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A preliminary analysis of phylogenetic relationships of Arundinaria and related genera based on nucleotide sequences of nrDNA (ITS region) and cpDNA (trnL-F intergenic spacer) 被引量:5
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作者 ZHUGEQiang DINGYu-long +3 位作者 XUChen ZOUHui-yu HUANGMin-ren WANGMing-xiu 《Journal of Forestry Research》 SCIE CAS CSCD 2005年第1期5-8,i001,共5页
Phylogenetic relationships of Arundinaria and related genera (Pleioblastus, Pseudosasa, Oligostachyum, Bashania, Clavinodum, etc.) were assessed by analyzing the sequences of the nrDNA internal transcribed spacer (ITS... Phylogenetic relationships of Arundinaria and related genera (Pleioblastus, Pseudosasa, Oligostachyum, Bashania, Clavinodum, etc.) were assessed by analyzing the sequences of the nrDNA internal transcribed spacer (ITS) and the cpDNA trnL-F intergenic spacer (IGS). Comparison with trnL-F IGS sequence, the ITS region provided the higher number of parsimony informative characters, and the interspecific variation of the ITS sequence was higher than that of the trnL-F IGS sequence.The tree obtained by combining both sets of data showed that the species sampled in Arundinaria and the related genera were monophyletic and divided into two clades. The relationships and positioning of all the taxa surveryed (including A. oleosa, A. hsienchuensis, A. chino, A. amara, A. yixingensis, A. amabilis, A. fortunei, A. pygmaea, A. gramineus, A. fargesii, A. faberi, A. hupehense, Pseudosasa japonica cv. Tsutsumiana, P. japonica and Brachystachyum densiflorum) were also discussed. The results from the sequences were broadly consistent with morphological characters, appearing all these taxa sampled belong to the genus of Arundinaria. The topologies of the trees generated from individual data and the combined data were similar. 展开更多
关键词 Arundinaria Internal transcribed spacers (ITS) sequences trnl-f intergenic spacer (IGS) sequences Phylogenetic relationships
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基于叶绿体基因rbcL和trnL-F序列的河北省野生苔草属亲缘关系分析
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作者 周欣莹 董彦娜 +4 位作者 邱玉鹏 孙浩男 刘亚伟 李艳 刘冬云 《草地学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第9期2728-2736,共9页
为研究河北省野生苔草属(Carex)植物的亲缘关系,本研究以43种河北省野生苔草及国外引种的27份苔草种质为试验材料,克隆了叶绿体基因rbcL和trnL-F序列,进行遗传多样性及亲缘关系分析,并构建了系统发育树。结果表明,从70份苔草属植物中成... 为研究河北省野生苔草属(Carex)植物的亲缘关系,本研究以43种河北省野生苔草及国外引种的27份苔草种质为试验材料,克隆了叶绿体基因rbcL和trnL-F序列,进行遗传多样性及亲缘关系分析,并构建了系统发育树。结果表明,从70份苔草属植物中成功克隆到的rbcL和trnL-F序列数量分别为67条、60条,测序成功率分别为95.7%、85.7%,经正反序列拼接对齐获得序列长度分别为716 bp、976 bp,并上传至NCBI获得登录号。二者合并得到59条序列,长度为1692 bp。rbcL,trnL-F以及合并序列分别定义了43,56,58个单倍型。基于合并序列的59份种质间遗传距离为0~0.0421,平均遗传距离为0.0142,整体划分为3大类,与形态学分类基本相符。trnL-F序列有望开发为DNA条形码,以期为苔草属的分类鉴定、系统发育等研究提供依据。 展开更多
关键词 苔草属 RBCL trnl-f 亲缘关系 遗传多样性
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Boosting MA-based two-dimensional Ruddlesden-Popper perovskite solar cells by incorporating a binary spacer
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作者 Xue Dong Yinhao Tang +10 位作者 Yiqun Li Xin Li Yuzhen Zhao Wenqi Song Fangmin Wang Shudong Xu Yipeng Zhou Chenxin Ran Zongcheng Miao Lin Song Zhongbin Wu 《Journal of Energy Chemistry》 SCIE EI CAS CSCD 2024年第8期348-356,I0008,共10页
Two-dimensional Ruddlesden-Popper(2DRP)perovskite exhibits excellent stability in perovskite solar cells(PSCs)due to introducing hydrophobic long-chain organic spacers.However,the poor charge transporting property of ... Two-dimensional Ruddlesden-Popper(2DRP)perovskite exhibits excellent stability in perovskite solar cells(PSCs)due to introducing hydrophobic long-chain organic spacers.However,the poor charge transporting property of bulky organic cation spacers limits the performance of 2DRP PSCs.Inspired by the Asite cation alloying strategy in 3D perovskites,2DRP perovskites with a binary spacer can promote charge transporting compared to the unary spacer counterparts.Herein,the superior MA-based 2DRP perovskite films with a binary spacer,including 3-guanidinopropanoic acid(GPA)and 4-fluorophenethylamine(FPEA)are realized.These films(GPA_(0.85)FPEA_(0.15))_(2)MA_(4)Pb_5I_(16)show good morphology,large grain size,decreased trap state density,and preferential orientation of the as-prepared film.Accordingly,the present 2DRP-based PSC with the binary spacer achieves a remarkable efficiency of 18.37%with a V_(OC)of1.15 V,a J_(SC)of 20.13 mA cm^(-2),and an FF of 79.23%.To our knowledge,the PCE value should be the highest for binary spacer MA-based 2DRP(n≤5)PSCs to date.Importantly,owing to the hydrophobic fluorine group of FPEA and the enhanced interlayer interaction by FPEA,the unencapsulated 2DRP PSCs based on binary spacers exhibit much excellent humidity stability and thermal stability than the unary spacer counterparts. 展开更多
关键词 Perovskite solar cells Two-dimensional Ruddlesden-Popper perovskite Binary spacers Stability
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基于TrnL-F序列的葡萄科各属分子特征及系统发育学研究 被引量:7
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作者 宫霞 王焕冲 +1 位作者 杨勇 杨明挚 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第1期28-36,共9页
【目的】探讨葡萄科内各属间系统发育关系,为该科植物的研究提供分子系统学方面的资料。【方法】以葡萄科14个属共计103个样品基于trnL-F的序列为材料,用Clustalx1.83软件分析各属的分子特征;并以五桠果属(Dillenia L.)为外类群,分别... 【目的】探讨葡萄科内各属间系统发育关系,为该科植物的研究提供分子系统学方面的资料。【方法】以葡萄科14个属共计103个样品基于trnL-F的序列为材料,用Clustalx1.83软件分析各属的分子特征;并以五桠果属(Dillenia L.)为外类群,分别使用Mega,Paup,Phylip常用的系统分析软件进行葡萄科各属间的分子系统学研究。【结果】结果表明,在GC含量方面,火筒树属含量最高,为35.12%~35.44%,葡萄属含量最低,为32.98%-33.63%;葡萄科各属的trnL-F序列间存在着不同的序列差异,部分属具有显著的分子特征,可用于属间鉴定。【结论】应用Mega、Phylip和Paup系统分析软件的聚类结果表明,3种软件分析均支持将葡萄科分为5个分支,而其中Paup和Phylip软件构建的系统发育树较符合葡萄科基于形态学的系统学关系。 展开更多
关键词 葡萄科 trnl-f序列 分子特征 系统发育关系
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滇南桫椤的系统位置:来自叶绿体trnL内含子和DNAtrnL-F间隔区序列的证据 被引量:9
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作者 李春香 陆树刚 杨群 《云南植物研究》 CSCD 北大核心 2004年第5期519-523,共5页
为了探讨滇南桫椤Alsophilaaustroyunnanensis的系统位置 ,我们对该植物与中华桫椤Alsophilacostularis的叶绿体DNAtrnL内含子和trnL F间隔区序列进行PCR扩增和序列测定。滇南桫椤的trnL内含子、trnL F间隔区序列的长度分别为 5 70bp ,3... 为了探讨滇南桫椤Alsophilaaustroyunnanensis的系统位置 ,我们对该植物与中华桫椤Alsophilacostularis的叶绿体DNAtrnL内含子和trnL F间隔区序列进行PCR扩增和序列测定。滇南桫椤的trnL内含子、trnL F间隔区序列的长度分别为 5 70bp ,36 2bp ;中华桫椤的trnL内含子、trnL F间隔区序列的长度分别为 5 72bp ,36 1bp。结合已经发表的其他桫椤科植物的相应序列进行系统发育分析 ,用简约法和邻接法构建的系统发育树基本一致。结果表明 :1)所分析的桫椤科植物构成一个单系群 ;2 )滇南桫椤与Gymnosphaerapodophylla、Gymnosphaerapectinata、Gymnosphaerapseudogigantea、Gymnosphaeratinganensis、Gymnosphaeragigantea关系较近 ,聚成一支系 ;3)中华桫椤与Cyatheatsangii、Alsophilaspinulosa关系较近 ,聚成一支系。本文系统发育分析的结果支持将滇南桫椤归入黑桫椤属Gymnosphaera。 展开更多
关键词 滇南桫椤 叶绿体 TRNL内含子 系统发育 植物
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基于种皮形态和叶绿体trnL-F对菘蓝属(十字花科)的系统学位置研究 被引量:3
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作者 孙稚颖 郑纪庆 李法曾 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第10期1978-1982,共5页
利用种皮微形态观察与叶绿体DNA的trnL内含子和trnL-F基因间隔区序列测定分析相结合,对十字花科菘蓝属植物及其相关属种的系统学关系进行了探讨。研究结果表明原属独行菜族的菘蓝属植物,其种皮特征与原属鸟头荠族的舟果荠属植物相似,同... 利用种皮微形态观察与叶绿体DNA的trnL内含子和trnL-F基因间隔区序列测定分析相结合,对十字花科菘蓝属植物及其相关属种的系统学关系进行了探讨。研究结果表明原属独行菜族的菘蓝属植物,其种皮特征与原属鸟头荠族的舟果荠属植物相似,同属一类型,而与独行菜族的模式属独行菜属植物、大蒜芥族的模式属大蒜芥属植物以及鸟头荠族的模式属鸟头荠属植物种皮微形态差异显著;在基于叶绿体DNA的trnL内含子和trnL-F基因间隔区序列所构建的系统发育树中,菘蓝属植物与舟果荠属植物距离最近,而与独行菜属、大蒜芥属、鸟头荠属植物具有一定的间隔,结合形态特征,本研究认为,菘蓝属与舟果荠属植物具有较近的亲缘关系,而不是同族的独行菜属植物。 展开更多
关键词 菘蓝属 种皮微形态 叶绿体trnL内含子和trnl-f基因间隔区 十字花科
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基于ITS和trnL-F序列碱基差异的繁缕及其近缘种的亲缘关系分析 被引量:16
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作者 赵海光 周建建 +3 位作者 曹珊珊 郑玉红 单宇 夏冰 《植物资源与环境学报》 CAS CSCD 2009年第1期1-5,共5页
应用PCR产物直接测序法分析了繁缕〔Stellaria media(L.)Villars〕及其近缘种和鹅肠菜〔Myosoton aquaticum(L.)Moench〕的ITS和trnL-F序列的碱基差异,并以孩儿参〔Pseudostellaria heterophylla(Miq.)Pax〕为外类群构建N-J系统树... 应用PCR产物直接测序法分析了繁缕〔Stellaria media(L.)Villars〕及其近缘种和鹅肠菜〔Myosoton aquaticum(L.)Moench〕的ITS和trnL-F序列的碱基差异,并以孩儿参〔Pseudostellaria heterophylla(Miq.)Pax〕为外类群构建N-J系统树,分析了这些种类的种间亲缘关系。结果表明,供试的繁缕属(Stellaria L.)种类及鹅肠菜的ITS和trnL-F序列长度分别为521-784和788-951 bp,各有变异位点77和59个,其中信息位点分别为18和11个,种间碱基差异百分率分别为6.5%和3.1%。ITS的碱基组成为A22.1%、T20.9%、G28.5%和C28.5%,G+C含量57.0%;trnL-F的碱基组成为A 35.9%、T33.7%、G 15.7%和C 14.8%,G+C含量30.5%。繁缕、雀舌草(S.alsine Grimm)和箐姑草(S.vestita Kurz)的ITS和trnL-F序列一致;鹅肠菜的ITS序列中有4个位点与前述种类不同,但trnL-F序列则相同;中国繁缕(S.chinensis Regel)的ITS和trnL-F序列与孩儿参较相似。在N-J系统树中,鹅肠菜与繁缕、雀舌草和箐姑草聚为一支,表明它们的亲缘关系相对较近,支持将鹅肠菜重新归入繁缕属的分类处理。研究结果显示,ITS和trnL-F序列分析均可用于繁缕及其近缘种的鉴别,且ITS是更为适宜的分子标记。 展开更多
关键词 繁缕 近缘种 ITS trnl-f 种间关系
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5种苍术属药用植物的trnL-F序列测定及种间遗传关系分析 被引量:22
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作者 葛燕芬 杭悦宇 +1 位作者 夏冰 韦阳连 《植物资源与环境学报》 CAS CSCD 2007年第2期12-16,共5页
采用PCR技术对5种苍术属(Atractylodes DC.)药用植物的trnL-F序列进行测定及比较分析。结果表明,扩增获得的序列长886-902bp,经排序并两端切平后,序列长816bp,G+C含量为34.4%;当空位始终做缺失处理时,产物有5个变异位点。利... 采用PCR技术对5种苍术属(Atractylodes DC.)药用植物的trnL-F序列进行测定及比较分析。结果表明,扩增获得的序列长886-902bp,经排序并两端切平后,序列长816bp,G+C含量为34.4%;当空位始终做缺失处理时,产物有5个变异位点。利用trnL-F序列可准确鉴别出朝鲜苍术[A.koreana(Nakai)Kitam.]、北苍术[A.chinensis(DC.)Koidz.]和白术(A.macrocephala Koidz.);而茅苍术[A.lancea(Thunb.)DC.]与关苍术(A.japonica Koidz.ex Kitam.)的tmL-F序列则完全一致,相互之间无法区分。采用邻接法和UPGMA法得到的5种苍术属药用植物的分子系统树有一定的差异,表明这5种苍术属药用植物的物种分化不完全,序列进化不一致。 展开更多
关键词 苍术属 叶绿体基因组 trnl-f 遗传关系 分子鉴别
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基于ITS序列和trnL-F序列探讨小叶锦鸡儿、中间锦鸡儿和柠条锦鸡儿的种间关系 被引量:30
9
作者 侯鑫 刘俊娥 +1 位作者 赵一之 赵利清 《植物分类学报》 SCIE CSCD 北大核心 2006年第2期126-134,共9页
中间锦鸡儿CaraganadavazamciiSancz.的分类处理一直存在争议,它与小叶锦鸡儿C.microphyllaLam.和柠条锦鸡儿C.korshinskiiKom.的关系尚不清楚。该种被处理为一个独立的种或后两个种的变种。本文利用ITS序列和叶绿体trnL-F序列,综合形... 中间锦鸡儿CaraganadavazamciiSancz.的分类处理一直存在争议,它与小叶锦鸡儿C.microphyllaLam.和柠条锦鸡儿C.korshinskiiKom.的关系尚不清楚。该种被处理为一个独立的种或后两个种的变种。本文利用ITS序列和叶绿体trnL-F序列,综合形态和地理分布,探讨了中间锦鸡儿的起源及与另外两个种的种间关系。结果显示,中间锦鸡儿的trnL-F序列与小叶锦鸡儿完全一致,而与柠条锦鸡儿有明显差异。中间锦鸡儿的ITS序列高度纯合,不支持该种可能是杂交起源的假设。相反,另外两个种的ITS序列均出现多个位点杂合,克隆后均得到2种不同的序列。中间锦鸡儿的ITS序列与小叶锦鸡儿2种序列中的1种完全一致。该结果表明,中间锦鸡儿可能作为亲本之一参与了小叶锦鸡儿的杂交起源,或者基因流是造成这两个种形态相似的主要原因。中间锦鸡儿与柠条锦鸡儿形态上的相似可能是趋同进化的表现。 展开更多
关键词 小叶锦鸡儿 中间锦鸡儿 柠条锦鸡儿 ITS序列 trnl-f序列
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半夏属药用植物trnL-F序列与种间遗传关系分析 被引量:13
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作者 张乐容 杨在君 +2 位作者 欧阳钟鸣 吴凯 彭正松 《中国农学通报》 CSCD 2012年第21期81-85,共5页
为了给半夏属物种鉴别和种间遗传关系分析提供分子佐证,对中国半夏属植物5个种共9份材料的trnL-F进行克隆测序,用ClustalX1.81,PAUP4.0软件进行序列分析,采用邻接法(Neighbor-Joining,N-J)构建系统发育树。结果表明所测物种的序列全长1... 为了给半夏属物种鉴别和种间遗传关系分析提供分子佐证,对中国半夏属植物5个种共9份材料的trnL-F进行克隆测序,用ClustalX1.81,PAUP4.0软件进行序列分析,采用邻接法(Neighbor-Joining,N-J)构建系统发育树。结果表明所测物种的序列全长1027~1136bp,G+C含量34.6%~36.8%,经排序并两端切平后,序列长994bp,当空位始终做缺失处理时,产物有29个变异位点,6个信息位点。聚类结果显示,半夏属物种总体聚为2大分支,虎掌为1个分支,另外8份材料:滴水珠、盾叶半夏、石蜘蛛以及半夏聚为1个分支。采用邻接法得到的9份半夏属药用植物的分子系统树有一定的差异,表明这9份半夏属药用植物的物种分化不完全,序列进化不一致,是物种鉴别的有效分子标记。 展开更多
关键词 半夏属 trnl-f序列 遗传关系 分子鉴别
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Spacer区蛋白对ADAMTS13活性影响的研究 被引量:2
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作者 马珍妮 凌婧 +4 位作者 殷杰 沈飞 苏健 谢丽倩 阮长耿 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期1596-1601,共6页
目的:本研究旨在获得血管性血友病因子裂解酶ADAMTS13中重组的spacer区蛋白,进一步探讨该区域对ADAMTS13功能发挥的作用。方法:以ADAMTS13全长质粒为模板,构建含spacer区基因序列的原核表达质粒,转染大肠杆菌,低温(30℃)IPTG诱导表达,... 目的:本研究旨在获得血管性血友病因子裂解酶ADAMTS13中重组的spacer区蛋白,进一步探讨该区域对ADAMTS13功能发挥的作用。方法:以ADAMTS13全长质粒为模板,构建含spacer区基因序列的原核表达质粒,转染大肠杆菌,低温(30℃)IPTG诱导表达,收集超声上清并鉴定。并大规模诱导表达,利用Ni-NTA琼脂糖柱,梯度咪唑淋洗法纯化蛋白,应用SDS-PAGE和Western blot法鉴定纯化产品纯度和免疫学活性。利用重组蛋白与免疫性调节的血栓性血小板减少性紫癜(iTTP)患者血浆孵育,检测血浆中ADAMTS13的活性变化。结果:成功构建能表达spacer区的原核表达质粒并能有效表达蛋白。Western blotting结果显示,抗6×His抗体和抗人ADAMTS13抗体(针对Gln34-Trp688)分别能与重组蛋白在15 kDa处显单一条带。功能实验表明,该重组蛋白能够有效逆转iTTP患者中被自身抗体抑制的ADAMTS13酶活性。结论:重组蛋白具有较好的免疫原活性和纯度,为进一步研究spacer区对iTTP的发病机理提供了实验依据。 展开更多
关键词 spacer区域 血管性血友病因子裂解酶 原核表达
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桑属ITS、trnL-F、rps16序列与进化分析 被引量:18
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作者 陈仁芳 张泽 +3 位作者 唐洲 余茂德 徐立 王茜玲 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第8期1553-1561,共9页
【目的】分析桑属ITS、trnL-F、rps16序列,探讨系统学价值。【方法】67份桑资源,经DNA提取、PCR扩增、测序,测序结果用软件拼接、比对,并从GenBank下载桑属ITS、trnL-F、rps16序列进行同源性分析,计算其长度、G+C(或A+T)含量、变异位点... 【目的】分析桑属ITS、trnL-F、rps16序列,探讨系统学价值。【方法】67份桑资源,经DNA提取、PCR扩增、测序,测序结果用软件拼接、比对,并从GenBank下载桑属ITS、trnL-F、rps16序列进行同源性分析,计算其长度、G+C(或A+T)含量、变异位点、信息位点,将3个序列合并,以构树、柘树为外类群,采用MP法分析进化关系。【结果】桑ITS(包括5.8S)基本序列长度为576 bp,变异范围为576—590 bp,G+C含量为59.55%—62.25%,40个信息位点;trnL-F(包括tRNA-Leu内含子)基本序列长度为923 bp,变异范围为920—924 bp,A+T含量为65.87%—66.31%,23个信息位点;rps16内含子基本序列长度为929 bp,变异范围为923—929 bp,A+T含量为67.28%—67.49%,17个信息位点。3个序列的最适碱基进化模型分别为(GTR+G)、(GTR)和(GTR+G),可能的分支概率—混合卡方概率值分别为0.000001、0.027175和0.000222,3个片段合并最适碱基进化模型为(GTR+G),基于模型用MP法分析,在2 538个位点中,有80个信息位点。分支图结果表明,首先将黑桑(M.nigra)分出,其它桑种分成2支,第一支包括长穗桑、瑞穗桑、蒙桑、鬼桑、鸡桑、山桑、白桑和广东桑,第二支包括华桑、奶桑和川桑。【结论】桑属trnL-F和rps16序列信息位点有限,单独研究桑属系统学,价值不大,与ITS序列合并研究,则能增加分支图的信息位点,使分支图更近于似然。基于ITS、trnL-F、rps16序列MP分支图,新疆黑桑为最原始类型,乌克兰等栽培种为进化类型。 展开更多
关键词 桑属 ITS、trnl-f、rps16序列 MP分析法 进化关系
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基于cpDNA trnL-F序列数据分析海南陆均松种群的冰期后扩张 被引量:11
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作者 苏应娟 王艇 +4 位作者 陈国培 孙宇飞 江宇 邓锋 王伯荪 《中山大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2005年第5期70-74,共5页
针对热带树种陆均松Dacrydium pierrei de Laubenfels分布在海南的12个天然种群进行取样,测定了叶绿体DNA(cpDNA)trnL-F非编码区序列。序列长度介于868—876 bp.显示出长度多态性。碱基组成A+T含量较高,百分比值为64.17%-64.95%。通过... 针对热带树种陆均松Dacrydium pierrei de Laubenfels分布在海南的12个天然种群进行取样,测定了叶绿体DNA(cpDNA)trnL-F非编码区序列。序列长度介于868—876 bp.显示出长度多态性。碱基组成A+T含量较高,百分比值为64.17%-64.95%。通过统计简约算法共鉴定出30个单倍型。根据种群间分化度FST(=0.00)、基因流Nm(介于1.92—2.50)、AMOVA(24.17%的遗传变异发生在种群间,P>0.05)以及邻接树中单倍型的分支式样,发现海南的陆均松种群尚未发生遗传分化。另一方面,依统计简约算法构建的单倍型网图具“星状”特征,而且邻接树中多数单倍型合并于树的顶端。这些基因谱系结果提示海南陆均松种群在近期历史上发生过种群扩张。Tajima的D检验和错配分析结果也支持这种推测。结合地质和古孢粉学证据,认为残存于“避难所”的陆均松种群在全新世时,伴随全球气候转暖,在海南岛内可能实行了扩张。 展开更多
关键词 陆均松Dacrydium pierrei de Laubenfels CPDNA trnl-f非编码序列 单倍型 遗传分化 种群扩张
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基于叶绿体DNA序列trnL-F分析李亚属植物的系统发育关系 被引量:8
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作者 章秋平 魏潇 +7 位作者 刘威生 董文轩 刘宁 张玉萍 徐铭 刘硕 张玉君 马小雪 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第10期1249-1257,共9页
【目的】探索李亚属内物种间的系统发育关系,明确最近新命名物种的起源与植物学分类地位。【方法】在克隆测序trnL-F序列的基础上,分析李亚属各种级分类群的分子特征,并进行李亚属的分子系统发育学分析。【结果】在李亚属供试材料中检... 【目的】探索李亚属内物种间的系统发育关系,明确最近新命名物种的起源与植物学分类地位。【方法】在克隆测序trnL-F序列的基础上,分析李亚属各种级分类群的分子特征,并进行李亚属的分子系统发育学分析。【结果】在李亚属供试材料中检测到的叶绿体DNA trnL-F序列长度变化为945~956 bp,所有序列的AT含量明显高于GC含量。李亚属内各种间的序列存在着不同的差异,部分种具有显著的分子序列特征,可用于物种鉴定。共检测到21个变异位点和20个单倍型。根据邻接法构建系统发育树,将所有种共分为6个不同的组群。【结论】仅通过trnL-F序列片段无法完全将李亚属的所有种级分类群分开,但是部分种间具有显著的分子特征;中国李(P.salicina)和樱桃李(P.cerasifera)分别是种间杂交种李梅杏(P.limeixing)和紫杏(P.dasycarpa)的母系亲本提供者。 展开更多
关键词 李亚属 trnl-f序列 系统发育关系 遗传变异
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窄叶鲜卑花(Sibiraea angustata)nrDNA ITS和cpDNA trnL-F序列分子进化特点的分析 被引量:10
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作者 段义忠 张得钧 +3 位作者 高庆波 张发起 李印虎 陈世龙 《植物研究》 CAS CSCD 北大核心 2010年第2期146-151,共6页
应用PCR产物直接测序法分析了窄叶鲜卑花居群间nrDNA(核糖体DNA)ITS序列和cpDNA(叶绿体DNA)trnL-F的碱基差异,并与cpDNAtrnS-G序列和rpl20-rps12序列进行比较,从而初步研究两套植物基因组的变异速率。采用改良的CTAB法从硅胶干燥的窄叶... 应用PCR产物直接测序法分析了窄叶鲜卑花居群间nrDNA(核糖体DNA)ITS序列和cpDNA(叶绿体DNA)trnL-F的碱基差异,并与cpDNAtrnS-G序列和rpl20-rps12序列进行比较,从而初步研究两套植物基因组的变异速率。采用改良的CTAB法从硅胶干燥的窄叶鲜卑花叶片中提取总DNA,并对nrDNA ITS和cpDNAtrnL-F区域进行扩增、纯化、测序。nrDNA ITS序列共有601 bp,有变异位点3处,变异位点百分率为0.05%,(G+C)含量为41.4%。cpDNAtrnL-F序列共有927 bp,有变异位点1处,变异位点百分率0.01%,(G+C)含量为32.6%,两种序列的核苷酸多样性非常低。比较发现,窄叶鲜卑花nrDNA ITS区域较cpDNAtrnS-G序列和rpl20-rps12序列保守,变异速率较慢,比cpDNAtrnL-F序列变异速率稍快。通过对ITS序列单倍型(haplotype)进行分析发现,窄叶鲜卑花现有分布范围经历了居群近期范围扩张,与叶绿体基因组(trnS-G和rpl20-rps12序列)得出的结论一致。因此,窄叶鲜卑花nrDNA ITS序列适合该种的谱系地理学研究。 展开更多
关键词 窄叶鲜卑花 ITS序列 trnl-f序列 trnS-G序列 rpl20-rps12序列
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基于trnL-F序列及HRM技术的天南星类药材鉴定 被引量:3
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作者 刘枫 赵群 +3 位作者 宋向文 徐涛 陈乃富 韩邦兴 《中药材》 CAS 北大核心 2017年第6期1309-1313,共5页
目的:基于trnL-F序列并联合HRM技术对天南星类药材及其常见混伪品进行快速有效鉴别。方法:通过PCR扩增测序,应用MEGA 6.0软件对序列特征及遗传距离进行分析,构建系统发育树;在特异性位点两端设计引物进行HRM鉴别。结果:序列长度在438~49... 目的:基于trnL-F序列并联合HRM技术对天南星类药材及其常见混伪品进行快速有效鉴别。方法:通过PCR扩增测序,应用MEGA 6.0软件对序列特征及遗传距离进行分析,构建系统发育树;在特异性位点两端设计引物进行HRM鉴别。结果:序列长度在438~499 bp范围内,GC含量在33.11%~35.59%之间。基于K2P参数模型分析,样品间最大种内平均遗传距离为0.008,而样品间的最小种间平均遗传距离为0.010。在构建的最大简约树和贝叶斯树中,天南星类药材各自聚为单系,且都获得了高度的支持。联合HRM扩增结果分析发现,天南星类群(天南星、异叶天南星、东北天南星)Tm值为77.55±0.16,而虎掌类群Tm值为77.95±0.07,从熔解曲线的峰图上能够明显区分。结论:叶绿体trnL-F序列能够作为天南星类药材的鉴别条形码,并联合HRM技术对天南星类药材进行快速有效鉴别。 展开更多
关键词 天南星 trnl-f DNA条形码 HRM 鉴别
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蒿属叶绿体DNA trnL-F的序列分析与系统发育的意义 被引量:5
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作者 王铁娟 韩国栋 柴兆芳 《内蒙古大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2007年第6期665-671,共7页
对蒿属Artemisia Linn.两个亚属5个组38个种进行了trnL-F序列的分析,同时选取了紊蒿Elachanthemum intricatum作为外类群.结果表明,蒿属的trnL-F序列长度为786-799bp,GC含量为34.79%-35.94%.组间变异小,38个种共有62个变异位点,18个信... 对蒿属Artemisia Linn.两个亚属5个组38个种进行了trnL-F序列的分析,同时选取了紊蒿Elachanthemum intricatum作为外类群.结果表明,蒿属的trnL-F序列长度为786-799bp,GC含量为34.79%-35.94%.组间变异小,38个种共有62个变异位点,18个信息位点.根据形态学划分的蒿亚属和龙蒿亚属没有得到很好的分辨,但艾组多数种具有6bp“TACATA”的缺失和三个位点组内多数种的共同变异,使得该组具有较明显的分化.总的来说,trnL-F序列在蒿属植物间有着高度的一致性,讨论系统发育时具有一定的局限性. 展开更多
关键词 蒿属 trnl-f序列 系统发育
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10种棘豆属植物的trnL-F序列及其分子系统学研究 被引量:4
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作者 高利霞 卢萍 +2 位作者 金凤 恩和巴雅尔 高静 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第2期266-271,共6页
选择内蒙古27个样地采集的10种棘豆属植物54个单株,提取样品的基因组DNA,对其叶绿体trnL-F序列进行扩增、测序,所得序列利用ClustalX软件进行对位排列,并用MEGA5.0软件采用最大似然法构建系统发育树,以探讨棘豆属的种间关系与系统进化... 选择内蒙古27个样地采集的10种棘豆属植物54个单株,提取样品的基因组DNA,对其叶绿体trnL-F序列进行扩增、测序,所得序列利用ClustalX软件进行对位排列,并用MEGA5.0软件采用最大似然法构建系统发育树,以探讨棘豆属的种间关系与系统进化。结果显示:(1)10种棘豆属trnL-F的变异位点54个,信息位点46个,种间碱基差异百分率为1.9%,GC含量变化范围在30.69%~31.50%之间。(2)棘豆属与黄芪属各为一支,自展支持率达99%,支持棘豆属植物为单系起源。(3)系统树中小花棘豆的样本自成一支,为相对独立进化;多叶棘豆、砂珍棘豆和黄毛棘豆的样本相互混杂,表明亲缘关系很近,从而支持《内蒙古植物志》将三者归入真棘豆亚属轮叶棘豆组的观点。(4)刺叶柄棘豆的样本不同样地形成2个分支,对其亚属水平上的分类需进一步探讨。(5)缘毛棘豆与阴山棘豆的样本聚成一支,支持将二者归入矮生棘豆组。研究表明,trnL-F序列可为棘豆属下种间系统发育关系研究提供分子证据。 展开更多
关键词 棘豆属 系统发育 trnl-f
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基于叶绿体trnL-F序列以及matK序列探讨虎杖属与西伯利亚蓼的系统学位置 被引量:4
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作者 于文光 樊守金 +4 位作者 许崇梅 朱立涛 侯元同 林芙宇 李法曾 《植物分类学报》 SCIE CSCD 北大核心 2008年第5期676-681,共6页
以蓼科Polygonaceae酸模亚科Rumicoideae酸模族Rumiceae大黄属RheumL.作外类群,对蓼亚科Polygonideae蓼族Polygoneae 4属19种1变种的trnL-F序列以及16种1变种的matK序列进行了测定(部分序列取自GenBank)和聚类分析,探讨了虎杖属Reynoutr... 以蓼科Polygonaceae酸模亚科Rumicoideae酸模族Rumiceae大黄属RheumL.作外类群,对蓼亚科Polygonideae蓼族Polygoneae 4属19种1变种的trnL-F序列以及16种1变种的matK序列进行了测定(部分序列取自GenBank)和聚类分析,探讨了虎杖属Reynoutria Houtt.和西伯利亚蓼Polygonum sibiricum Laxm.的系统学位置,结果表明:(1)虎杖属在两个严格一致树中都聚到了何首乌属Fallopia Adans.的内部,trnL-F序列的支持率为99%,matK序列的支持率为100%,说明虎杖属应归入何首乌属中,所以虎杖属的R.japonica Houtt.与R.sachalinense(F.Schmidt ex Maxim.)Nakai应分别命名为Fallopia japonica(Houtt.)RonseDecraene和F.sachalinense(F.Schmidt ex Maxim.)Ronse Decraene;(2)两个严格一致树都表明,西伯利亚蓼远离蓼属Polygonum L.,聚到了何首乌属的附近,两个序列支持率都为99%,应将该种从蓼属中移出来,提升为属级,即西伯利亚蓼属Knorringia Tzvel.,西伯利亚蓼应命名为Knorringia sibirica(Laxm.) Tzvel.。另外,本文对何首乌属与西伯利亚蓼属作了界定。 展开更多
关键词 MATK序列 系统学 西伯利亚蓼 虎杖属 trnl-f序列
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从叶绿体DNA trnL-F序列论双参属的归属问题 被引量:17
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作者 张文蘅 陈之端 +1 位作者 陈虎彪 汤彦承 《植物分类学报》 CSCD 北大核心 2001年第4期337-344,共8页
双参属TriplostegiaWall.exDC .由分布于东南亚地区的 2个种组成 ,为多年生草本植物。它的归属一直存在争议 ,有时置于川续断科Dipsacaceae或败酱科Valerianaceae ,有时单立一科 ,即双参科Triplost egiaceae。本研究对广义川续断目Dipsa... 双参属TriplostegiaWall.exDC .由分布于东南亚地区的 2个种组成 ,为多年生草本植物。它的归属一直存在争议 ,有时置于川续断科Dipsacaceae或败酱科Valerianaceae ,有时单立一科 ,即双参科Triplost egiaceae。本研究对广义川续断目Dipsacaless.l.的 2 1种植物 (分别来自于败酱科、川续断科、双参属、刺参属Morina、广义忍冬科Caprifoliaceaes.l.、五福花科Adoxaceae)和外类群人参Panaxschin sengNees.的叶绿体DNAtrnL F区进行了测序 ,并建立系统发育树状图。结果显示 ,败酱科、川续断科、双参属、刺参属和广义忍冬科的 4个属 (双盾木属Dipelta、虫胃实属Kolkwitzia、六道木属Abelia和北极花属Linnaea)形成了一个单系群并得到了很强的支持 ( 1 0 0 %bootstrap) ;双参属与川续断科有更近的关系 ,建议作为一个亚科置于川续断科 ;广义忍冬科为一多系类群 ;而刺参属与其他广义川续断目类群之间的关系尚不能确定。 展开更多
关键词 双参属 广义忍冬科 刺参属 广义川续断目 trnl-f序列 系统位置 叶绿体DNA
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