通过miRNA-TF-mRNA调控网络揭示儿童1型糖尿病的潜在生物标志物

目的通过miRNA-TF-mRNA调控网络来预测儿童1型糖尿病(T1D)的潜在生物标志物。方法以基因表达综合数据库(GEO)的GSE33440数据集为基因表达阵列。利用R包微阵列数据线性模型(LIMMA)识别差异表达基因(DEG)、加权基因共表达网络分析(WGCNA)筛选最重要模块,共同基因(CGs)被确定为DEG和最重要模块中的基因的交叉点;对CGs进行GO、KEGG通路富集分析;通过miRNA-TF-mRNA调控网络预测潜在生物标志物。结果识别出51个DEG和9个重要模块;筛选出了12个CGs;CGs富集在腺苷酸活化蛋白激酶(AMPK)信号通路以及胰岛素受体底物2基因(IRS2);在miRNA-TF-mRNA调控网络中miR-499b-5p可靶向IRS2,通过AMPK信号通路调节儿童T1D。结论研究揭示了miR-499b-5p/IRS2可能被视为儿童T1D的潜在治疗靶点。

基于TF-mRNA调控网络识别消化道癌症共享功能模块

目的:分析消化道癌症共享的功能模块及构建TF-mRNA调控网络并探究转录因子在消化道癌症中起到的重要作用。方法:对来自TCGA中消化道癌症RNAseq数据,差异分析应用DESeq2软件包进行分析,以|logFC|>1.5和P<0.05作为阈值筛选差异基因并选取共同差异表达的基因,并利用clusterProfiler软件包对共享差异基因功能富集分析及通路分析。通过STRING数据库获取蛋白互作信息,采用Cytoscape软件里的MCODE插件进行蛋白互作网络模块分解,并在igraph软件包进行模块子网的可视化,最终借助TRRUST数据库构建TF-mRNA调控关系网络。结果:本文识别741共享差异基因,发现重要的共享功能有肌肉收缩、肌肉系统过程、细胞外基质的组织、构建细胞外结构,并识别到重要的转录因子AR,CBX7,ETV4,WT1, PAX2及基因CDC6,NCAM1,AGTR1,MMP1,COL1A1。结论:AR,CBX7,ETV4,HOXC6及CDC6,AGTR1,MMP1,COL1A1是消化道癌症中重要的转录因子及基因。

肝肺综合征大鼠肺组织因子mRNA的表达及其意义

目的检测肝肺综合征（HPS）大鼠肺组织中组织因子（TF）mRNA的表达，探讨其意义。方法Sprague-Dawley雄性大鼠40只，均分为肝硬化组、肝肺综合征组，检测血气分析，用qRT—PCR检测肺组织TFmRNA的表达，光镜观察肺组织切片病理改变。两组间均数比较采用非参数分析Mann-WhitneyU检验，两因素之间的相关分析采用Spearman秩相关分析。结果（1）血气分析显示肝肺综合征组Pa02（58．20±3．19）mmHg低于肝硬化组的（85．00±2．53）mmHg，差异有统计学意义（P〈0．05）。（2）肺组织TFmRNA的表达在肝肺综合征组（相对表达量为0．77±0．22）明显高于肝硬化组（0．33士0．14），差异有统计学意义（P〈0．05）；其与Pa02呈显著负相关（r=-0．565，P〈0．05）。（3）肺组织病理学检查显示肝硬化组部分肺泡间隔增厚，肺泡腔大小不一，肺容量减少，炎性细胞浸润，局部肺血管内可见充血，肝肺综合征组肺泡间隔增宽明显，肺泡腔大小不一、有明显的出血，纤维素性渗出，大量炎性细胞浸润，肺容量减少，肺泡壁毛细血管扩张明显，局部增生，巨噬细胞聚集，微血栓形成。肝肺综合征组肺组织内微血栓形成，大鼠肺组织TFmRNA相对表达量为0．68土0．17，高于无血栓形成的大鼠的0．40±0．12，差异有统计学意义（P〈0．05）。结论肝肺综合征大鼠肺组织TFmRNA的表达升高，且随着缺氧程度的加重而加重，可能增加肝肺综合征肺血栓栓塞发生的风险。