表达序列标签数据库搜索鉴定小鼠UBAP1基因及其数字化表达分析

UBAP1(ubiquitinassociatedprotein 1)基因是最近克隆的一个定位于人类染色体 9p2 1 2 2鼻咽癌杂合性丢失高频区的泛肽相关蛋白家族新成员 .为了深入研究UBAP1基因的功能 ,利用计算机对表达序列标签(expressedsequencetag ,EST)、UniGene等数据库进行综合搜索分析 ,结合cDNA克隆测序的方法 ,成功地获得了UBAP1基因在小鼠中的同源基因 .小鼠UBAP1基因cDNA全长为 2 6 76bp ,编码一个由 44 1个氨基酸组成的蛋白质 ,在其蛋白质C端只有一个泛肽相关功能域 (UBAdomain) .与人UBAP1基因相比 ,两者编码的氨基酸序列有 89%相同 .基于EST的数字化表达分析显示UBAP1基因在小鼠正常组织中广泛高表达 .

泛肽相关蛋白基因UBAP1单核苷酸多态及与鼻咽癌的相关研究

UBAP1基因是在鼻咽癌 9p最小共同缺失区内新克隆的鼻咽癌候选抑瘤基因 ,通过采用病例 对照研究方法 ,对 10 5例鼻咽癌患者和 183例正常人UBAP1基因的 5个单核苷酸多态 (SNPs)用测序法进行了分型 ,在实验过程中 ,偶然发现了一个新的SNP位点 ,并已登录至dbSNP (登录号 :rs3135 92 9) .经相关分析发现 ,位于UBAP1基因第 6外显子中的SNPrs10 4 95 5 7与鼻咽癌发病存在显著相关性 ,基因型GG和GC的相对危险度分别为 1 6 4和 1 31.实验结果进一步支持了UBAP1基因与鼻咽癌的发生发展可能存在密切关系 ,SNPrs10 4 95 5 7由于处在UBAP1基因下游 3′非翻译区 ,其多态类型可能在某种程度上影响UBAP1基因的表达调控 。

UBAP1基因真核表达载体的构建及对人鼻咽癌细胞生长的影响

为研究鼻咽癌相关新基因UBAP1的功能,探讨其对鼻咽癌细胞生长特性的影响,构建了UBAP1真核表达载体并转染到鼻咽癌细胞株HNE1中,借助细胞生长曲线、软琼脂集落形成试验、裸鼠接种和流式细胞计数方法对转染细胞的生物学行为进行了检测.结果显示,UBAP1基因转染细胞生长速度明显减慢,在软琼脂中集落形成率较对照组显著下降,裸鼠接种试验显示,UBAP1基因转染细胞HNE1生长速度受到抑制,流式细胞计数分析发现,UBAP1基因表达升高能延缓细胞由G0-G1期进入S期.因此,UBAP1基因的表达有助于HNE1恶性表型的逆转,初步证明UBAP1是一个鼻咽癌相关的抑瘤基因.

应用EST策略鉴定人类新基因UBAP1的数字化差异表达图谱

背景与目的:UBAP1(ubiquitinassociatedprotein1)基因是我们先前在人类染色体9p21-22鼻咽癌杂合性丢失(lossofheterozygosity,LOH)高频区所获得的一个鼻咽癌相关新基因。进一步地,我们应用EST策略鉴定UBAP1基因在多种肿瘤组织中的差异表达谱。方法:采用基于生物信息学的电子杂交方法,即以UBAP1基因的全长cDNA为“探针”,利用计算机对人类表达序列标签(expressedsequencetag,EST)和Unigene等数据库中代表UBAP1的EST在各类肿瘤及相应正常组织cDNA文库中的分布进行综合分析,研究UBAP1基因的数字化差异表达图谱。同时采用差异RT-PCR方法对UBAP1在3种肿瘤活检组织中的差异表达进行验证。结果:电子杂交结果表明UBAP1基因不仅在42种人类正常组织中广泛表达,而且在11种肿瘤组织中存在可能的表达差异,尤其是在脑瘤、乳腺癌、结肠癌、皮肤癌、睾丸癌和宫颈癌等肿瘤组织中表达显著下调(P<0.05),而在肾癌、胰腺癌中高表达(P<0.05)。进一步采用差异RT-PCR方法发现UBAP1基因在64%的脑膜瘤和72%的结直肠癌活检组织中具有明显表达缺失/下调。结论:UBAP1基因有可能与多种肿瘤的发生发展密切相关,有必要深入研究UBAP1基因的表达异常参与肿瘤发生发展的分子机制。

UBAP1蛋白在鼻咽癌细胞中的表达和定位

目的:研究泛肽相关新基因编码产物的特性和在鼻咽癌细胞内定位与表达。方法:利用生物信息学分析编码蛋白的一般性质并预测其定位,构建增强型绿色荧光蛋白(enhance green fluorescent prote in,EGFP)与UBAP1融合基因的真核表达载体pEGFP-C2-UBAP1,通过脂质体介导转染人鼻咽癌细胞系HNE1,荧光显微镜观察UBAP1基因编码蛋白在HNE1活细胞内定位。结果:融合蛋白可在HNE1细胞中高表达,主要定位在细胞核,有较为明显的核膜聚集现象。结论:UBAP1基因编码产物在HNE1中的表达差异可能是NPC发生的原因之一。

肿瘤抑制基因P16和UBAP1在慢性粒细胞白血病的表达研究

目的探讨肿瘤抑制基因P16和UBAP1表达水平与慢性粒细胞白血病(CML)病程进展的关系。方法纳入93例CML初诊患者,其中慢性期(CP)76例、加速期(AP)及急变期(BC)17例(急髓变12例、急淋变5例),以22例非恶性血液病患者作为对照组,分别提取外周血单个核细胞总RNA,实时荧光定量聚合酶链反应(PCR)检测UBAP1和P16的表达情况。结果 PCR产物电泳图及熔解曲线均显示实时荧光定量PCR法扩增P16和UBAP1基因具有较好的特异性。CML-CP组、急髓变组P16mRNA表达水平与对照组比较差异无统计学意义(P>0.05);急淋变组,P16基因mRNA表达水平低于对照组(P<0.05)。CML-CP组UBAP1mRNA表达水平与对照组比较差异无统计学意义(P>0.05),CML-AP与CML-BC组表达水平降低(P<0.05);急髓变和急淋变组间差异无统计学意义(P>0.05)。结论不同CML病程患者具有不同的UBAP1和P16基因表达水平;UBAP1与P16基因表达水平与CML疾病进展存在一定的关系。