华东部分农村地区结核分枝杆菌的VNTR-MIRU分子特征

目的评价VNTR-MIRU分型方法在结核病流行病学中的应用,并描述华东部分农村地区结核分枝杆菌的基因型分布及成簇特征。方法对浙江省宁波市鄞州区及江苏省盐城市阜宁县从2009年6月1日至2010年11月31日登记的结核病患者的结核分离菌株采用VNTR-MIRU方法进行分型,通过Hunter-Gaston指数(HGI)及遗传差异值(h)对MIRU位点进行分辨力及遗传差异性评价,同时进行问卷调查以收集患者的社会人口学及临床治疗信息。结果在297株结核杆菌分离株中发现了281种基因型,近期传播比例为5.4%,MIRU位点组合的分辨力(HGI)为0.9995,7个位点的分辨力大小依次为:VNTR3820>Qub18>Qub11a>MIRU26>Qub11b>Mtub21>Qub26,位点的h大小排序与分辨力的大小排序相同,遗传差异性最大的位点为VNTR3820(h=0.8794),最小的为Qub26(h=0.6613)。比较两个研究地区的结核枝杆菌成簇特征,阜宁县菌株成簇率为19%,而鄞州区无菌株成簇,均呈现"唯一"基因型,这种差异的产生很可能与当地的人口迁徙有关。结论 7位点VNTR-MIRU分型法对结核枝杆菌进行分型简便快速,而且具有较高的分辨力,适合于结核的大规模快速检测。我国华东农村地区结核的流行以既往感染复燃为主,并存在一定比例的近期传播。

牛分枝杆菌Spoligotyping和VNTR-MIRU的基因分型研究

为了探讨间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)和数目可变串联重复序列-结核分枝杆菌散在分布重复单元(VNTR-MIRU)基因分型法用于国内牛分枝杆菌的基因分型研究,初步了解我国牛分枝杆菌基因型种类、分布以及2种方法在我国应用的可行性。本研究收集东北、西北、华北、华南4个地区分离的10株牛分枝杆菌分离株,分别采用Spoligotyping和VNTR-MIRU对这些分离株进行基因分型,比较两种方法的分型效果,评价其在牛分枝杆菌基因分型中的应用。结果表明,使用Spoligotyping方法,10株牛分枝杆菌呈现出4种基因型,使用VNTR-MIRU方法,10株分离株也呈现4种基因型;当两种方法联合使用时,可以分为5种基因型,其中的2个菌株具有独特的基因型,显示来自不同地区的牛分枝杆菌存在主要的流行型为BCG家族。将Spoligotyping和VNTR-MIRU联合使用,可有效提高牛结核病的分子流行病学调查和病原学的监测效果。

广州地区耐多药结核分枝杆菌MIRU-VNTR位点与耐药性变迁的关联研究

目的探讨广州地区耐多药结核分枝杆菌散在重复单元-数目可变串联重复序列(ycobacterial interspersed repetitive unit-variable number tandem repeat,MIRU-VNTR)与耐药性变迁的关系。方法对2011至2015年广州市胸科医院收治的36例耐多药结核病患者在治疗期间的多次分离培养株105株(2~8株不等)进行MIRU-VNTR分型,分析在治疗期间异烟肼、乙胺丁醇、链霉素、阿米卡星、左氧氟沙星和莫西沙星等耐药性有变化者与16个MIRU-VNTR位点多态性之间的相关性。耐药表型和VNTR位点之间的相关性使用χ^(2)检验。结果61.1%(22/36)的患者(69株)发生了耐药性变迁,其中异烟肼耐药表型变迁结核菌4株(5.8%),乙胺丁醇耐药表型变迁结核菌18株(26.1%),链霉素耐药表型变迁结核菌8株(11.6%),阿米卡星耐药表型变迁结核菌8株(11.6%),左氧氟沙星耐药表型变迁结核菌21株(30.4%),莫西沙星耐药表型变迁结核菌25株(36.2%)。耐药表型变迁百分率顺序:莫西沙星>左氧氟沙星>乙胺丁醇>链霉素/阿米卡星>异烟肼,6种耐药表型均存在菌株由敏感变为耐药或耐药变为敏感的情况。耐多药结核分枝杆菌的耐药变迁表型与VNTR位点的整体关联差异无统计学意义(P>0.05),耐药变迁表型无变化与具有4种耐药变迁表型变化的VNTR位点关联差异有统计学意义(P<0.05)。乙胺丁醇耐药表型-VNTR4348、链霉素耐药表型-VNTR0595、莫西沙星耐药表型-VNTR1907和莫西沙星耐药表型-VNTR1895差异均有统计学意义(均P<0.05)。结论耐多药结核病患者病原菌耐药性变迁与MIRU-VNTR多态性存在关联,具体机制尚待进一步研究。

河南省结核分枝杆菌MIRU-VNTR和间隔区寡核苷酸分型分析

目的:调查河南省结核分枝杆菌分子流行病学的结构特征。方法:共纳入河南地区668株结核分枝杆菌,进行间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)和26位点分枝杆菌散在重复单元-数目可变串联重复序列(MIRU-VNTR)分型分析,评估不同MIRU-VNTR位点组合的分辨效能。结果与结论:北京家族基因型菌株有558(83. 53)株,是河南省最流行的结核分枝杆菌,其中典型北京家族基因型(SIT1)是最具优势的基因型(512株,88. 89%)。26位点MIRU-VNTR可将668株菌分成567种基因型,其中含有38个基因簇和529种独立的基因型。累积Hunter-Gaston分辨力指数表明10个分辨力最强VNTR位点组合的分辨效力接近26位点组合。

新疆牛分枝杆菌MIRU-VNTR基因分型的初步研究

为了解牛分枝杆菌的基因型特点,初步建立适合新疆地区的MIRU-VNTR基因分型方法,本研究利用24个MIRU-VNTR位点,对30株牛分枝杆菌新疆分离株进行基因分型研究。结果显示,在24个MIRU-VNTR位点中,有9个位点(ETR-A、B、D、E;MIRU24;QUB11a、11b、1895、26)具有多态性,可将30株菌分为7个基因型,分型指数为0.611。而国际通用的5个ETRs位点(ETR-A～E)可将该30株菌分为4个基因型,分型指数为0.712。多态性位点中多态性指数较高的5个位点(ETR-B、ETR-D、MIRU24、QUB11a、QUB26)具有与9个位点相似的分型能力,分型指数为0.715。研究表明,新疆地区与其他地区或国家的牛分枝杆菌在基因分型方面存在差异。5个多态性较高的位点均具有良好的分型能力,表明MIRU-VNTR基因分型方法可以作为新疆地区牛分枝杆菌分子流行病学研究的辅助方法。

西藏藏族结核分枝杆菌临床分离株的MIRU-VNTR基因多态性分析与评价

目的了解西藏地区藏族人群中结核分枝杆菌24位点MIRU-VNTR的基因多态性及其评价。方法应用欧盟推荐的24位点MIRU-VNTR分型方法,将本次分型结果与MIRU-VNTRplus数据库进行比对,并应用BioNumerics5.0软件进行聚类分析。结果 577株结核分枝杆菌分为347种基因型,其中299株分为69个基因簇,另278株表现为独特的基因型。MIRU31、Qub11b2、Qub26、Qub4156c、Mtub21、MIRU20和MIRU26七个位点对西藏地区藏族人群中结核分枝杆菌临床分离株的分辨力较高,另17个位点的分辨力较低,其中MIRU24位点分辨率为0。结论西藏地区藏族人群中结核分枝杆菌MIRU-VNTR分型具有良好的多态性,且该地区以现代型结核分枝杆菌为流行优势菌。

211例中国南方地区结核分枝杆菌48-locus MIRU-VNTR基因分型分析

目的探讨适合于中国南方地区结核分枝杆菌基因分型的MIRU-VNTR基因分型技术。方法复苏培养211例结核分枝杆菌,提取DNA后PCR扩增48个VNTR位点进行48-locus MIRU-VNTR基因分型分析,计算Hunter Gaston Discriminatory Index(HGDI)并以其大于0.6为标准确定适于中国南方地区结核分枝杆菌基因分型分析的位点组合。结果48个位点中30个位点能够得到稳定扩增,HGDI值介于0.09和0.87之间。其中VNTR3192、VNTR2996、VNTR2461、VNTR4052、VNTR4155、VNTR1895、VNTR1955、VNTR0960、VNTR4348、VNTR0595、VNTR1305、VNTR0154、VNTR2687、VNTR2401、VNTR2347、VNTR1907等16个VNTR位点HGDI值均高于0.6,属于高分辨力位点,16位点组合总HGDI大于0.98。结论中国南方地区进行结核分枝杆菌MIRU-VNTR基因分型相关研究时,应至少将上述16个位点纳入分型分析之中。

以居住地域为基础的广州地区结核病传播链分子流行病学初探

目的探讨MIRU-VNTR基因分型技术用于分析广州地区结核病传播关系的可行性。方法以结核患者居住地所属乡镇村组或社区街道相同为前提,假定居住所属地相同结核患者间存在传播关系,拟定广州地区结核病传播链。培养结核分枝杆菌临床分离株并提取DNA,通过PCR扩增进行29位点MIRU-VNTR基因分型分析,并计算HGDI分辨力指数。以基因型成簇与否评价传播链内结核患者间传播关系的有无。结果拟定了178条广州地区结核病传播链,复苏得到456株结核分枝杆菌临床分离株,提取获得其基因组DNA并扩增了29个VNTR位点,其组合HGDI分辨力指数为0.986。基因成簇性分析显示,有2条传播链内患者结核分枝杆菌临床分离株基因成簇,成簇率为1.10%。基因成簇性的2条传播链患者分别居住于同街道,发病时间间隔在2年以内,分别为9和14个月。结论29位点MIRU-VNTR基因分型技术可用于广州地区结核分枝杆菌基因型分析,能否用于结核病传播关系需要进一步深入研究。

Mycobacteria Interspersed Repetitive Units-Variable Number of Tandem Repeat, Spoligotyping and Drug Resistance of Isolates from Pulmonary Tuberculosois Patients in Kenya

Background: Molecular typing allows a rapid and precise species differentiation and is essential in investigating the spread of specific genotypes and any relationship with drug resistance. Methodology: To compare the discrimination power of 24-loci Mycobacteria interspersed repetitive units-variable number of tandem repeat (MIRU-VNTR) to spoligotyping in determining the circulating genotypes of Mycobacterium tuberculosis in isolates from pulmonary tuberculosis patients in Kenya, a total of 204 isolates were typed. Results: Spoligotyping identified 22 spoligo lineages;while 36(17.6%) isolates were not determined. MIRU-VNTR typing identified 12 genotypes;Kenya H37_Rv_ like, S-like that had never been reported before and which were not identified by spoligotyping were identified. Others were Uganda I and II, LAM, Beijing, TUR, EAI, Delhi/C, S and Haarlem. Only 8 (3.9%) were not defined by MIRU-VNTR. Delhi/CAS, EAI, S, S-like, LAM and Beijing had strains that showed resistance to all the five drugs tested. Two strains of EAI and 2 of S genotypes were resistant to all the five drugs tested. Beijing genotype commonly associated with drug resistance was found to be third in drug resistance (14.7%) after Delhi/CAS (28.9%) and LAM (17.6%) with the highest resistance towards isoniazid and pyrazinamide (3.9% each). MIRU-VNTR typing was more discriminative than spoligotyping;identifying 10 unique H37_Rv-like isolates designated KeniaH37_Rv_like genotype and 14 S-like genotype. Conclusion: MIRU-VNTR typing has not been reported in any other study in Kenya and its higher discrimination can help identify genotypes that cannot be determined by spoligotyping. Association of Beijing genotype drug resistance particularly isoniazid should be of concern since it may result in multidrug resistance in the patients.

郴州市结核分枝杆菌MIRU-VNTR分型研究

目的调查郴州市结核病患者感染的结核分枝杆菌的分子分型特征及流行情况。方法收集来自郴州市第二人民医院分离培养的结核分枝杆菌188株,采用结核分枝杆菌RD105基因位点对北京基因型进行鉴定,同时对菌株进行药敏试验,并选取MIRU-VNTR中的15位点对结核分枝杆菌进行分型鉴定,通过聚合酶链式反应及琼脂糖凝胶电泳对全部基因型数字化结果进行聚类分析。结果188株结核分枝杆菌中北京基因型占79.8%,药敏结果显示耐药株39株(20.74%)。188株结核分枝杆菌可分为3个基因群(Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ群),180个基因型,其中Ⅰ群含有144个基因型(80.0%),Ⅱ群含有33个基因型(18.3%),Ⅲ群含有3个基因型(1.7%)。在选定的15个分型位点中分辨力最高的是Mtub21,分辨指数为0.803;其次是MIRU26,分辨指数为0.781;分辨指数最低的是ETRC,分辨指数为0.042。结论郴州市分离的188株结核分枝杆菌具有基因多态性,主要的流行群为Ⅰ群,Mtub21位点、MIRU26位点呈高多态性;郴州市结核病的流行主要是由内源性复燃引起,需重点针对内源性复燃制定结核病的防控策略。

MIRU-VNTR技术对源于河南的北京基因型结核分枝杆菌分型研究

目的:研究MIRU-VNTR技术对结核分枝杆菌北京基因型家族的分辨能力。方法:用检测RD105区缺失的多重PCR(DTM-PCR)方法对河南省源的结核分枝杆菌进行北京基因型鉴定,鉴定后的菌株检测基因分型方法VNTR-7和VNTR-16位点的分辨能力。结果:DTM-PCR获得98株结核分枝杆菌北京基因型家族菌株,VNTR-16和VNTR-7分辨率指数(Hunter-Gaston指数,HGI)为0.9983、0.9953,菌株的成簇率分别为3.1%、11.2%。结论:VNTR-16和VN-TR-7位点基因分型方法用于北京基因型家族的分析有较高的分辨能力,操作简便,适于结核病控制工作中北京基因型家族菌株占优势地区的分子流行病学研究。

河南省结核菌分离株26位点MIRU-VNTR和Spoligotyping分子分型及耐药分析

目的探讨河南省结核杆菌的遗传多样性。方法使用26位点(经典24位点和其他2位点)的分支杆菌散在重复单元中数目可变串联重复序列(mycobacterium interspersed repetitive unit-variable number tandem repeat,MIRU-VNTR)和间隔区寡核苷酸分型(spoligotyping)对来自2015年期间河南省不同地区的668株结核杆菌分离株进行分型分析。对结核菌spoligotype类型和耐药表型的相关性进行分析。结果 Spoligotyping分析表明668株结核杆菌被分到10个不同的基因簇中。北京家族基因型是河南地区结核杆菌中的优势菌株。北京家族基因型菌株对四种一线药全耐药以及耐多药菌株比例明显高于非北京型菌株。668株结核杆菌通过26位点VNTR被分为567个不同的基因型。26个位点中15个位点具有高度或适中的分辨能力。10个分辨能力最强位点的组合分辨力能与26位点相当。结论北京家族是河南省最流行的结核杆菌基因型。10位点VNTR和spoligotyping相结合可有效地用于河南省结核杆菌进化遗传学研究。

四川省结核分枝杆菌基因分型中MIRU-VNTR位点稳定性评价及保守位点分析

本文收集了四川省2009-2013年184株结核分枝杆菌菌株,用标准12 MIRUVNTR位点组对四川省结核分枝杆菌菌株进行基因分型研究,评估四川地区一线VNTR分型位点的稳定性,确定四川地区保守位点组合及主要MIT型.184株结核分枝杆菌基因分型后得到51个基因型,12个基因型成簇.本研究确定当前四川地区12高分辨力位点VNTR分型方法中的7个MIRU位点依然具有较高的分辩能力（h〉0.55）.MIRU02,MIRU20,MIRU23,MIRU24为多态性最低的4个位点（0≤h〈0.4）,保守位点组的主要MIT型为“2251”.四川省结核分枝杆菌VNTR位点的多态性保持稳定,目前采用的12高分辨力VNTR位点依然稳定可靠.

新疆维吾尔自治区与甘肃省部分地区结核分枝杆菌分子流行病学特征比较研究

目的比较研究新疆维吾尔自治区与甘肃省部分地区结核分枝杆菌分子流行病学特征。方法 2008年3-12月从新疆维吾尔自治区与甘肃省的3个县(区)收集痰涂片阳性的结核病患者的临床分离株。收集患者的性别、民族、病史、菌株耐药谱和菌株来源资料。药物敏感性实验采用比例法。运用实时荧光定量PCR(RealtimePCR)和结核分枝杆菌散在分布重复单位(MIRU-VNTR)基因分型方法鉴定北京基因型及亚型菌株并绘制系统发育树。结果在146份结核分枝杆菌分离株中,北京/W系结核分枝杆菌84株,占57.5%。其中较现代的W菌/典型北京家族菌株66株,占78.6%。MIRU-VNTR基因分型方法将146株菌株分成140个基因型,其中包括134个独特型,6个成簇的基因型。结论在甘肃采样地区,北京/W系的流行呈现明显优势,其中较为现代的W菌/典型北京家族菌株的流行又呈较为明显的优势;而在新疆采样地区,以非北京/W系菌株流行为主,两地结核分枝杆菌分子流行病学特征有明显区别。

大理地区结核分枝杆菌MIRU-VNTR位点的多态性分析

目的了解大理地区结核分枝杆菌基因组中的数目可变串联重复序列(variable number tandem repeat,VNTR)即MIRU(mycobacterium interspersed repetitive unit)基因多态性,探讨MIRU-VNTR位点多态性的应用价值。方法采用PCR和琼脂糖凝胶电泳检测大理地区临床分离的60株结核分枝杆菌7个VNTR位点,采用MIRU-VNTR技术进行分型,利用Hunter-Gaston指数(HGI)对各MIRU进行分辨力评价,并应用Quantity one软件和BioNumerics6.6软件进行数字化和聚类分析。结果 60株结核分枝杆菌分为5个基因群(Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ群)52个基因型。Ⅰ群占56.77%,含有29个基因型;Ⅱ群占25.00%,含有13个基因型;Ⅲ群占8.33%,含有5个基因型;Ⅳ群占6.67%,含有3个基因型;Ⅴ群占3.33%,含有2个基因型。7位点组合总分辨力为0.900,最高ETR-E位点0.735,最低ETR-C位点0.455。结论大理地区分离株结核分枝杆菌存在基因多态性,7位点MIRU-VNTR分型简便快速,分辨力高,适合用于大理地区结核分枝杆菌的基因分型检测。

可变串联重复序列分析在辽宁省结核分枝杆菌基因分型中的应用

目的了解辽宁省81例结核分枝杆菌多位点数目可变串联重复序列分析(variable number of tandem repeats,VNTR)的基因多态性及近期传播情况。方法对2018年辽宁省内送至辽宁省疾病预防控制中心实验室的菌株进行传代后采用对硝基苯甲酸(p-nitrobenzoic acid,PNB)培养基进行菌群鉴定,以区分结核分枝杆菌复合体和非结核分枝杆菌。采用固体比例法利用罗氏培养基对4种一线抗结核药物进行药敏实验。以PCR为基础对标准24位点进行检测分析,利用RD105基因缺失法鉴定北京基因型。利用Microsoft Excel软件进行多态性分析,利用https://www.miru-vntrplus.org/MIRU/index网站得到VNTR基因分型结果,同时进行位点多态性和成簇率的计算。采用SPSS 23.0软件进行数据的统计描述,对计数资料或各年度耐药情况进行χ~2检验;当理论频数<5时,采用Fisher确切概率法计算双侧P值,检验水准α=0.05。结果经分析81株菌株可分为3个基因群(Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ),菌株数分别为1(1.23%)、4(4.94%)和76(93.83%),其中最大的基因群为Ⅲ群。成簇率为4.94%(4/81)。近期感染率最小估计值为2.47%(2/81)。24个VNTR位点中有5个位点的多态性较好,3个位点的多态性尚可,16个位点的多态性较差。结论初步证实辽宁省耐药结核分枝杆菌菌株存在明显的基因多态性,其主要流行型为北京基因型(Ⅲ群)。

杭州地区结核分枝杆菌氧氟沙星耐药株的MIRU-VNTR基因分型研究

目的探讨MIRU-VNTR技术在杭州地区结核分枝杆菌氧氟沙星耐药株基因分型中的应用。方法收集杭州市2010年4月—2012年6月各结核病定点医院分离培养的临床菌株,进行药物敏感性检测。分别采用RD105缺失基因检测法和MIRU-VNTR技术对氧氟沙星耐药株进行菌株鉴定和基因分型。结果筛选出的52株氧氟沙星耐药株中,43株(82.69%)为北京家族菌株。经12个MIRU-VNTR位点组合分析,52株氧氟沙星耐药株呈52种MIRU-VNTR基因型,总Hunter-Gaston指数(HGI)为0.999。除MIRU40和ETR-F外,其他10个MIRU-VNTR位点对北京家族菌株和非北京家族菌株均显示较高或中等程度的分辨率。结论筛选到的10个MIRU-VNTR位点具有较高分辨率,适用于杭州地区结核分枝杆菌氧氟沙星耐药株分型。

MIUR-VNTR在乌鲁木齐市耐药结核分枝杆菌基因分型中位点稳定性的研究

目的通过对MIRU-VNTR分型技术在新疆乌鲁木齐市耐药结核病基因分型的研究,明确乌鲁木齐市12个标准VNTR分型位点的稳定性,为结核病耐药菌株演变、病源追踪、暴发调查及快速诊断等方面提供理论依据。方法采用间隔重复单元的可变数目串联重复序列(Mycobacteral interspersed repetive units-Variable number tandem repeat,MIRU-VNTR)分型方法,选择标准12位点VNTR,对65例耐药结核分枝杆菌进行DNA检测,使用MIRU-VNTR数据分析网站进行聚类分析,并进行分辨率指数(HGI)及VNTR等位基因多态性分析。结果 12个VNTR位点等位基因多态性存在差异;除MIRU26位点分辨率较低(h=0.3381)外,其余各位点分辨率均较高(h>0.6);65株菌株可分4大群、3种基因型,成5簇,成簇率为29.231%;结论乌鲁木齐市耐药结核分枝杆菌12个标准VNTR位点等位基因多态性保持较为稳定;采用标准12位点MIRU-VNTR技术对耐药结核病进行基因分型、成簇性分析等分子流行病研究,所得结果可靠。

多位点数目可变串联重复序列在结核分枝杆菌分子流行病学中的应用进展

结核分枝杆菌基因分型VNTR-MIRU方法是近年来结核病分子流行病学研究的热点,已广泛应用于TB流行病学研究的各个领域,包括调查爆发流行,追踪传染源,调查优势菌株以及传播机制等方面。VNTR-MIRU分型方法简单快速,是一种有效的结核分枝杆菌基因型分型方法。

MIRU-VNTR在耐多药结核病分子流行病学中的应用进展

耐多药结核病仍然是全球重要的公共卫生问题之一。多位点数目可变串联重复序列分析(mycobacterial interspersed repetitive unit-variable number tandem repeat typing,MIRU-VNTR)方法是一种简单快速的结核分枝杆菌基因分型方法,与其他分型方法结合,表现了与金标准RFLP相似的分辨力,已逐渐成为耐多药结核病分子流行病学研究中的重要工具。MIRU-VNTR主要应用于以下方面:(1)探索耐多药结核病传播机制;(2)接触者调查和爆发同源性调查;(3)区分再感染与复燃;(4)揭示结核杆菌菌种多样性和群体遗传关系;(5)与GPS结合,描述各地结核病传播风险"热点"地图;(6)预测结核分支杆菌耐药性。