基于重测序鉴定耐盐转基因大豆事件外源T-DNA整合位点及特异性检测

[目的]转基因大豆事件L8014是本研究前期利用农杆菌介导的大豆子叶节高效遗传转化技术体系,将来源于山菠菜的基因BADH导入大豆(Glycine max)‘Williams 82’而获得具有良好耐盐(1.5%NaCl)性状的转基因大豆(该材料已经完成环境释放试验)。T-DNA插入位点侧翼序列的获得与分析对于转基因事件的安全评价及应用非常重要,本文旨在明确该转基因大豆材料的分子特征及其检测方法,以进一步推进安全评价。[方法]利用Southern杂交检测转基因大豆外源基因的拷贝数;基于基因组重测序技术,采用BWA(Burrows-Wheeler-Alignment)方法将重测序数据与T-DNA序列以及大豆基因组序列进行比对分析。[结果]T-DNA在大豆基因组10号染色体上的基因组区间3925017—3926022位点,插入方式为反向插入;结合PCR扩增技术获得外源T-DNA整合位点的左、右边界侧翼序列,基于该序列建立了转BADH基因大豆事件L8014的特异性PCR检测方法。[结论]本研究获得了转基因事件的整合位点及侧翼序列,方法快速、结果可靠,为转基因大豆及其衍生产品的检测提供了技术支撑。

EB病毒载量、CD4^(+)T淋巴细胞对儿童传染性单核细胞增多症预后不良的诊断价值

目的探究EB病毒(Epstein Barr virus,EBV)DNA载量与CD4^(+)T淋巴细胞在儿童传染性单核细胞增多症(infectious mononucleosis,IM)预后不良中的诊断价值,为临床决策提供有力支持。方法选取2022年1月至2024年1月常熟市第二人民医院儿科收治的120例IM患儿作为IM组,同时期选取100例EBV感染但未发展为IM的患儿作为非IM组,以及90例健康体检儿童作为对照组。收集三组受试者的临床资料、外周血T淋巴细胞亚群及EBV DNA载量等指标。根据治疗14d后EBV DNA转阴情况,将IM组患儿进一步分为预后良好组(93例)和预后不良组(27例),统计分析比较各组间的差异,并通过多因素Logistic回归分析和ROC曲线评估各指标的诊断价值。结果与非IM组相比,IM组患儿治疗前EBV DNA载量较高(P<0.05),CD4^(+)T淋巴细胞水平较低(P<0.05)。治疗14d后,IM组中有77.5%的患儿EBV DNA转阴。与预后良好组相比,预后不良组患儿治疗前的EBV DNA载量较高(P<0.05),CD4^(+)T淋巴细胞水平较低(P<0.05)。多因素Logistic回归分析指出,EBV DNA载量、白细胞、淋巴细胞、异常淋巴细胞计数及中性粒细胞计数、CD4^(+)T淋巴细胞、CD4^(+)/CD8^(+)T淋巴细胞水平均为IM患儿预后不良的影响因素;ROC曲线分析显示,EBV DNA载量与CD4^(+)T淋巴细胞联合预测预后的诊断效能优于单一指标。结论EBV DNA载量与CD4^(+)T淋巴细胞水平是预测儿童IM预后的重要指标,且二者联合检测能够显著提高诊断效能。

DNMT1与T淋巴细胞因子在急性髓系白血病中的表达水平及相关性分析

目的分析DNA甲基转移酶1(DNMT1)与T淋巴细胞因子在急性髓系白血病(AML)中的表达水平及相关性。方法选取昆明医科大学第一附属医院2020年1月至2022年12月收治的初诊AML患者作为AML组(38例),另选取同期在昆明医科大学第一附属医院进行骨髓穿刺的缺铁性贫血患者作为对照组(21例)。检测并比较两组骨髓DNMT1的信使RNA(mRNA)表达水平及T淋巴细胞因子[白细胞介素(IL)-2、IL-4、IL-6、IL-10、干扰素-γ(INF-γ)、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)、转化生长因子-β(TGF-β)]水平,以及比较不同临床特征AML患者DNMT1表达水平。采用Pearson相关分析AML患者DNMT1表达水平与T淋巴细胞因子水平的相关性。绘制受试者工作特征(ROC)曲线分析DNMT1、T淋巴细胞因子单独及联合检测对AML的诊断效能。结果AML组DNMT1 mRNA表达水平高于对照组(P<0.001)。白细胞计数(WBC)≥5.0×10^(10)/L、骨髓幼稚细胞比例≥60%、外周血幼稚细胞比例≥60%、乳酸脱氢酶(LDH)≥300 U/L、骨髓外浸润、染色体核型预后不良患者DNMT1表达水平分别高于WBC<5.0×10^(10)/L、骨髓幼稚细胞比例<60%、外周血幼稚细胞比例<60%、LDH<300 U/L、无骨髓外浸润、染色体核型预后良好患者,差异均有统计学意义(P<0.05)。AML组血清IL-2、IL-4、IL-10、INF-γ水平高于对照组,TGF-β水平低于对照组,差异均有统计学意义(P<0.05)。Pearson相关分析结果显示,DNMT1表达水平与IL-2、IL-4、IL-10、INF-γ水平呈正相关(r=0.574、0.619、0.527、0.483,P<0.05),与TGF-β水平呈负相关(r=-0.475,P<0.05)。ROC曲线分析结果显示,DNMT1联合IL-2、IL-4、IL-10、INF-γ检测诊断AML的曲线下面积分别为0.918、0.711、0.756、0.726。结论AML患者的DNMT1表达水平升高、T淋巴细胞因子表达失衡,二者存在一定相关性,DNMT1与部分T淋巴细胞因子联合检测对AML具有诊断价值。

CMV-IgM、CMV-DNA及外周血T淋巴细胞在巨细胞病毒肝炎患儿中的变化及其意义

目的:探讨巨细胞病毒(CMV)肝炎患儿血清CMV-IgM、CMV-DNA及外周血T淋巴细胞的变化及其意义。方法:选取阳江市人民医院2018年8月-2021年8月确诊的98例CMV肝炎患儿(CMV组)及同期在本院儿保科进行常规保健的100例健康婴幼儿(对照组)。对比两组的CMV-IgM、CMV-DNA、外周血T淋巴细胞水平,分析T淋巴细胞与患儿肝功能损伤程度的关系。结果:CMV组的血清丙氨酸氨基转移酶(ALT)、天门冬氨酸氨基转移酶(AST)测定值高于对照组,血清白蛋白(ALB)测定值低于对照组,差异均有统计学意义(P<0.05)。CMV组的外周血CD3^(+)CD8^(+)T细胞测定值高于对照组,CD3^(+)CD4^(+)T细胞、CD4^(+)/CD8^(+)测定值低于对照组,差异均有统计学意义(P<0.05)。CMV组的血清CMV-IgM阳性率为87.76%、CMV-DNA阳性率为64.29%,均高于对照组,差异均有统计学意义(P<0.05)。CMV肝炎患儿的CD3^(+)CD4^(+)T细胞与ALT、AST、总胆红素(TBIL)均呈负相关性,CD3^(+)CD8^(+)T细胞与ALT、AST、TBIL均呈正相关性,CD4^(+)/CD8^(+)与ALT、AST、TBIL均呈负相关性(P<0.05)。CMV-Ig M诊断CMV肝炎患儿的敏感度为87.76%、特异度为86.00%;CMV-DNA诊断CMV肝炎患儿的敏感度为64.29%、特异度为100%。结论:CMV肝炎患儿血清呈现明显的免疫功能失衡,并且与肝功能受损程度有关,CMV-IgM诊断CMV肝炎敏感度较高,CMV-DNA诊断CMV肝炎患儿特异度较高,临床上可考虑将二者联合检测,提高诊断效率。

宫颈病变患者HR-HPV载量和调节性T淋巴细胞的表达及意义

目的 研究不同宫颈病变患者高危型人乳头瘤病毒(HR-HPV)载量和调节性T淋巴细胞(Treg)表达差异。方法 选取2021年3月至2023年9月江苏省常熟市中医院200例HR-HPV持续感染患者,分为宫颈上皮内瘤变(CIN)组、宫颈癌组及宫颈炎组,检测并比较3组宫颈分泌物中HPV-DNA和Treg细胞比例。结果 宫颈炎组、CIN组Ⅰ级、CIN组Ⅱ级、CIN组Ⅲ级及宫颈癌组患者HR-HPV感染阳性率、HR-HPV载量及Treg细胞比例差异均有统计学意义(均P <0.05)。CIN组Ⅲ级、宫颈癌组患者中不同HR-HPV载量组间Treg细胞比例差异均有统计学意义(均P <0.05)。CIN组Ⅲ级及宫颈癌组患者HR-HPV载量与Treg细胞呈明显正相关(均P <0.05)。结论 HR-HPV载量与宫颈病变程度有关,宫颈微环境中的Treg细胞与HR-HPV载量共同参与宫颈病变的发生发展。

T-DNA插入产生的水稻白化苗突变的遗传分析

在筛选和鉴定水稻T-DNA(含Basta抗性基因Bar)插入纯合体的过程中,观察到1个白化苗的突变体.对该突变体进行遗传分析表明,分离群体出现绿苗和白化苗2种类型,其分离比率为3∶1,符合1对基因的显性遗传.Basta抗性检测、PCR分子检测及Southern杂交证实,该突变体是由单一T-DNA插入所引起的,白化苗性状与T-DNA共分离.该突变材料可用于插入座位的基因克隆.

转基因水稻T-DNA侧翼序列的扩增与分析

利用现有的转抗白叶枯病基因Ｘａ２１的水稻材料，通过ＴＡＩＬ－ＰＣＲ技术扩增出携带Ｘａ２１基因的Ｔ－ＤＮＡ的侧翼序列。对２４个有效扩增片段的序列分析结果表明，其中１４个侧翼序列是水稻ＤＮＡ，９个含载体主干序列，１个是外源基因Ｘａ２１片段。１４个Ｔ－ＤＮＡ侧翼的水稻ＤＮＡ序列与直接转化法外源基因整合位点的基因组序列具有不同的特点。这些Ｔ－ＤＮＡ在水稻染色体上整合后其两端序列的特点类似于在转基因双子叶植物中观察到的现象。在含主干序列的侧翼序列（３７．５％，９ ／ ２４）中，载体主干序列是以不同的类型出现的。

稻瘟病菌T-DNA插入方法优化及其突变体分析

优化了农杆菌介导转化稻瘟病菌获得T DNA插入突变的条件 ,包括选择转化子的潮霉素B用量 ,抑制农杆菌的抗生素头孢噻肟钠和羧苄青霉素的配比 ,不同转化阶段培养基的选择等。转化 1× 10 6 个孢子平均可获得约5 0 0个左右的转化子 ,PCR和TAIL PCR检测表明约 85 %转化子中含T DNA插入。对 15 2 0个突变体进行形态变异观察 ,发现菌落颜色突变的有 15个 ;随机取 5 8个突变体进行比较 ,发现产孢量减少的 4个 ,孢子萌发率降低的 8个 ,附着胞形成率降低的 9个 ;还获得对水稻品种C10 1LAC(Pi 1)和 75 1 12 7(Pi 9)致病的突变体 。

棉花黄萎病菌T-DNA插入突变体表型特征和侧翼序列分析

【目的】为鉴定棉花黄萎病菌随机插入突变体的表型特征,构建黄萎病菌遗传转化和功能基因研究的技术平台。【方法】采用农杆菌介导的T-DNA插入和高效TAIL-PCR方法。【结果】获得了2628个棉花黄萎病菌VD991的T-DNA随机插入的突变体和15个突变体插入位点的侧翼序列。部分突变体的表型特征和插入位点侧翼序列分析表明,①突变体的菌落形态分为菌丝型、菌核型和中间型3类,菌核型约占7.3%;②在摇瓶培养条件下,突变体产孢高峰在接种后第5—6天,菌核型突变体的产孢能力普遍高于菌丝型;③棉花黄萎病菌VD991可以产生胞外蛋白酶、淀粉酶、纤维素酶和果胶酶。筛选获得蛋白酶分泌缺失的突变体3个,淀粉酶分泌缺失的突变体1个,果胶酶分泌降低的突变体6个;④菌核型突变体的致病力普遍高于野生型。获得了6个致病力减弱的突变体;⑤突变体侧翼序列与同种的大丽轮枝菌菌株VDLs.17基因组的序列一致性在95%—100%之间,与不同种的黑白轮枝菌VaMs.102序列的一致性为87%—94%。【结论】农杆菌介导的T-DNA随机插入可用于棉花黄萎病菌突变体的构建,突变体微菌核的产生与其产孢能力、致病性存在相关关系。美国大丽轮枝菌菌株VDLs.17基因组可用作黄萎病菌VD991功能基因研究的参考序列。

T-DNA(Ds)插入产生的水稻卷叶突变的遗传分析

在筛选和鉴定水稻T-DNA(D s)插入纯合体的过程中,观察到1个叶片卷曲的突变体.对该突变体进行遗传分析表明,分离群体出现叶片卷曲和叶片正常2种植株类型,其分离比率为3∶1,符合1对基因的显性遗传.Basta抗性检测及PCR分子检测证实,该突变体是由单一T-DNA(D s)插入所引起的,突变性状与T-DNA(D s)共分离.该突变材料可用于插入座位的基因克隆.

利用双T-DNA载体系统获得无选择标记转基因菊花

为获得具有无选择标记的转基因菊花,构建了一个双T-DNA超级双元载体pCAMBIA1301-gus,其中一个T-DNA结构域中含有选择标记基因hpt,另一个T-DNA结构域中含有目的基因gus,而且两个T-DNA结构顺序相连,中间没有其他插入序列。利用农杆菌介导转化菊花幼嫩茎尖薄层细胞,共获得506个抗性植株,通过PCR和Southern杂交检测表明共转化率为38.4%,对其中17个同时整合了hpt和gus基因的植株自交获得的T1代株系进行检测,发现约有15.8%的T1代植株中不含选择标记基因hpt,结果表明双T-DNA载体系统能有效地用于培育无选择标记转基因植物。

稻瘟病菌T-DNA插入突变体库构建及致病相关突变体筛选

利用农杆菌T-DNA介导的遗传转化体系转化稻瘟病菌(Magnaporthe grisea)Y34菌株,平均每转化1.0×106个稻瘟病菌分生孢子可得到约300个抗潮霉素菌株。用该转化体系转化和筛选,获得抗潮霉素菌株6855个。PCR检测结果表明,所有表现抗潮霉素菌株均含抗潮霉素基因,说明抗潮霉素特性是T-DNA携带潮霉素基因插入Y34基因组的表型效应,即抗潮霉素菌株是T-DNA插入突变体。对56个突变体DNASouthern检测结果表明,有27个突变体是单拷贝插入,突变体T-DNA插入拷贝数平均为1.43。随机取1600个突变体进行致病力测定,结果发现23个突变体完全丧失致病能力。

稻曲病菌T-DNA插入突变体5062的插入位点分析

【目的】研究稻曲病菌致病力增强的ATMT突变菌株5062,为稻曲病菌致病机制解析、致病相关基因克隆提供方法基础。【方法】测定和观察5062的菌落直径、菌落形态、产孢能力等生物学特性,进一步利用TAIL-PCR和RACE技术克隆5062基因组的T-DNA侧翼基因,并比对分析基因的信息,最后利用RT-PCR检测突变基因的表达量。【结果】与野生型菌株相比,突变菌株5062田间接种表现为致病力增强,在MM和水琼脂培养基上生长速率减慢,产生大量分生孢子,而在PSA和TB3培养基上,其菌落形态、色素等方面与野生型无明显差异。TAIL-PCR扩增得到的紧邻T-DNA两侧的侧翼序列在野生型中不相邻。TAIL-PCR结合RACE技术克隆了5062基因组的T-DNA侧翼基因,RT-PCR表明T-DNA插入位点右侧1个基因在突变体中上调表达。【结论】突变菌株5062的致病力增强,在营养贫乏条件下产孢能力增强,其表型的变化可能是染色体重排和T-DNA插入共同影响的结果。

T-DNA插入产生的水稻迟抽穗突变体的遗传分析

在筛选和鉴定水稻T-DNA插入纯合体的过程中,观察到一个迟抽穗的突变体。对该突变体进行遗传分析的结果表明,分离群体后代中出现正常抽穗、迟抽穗和特迟抽穗3种类型,分离比率为1∶2∶1,符合一对基因的不完全显性遗传;对突变体及其后代分离群体做Basta抗性检测及PCR分子检测,证实该突变体是由T-DNA插入所引起的,突变性状与T-DNA共分离。该材料可用于插入座位的基因克隆。

参与农杆菌侵染及T-DNA转运过程植物蛋白的研究进展和思考

农杆菌是一种革兰氏阴性土壤病原细菌,携带具有天然转基因功能的Ti质粒或Ri质粒,能将一部分遗传物质插入到寄主植物的染色体上,使其稳定遗传和表达,赋予植物新的性状。所以农杆菌作为最有效的转化媒介,已被广泛应用于多数双子叶植物和部分单子叶植物转基因研究。虽然农杆菌介导的转化技术具有操作简单、成本低廉,转基因沉默几率小,插入基因拷贝数少等优点,但农杆菌介导植物遗传转化是一个复杂的生物学过程,需要一系列农杆菌蛋白和植物蛋白相互作用,共同完成外源基因的转入和整合。植物相关蛋白在转化过程中起着重要作用。其中,阿拉伯半乳聚糖蛋白(AGP)、植物根钙粘附蛋白和类玻连蛋白等参与农杆菌附着于植物细胞表面的过程;鸟苷三磷酸腺苷酶(GTPase)和BTI蛋白协助T-DNA和Vir效应蛋白进入植物细胞;actin、GIP、VIP等蛋白参与T-DNA复合体在细胞质中的运输的过程;与Vir效应蛋白互作的VIP1、VIP2、KAPa、PP2C、Roc等蛋白协助T-DNA定位于植物细胞核;组蛋白、VIP1和VIP2等引导T-DNA在植物基因组上的整合。由于植物种类间存在巨大差异,上述一些植物蛋白基因的过表达虽能提高农杆菌转化某些植物的转化效率,但不能提高另一些植物的转化效率。在容易被农杆菌遗传转化的植物如拟南芥、水稻中的研究表明,VIP1、VIP2、AGP、H2A等蛋白与农杆菌转化关系密切,但这些蛋白在利用农杆菌转化较难的作物如小麦、玉米中的功能还不明确,因而需要在不同植物中继续筛选和鉴定与T-DNA转化相关重要蛋白的编码基因。目前,农杆菌介导的植物遗传转化有2个显著特点,一是农杆菌介导转化烟草、拟南芥、水稻等模式植物的技术日渐成熟,二是农杆菌介导转化小麦、玉米、大豆等重要作物的技术仍然没有本质突破,植物相关蛋白在T-DNA转运、整合等过程中的作用还需要深入研究和进一步明确。文章主要对参与农杆菌介导遗传转化植物整个过程中相关植物蛋白的研究进展进行了综述,以期为提高农杆菌转化顽拗型作物的转化效率提供参考。

水稻T-DNA插入突变体库的筛选及遗传分析(英文)

T-DNA标签技术是分离和研究植物功能基因的有效方法,寻找T-DNA插入表型突变体是进一步开展研究的关键所在。文章对以ZH11、ZH15为受体亲本构建的4416份T1代标签系进行了表型鉴定,发现存在拟纯合突变和系内分离突变两种类型,突变表型涉及株高、生育期、叶形、叶色、分蘖力、植株松紧度、穗颈节、穗形、颖花、粒形、类病变、雄性不育、生长极性等14类性状。其中,株高、生育期、叶色、雄性不育有着相对较高的突变频率(超过1%),株高和叶色的突变频率在品种及年度问表现稳定,而生育期、雄性不育波动较大,表明这类性状的表型易受到环境的影响。通过T1、T2连续世代的共分离分析,筛选出3个与穗部或颖花发育相关的T-DNA插入突变体,为分离相关功能基因奠定基础。随机选择42份有表型突变的标签系,通过质粒拯救和TAIL-PCR的方法分离其侧翼序列,从39个标签系中获得40条序列,其中25条为载体序列,14条与水稻基因组有很好的同源性,BlastN分析结果表明T-DNA有优先整合进植物功能基因内部的特性。

Ri T-DNA对盾叶薯蓣的遗传转化及薯蓣皂甙元产生的影响(英文)

利用农杆菌介导法成功地将RiT-DNA转入药用植物盾叶薯蓣 ,产生了毛状根 ,经分子信标探针检测农杆菌Ri质粒上的T DNA已整合进植物基因组中。研究建立了毛状根大量快速繁殖技术 ,基本技术要求为 :1/ 2MS液体培养基 ,2 8℃培养温度 ,35 0lux弱光条件下有利于毛状根的增殖培养 ,提高生物量。HPLC测定结果显示 ,转基因获得的毛状根其薯蓣皂甙元的含量分别是微块茎、愈伤组织和植物体合成量的 5 . 6 8倍、6 . 12倍和 2 . 6 8倍。

利用双T-DNA载体系统培育无选择标记转基因大豆

利用PCR和Southern杂交检测了161株转△6-脂肪酸脱氢酶基因(D6D)的T1代植株,初步筛选出只含有功能基因(D6D)而不含有筛选标记基因(bar)的转基因大豆植株9株,为获得富含γ-亚麻酸但不含选择标记基因的转基因大豆奠定了基础,并为转基因大豆的安全性种植提供了保障。同时对无标记基因的转基因植株进行了叶片涂抹除草剂验证,探讨了叶片涂抹除草剂结合目的基因PCR检测筛选无选择标记转基因植株的可行性。

T-DNA插入水稻群体中卷叶突变体R1-A2的遗传分析

在根癌农杆菌介导的T-DNA(携带有除草剂Basta抗性基因bar和Ds因子)转化中花11水稻群体中,获得了一个叶片发生明显内卷的突变体R1-A。经过连续三代的分离鉴定,获得突变体的纯合株(R1-A2),并与中花11号进行杂交,在调查的36个F_1植株中,全部表现为卷叶,并对Basta除草剂都表现为抗性。在852个F_2单株中,卷叶为645株,正常叶207株,卷叶和正常叶的比例为3:1,其中,卷叶株均对Basta表现抗性,正常叶株均对Basta表现敏感,表明卷叶性状和Basta抗性存在着共分离关系。用扩增Ds因子的引物,对F_2中45个卷叶抗性株进行PCR鉴定,都获得预期长度的Ds因子片段,进一步表明在这些卷叶的植株中都有T-DNA的插入;而30个正常叶敏感株都不能检测到Ds的特征片段。在以卷叶突变(R1-A2)为回交亲本的F_1B_1植株中,全部植株表现卷叶;在以中花11号为回交亲本的F_1B_1植株中,卷叶和正常叶植株的分离比为1:1。上述结果表明该卷叶突变是个显性突变,受一个基因所控制,且该基因的突变与T-DNA的插入有关。

T-DNA插入产生的水稻多分蘖突变的遗传分析

在筛选和鉴定水稻T-DNA(含Basta抗性基因Bar)插入纯合体的过程中,观察到一个多分蘖的突变体。其分离群体中多分蘖和正常分蘖两种植株类型的分离比率为3∶1,符合1对基因的显性遗传。Basta抗性检测、PCR分子检测及Southern杂交证实,该突变体是由单一T-DNA插入引起的,多分蘖性状与T-DNA共分离。该突变材料可用于插入座位的基因克隆。