国境内出现严重暴发。为探讨该病突然再次暴发的原因,对2010年10月至2012年6月于华中地区11个地市收集的12株猪流行性腹泻病毒(Porcineepidemic diarrhea virus,PEDV)S、M和ORF3基因进行RT-PCR扩增、克隆及测序,并对其序列变化、遗传进化关系、抗原位点、糖基化位点和多肽极性进行分析。结果显示,12株PEDV流行毒株S、M和ORF3基因部分核苷酸及氨基酸的改变使其关键序列明显不同于以往毒株,其中有11株流行毒株的S基因比现用疫苗毒株CV777多9个核苷酸,而且在其S1区N′端存在大量的氨基酸突变。遗传进化分析显示,12株PEDV华中地区毒株与2007～2009年韩国毒株、2007～2008年泰国毒株、2009～2010年越南毒株、2011年日本毒株及2010～2012年中国其它地区流行毒株亲缘关系均较密切,而与欧洲株(CV 777、Br1/87)、中国现用疫苗株(CV777)及2003～2007年中国分离株(LJB/03、JS-2004-2、DX、QH、LZC)亲缘关系均较远。与现用疫苗株(CV777)相比,流行毒株S蛋白的抗原位点、糖基化位点和跨膜螺旋均有明显改变,提示PEDV在近年呈现快速变异和进化的趋势,因而可能需要选择更有效的疫苗株来控制PEDV的暴发。