目的:明确山西陈醋中的小分子肽类化学成分,并进一步探讨其针对心血管等疾病的潜在作用机制。方法:采用超高效液相色谱-四极杆-飞行时间串联质谱(UPLC-Q-TOF-MS)技术结合GNPS分子网络技术分析山西陈醋中的小分子肽类成分。运用Genecards...目的:明确山西陈醋中的小分子肽类化学成分,并进一步探讨其针对心血管等疾病的潜在作用机制。方法:采用超高效液相色谱-四极杆-飞行时间串联质谱(UPLC-Q-TOF-MS)技术结合GNPS分子网络技术分析山西陈醋中的小分子肽类成分。运用Genecards、Drugbank 5.0、DAVID等数据库对小分子肽类化合物靶点及通路进行分析,并通过Cytoscape软件构建“成分-靶点-信号通路-疾病”网络。使用Autodock Dock 1.5.6和PyMol 2.5.5进行山西陈醋核心靶点与关键成分的分子对接。结果:共鉴定出41个小分子肽类化合物,其中包括27个环二肽、10个直链二肽和4个三肽类化合物。其发挥心血管和肥胖等保健作用的“成分-靶点-信号通路-疾病”网络包含14个活性成分和109个药物靶点。通路富集分析得到59条信号通路。分子对接结果表明Cyclo(Leu-Pro)、Val-Val、Pro-Phe、Cyclo(His-Pro)等成分可能与核心靶点F2、MAPK1,MMP9、VCAM1等具有较好的结合能力,初步验证了网络药理学预测结果的准确性。结论:山西陈醋可能通过多成分、多靶点、多通路协同发挥预防调节心血管疾病和肥胖等疾病的保健作用。展开更多
目的利用UPLC-Q-TOF-MS/MS技术和网络药理学探讨尖尾芋抗乳腺癌物质基础及作用机制。方法结合MassBank等数据库及现有文献研究,鉴定尖尾芋醇提物的化学成分,通过TCMSP、GeneCards等数据库筛选尖尾芋抗乳腺癌的作用靶点,使用STRING数据库...目的利用UPLC-Q-TOF-MS/MS技术和网络药理学探讨尖尾芋抗乳腺癌物质基础及作用机制。方法结合MassBank等数据库及现有文献研究,鉴定尖尾芋醇提物的化学成分,通过TCMSP、GeneCards等数据库筛选尖尾芋抗乳腺癌的作用靶点,使用STRING数据库和Cytoscape 3.9.0构建关键靶点蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络;通过DAVID数据库对关键靶点进行基因本体论(gene ontology,GO)功能与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)信号通路富集分析,最后借助Cytoscape 3.9.0构建“成分-基因-通路”互作网络图。结果从尖尾芋醇提物中共鉴定18个成分,包括生物碱类(1,3,10,12)、苯丙素类(2,8,18)、黄酮类(6,7,9,11,15)等;基于鉴定出的化合物通过网络药理学得到429个潜在作用靶点;PPI分析发现PIK3CA、PIK3R1、MAPK1等10个核心靶点,富集分析发现核心靶点可能通过调控癌症通路发挥抗乳腺癌作用,“成分-基因-通路”互作网络图显示生物碱类成分小檗碱及黄酮类成分山柰酚、木犀草素可能是尖尾芋醇提物发挥药效的主要活性成分,其机制与凋亡相关。结论本研究初步探究了尖尾芋醇提物抗乳腺癌活性成分为生物碱及黄酮类成分,其作用机制与细胞凋亡相关,为进一步开展尖尾芋醇提物抗乳腺癌的药效物质基础及作用机制研究提供了新的思路和线索。展开更多
目的:基于超高效液相色谱-四级杆飞行时间质谱(UPLC-Q-TOF-MS/MS)技术和网络药理学探讨柔肝方治疗肝纤维化的作用机制。方法:将8只C57BL/J小鼠随机分成空白血清组和柔肝方含药血清组,每组4只。利用UPLC-Q-TOF-MS/MS技术结合Xcalibur软...目的:基于超高效液相色谱-四级杆飞行时间质谱(UPLC-Q-TOF-MS/MS)技术和网络药理学探讨柔肝方治疗肝纤维化的作用机制。方法:将8只C57BL/J小鼠随机分成空白血清组和柔肝方含药血清组,每组4只。利用UPLC-Q-TOF-MS/MS技术结合Xcalibur软件分析空白血清和柔肝方含药血清数据,结合二级谱图鉴定柔肝方的入血成分。通过Swiss Target Prediction数据库和中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)检索柔肝方入血成分的靶点。利用GeneCards、OMIM、PharmGKB、DrugBank Online和Therapeutic Target Database数据库检索肝纤维化的靶点。采用Cytoscape软件构建“疾病-化合物-靶点”网络,并筛选柔肝方抗肝纤维化的关键成分。借助STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,通过拓扑分析筛选柔肝方抗肝纤维化的核心靶点。采用DAVID数据库进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)分析。结果:柔肝方入血成分主要包括氧化槐果碱、槐果碱、高黄芩素、新补骨脂异黄酮等。通过检索获取柔肝方入血成分相关靶点303个,肝纤维化相关靶点6 331个,两者的交集靶点250个。柔肝方抗肝纤维化的关键成分包括槲皮素、芹菜素、山柰酚、芒柄花黄素等。柔肝方抗肝纤维化的核心靶点包括原癌基因酪氨酸蛋白激酶Src(SRC)、信号转导和转录激活因子3(signal transducer and activator of transcription 3,STAT3)、丝裂原活化蛋白激酶1(mitogen-activated protein kinase 1,MAPK1)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(protein kinase B,PKB,又称AKT1)等。GO分析主要涉及细胞因子介导的信号通路、凋亡过程的负调控、炎症反应、蛋白激酶活性等。KEGG分析主要涉及PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、白细胞介素(interleukin,IL)-17信号通路、HIF-1信号通路等。结论:柔肝方可能通过槲皮素、芹菜素、山柰酚等化合物调控PI3K-Akt、MAPK、IL-17等信号通路,作用于SRC、STAT3、MAPK1等靶点,从而发挥抗肝纤维化的作用,体现了多成分、多途径、多靶点的药理特征。展开更多
文摘目的:明确山西陈醋中的小分子肽类化学成分,并进一步探讨其针对心血管等疾病的潜在作用机制。方法:采用超高效液相色谱-四极杆-飞行时间串联质谱(UPLC-Q-TOF-MS)技术结合GNPS分子网络技术分析山西陈醋中的小分子肽类成分。运用Genecards、Drugbank 5.0、DAVID等数据库对小分子肽类化合物靶点及通路进行分析,并通过Cytoscape软件构建“成分-靶点-信号通路-疾病”网络。使用Autodock Dock 1.5.6和PyMol 2.5.5进行山西陈醋核心靶点与关键成分的分子对接。结果:共鉴定出41个小分子肽类化合物,其中包括27个环二肽、10个直链二肽和4个三肽类化合物。其发挥心血管和肥胖等保健作用的“成分-靶点-信号通路-疾病”网络包含14个活性成分和109个药物靶点。通路富集分析得到59条信号通路。分子对接结果表明Cyclo(Leu-Pro)、Val-Val、Pro-Phe、Cyclo(His-Pro)等成分可能与核心靶点F2、MAPK1,MMP9、VCAM1等具有较好的结合能力,初步验证了网络药理学预测结果的准确性。结论:山西陈醋可能通过多成分、多靶点、多通路协同发挥预防调节心血管疾病和肥胖等疾病的保健作用。
文摘目的利用UPLC-Q-TOF-MS/MS技术和网络药理学探讨尖尾芋抗乳腺癌物质基础及作用机制。方法结合MassBank等数据库及现有文献研究,鉴定尖尾芋醇提物的化学成分,通过TCMSP、GeneCards等数据库筛选尖尾芋抗乳腺癌的作用靶点,使用STRING数据库和Cytoscape 3.9.0构建关键靶点蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络;通过DAVID数据库对关键靶点进行基因本体论(gene ontology,GO)功能与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)信号通路富集分析,最后借助Cytoscape 3.9.0构建“成分-基因-通路”互作网络图。结果从尖尾芋醇提物中共鉴定18个成分,包括生物碱类(1,3,10,12)、苯丙素类(2,8,18)、黄酮类(6,7,9,11,15)等;基于鉴定出的化合物通过网络药理学得到429个潜在作用靶点;PPI分析发现PIK3CA、PIK3R1、MAPK1等10个核心靶点,富集分析发现核心靶点可能通过调控癌症通路发挥抗乳腺癌作用,“成分-基因-通路”互作网络图显示生物碱类成分小檗碱及黄酮类成分山柰酚、木犀草素可能是尖尾芋醇提物发挥药效的主要活性成分,其机制与凋亡相关。结论本研究初步探究了尖尾芋醇提物抗乳腺癌活性成分为生物碱及黄酮类成分,其作用机制与细胞凋亡相关,为进一步开展尖尾芋醇提物抗乳腺癌的药效物质基础及作用机制研究提供了新的思路和线索。
文摘目的:基于超高效液相色谱-四级杆飞行时间质谱(UPLC-Q-TOF-MS/MS)技术和网络药理学探讨柔肝方治疗肝纤维化的作用机制。方法:将8只C57BL/J小鼠随机分成空白血清组和柔肝方含药血清组,每组4只。利用UPLC-Q-TOF-MS/MS技术结合Xcalibur软件分析空白血清和柔肝方含药血清数据,结合二级谱图鉴定柔肝方的入血成分。通过Swiss Target Prediction数据库和中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)检索柔肝方入血成分的靶点。利用GeneCards、OMIM、PharmGKB、DrugBank Online和Therapeutic Target Database数据库检索肝纤维化的靶点。采用Cytoscape软件构建“疾病-化合物-靶点”网络,并筛选柔肝方抗肝纤维化的关键成分。借助STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,通过拓扑分析筛选柔肝方抗肝纤维化的核心靶点。采用DAVID数据库进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)分析。结果:柔肝方入血成分主要包括氧化槐果碱、槐果碱、高黄芩素、新补骨脂异黄酮等。通过检索获取柔肝方入血成分相关靶点303个,肝纤维化相关靶点6 331个,两者的交集靶点250个。柔肝方抗肝纤维化的关键成分包括槲皮素、芹菜素、山柰酚、芒柄花黄素等。柔肝方抗肝纤维化的核心靶点包括原癌基因酪氨酸蛋白激酶Src(SRC)、信号转导和转录激活因子3(signal transducer and activator of transcription 3,STAT3)、丝裂原活化蛋白激酶1(mitogen-activated protein kinase 1,MAPK1)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(protein kinase B,PKB,又称AKT1)等。GO分析主要涉及细胞因子介导的信号通路、凋亡过程的负调控、炎症反应、蛋白激酶活性等。KEGG分析主要涉及PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、白细胞介素(interleukin,IL)-17信号通路、HIF-1信号通路等。结论:柔肝方可能通过槲皮素、芹菜素、山柰酚等化合物调控PI3K-Akt、MAPK、IL-17等信号通路,作用于SRC、STAT3、MAPK1等靶点,从而发挥抗肝纤维化的作用,体现了多成分、多途径、多靶点的药理特征。
