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Diagnosis and treatment of refractory infectious diseases using nanopore sequencing technology:Three case reports
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作者 Qing-Mei Deng Jian Zhang +5 位作者 Yi-Yong Zhang Min Jia Du-Shan Ding Yu-Qin Fang Hong-Zhi Wang Hong-Cang Gu 《World Journal of Clinical Cases》 SCIE 2024年第22期5208-5216,共9页
BACKGROUND Infectious diseases are still one of the greatest threats to human health,and the etiology of 20%of cases of clinical fever is unknown;therefore,rapid identification of pathogens is highly important.Traditi... BACKGROUND Infectious diseases are still one of the greatest threats to human health,and the etiology of 20%of cases of clinical fever is unknown;therefore,rapid identification of pathogens is highly important.Traditional culture methods are only able to detect a limited number of pathogens and are time-consuming;serologic detection has window periods,false-positive and false-negative problems;and nucleic acid molecular detection methods can detect several known pathogens only once.Three-generation nanopore sequencing technology provides new options for identifying pathogens.CASE SUMMARY Case 1:The patient was admitted to the hospital with abdominal pain for three days and cessation of defecation for five days,accompanied by cough and sputum.Nanopore sequencing of the drainage fluid revealed the presence of orallike bacteria,leading to a clinical diagnosis of bronchopleural fistula.Cefoperazone sodium sulbactam treatment was effective.Case 2:The patient was admitted to the hospital with fever and headache,and CT revealed lung inflammation.Antibiotic treatment for Streptococcus pneumoniae,identified through nanopore sequencing of cerebrospinal fluid,was effective.Case 3:The patient was admitted to our hospital with intermittent fever and an enlarged neck mass that had persisted for more than six months.Despite antibacterial treatment,her symptoms worsened.The nanopore sequencing results indicate that voriconazole treatment is effective for Aspergillus brookii.The patient was diagnosed with mixed cell type classical Hodgkin's lymphoma with infection.CONCLUSION Three-generation nanopore sequencing technology allows for rapid and accurate detection of pathogens in human infectious diseases. 展开更多
关键词 Nanopore sequencing technology Third-generation sequencing technology INFECTION PATHOGEN Case report
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Surveillance of emerging SARS-CoV-2 variants by nanopore technology-based genome sequencing
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作者 J.I.Abeynayake G.P.Chathuranga +1 位作者 M.A.Y.Fernando M.K.Sahoo 《Asian Pacific Journal of Tropical Medicine》 SCIE CAS 2023年第7期313-320,共8页
Objective:To surveill emerging variants by nanopore technology-based genome sequencing in different COVID-19 waves in Sri Lanka and to examine the association with the sample characteristics,and vaccination status.Met... Objective:To surveill emerging variants by nanopore technology-based genome sequencing in different COVID-19 waves in Sri Lanka and to examine the association with the sample characteristics,and vaccination status.Methods:The study analyzed 207 RNA positive swab samples received to sequence laboratory during different waves.The N gene cut-off threshold of less than 30 was considered as the major inclusion criteria.Viral RNA was extracted,and elutes were subjected to nanopore sequencing.All the sequencing data were uploaded in the publicly accessible database,GISAID.Results:The Omicron,Delta and Alpha variants accounted for 58%,22%and 4%of the variants throughout the period.Less than 1%were Kappa variant and 16%of the study samples remained unassigned.Omicron variant was circulated among all age groups and in all the provinces.Ct value and variants assigned percentage was 100%in Ct values of 10-15 while only 45%assigned Ct value over 25.Conclusions:The present study examined the emergence,prevalence,and distribution of SARS-CoV-2 variants locally and has shown that nanopore technology-based genome sequencing enables whole genome sequencing in a low resource setting country. 展开更多
关键词 Emerging SARS-CoV-2 variants Laboratory surveillance Nanopore technology Genome sequencing Bioinformatics analysis and phylogeny Sociodemographic and sample cutoff(Ct)threshold Global sharing of genomic data/GISAID
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Application of next-generation sequencing technology to precision medicine in cancer: joint consensus of the Tumor Biomarker Committee of the Chinese Society of Clinical Oncology 被引量:16
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作者 Xuchao Zhang Zhiyong Liang +47 位作者 Shengyue Wang Shun Lu Yong Song Ying Cheng Jianming Ying Weiping Liu Yingyong Hou Yangqiu Li Yi Liu Jun Hou Xiufeng Liu Jianyong Shao Yanhong Tai Zheng Wang Li Fu Hui Li Xiaojun Zhou Hua Bai Mengzhao Wang You Lu Jinji Yang Wenzhao Zhong Qing Zhou Xuening Yang Jie Wang Cheng Huang Xiaoqing Liu Xiaoyan Zhou Shirong Zhang Hongxia Tian Yu Chen Ruibao Ren Ning Liao Chunyan Wu Zhongzheng Zhu Hongming Pan Yanhong Gu Liwei Wang Yunpeng Liu Suzhan Zhang Tianshu Liu Gong Chen Zhimin Shao Binghe Xu Qingyuan Zhang Ruihua Xu Lin Shen Yilong Wu 《Cancer Biology & Medicine》 SCIE CAS CSCD 2019年第1期189-204,共16页
Next-generation sequencing(NGS) technology is capable of sequencing millions or billions of DNA molecules simultaneously.Therefore, it represents a promising tool for the analysis of molecular targets for the initial ... Next-generation sequencing(NGS) technology is capable of sequencing millions or billions of DNA molecules simultaneously.Therefore, it represents a promising tool for the analysis of molecular targets for the initial diagnosis of disease, monitoring of disease progression, and identifying the mechanism of drug resistance. On behalf of the Tumor Biomarker Committee of the Chinese Society of Clinical Oncology(CSCO) and the China Actionable Genome Consortium(CAGC), the present expert group hereby proposes advisory guidelines on clinical applications of NGS technology for the analysis of cancer driver genes for precision cancer therapy. This group comprises an assembly of laboratory cancer geneticists, clinical oncologists, bioinformaticians,pathologists, and other professionals. After multiple rounds of discussions and revisions, the expert group has reached a preliminary consensus on the need of NGS in clinical diagnosis, its regulation, and compliance standards in clinical sample collection. Moreover, it has prepared NGS criteria, the sequencing standard operation procedure(SOP), data analysis, report, and NGS platform certification and validation. 展开更多
关键词 Next-generation sequencing technologY CANCER consensus
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Application of Nanopore Sequencing Technology in the Clinical Diagnosis of Infectious Diseases 被引量:5
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作者 ZHANG Lu Lu ZHANG Chi PENG Jun Ping 《Biomedical and Environmental Sciences》 SCIE CAS CSCD 2022年第5期381-392,共12页
Infectious diseases are an enormous public health burden and a growing threat to human health worldwide.Emerging or classic recurrent pathogens,or pathogens with resistant traits,challenge our ability to diagnose and ... Infectious diseases are an enormous public health burden and a growing threat to human health worldwide.Emerging or classic recurrent pathogens,or pathogens with resistant traits,challenge our ability to diagnose and control infectious diseases.Nanopore sequencing technology has the potential to enhance our ability to diagnose,interrogate,and track infectious diseases due to the unrestricted read length and system portability.This review focuses on the application of nanopore sequencing technology in the clinical diagnosis of infectious diseases and includes the following:(i)a brief introduction to nanopore sequencing technology and Oxford Nanopore Technologies(ONT)sequencing platforms;(ii)strategies for nanopore-based sequencing technologies;and(iii)applications of nanopore sequencing technology in monitoring emerging pathogenic microorganisms,molecular detection of clinically relevant drug-resistance genes,and characterization of disease-related microbial communities.Finally,we discuss the current challenges,potential opportunities,and future outlook for applying nanopore sequencing technology in the diagnosis of infectious diseases. 展开更多
关键词 Nanopore sequencing Infectious diseases PATHOGEN Oxford Nanopore technologies
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Advances in single-cell sequencing technology in microbiome research
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作者 Yinhang Wu Jing Zhuang +3 位作者 Yifei Song Xinyi Gao Jian Chu Shuwen Han 《Genes & Diseases》 SCIE CSCD 2024年第4期201-219,共19页
With the rapid development of histological techniques and the widespread applica-tion of single-cell sequencing in eukaryotes,researchers desire to explore individual microbial.genotypes and functional expression,whic... With the rapid development of histological techniques and the widespread applica-tion of single-cell sequencing in eukaryotes,researchers desire to explore individual microbial.genotypes and functional expression,which deepens our understanding of microorganisms.In this review,the history of the development of microbial detection technologies was revealed and the difficulties in the application of single-cell sequencing in microorganisms were dissected as well.Moreover,the characteristics of the currently emerging microbial single-cell sequencing(Microbe-seq)technology were summarized,and the prospects of the application of Microbe-seq in microorganisms were distilled based on the current development status.Despite its mature development,the Microbe-seq technology was still in the optimization stage.A retrospective study was conducted,aiming to promote the widespread application of single-cell sequencing in microorganisms and facilitate further improvement in the technol-ogy. 展开更多
关键词 Bacterialantibiotic resistance Host immunity Host-phage interaction Microbial single-cell sequencing MICROORGANISMS Single cell Single-cell sequencing technology
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Current status and future perspectives for sequencing livestock genomes 被引量:1
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作者 Yongsheng Bai Maureen Sartor James Cavalcoli 《Journal of Animal Science and Biotechnology》 SCIE CAS 2012年第1期10-15,共6页
Only in recent years, the draft sequences for several agricultural animals have been assembled. Assembling an individual animal's entire genome sequence or specific region(s) of interest is increasingly important f... Only in recent years, the draft sequences for several agricultural animals have been assembled. Assembling an individual animal's entire genome sequence or specific region(s) of interest is increasingly important for agricultura researchers to perform genetic comparisons between animals with different performance. We review the current status for several sequenced agricultural species and suggest that next generation sequencing (NGS) technology with decreased sequencing cost and increased speed of sequencing can benefit agricultural researchers. By taking advantage of advanced NGS technologies, genes and chromosomal regions that are more labile to the influence of environmental factors could be pinpointed. A more long term goal would be addressing the question of how animals respond at the molecular and cellular levels to different environmental models (e.g. nutrition). Upon revealing important genes and gene-environment interactions, the rate of genetic improvement can also be accelerated. It is clear that NGS technologies will be able to assist animal scientists to efficiently raise animals and to better prevent infectious diseases so that overall costs of animal production can be decreased. 展开更多
关键词 livestock genomes next-generation sequencing technology NUTRITION
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设施西瓜连作土壤生化性质及微生物群落变化 被引量:1
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作者 姚丽娟 田春丽 +3 位作者 王立河 杜君 校彦赟 远兵强 《中国土壤与肥料》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期70-78,共9页
为探索设施连作西瓜土壤微生态环境变化,通过高通量测序对连作组(连作10年设施西瓜土壤)和对照组(连作10年设施西瓜棚外相同土质的露天西瓜土壤)样品进行测序分析,比较2组土壤细菌和真菌的群落结构差异,测定土壤理化性质及酶活性。结果... 为探索设施连作西瓜土壤微生态环境变化,通过高通量测序对连作组(连作10年设施西瓜土壤)和对照组(连作10年设施西瓜棚外相同土质的露天西瓜土壤)样品进行测序分析,比较2组土壤细菌和真菌的群落结构差异,测定土壤理化性质及酶活性。结果表明,连作组土壤pH、铵态氮、速效钾、微生物量碳、土壤酶活性极显著低于对照,而硝态氮和有效磷极显著高于对照组。连作组土壤中细菌ACE指数和Chaol指数均极显著高于对照组,土壤中真菌ACE指数、Chaol指数、Simpson指数和Shannon指数均低于对照组。土壤微生物优势物种组成改变,连作组土壤细菌变形菌门、芽单胞菌门、绿弯菌门及硝化螺旋菌门相对丰度较对照组分别增加了9.80%、20.83%、21.76%和27.12%(P<0.05),而酸杆菌门和疣微菌门较对照组分别减少了21.7%和26.27%(P<0.05);连作组土壤真菌子囊菌门相对丰度较对照组增加了10.96%(P<0.05),担子菌门和罗兹菌门的相对丰度分别较对照组减少了13.42%和93.77%(P<0.05)。相关性分析显示,优势菌门除Latescibacteria和己科河菌门丰度与所有土壤环境因子相关性均不显著外,其他优势菌群都与所测土壤环境因子(有机质除外)存在密切相关关系,土壤pH、铵态氮、有效磷、速效钾是影响土壤中微生物群落的主要因素,担子菌门和绿弯菌门能够指示土壤微生物量,微生物群落结构的变化对土壤酶活性有较大的影响。综上,设施西瓜连作10年土壤理化性质、酶活性及微生物群落结构皆显著变化,西瓜连作障碍是多种因素综合作用的结果。 展开更多
关键词 设施西瓜 连作 高通量测序技术 土壤细菌 土壤真菌
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磁共振T1rho序列、T2 mapping技术在膝关节早期软骨退变早期诊断中的评估价值 被引量:1
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作者 唐毅 张辉 +1 位作者 黄恺 黎本丰 《中国CT和MRI杂志》 2024年第4期163-165,共3页
目的探讨磁共振T1rho序列、T2 mapping技术在膝关节早期软骨退变早期诊断中的评估价值。方法选取2020年1月至2022年11月在我院治疗的110例膝关节早期软骨退变患者(观察组),按照疾病严重程度分为轻度退变组及重度退变组,另选取同期在我... 目的探讨磁共振T1rho序列、T2 mapping技术在膝关节早期软骨退变早期诊断中的评估价值。方法选取2020年1月至2022年11月在我院治疗的110例膝关节早期软骨退变患者(观察组),按照疾病严重程度分为轻度退变组及重度退变组,另选取同期在我院进行体检的64例健康者为对照组,受试者均行磁共振T1rho序列、T2 mapping技术扫描,测量受试者T2值及T1ρ值,探讨磁共振T1rho序列、T2 mapping技术在膝关节早期软骨退变早期诊断中的评估价值。结果观察组股骨外侧面、股骨内侧面、胫骨外侧面、胫骨内侧面、髋骨面T2值均明显高于对照组(P<0.05),重度退变亚组患者股骨外侧面、股骨内侧面、胫骨外侧面、胫骨内侧面、髋骨面T2值显著高于轻度退变者(P<0.05);观察组股骨内踝负重区、股骨内踝非负重区、股骨外踝负重区、股骨外踝非负重区、胫骨外侧平台区、胫骨内侧平台区、髌后软骨区磁共振T1ρ值明显高于对照组(P<0.05),重度退变亚组患者股骨内踝负重区、股骨内踝非负重区、股骨外踝负重区、股骨外踝非负重区、胫骨外侧平台区、胫骨内侧平台区、髌后软骨区磁共振T1ρ值明显高于轻度退变亚组患者(P<0.05);磁共振T1rho序列在膝关节早期软骨退变中早期诊断及严重程度评估中的的诊断ROC值及特异度明显高于T2 mapping技术(P<0.05),但后者具有更高的敏感度(P<0.05)。结论磁共振T1rho序列、T2 mapping技术均能有效反映膝关节早期软骨退变中软骨组织学成分变化情况,还可为膝关节软骨退变严重程度评估提供客观依据,二者具有一定互补价值。 展开更多
关键词 磁共振T1rho序列 T2 mapping技术 膝关节 早期软骨退变 诊断
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基于纳米孔靶向全基因测序技术的新冠肺炎病例快速鉴定研究
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作者 李健雄 施勇 +4 位作者 徐刚 肖大瑾 刘师文 熊英 龚甜 《实验与检验医学》 CAS 2024年第2期131-133,共3页
目的探索快速识别新型冠状病毒的方法,为新冠肺炎防控提供技术支撑。方法分别运用基于三代纳米孔测序技术平台MinION Mk1C和基于二代测序技术平台Ion Torrent S5的新型冠状病毒(SARS-CoV-2)靶向全基因组测序技术对1例境外输入新冠肺炎... 目的探索快速识别新型冠状病毒的方法,为新冠肺炎防控提供技术支撑。方法分别运用基于三代纳米孔测序技术平台MinION Mk1C和基于二代测序技术平台Ion Torrent S5的新型冠状病毒(SARS-CoV-2)靶向全基因组测序技术对1例境外输入新冠肺炎确诊病例进行基因组测序。使用artic-ncov2019软件、CLC Genomics Workbench(Version 21.0)软件和DNAstar软件等进行数据处理和分析。结果基于三代纳米孔测序技术平台MinION Mk1C和基于二代测序技术平台Ion Torrent S5分别在7 h和30 h左右获得SARS-CoV-2全基因组数据,分别为29848bp和29801bp,两者共同29801bp数据部分同源性100%,经分析为新冠病毒B.1.1.7变异株。结论在对该病例样本的全基因测序中,基于三代纳米孔测序技术平台MinION Mk1C的SARS-CoV-2靶向全基因组测序技术将检测周期缩短至7 h左右,能够实现快速、准确地对SARS-CoV-2进行实时测序。 展开更多
关键词 纳米孔测序技术 MinION Mk1C测序平台 靶向测序 新冠病毒B1.1.7变异株
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利用HiFi读数和k-mer分布特征的序列组装方法
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作者 翟海霞 蔡文达 +1 位作者 刘小燕 罗军伟 《小型微型计算机系统》 CSCD 北大核心 2024年第6期1376-1383,共8页
序列组装是利用测序技术得到的读数(read/序列片段)恢复完整基因组序列的方法.当前,第三代测序技术,如单分子实时(SMRT)测序技术和牛津纳米孔技术(ONT),能够产生长度超过10kbp的读数,从而可以解决序列组装中的重复区问题.但是,其测序错... 序列组装是利用测序技术得到的读数(read/序列片段)恢复完整基因组序列的方法.当前,第三代测序技术,如单分子实时(SMRT)测序技术和牛津纳米孔技术(ONT),能够产生长度超过10kbp的读数,从而可以解决序列组装中的重复区问题.但是,其测序错误率高达10~15%,使获得完整和准确的基因组序列仍然是一项具有挑战性的工作.最近出现的PacBio HiFi测序技术可以产生长度长(> 10kbp)并且准确性高(> 99.9%)的读数,促进了序列组装领域的研究发展.但是,如何充分利用HiFi读数的优势,开发设计高效的序列组装方法是当前的研究热点.alphaHiASM是一种新的基于HiFi读数和k-mer分布特征的序列组装方法,该方法首先针对HiFi读数长度长和准确性高的优势,设计了一种基于k-mer分布特征的HiFi读数重叠区检测策略.然后,根据上一步检测到的HiFi读数之间的重叠区,以HiFi读数为节点,构建读数重叠图,并提出一种可以衡量重叠区可信程度的边权重计算方法.接着,在该读数重叠图中,抽取路径,形成初始组装结果.最后对初始组装结果进行优化纠错,形成最终结果.该方法在4组不同的真实数据集上和当前流行的组装方法Flye,HiCanu和miniasm进行了性能比较.实验结果表明,alphaHiASM在组装完整性和正确性具有一定的优势. 展开更多
关键词 序列组装 HiFi读数 三代测序技术
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基于高通量测序技术的9种铁线莲属药材混合粉末分子鉴定
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作者 呼和 莫日根 +5 位作者 乌雅汉 乌日汗 额尔敦呼 白明君 包桂花 许亮 《药学研究》 CAS 2024年第1期30-34,共5页
目的建立基于高通量测序技术的9种铁线莲属混合粉末分子鉴定方法。方法采用高通量测序技术,对9种铁线莲属药材混合粉末样品中的总DNA经提取,对ITS2片段进行PCR扩增,利用Illumina MiSeq平台对DNA片段进行双端测序,最后采用FLASH、QIIME、... 目的建立基于高通量测序技术的9种铁线莲属混合粉末分子鉴定方法。方法采用高通量测序技术,对9种铁线莲属药材混合粉末样品中的总DNA经提取,对ITS2片段进行PCR扩增,利用Illumina MiSeq平台对DNA片段进行双端测序,最后采用FLASH、QIIME、GraPhlAn及MEGA 7.0软件对序列进行整理并聚类分析,鉴定混合粉末中的物种。结果混合粉末样品中得到高质量的ITS2序列共496条,铁线莲属物种含有序列72条,比对出棉团铁线莲、女萎铁线莲、短尾铁线莲、灌木铁线莲、单叶铁线莲、黄花铁线莲、粗齿铁线莲等7个物种,未能比对出东北铁线莲和芹叶铁线莲。结论以ITS2作为DNA条形码,采用高通量测序技术,可以鉴定出铁线莲属药材混合样品中的7个物种,为混合药材的鉴定提供依据。 展开更多
关键词 高通量测序技术 ITS2 铁线莲属 药材 混合粉末 分子鉴定
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异时性多复发灶耐药基因分子异质性的胃肠道间质瘤1例报告及文献复习
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作者 王玥 吴迪 +1 位作者 于丹丹 段秀梅 《吉林大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期545-550,共6页
目的:分析1例长期伊马替尼治疗后多部位、异时性复发病灶敏感/耐药共存的少见胃肠道间质瘤(GISTs)患者的临床资料,揭示GISTs继发突变的异质性是复发耐药过程中的重要属性。方法:收集1例复发GISTs患者的临床资料,采用HE染色法进行组织学... 目的:分析1例长期伊马替尼治疗后多部位、异时性复发病灶敏感/耐药共存的少见胃肠道间质瘤(GISTs)患者的临床资料,揭示GISTs继发突变的异质性是复发耐药过程中的重要属性。方法:收集1例复发GISTs患者的临床资料,采用HE染色法进行组织学观察,免疫组织化学染色检测相关蛋白表达,一代和二代测序技术分析肿瘤基因变异情况。结果:患者,男性,66岁,因胃间质瘤行胃部分切除术。一代测序技术检测结果显示为原癌基因,受体酪氨酸激酶(KIT)基因11号外显子缺失突变(p.551-554del)。伊马替尼治疗1年左右,停药4个月后复发,患者出现脾区病灶,继续采用伊马替尼一线治疗,脾区病灶得到控制。59个月后盆腔发现新病灶,采用伊马替尼加量(600 mg·d^(-1))并舒尼替尼二线治疗,治疗2个月后CT检查结果显示患者脾区病灶大小趋于稳定,而盆腔新病灶体积持续增大。二代测序技术检测结果显示两复发灶在原有KIT基因11号外显子缺失突变的基础上,分别继发KIT基因13号外显子(p.V654A)和17号外显子(p.Y823D)突变。结论:GISTs在靶向药物选择作用的压力下,肿瘤生物学行为表现出复杂性,即时间异质性、空间异型性和分子异质性,不同复发灶可以出现不同的耐药机制。 展开更多
关键词 胃肠道间质瘤 复发耐药 异质性 二代测序技术 伊马替尼
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块菌贮藏期间细菌菌相分析及精油抑菌研究
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作者 清源 方志荣 +3 位作者 吴瑕 姚昕 林巧 尹胜 《食品工业科技》 CAS 北大核心 2024年第15期161-167,共7页
为揭示印度块菌(Tuber indicum)4℃贮藏期间的表面微生物变化规律,鉴定优势腐败细菌并选择出抑菌效果好的天然抑菌剂。本文利用高通量测序与传统培养技术,对印度块菌贮藏过程中表面菌群结构及优势腐败菌进行研究。通过测定抑菌率,计算... 为揭示印度块菌(Tuber indicum)4℃贮藏期间的表面微生物变化规律,鉴定优势腐败细菌并选择出抑菌效果好的天然抑菌剂。本文利用高通量测序与传统培养技术,对印度块菌贮藏过程中表面菌群结构及优势腐败菌进行研究。通过测定抑菌率,计算半数有效浓度(EC50)等,研究5种天然植物精油对优势腐败菌的抑制效果。结果表明,贮藏期间印度块菌表面菌落总数呈增加趋势,第15 d时达到2.28×10^(6) lg CFU/g并出现异味、发粘或发霉等现象,至30 d时到达货架期终点。贮藏期间的优势菌门为Proteobacteria、Bacteroidetes、Actinobacteria、Firmicutes和Verrucomicrobia。优势菌属为Pseudomonas、Rhizobium、Pedobacter、Sphingobacterium、Flavobacterium、Serratia、Janthinobacterium、Sphingopyxis和Variovorax。此次共分离得到2株可导致块菌腐烂率达90%以上的细菌,经鉴定分别为枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)和粪小短杆菌(Brachybacterium faecium)。所用5种精油中,柠檬草精油对B.subtilis的抑菌效果最好,EC50值为5.471μL/L;百里香精油对B.faecium的抑菌效果最好,EC50值为6.350μL/L。本研究为后续开展柠檬草和百里香精油复配在块菌采后贮藏保鲜上的应用,延长其货架期提供了一定理论依据。 展开更多
关键词 印度块菌 传统培养技术 高通量测序 优势腐败菌
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多发伤患者早期肠道菌群及其代谢产物氧化三甲胺的变化
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作者 梁亚鹏 尹江涛 +4 位作者 苗振军 魏法星 苗健烨 李利毛 陈双伟 《临床与病理杂志》 CAS 2024年第3期381-389,共9页
目的:多发伤患者一旦并发脓毒症和多器官功能障碍综合征则预后不良。本研究通过观察多发伤患者早期肠道菌群及其代谢产物氧化三甲胺的变化,探讨多发伤患者并发脓毒症和多器官功能障碍综合征的可能机制。方法:选取2023年4月至9月江苏大... 目的:多发伤患者一旦并发脓毒症和多器官功能障碍综合征则预后不良。本研究通过观察多发伤患者早期肠道菌群及其代谢产物氧化三甲胺的变化,探讨多发伤患者并发脓毒症和多器官功能障碍综合征的可能机制。方法:选取2023年4月至9月江苏大学附属医院收治的符合纳入标准的多发伤患者25例作为多发伤组,选取同期本院体检中心符合纳入标准的健康志愿者25例作为对照组。收集多发伤组伤后1周左右的粪便标本和血浆标本,同期收集对照组体检当天的粪便标本和血浆标本。通过16S rRNA高通量测序技术检测粪便标本,分析多发伤组和对照组肠道菌群的差异。采用高效液相色谱-质谱串联技术检测血浆标本,分析多发伤组和对照组血浆氧化三甲胺水平的差异。结果:多发伤组和对照组的肠道菌群构成存在明显差异。在菌门水平上,多发伤组变形菌门的相对丰度明显高于对照组(P<0.05);厚壁菌门和拟杆菌门的相对丰度明显低于对照组(P<0.05)。在菌属水平上,多发伤组大肠埃希菌属、致病肠球菌属、梭菌属、考拉杆菌属的相对丰度均明显高于对照组(均P<0.05),普氏菌属、双歧杆菌属、瘤胃菌属、乳杆菌属、粪球菌属、布劳特菌属、丁酸弧菌属的相对丰度均明显低于对照组(均P<0.05)。多发伤组血浆氧化三甲胺水平明显高于对照组(P<0.05)。结论:与健康人群相比,多发伤患者早期肠道菌群已发生变化,专性厌氧菌相对丰度下降,兼性厌氧菌相对丰度上升,有益共生菌相对丰度减少,机会致病菌相对丰度增加,这可能与多发伤患者并发脓毒症有关。血浆氧化三甲胺的水平升高可能与肠道菌群的变化和多发伤患者并发多器官功能障碍综合征有关。 展开更多
关键词 多发伤 肠道菌群 氧化三甲胺 高通量测序技术
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PSK脉冲编码降低瑞利散射型光纤传感系统相干瑞利噪声的理论和仿真研究
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作者 王磊 李永倩 +1 位作者 张立欣 范海军 《传感技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第7期1223-1229,共7页
频移平均(Frequency Shift Averaging,FSAV)技术是目前降低相干瑞利噪声(Coherent Rayleigh noise,CRN)的最主要方法,然而其降噪效果会受到频率漂移和脉冲啁啾效应的影响,且不适合应用在高空间分辨率系统中。针对以上问题,提出一种利用... 频移平均(Frequency Shift Averaging,FSAV)技术是目前降低相干瑞利噪声(Coherent Rayleigh noise,CRN)的最主要方法,然而其降噪效果会受到频率漂移和脉冲啁啾效应的影响,且不适合应用在高空间分辨率系统中。针对以上问题,提出一种利用相移键控(Phase Shift Keying,PSK)脉冲编码降低CRN的新方法。详细分析了该方法的原理,仿真验证了该方法的有效性和适用性。结果表明:该方法不仅能有效降低CRN,且能在高空间分辨率下完全适用,为基于瑞利散射的高空间分辨率高精度分布式光纤传感系统中CRN的降低提供了新的视角和实用方法。 展开更多
关键词 相干瑞利噪声 频移平均技术 PSK 脉冲编码 多编码序列
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鄂尔多斯盆地三叠系延长组延河剖面长7段全景地质模型的地质信息捕捉与分析
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作者 唐耀辉 高建武 +3 位作者 吴赛赛 邓圣学 王利霞 魏荣浩 《地质找矿论丛》 CAS 2024年第3期370-378,共9页
为客观全面认识露头在区域的展布情况,实现沉浸式体验野外露头搭建信息流,将VR实景技术应用到露头沉积-地层的研究中,利用计算机技术实现露头地层展布的360°可视化,建立鄂尔多斯盆地上三叠统延长组延河剖面数字露头。基于VR全景模... 为客观全面认识露头在区域的展布情况,实现沉浸式体验野外露头搭建信息流,将VR实景技术应用到露头沉积-地层的研究中,利用计算机技术实现露头地层展布的360°可视化,建立鄂尔多斯盆地上三叠统延长组延河剖面数字露头。基于VR全景模型开展延长组长7油层组层序地层、沉积旋回等地质信息的捕获与分析;以典型的沉积现象和程序界面识别特征为标志,在VR全景模型上,进行层序追踪,识别出一个三级层序界面即长7和长6油层组分界。通过对延河剖面长7的逐层实测,发现长7沉积代表了一个完整的层序演化过程,包括长7和长8接触界面代表的海侵体系域中的洪泛面。张家滩页岩标志着层序演化由海侵体系域演化至高水位体系域,长7和长6底部发育的水道侵蚀面代表了低水位体系域。 展开更多
关键词 VR实景技术 延长组 数字露头 层序界面 鄂尔多斯盆地
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罗非鱼混养对广西三江传统稻渔综合种养系统环境及其菌群多样性的影响
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作者 王淼 莫洁琳 +6 位作者 韦领英 莫航 杨世宇 衣萌萌 范梓健 张紫玥 卢迈新 《水生态学杂志》 CSCD 北大核心 2024年第2期141-147,共7页
研究罗非鱼混养对广西三江传统稻渔综合种养系统环境的影响,可为科学推广稻田金边鲤-罗非鱼混养模式提供基础。2021年5-10月设置3个试验组和1个对照组研究不同密度混养对种养系统环境及菌群多样性的影响,其中试验组内进行罗非鱼和金边... 研究罗非鱼混养对广西三江传统稻渔综合种养系统环境的影响,可为科学推广稻田金边鲤-罗非鱼混养模式提供基础。2021年5-10月设置3个试验组和1个对照组研究不同密度混养对种养系统环境及菌群多样性的影响,其中试验组内进行罗非鱼和金边鲤的混养,对照组为鲤单养组。结果表明,金边鲤的生长未受到罗非鱼混养的影响;高通量测序结果显示水体中的主要菌群为变形菌门(Proteobacteria)和放线菌门(Actinobacteria),其次为拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)和蓝菌门(Cyanobacteria),主要功能为化能异养和有氧化能异养;底泥中的主要菌群为变形菌门和绿弯菌门(Chloroflexi),其次为酸杆菌门(Acidobacteria)、广古菌门(Euryarchaeota)和蓝菌门,主要功能类群为甲烷生成和化能异养。罗非鱼高密度混养组稻田底泥中的总氮和硝酸盐氮含量有所下降,水体中Polynucleobacter等水质良好的指示物种相对丰度增加,罗非鱼混养对稻渔综合种养系统环境及其菌群产生了有益的影响。 展开更多
关键词 稻渔综合种养系统 罗非鱼 水体 底泥 菌群 高通量测序
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基于高通量测序技术对不同地区米酒曲微生物群落结构的分析
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作者 罗莉 甘晋铭 +4 位作者 向亮亮 毛文定 谭爱华 徐丹艺 李方桥 《酿酒科技》 2024年第9期82-86,共5页
采用高通量测序技术对湖北宜昌当地传统米酒曲与广西玉林传统米酒曲中的微生物群落结构进行解析,获得了酒曲中主要微生物种属和占比。结果表明,广西米酒曲在物种丰富度以及群落多样性上均高于宜昌米酒曲;广西米酒曲中优势真菌属以根霉属... 采用高通量测序技术对湖北宜昌当地传统米酒曲与广西玉林传统米酒曲中的微生物群落结构进行解析,获得了酒曲中主要微生物种属和占比。结果表明,广西米酒曲在物种丰富度以及群落多样性上均高于宜昌米酒曲;广西米酒曲中优势真菌属以根霉属(Rhizopus)、毛霉属(Mucor)、毕赤酵母属(Pichia)和假丝酵母属(Candida)为主,宜昌米酒曲中根霉属(Rhizopus)和毛霉属(Mucor)为优势菌属;在细菌属水平上,广西米酒曲以片球菌属(Pediococcus)、假单胞菌属(Pseudomonas)、魏斯氏属(Weissella)、乳杆菌属(Lactobacillus)为主,宜昌米酒曲优势菌属为假单胞菌属(Pseudomonas)和魏斯氏属(Weissella);ASV/OTU韦恩图分析表明宜昌酒曲在物种独特性上要优于广西玉林酒曲。本研究揭示了宜昌传统米酒曲中的真菌与玉林传统米酒曲真菌菌种的差别,为逐步改善传统酒曲质量,以及相关微生物的进一步利用提供了理论指导依据。 展开更多
关键词 高通量测序技术 菌落结构 米酒曲 ASV/OTU韦恩图
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高通量测序技术对杀菌型益生菌含乳饮料菌群结构分析
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作者 俞漪 庄孝飞 《食品安全质量检测学报》 CAS 2024年第2期243-250,共8页
目的分析杀菌型益生菌含乳饮料中菌群组成结构,并探究宣称添加益生菌的真实性和合规性。方法本研究以高通量测序技术为基础,从市售11批次杀菌型益生菌含乳饮料中全基因组提取,进行V3/V4变异区序列的聚合酶链式反应(polymerase chain rea... 目的分析杀菌型益生菌含乳饮料中菌群组成结构,并探究宣称添加益生菌的真实性和合规性。方法本研究以高通量测序技术为基础,从市售11批次杀菌型益生菌含乳饮料中全基因组提取,进行V3/V4变异区序列的聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)扩增后,整理及统计样品测序序列数目,操作分类单元(operational taxonomic unit,OUT)归类,生成稀释曲线、Alpha多样性、聚类、丰度分布曲线与分析菌群结构和菌种标示合规性。结果共得到39231条优质序列,分布在210~518 bp范围内;共注解到16个门、37个纲、71个目、129个科、265个属;从门分类水平主要为厚壁菌门(Firmicutes 91.66%),从纲的分类水平主要为芽孢杆菌纲(Bacill 90.43%),从目的分类水平主要为乳杆菌目(Lactobacillales 82.74%);优势菌种为德氏乳杆菌保加利亚亚种、嗜热链球菌;同时产品有检出携带致病性非益生菌菌群。11种产品标签标示与实际检测到菌株完全一致的仅有1批次。结论本研究建立的高通量测序技术能准确、快速地探究杀菌型益生菌含乳饮料中微生物菌群多样性和潜在的致病性,市售产品益生菌种类丰富,但同质化程度较高,产品间菌群分布均匀度差异大。 展开更多
关键词 益生菌 杀菌型 高通量测序技术 菌群结构
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水生生物环境DNA监测技术的发展、应用与标准化 被引量:1
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作者 谷思雨 陈凯 +13 位作者 金小伟 李文攀 陈晓飞 熊晶 汤敏喆 姜传奇 熊杰 李涛 张琪 崔永德 曾宏辉 何舜平 王业耀 缪炜 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期1443-1458,共16页
水生态系统是保障国家生态安全的重要基础。水生生物在水生态系统中扮演着核心角色,是研究水体演变的重要依据,是维护水生态健康的关键。传统水生生物调查和监测通常采用形态学方法,但其存在专业知识要求高、难以标准化和自动化及费时... 水生态系统是保障国家生态安全的重要基础。水生生物在水生态系统中扮演着核心角色,是研究水体演变的重要依据,是维护水生态健康的关键。传统水生生物调查和监测通常采用形态学方法,但其存在专业知识要求高、难以标准化和自动化及费时耗力等缺陷。环境DNA(Environmental DNA,简称eDNA)技术是一种通过监测环境中存在的DNA片段来识别特定生物物种的方法,可以实现基于水体中DNA分子进行水生生物的鉴定和监测,为水生生物的常态化监测提供了一个准确、便捷、可标准化和自动化实施的方案。文章介绍了eDNA技术的基本原理,总结回顾了eDNA技术从萌芽到广泛科研应用的发展历史和过程,介绍了基于eDNA的宏条形码和宏基因组等各类水生生物鉴定监测技术;阐述了eDNA技术在保护种、入侵种及生物类群监测和水生态评估等各领域的应用;分析了eDNA技术当前面临的物种参考序列数据库不完善等各类挑战;提出了通过优化完善数据库、样品采集方法、评价指标和参数、样品保藏、数据分析和存储等来推动eDNA技术标准化和自动化,以解决当前面临的挑战。同时,基于eDNA技术当前的发展阶段,提出了在我国水体结合专业形态分类鉴定开展水生生物eDNA技术标准化监测的实施建议。 展开更多
关键词 环境DNA技术 标准化 水生生物监测 宏条形码测序技术 宏基因组测序技术 eDNA数据库
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