连作苹果园土壤真菌的T-RFLP分析

为探讨连作苹果园不同土壤空间真菌群落结构,应用T-RFLP(Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism)技术,比较了3个连作园不同取样位置(行间、原穴、株间)和不同土层(0—30 cm、30—60 cm)的土壤真菌多样性,并结合不同样品TRFLP图谱的差异,采用多样性指数分析、聚类分析和主成分分析(PCA),分析了3个连作园土壤真菌群落结构特征。结果表明,磁窑、道朗和金城连作园的土壤真菌多样性存在差异,各采样地区的Shannon多样性指数在0.43—2.47之间,Pielou均匀度指数在0.17—0.85之间,Simpson优势度指数在0.12—0.81之间,Margalef丰富度指数最高的是金城树穴0—30 cm土层(R=4.55),最低的是磁窑行间30—60 cm土层(R=0.77)。在调查的不同取样位置、不同土层中,原树穴具有最高的多样性指数、均匀度指数、丰富度指数和最低的优势度指数;0—30 cm土层的土壤真菌多样性指数、均匀度指数、丰富度指数均高于30—60cm土层,而优势度指数的趋势正好相反;PCA和聚类分析结果显示磁窑、道朗和金城连作园的土壤真菌群落结构均有明显差异,3个连作园的土壤真菌各自构成一个独立的群落结构,这些群落能够适应各自的土壤环境并成为环境的优势群落。

连作烟草对土壤微生物区系影响的T-RFLP分析

应用T-RFLP技术研究连作烟草根际土壤微生物的区系变化。结果表明:与对照相比,烟草连作导致38种微生物数量显著下降,其中与碳素循环相关的12种,与氮素循环相关的9种,与改善土壤质地相关的4种,益生菌5种,病原菌8种;而烟草连作造成35种微生物数量显著上升,其中病原菌23种,占总体的65.71%。可见烟草连作导致土壤营养元素循环相关微生物数量显著下降,而病原菌数量显著上升,并最终导致烟草连作障碍的形成。

DGGE、T-RFLP、LH-PCR对两种活性污泥的微生物种群多样性分析的比较

采用基于PCR扩增的分子生态技术DGGE、T-RFLP和LH-PCR,对2种典型污水处理系统中的活性污泥(生活污泥、焦化污泥)进行微生物种群多样性分析;并以此比较3种技术的优劣,提出不同应用条件下研究方法的选择依据。根据实验结果:DGGE得到的条带较多,但误差来源也最多;T-RFLP技术较为灵敏,但需要选择适当的内切酶,严格控制酶切条件,并且文库比对误差较大;而LH-PCR操作简单,结果稳定性较高。虽然目前尚无法判断3种方法的准确性,但LH-PCR在活性污泥的微生物种群多样性分析中已显示出潜在优势。

T-RFLP技术分析油藏微生物多样性

应用T-RFLP(末端限制性片段长度多态性)技术分析和比较了胜利油田单12区块的一口注水井(S12-zhu)和三口采油井(S12-4、S12-5和S12-19)的油藏微生物多样性。基于T-RFLP图谱的多样性指数表明注入水样品具有更丰富的细菌和古菌多样性。相似性指数表明,样品间细菌群落结构的相似性介于22.4%～30.8%之间,古菌群落结构的相似性介于20.8%～34.5%之间。查询RDP数据库推测这4个油藏样品所共有的优势微生物可能为Pseudomonas属,Marinobacter属和产甲烷微生物。T-RFLP技术能方便快捷的分析微生物多样性,其在油藏微生物多样性研究上的应用可以为MEOR提供有用的信息。

环境微生物群落分析的T-RFLP技术及其优化措施

末端限制性酶切片段长度多态性分析(terminal restriction fragment length polymorphism, T-RFLP)是近年来发展起来的、不依赖于培养的微生物群落分析方法之一.由于其在微生物群落结构分析方面的特点,包括分辨率高、易于实现自动化及互联网海量数据共享等优势,自1997年最先被报道以来得到了广泛的应用,成为环境微生物群落分析的最强有力的工具之一.本文详细介绍了T-RFLP技术的原理,并从环境样品群落DNA的提取、引物设计和PCR扩增、限制性酶切、电泳分离检测和T-RFLP图谱解析等5个方面讨论了用该技术解析环境微生物群落的方法和技巧,简述了近8 a来国外T-RFLP技术在群落分析中的研究进展.类似于其他的分子微生物生态学技术, T-RFLP也有自身的缺陷,因此重点分析了该技术的局限性及相应的解决办法.

应用T-RFLP技术研究五氯酚对好氧颗粒污泥中细菌组成的影响

研究了五氯酚(PCP)对好氧颗粒污泥处理生活污水的影响,借助末端限制性酶切片段长度多态性(T-RFLP)技术考察了PCP存在时好氧颗粒污泥细菌组成的变化.结果表明,PCP对氨氮去除率的影响大于对COD去除率的影响,好氧颗粒污泥中微生物的种群数量随着PCP浓度的增加而逐渐减少,氨氮和COD去除率的变化与微生物种群数量变化相吻合.根据对PCP的敏感程度,好氧颗粒污泥中的微生物可分以下几类:①对PCP高度敏感的微生物,可能是Microbacterium或Streptococcus等以及2种未被报道的菌种;②对PCP中度敏感的微生物,可能是Corynebacterium或Nevskia等以及1种未被报道的菌种;③对PCP低度敏感的微生物,可能是Mycoplasma或Exiguobacterium等以及1种未被报道的菌种;④对PCP耐受性强的微生物,这类微生物主要是13个末端限制性片段(69、71、82、175、198、241、229、232、233、240、245、269、449bp)所代表的微生物,PCP浓度为30mg/L时,长度为82bp和175bp的片段的相对面积分别22.7%和13%,所代表的微生物已经演替为优势菌群.

利用T-RFLP技术对温榆河微生物群落结构研究

利用T-RFLP技术(综合运用PCR技术、DNA限制性酶切技术和DNA序列自动分析技术)对温榆河不同尺度、不同时期的微生物群落结构进行了研究.从微生物的种类数、物种丰度、优势菌落、群落结构稳定性等方面特征着手,找出其优势群落;利用两种多样性指数(香侬一威勒多样性指数、辛普森多样性指数)探讨各种微生物群落结构的多样性以及同一群落随时间而发生的变化;比较了微生物指标与水质指标COD之间的变化关系.结果表明,温榆河不同尺度、不同时期的微生物具有明显变化,说明季节性变化对水体中微生物群落产生了明显的影响;T-RF67bp、151bp、440bp、481bp、488bp所代表的微生物群落体现其为优势种群;T-RF为135bp、151bp、440bp的微生物群落对于外界反映最敏感,验证其有可能能作为环境变化的指示性生物;微生物指标与COD呈现明显的正相关.

营养注入后油藏微生物群落16S rRNA基因的T-RFLP对比分析

为了监测油藏微生物群落动态,应用不依赖微生物培养与克隆的T-RFLP方法研究了模拟油藏环境中营养物的注入对油藏微生物群落结构的影响。以基因组总DNA为模板,用细菌和古菌的荧光标记引物对16S rRNA基因进行PCR扩增,扩增产物经限制性内切酶RsaI和MspI消化,用毛细管凝胶电泳分离酶切产物后利用LIFD检测器精确检测T-RFs,以确定每个片断的长度和丰度。不同时期微生物群落的T-RFLP对比分析表明,营养物注入后,T-RF的数量与丰度都有显著提高,且不同时期呈现出不同的群落结构。在内源微生物驱油研究中,T-RFLP方法是跟踪油藏微生物群落动态和对比分析群落结构的有效方法。

微生物生态学中分子生物学方法及T-RFLP技术研究

根据微生物基因 (DNA)多态性来研究微生物的多样性 ,是建立在多聚酶链式反应 (PCR)基础之上分子生物学的新方法 ,克服了传统微生物培养方法的限制。从理论、实验及应用角度出发 ,介绍了几种在微生物生态学中应用较为广泛的分子生物学技术 ;详细阐述了微生物生态学中分子生物学的一种新研究方法———末端限制性片段长度多态性 (T -RFLP)技术 ,该技术作为一种研究微生物群落特征的理想方法已经越来越受到人们的重视。

基于T-RFLP方法的连栽杉木根际土壤细菌群落变化研究

运用末端限制性片段长度多态性技术(T RFLP),研究福建省尤溪国有林场的多代连栽杉木根际土壤细菌群落变化特征。结果表明:杉木多代连栽后根际微生态失衡,表现为碳循环菌和氮循环菌等有益菌数量减少,病原菌数量增加。在不同代数杉木土壤中,4种内切酶消化后产生的末端限制性片段(T RFs)数量具有显著差异,第一代杉木(first Chinese fir rotation plantation,FCP)最高,第二代杉木(second Chinese fir rotation plantation,SCP)次之,第三代杉木(third Chinese fir rotation plantation,TCP)最少。土壤理化性质结果表明连栽导致土壤养分逐代降低,除土壤碳氮比与细菌群落多样性呈显著负相关外,土壤养分含量指标与细菌群落多样性呈显著正相关。T RFLP实验共鉴定出细菌门类12门,其中厚壁菌门、蓝藻门、放线菌门和变形菌门是主要优势菌群。随栽植代数的增加,变形菌门细菌比例递增,而厚壁菌门细菌比例递减。土壤细菌群落多样性指数,表现为随栽植代数增长而减少,呈现FCP>SCP>TCP趋势,与T RFs片段数量变化趋势基本一致,表明多代连栽降低了杉木根际土壤细菌群落多样性。依据功能性不同,可将鉴定出的细菌划分为5类:碳循环功能菌、硫循环功能菌、氮循环功能菌、纤维降解菌及病原菌。连栽导致碳循环菌和氮循环菌相对含量降低,硫循环菌和纤维降解菌相对含量提高,病原菌相对含量随栽植代数增加而上升。

土壤细菌DNA提取及多样性分析的T-RFLP方法

获得高质量的土壤总DNA是土壤细菌生态学的关键步骤之一。实验通过综合应用两个试剂盒(Soilmaster kit和DNA IQ^(TM)系统)的优点进行土壤样品总DNA的提取,结果证明该方法是一种快速、有效、灵敏、稳定的土壤DNA提取方法。另外尝试将16S rDNA序列和T-RFLP(Terminal restriction fragment length polymorphism)技术引入土壤细菌DNA群落多样性的研究中,证明T-RFLP是一种有力的土壤细菌多样性分析工具。

土壤细菌群体多样性的T-RFLP分析应用探讨

目的探讨土壤细菌群体多样性的末端限制性片段长度多态性(terminal restriction fragment length poly-morphism,T-RFLP)分析在法庭科学应用的相关问题。方法依据不同土壤中的细菌群体存在多样性和差异,联合利用细菌16S rDNA序列、末端限制性片段长度多态性(terminal restriction fragment length polymorphism,T-RFLP)方法对5个来源不同的土壤样品和4个同一来源土壤样品的细菌群体多样性进行比较分析,计算土壤样品间的相似系数。结果不同来源的5个土壤样品间相似系数,最大者为0.44,最小为0.3;同一来源的4个土壤样品相似系数,最大为0.87,最小为0.76。结论不同来源土壤的细菌群体多样性存在差异。

微生物生态学一种新研究方法-T-RFLP技术

T RFLP是建立在PCR基础之上一种新的微生物生态学研究方法。该方法克服了传统微生物培养方法的限制、应用快速、灵敏度高且输出定量的数据结果 ,被广泛应用到菌种鉴定、群落对比分析、群落中系统发育种群多样性的评估等领域。目前我国仍没有关于此方法应用的相关报道 ,但作为一种研究微生物群落特征的理想方法 ,T RFLP已经越来越受到相关研究人员的重视。该文主要介绍了该方法的基本原理。

新疆沙尘暴源区塔克拉玛干空气真菌群落的T-RFLP分析

【目的】了解新疆塔克拉玛干沙漠周边地区空气真菌物种多样性及群落结构特征。【方法】应用末端限制性片段长度多态性(T-RFLP)技术分析和比较塔克拉玛干沙漠空气真菌多样性。【结果】塔克拉玛干沙漠周边且末地区的空气真菌物种多样性最高,尉犁地区最少,9个地区空气样品间相似性介于8.3%～41.9%,其中若羌和莎车地区的相似性最高,达到41.9%;尉犁地区与且末、叶城的相似性最低,为8.3%,与聚类分析结果大体上相一致。典型性相关分析(CCA)表明非生物环境因子(海拔、温度、风速等)影响空气真菌群落的多样性。【结论】塔克拉玛干沙漠周边9个地区空气真菌多样性较丰富,且各地区的优势真菌种群和丰度不同;限制性内切酶的种类对空气真菌群落信息的描述有较大影响。

基于T-RFLP技术的不同水位梯度植物根际细菌群落多样性特征分析

为了解水位梯度控制下不同湿地植物根际细菌群落多样性,以北京市奥林匹克公园植物氧化塘人工湿地为例,采用末端限制性片段长度多态性(T-RFLP)技术结合ANOVA分析,比较了水位梯度控制下三棱草、芦苇、香蒲、睡莲4种植物根际细菌群落的多样性。研究结果显示:随着水位梯度加深,根际细菌群落多样性呈现减少趋势,HhaⅠ、MspⅠ、RsaⅠ3种不同酶切所得结果一致,且综合3种酶切的PAT比对中RFs组合数量随水位梯度加深也呈相应变化趋势。进一步分析发现,随水位梯度加深植物根际可培养细菌RFs数量变化较显著。不同水位梯度下各植物根际细菌群落中差异显著的菌群为Beta变形杆菌纲,水位梯度加深可能导致不同生态型植物根际泌氧能力降低,进而影响植物根际好氧细菌生存,从而出现三棱草根际属水平菌群丰富度最高,其次为芦苇、香蒲,最少为睡莲。各植物根际细菌群落的优势属多数为变形杆菌门,是脱氮除磷的功能性菌门,其中产碱杆菌属和黄杆菌属为四种植物根际细菌的共同优势属,在碳氮循环中起重要作用。

T-RFLP技术及其在微生物群落结构研究中的应用

作者介绍了末端限制性片段长度多态性(T-RFLP)分析技术的基本原理和操作方法,并就该方法在生态环境中、动物和人体内微生物群落结构的研究应用情况做了综述。由于T-RFLP分析技术不依赖于细菌培养,并且整合了自动测序仪的高分辨率和高通量特征,因此,对于分析复杂的群落结构比其它的指纹识别技术具有更明显的优势,最后分析了此种技术的不足之处并对它的应用前景做出了展望。

T-RFLP分析技术在肉鸡肠道微生物研究中的应用

本文阐述了末端限制性片段长度多态性(T-RFLP)分析技术的基本原理和技术路线,讨论了应用T-RFLP分析技术相对于应用传统方法研究肉鸡肠道微生物的优势,总结了应用T-RFLP分析技术研究肉鸡肠道微生物的发展历程,分析了应用T-RFLP分析技术研究肉鸡肠道微生物存在的问题及解决方法,并对其应用前景进行了展望。

太湖有机聚集体上附着细菌群落结构与动态的T-RFLP分析(英文)

有机聚集体(organic aggregates),是指由浮游动(植)物的残体、粪便颗粒及各种有机碎屑、活的自养及异养微生物以及无机颗粒等由于物理的、化学的或生物的作用聚集而成的颗粒物。人们对水生态系统中有机聚集体的认识始于 20 世纪 50 年代的海洋学研究。细菌是有机聚集体最重要的组成部分之一。有机聚集体在水体中物质与能量循环中的作用很大程度上是靠附着其上的异养细菌而起作用的。目前,有机聚集体的概念在水生态系统中已被广泛接受,由于其独特的物理、化学及生物组成,以及复杂的形成、转化过程,使其在水生态系统中具有重要的生态学作用。然而,有关浅水湖泊中有机聚集体上细菌群落的研究目前尚未见报道。近年来,基于 DNA 多聚酶链式反应(PCR)的末端限制性片段长度多态性(T-RFLP)技术是一种新兴的研究微生物多态性的分子生物学方法。该技术由于具有快捷、高分辨率、高通量和不依赖于培养等优点而被广泛应用于微生物群落结构的时空演替研究。本研究采用 T-RFLP 技术,研究了太湖梁溪河入湖河口(Site A)和贡湖湾(Site B)2006 年 6 月至2007 年 5 月一年间有机聚集体上附着细菌群落组成的时空变化规律。T-RFLP 分析检测到这两个采样点共有 187 个独特的末端限制性片段(T-RFs),月平均 T-RFs 分别 42.7 和 44.9。t 检验显示它们没有显著性差异(P >0.05)。虽然河口的营养盐浓度要显著高于贡湖湾(P <0.01),T-RFLP 结果表明,太湖中营养盐的浓度已经不是有机聚集体上附着细菌多样性的限制因子。聚类分析显示,除了春季外,河口和贡湖湾有机聚集体上细菌群落结构有明显的不同。在 T-RFLP 分析附着细菌群落组成及季节变化的基础上,采用多元统计方法研究环境因子与附着细菌群落组成变化的相关性。典型对应分析(CCA)结果表明诸多环境因子中,DIP、DIN 和水温与有机聚集体上细菌群落结构的变化具有显著的相关性 (P < 0.05)。

应用T-RFLP技术分析不同土壤温度和施肥方式下设施土壤细菌群落结构

采用末端限制性片段长度多态性分析(T-RFLP)和荧光定量PCR技术,研究了两种土壤温度(对照不增温,10°C ±2°C;增温,20°C ±2°C)和两种施肥方式(对照不施肥;鸡粪有机肥底肥+尿素追肥)对土壤细菌群落结构及其多样性和数量特征的影响。结果表明:相同施肥方式下,土壤增温增加土壤速效养分含量,尤其在施肥时增加幅度更明显。分析显示施肥对土壤细菌群落结构的影响在不同土壤温度条件下表现不同。土壤不增温条件下,施肥增加细菌Pielou均匀度指数和Shannon-Weiner多样性指数,Simpson优势度指数降低;土壤增温条件下,则效果相反。与不增温比,增温使土壤细菌Pielou均匀度指数和Shannon-Weiner多样性指数降低,但物种个体数和Simpson优势度指数增加明显。增温改变了土壤细菌群落结构,62 bp和93 bp两种限制性末端片段在土壤增温条件下优势度提高,主要包括共生菌和杆菌。

小叶满江红(Azolla microphylla)内生细菌多样性的T-RFLP分析

[目的]应用T-RFLP技术揭示小叶满江红内生细菌的多样性。[方法]将分离自实验室无菌培养的小叶满江红内生细菌进行16SrDNA-PCR扩增,产物用MspI、HhaI、HaeIII、HinfI 4种内切酶进行酶切,通过检测带荧光标记的片段,将所获得的数据用相关的软件工具Phylogenetic Assignment Tool(PAT)进行比对分析。[结果]通过比对获得10个科42个属的细菌菌种。[结论]T-RFLP技术配合生物信息学软件能较有效地揭示小叶满江红内生细菌的多样性。