高通量TCR免疫组库技术在艾滋病中的应用及前景分析

T细胞受体(TCR)免疫组库是机体所有TCR的总和,TCR免疫组库的多样性与HIV识别和免疫逃逸密切相关。高通量免疫组库测序技术能够检测分析TCR组库的所有序列,真实反映所有TCR的遗传信息,全面揭示TCR组库的复杂性和多样性。通过高通量测序技术分析TCR免疫组库变化可监测HIV患者诊疗情况、疾病进展及预后,同时有助于疫苗研发、病毒库清除及临床疗效评价,从而为丰富HIV/AIDS防治思路和靶点提供依据。

基于TCR模型的台风极值降雨强度预测

近些年台风带来的强降雨与洪水灾害给沿海城市造成严重的经济损失和人员伤亡,极端降雨环境多数是在台风作用下产生的,且极值降雨强度是城市防洪排涝、排水规划和工程设计的雨量计算依据。为更加合理准确地预测极值降雨,文章引入热带气旋降雨(tropical cyclone rainfall,TCR)模型,利用蒙特卡罗(Monte Carlo)技术模拟香港地区的极值降雨强度。对比相关规范与历史数据,该方法能较好地预测极值降雨强度,为后续台风降雨灾害危险性分析和排水工程建设研究提供一定的参考。

单细胞TCR测序在肿瘤免疫治疗中的应用

T细胞受体(TCR)序列可作为分辨T细胞特异性的唯一标签,因其多样性的特征,在特定时间内个体循环系统中所有TCR构成的TCR组库可以反映个体的抗肿瘤免疫状态。单细胞TCR测序技术能够在单细胞水平上检测编码TCR双链的基因序列和表达量等信息,包括获得TCR的α链和β链的配对信息,从而在细胞水平上更为准确地探索TCR组库的异质性,还可结合其他技术将TCR序列与基因组、转录组、蛋白质组等多组学信息成套配对,精准展现细胞水平上的多角度信息。因该技术具有高通量、高分辨率的优势而被广泛应用于肿瘤免疫治疗相关研究,为探索TME中T细胞功能、发展T细胞受体工程化T细胞(TCR-T)疗法、预测免疫检查点抑制剂(ICI)疗效等提供重要依据,成为重要的筛选工具,期待该技术的发展使更多肿瘤患者受益。

TCR DNA疫苗在自身免疫病中的研究进展

自身免疫病(AID)是由于机体对自身抗原失去耐受,免疫系统攻击自身组织或细胞引起组织器官或细胞损伤,并出现一定临床表现的疾病。研究证明,在AID的治疗中,致病性T细胞可以被TCR疫苗选择性抑制或杀伤,应用前景很广阔。本文从TCR疫苗的作用机制、相关疾病以及疫苗的安全性等方面,对其在AID领域的研究现状进行简要综述。

基于双模块卷积神经网络的TCR-多肽结合位点预测

TCR(T细胞受体)-多肽结合位点的准确预测对免疫治疗和相关药物发现具有重要意义。文章综合多个文献及数据库整理了一个TCR-多肽结合位点数据集,并引入了一种基于卷积神经网络的预测方法Propep-TCR。该方法综合考虑了输入TCR的序列特征和结构特征,通过采用残基可变滑动窗口方法提取每个目标残基的特征向量。为解决数据集中正负样本不平衡的问题,还采用了改进的损失函数和过采样技术。实验结果表明,Propep-TCR可以成功预测出TCR序列中的潜在结合位点,取得了优于传统算法的性能,其预测准确度达到0.98,AUROC达到了0.95。

单细胞TCR测序分析SARS-CoV-2感染患者不同感染时期免疫组库特征

目的:采用单细胞测序的方法,分析SARS-CoV-2感染患者不同感染时期免疫组库特征,探讨其可能的发病机制。方法:利用NCBI数据库获得数据,设置对照组、进展组和康复组。使用RStudio、Origin、Hipliot和Excel软件对单细胞测序数据进行分析。结果:TCR在识别抗原和清除病毒的过程中发挥重要作用,免疫组库特征在不同感染时期有很大差异。细胞的克隆数量均超过26.92%。α链CDR3长度分布集中在14个氨基酸上,而β链集中在15个氨基酸上。V和J区基因片段使用频率不同,TRAV13-1、TRAJ20、TRBV20-1、TRBJ2-1等基因的使用频率差异有统计学意义(P<0.05)。进一步V-J基因组合分析显示,对照组和进展组、对照组和康复组的单链V-J对使用频率差异均有统计学意义(P<0.05)。对照组αβ双链V-J对使用频率最高的是TRAV19-J34-TRBV4-1-J2-1,进展组αβ双链V-J对使用频率最高的是TRAV12-1-J30-TRBV19-1-J2-1,康复组αβ双链V-J对使用频率最高的是TRAV12-2-J52-TRBV7-9-J1-5。结论:本研究分析免疫组库T细胞的全局特征,有助于理解SARSCoV-2感染患者的发病机制,使患者在感染初期及时得到有效的治疗。

一款全能竞赛战驹是如何炼成的?——捷安特巅峰“十”代TCR系列公路车大揭秘

熟悉捷安特(Giant)的车友们对于TCR一定不会陌生,TCR是Total Compact Road(全能紧凑公路车)的缩写,为追求最快的GC选手(在多日赛特别是大环赛上竞争总冠军的车手)而生。1997年,初代TCR一经推出就亮相环法赛场,虽然当时人们对这种从未出现过的压缩车架有争议。

TCR基因多样性评估肝细胞癌患者免疫力的临床研究

目的 探讨特异性T细胞受体(TCR)基因的多样性对原发性肝细胞癌患者免疫力水平的评估。方法 4例原发性肝细胞癌患者采用抗PD-1单克隆抗体HX008联合贝伐珠单抗或仑伐替尼治疗,分别于患者治疗前和治疗后对外周血中的TCR进行高通量基因测序,同时进行血常规、凝血系列、肝功、肾功、离子、血糖、AFP、心肌酶谱以CT检查,监测不良事件的发生。结果 两例患者治疗后出现免疫力升高,治疗前、后免疫力健康值分别为0.029767(差)、0.126303(良)和0.044906(差)、0.132530(良),最大TCR克隆占比分别为29.76%,9.85%和1.62%,2.63%。两例患者治疗后出现免疫力降低,治疗前、后免疫力健康值分别为0.107826(良)、0.178684(优)和0.067897(中)、0.169535(优),最大TCR克隆占比分别为3.48%、2.72%和5.15%、3.56%。结论 TCR基因的多样性可以客观准确地评估原发性肝癌患者的免疫状态、机体对疾病与治疗的反应,为开发新的免疫治疗靶点以及预后监测指标提供实验基础及研究依据。

Hepatology International|表达靶向HBV抗原的TCR-T细胞治疗肝移植后复发的肝细胞癌患者具有良好的安全性和可行性:Ⅰ期临床试验结果

来自广州中山医科大学第三附属医院的Yang与来恩生物医药有限公司的Koh等研究了表达靶向HBV抗原的TCR-T细胞治疗肝移植后复发的肝细胞癌(HCC)患者的疗效,发表了临床Ⅰ期试验结果。该研究临床Ⅰ期试验共有6例符合条件的HCC复发患者入组.

1580mm热轧带钢35kVTCR型静止型动态无功补偿装置(SVC)介绍

1580mm热轧带钢35kV电源供电系统主要负荷为9台6000kW交-交变频主传动轧机、2台1200kW直流传动立辊轧机、1台1500kW直流传动转鼓式飞剪,为了控制轧机注入系统的谐波电流量,抑制电压波动,提高功率因数,保证轧钢过程稳定、节能、提高轧机效率,并保证轧机供电设备本身及其他用电设备的安全运行,在供电母线安装一套SVC无功补偿装置,进行电能质量治理。

CRISPR/Cas9敲除内源TCR增强TCR-T细胞对HPV16阳性宫颈癌SiHa细胞的杀伤

目的:基于CRISPR/Cas9基因编辑技术制备无内源TCR的TCR-T细胞并鉴定其在体外杀伤HPV16阳性宫颈癌SiHa细胞的功能。方法:培养健康志愿者外周血CD8^(+)T细胞和Jurkat细胞,CRISPR/Cas9基因编辑技术敲除CD8+T、Jurkat细胞的TCR基因,制备过表达转基因TCR的重组慢病毒,在敲除内源性TCR的CD8^(+)T和Jurkat细胞中用慢病毒过表达转基因TCR制备TCR-T细胞,多色FCM检测TCR-T细胞中TCR和CD3的表达水平,荧光素酶活性实验检测TCR-T细胞对HPV16阳性SiHa细胞的杀伤效率。结果:CRIPSR/Cas9基因编辑技术高效地敲除了外周血CD8^(+)T细胞和Jurkat细胞中的TRAC和TRBC基因,敲除效率分别为(81.4±4.5)%、(98.5±0.07)%,制备的无内源TCR的TCR-T细胞高效表达转基因TCR,在外周血CD8^(+)T和Jurkat细胞中表达率为(66.0±17.8)%、(97.3±2.6)%,敲除内源TRAC和TRBC基因有效增强CD8^(+)T和Jurkat细胞膜表达转基因TCR(均P<0.01),敲除内源TCR增强TCR-T细胞特异性杀伤HPV16阳性的SiHa细胞[(71.4±1.0)%vs(35.1±2.0)%,P<0.01)]。结论:无内源TCR的TCR-T细胞显著增强转基因TCR的表达和对HPV16阳性宫颈癌SiHa细胞的靶向杀伤能力,为提高TCR-T细胞的临床疗效提供了实验依据。

基于TCR组库分析流程的非小细胞肺癌特征分析

目的·探究非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)免疫相关特征,发掘V-J基因中的肿瘤潜在标志物,为建立T细胞受体(T-cell receptor,TCR)-抗原识别预测模型提供基础。方法·收集704例NSCLC样本,用于构建一套系统的TCR组库分析流程,涵盖从原始数据到质控、过滤、TCR序列的识别和提取等上游分析部分,以及组库克隆分布、克隆分型、V-J基因共享性、互补决定区3(CDR3)分布特征以及克隆追踪等下游分析流程。使用Shannon-Weiner指数、Chao1等指数分析样本克隆分布。根据克隆扩增数目进行克隆分型,以探索不同分型间的差异。选取2例甲状腺乳头状癌(papillary thyroid carcinoma,PTC)样本进行去克隆扩增权重V-J基因共享分析,以探究低频克隆型对V-J基因共享性的影响。最后,通过分析V基因及高频克隆型CDR3分布特征和克隆追踪分析,监测肿瘤免疫前后克隆型频率的变化,寻找潜在的肿瘤标志物。结果·①NSCLC不同组织间克隆分布和克隆分型均存在显著差异,且在不同年龄与性别间存在显著差异。②在V-J基因共享性分析中发现了特定高共享V-J基因,同时在CDR3分布特征分析中存在非正态分布的高克隆V基因与氨基酸高频克隆型。③高频克隆型克隆追踪分析中,观察到NSCLC中高表达或新表达的高频克隆型,提示这些克隆型可作为潜在的肿瘤相关抗原或新抗原结合CDR3参考序列。④通过去克隆扩增权重V-J基因共享分析,发现原本低表达的TRBJ2-5基因表达频率显著增加,提示该基因可能为肿瘤免疫反应的潜在低频关键基因。结论·TRAV21和TRBV6.5基因在NSCLC中高克隆扩增,可作为潜在肿瘤标志物。

CD4^(-)CD8^(-)TCRγδ^(+)T细胞大颗粒淋巴细胞白血病合并纯红细胞再生障碍性贫血1例并文献复习

本文回顾性分析2021年3月山东大学附属威海市立医院收治的1例CD4^(-)CD8^(-)TCRγδ^(+)T细胞大颗粒淋巴细胞白血病(T-cell large granular lymphocyte leukemia,T-LGLL)合并纯红细胞再生障碍性贫血(Pure red cell aplasia,PRCA)患者的临床资料,并复习相关文献,以提高对CD4^(-)CD8^(-)TCRγδ^(+)T-LGLL合并PRCA的认知,从而减少临床中的误诊及漏诊。

专业型城市轻骑新选择:绿源首款锂电折叠电动自行车TCR

随着城市不断拓展,庞大的城市框架让公交地铁系统和城市路网更为发达。但同时,我们仍会面临“最后一公里”的代步问题。另外,代驾行业的兴起也催生了小型电动自行车的高速发展。近日,绿源电动车推出首款锂电折叠自行车TCR,定位于专业型城市轻骑,普通人不用花大价钱就能买到代驾小哥“同款”。

原发于小肠结外鼻型NK/T细胞淋巴瘤10例临床病理学特征分析

目的探讨小肠结外鼻型NK/T细胞淋巴瘤(extranodal NK/T-cell lymphoma nasal type,ENKTL-NT)的临床病理特点、免疫表型、诊断和鉴别诊断。方法收集10例原发于小肠ENKTL-NT的临床资料,采用免疫组化EnVision法检测CK广谱、CD20、CD79α、CD3ε、CD5、CD2、CD43、CD45RO、CD56、CD8、CD103、CD30、TIA-1、颗粒酶B和Ki67,应用原位杂交检测EBER表达情况,并进行TCR基因重排检测,结合文献复习此组原发于罕见部位ENKTL-NT临床病理学特征。结果10例小肠ENKTL-NT中,男性7例,女性3例,年龄26~75岁,中位年龄45岁。其中位于空肠4例、回肠6例,黏膜活检标本3例,手术切除标本7例。临床症状主要以消化道症状为主。组织学特点为凝固性坏死和多种炎性细胞混合浸润的背景上,具有明显多形性的肿瘤细胞散在或呈灶性分布;存在不同程度和范围的凝固性坏死,部分病例可见肿瘤细胞的血管中心性和血管破坏性浸润。免疫表型:肿瘤细胞表达细胞毒颗粒相关抗原(TIA-1和颗粒酶B)、CD3ε(10/10)、CD2(8/10)、CD45RO(9/10),部分病例存在其他T细胞标志物表达减弱/缺失,不表达B细胞和组织细胞抗原。Ki67增殖指数55%~90%,所有病例EBER原位杂交均阳性。9例随访者中6例死亡,中位生存期13个月。结论原发于小肠ENKTL-NT临床罕见,常合并消化道穿孔等急腹症。临床和影像缺乏特异性,易误诊为消化道溃疡或炎症性肠病。了解其临床病理特征,结合免疫表型、原位杂交及TCR基因重排检测结果,对有效提高该病的诊断和早期治疗具有重要意义。

基于TCR传热原理的混凝土复合保温衬砌渠道防冻胀效果研究

中国北方寒冷地区广泛采用保温措施进行渠道防冻胀,在苯板保温防冻胀设计中铺设厚度一般根据半理论半经验确定,并没有考虑衬砌板与保温板接触热阻及交错布置对保温性能与削减冻胀的影响。该文依据固体材料接触热阻(thermal contact resistance,TCR)原理与压力相关的传热本构模型,提出了混凝土复合保温衬砌新型式。通过ABAQUS有限元软件采用热力耦合模拟将其与普通型式的苯板保温渠道进行比较。结果表明:与普通保温衬砌渠道相比,外界负温时,复合保温衬砌的保温及消减冻胀力效果显著。理论上复合保温衬砌冻胀量消减40%以上,法向冻胀力减少66%,切向冻结力减小58%。对寒区衬砌渠道保温防冻胀设计提供了相应的理论参考。

再生障碍性贫血儿童TCRVβ亚家族T细胞克隆性增殖及其与HLA-DRB1*15的关系

【目的】探讨再生障碍性贫血(再障)儿童TCRVβ24个亚家族T细胞克隆性及其与HLA-DRB1*15的关系。【方法】再障儿童17例(SAA14例,MAA3例),采用RT-PCR和基因扫描分析外周血或骨髓TCRVβ24个亚家族基因的表达和克隆性,SSP-PCR检测HLA-DR。【结果】再障儿童外周血T细胞仅表达4～22个Vβ亚家族,而正常儿童外周血T细胞几乎表达所有Vβ亚家族。12例(包括初诊SAA4例,CR4例,复发1例和MAA3例)再障儿童存在不同程度T细胞克隆性增殖,但个体间差异较大,正常外周血和骨髓均为多克隆性T细胞。5例HLA-DRB1*15(+)患儿中4例(80%)有寡克隆T细胞,而12例HLA-DRB1*15(-)患儿中仅3例(25%)见寡克隆T细胞,两组比较差异具有显著意义(P<0.05)。伴寡克隆T细胞的6例SAA儿童经免疫抑制治疗后达CR;不伴寡克隆T细胞的5例SAA儿童接受免疫抑制治疗,其中CR1例,PR2例、无效1例,死亡1例。【结论】大多数再障儿童存在T细胞克隆性增殖,寡克隆T细胞多见于SAA,尤其是HLA-DRB1*15(+)的SAA儿童。TCRVβT细胞克隆的检测对进一步了解再障免疫功能状态、预测免疫抑制治疗效果具有一定的参考价值。

T细胞性淋巴瘤诊断中TCR基因重排检测的应用

目的探讨T细胞受体(T cell receptors,TCR)基因重排检测对T细胞性淋巴瘤诊断的价值。方法收集T细胞性淋巴瘤30例和淋巴反应性增生组织30例,提取DNA,应用BIOMED-2引物系统中的56条引物进行PCR扩增,核酸分子异源双链凝胶电泳分析结果。结果 30例T细胞性淋巴瘤标本中TCRβ、TCRγ、TCRδ的检出率分别为83.3%(25/30)、93.3%(28/30)、13.3%(4/30),三者联合检测的检出率为96.7%(29/30),30例淋巴反应性增生组织中均未检测出TCR基因重排。结论利用BIOMED-2引物系统检测TCR基因重排可作为T细胞性淋巴瘤的辅助诊断工具。

TCR独特型DNA疫苗诱导抗淋巴系统肿瘤免疫反应的实验研究

本研究观察TCR独特型DNA疫苗诱导BALB c小鼠抗肿瘤免疫反应的情况。用CEM淋巴瘤细胞系和BALB c小鼠作模型 ,RT PCR扩增CEM细胞系特异性重排的TCRVβ基因 ,克隆到真核表达载体pcDNA3中作为DNA疫苗。用肌内注射法免疫小鼠 ,间接免疫荧光法检测小鼠抗体生成和用MTT法测定CTL活性以检测抗独特型的细胞免疫。结果发现 ,接种DNA疫苗后第 4周开始小鼠血清中即可检测到特异性抗独特型抗体 ,抗体滴度在第 6周达高峰 ,应用IL 6为免疫佐剂可使抗体滴度明显增高。上述结果表明 ,TCR独特型DNA疫苗可以诱导小鼠产生抗淋巴瘤细胞的独特型特异性抗体 ,应用IL

NB4和HL-60细胞诱导的脐血T细胞TCR Vβ基因谱系分析

目的:了解经NB4细胞和HL-60细胞体外诱导后脐血T细胞的TCR Vβ亚家族限制性利用和克隆性增殖情况。方法:采用混合淋巴细胞/肿瘤细胞培养(MLTC)方法,用经丝裂霉素灭活的NB4细胞和HL-60细胞体外诱导脐血T细胞增殖,利用RT-PCR分析经MLTC前后T细胞的24个TCR Vβ亚家族的利用情况,并用基因扫描分析其克隆性特点。结果:诱导前脐血T细胞表达20个TCR Vβ亚家族,诱导后的T细胞所表达的TCR Vβ亚家族随培养时间增加而逐渐减少,且诱导组呈现出克隆趋势或寡克隆增殖特点。两种细胞诱导后10 d均可见Vβ1的克隆增殖出现变化,此外,NB4诱导的T细胞出现Vβ15,而HL-60诱导的T细胞则出现Vβ23的克隆增殖情况。结论:NB4细胞和HL-60细胞可诱导脐血TCR VβT细胞克隆性增殖,此优势表达的克隆性T细胞可能与特异性抗原介导的细胞免疫反应有关。