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萱草海水胁迫相关WRKY转录因子密码子偏向性分析
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作者 桑娟 王艺程 +7 位作者 李玺 张世杰 朱盛杰 席志俊 张琼 张志国 秦巧平 刘翔 《应用技术学报》 2024年第2期245-253,共9页
在植物进化的过程中,不同物种的基因具有特定的密码子使用偏好性。WRKY基因家族在植物抗逆过程中扮演着重要角色。萱草是一种抗逆性极强的优秀园艺植物。为了深入探究萱草WRKY基因的密码子使用特征,采用CodonW和EMBOSS在线程序对海水胁... 在植物进化的过程中,不同物种的基因具有特定的密码子使用偏好性。WRKY基因家族在植物抗逆过程中扮演着重要角色。萱草是一种抗逆性极强的优秀园艺植物。为了深入探究萱草WRKY基因的密码子使用特征,采用CodonW和EMBOSS在线程序对海水胁迫诱导相关21条WRKY转录因子(HfWRKY)进行密码子分析。同时,利用Excel和Rstudio软件绘制中性分析图、ENc-plot图和PR2-plot图,旨在揭示HfWRKY基因的密码子使用规律。HfWRKY基因GC平均含量为48.31%,GC3平均含量为51.72%,这表明HfWRKY基因更倾向使用G/C结尾的密码子,且其密码子使用偏好性较弱。相对同义密码子分析显示,28个密码子的RSCU值>1,其中13个以A或T结尾,15个以G或C结尾。此外,有效密码子数的取值范围在46.54~59.64之间,密码子适应指数范围为0.158~0.274。通过中性分析、ENc-plot和PR2-plot图发现HfWRKY基因的密码子使用模式受到突变和自然选择等因素的影响。最后,鉴定出10个HfWRKY基因家族的最优密码子并证明其与抗性相关。本研究结果对于进一步挖掘HfWRKY基因家族在萱草在海水胁迫方面的作用和分子育种提供了理论依据。 展开更多
关键词 萱草 WRKY 转录因子 密码子偏向性 最优密码子
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紫花苜蓿bZIP基因家族的鉴定、 进化及表达分析 被引量:6
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作者 齐晓 张正社 +2 位作者 闵学阳 孙启忠 刘文献 《草业科学》 CAS CSCD 北大核心 2017年第8期1635-1648,共14页
碱性亮氨酸拉链(bZIP)转录因子是真核生物转录因子中分布最广泛、最保守的一类蛋白。目前在许多植物中已发现大量的bZIP转录因子,这些bZIP转录因子成员广泛参与种子贮藏基因的表达、植物的生长发育、光信号传导、病害防御、生物和非生... 碱性亮氨酸拉链(bZIP)转录因子是真核生物转录因子中分布最广泛、最保守的一类蛋白。目前在许多植物中已发现大量的bZIP转录因子,这些bZIP转录因子成员广泛参与种子贮藏基因的表达、植物的生长发育、光信号传导、病害防御、生物和非生物胁迫应答以及ABA的敏感性等各种信号的反应。本研究首次从紫花苜蓿(Medicago sativa)全转录组水平鉴定出bZIP转录因子家族共包含138个基因,根据bZIP蛋白序列进行系统进化分析可以将其分为10类;对MsbZIP基因的系统进化分析表明该基因家族在分类上有很高的保守性。该转录因子家族的基因密码子偏好性分析表明,MsbZIP基因密码子偏好使用A/T碱基。此外,MsbZIP基因GO功能注释分析结果显示,138个MsbZIP基因最终分为23个GO分类,总体包括分子功能和生物学过程两类。相关性分析结果表明,共有372对基因表达相关性极显著(P<0.01)。本研究可为紫花苜蓿bZIP转录因子功能特性、进化历程和生物功能的深入研究奠定基础。 展开更多
关键词 bZIP转录因子 紫花苜蓿 系统进化分析 密码子偏好性
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拟南芥及水稻转录因子MADS密码子的偏好性比较 被引量:12
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作者 李娟 薛庆中 《浙江大学学报(农业与生命科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2005年第5期513-517,共5页
大多数与花发育相关的功能基因属于MADS基因家族.应用CodonW的因子分析表明,拟南芥MADS转录因子家族偏好使用A、U结尾的密码子,而水稻MADS转录因子家族偏好使用G、C结尾的密码子.同时通过氨基酸序列的多重比对,表明密码子偏好性与氨基... 大多数与花发育相关的功能基因属于MADS基因家族.应用CodonW的因子分析表明,拟南芥MADS转录因子家族偏好使用A、U结尾的密码子,而水稻MADS转录因子家族偏好使用G、C结尾的密码子.同时通过氨基酸序列的多重比对,表明密码子偏好性与氨基酸序列及二级结构之间存在关联,证实了不同的密码子编码的氨基酸位于蛋白质二级结构的特定位置. 展开更多
关键词 水稻 拟南芥 密码子偏性 转录因子 AU含量
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同义密码子非随机使用的理论模型 被引量:1
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作者 罗辽复 特木尔巴根 《内蒙古大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 1995年第1期43-53,共11页
利用k=2时分子序列进化模型 ̄[1,2]研究了同义密码子的非随机使用。讨论了密码子使用频率以及信息参数D_1、D_2和X与选择力参数的依赖关系,另外,考虑到氨基酸相似因子,建立了密码使用频率的一个相似突变模型,研究了... 利用k=2时分子序列进化模型 ̄[1,2]研究了同义密码子的非随机使用。讨论了密码子使用频率以及信息参数D_1、D_2和X与选择力参数的依赖关系,另外,考虑到氨基酸相似因子,建立了密码使用频率的一个相似突变模型,研究了同义密码子的非随机使用。 展开更多
关键词 同义密码子 氨基酸 相似因子 分子序列 理论模型
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植物MYB转录因子的同义密码子使用偏好性分析 被引量:2
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作者 黄宁 李国印 +2 位作者 郭晋隆 许莉萍 阙友雄 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2013年第8期1513-1518,共6页
前人研究显示MYB(V-myb avian myeloblastosis viral oncogene homolog)转录因子对应答植物逆境胁迫等有重要作用,甘蔗MYB转录因子的研究报道并不太多。通过对与甘蔗亲缘关系近的禾本科作物玉米、高粱和水稻MYB转录因子基因家族的密码... 前人研究显示MYB(V-myb avian myeloblastosis viral oncogene homolog)转录因子对应答植物逆境胁迫等有重要作用,甘蔗MYB转录因子的研究报道并不太多。通过对与甘蔗亲缘关系近的禾本科作物玉米、高粱和水稻MYB转录因子基因家族的密码子使用偏好性进行比较分析。结果表明,3个物种的MYB转录因子的蛋白质序列上存在高度的保守性,仅有部分密码子使用不太一样,此外,分析还显示基因碱基组成有可能在一定程度上影响了密码子的偏好使用。 展开更多
关键词 MYB 转录因子 同义密码子 使用偏好性
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苏博美利奴羊胚胎期WNT2基因的组织表达及其生物信息学预测分析 被引量:1
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作者 杨雪梅 范雪 +12 位作者 田可川 黄锡霞 朱桦 阿布来提·苏来曼 陈华峰 何军敏 赵冰茹 徐新明 付雪峰 田月珍 吴伟伟 哈尼克孜·吐拉甫 杜建文 《新疆农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第12期2320-2328,共9页
【目的】检测WNT2基因在苏博美利奴羊胚胎期135 d不同组织中的表达水平,了解WNT2基因的分子结构和进化特征,从分子水平及进化特征上研究苏博美利奴羊的组织器官与WNT2基因表达之间的内在联系,为筛选细毛羊毛囊发育相关候选基因提供理论... 【目的】检测WNT2基因在苏博美利奴羊胚胎期135 d不同组织中的表达水平,了解WNT2基因的分子结构和进化特征,从分子水平及进化特征上研究苏博美利奴羊的组织器官与WNT2基因表达之间的内在联系,为筛选细毛羊毛囊发育相关候选基因提供理论依据。【方法】采用qRT-PCR法研究苏博美利奴羊毛囊成熟时期WNT2基因在不同组织中的表达,并使用PROMO软件预测WNT2基因启动子区域序列的转录因子,并用Cytoscape_v3.5.1软件可视化,使用MEGA 7.0软件分析WNT2基因启动子区域序列的核苷酸组成成分及密码子的偏好性,并且利用绵羊、山羊、牛、人等9个物种的WNT2基因的DNA序列构建系统进化树。【结果】WNT2基因在皮肤组织中的表达量极显著高于心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏及肌肉组织。在绵羊WNT2基因启动子区域序列共预测出101个相关转录因子,4种碱基呈现均匀分布,CAG与UCU是使用相对较多的密码子,对WNT2基因的DNA序列系统进化树分析发现山羊和绵羊之间的进化关系比与其他哺乳动物进行比较时更为接近。【结论】建立了胚胎期135 d的苏博美利奴羊的不同组织中WNT2基因表达量的RT-PCR方法,并使用生物信息学软件对其分子结构和进化特征进行分析。 展开更多
关键词 WNT2基因 表达量 转录因子 密码子 系统进化树
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独行菜抗逆相关转录因子LaDREB密码子偏性与进化分析 被引量:5
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作者 周茜 陈芸 +3 位作者 卢函 王玉州 王继莲 赵惠新 《江西农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第6期1237-1249,共13页
【目的】为明确独行菜抗逆相关转录因子LaDREB基因密码子的使用特性。【方法】运用CodonW与EMBOSS程序及Excel、SPSS、MEGA等软件,分析了独行菜与其他物种中抗逆相关转录因子DREB基因的密码子使用偏好性,比较了独行菜LaDREB基因与模式... 【目的】为明确独行菜抗逆相关转录因子LaDREB基因密码子的使用特性。【方法】运用CodonW与EMBOSS程序及Excel、SPSS、MEGA等软件,分析了独行菜与其他物种中抗逆相关转录因子DREB基因的密码子使用偏好性,比较了独行菜LaDREB基因与模式生物的密码子使用频率。【结果】独行菜LaDREB基因的ENc(有效密码子数)、CAI(密码子适应指数)和GC含量分别为50.49、0.261和45.60%,表明其密码子使用偏性较弱,密码子偏好使用AT结尾;根据RSCU值,确定独行菜LaDREB基因高频密码子11个;不同物种间的DREB基因的密码子存在一定选用偏好性;CDS序列及RSCU聚类分析表明,独行菜LaDREB基因与双子叶植物中十字花科的植物偏好性最相近;密码子碱基成分和相关性分析发现,LaDREB基因在进化过程中密码子偏好性主要受碱基突变压力的影响。【结论】比较密码子使用频率分析发现,原核生物大肠杆菌表达系统更适合作为独行菜LaDREB基因的异源表达受体,模式植物拟南芥、水稻均可作为独行菜LaDREB基因的遗传转化受体,其中拟南芥是其最理想的遗传转化受体。研究为今后独行菜LaDREB基因的异源表达以及相关基因功能的进一步研究提供重要参考。 展开更多
关键词 独行菜 DREB转录因子 密码子偏性 聚类分析
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独行菜LaBBX基因低温表达响应与密码子偏性分析 被引量:1
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作者 周茜 陈芸 +3 位作者 王玉州 王继莲 凯迪日耶·玉苏普 赵惠新 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期1253-1262,共10页
BBX是调控植物非生物胁迫相关基因表达,响应植物逆境胁迫的重要锌指蛋白类转录因子。为探究BBX在独行菜(Lepidium apetalum)幼苗耐受低温生长中的表达响应及其密码子偏好性,本研究基于独行菜转录组数据,筛选独行菜BBX编码基因的cDNA序列... BBX是调控植物非生物胁迫相关基因表达,响应植物逆境胁迫的重要锌指蛋白类转录因子。为探究BBX在独行菜(Lepidium apetalum)幼苗耐受低温生长中的表达响应及其密码子偏好性,本研究基于独行菜转录组数据,筛选独行菜BBX编码基因的cDNA序列,并从独行菜幼苗中克隆获得全长733 bp的基因编码区序列,命名为LaBBX。序列分析表明,LaBBX由242个氨基酸组成,包含2个B-box锌指蛋白结构域,蛋白分子量为61.66 kDa,等电点为5.09,无信号肽和跨膜区。独行菜幼苗受低温胁迫时,LaBBX基因显著上调表达,6 h上调表达至21倍,且24 h内均呈现高水平表达,说明该转录因子可能在独行菜幼苗受低温胁迫时起重要作用。偏好性分析结果显示,独行菜LaBBX基因的ENc、CAI值和GC含量分别为55.453、0.244和46.78%,其密码子使用偏性较弱,相对偏好使用AT,高频密码子有8个,CDS序列及RSCU聚类分析中与十字花科植物最相近;其偏好性的形成与突变和自然选择等诸多因素相关,酵母菌表达系统更适合作为LaBBX基因的异源表达受体,拟南芥是适宜LaBBX基因的遗传转化受体。本研究为了解独行菜LaBBX基因的异源表达及基因功能提供了重要参考。 展开更多
关键词 独行菜 BBX转录因子 基因克隆 表达分析 密码子偏性 聚类分析
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桑树WRKY转录因子的全基因组鉴定及生物信息学分析 被引量:14
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作者 刘潮 韩利红 +3 位作者 宋培兵 王德琴 王海波 唐利洲 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第9期1691-1699,共9页
【目的】明确桑树基因组中WRKY转录因子家族结构及其功能特征,为进一步揭示WRKY转录因子家族生物学功能提供科学依据。【方法】利用生物信息学方法对桑树WRKY转录因子的数目、类型、结构、系统进化关系、保守结构域和密码子使用偏性等... 【目的】明确桑树基因组中WRKY转录因子家族结构及其功能特征,为进一步揭示WRKY转录因子家族生物学功能提供科学依据。【方法】利用生物信息学方法对桑树WRKY转录因子的数目、类型、结构、系统进化关系、保守结构域和密码子使用偏性等进行全面分析。【结果】基于桑树全基因组蛋白数据库,共鉴定出55个桑树WRKY转录因子家族基因,占桑树基因总数(29261)的1.88%。桑树WRKY转录因子存在6种内含子数量类型及15种内含子相位类型,其中27个基因含有2个内含子,25个基因的相位类型为2-2型。保守结构域系统进化分析结果显示,桑树WRKY转录因子家族蛋白主要分为三大类(Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ),Ⅰ类可分为ⅠN和ⅠC两个亚组,Ⅱ类根据聚类情况又可分为Ⅱa、Ⅱb、Ⅱc、Ⅱd和Ⅱe等5个亚组。桑树WRKY转录因子蛋白保守结构域分析发现有五类Motif的保守性较强,桑树WRKY转录因子蛋白中均包含C端Motif 1,Ⅰ类蛋白同时含有N端Motif 3。桑树WRKY转录因子家族基因启动子区富含PBF(C2H2锌指因子)和AHL(拟南芥hook因子)元件。密码子使用偏性分析结果显示,桑树WRKY转录因子家族基因的有效密码子数(ENC)介于48.00~60.00,密码子第3位GC含量(GC3s)介于0.330~0.722,平均亲水性值(Gravy)均为负值;同义密码子相对使用度(RSCU)>1.000的密码子有29个,且以A(6个)或T(11个)结尾较G(4个)或C(8个)结尾的略多。【结论】桑树WRKY转录因子家族包含55个成员,内含子相位类型一致的同组成员可能来源于同一祖先基因,且与基因复制和基因组重排有关;蛋白序列高度保守,在植物抵御环境胁迫过程中发挥作用;基因密码子使用偏性较弱,主要受碱基突变选择压力影响。 展开更多
关键词 桑树 WRKY转录因子 密码子使用偏性 系统进化 生物信息学
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全基因组范围葡萄热休克转录因子的鉴定与分析 被引量:2
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作者 王鹏飞 苏玲 +4 位作者 蒋锡龙 杨立英 宫磊 任凤山 王咏梅 《安徽农业科学》 CAS 2017年第32期144-151,227,共9页
[目的]从全基因组范围鉴定葡萄热休克转录因子基因家族,并对其基因结构、蛋白结构、基因启动子、基因在进化中受到的选择压力以及其编码基因在非生物胁迫下的表达变化进行综合分析,并对葡萄热休克转录因子基因家族的密码子使用偏好性进... [目的]从全基因组范围鉴定葡萄热休克转录因子基因家族,并对其基因结构、蛋白结构、基因启动子、基因在进化中受到的选择压力以及其编码基因在非生物胁迫下的表达变化进行综合分析,并对葡萄热休克转录因子基因家族的密码子使用偏好性进行研究,分析影响葡萄热休克转录因子基因家族密码子使用偏好性的因素。[方法]利用葡萄基因组数据库相关数据建库结合本地BLAST法鉴定序列,利用多重序列比对,进化树构建等生物信息学方法进行分析。[结果]鉴定了20个葡萄热休克转录因子,并将其分为4个亚组。其中9个热休克转录因子基因在冷胁迫1 h下表达上调,2个在冷胁迫4 h下表达上调。在高温胁迫14 d条件下,7个热休克转录因子基因表达量下调。在高温胁迫42 d条件下,8个热休克转录因子基因表达量下调。此外发现,葡萄热休克转录因子家族各成员基因存在密码子使用偏好性。[结论]该研究为深入研究葡萄热休克转录因子的功能提供了有用的信息。 展开更多
关键词 热休克转录因子 葡萄 非生物胁迫 选择压力 密码子偏好性
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不同水稻种质中渗透胁迫抗性基因DREB2A的遗传多样性分析 被引量:1
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作者 谭景发 贺文闯 +6 位作者 董西龙 党腾飞 谢怿 席锟 孙勇胜 胡亚林 靳德明 《中国农学通报》 2020年第35期1-13,共13页
本研究旨在分析转录因子DREB2A基因在不同水稻种质中的遗传多样性,以期为水稻耐渗透胁迫遗传改良提供分子工具。利用单倍型分析、系统进化树、遗传距离和密码子偏好性分析,对85份不同类型水稻种质中DREB2A基因的功能性核苷酸序列变异及... 本研究旨在分析转录因子DREB2A基因在不同水稻种质中的遗传多样性,以期为水稻耐渗透胁迫遗传改良提供分子工具。利用单倍型分析、系统进化树、遗传距离和密码子偏好性分析,对85份不同类型水稻种质中DREB2A基因的功能性核苷酸序列变异及遗传多样性进行了研究。共鉴定出55个核苷酸变异位点,其中12个位于编码区,43个位于非编码区;鉴定出12个DREB2A等位基因型,其中来自非洲栽培稻(Oryza glaberrima)的3个等位基因型表现大片段变异;根据DREB2A基因的序列变异鉴定出39个单倍型,其中33个为新单倍型;将所有单倍型分为三组(Group Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ),其中非洲栽培稻(Oryza glaberrima)中的10个单倍型单独分为一组(Group Ⅲ);系统进化树、遗传距离和密码子偏好性分析均表明Group Ⅲ与其他两组具有较大差异。对85份不同类型水稻种质中DREB2A基因的序列分析表明,非洲栽培稻(Oryza glaberrima)中的DREB2A等位基因在序列变异、系统进化关系和密码子偏好性方面均明显不同于其他种质材料中的等位基因。 展开更多
关键词 水稻 渗透胁迫 转录因子 DREB2A 遗传多样性 密码子偏好性
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萱草海水胁迫相关bZIP转录因子密码子偏向性分析 被引量:2
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作者 王玥宁 张世杰 +3 位作者 张志国 倪迪安 秦巧平 刘翔 《应用技术学报》 2022年第2期167-175,共9页
bZIP转录因子是普遍存在于动、植物及微生物中的一类蛋白,广泛参与胁迫响应、生长发育调节及能量代谢等多种生理过程。首次通过CodonW和Emboss对萱草海水胁迫相关bZIP基因家族的密码子构成特性及密码子使用模式进行分析,预测HfbZIP基因... bZIP转录因子是普遍存在于动、植物及微生物中的一类蛋白,广泛参与胁迫响应、生长发育调节及能量代谢等多种生理过程。首次通过CodonW和Emboss对萱草海水胁迫相关bZIP基因家族的密码子构成特性及密码子使用模式进行分析,预测HfbZIP基因可能使用的最优密码子,为发掘萱草bZIP基因家族成员的潜在功能提供理论基础。结果表明,HfbZIP基因家族密码子平均GC含量为48.52%,GC3值为48.12%,略微偏向使用A/T结尾;ENC值所在范围为37.40~61.00,平均值为51.50,CAI值取值范围为0.14~0.21,均值为0.19,表明该家族密码子使用偏向性较弱且整体的表达水平不高;中性绘图分析,ENC-plot曲线分析及PR2-plot图表明HfbZIP家族基因密码子偏好性形成受碱基组成,突变与自然选择压力等多因素共同影响;根据RSCU分析筛选出7个最优密码子,可为萱草bZIP功能基因研究和序列设计中密码子优化和宿主选择提供理论支持。 展开更多
关键词 萱草 bZIP转录因子 密码子偏向性 最优密码子
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Systematic analysis of diabetes- and glucose metabolism-related proteins and its application to Alzheimer’s disease
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作者 Jie Yang Sen Li Yan-Xin Liu 《Journal of Biomedical Science and Engineering》 2013年第6期615-644,共30页
Alzheimer disease has been defined as Type 3 Diabetes due to their shared metabolic profiles. Like our previously research, results of Alzheimer’s disease and other neurodegenerative diseases, systematic analysis of ... Alzheimer disease has been defined as Type 3 Diabetes due to their shared metabolic profiles. Like our previously research, results of Alzheimer’s disease and other neurodegenerative diseases, systematic analysis of diabetes- and glucose metabolism-related proteins also provides help in the treatment of Alzheimer’s patients. Some interesting results indicate that diabetes-related proteins (DRPs) are rich in Lys and the content of Trp can distinguish between type 1 and type 2 diabetes mellitus in particular, while glucose metabolism-related proteins (GMRPs) possess Leurich and Trp-poor character. Moreover, the usage biases of codons depend on GC contents to a great extent, in concord with all codons of the highly expressed genes with the terminal of C/G. Especially, the deficit of CpG dinucleotides is largely attributed to the hypermutability of methylated CpGs to UpGs by the mutational pressure. Besides a common node insulin receptor, there are some similar node proteins, such as glucose transporter member, protein tyrosine phosphatase, and adipose metabolism signal protein. The sharing proteins involve glucagon, amylin, insulin, PPARγ, angiopoietin, PC-1/ENPP1, and adiponectin mediated signal pathway. Meanwhile, the gene sequences of node proteins contained the binding sites of 37 transcription factors divide into four kinds of superclasses. Additionally, BAD complex can integrate pathways of glucose metabolism and apoptosis by BH3 domain of BAD directly interacting with GK as well as GK binding with the consensus motif [G]-[1]-[K]-[2]-[S/T] or [L/M]-[R/K]-[2]-[T] of PP1 or WAVE1. This facilitates the therapies for diabetes mellitus as well as Alzheimer’s disease. 展开更多
关键词 codon Biases PROTEIN-PROTEIN Interaction Network transcription factors BAD Complex Bioinformatics
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银杏WRKY家族基因密码子使用偏向性分析 被引量:11
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作者 石元豹 汪贵斌 +1 位作者 杨晓明 曹福亮 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期1503-1511,共9页
本研究以银杏基因组数据为基础,利用HMMER软件对银杏WRKY家族进行预测,用保守域分析软件进行确认,再以密码子分析的序列筛选原则对序列进行筛选,共计筛选出34条基因编码序列作为研究对象,对其密码子使用偏向性进行分析。结果显示,银杏W... 本研究以银杏基因组数据为基础,利用HMMER软件对银杏WRKY家族进行预测,用保守域分析软件进行确认,再以密码子分析的序列筛选原则对序列进行筛选,共计筛选出34条基因编码序列作为研究对象,对其密码子使用偏向性进行分析。结果显示,银杏WRKY家族基因密码子GC含量范围在40.51%~52.07%,平均含量为45.60%,GC3平均含量为41.75%,说明该家族偏向使用以A或U结尾的密码子;ENC值在49.58~60.45之间,说明其密码子偏向性较弱;相对同义密码子使用度分析显示RSCU值大于1的密码子有23个,其中以A和U为结尾20个;中性绘图分析和ENC-plot曲线分析显示银杏WRKY家族基因GC3与GC12相关性并不显著,并且大部分基因ENC值偏离了理论值。综合分析发现突变和选择压力等诸多因素共同决定着银杏WRKY家族基因的密码子偏向性。银杏WRKY家族基因的最优密码子的确定是结合了高表达优越密码子分析法和高频密码子分析法,并最终确定出UUA、UUG、CCU等7个密码子为银杏WRKY家族基因的最优密码子。研究结果为银杏WRKY家族基因的密码子优化及其转基因研究中载体的选择提供理论依据。 展开更多
关键词 银杏 WRKY转录因子 密码子偏向性 最优密码子
原文传递
番茄WRKY转录因子密码子偏性分析 被引量:6
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作者 陆奇丰 黄至欢 骆文华 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2020年第18期5908-5916,共9页
WRKY基因家族在响应植物发育和生理过程、多种应激反应中发挥着重要作用。为揭示番茄WRKY基因的特性和密码子使用模式,本研究通过CodonW、CUSP和SPSS软件对番茄81个WRKY基因密码子使用偏性进行分析。结果表明:WRKY基因平均GC含量为39.33... WRKY基因家族在响应植物发育和生理过程、多种应激反应中发挥着重要作用。为揭示番茄WRKY基因的特性和密码子使用模式,本研究通过CodonW、CUSP和SPSS软件对番茄81个WRKY基因密码子使用偏性进行分析。结果表明:WRKY基因平均GC含量为39.33%,GC3平均含量为31.80%,表明WRKY基因密码子倾向以A或T(U)结尾;相对同义密码子(RSCU)分析显示,RSCU>1的密码子有27个,其中25个以A、U结尾;有效密码子数(ENC)和密码子适应指数(CAI)范围分别为35.77~55.93和0.13~0.28,表明密码子偏性较弱且WRKY基因表达水平较低;中性分析、ENC和PR2作图分析发现WRKY基因密码子使用模式受碱基组成、突变和自然选择压力的影响。此外,只有1个密码子鉴定为WRKY基因最优密码子。该研究结果为番茄WRKY基因转基因研究过程中密码子优化提供了理论支持。 展开更多
关键词 番茄 WRKY转录因子 密码子偏性 最优密码子
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同义密码子使用偏嗜性对mRNA半衰期及翻译调控的影响 被引量:7
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作者 李易聪 蒲飞洋 +4 位作者 王慧慧 程燕 李倬 马忠仁 周建华 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第3期882-892,共11页
随着基因组学和转录组学在不同生物体遗传和细胞生物学领域的广泛应用,同义密码子使用的偏嗜性逐渐被接受,并且在研究生物进化与生物表型之间的深层联系时,同义密码子使用模式受到相关领域研究人员的重视。信使RNA(messenger RNA,mRNA)... 随着基因组学和转录组学在不同生物体遗传和细胞生物学领域的广泛应用,同义密码子使用的偏嗜性逐渐被接受,并且在研究生物进化与生物表型之间的深层联系时,同义密码子使用模式受到相关领域研究人员的重视。信使RNA(messenger RNA,mRNA)最终表达出具有正常生物活性的蛋白产物是生命活动的重要环节。被称为“第二遗传密码”的同义密码子使用模式,可以通过精微调控翻译选择压力等分子机制,从转录调控、翻译调控及代谢活动等水平表达其承载的遗传信息。研究表明,mRNA半衰期的长短对mRNA活性以及转录和翻译过程有显著的影响。因此,系统地归纳同义密码子使用模式在基因转录、翻译调控及翻译后修饰等生命活动中所扮演的角色,将有助于全方位审视生物体如何巧妙利用密码子使用模式所产生的遗传效应来精准合成不同种类蛋白质,并以此保障生长或分化的特定基因表达程序顺利执行、维持正常的生命周期。 展开更多
关键词 同义密码子使用模式 mRNA 精微调控翻译选择压力 转录 翻译
原文传递
霍山石斛转录因子MYB1R1密码子选用偏好性分析 被引量:9
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作者 谢析颖 李蓉 +4 位作者 林玉玲 郭容芳 陈裕坤 赖钟雄 徐涵 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2017年第5期1683-1690,共8页
通过密码子选用偏好性分析确定霍山石斛转录因子MYB1R1(Dh MYB1R1)最优密码子,为基因表达寻找最适异源受体,从而为基因功能研究提供更理想的验证系统。本研究采用Codon W、SPSS软件及EMBOSS在线程序分析其密码子选用偏好性参数,并进行... 通过密码子选用偏好性分析确定霍山石斛转录因子MYB1R1(Dh MYB1R1)最优密码子,为基因表达寻找最适异源受体,从而为基因功能研究提供更理想的验证系统。本研究采用Codon W、SPSS软件及EMBOSS在线程序分析其密码子选用偏好性参数,并进行了物种间基因组的比较。结果显示,物种间MYB1R1密码子选用偏好性存在一定差异;Dh MYB1R1密码子偏好以A或U结尾,虽然该选用偏好性较弱,但显示其更偏向双子叶植物类群;基于MYB1R1编码序列聚类分析得到的进化树比密码子选用偏好性聚类更接近APGIII的分类结果。密码子使用频率比较结果显示:相比属于真核的酵母菌,属于原核生物的大肠杆菌更适宜作为Dh MYB1R1基因表达的异源受体,同时烟草比拟南芥及其他单子叶植物更适合作为Dh MYB1R1转基因研究的异源受体。本研究结果不仅对霍山石斛基因表达最适异源受体提供了理论依据,同时也对霍山石斛与双子叶植物在进化中较晚分离提供了证据。 展开更多
关键词 霍山石斛 密码子选用偏好性 MYB转录因子 聚类分析
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先天性白内障相关基因热休克转录因子4非同义单核苷酸多态性高危致病表型的预测研究 被引量:1
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作者 禹晓童 王震宇 +4 位作者 黄琛 吕会斌 张明洲 李学民 敖明昕 《中华眼科医学杂志(电子版)》 2019年第2期96-104,共9页
目的系统整合、收集单核苷酸多态性数据库和文献中热休克转录因子4(HSF4)基因非同义单核苷酸多态性(nsSNP)的信息,筛选具有高危致病的nsSNP位点。方法从单核苷酸多态性数据库、临床变异数据库、人类基因突变数据库、疾病基因网络数据库... 目的系统整合、收集单核苷酸多态性数据库和文献中热休克转录因子4(HSF4)基因非同义单核苷酸多态性(nsSNP)的信息,筛选具有高危致病的nsSNP位点。方法从单核苷酸多态性数据库、临床变异数据库、人类基因突变数据库、疾病基因网络数据库和已发表文献中,收集整理HSF4基因的nsSNP数据。利用6款突变预测软件,进行致病性预测分析,筛选高危致病nsSNP位点。应用I-变异2.0在线软件、突变所致蛋白质稳定性改变预测软件和非同义突变对蛋白质稳定性的影响软件比较氨基酸替换对蛋白质稳定性的影响,利用氨基酸保守性评估在线软件、带对齐的自优化预测在线软件和蛋白释意软件对nsSNP位点中氨基酸进化保守性、理化性质和突变前后的蛋白结构改变进行预测分析。结果通过以上数据库检索以及基因突变致病性预测软件分析,共获得31个HSF4b(HSF4基因选择性剪切形成的一种亚型)高危致病nsSNP位点。其中,11个nsSNP位点已在文献中报道,并指出与先天性白内障相关;20个nsSNP位点为本研究预测的高危致病性位点。高危致病nsSNP位点可导致25个野生型氨基酸位点被31个突变型氨基酸替换,替换的突变型氨基酸中预测有25个可能导致蛋白质稳定性下降。除了39位色氨酸外,其余24个野生型氨基酸均为高度进化保守性位点。20个位于热休克转录因子脱氧核糖核酸结合域,5个位于疏水重复序列,而成为高危致病nsSNP位点。本研究预测发现这些高危致病性位点氨基酸突变后均可导致氨基酸和蛋白质的理化性质改变,导致蛋白质二级和三级结构改变、结构域与其他分子之间相互作用的改变,进而影响蛋白功能。结论本研究预测筛选获得的31个HSF4b基因高危致病nsSNP位点,其中20个为首次报道。推测这些高危致病nsSNP位点可能是参与先天性白内障发病的重要位点,将为临床及理论研究提供重要的参考基础。 展开更多
关键词 先天性白内障 热休克转录因子4 非同义单核苷酸多态性 致病性预测 生物信息学
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密码子中的密码:密码子偏好性与基因表达的精细调控 被引量:23
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作者 任桂萍 董璎莹 党云琨 《中国科学:生命科学》 CSCD 北大核心 2019年第7期839-847,共9页
同义突变由于不改变编码蛋白质的氨基酸序列,常被认为是"沉默"突变.实际上,同义密码子的选择在进化尺度上是受到限制的,从而致使同义密码子的使用频率存在差异,称为密码子偏好性.密码子偏好性在转录、转录后加工、mRNA稳定性... 同义突变由于不改变编码蛋白质的氨基酸序列,常被认为是"沉默"突变.实际上,同义密码子的选择在进化尺度上是受到限制的,从而致使同义密码子的使用频率存在差异,称为密码子偏好性.密码子偏好性在转录、转录后加工、mRNA稳定性、翻译起始、延伸、蛋白折叠等方面都起着精细调节的作用.因此,同义突变在很多情况下可导致癌症等各类疾病的发生.本综述在分子机制层面简述了近年来关于密码子偏好性对翻译和转录过程调节作用的进展,以及对于基础研究及医学方面的意义. 展开更多
关键词 密码子偏好性 致病同义突变 转录 翻译
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