TaqMan MGB Real-time RT-PCR检测西尼罗病毒方法的建立

目的建立一种灵敏、特异、高效的西尼罗病毒(West Nile virus,WNV)感染诊断和流行病学调查的实验室检测方法。方法用C6/36细胞培养WNV并用Vero细胞蚀斑法滴定病毒浓度;根据WNVC蛋白基因组保守序列,设计一套特异性引物和TaqMan MGB探针,用细胞培养病毒液进行方法的条件优化;用不同病毒评价方法的特异性,用系列浓度病毒稀释液和染毒蚊子评价方法的灵敏性。结果建立的TaqMan MGB Real-time RT-PCR方法可检出低于0.01PFU的WNVRNA,并可检出只含3只染毒蚊的标本;用该方法检测4种血清型登革病毒标准毒株、日本脑炎病毒、麻疹病毒、基孔肯亚病毒均为阴性。结论新建TaqMan MGB Real-time RT-PCR方法具有极高的特异性和灵敏性,是实验室早期诊断WNV感染和调查媒介携带WNV情况的理想方法。

Real-time RT-PCR检测西尼罗病毒一步法的建立

目的建立针对西尼罗病毒E基因的一步法Real-time RT-PCR检测方法,用于西尼罗病毒感染样本的快速准确检测和定量。方法针对西尼罗病毒的保守基因E设计引物和探针,建立一步法Real-time RT-PCR反应方法并分析敏感性和特异性。结果本研究建立的一步法Real-time RT-PCR方法可以特异性检测出西尼罗病毒,不与日本脑炎病毒及其他病毒产生交叉反应。该方法的最低检出浓度为3.6×102copies/μl,标准曲线的线性范围为3.6×102～3.6×107copies/μl。结论本研究建立的一步法real-time RT-PCR方法敏感性和特异性较高,且不易出现污染引起的假阳性结果,适合用于西尼罗病毒感染样本的检测。

犬冠状病毒和犬细小病毒双重TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立

旨在建立犬冠状病毒(CCoV)和犬细小病毒(CPV)双重TaqMan荧光定量PCR检测方法。针对CCoV的3′UTR与CPV的VP2设计引物与探针,通过对反应体系与条件进行优化,建立了CCoV与CPV的双重荧光定量PCR检测方法,并对该方法进行敏感性、特异性、重复性验证与临床样品检验。结果:CCoV与CPV阳性参考质粒浓度在10^(2)~10^(7) copies/μL,CCoV与CPV的标准曲线R^(2)分别为0.999与0.996,线性关系良好,CCoV与CPV的最低检测限均为5 copies/μL,与其他病原无交叉反应,组内与组间的变异系数均小于1.38%,说明该方法灵敏度高、特异性强、重复性良好;对113份临床样本进行检测,与普通PCR比较,该方法对CCoV和CPV的检出率较高,分别为37.2%和40.7%。研究表明,本试验建立的CCoV和CPV双重荧光定量PCR方法检测效果良好,为相关疾病的临床诊断、流行病调查等提供了有力工具。

肠道病毒TaqMan荧光定量RT-PCR法快速检测

目的建立一种特异、灵敏、快速的荧光定量RT-PCR方法检测肠道病毒核酸,应用于暴发疫情的实验室应急检测。方法根据GenBank登录的肠道病毒基因序列,应用生物学软件进行序列比对,在肠道病毒基因的保守区设计特异性引物和TaqMan探针;对荧光RT-PCR反应条件进行优化,验证方法的特异性和灵敏度。同时对疑似肠道病毒感染者的临床样本进行检测。结果该方法对肠道病毒的检测有高度的特异性,可检出脊髓灰质炎、柯萨奇和埃可等肠道病毒,与腮腺炎、麻疹、风疹、乙型脑炎等病毒均无交叉反应。检测的灵敏度达0.1病毒效价滴定(TCID50);可直接从疑似肠道病毒感染者的脑脊液、疱疹液和粪便等标本中检测肠道病毒核酸,从病毒核酸提取至完成检测仅需3 h左右。结论所建立的TaqMan荧光定量RT-PCR是一种快速检测肠道病毒特异、敏感的方法,适用于由肠道病毒感染引起的应急疫情的实验室早期诊断。

猪生殖与呼吸综合征病毒TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法的建立

根据GenBank登录的PRRSV保守基因序列设计合成了引物和探针,并对其进行了筛选;对荧光定量PCR的反应条件进行了优化,建立了TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法。同时用建立的检测方法对组织病料进行了检测,并与常规RT-PCR做了对比。结果显示,所建立的TaqMan荧光定量RT-PCR方法灵敏度可达5.0×100拷贝/μL,比常规RT-PCR灵敏度高100倍。用该方法对东莞、增城、湛江等地的猪血清和多种组织样品进行了检测。结果,该方法与常规RT-PCR检测方法的阳性符合率为100%。用该方法对3份不同的组织样品进行了重复检测,结果表明,该方法具有良好的重复性,可满足当前PRRS的诊断需要。

TaqMan探针荧光RT-PCR检测狂犬病病毒

根据GenBank已公布的狂犬病病毒(rabies virus,RV)核蛋白(N)基因序列设计并合成一对特异性的引物和探针,建立基于TaqMan探针的荧光RT-PCR检测狂犬病病毒方法。对狂犬病疫苗提取核酸后进行RT-PCR扩增,将目的条带切胶回收,克隆测序,重组质粒作为标准阳性对照。对建立的TaqMan探针荧光RT-PCR方法做灵敏度、特异性、重复性及稳定性试验。结果显示,该方法可以达到10拷贝/μL的灵敏度,可以将狂犬病病毒与犬瘟热病毒、犬细小病毒、犬腺病毒、犬冠状病毒和犬副流感病毒分开,方法重复性好,稳定可靠。

实时荧光定量TaqMan RT-PCR检测鸭坦布苏病毒方法的建立及初步应用

研究旨在建立一种适用于鸭坦布苏病毒检测的荧光定量Taq Man RT-PCR技术。以JXSP株RNA为模板,建立检测鸭坦布苏病毒的实时荧光定量RT-PCR方法。制备含有上述目的片段的RNA作为标准品,10倍比稀释后建立标准曲线,测定敏感性。同时采用标准品对该方法的批内和批间重复性进行检测,并与本实验室所保存的多种病毒进行特异性检测。结果:建立的荧光定量Taq Man RT-PCR方法能在鸭坦布苏病毒JXSP株RNA样本中检出荧光信号。最低检出量为2.06×10~1拷贝/反应;线性范围达9个数量级。该方法重复性良好,批内变异系数不足0.4%;批间变异系数不足2.2%。该方法具有良好的特异性、敏感性和重复性,经体外感染细胞培养物及临床样品检测证实,该方法可实时反映病毒液中的病毒含量,可在获得样品后3 h以内得到检测结果,可用于临床样品中鸭坦布苏病毒的快速检测。

对虾Taura综合症病毒Taqman实时定量RT-PCR检测方法的建立与应用

建立了Taqman实时定量RT-PCR方法检测对虾的Taura综合症病毒(Taura syndrome virus,TSV)。选取TSV基因组的保守序列,利用Primer Express 2.0软件设计引物和探针,扩增产物长度为73bp。以含有TSV目的扩增片段的质粒为标准品,进行实时定量RT-PCR反应,结果表明质粒DNA在6～6×106个拷贝,共7个数量级的范围内有"S"型扩增曲线。根据病毒拷贝数与Ct值制备了标准曲线,可以用于病毒的定量分析。该方法的检测灵敏度为6个病毒粒子。该方法的重现性好,组内的实验变异系数为0.04%～2.70%,组间实验变异系数为0.92%～4.67%。引物和探针对于对虾基因组RNA、黄头病毒RNA都没有扩增反应,表现出良好的特异性。实时定量RT-PCR检测TSV方法的建立,对于虾病的临床诊断及流行病学研究具有重要意义。

TaqMan-MGB荧光定量RT-PCR技术快速检测H5亚型禽流感病毒

建立以TaqMan-MGB荧光探针为特点的荧光定量RT-PCR方法,用于检测H5亚型禽流感病毒。针对H5亚型禽流感病毒血凝素(HA)基因保守区域设计特异性引物与TaqMan-MGB荧光探针,筛选并优化荧光定量RT-PCR反应体系与反应条件,用以提高方法的特异性、敏感性与准确性;并通过体外克隆技术建立病毒基因拷贝数进行定量分析。结果表明:引物与探针的优化浓度分别640nmol/L和480nmol/L,体系具有良好的保守性和特异性,与其他呼吸道病毒均无交叉反应。方法检测灵敏度为100拷贝/反应,标准曲线线性范围为107～102拷贝/反应,从病毒核酸提取至检测完成仅需3h左右,操作简便,重现性好。本研究建立的TaqMan-MGB荧光定量PCR方法特异、敏感、快速,适合于临床实验室进行H5亚型禽流感病毒的快速定量检测。

Real Time PCR研究进展及其在海洋病原生物检测中的应用

Real Time PCR,即实时监测PCR扩增产物并进行解析的方法,目前已广泛应用于分子生物学研究的各个领域。Real Time PCR技术秉承及发展了普通PCR的快速、高灵敏度检出等优点,同时克服了普通PCR不能准确定量、容易污染等缺点,无需在反应结束后通过电泳操作确认扩增产物。目前,Real Time PCR可设计多对引物在同一反应体系中同时对多个靶基因进行扩增,实现多重实时定量检测。Real Time PCR使PCR技术发生了质的飞跃,扩展了PCR技术的应用范畴,是一种具有划时代意义的技术。本文主要介绍Real Time PCR的主要原理、解析方法、技术发展趋势及其在海洋病原生物检测方面的应用。

Real-time PCR和常规PCR方法快速鉴定肉骨粉中的牛源性成份

疯牛病是一种严重危害动物和人类健康的疾病 ,其病原朊病毒可以通过食物链进行传播 ,因此建立准确的检测牛源性成份的方法非常重要。我们采用常规PCR和Real_timePCR中的TaqMan技术建立了快速鉴定牛源性成份的方法 ,使用Chelex_10 0提取肉骨粉中的DNA ,过程简单可靠仅需要 2 0min左右。对不同含量的牛肉骨粉进行检测 ,常规PCR能够检测到的最低含量是 0 0 0 1% ,而Real_timePCR对相同的样品进行检测所得到的灵敏度更高 ,最高可达到 0 0 0 0 1% ,两种PCR方法的鉴定过程都非常简单快速 ,各需要 2h左右。

TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR法检测SIV/SHIV病毒RNA拷贝数方法的建立

目的建立TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR方法,测定猴免疫缺陷病毒(SIV)及SHIV病毒的RNA拷贝数。方法利用TaqMan探针,建立实时荧光定量RT-PCR方法,通过对本室SIV/SHIV病毒RNA定量外标准品RS的定量分析,优化反应体系,检测TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR方法的灵敏度、特异性和重复性。结果该方法检测灵敏度可达4.60×101copies/μL,特异性及重复性良好,对同一样品进行16次重复检测,其循环阈值的平均标准偏差为0.066。结论TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR法特异性、敏感性高,稳定性好,可用于定量测定猴免疫缺陷病毒(SIV)及SHIV病毒RNA载量。

水稻MOC1 mRNA TaqMan实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立

TA克隆构建含MOC1基因cDNA片段的重组质粒，作为TaqMan定量检测水稻分蘖基因MOC1 mRNA的标准品，建立了检测方法。采用RT—PCR。的方法，从水稻分蘖芽总RNA中逆转录扩增总cDNA，PCR扩增MOC1基因中设计的目的片段，将纯化的目的片段与pMD19-T Simple载体连接，转化宿主菌JM-109，提取重组质粒DNA，PCR鉴定并测序分析。纯化质粒并检测260nm吸光值，确定重组质粒原液的拷贝浓度并以此制备荧光定量PCR梯度浓度标准品。对重组质粒进行实时荧光定量PCR实验。建立了MOC1基因mRNA表达实时荧光定量PCR检测方法，特异性好，检测灵敏度达10^2拷贝，线性范围为10^2-10^7拷贝，阈值循环数与PCR体系中起始模板量的对数值之间有着良好的线性关系（r=0．999），扩增效率高（E=92．8％）。成功建立了MOCI基因实时荧光PCR定量标准品，且TaqMan荧光定量RT—PCR的方法可对水稻分蘖基因MOC1 mRNA的表达进行准确定量。

人偏肺病毒TaqMan-MGB探针实时定量RT-PCR检测方法的建立及初步应用

目的:建立人偏肺病毒(hMPV)核酸特异的快速、敏感的TaqMan-MGB探针实时定量RT-PCR检测方法。方法:分别设计hMPV特异的引物与荧光标记探针,合成hMPV绝对定量RNA模板,建立实时荧光定量PCR方法,并与常规RT-PCR平行比较,对其灵敏性、特异性和可重复性,以及用于临床样本的适用性等进行评价。结果:本方法可对hMPV进行特异性诊断,检测灵敏度可达10拷贝/25μL,检测线性范围至少可达101～106拷贝/反应,且实验重复性好,初步应用于北京地区采集的158份临床鼻咽拭子标本,定量RT-PCR检出31份标本阳性,明显高于常规RT-PCR方法(22/158)。结论:建立了人偏肺病毒TaqMan-MGB探针定量RT-PCR检测方法,并初步证实可用于临床鼻咽拭子标本的检测,为开展hMPV的流行监测及临床早期诊断提供了技术手段。

TaqMan实时荧光RT-PCR快速检测H5亚型禽流感病毒

根据GenBank中100个H5亚型禽流感病毒分离株的HA基因核苷酸保守序列设计引物和TaqMan探针，对荧光定量RT—PCR反应体系和条件进行优化，并对该方法进行评价。结果表明：该方法对H5N1亚型和H5N2亚型禽流感病毒灭活抗原均有阳性扩增，对H7、H9亚型禽流感病毒、健康鸡、鸭组织及其他家禽常见病原RNA无扩增；敏感度高，最低检测限为21个拷贝质粒DNA；可重复性好，批内变异系数及批间变异系数分别为2．01％和4．93％；检测速度快，从样本处理到报告结果仅需4h。

兔出血症病毒2型TaqMan探针荧光定量RT-PCR检测方法的建立及应用

以新发生的兔出血症病毒2型(RHDV2)SC 2020/04株VP60基因序列为参考,设计出1对特异性引物和TaqMan探针,建立了一种快速、灵敏且特异的用于检测新型病毒的荧光定量RT-PCR检测方法。试验结果显示:本研究建立的方法,标准曲线线性关系良好,R^(2)值达到0.999;其特异性较好,与兔出血症病毒1型(RHDV1)、仙台病毒(SV)和轮状病毒(RRV)病原均无交叉反应;灵敏性高,最低检出量为1μl 1×10拷贝;且重复性良好,批内和批间试验的变异系数平均值均小于2%。临床检测结果表明,利用该方法对108份临床病料进行检测,检出RHDV2阳性样品72份,检出率为66.7%,明显高于常规的RT-PCR方法(62.0%)。结果证明,新建立的TaqMan荧光定量RT-PCR方法适合于RHDV2感染的特异性诊断。

TaqMan荧光定量RT-PCR快速检测登革1、2型病毒

目的建立特异、灵敏、快速的荧光定量RT-PCR方法用于检测登革1、2型病毒核酸,并初步应用于登革热的临床标本检测。方法根据GenBank登录的登革热毒株序列,应用生物学软件进行序列比对,分别在登革病毒1型的NS5基因和2型的C基因的保守区设计特异性引物和TaqMan探针。对荧光定量RT-PCR反应条件进行优化,验证该方法的特异性、灵敏度和稳定性。同时对疑似登革热病例血清标本进行检测。结果该方法对登革1、2型病毒的检测有高度的特异性,与登革病毒的4个血清型之间以及流行性乙型脑炎病毒、肾综合征出血热病毒等均无交叉反应,检测的灵敏度均达0.1TCID50,可从疑似登革热病例血清标本中直接检测登革病毒核酸,从病毒核酸提取至完成检测仅需3h左右。结论本研究建立的TaqMan荧光定量RT-PCR是一种快速检测登革1、2型病毒特异、敏感的方法,适用于临床早期诊断。

猪链球菌2型的Real-time PCR定量检测研究

目的 建立了基于TaqMan探针的Real-time PCR方法，实时、定量检测猪链球菌2型。针对GenBank公布的猪链球菌2型的csp2J基因序列设计一对引物和TaqMan探针，建立了Real-time PCR检测方法，制作标准曲线，定量检测猪链球菌2型。通过对6种细菌（9株菌株）的DNA进行扩增。结果所有4株猪链球菌2型均可产生扩增曲线，其他5株非猪链球菌2型均不产生扩增曲线。细菌纯培养物的检测敏感度为6～8CFU／PCR反应体系，相关系数均为0．99（r^2=0．99），整个试验可在1．5h内完成。建立的方法可用于猪链球菌2型的快速、定量检测。

应用TaqMan荧光定量RT-PCR方法检测PRRSV变异株在莱芜黑猪体内动态分布

为了检测猪繁殖与呼吸综合征病毒（Reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV）接种莱芜黑猪后病毒在体内的增殖分布规律,将15头PRRSV阴性的莱芜黑猪仔猪随机分成两组,试验组10头,对照组5头。分别于攻毒后3、7、14、21、28 d各剖杀试验组2头,对照组1头,采集脾脏、肺脏、心脏、肝脏、肾脏、扁桃体、颌下淋巴结、腹股沟淋巴结和肠系膜淋巴结等组织,并应用建立的荧光定量RT-PCR方法对各组织中病毒进行定量。结果表明,PRRSV攻毒后d 3感染组猪的各组织中均检测到低拷贝病毒核酸存在,攻毒后7~21 d,各种组织中的病毒载量维持在较高水平,而攻毒后d 28时,多数组织中的PRRSV含量明显下降。扁桃体及各种淋巴结中的病毒载量要明显高于其他脏器,显示PRRSV在感染莱芜黑猪后对淋巴组织具有组织嗜性。

TaqMan-MGB荧光定量RT-PCR快速检测副流感3型病毒

目的:建立特异、快速、灵敏的荧光定量RT-PCR方法用于副流感3型病毒核酸检测。方法:对副流感3型病毒的N基因应用C lustalW软件进行序列同源性比对,在保守区设计特异性引物和TaqM an-MGB探针,并对荧光RT-PCR反应条件进行优化,验证方法的特异性,敏感性和稳定性,同时应用于疑似患者临床标本检测。结果:该方法对副流感3型病毒核酸检测有高度特异性,与副流感1、2、4型,甲型、乙型流感病毒,麻疹病毒,风疹病毒,腮腺炎病毒,呼吸道合胞病毒和腺病毒等均无交叉反应。检测的灵敏度达0.1TC ID50,可从疑似患者含漱液标本中直接检出,从病毒核酸提取至完成检测仅需3 h左右。结论:本研究建立的TaqM an荧光定量RT-PCR是一种快速检测副流感3型病毒特异、敏感的方法,适用于临床早期诊断。