目的运用网络药理学探索“桃红四物汤”的主要活性成分,以及促进骨折愈合的作用机制。方法利用中药系统药理数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)检索“桃红四...目的运用网络药理学探索“桃红四物汤”的主要活性成分,以及促进骨折愈合的作用机制。方法利用中药系统药理数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)检索“桃红四物汤”(THSWT)中所有药物对应的活性成分,并筛选出其活性成分所对应的作用靶点。运用GeneCards数据库平台挖掘与骨折愈合(fracture healing,FH)相关作用靶点,构建“药物-疾病”共同靶点Venn图。利用Cytoscape 3.8.2软件,绘制“药物活性成分-靶点-疾病”的网络调控图,借助String 11.5构建蛋白-蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,获得PPI网络核心基因的邻接节点数目,再运用Cytoscape 3.8.2对PPI网络进行拓扑分析,最终获取核心基因。通过R语言包clusterProfiler进行基因本体(gene ontology,GO)功能注释和基于京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析,预测“桃红四物汤”对促进骨折愈合的作用机制。结果研究预测得到“桃红四物汤”有效成分69个,涉及5345个作用靶点。确定骨折愈合靶点2383个,得到共同靶点基因140个,运用PPI分析确定ALB、AKT1、VEGFA、MMP2、MMP9、CASP3、JUN、MYC等是促进骨折愈合的核心靶点。富集分析GO条目2258项(P<0.05),KEGG信号通路151条(P<0.05),主要富集通路有PI3K-Akt信号通路、AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路等。结论“桃红四物汤”可通过多靶点、多通路促进骨折愈合,为深入揭示其作用机制提供了研究方向,后续可继续通过体内外实验进一步验证靶点的有效性。展开更多
目的 通过重启随机游走(random walk with restart,RWR)算法解析桃红四物汤药味配伍、成分群协同抗血栓作用的生物过程网络与关键成分群,揭示其“多成分-多靶点-多途径”抗血栓作用机制。方法 结合文献和课题组前期研究基础,通过中药系...目的 通过重启随机游走(random walk with restart,RWR)算法解析桃红四物汤药味配伍、成分群协同抗血栓作用的生物过程网络与关键成分群,揭示其“多成分-多靶点-多途径”抗血栓作用机制。方法 结合文献和课题组前期研究基础,通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、本草组鉴(HERB)等4个数据库,获取桃红四物汤活性成分、成分群及对应靶标基因;在人类基因数据库(Genecards)、人类孟德尔遗传综合数据库(OMIM)等4个数据库收集血栓相关基因;首先将血栓相关基因、中药和成分群靶标基因导入Metascape平台进行生物过程富集,采用Cytoscape 3.9.1软件将血栓生物过程进行聚类,初步分析桃红四物汤中药配伍、成分群协同抗血栓作用;进一步整合RWR算法、Pearson相关性分析与Z得分显著性分析,定量分析复方、单味药与成分群对血栓生物过程网络影响的相关性及显著性,筛选成分群协同抗血栓的关键生物过程、关键成分群;最后构建桃红四物汤抗血栓关键生物过程网络,分子对接筛选核心成分与核心靶点。结果纳入桃红四物汤9类成分群,血栓生物过程聚类为4类,桃红四物汤抗血栓生物过程显著性影响大小依次为氧化应激>炎症反应>细胞内信号传导>细胞活化,氧化应激与炎症反应是其抗血栓的关键生物过程;黄酮类、有机酸类、生物碱类、苯乙醇苷类、萜类、香豆素类、苯酞类是其协同抗血栓的关键成分群;生物网络构建与分子对接筛选出10个核心靶点(TNF、HMGB1、NLRP3、PARP1、PPARA、GAPDH、MMP9、IFNG、IL17A、HRAS)、6个核心成分(川芎哚、儿茶素、绿原酸、毛蕊花糖苷、羟基红花黄色素A、芍药苷)。结论 通过整合生物过程网络和机器学习算法,定量解析桃红四物汤成分群协同抗血栓的关键生物过程和核心成分、靶点,为其临床应用和基础研究提供参考。展开更多
Complications are more frequent in elderly patients with coronary heart disease (CHD), such as impaired glucose tolerance and constipations. It is always difficult to cure these complications in clinical practice. I...Complications are more frequent in elderly patients with coronary heart disease (CHD), such as impaired glucose tolerance and constipations. It is always difficult to cure these complications in clinical practice. In this case we had successfully cured an eighty-three years old man with CHD complicating impaired glucose tolerance and constipation by integrated Chinese-Western medicine.展开更多
文摘目的运用网络药理学探索“桃红四物汤”的主要活性成分,以及促进骨折愈合的作用机制。方法利用中药系统药理数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)检索“桃红四物汤”(THSWT)中所有药物对应的活性成分,并筛选出其活性成分所对应的作用靶点。运用GeneCards数据库平台挖掘与骨折愈合(fracture healing,FH)相关作用靶点,构建“药物-疾病”共同靶点Venn图。利用Cytoscape 3.8.2软件,绘制“药物活性成分-靶点-疾病”的网络调控图,借助String 11.5构建蛋白-蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,获得PPI网络核心基因的邻接节点数目,再运用Cytoscape 3.8.2对PPI网络进行拓扑分析,最终获取核心基因。通过R语言包clusterProfiler进行基因本体(gene ontology,GO)功能注释和基于京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析,预测“桃红四物汤”对促进骨折愈合的作用机制。结果研究预测得到“桃红四物汤”有效成分69个,涉及5345个作用靶点。确定骨折愈合靶点2383个,得到共同靶点基因140个,运用PPI分析确定ALB、AKT1、VEGFA、MMP2、MMP9、CASP3、JUN、MYC等是促进骨折愈合的核心靶点。富集分析GO条目2258项(P<0.05),KEGG信号通路151条(P<0.05),主要富集通路有PI3K-Akt信号通路、AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路等。结论“桃红四物汤”可通过多靶点、多通路促进骨折愈合,为深入揭示其作用机制提供了研究方向,后续可继续通过体内外实验进一步验证靶点的有效性。
文摘目的 通过重启随机游走(random walk with restart,RWR)算法解析桃红四物汤药味配伍、成分群协同抗血栓作用的生物过程网络与关键成分群,揭示其“多成分-多靶点-多途径”抗血栓作用机制。方法 结合文献和课题组前期研究基础,通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、本草组鉴(HERB)等4个数据库,获取桃红四物汤活性成分、成分群及对应靶标基因;在人类基因数据库(Genecards)、人类孟德尔遗传综合数据库(OMIM)等4个数据库收集血栓相关基因;首先将血栓相关基因、中药和成分群靶标基因导入Metascape平台进行生物过程富集,采用Cytoscape 3.9.1软件将血栓生物过程进行聚类,初步分析桃红四物汤中药配伍、成分群协同抗血栓作用;进一步整合RWR算法、Pearson相关性分析与Z得分显著性分析,定量分析复方、单味药与成分群对血栓生物过程网络影响的相关性及显著性,筛选成分群协同抗血栓的关键生物过程、关键成分群;最后构建桃红四物汤抗血栓关键生物过程网络,分子对接筛选核心成分与核心靶点。结果纳入桃红四物汤9类成分群,血栓生物过程聚类为4类,桃红四物汤抗血栓生物过程显著性影响大小依次为氧化应激>炎症反应>细胞内信号传导>细胞活化,氧化应激与炎症反应是其抗血栓的关键生物过程;黄酮类、有机酸类、生物碱类、苯乙醇苷类、萜类、香豆素类、苯酞类是其协同抗血栓的关键成分群;生物网络构建与分子对接筛选出10个核心靶点(TNF、HMGB1、NLRP3、PARP1、PPARA、GAPDH、MMP9、IFNG、IL17A、HRAS)、6个核心成分(川芎哚、儿茶素、绿原酸、毛蕊花糖苷、羟基红花黄色素A、芍药苷)。结论 通过整合生物过程网络和机器学习算法,定量解析桃红四物汤成分群协同抗血栓的关键生物过程和核心成分、靶点,为其临床应用和基础研究提供参考。
基金supported by the Guangdong Pro vincial Traditional Chinese Medicine Administration Funds for the re search and development projects in Building Strong Province in Tradi tional Chinese Medicine in 2009(NO.2009113)
文摘Complications are more frequent in elderly patients with coronary heart disease (CHD), such as impaired glucose tolerance and constipations. It is always difficult to cure these complications in clinical practice. In this case we had successfully cured an eighty-three years old man with CHD complicating impaired glucose tolerance and constipation by integrated Chinese-Western medicine.