猪流行性腹泻病毒、猪肠道病毒9型及猪嵴病毒三重RT-PCR检测方法建立及初步应用

旨在建立一种同时检测猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪肠道病毒9型(PEV-9)、猪嵴病毒(PKV)的三重RT-PCR法,并初步应用于临床样品检测。根据GenBank中PEDV和PKV基因序列保守区设计2对引物,参照文献合成1对PEV-9引物,在同一体系进行RT-PCR扩增,对引物浓度、退火温度、灵敏度、特异性等进行优化,应用该法对采自四川省6个猪场46份样品进行检测。结果表明引物量分别为PEDV 0.5μL、PEV-9 0.25μL、PKV0.25μL,退火温度为55℃时扩增效果最理想;本方法最低检测量分别为PEDV 5.97pg、PEV-9 0.11pg、PKV0.74pg;用该方法对猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪圆环病毒、猪萨佩罗病毒、猪博卡病毒、猪环曲病毒、猪源大肠杆菌、猪源沙门菌、副猪嗜血杆菌、猪链球菌和空肠弯曲杆菌等病原进行RT-PCR扩增时,均无非特异性扩增条带出现。对46份腹泻样品的检测结果显示,PEDV感染率为76.1%、PEV-9为73.9%、PKV为39.1%,3种病原在同一样本检出率达29.1%,表明存在混合感染或协同致病的可能;与单项RT-PCR法相比,阳性样本的检出符合率均在91%以上,表明该方法具较高可信度。建立的方法可快速、准确地检测3种猪腹泻病毒性病原,为病原学诊断和分子流行病学调查提供了有效技术支持。

马铃薯上PVY、PVS和PLRV的三重RT．PCR检测

根据PVY、PVS和PLRV外壳蛋白(Coat protein,CP)基因序列的保守区域设计各自的引物,利用三重RT-PCR技术实现了在同一反应体系中同时扩增出3种病毒产物。PVY、PVS和PLRV扩增产物测序长度均与目的片段的长度相符,分别为781,181,364 bp;各种病毒产物的测序结果同GeneBank中的序列比对后的同源性均高达95%以上。将3种病毒的RNA稀释后进行RT-PCR,PVY、PVS和PLRV的最低检测含量分别为4.5 pg/μL～4.5 fg/μL、3.7fg/μL和4.6 fg/μL。三重RT-PCR为检测单独或复合感染PVY、PVS和PLRV的马铃薯材料,提供了一种方便、高效的分子学方法。

应用三重RT-PCR技术检测三种马铃薯病毒

马铃薯X病毒(PVX)、马铃薯M病毒(PVM)和马铃薯A病毒(PVA)是导致马铃薯种薯退化的重要病毒,有时复合侵染,因此建立快速、准确检测体系尤为重要。试验从中、英文文献中查找引物,通过筛选和综合评价,每种病毒确定1对特异性引物,再通过对PCR部分Mg2+、d NTPs、Taq DNA聚合酶浓度梯度优化,最终建立了稳定的三重RT-PCR反应体系,得到长度分别为711、520、273 bp的特异性条带。应用该体系和DAS-ELISA方法同时对田间150份马铃薯毒源样品进行检测,两种方法检测结果吻合,三重RT-PCR体系的灵敏度更高、特异性更强,可以用于马铃薯田间样品检测。

RT-PCR方法同步检测兰州百合(Lilium davidii var.unicolor)两种主要病毒

建立并优化了以18S rRNA为内参照的特异性检测兰州百合(Lilium davidii var.unicolor)两种主要病毒:黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)和百合无症病毒(Lily symptomless virus,LSV)的三重RT-PCR体系。结果表明,52.5°C的退火温度、0.025 U/μL的Taq DNA聚合酶、0.6 mmol/L的dNTP浓度、4 mmol/L的Mg2+浓度、0.4μmol/L的各引物浓度以及30个循环等是三重PCR体系扩增的最佳条件;同时用该优化体系检测了兰州百合不同取样部位的病毒差异,发现LSV在不同取样部位的特异扩增条带的强度比较一致,而CMV差距相对较大,外鳞片CMV相对含量在整个感病植株中最高。为兰州百合主要病毒检测、脱毒组培快繁提供了技术支撑。

三重实时荧光RT-PCR检测三种鱼类弹状病毒的研究

鱼传染性造血器官坏死病病毒(Infectious hematopoietic necrosis virus IHNV)、鱼病毒性出血性败血症病毒(Viral hemorrhagic septicemia virus VHSV)和鲤春病毒血症病毒(Spring viraemia of carp virus SVCV)是同属弹状病毒科(Rhabdoviridae)的3种鱼类病毒,也是影响水产养殖业的3种重要病毒。通过对这3种病毒基因序列的分析,在病毒基因的高保守区域,设计了3条分别针对这3种病毒的Taqman MGB探针,并选择3种无相互干扰的荧光基团进行标记。以此为基础建立针对该3种病毒的三重实时荧光RT-PCR的检测方法。通过反应条件的优化,该三重实时荧光RT-PCR最低可检测至102拷贝/反应的病毒量。同时,该方法还对病毒混合感染EPC细胞(Epithelioma papulosum cyprini)和攻毒斑马鱼进行了检测。实验结果表明,该方法是一种特异、灵敏、高效的病毒检测方法。

PPRV、RVFV、SBV三重普通及实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立及其初步应用研究

为同时检测小反刍兽疫病毒(PPRV)、裂谷热病毒(RVFV)及施马伦贝格病毒(SBV) 3种外来动物疫病病原,根据GenBank相关病毒序列设计引物及探针,建立PPRV、RVFV、SBV三重普通RT-PCR及三重实时荧光定量RT-PCR检测方法,并初步应用于临床检测。结果显示:所建立的PPRV、RVFV、SBV三重普通RT-PCR方法可同步特异性检测PPRV、RVFV、SBV,检测敏感度可达10~3 copies/μL DNA;对临床症状相似的羊痘、羊口疮、口蹄疫、阿卡斑、蓝舌病及鹿流行性出血热等病毒未有扩增。所建立的PPRV、RVFV、SBV三重实时荧光定量RT-PCR方法对PPRV、RVFV、SBV有特异荧光信号,检测敏感度可达10~(1.33)~10~(2.13) copies/μL DNA;而对临床症状相似羊痘、羊口疮、口蹄疫、阿卡斑、蓝舌病及鹿流行性出血热等病毒未有荧光信号。应用PPRV、RVFV、SBV三重实时荧光定量RT-PCR方法检测925份临床样本,检出一例PPRV阳性样本,经常规RT-PCR扩增及序列测定Blast确定为PPRV谱系IV型毒株。研究所建立的PPRV、RVFV、SBV三重普通RT-PCR方法和三重实时荧光定量RT-PCR方法可同步特异性检测3种病原,并初步应用于临床样本的检测。

蓝舌病病毒、流行性出血病病毒和帕利亚姆血清群病毒三重RT-qPCR检测方法的建立及应用

【目的】建立蓝舌病病毒(Bluetongue virus,BTV)、流行性出血病病毒(Epizootic hemorrhagic disease virus,EHDV)及帕利亚姆血清群病毒(Palyam serogroup virus,PALV)快速筛查和诊断的三重RT-qPCR检测技术。【方法】选择BTV的NS3、EHDV的NS1以及PALV的VP7基因作为靶基因,设计3组特异性引物和探针,建立3种病毒的三重RT-qPCR检测方法。对检测方法的灵敏度、特异性和重复性进行验证,同时使用我国分离的BTV、EHDV与PALV不同血清型毒株和对应的阳性血液样本,与24个BTV血清型及6个EHDV血清型参考毒株对该三重法的检测效果进行验证。【结果】三重RT-qPCR的扩增效率均可达90%以上,对3种病毒核酸拷贝数的检测下限均为10μL-1级别,与单重法的检测灵敏度相当;与阿卡斑病毒、小反刍兽疫病毒、口蹄疫病毒和牛流行热病毒之间无交叉反应;Ct值批内、批间变异系数均在2%以内;可检测出24种BTV血清型、6种EHDV血清型与3种PALV血清型,具有群特异性;可有效检测血液中的病毒核酸,检测结果与单重法一致。【结论】本研究建立的BTV、EHDV与PALV三重RT-qPCR具有良好的敏感性、特异性和重复性,可用于临床样本中对3种病毒的同时诊断与筛查。

几种外来动物病毒多重普通和实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立及其初步应用

为了能够同时开展对小反刍兽疫病毒(PPRV)、蓝舌病血清8型病毒(BTV8)、鹿流行性出血热血清1型病毒(EHDV1)和非洲马瘟病毒(AHSV)4种外来动物疫病病原体的核酸检测,本试验根据GenBank中相关病毒序列设计引物和探针,建立多重普通逆转录PCR(RT-PCR)和实时荧光定量RT-PCR检测方法,并在采集的临床样本检测中进行初步应用验证。结果显示:建立的PPRV/BTV8/EHDV1三重实时荧光定量RT-PCR检测方法仅对PPRV、BTV8和EHDV1有特异荧光信号,检测敏感度可达10^(1.70)~10^(2.08) copies/μL DNA;建立的PPRV/BTV8/EHDV1/AHSV四重普通RT-PCR方法可特异性同步检测PPRV、BTV8、EHDV1和AHSV,检测敏感度可达10^(3) copies/μL DNA;2种方法对羊痘、羊口疮、口蹄疫、阿卡斑、牛病毒性腹泻等临床相似的病毒均无扩增。在925份临床样本中检测出1例PPRV核酸阳性样本;经核苷酸序列测定及BLAST比对确定为谱系Ⅳ型PPRV毒株序列。本试验所建立的三重实时荧光定量RT-PCR检测方法和四重普通RT-PCR方法可特异性同步检测相应的3种或4种病毒病原,且具有临床样本检测的应用潜力。

H1N1亚型猪流感病毒3种谱系三重RT-PCR检测方法的建立与应用

以H1N1亚型猪流感病毒(SIV)3种主要谱系2009甲型H1N1(pdm/09 H1N1)、古典型H1N1(CS H1N1)和类禽型H1N1(a H1N1)的血凝素(Hemagglution,HA)基因为靶基因,设计3对特异性引物,建立一种可以同时检测一个反应体系中H1N1亚型3种主要谱系SIV的三重RT-PCR方法,并将其应用于临床样品的检测,旨在为开展猪群中流行的H1N1亚型SIV感染及流行情况的调查研究提供有力技术支撑。结果显示,该方法可对pdm/09 H1N1、CS H1N1和a H1N1这3个不同谱系SIV特异性检出,扩增片段大小分别为476 bp、293 bp和997 bp,而与其他病毒无交叉反应;最低检测限分别为1 460拷贝/μL、1 700拷贝/μL和1 950拷贝/μL;应用到3 110份临床样品检测中,检测出10株pdm/09 H1N1和21株a H1N1 SIV,未检测到CS H1N1 SIV,与鸡胚分离病毒符合率达100%。综上,该方法敏感性和特异性良好,能快速、有效实现对临床样品中H1N1亚型3种谱系的检测。

猫泛白细胞减少症病毒、猫杯状病毒和猫疱疹病毒1型三重TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法的建立与应用

为建立一种能够快速检测猫泛白细胞减少症病毒(FPV)、猫杯状病毒(FCV)和猫疱疹病毒1型(FHV-1)的三重荧光定量RT-PCR方法,本研究根据FPV VP2基因、FCV ORF2基因和FHV-1 TK基因分别设计引物与探针,采用上述引物经PCR分别扩增上述3种病原的目的基因并克隆至pMD18-T载体中,构建重组质粒标准品pMD18-T-FPV、pMD18-T-FCV和pMD18-T-FHV-1,并均经PCR和测序鉴定。将3种重组质粒标准品稀释到同一浓度1×10^(8)拷贝/μL,按体积比1∶1∶1混合后作为模板,采用方阵法优化各反应条件后,建立了检测上述病原的三重TaqMan荧光定量RT-PCR方法。以FPV、FCV、FHV-1、猫博卡病毒、猫冠状病毒、猫支原体、猫白血病病毒、猫星状病毒的基因组为模板采用本研究建立的方法检测,评估该方法的特异性,结果显示,该方法仅能检测到FPV、FCV、FHV-1,而其他病原的检测结果均为阴性。选取1×10^(0)拷贝/μL~1×10^(6)拷贝/μL的混合质粒标准品和10^(-0.5) TCID_(50)/mL~10^(5.5) TCID_(50)/mL的混合病毒液分别作为模板,采用本研究建立的方法检测,评估该方法检测重组质粒和病毒的敏感性,结果显示,该方法对重组质粒标准品pMD18-T-FPV、pMD18-T-FCV和pMD18-T-FHV-1的检测限均为1.0×10^(1)拷贝/μL,对3种病毒的检测限均约为10^(0.5) TCID_(50)/mL;以1×10^(7)拷贝/μL、1×10^(5)拷贝/μL、1×10^(3)拷贝/μL质粒标准品混合物作为模板分别进行组内和组间的重复性试验,结果显示,组内和组间重复性试验的变异系数(CV)均低于3%。利用建立的该三重荧光定量RT-PCR和常规PCR对81份临床样品(77份猫的眼、鼻、咽、肛混合拭子样品和4份组织病料样品)分别检测,结果显示三重荧光定量RT-PCR检测出47份FPV、13份FCV和13份FHV-1阳性样品,而常规PCR分别检测出39份FPV、9份FCV和6份FHV-1阳性样品,该三重荧光定量RT-PCR与FPV、FCV、FHV-1常规PCR的总符合率分别为90.12%、95.06%、92.59%。本研究建立的三重TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法特异性强、敏感性高、重复性好,为FPV、FCV、FHV-1临床样品的快速鉴别检测提供了有力技术支持。

鸡新城疫病毒、H9亚型禽流感病毒和禽肺炎病毒三重RT-PCR检测方法的建立

本研究建立三重RT-PCR快速检测鉴别鸡新城疫病毒(NDV)、H9亚型禽流感病毒(AIV)和禽肺炎病毒(APV)的方法。根据Gen Bank中H9亚型AIV HA基因和鸡NDV以及APV F基因的保守序列分别设计合成了三对特异性扩增引物,通过优化反应条件建立了三重RT-PCR检测鉴别鸡NDV、H9亚型AIV和APV的方法。对该方法进行特异性、敏感性和临床样品检测。特异性试验结果显示,所有参试的NDV、H9亚型AIV、APV分别扩增出大小为247 bp、569 bp和424 bp的片段,而对照的其他毒株不扩增;敏感性试验结果表明,本试验建立的方法能检测到10 pg的各自RNA模板。检测临床样品132份,NDV阳性26份,H9亚型AIV阳性6份,APV阳性2份,结果与病毒分离结果一致。PCR阳性产物测序结果与各自毒株序列100%同源。表明本试验建立的三重RT-PCR检测鉴别鸡NDV、H9亚型AIV和APV方法具有特异、敏感、快速的特点,可用于临床快速、准确的鉴别检测。

H9和H6亚型禽流感病毒三重RT-PCR检测方法的建立

为H9与H6亚型禽流感病毒(AIV)的监测及其防控提供技术支撑,依据Genbank中H9和H6亚型AIV的HA基因及所有亚型AIV M基因的保守序列,分别设计3对特异性引物,优化退火温度和引物浓度及其配比等条件,建立并优化可同时鉴别检测H9和H6亚型AIV的三重RT-PCR检测方法,并对所建方法进行特异性、敏感性及临床样品检测验证。结果表明:三重RT-PCR反应的最佳体系为2×PCR Mix 12.5μL,H9与H6亚型AIV cDNA共2μL为模板,特异性引物M-F和M-R(20pmol/μL)加入量为0.6μL,特异性引物H9-F和H9-R(20pmol/μL)及H6-F和H6-R(20pmol/μL)的加入量分别为0.7μL和1μL,用RNA-free水补足至终体积为25μL,退火温度53℃。该方法可在一个反应管内同时鉴别检测H9与H6亚型AIV,特异性强,敏感性高,可推广应用。

H9和H10亚型禽流感病毒三重RT-PCR检测方法的建立

根据GenBank中H9和H10亚型禽流感病毒(AIV)的HA基因及所有亚型AIV M基因的保守序列,分别设计3对特异性引物,并优化退火温度和引物浓度及其配比等条件,建立了可同时鉴别检测H9和H10亚型AIV的三重RT-PCR检测方法。特异性实验结果表明,该方法可以特异性地扩增出H9、H10亚型AIV及M基因对应大小的目的条带,而对其余亚型AIV仅M基因出现特异性条带,其它禽病病原体均未扩增出任何特异性条带。敏感性实验结果表明,该方法对H9、H10亚型HA基因及M基因质粒的扩增下限均为5×10^4拷贝/μL。此外,该方法对临床样品的检测结果与病毒分离及测序结果完全一致。

H4、N2和所有亚型禽流感三重RT-PCR检测方法的建立

为建立一种同时检测H4、N2和所有亚型禽流感的方法,分别针对H4亚型禽流感病毒(AIV)HA基因、N2亚型AIV NA基因和所有亚型AIV M基因保守序列,设计筛选出3对特异性引物,优化引物之间的浓度,对三重反应体系进行特异性和敏感性验证,建立了H4、N2和所有亚型AIV三重RT-PCR检测方法,并用该法对临床样品进行检测。建立的方法能特异性扩增H4、N2和所有亚型AIV,与其他禽病病原体不发生交叉反应;对H4、N2和所有亚型AIV至少能检测到6 pg/μL。在185份临床样品的检测中,检出4份H4、10份N2和19份AIV阳性。所建立的三重RT-PCR方法特异性强、灵敏度高,为快速检测H4、N2和所有亚型AIV提供了有效的方法。

H10亚型和N8亚型禽流感病毒三重RT-PCR检测方法的建立

根据基因库中H10亚型禽流感病毒(AIV)HA基因、N8亚型AIV NA基因和所有亚型AIV M基因序列,分别设计筛选出3对特异性引物,优化引物之间的浓度,建立了H10亚型和N8亚型AIV三重RT-PCR检测方法。该法对含有H10和N8亚型AIV的模板可特异性扩增出267 bp(H10亚型AIV)、464 bp(N8亚型AIV)和693 bp(AIV)目的条带,对H10亚型AIV扩增出267、693 bp目的条带,对N8亚型AIV扩增出464、693 bp目的条带,对其他亚型AIV仅扩增出693 bp目的条带,对常见禽病病原体均未扩增出任何条带。该法对H10亚型和N8亚型AIV检测下限为10~3拷贝/μL。120份临床样品检测结果与病毒分离鉴定一致。研究建立的H10亚型和N8亚型AIV三重RT-PCR检测方法特异性强、灵敏度高,为同时快速鉴别检测H10亚型和N8亚型AIV提供一种简便、快速和有效的方法。

牛诺如病毒和牛嵴病毒及牛环曲病毒三重RT-PCR检测方法的建立

为了解牛诺如病毒(BNo V)、牛嵴病毒(BKV)和牛环曲病毒(BTo V)在国内的流行情况,本研究参考Gen Bank中登录的BNo V Rd Rp基因、BKV 3D基因和BTo V N基因保守区域,设计3对特异性引物,成功建立了能够同时快速检测BNo V、BKV、BTo V的三重RT-PCR方法。该方法特异性较强,仅对BNo V、BKV、BTo V扩增出特异性条带,对其他5种常见引发犊牛腹泻的病毒均未扩增出条带;敏感性较高,针对p MD18-T-BNo V、p MD18-T-BKV和p MD18-T-BTo V质粒标准品的最低检测限分别为2.73×10^(4)copies/μL、2.87×10^(4)copies/μL、3.18×10^(3)copies/μL;重复性好,同批次样品的3次检测结果均一致。使用该方法对153份临床样品进行检测,结果显示,BNo V、BKV、BToV的阳性率分别为11.11%、25.49%、38.56%,3种病毒混合感染率为7.18%。与其他学者建立的单一RT-PCR检测方法相比,符合率分别为94.77%、93.46%、91.50%。上述结果表明,本试验建立的三重RT-PCR方法为犊牛上述国内新发病毒快速检测及流行病学调查提供了技术支撑。

寨卡病毒、登革病毒、基孔肯雅病毒三重荧光定量RT-PCR检测方法的建立及评价

本研究旨在建立寨卡病毒（ZIKV virus,ZIKV）、登革病毒（Dengue virus,DENV）以及基孔肯雅病毒（Chikungunya virus,CHIKV）三种病毒快速筛查、诊断的核酸检测技术。选用ZIKV的NS1基因、DENV的NS5蛋白基因以及CHIKV的E1蛋白基因作为靶标区域设计三组特异性引物探针,建立三重实时荧光定量RT-PCR检测方法。用ZIKV、DENV、CHIKV病毒体外转录RNA和病毒细胞培养物对该方法的灵敏性、特异性、重复性等方面进行评价,最后临床样本以及模拟标本验证。结果显示：三重实时荧光定量RT-PCR检测方法扩增效率均可达到90%以上,三种病毒体外转录RNA最低检测限均低于15拷贝/PCR,病毒培养物最低检出限均低于10PFU/mL且与单重检测方法无明显差异。与其他病毒无交叉反应,变异系数均在2%以内。临床标本及模拟标本检出率均可达95%以上。本研究建立的检测寨卡病毒、登革病毒以及基孔肯雅病毒的三重实时荧光RT-PCR方法具有良好的敏感性、特异性和重复性,可用于寨卡病毒病等相关临床标本的检测。

猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪圆环病毒三型、猪流感病毒三重RT-PCR检测方法建立及初步应用

【背景】猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)、猪圆环病毒三型(porcine circovirus typeⅢ,PCV3)和猪流感病毒(swine influenza virus,SIV)是3种影响猪只健康的重要呼吸道病原,对养猪业造成严重的经济损失,因此需要建立高效快速的检测方法,以了解3种病原在国内的流行情况。【目的】建立能同时检测PRRSV、PCV3和SIV的三重RT-PCR方法,为3种病毒的流行病学调查和疾病监控提供技术支持。【方法】针对猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV),猪圆环病毒三型(PCV3),猪流感病毒(SIV)基因序列,分别设计3对特异性引物,扩增PRRSV M和N基因(436 bp)、PCV3 Cap基因(619 bp)和SIV M基因(199 bp)。通过对退火温度和引物浓度优化建立三重RT-PCR检测方法,并对建立的多重检测方法进行特异性、敏感性、重复性试验验证。【结果】建立了能够同时快速检测PRRSV、PCV3、SIV的三重RT-PCR方法,而对猪瘟病毒(classical swine fever virus,CSFV)、猪伪狂犬病病毒(pseudorabies virus,PRV)、猪圆环病毒2型(porcine circovirus typeⅡ,PCV2)、猪细小病毒2型(porcine parvovirusⅡ,PPV2)、猪细小病毒3型(porcine parvovirusⅢ,PPV3)和猪细环病毒1型(torque teno sus virus I,TTSuV1)等6种病原的扩增均为阴性,特异性较好。敏感性结果显示,同时检测PRRSV、PCV3、SIV这3种病原的检测下限为100copies/μL,批间与批内试验结果均一致。用该方法对黑龙江省部分地区猪场的67份临床病料进行检测,结果显示PRRSV阳性率为16.5%,PCV3阳性率为10.5%,SIV阳性率为10.5%,而且存在混合感染。【结论】该方法灵敏度高、特异性强,能够应用于临床样品检测,有效预测病原的流行情况。

PDCoV、SADS-CoV与SVA三重RT-PCR检测方法的建立与应用

【背景】猪丁型冠状病毒(porcine deltacoronavirus,PDCoV)、新型猪急性腹泻综合征冠状病毒(swine acute diarrhea syndrome coronavirus,SADS-CoV)与塞内卡病毒A型(seneca virus A,SVA)均为猪的新发病原,严重危害养猪业的发展。猪感染这3种新发病原难以根据临床症状诊断,因此亟须建立多重反转录-聚合酶链式反应(reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR)检测方法对疑似患病猪进行快速诊断,以降低经济损失。【目的】建立能同时检测PDCoV、SADS-CoV和SVA单一或混合感染的三重RT-PCR检测方法。【方法】参考GenBank中登录的PDCoV和SADS-CoV N基因、SVA L/P1基因保守区域序列设计3对特异性引物,以温度梯度PCR法确定最适退火温度(Tm);采用方阵法优化其引物浓度;构建重组质粒PMD-PDCoV、PMD-SADS-CoV和PMD-SVA作为标准品确定最小检测量;以猪传染性胃肠炎病毒、猪流行性腹泻病毒、猪繁殖和呼吸综合征病毒等6种常见感染猪的病毒核酸样本为模板,确定三重RT-PCR法的特异性;以批间和批内试验验证其重复性;经检测临床样本并与已报道的检测方法进行比较,评估其临床应用效果。【结果】建立的三重RT-PCR检测方法最佳退火温度为58.3℃,引物最佳浓度分别为0.50、0.25和0.25μmol/L;其敏感性高,PMD-PDCoV、PMD-SADS-CoV与PMD-SVA最低检测限分别为1、1和10 copies/μL;其特异性强,仅对PDCoV、SADS-CoV和SVA有特异性条带,对其他病毒均无扩增条带;该方法重复性好,批间和批内试验检测结果均一致。最后经临床样本检测PDCoV、SADS-CoV和SVA的阳性率分别为4.4%、0%和0.73%,与已报道的检测方法一致。【结论】建立了一种能够同时快速检测PDCoV、SADS-CoV和SVA的三重RT-PCR方法,为临床上检测上述3种病毒提供了技术支撑。

寨卡病毒、基孔肯雅病毒和马雅罗病毒三重实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立

目的 建立一种可以同时鉴别寨卡病毒、基孔肯雅病毒和马雅罗病毒的检测方法。方法 通过全球共享数据库中检索下载寨卡病毒、基孔肯雅病毒和马雅罗病毒全基因组序列进行比对分析,估计其保守区,确定靶基因位置,针对这3种病毒分别设计特异性引物和探针,建立三重实时荧光定量RT-PCR检测方法,对方法的特异性、灵敏性和重复性进行评估。结果 所建立实时荧光定量RT-PCR检测方法可检出寨卡病毒、基孔肯雅病毒和马雅罗病毒模拟样本,最低检出限分别为寨卡病16.22拷贝/PCR,基孔肯雅病毒12.02拷贝/PCR,马雅罗病毒体外转录RNA为2.82拷贝/PCR,三重组合检测与3种病毒分别单重检测,灵敏度无明显差别。与登革病毒、汉坦病毒、SFTS病毒、黄热病毒和流感病毒等无交叉反应,检测100份健康人体检血清样本未见非特异性反应,特异性为100%。重复性结果显示,通过选取高、中、低3个不同浓度梯度的病毒核酸或体外转录RNA,3种病毒的标准差均控制在0.5以内,变异系数在2%以下。结论 建立了寨卡病毒、基孔肯雅病毒和马雅罗病毒的三重实时荧光定量RT-PCR检测方法,该方法具有良好的特异性、灵敏性和重复性。